玄移還上宮，召侍官皆入止省中；加揚州刺史新安王桓謙征討都督，以殷仲文代桓修為徐、兗二州刺史。謙等請亟遣兵擊裕，玄曰：“彼兵銳甚，計出萬死，若有蹉跌，則彼氣成而吾事去矣；不如屯大眾於覆舟山以待之。彼空行二百裏，無所得，銳氣已挫，忽見大軍，必驚愕；我按兵堅陣，勿與交鋒，彼求戰不得，自然散走，此策之上也。”謙等固請擊之，乃遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷相繼北上。玄憂懼特甚。或曰：“裕等烏合微弱，勢必無成，陛下何慮之深！”玄曰：“劉裕足為一世之雄，劉毅家無擔石之儲，樗蒲一擲百萬，何無忌酷似其舅；共舉大事，何謂無成！”
南涼王傉檀畏秦之強，乃去年號，罷尚書丞郎官，遣參軍關尚使於秦。秦王興曰：“車騎獻款稱藩，而擅興兵造大城，豈為臣之道乎？”尚曰：“王公設險以守其國，先王之製也。車騎僻在遐藩，密邇勍寇，蓋為國家重門之防，不圖陛下忽以為嫌。”興善之。傉檀求領涼州，興不許。
初，袁真殺朱憲，憲弟綽逃奔桓溫。溫克壽陽，綽輒發真棺，戮其屍。溫怒，將殺之，桓衝請而免之。綽事衝如父，衝薨，綽嘔血而卒。劉裕克京口，以綽子齡石為建武參軍。三月，戊午朔，裕軍與吳甫之遇於江乘。將戰，齡石言於裕曰：“齡石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在軍後。”裕義而許之。甫之，玄驍將也，其兵甚銳。裕手執長刀，大唿以衝之，眾皆披靡，即斬甫之，進至羅落橋。皇甫敷帥數千人逆戰，寧遠將軍檀賃之敗死。裕進戰彌厲，敷圍之數重，裕倚大樹挺戰。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟將刺之，裕瞋目叱之，敷辟易。裕黨俄至，射敷中額而踣，裕援刀直進。敷曰：“君有天命，以子孫為托。”裕斬之，厚撫其孤。裕以檀憑之所領兵配參軍檀祗。祗，憑之之從子也。
玄聞二將死，大懼，召諸道術人推算及為厭勝。問群臣曰：“朕其敗乎？”吏部郎曹靖之對曰：“民怨神怒，臣實懼焉。”玄曰：“民或可怨，神何為怒？”對曰：“晉氏宗廟，飄泊江濱，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不諫？”對曰：“輦上君子皆以為堯、舜之世，臣何敢言！”玄默然。使桓謙及遊擊將軍何澹之屯東陵，侍中、後將軍卞範之屯覆舟山西，眾合二萬。
己未，裕軍食畢，悉棄其餘糧，進至覆舟山東，使羸弱登山，張旗幟為疑兵，數道並前，布滿山穀。玄偵候者還，雲“裕軍四塞，不知多少。”玄益憂恐，遣武衛將軍庾賾之帥精卒副援諸軍。謙等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有鬥誌。裕與劉毅等分為數隊，進突謙陳；裕以身先之，將士皆殊死戰，無不一當百，唿聲動天地。時東北風急，因縱火焚之，煙炎慻天，鼓噪之音震動京邑，謙等諸軍大潰。
玄時雖遣軍拒裕，而走意已決，潛使領軍將軍殷仲文具舟於石頭；聞謙等敗，帥親信數千人，聲言赴戰，遂將其子昻，兄子浚出南掖門。遇前相國參軍胡藩，執馬鞚諫曰：“今羽林射手猶有八百，皆是義戰，西人受累世之恩，不驅令一戰，一旦舍此，欲安之乎！”玄不對，但舉策指天，因鞭馬而走，西趨石頭，與仲文等浮江南走。經日不食，左右進粗飯，玄咽不能下，昻抱其胸而撫之，玄悲不自勝。
裕入建康，王仲德抱元德子方迴出候裕，裕於馬上抱方迴與仲德對哭。追贈元德給事中，以仲德為中軍參軍。裕止桓謙故營，遣劉鍾據東府。庚申，裕屯石頭城，立留台百官，焚桓溫神主於宣陽門外，造晉新主，納於太廟。遣諸將追玄，尚書王嘏帥百官奉迎乘輿，誅玄宗族在建康者。裕使臧熹入宮，收圖書、器物，封閉府庫；有金飾樂器，裕問熹：“卿得無欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，將軍首建大義，劬勞王家，雖複不肖，實無情於樂。”裕笑曰：“聊以戲卿耳。”熹，燾之弟也。
壬戌，玄司徒王謐與眾議推裕領揚州，裕固辭，乃以謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，謐推裕為使持節、都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守。
裕始至建康，諸大處分皆委於劉穆之，倉猝立定，無不允愜。裕遂托以腹心，動止諮焉；穆之亦竭節盡誠，無所遣隱。時晉政寬馳，綱紀不立，豪族陵縱，小民窮蹙，重以司馬元顯政令違舛。桓玄雖欲厘整，而科條繁密，眾莫之從。穆之斟酌時宜，隨方矯正；裕以身範物，先以威禁；內外百官皆肅然奉職，不盈旬日，風俗頓改。
初，諸葛長民至豫州，失期，不得發。刁逵執長民，檻車送桓玄。至當利而玄敗，送人共破檻出長民，還趣曆陽。逵棄城走，為其下所執，斬於石頭，子侄無少長皆死，唯赦其季弟給事中騁。逵故吏匿其弟子雍送洛陽，秦王興以為太子中庶子。裕以魏詠之為豫州刺史，鎮曆陽，諸葛長民為宣城內史。
初，裕名微位薄，輕狡無行，盛流皆不與相知，惟王謐獨奇貴之，謂裕曰：“卿當為一代英雄。”裕嚐與刁逵樗蒲，不時輸直，逵縛之馬枊。謐見之，責逵而釋之，代之還直。由是裕深憾逵而德謐。
蕭方等曰：夫蛟龍潛伏，魚蝦褻之。是以漢高赦雍齒，魏武免梁鵠，安可以布衣之嫌而成萬乘之隙也！今王謐為公，刁逵亡族，醻恩報怨，何其狹哉！
尚書左仆射王愉及子荊州刺史綏謀襲裕，事泄，族誅，綏弟子慧龍為僧彬所匿，得免。
魏以中土蕭條，詔縣戶不滿百者罷之。
丁卯，劉裕遷鎮東府。
桓玄至尋陽，郭昶之給其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，劉毅帥何無忌、劉道規等諸軍追之。玄留龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓與郭昶之守湓口。玄於道自作《起居注》，敘討劉裕事，自謂經略舉無遺策，諸軍違節度，以致奔敗。專覃思著述，不暇與群下議時事。《起居注》既成，宣示遠近。
丙戌，劉裕稱受帝密詔，以武陵王遵承製總百官行事，加侍中、大將軍，因大赦，惟桓玄一族不宥。
劉敬宣、高雅之結青州大姓及鮮卑豪帥，謀殺南燕主備德，推司馬休之為主。備德以劉軌為司空，甚寵信之。雅之欲邀軌同謀，敬宣曰：“劉公衰老，有安齊之誌，不可告也。”雅之卒告之，軌不從。謀頗泄，敬宣等南走，南燕人收軌，殺之，追及雅之，又殺之。敬宣、休之至淮、泗間，聞桓玄敗，遂來歸，劉裕以敬宣為晉陵太守。
南燕主備德聞桓玄敗，命北地王鍾等將兵欲取江南，會備德有疾而止。
夏，四月，己醜，武陵王遵入居東宮，內外畢敬；遷除百官稱製書，教稱令書。以司馬休之監荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事、領荊州刺史。
庚寅，桓玄挾帝至江陵，桓石康納之。玄更署置百官，以卞範之為尚書仆射。自以奔敗之後，恐威令不行，乃更增峻刑罰，眾益離怨。殷仲文諫，玄怒曰：“今以諸將失律，天文不利，故還都舊楚；而群小紛紛，妄興異議！方當糾之以猛，未可施之以寬也。”荊、江諸郡聞玄播越，有上表奔問起居者，玄皆不受，更令所在賀遷新都。
初，王謐為玄佐命元臣，玄之受禪，謐手解帝璽綬；乃玄敗，眾謂謐宜誅，劉裕特保全之。劉毅嚐因朝會，問謐璽綬所在。謐內不自安，逃奔曲阿。裕箋白武陵王，迎還複位。
桓玄兄子歆引氐帥楊秋寇曆陽，魏詠之帥諸葛長民、劉敬宣、劉鍾共擊破之，斬楊秋於練固。
南涼王傉檀畏秦之強，乃去年號，罷尚書丞郎官，遣參軍關尚使於秦。秦王興曰：“車騎獻款稱藩，而擅興兵造大城，豈為臣之道乎？”尚曰：“王公設險以守其國，先王之製也。車騎僻在遐藩，密邇勍寇，蓋為國家重門之防，不圖陛下忽以為嫌。”興善之。傉檀求領涼州，興不許。
初，袁真殺朱憲，憲弟綽逃奔桓溫。溫克壽陽，綽輒發真棺，戮其屍。溫怒，將殺之，桓衝請而免之。綽事衝如父，衝薨，綽嘔血而卒。劉裕克京口，以綽子齡石為建武參軍。三月，戊午朔，裕軍與吳甫之遇於江乘。將戰，齡石言於裕曰：“齡石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在軍後。”裕義而許之。甫之，玄驍將也，其兵甚銳。裕手執長刀，大唿以衝之，眾皆披靡，即斬甫之，進至羅落橋。皇甫敷帥數千人逆戰，寧遠將軍檀賃之敗死。裕進戰彌厲，敷圍之數重，裕倚大樹挺戰。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟將刺之，裕瞋目叱之，敷辟易。裕黨俄至，射敷中額而踣，裕援刀直進。敷曰：“君有天命，以子孫為托。”裕斬之，厚撫其孤。裕以檀憑之所領兵配參軍檀祗。祗，憑之之從子也。
玄聞二將死，大懼，召諸道術人推算及為厭勝。問群臣曰：“朕其敗乎？”吏部郎曹靖之對曰：“民怨神怒，臣實懼焉。”玄曰：“民或可怨，神何為怒？”對曰：“晉氏宗廟，飄泊江濱，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不諫？”對曰：“輦上君子皆以為堯、舜之世，臣何敢言！”玄默然。使桓謙及遊擊將軍何澹之屯東陵，侍中、後將軍卞範之屯覆舟山西，眾合二萬。
己未，裕軍食畢，悉棄其餘糧，進至覆舟山東，使羸弱登山，張旗幟為疑兵，數道並前，布滿山穀。玄偵候者還，雲“裕軍四塞，不知多少。”玄益憂恐，遣武衛將軍庾賾之帥精卒副援諸軍。謙等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有鬥誌。裕與劉毅等分為數隊，進突謙陳；裕以身先之，將士皆殊死戰，無不一當百，唿聲動天地。時東北風急，因縱火焚之，煙炎慻天，鼓噪之音震動京邑，謙等諸軍大潰。
玄時雖遣軍拒裕，而走意已決，潛使領軍將軍殷仲文具舟於石頭；聞謙等敗，帥親信數千人，聲言赴戰，遂將其子昻，兄子浚出南掖門。遇前相國參軍胡藩，執馬鞚諫曰：“今羽林射手猶有八百，皆是義戰，西人受累世之恩，不驅令一戰，一旦舍此，欲安之乎！”玄不對，但舉策指天，因鞭馬而走，西趨石頭，與仲文等浮江南走。經日不食，左右進粗飯，玄咽不能下，昻抱其胸而撫之，玄悲不自勝。
裕入建康，王仲德抱元德子方迴出候裕，裕於馬上抱方迴與仲德對哭。追贈元德給事中，以仲德為中軍參軍。裕止桓謙故營，遣劉鍾據東府。庚申，裕屯石頭城，立留台百官，焚桓溫神主於宣陽門外，造晉新主，納於太廟。遣諸將追玄，尚書王嘏帥百官奉迎乘輿，誅玄宗族在建康者。裕使臧熹入宮，收圖書、器物，封閉府庫；有金飾樂器，裕問熹：“卿得無欲此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，將軍首建大義，劬勞王家，雖複不肖，實無情於樂。”裕笑曰：“聊以戲卿耳。”熹，燾之弟也。
壬戌，玄司徒王謐與眾議推裕領揚州，裕固辭，乃以謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，謐推裕為使持節、都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守。
裕始至建康，諸大處分皆委於劉穆之，倉猝立定，無不允愜。裕遂托以腹心，動止諮焉；穆之亦竭節盡誠，無所遣隱。時晉政寬馳，綱紀不立，豪族陵縱，小民窮蹙，重以司馬元顯政令違舛。桓玄雖欲厘整，而科條繁密，眾莫之從。穆之斟酌時宜，隨方矯正；裕以身範物，先以威禁；內外百官皆肅然奉職，不盈旬日，風俗頓改。
初，諸葛長民至豫州，失期，不得發。刁逵執長民，檻車送桓玄。至當利而玄敗，送人共破檻出長民，還趣曆陽。逵棄城走，為其下所執，斬於石頭，子侄無少長皆死，唯赦其季弟給事中騁。逵故吏匿其弟子雍送洛陽，秦王興以為太子中庶子。裕以魏詠之為豫州刺史，鎮曆陽，諸葛長民為宣城內史。
初，裕名微位薄，輕狡無行，盛流皆不與相知，惟王謐獨奇貴之，謂裕曰：“卿當為一代英雄。”裕嚐與刁逵樗蒲，不時輸直，逵縛之馬枊。謐見之，責逵而釋之，代之還直。由是裕深憾逵而德謐。
蕭方等曰：夫蛟龍潛伏，魚蝦褻之。是以漢高赦雍齒，魏武免梁鵠，安可以布衣之嫌而成萬乘之隙也！今王謐為公，刁逵亡族，醻恩報怨，何其狹哉！
尚書左仆射王愉及子荊州刺史綏謀襲裕，事泄，族誅，綏弟子慧龍為僧彬所匿，得免。
魏以中土蕭條，詔縣戶不滿百者罷之。
丁卯，劉裕遷鎮東府。
桓玄至尋陽，郭昶之給其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，劉毅帥何無忌、劉道規等諸軍追之。玄留龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓與郭昶之守湓口。玄於道自作《起居注》，敘討劉裕事，自謂經略舉無遺策，諸軍違節度，以致奔敗。專覃思著述，不暇與群下議時事。《起居注》既成，宣示遠近。
丙戌，劉裕稱受帝密詔，以武陵王遵承製總百官行事，加侍中、大將軍，因大赦，惟桓玄一族不宥。
劉敬宣、高雅之結青州大姓及鮮卑豪帥，謀殺南燕主備德，推司馬休之為主。備德以劉軌為司空，甚寵信之。雅之欲邀軌同謀，敬宣曰：“劉公衰老，有安齊之誌，不可告也。”雅之卒告之，軌不從。謀頗泄，敬宣等南走，南燕人收軌，殺之，追及雅之，又殺之。敬宣、休之至淮、泗間，聞桓玄敗，遂來歸，劉裕以敬宣為晉陵太守。
南燕主備德聞桓玄敗，命北地王鍾等將兵欲取江南，會備德有疾而止。
夏，四月，己醜，武陵王遵入居東宮，內外畢敬；遷除百官稱製書，教稱令書。以司馬休之監荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事、領荊州刺史。
庚寅，桓玄挾帝至江陵，桓石康納之。玄更署置百官，以卞範之為尚書仆射。自以奔敗之後，恐威令不行，乃更增峻刑罰，眾益離怨。殷仲文諫，玄怒曰：“今以諸將失律，天文不利，故還都舊楚；而群小紛紛，妄興異議！方當糾之以猛，未可施之以寬也。”荊、江諸郡聞玄播越，有上表奔問起居者，玄皆不受，更令所在賀遷新都。
初，王謐為玄佐命元臣，玄之受禪，謐手解帝璽綬；乃玄敗，眾謂謐宜誅，劉裕特保全之。劉毅嚐因朝會，問謐璽綬所在。謐內不自安，逃奔曲阿。裕箋白武陵王，迎還複位。
桓玄兄子歆引氐帥楊秋寇曆陽，魏詠之帥諸葛長民、劉敬宣、劉鍾共擊破之，斬楊秋於練固。