晉紀三十五（起昭陽單閼，盡閼逢執徐，凡二年）
安皇帝戊
元興二年癸卯，公元四零三年春，正月，盧循使司馬徐道覆寇東陽；二月，辛醜，建武將軍劉裕擊破之。道覆，循之姊夫也。
乙卯，以太尉玄為大將軍。
丁巳，玄殺冀州刺史孫無終。
玄上表請帥諸軍掃平關、洛，既而諷朝廷下詔不許，乃雲：“奉詔故止。”玄初欲飭裝，先命作輕舸，載服玩、書畫。或問其故，玄曰：“兵兇戰危，脫有意外，當使輕而易運。”眾皆笑之。
夏，四月，癸巳朔，日有食之。
南燕主備德故吏趙融自長安來，始得母兄兇問，備德號慟吐血，因而寢疾。
司隸校尉慕容達謀反，遣牙門皇璯帥眾攻端門，殿中帥侯赤眉開門應之；中黃門孫進扶備德逾城匿於進舍。段宏等聞宮中有變，勒兵屯四門。備德入宮，誅赤眉等。達出奔魏。
備德優遷徙之民，使之長複不役；民緣此迭相蔭冒，或百室合戶，或千丁共籍，以避課役。尚書韓訁卓請加隱核，備德從之，使訁卓巡行郡縣，得蔭戶五萬八千。
泰山賊王始聚眾數萬，自稱太平皇帝，署置公卿；南燕桂林王鎮討禽之。臨刑，或問其父及兄弟安在，始曰：“太上皇蒙塵於外，征東、征西為亂兵所害。”其妻怒之曰：“君正坐此口，奈何尚爾！”始曰：“皇後不知，自古豈有不亡之國！朕則崩矣，終不改號！”
五月，燕王熙作龍騰苑，方十餘裏，役徒二萬人。築景雲山於苑內，基廣五百步，峰高十七丈。
秋，七月，戊子，魏主珪北巡，作離宮於豺山。
平原太守和跋奢豪喜名，珪惡而殺之，使其弟毗等就與訣。跋曰：“北土瘠，可遷水南，勉為主計。”且使之背己，曰：“汝何忍視吾之死也！”毗等諭其意，詐稱使者，逃入秦。珪怒，滅其家。中壘將軍鄧淵從弟尚書暉與跋善，或譖諸珪曰：“毗之出亡，暉實送之。”珪疑淵知其謀，賜淵死。
南涼王傉檀及沮渠蒙遜互出兵攻呂隆，隆患之。秦之謀臣言於秦王興曰：“隆藉先世之資，專製河外，今雖饑窘，尚能自支，若將來豐贍，終不為吾有。涼州險絕，土田饒沃，不如因其危而取之。”興乃遣使征呂超入侍。隆念姑臧終無以自存，乃因超請迎於秦。興遣尚書左仆射齊難、鎮西將軍姚詰、左王乞伏乾歸、鎮遠將軍趙曜帥步騎四萬迎隆於河西，南涼王傉檀攝昌鬆、魏安二戍以避之。八月，齊難等至姑臧，隆素車白馬迎於道旁。隆勸難擊沮渠蒙遜，蒙遜使臧莫孩拒之，敗其前軍。難乃與蒙遜結盟，蒙遜遣弟挐入貢於秦。難以司馬王尚行涼州刺史，配兵三千鎮姑臧，以將軍閻鬆為倉鬆太守，郭將為番禾太守，分戍二城，徙隆宗族、僚屬及民萬戶於長安，興以隆為散騎常侍，超為安定太守，自餘文武隨才擢敘。
初，郭黴常言“代呂者王”，故其起兵，先推王詳，後推王乞基；及隆東遷，王尚卒代之。黴從乞伏乾歸降秦，以為滅秦者晉也，遂來奔，秦人追得，殺之。
沮渠蒙遜伯父中田護軍親信、臨鬆太守孔篤，皆驕恣為民患，蒙遜曰：“亂吾法者，二伯父也。”皆逼之使自殺。
秦遣使者梁構至張掖，蒙遜問曰：“禿發傉檀為公而身為侯，何也？”構曰：“傉檀兇狡，款誠未著，故朝廷以重爵虛名羈縻之。將軍忠貫白日，當入讚帝室，豈可以不信相待也！聖朝爵必稱功，如尹緯、姚晃，佐命之臣，齊難、徐洛，一時猛將，爵皆不過侯伯，將軍何以先之乎！昔竇融殷勤固讓，不欲居舊臣之右，不意將軍忽有此問！”蒙遜曰：“朝廷何不即封張掖而更遠封西海邪？”構曰：“張掖，將軍已自有之，所以遠授西海者，欲廣大將軍之國耳。”蒙遜悅，乃受命。
荊州刺史桓偉卒，大將軍玄以桓修代之。從事中郎曹靖之說玄曰：“謙、修兄弟專據內外，權勢太重。”玄乃以南郡相桓石康為荊州刺史。石康，豁之子也。
劉裕破盧循於永嘉，追至晉安，屢破之，循浮海南走。
何無忌潛詣裕，勸裕於山陰起兵討桓玄。裕謀於土豪孔靖，靖曰：“山陰去都道遠，舉事難成；且玄未篡位，不如待其已篡，於京口圖之。”裕從之，靖，愉之孫也。
九月，魏主珪如南平城，規度南，將建新都。
侍中殷仲文、散騎常侍卞範之勸大將軍玄早受禪，陰撰九錫文及冊命。以桓謙為侍中、開府、錄尚書事，王謐為中書監、領司徒，桓胤為中書令，加桓修撫軍大將軍。胤，衝之孫也。丙子，冊命玄為相國，總百揆，封十郡，為楚王，加九錫，楚國置丞相以下官。
桓謙私問彭城內史劉裕曰：“楚王勳德隆重，朝廷之情，鹹謂宜有揖讓，卿以為何如？”裕曰：“楚王，宣武之子，勳德蓋世。晉室微弱，民望久移，乘運禪代，有何不可？”謙喜曰：“卿謂之可即可耳。”
新野人庾仄，殷仲堪之黨也，聞桓偉死，石康未至，乃起兵襲雍州刺史馮該於襄陽，走之。仄有眾七千，設壇，祭七廟，雲欲討桓玄，江陵震動。石康至州，發兵攻襄陽，仄敗，奔秦。
高雅之表南燕主備德請伐桓玄曰：“縱未能廓清吳、會，亦可收江北之地。”中書侍郎韓範亦上疏曰：“今晉室衰亂，江、淮南北，戶口無幾，戎馬單弱。重以桓玄悖逆，上下離心；以陛下神武，發步騎一萬臨之，彼必土崩瓦解，兵不留行矣。得而有之，秦、魏不足敵也。拓地定功，正在今日。失時不取，彼之豪傑誅滅桓玄，更修德政，豈惟建康不可得，江北亦無望矣。”備德曰：“朕以舊邦覆沒，欲先定中原，乃平蕩荊、揚，故未南征耳。其駐公卿議之。”因講武城西，步卒三十七萬人，騎五萬三千匹，車萬七千乘。公卿皆以為玄新得誌，未可圖，乃止。
冬，十月，楚王玄上表請歸藩，使帝作手詔固留之。又詐言錢塘臨平湖開，江州甘露降，使百僚集賀，用為己受命之符。又以前世皆有隱士，恥於己時獨無，求得西朝隱士安定皇甫謐六世孫希之，給其資用，使隱居山林；征為著作郎，使希之固辭不就，然後下詔旌禮，號曰高士。時人謂之“充隱。”又欲廢錢用穀、帛及複肉刑，製作紛紜，誌無一定，變更迴複，卒無所施行。性複貪鄙，人士有法書、好畫及佳園宅，必假蒲博而取之；尤愛珠玉，未嚐離手。
乙卯，魏主珪立其子嗣為齊王，加位相國；紹為清河王，加征南大將軍；熙為陽平王；曜為河南王。
丁巳，魏將軍伊謂帥騎二萬襲高車餘種袁紇、烏頻；十一月，庚午，大破之。
詔楚王玄行天子禮樂，妃為王後，世子為太子。丁醜，卞範之為禪詔，使臨川王寶逼帝書之。寶，晞之曾孫也。庚辰，帝臨軒，遣兼太保、領司徒王謐奉璽綬，禪位於楚。壬午，帝出居永安宮。癸未，遷太慶神主於琅邪國，穆章何皇後及琅邪王德文皆徙居司徒府。百官詣姑孰勸進。十二月，庚寅朔，玄築壇於九井山北，壬辰，即皇帝位。冊文多非溥晉室，或諫之，玄曰：“揖讓之文，正可陳之於下民耳，豈可欺上帝乎！”大赦，改元永始。以南康之平固縣封帝為平固王，降何後為零陵縣君，琅邪王德文為石陽縣公，武陵王遵為彭澤縣候。追尊文溫為宣武皇帝，廟號太祖，南康公主為宣皇後，封子昻為豫章王。以會稽內史王愉為尚書仆射，愉子相國左長史綏為中書令。綏，桓氏之甥也。戊戌，玄入建康宮，登禦坐，而床忽陷，群下失色。殷仲文曰：“將由聖德深厚，地不能載。”玄大悅。梁王珍之男臣孔樸奉珍之奔壽陽。珍之，晞之曾孫也。
戊申，燕王熙尊燕主垂之貴嬪段氏為皇太後。段氏，熙之慈母也。己酉，立苻貴嬪為皇後，大赦。
辛亥，桓玄遷帝於尋陽。
燕以衛尉悅真為青州刺史，鎮新城；光大夫衛駒為並州刺史，鎮凡城。
癸醜，納桓溫神主於太廟。桓玄臨聽訟觀閱囚徒，罪無輕重，多得原放；有幹輿乞者，時或恤之。其好行小惠如此。
是歲，魏主珪始命有司製冠服，以品秩為差。然法度草創，多不稽古。
元興三年甲辰，公元四零四年春，正月，桓玄立其妻劉氏為皇後。劉氏，喬之曾孫也。玄以其祖彝以上名位不顯，不複追尊立廟。散騎常侍徐廣曰：“敬其父則子悅，請依故事立七廟。”玄曰：“禮，太祖東向，左昭右穆。晉立七廟，宣帝不得正東向之位，何足法也！”秘書監卞承之謂廣曰：“若宗廟之祭果不及祖，有以知楚德之不長矣。”廣，邈之弟也。
玄自即位，心常不自安。二月，己醜朔，夜，濤水入石頭，流殺人甚多，歡嘩震天。玄聞之，懼，曰：“奴輩作矣！”
玄性苛細，好自矜伐。主者奏事，或一字不體，或片辭之謬，必加糾擿，以示聰明。尚書答詔誤書“春蒷為”春菟，自左丞王納之以下，凡所關署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，詔令紛紜，有司奉答不暇，而紀綱不治，奏案停積，不能知也。又性好遊畋，或一日數出。遷居東宮，更繕宮室，土木並興，督迫嚴促，朝野騷然，思亂者眾。
玄遣使加益州刺史毛璩散騎常侍、左將軍。璩執留玄使，不受其命。璩，寶之孫也。玄以桓希為梁州刺史，分命諸將戍三巴以備之。璩傳檄遠近，列玄罪狀，遣巴東太守柳約之、建平太守羅述、征虜司馬甄季之擊破希等，仍帥眾進屯白帝。
劉裕從徐、兗二州刺史，安成王桓修入朝。玄謂王謐曰：“裕風骨不常，蓋人傑也。”每遊集，必引接殷勤，贈賜甚厚。玄後劉氏，有智鑒，謂玄曰：“劉裕龍行虎步，視瞻不凡，恐終不為人下，不如早除之。”玄曰：“我方平蕩中原，非裕莫可用者；俟關、河平定，然後別議之耳。”
玄以桓弘為青州刺史，鎮廣陵；刁逵為豫州刺史，鎮曆陽。弘，修之弟；逵，彝之子也。
劉裕與何無忌同舟還京口，密謀興複晉室。劉邁弟毅家於京口，亦與無忌謀討玄。無忌曰：“桓氏強盛，其可圖乎？”毅曰：“天下自有強弱，苟為失道，雖強易弱，正患事主難得耳。”無忌曰：“天下草澤之中非無英雄也。”毅曰：“所見唯有劉下邳。”無忌笑而不答，還以告裕，遂與毅定謀。
初，太原王元德及弟仲德為苻氏起兵攻燕主垂，不克，來奔，朝廷以元德為弘農太守。仲德見桓玄稱帝，謂人曰：“自古革命誠非一族，然今之起者恐不足以成大事。”
平昌孟昶為青州主簿，桓弘使昶至建康，玄見而悅之，謂劉邁曰：“素士中得一尚書郎，卿與其州裏，寧相識否？”邁素與昶不善，對曰：“臣在京口，不聞昶有異能，唯聞父子紛紛更相贈詩耳。”玄笑而止。昶聞而恨之，既還京口，裕謂昶曰：“草間當有英雄起，卿頗聞乎？”昶曰：“今日英雄有誰，正當是卿耳！”
於是裕、毅、無忌、元德、仲德、昶及裕弟道規、任城魏詠之、高平檀憑之、琅邪諸葛長民、河內太守隨西辛扈興、振威將軍東莞童厚之，相與合謀起兵。道規為桓弘中兵參軍，裕使毅就道規及昶於江北，共殺弘，據廣陵；長民為刁逵參軍，使長民殺逵，據曆陽；元德、扈興、厚之在建康，使之聚眾攻玄為內應；刻期齊發。
孟昶妻周氏富於財，昶謂之曰：“劉邁毀我於桓公，使我一生滄陷，我決當作賊。卿幸早離絕，脫得富貴，相迎不晚也。”周我曰：“君父母在堂，欲建非常之謀，豈婦人所能諫！事之不成，當於奚官中奉養大家，義無歸誌也。”昶悵然久之而起。周氏追昶坐，曰：“觀君舉措，非謀及婦人者，不過欲得財物耳。”因指懷中兒示之曰：“此兒可賣，亦當不惜。”遂傾貲以給之。昶弟顗妻，周氏之從妹也，周氏紿之曰：“昨夜夢殊不祥，門內絳色物宜悉取以為厭勝。”妹信而與之，遂盡縫以為軍士袍。
何無忌夜於屏風裏草檄文，其母，劉牢之姊也，登榆密窺之，泣曰：“吾不及東海呂母明矣。汝能如此，吾複何恨！”問所與同謀者，曰：“劉裕。”母尤喜，因為言玄必敗，舉事必成之理以勸之。
乙卯，裕托以遊獵，與無忌收合徒眾，得百餘人。丙辰，詰旦，京口城開，無忌著傳詔服，稱敕使，居前，徒眾隨之齊入，即斬桓修以徇。修司馬刁弘帥文武佐吏來赴，裕登城謂之曰：“郭江州已奉乘輿返正於尋陽，我等並被密詔，誅除逆黨，今日賊玄之首已當梟梟於大航矣。諸君非大晉之臣乎？今來欲何為？”弘等信之，收眾而退。
裕問無忌曰：“今急須一府主簿，何由得之？”無忌曰：“無過劉道民。”道民者，東莞劉穆之也。裕曰：“吾亦識之。”即馳信召焉。時穆之聞京口歡噪聲，晨起，出陌頭，屬與信會。穆之直視不言者久之，既而返室，壞布裳為裦，往見裕。裕曰：“始舉大義，方造艱難，須一軍吏甚急，卿謂誰堪其選？”穆之曰：“貴府始建，軍吏實須其才，倉猝之際，略當無見逾者。”裕笑曰：“卿能自屈，吾事濟矣。”即於坐署主簿。
孟昶勸桓弘其日出獵，天未明，開門出獵人；昶與劉毅、劉道規帥壯士數十人直入，弘方啖粥，即斬之。因收眾濟江。裕使毅誅刁弘。
先是，裕遣同謀周安穆入建康報劉邁，邁雖酬許，意甚惶懼。安穆慮事泄，乃馳歸。玄以為邁為竟陵太守，邁欲亟之郡。是夜，玄與邁書曰：“北府人情雲何？卿近見劉裕何所道？”邁謂玄已知其謀，晨起，白之。玄大驚，封邁為重安侯。既而嫌邁不執安穆，使得逃去，乃殺之，悉誅元德、扈興、厚之等。
眾推劉裕為盟，總督徐州事，以孟昶為長史，守京口，檀憑之為司馬。彭城人應募者，裕悉使郡主簿劉鍾統之。丁巳，裕帥二州之眾千七百人，軍於竹裏，移檄遠近，聲言益州刺史毛璩已定荊楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正於尋陽，鎮北參軍王元德等並帥部曲保據石頭，揚武將軍諸葛長尼已據曆陽。
安皇帝戊
元興二年癸卯，公元四零三年春，正月，盧循使司馬徐道覆寇東陽；二月，辛醜，建武將軍劉裕擊破之。道覆，循之姊夫也。
乙卯，以太尉玄為大將軍。
丁巳，玄殺冀州刺史孫無終。
玄上表請帥諸軍掃平關、洛，既而諷朝廷下詔不許，乃雲：“奉詔故止。”玄初欲飭裝，先命作輕舸，載服玩、書畫。或問其故，玄曰：“兵兇戰危，脫有意外，當使輕而易運。”眾皆笑之。
夏，四月，癸巳朔，日有食之。
南燕主備德故吏趙融自長安來，始得母兄兇問，備德號慟吐血，因而寢疾。
司隸校尉慕容達謀反，遣牙門皇璯帥眾攻端門，殿中帥侯赤眉開門應之；中黃門孫進扶備德逾城匿於進舍。段宏等聞宮中有變，勒兵屯四門。備德入宮，誅赤眉等。達出奔魏。
備德優遷徙之民，使之長複不役；民緣此迭相蔭冒，或百室合戶，或千丁共籍，以避課役。尚書韓訁卓請加隱核，備德從之，使訁卓巡行郡縣，得蔭戶五萬八千。
泰山賊王始聚眾數萬，自稱太平皇帝，署置公卿；南燕桂林王鎮討禽之。臨刑，或問其父及兄弟安在，始曰：“太上皇蒙塵於外，征東、征西為亂兵所害。”其妻怒之曰：“君正坐此口，奈何尚爾！”始曰：“皇後不知，自古豈有不亡之國！朕則崩矣，終不改號！”
五月，燕王熙作龍騰苑，方十餘裏，役徒二萬人。築景雲山於苑內，基廣五百步，峰高十七丈。
秋，七月，戊子，魏主珪北巡，作離宮於豺山。
平原太守和跋奢豪喜名，珪惡而殺之，使其弟毗等就與訣。跋曰：“北土瘠，可遷水南，勉為主計。”且使之背己，曰：“汝何忍視吾之死也！”毗等諭其意，詐稱使者，逃入秦。珪怒，滅其家。中壘將軍鄧淵從弟尚書暉與跋善，或譖諸珪曰：“毗之出亡，暉實送之。”珪疑淵知其謀，賜淵死。
南涼王傉檀及沮渠蒙遜互出兵攻呂隆，隆患之。秦之謀臣言於秦王興曰：“隆藉先世之資，專製河外，今雖饑窘，尚能自支，若將來豐贍，終不為吾有。涼州險絕，土田饒沃，不如因其危而取之。”興乃遣使征呂超入侍。隆念姑臧終無以自存，乃因超請迎於秦。興遣尚書左仆射齊難、鎮西將軍姚詰、左王乞伏乾歸、鎮遠將軍趙曜帥步騎四萬迎隆於河西，南涼王傉檀攝昌鬆、魏安二戍以避之。八月，齊難等至姑臧，隆素車白馬迎於道旁。隆勸難擊沮渠蒙遜，蒙遜使臧莫孩拒之，敗其前軍。難乃與蒙遜結盟，蒙遜遣弟挐入貢於秦。難以司馬王尚行涼州刺史，配兵三千鎮姑臧，以將軍閻鬆為倉鬆太守，郭將為番禾太守，分戍二城，徙隆宗族、僚屬及民萬戶於長安，興以隆為散騎常侍，超為安定太守，自餘文武隨才擢敘。
初，郭黴常言“代呂者王”，故其起兵，先推王詳，後推王乞基；及隆東遷，王尚卒代之。黴從乞伏乾歸降秦，以為滅秦者晉也，遂來奔，秦人追得，殺之。
沮渠蒙遜伯父中田護軍親信、臨鬆太守孔篤，皆驕恣為民患，蒙遜曰：“亂吾法者，二伯父也。”皆逼之使自殺。
秦遣使者梁構至張掖，蒙遜問曰：“禿發傉檀為公而身為侯，何也？”構曰：“傉檀兇狡，款誠未著，故朝廷以重爵虛名羈縻之。將軍忠貫白日，當入讚帝室，豈可以不信相待也！聖朝爵必稱功，如尹緯、姚晃，佐命之臣，齊難、徐洛，一時猛將，爵皆不過侯伯，將軍何以先之乎！昔竇融殷勤固讓，不欲居舊臣之右，不意將軍忽有此問！”蒙遜曰：“朝廷何不即封張掖而更遠封西海邪？”構曰：“張掖，將軍已自有之，所以遠授西海者，欲廣大將軍之國耳。”蒙遜悅，乃受命。
荊州刺史桓偉卒，大將軍玄以桓修代之。從事中郎曹靖之說玄曰：“謙、修兄弟專據內外，權勢太重。”玄乃以南郡相桓石康為荊州刺史。石康，豁之子也。
劉裕破盧循於永嘉，追至晉安，屢破之，循浮海南走。
何無忌潛詣裕，勸裕於山陰起兵討桓玄。裕謀於土豪孔靖，靖曰：“山陰去都道遠，舉事難成；且玄未篡位，不如待其已篡，於京口圖之。”裕從之，靖，愉之孫也。
九月，魏主珪如南平城，規度南，將建新都。
侍中殷仲文、散騎常侍卞範之勸大將軍玄早受禪，陰撰九錫文及冊命。以桓謙為侍中、開府、錄尚書事，王謐為中書監、領司徒，桓胤為中書令，加桓修撫軍大將軍。胤，衝之孫也。丙子，冊命玄為相國，總百揆，封十郡，為楚王，加九錫，楚國置丞相以下官。
桓謙私問彭城內史劉裕曰：“楚王勳德隆重，朝廷之情，鹹謂宜有揖讓，卿以為何如？”裕曰：“楚王，宣武之子，勳德蓋世。晉室微弱，民望久移，乘運禪代，有何不可？”謙喜曰：“卿謂之可即可耳。”
新野人庾仄，殷仲堪之黨也，聞桓偉死，石康未至，乃起兵襲雍州刺史馮該於襄陽，走之。仄有眾七千，設壇，祭七廟，雲欲討桓玄，江陵震動。石康至州，發兵攻襄陽，仄敗，奔秦。
高雅之表南燕主備德請伐桓玄曰：“縱未能廓清吳、會，亦可收江北之地。”中書侍郎韓範亦上疏曰：“今晉室衰亂，江、淮南北，戶口無幾，戎馬單弱。重以桓玄悖逆，上下離心；以陛下神武，發步騎一萬臨之，彼必土崩瓦解，兵不留行矣。得而有之，秦、魏不足敵也。拓地定功，正在今日。失時不取，彼之豪傑誅滅桓玄，更修德政，豈惟建康不可得，江北亦無望矣。”備德曰：“朕以舊邦覆沒，欲先定中原，乃平蕩荊、揚，故未南征耳。其駐公卿議之。”因講武城西，步卒三十七萬人，騎五萬三千匹，車萬七千乘。公卿皆以為玄新得誌，未可圖，乃止。
冬，十月，楚王玄上表請歸藩，使帝作手詔固留之。又詐言錢塘臨平湖開，江州甘露降，使百僚集賀，用為己受命之符。又以前世皆有隱士，恥於己時獨無，求得西朝隱士安定皇甫謐六世孫希之，給其資用，使隱居山林；征為著作郎，使希之固辭不就，然後下詔旌禮，號曰高士。時人謂之“充隱。”又欲廢錢用穀、帛及複肉刑，製作紛紜，誌無一定，變更迴複，卒無所施行。性複貪鄙，人士有法書、好畫及佳園宅，必假蒲博而取之；尤愛珠玉，未嚐離手。
乙卯，魏主珪立其子嗣為齊王，加位相國；紹為清河王，加征南大將軍；熙為陽平王；曜為河南王。
丁巳，魏將軍伊謂帥騎二萬襲高車餘種袁紇、烏頻；十一月，庚午，大破之。
詔楚王玄行天子禮樂，妃為王後，世子為太子。丁醜，卞範之為禪詔，使臨川王寶逼帝書之。寶，晞之曾孫也。庚辰，帝臨軒，遣兼太保、領司徒王謐奉璽綬，禪位於楚。壬午，帝出居永安宮。癸未，遷太慶神主於琅邪國，穆章何皇後及琅邪王德文皆徙居司徒府。百官詣姑孰勸進。十二月，庚寅朔，玄築壇於九井山北，壬辰，即皇帝位。冊文多非溥晉室，或諫之，玄曰：“揖讓之文，正可陳之於下民耳，豈可欺上帝乎！”大赦，改元永始。以南康之平固縣封帝為平固王，降何後為零陵縣君，琅邪王德文為石陽縣公，武陵王遵為彭澤縣候。追尊文溫為宣武皇帝，廟號太祖，南康公主為宣皇後，封子昻為豫章王。以會稽內史王愉為尚書仆射，愉子相國左長史綏為中書令。綏，桓氏之甥也。戊戌，玄入建康宮，登禦坐，而床忽陷，群下失色。殷仲文曰：“將由聖德深厚，地不能載。”玄大悅。梁王珍之男臣孔樸奉珍之奔壽陽。珍之，晞之曾孫也。
戊申，燕王熙尊燕主垂之貴嬪段氏為皇太後。段氏，熙之慈母也。己酉，立苻貴嬪為皇後，大赦。
辛亥，桓玄遷帝於尋陽。
燕以衛尉悅真為青州刺史，鎮新城；光大夫衛駒為並州刺史，鎮凡城。
癸醜，納桓溫神主於太廟。桓玄臨聽訟觀閱囚徒，罪無輕重，多得原放；有幹輿乞者，時或恤之。其好行小惠如此。
是歲，魏主珪始命有司製冠服，以品秩為差。然法度草創，多不稽古。
元興三年甲辰，公元四零四年春，正月，桓玄立其妻劉氏為皇後。劉氏，喬之曾孫也。玄以其祖彝以上名位不顯，不複追尊立廟。散騎常侍徐廣曰：“敬其父則子悅，請依故事立七廟。”玄曰：“禮，太祖東向，左昭右穆。晉立七廟，宣帝不得正東向之位，何足法也！”秘書監卞承之謂廣曰：“若宗廟之祭果不及祖，有以知楚德之不長矣。”廣，邈之弟也。
玄自即位，心常不自安。二月，己醜朔，夜，濤水入石頭，流殺人甚多，歡嘩震天。玄聞之，懼，曰：“奴輩作矣！”
玄性苛細，好自矜伐。主者奏事，或一字不體，或片辭之謬，必加糾擿，以示聰明。尚書答詔誤書“春蒷為”春菟，自左丞王納之以下，凡所關署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，詔令紛紜，有司奉答不暇，而紀綱不治，奏案停積，不能知也。又性好遊畋，或一日數出。遷居東宮，更繕宮室，土木並興，督迫嚴促，朝野騷然，思亂者眾。
玄遣使加益州刺史毛璩散騎常侍、左將軍。璩執留玄使，不受其命。璩，寶之孫也。玄以桓希為梁州刺史，分命諸將戍三巴以備之。璩傳檄遠近，列玄罪狀，遣巴東太守柳約之、建平太守羅述、征虜司馬甄季之擊破希等，仍帥眾進屯白帝。
劉裕從徐、兗二州刺史，安成王桓修入朝。玄謂王謐曰：“裕風骨不常，蓋人傑也。”每遊集，必引接殷勤，贈賜甚厚。玄後劉氏，有智鑒，謂玄曰：“劉裕龍行虎步，視瞻不凡，恐終不為人下，不如早除之。”玄曰：“我方平蕩中原，非裕莫可用者；俟關、河平定，然後別議之耳。”
玄以桓弘為青州刺史，鎮廣陵；刁逵為豫州刺史，鎮曆陽。弘，修之弟；逵，彝之子也。
劉裕與何無忌同舟還京口，密謀興複晉室。劉邁弟毅家於京口，亦與無忌謀討玄。無忌曰：“桓氏強盛，其可圖乎？”毅曰：“天下自有強弱，苟為失道，雖強易弱，正患事主難得耳。”無忌曰：“天下草澤之中非無英雄也。”毅曰：“所見唯有劉下邳。”無忌笑而不答，還以告裕，遂與毅定謀。
初，太原王元德及弟仲德為苻氏起兵攻燕主垂，不克，來奔，朝廷以元德為弘農太守。仲德見桓玄稱帝，謂人曰：“自古革命誠非一族，然今之起者恐不足以成大事。”
平昌孟昶為青州主簿，桓弘使昶至建康，玄見而悅之，謂劉邁曰：“素士中得一尚書郎，卿與其州裏，寧相識否？”邁素與昶不善，對曰：“臣在京口，不聞昶有異能，唯聞父子紛紛更相贈詩耳。”玄笑而止。昶聞而恨之，既還京口，裕謂昶曰：“草間當有英雄起，卿頗聞乎？”昶曰：“今日英雄有誰，正當是卿耳！”
於是裕、毅、無忌、元德、仲德、昶及裕弟道規、任城魏詠之、高平檀憑之、琅邪諸葛長民、河內太守隨西辛扈興、振威將軍東莞童厚之，相與合謀起兵。道規為桓弘中兵參軍，裕使毅就道規及昶於江北，共殺弘，據廣陵；長民為刁逵參軍，使長民殺逵，據曆陽；元德、扈興、厚之在建康，使之聚眾攻玄為內應；刻期齊發。
孟昶妻周氏富於財，昶謂之曰：“劉邁毀我於桓公，使我一生滄陷，我決當作賊。卿幸早離絕，脫得富貴，相迎不晚也。”周我曰：“君父母在堂，欲建非常之謀，豈婦人所能諫！事之不成，當於奚官中奉養大家，義無歸誌也。”昶悵然久之而起。周氏追昶坐，曰：“觀君舉措，非謀及婦人者，不過欲得財物耳。”因指懷中兒示之曰：“此兒可賣，亦當不惜。”遂傾貲以給之。昶弟顗妻，周氏之從妹也，周氏紿之曰：“昨夜夢殊不祥，門內絳色物宜悉取以為厭勝。”妹信而與之，遂盡縫以為軍士袍。
何無忌夜於屏風裏草檄文，其母，劉牢之姊也，登榆密窺之，泣曰：“吾不及東海呂母明矣。汝能如此，吾複何恨！”問所與同謀者，曰：“劉裕。”母尤喜，因為言玄必敗，舉事必成之理以勸之。
乙卯，裕托以遊獵，與無忌收合徒眾，得百餘人。丙辰，詰旦，京口城開，無忌著傳詔服，稱敕使，居前，徒眾隨之齊入，即斬桓修以徇。修司馬刁弘帥文武佐吏來赴，裕登城謂之曰：“郭江州已奉乘輿返正於尋陽，我等並被密詔，誅除逆黨，今日賊玄之首已當梟梟於大航矣。諸君非大晉之臣乎？今來欲何為？”弘等信之，收眾而退。
裕問無忌曰：“今急須一府主簿，何由得之？”無忌曰：“無過劉道民。”道民者，東莞劉穆之也。裕曰：“吾亦識之。”即馳信召焉。時穆之聞京口歡噪聲，晨起，出陌頭，屬與信會。穆之直視不言者久之，既而返室，壞布裳為裦，往見裕。裕曰：“始舉大義，方造艱難，須一軍吏甚急，卿謂誰堪其選？”穆之曰：“貴府始建，軍吏實須其才，倉猝之際，略當無見逾者。”裕笑曰：“卿能自屈，吾事濟矣。”即於坐署主簿。
孟昶勸桓弘其日出獵，天未明，開門出獵人；昶與劉毅、劉道規帥壯士數十人直入，弘方啖粥，即斬之。因收眾濟江。裕使毅誅刁弘。
先是，裕遣同謀周安穆入建康報劉邁，邁雖酬許，意甚惶懼。安穆慮事泄，乃馳歸。玄以為邁為竟陵太守，邁欲亟之郡。是夜，玄與邁書曰：“北府人情雲何？卿近見劉裕何所道？”邁謂玄已知其謀，晨起，白之。玄大驚，封邁為重安侯。既而嫌邁不執安穆，使得逃去，乃殺之，悉誅元德、扈興、厚之等。
眾推劉裕為盟，總督徐州事，以孟昶為長史，守京口，檀憑之為司馬。彭城人應募者，裕悉使郡主簿劉鍾統之。丁巳，裕帥二州之眾千七百人，軍於竹裏，移檄遠近，聲言益州刺史毛璩已定荊楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正於尋陽，鎮北參軍王元德等並帥部曲保據石頭，揚武將軍諸葛長尼已據曆陽。