玄使武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭帥數千人就何澹之等共守湓口。何無忌、劉道規至桑落洲，庚戌，澹之等引舟師逆戰。澹之常所乘舫羽儀旗幟甚盛，無忌曰：“賊帥必不居此，欲詐我耳，宜亟攻之。”眾曰：“澹之不在其中，得之無益。”無忌曰：“今眾寡不敵，戰無全勝，澹之既不居此舫，戰士必弱，我以勁兵攻之，必得之；得之，則彼勢沮而我氣倍，因而薄之，破賊必矣。”道規曰：“善！”遂往攻而得之，因傳唿曰：“已得何澹之矣”。澹之軍中驚擾。無忌之眾亦以為然，乘勝進攻澹之等，大破之。無忌等克湓口，進據尋陽，遣使奉送宗廟主祏還京師。加劉裕都督江州諸軍事。
桑落之戰，胡藩所乘艦為官軍所燒，藩全鎧入水，潛行三十許步，乃得登岸。時江陵路已絕，乃還豫章。劉裕素聞藩為人忠直，引參領軍軍事。
桓玄收集荊州兵，曾未三旬，有眾二萬，樓船、器械甚盛。甲寅，玄複帥諸軍挾帝東下，以苻宏領梁州刺史，為前鋒；又使散騎常侍徐放先行，說劉裕等曰：“若能旋軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。”
劉裕以諸葛長民都督淮北諸軍事，鎮山陽；以劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗社侖從弟悅代大那謀殺社侖，不克，奔魏。
燕王熙於友騰苑起逍遙宮，連房數百，鑿曲光海，盛夏，士卒不得休息，□曷死者大半。
西涼世子譚卒。
劉毅、何無忌、劉道規、下邳太守平昌孟懷玉帥眾自尋陽西上，五月，癸酉，與桓玄遇於崢嶸洲。毅等兵不滿萬人，而玄戰士數萬，眾憚之，欲退還尋陽。道規曰：“不可！彼眾我寡，強弱異勢，今若畏懦不進，必為所乘，雖至尋陽，豈能自固！玄雖竊名雄豪，內實恇怯；加之已經奔敗，眾無固心。決機兩陣，將雄者克，不在眾也。”因麾眾先進。毅等從之。玄常漾舸於舫側以備敗走，由是眾莫有鬥心。毅等乘風縱火，盡銳爭先，玄眾大潰，燒輜重夜遁。郭銓詣毅降。玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人襲破尋陽城。毅遣建威將軍劉懷隸討平之。懷肅，懷敬之弟也。
玄挾帝單舸西走，留永安何皇後及王皇後於巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散卒，因叛玄，奉二後奔夏口，遂還建康。
己卯，玄與帝入江陵。馮該勸使更下戰，玄不從，欲奔漢中就桓希，而人情乖沮，號令不行。庚辰，夜中，處分欲發，城內已亂，乃與親近腹心百餘人乘馬出城西走。至城門，左右於暗中斫玄，不中，其徒更相殺害，前後交橫。玄僅得至船，左右分散，惟卞範之在側。
辛巳，荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之帥文武為侍衛。
玄將之漢中，屯騎校尉毛修之，璩之弟子也，誘玄入蜀，玄從之。寧州刺史毛璠，璩之弟也，卒於官。璩使其兄孫祐之及參軍費恬帥數百人，送璠喪歸江陵，壬午，遇玄於枚迴洲。祐之、恬迎擊玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身蔽玄，皆死。益州督護漢嘉馮遷抽刀，前欲擊玄，玄拔頭上玉導與之，曰：“汝何人，敢殺天子！”遷曰：“我殺天子之賊耳！”遂斬之，又斬桓石康、桓浚、庾□責之，執桓昻送江陵，斬於市。乘輿返正於江陵，以毛修之為驍騎將軍。甲申，大赦，諸以畏逼從逆者一無所問。戊寅，奉神主於太廟。劉毅等傳送玄首，梟於大桁。
毅等既戰勝，以為大事已定，不急追躡，又遇風，船未能進，玄死幾一旬，諸軍猶未至。時桓謙匿於沮中，揚武將軍醒振匿於華容浦，玄故將王稚徽戍巴陵，遣人報振雲“桓歆已克京邑，馮稚複克尋陽，劉毅諸軍並中路敗退。”振大喜，聚黨得二百人，襲江陵，桓謙亦聚眾應之。閏月，己醜，複陷江陵，殺王康產、王騰之。振見帝於行宮，躍馬奮戈，直至階下，問桓昻所在。聞其已死，瞋目謂帝曰：“臣門戶何負國家，而屠滅若是！”“琅邪王德文下床謂曰：此豈我兄弟意邪！振欲殺帝，謙苦禁之，乃下馬，斂容致拜而出。壬辰，振為玄舉哀，立喪庭，諡曰武悼皇帝。”
癸巳，謙等帥群臣奉璽綬於帝曰：“主上法堯禪舜，今楚祚不終，百姓之心複歸於晉矣。”以琅邪王德文領徐州刺史，振為都督八州諸軍事、荊州刺史，謙複為侍中、衛將軍，加江、豫二州刺史，帝侍禦左右，皆振心腹也。
振少薄行，玄不以子妷齒之。至是，歎曰：“公昔不早用我，遂致此敗。若使公在，我為前鋒，天下不足定也。今獨作此，安歸乎？”遂縱意酒色，肆行誅殺。謙勸振引兵下戰，己守江陵，振素輕謙，不從其言。
劉毅至巴陵，誅王稚徽。何無忌、劉道規進攻桓謙於馬頭，桓蔚於龍泉，皆破之。蔚，秘之子也。
無忌欲乘勝直趣江陵，道規曰：“兵法屈申有時，不可苟進。諸桓世居西楚，群下皆為竭力；振勇冠三軍，難與爭鋒。且可息兵養銳，徐以計策縻之，不憂不克。”無忌不從。振逆戰於靈溪，馮該以兵會之，無忌等大敗，死者千餘人。退還尋陽，與劉毅等上箋請罪。劉容以毅節度諸軍，免其青州刺史。桓振以桓蔚為雍州刺史，鎮襄陽。
柳約之、羅述、甄季之聞桓玄死，自白帝進軍，至枝江，聞何無忌等敗於靈溪，亦引兵退，俄而述、季之皆病，約之詣桓振偽降，欲謀襲振，事泄，振殺之。約之司馬時延祖、涪陵太守文處茂收其餘眾，保涪陵。
六月，毛璩遣將攻漢中，斬桓希，璩自領梁州。
秋，七月，戊申，永安皇後何氏崩。
燕苻昭儀有疾，龍城人王榮自言能療之。昭儀卒，燕王熙立榮於公車門，支解而焚之。
八月，癸酉，葬穆章皇後於永平陵。
魏置六謁官，準古六卿。
九月，刁騁謀反，伏誅，刁氏遂亡。刁氏素富，奴客縱橫，專固山澤，為京口之患。劉裕散其資蓄，令民稱力而取之，彌日不盡。時州郡饑弊，民賴之以濟。
乞伏乾歸及楊盛戰於竹嶺，為盛所敗。
西涼公暠立子歆為世子。
魏主珪臨昭陽殿改補百官，引朝臣文武，親加銓擇，隨才授任。列爵四等：王封大郡，公封小郡，侯封大縣，伯封小縣。其品第一至第四，舊臣有功無爵者追封之，宗室疏遠及異姓襲封者降爵有差。又置散官五等，其品第五至第九；文官造士才能秀異、武官堪為將帥者，其品亦比第五至第九；百官有闕，則取於其中以補之。其官名多不用漢、魏之舊，仿上古龍官、鳥官，謂諸曹之使為鳧鴨，取其飛之迅疾也；謂候官伺察者為白鷺，取其延頸遠望也；餘皆類此。
盧循寇南海，攻番禺。廣州刺史濮陽吳隱之拒守百餘日。冬，十月，壬戌，循夜襲城而陷之，燒府舍、民室俱盡，執吳隱之。循自稱平南將軍，攝廣州事。聚燒骨為共塚，葬於洲上，得髑髏三萬餘枚。又使徐道覆攻始興，執始興相阮腆之。
劉容領青州刺史。劉敬宣在尋陽，聚糧繕船，未嚐無備，故何無忌等雖敗退，賴以複振。桓玄兄子亮自稱江州刺史，寇豫章，敬宣擊破之。
劉毅、何無忌、劉道規複自尋陽西上，至夏口。桓振遣鎮東將軍馮該守東岸，揚武將軍孟山圖據魯山城，輔國將軍桓仙客守偃月壘，眾合萬人，水陸相援。毅攻魯山城，道規攻偃月壘，無忌遏中流，自辰至午，二城俱潰，生禽山圖、仙客，該走石城。
辛巳，魏大赦，改元天賜。築西宮。十一月，魏主珪如西宮，命宗室置宗師，八國置大師、小師，州郡亦各置師，以辨宗黨，舉才行，如魏、晉中正之職。
燕王熙與苻後遊畋，北登白鹿山，東逾青嶺，南臨滄海而還，士卒為虎狼所殺及凍死者五千餘人。
十二月，劉毅等進克巴陵。毅號令嚴整，所過百姓安悅。劉裕複以毅為兗州刺史。桓振以桓放之為益州刺史，屯西陵；文處茂擊破之，放之走還江陵。
高句麗侵燕。
戊辰，魏主珪如豺山宮。
是歲，晉民避亂，繈負之淮北者道路相屬。
桑落之戰，胡藩所乘艦為官軍所燒，藩全鎧入水，潛行三十許步，乃得登岸。時江陵路已絕，乃還豫章。劉裕素聞藩為人忠直，引參領軍軍事。
桓玄收集荊州兵，曾未三旬，有眾二萬，樓船、器械甚盛。甲寅，玄複帥諸軍挾帝東下，以苻宏領梁州刺史，為前鋒；又使散騎常侍徐放先行，說劉裕等曰：“若能旋軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。”
劉裕以諸葛長民都督淮北諸軍事，鎮山陽；以劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗社侖從弟悅代大那謀殺社侖，不克，奔魏。
燕王熙於友騰苑起逍遙宮，連房數百，鑿曲光海，盛夏，士卒不得休息，□曷死者大半。
西涼世子譚卒。
劉毅、何無忌、劉道規、下邳太守平昌孟懷玉帥眾自尋陽西上，五月，癸酉，與桓玄遇於崢嶸洲。毅等兵不滿萬人，而玄戰士數萬，眾憚之，欲退還尋陽。道規曰：“不可！彼眾我寡，強弱異勢，今若畏懦不進，必為所乘，雖至尋陽，豈能自固！玄雖竊名雄豪，內實恇怯；加之已經奔敗，眾無固心。決機兩陣，將雄者克，不在眾也。”因麾眾先進。毅等從之。玄常漾舸於舫側以備敗走，由是眾莫有鬥心。毅等乘風縱火，盡銳爭先，玄眾大潰，燒輜重夜遁。郭銓詣毅降。玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人襲破尋陽城。毅遣建威將軍劉懷隸討平之。懷肅，懷敬之弟也。
玄挾帝單舸西走，留永安何皇後及王皇後於巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散卒，因叛玄，奉二後奔夏口，遂還建康。
己卯，玄與帝入江陵。馮該勸使更下戰，玄不從，欲奔漢中就桓希，而人情乖沮，號令不行。庚辰，夜中，處分欲發，城內已亂，乃與親近腹心百餘人乘馬出城西走。至城門，左右於暗中斫玄，不中，其徒更相殺害，前後交橫。玄僅得至船，左右分散，惟卞範之在側。
辛巳，荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之帥文武為侍衛。
玄將之漢中，屯騎校尉毛修之，璩之弟子也，誘玄入蜀，玄從之。寧州刺史毛璠，璩之弟也，卒於官。璩使其兄孫祐之及參軍費恬帥數百人，送璠喪歸江陵，壬午，遇玄於枚迴洲。祐之、恬迎擊玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身蔽玄，皆死。益州督護漢嘉馮遷抽刀，前欲擊玄，玄拔頭上玉導與之，曰：“汝何人，敢殺天子！”遷曰：“我殺天子之賊耳！”遂斬之，又斬桓石康、桓浚、庾□責之，執桓昻送江陵，斬於市。乘輿返正於江陵，以毛修之為驍騎將軍。甲申，大赦，諸以畏逼從逆者一無所問。戊寅，奉神主於太廟。劉毅等傳送玄首，梟於大桁。
毅等既戰勝，以為大事已定，不急追躡，又遇風，船未能進，玄死幾一旬，諸軍猶未至。時桓謙匿於沮中，揚武將軍醒振匿於華容浦，玄故將王稚徽戍巴陵，遣人報振雲“桓歆已克京邑，馮稚複克尋陽，劉毅諸軍並中路敗退。”振大喜，聚黨得二百人，襲江陵，桓謙亦聚眾應之。閏月，己醜，複陷江陵，殺王康產、王騰之。振見帝於行宮，躍馬奮戈，直至階下，問桓昻所在。聞其已死，瞋目謂帝曰：“臣門戶何負國家，而屠滅若是！”“琅邪王德文下床謂曰：此豈我兄弟意邪！振欲殺帝，謙苦禁之，乃下馬，斂容致拜而出。壬辰，振為玄舉哀，立喪庭，諡曰武悼皇帝。”
癸巳，謙等帥群臣奉璽綬於帝曰：“主上法堯禪舜，今楚祚不終，百姓之心複歸於晉矣。”以琅邪王德文領徐州刺史，振為都督八州諸軍事、荊州刺史，謙複為侍中、衛將軍，加江、豫二州刺史，帝侍禦左右，皆振心腹也。
振少薄行，玄不以子妷齒之。至是，歎曰：“公昔不早用我，遂致此敗。若使公在，我為前鋒，天下不足定也。今獨作此，安歸乎？”遂縱意酒色，肆行誅殺。謙勸振引兵下戰，己守江陵，振素輕謙，不從其言。
劉毅至巴陵，誅王稚徽。何無忌、劉道規進攻桓謙於馬頭，桓蔚於龍泉，皆破之。蔚，秘之子也。
無忌欲乘勝直趣江陵，道規曰：“兵法屈申有時，不可苟進。諸桓世居西楚，群下皆為竭力；振勇冠三軍，難與爭鋒。且可息兵養銳，徐以計策縻之，不憂不克。”無忌不從。振逆戰於靈溪，馮該以兵會之，無忌等大敗，死者千餘人。退還尋陽，與劉毅等上箋請罪。劉容以毅節度諸軍，免其青州刺史。桓振以桓蔚為雍州刺史，鎮襄陽。
柳約之、羅述、甄季之聞桓玄死，自白帝進軍，至枝江，聞何無忌等敗於靈溪，亦引兵退，俄而述、季之皆病，約之詣桓振偽降，欲謀襲振，事泄，振殺之。約之司馬時延祖、涪陵太守文處茂收其餘眾，保涪陵。
六月，毛璩遣將攻漢中，斬桓希，璩自領梁州。
秋，七月，戊申，永安皇後何氏崩。
燕苻昭儀有疾，龍城人王榮自言能療之。昭儀卒，燕王熙立榮於公車門，支解而焚之。
八月，癸酉，葬穆章皇後於永平陵。
魏置六謁官，準古六卿。
九月，刁騁謀反，伏誅，刁氏遂亡。刁氏素富，奴客縱橫，專固山澤，為京口之患。劉裕散其資蓄，令民稱力而取之，彌日不盡。時州郡饑弊，民賴之以濟。
乞伏乾歸及楊盛戰於竹嶺，為盛所敗。
西涼公暠立子歆為世子。
魏主珪臨昭陽殿改補百官，引朝臣文武，親加銓擇，隨才授任。列爵四等：王封大郡，公封小郡，侯封大縣，伯封小縣。其品第一至第四，舊臣有功無爵者追封之，宗室疏遠及異姓襲封者降爵有差。又置散官五等，其品第五至第九；文官造士才能秀異、武官堪為將帥者，其品亦比第五至第九；百官有闕，則取於其中以補之。其官名多不用漢、魏之舊，仿上古龍官、鳥官，謂諸曹之使為鳧鴨，取其飛之迅疾也；謂候官伺察者為白鷺，取其延頸遠望也；餘皆類此。
盧循寇南海，攻番禺。廣州刺史濮陽吳隱之拒守百餘日。冬，十月，壬戌，循夜襲城而陷之，燒府舍、民室俱盡，執吳隱之。循自稱平南將軍，攝廣州事。聚燒骨為共塚，葬於洲上，得髑髏三萬餘枚。又使徐道覆攻始興，執始興相阮腆之。
劉容領青州刺史。劉敬宣在尋陽，聚糧繕船，未嚐無備，故何無忌等雖敗退，賴以複振。桓玄兄子亮自稱江州刺史，寇豫章，敬宣擊破之。
劉毅、何無忌、劉道規複自尋陽西上，至夏口。桓振遣鎮東將軍馮該守東岸，揚武將軍孟山圖據魯山城，輔國將軍桓仙客守偃月壘，眾合萬人，水陸相援。毅攻魯山城，道規攻偃月壘，無忌遏中流，自辰至午，二城俱潰，生禽山圖、仙客，該走石城。
辛巳，魏大赦，改元天賜。築西宮。十一月，魏主珪如西宮，命宗室置宗師，八國置大師、小師，州郡亦各置師，以辨宗黨，舉才行，如魏、晉中正之職。
燕王熙與苻後遊畋，北登白鹿山，東逾青嶺，南臨滄海而還，士卒為虎狼所殺及凍死者五千餘人。
十二月，劉毅等進克巴陵。毅號令嚴整，所過百姓安悅。劉裕複以毅為兗州刺史。桓振以桓放之為益州刺史，屯西陵；文處茂擊破之，放之走還江陵。
高句麗侵燕。
戊辰，魏主珪如豺山宮。
是歲，晉民避亂，繈負之淮北者道路相屬。