元顯將發，聞玄已至新亭，棄船，退屯國子學。辛未，陳於宣陽門外。軍中相驚，言玄已至南桁，元顯引兵欲還宮。玄遣人拔刀隨後大唿曰：“放仗！”軍人皆崩潰，元顯乘馬走入東府，唯張法順一騎隨之。元顯問計於道子，道子但對之涕泣。玄遣太傅從事中郎毛泰收元顯送新亭，縛於舫前而數之。元顯曰：“為王誕、張法順所誤耳。”
壬申，複隆安年號，帝遣侍中勞玄於安樂渚。玄入京師，稱詔解嚴，以玄總百揆、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧、領徐、荊、江三州刺史，假黃鉞。玄以桓偉為荊州刺史，桓謙為尚書左仆射，桓修為徐、兗二州刺史，桓石生為江州刺史，卞範之為丹陽尹。
初，玄之舉兵，侍中王謐奉詔詣玄，玄親禮之。及玄輔政，以謐為中書令。謐，導之孫也。新安太守殷仲文，覬之弟也，玄姊為仲文妻。仲文聞玄克京師，棄郡投玄，玄以為諮議參軍。劉邁往見玄，玄曰：“汝不畏死，而敢來邪？”邁曰：“射鉤斬祛，並邁為三。”玄悅，以為參軍。
癸酉，有司奏會稽王道子酣縱不孝，當棄市，詔徙安成郡；斬元顯及東海王彥璋、譙王尚之、庾楷、張法順、毛泰等於建康市。桓修為王誕固請，得流嶺南。
玄以劉牢之為會稽內史。牢之曰：“始爾，便奪我兵，禍其至矣！”劉敬宣請歸諭牢之，使受命，玄遣之。敬宣勸牢之襲玄，牢之猶豫不決，移屯班瀆，私告劉裕曰：“今當北就高雅之於廣陵，舉兵以匡社稷，卿能從我去乎？”裕曰：“將軍以勁卒數萬，望風降服，彼新得誌，威震天下，朝野人情皆已去矣，廣陵豈可得至邪！裕當反服還京口耳。”何無忌謂裕曰：“我將何之？”裕曰：“吾觀鎮北必不免，卿可隨我還京口。桓玄若守臣節，當與卿事之；不然，當與卿圖之。”
於是牢之大集僚佐，議據江北以討玄。參軍劉襲曰：“事之不可者莫大於反。將軍往年反王兗州，近日反司馬郎君，今複反桓公；一人三反，何以自立！”語畢，趨出，佐吏多散走。牢之懼，使敬宣之京口迎家；失期不至，牢之以為事已泄，為玄所殺，乃帥部曲北走，至新洲，縊而死。敬宣至，不暇哭，即渡江奔廣陵。將吏共殯斂牢之，以其喪歸丹徒。玄令斫棺斬首，暴屍於市。
大赦，改元大亨。
桓玄讓丞相荊、江、徐三州，改授太尉、都督中外諸軍事、揚州牧、領豫州刺史，總百揆；以琅邪王德文為太宰。
司馬休之、劉敬宣、高雅之俱奔洛陽，各以子弟為質於秦以求救。秦王興與之符信，使於關東募兵，得數千人，複還屯彭城間。
孫恩寇臨海，臨海太守辛景擊破之，恩所虜三吳男女，死亡殆盡。恩恐為官軍所獲，乃赴海死，其黨及妓妾從死者以百數，謂之“水仙”。餘眾數千人複推恩妹夫盧循為主。循，諶之曾孫也，神采清秀，雅有材藝。少時，沙門惠遠嚐謂之曰：“君雖體涉風素，而誌存不軌，如何？”太尉玄欲撫安東土，乃以循為永嘉太守。循雖受命，而寇暴不已。甲戌，燕大赦。
河西王禿發利鹿孤寢疾，遣令以國事授弟傉檀。初，禿發思複韐愛重傉檀，謂諸子曰：“傉檀器識，非汝曹所及也。”故諸兄不以傳子而傳於弟。利鹿孤在位，垂拱而已，軍國大事皆委於傉檀。利鹿孤卒，傉檀襲位，更稱涼王，改元弘昌，遷於樂都，諡利鹿孤曰康王。
夏，四月，太尉玄出屯姑孰，辭錄尚書事，詔許之，而大政皆就諮焉，小事則決於尚書令桓謙及卞範之。
自隆安以來，中外之人厭於禍亂。及玄初至，黜奸佞，擢俊賢，京師欣然，冀得少安。既而玄奢豪縱逸，政令無常，朋黨互起，陵侮朝廷，裁損乘輿供奉之具，帝幾不免饑寒，由是眾心失望。三吳大饑，戶口減半，會稽減什三、四，臨海、永嘉殆盡，富室皆衣羅紈，懷金玉，閉門相守餓死。
乞伏熾磐自西平逃歸苑川，南涼王傉檀歸其妻子。乞伏乾歸使熾磐入朝於秦，秦主興以熾磐為興晉太守。
五月，盧循自臨海入東陽，太尉玄遣撫軍中兵參軍劉裕將兵擊之，循敗，走永嘉。
高句麗攻宿軍，燕平州刺史慕容歸棄城走。
秦主興大發諸軍，遣義陽公平、尚書右仆射狄伯支等將步騎四萬伐魏，興自將大軍繼之，以尚書令姚晃輔太子泓守長安，沒弈幹權鎮上邽，廣陵公欽權鎮洛陽。平攻魏乾壁六十餘日，拔之。秋，七月，魏主珪遣毗陵王順及豫州刺史長孫肥將六萬騎為前鋒，自將大軍繼發以擊之。
八月，太尉玄諷朝廷以玄平元顯功封豫章公，平殷、楊功封桂陽公，並本封南郡如故。玄以豫章封其子昻，桂陽封其兄子俊。
魏主珪至永安，秦義陽公平遣驍將帥精騎二百覘魏軍，長孫肥逆擊，盡禽之。平退走，珪追之，乙巳，及於柴壁。平嬰地固守，魏軍圍之。秦王興將兵四萬七千救之，將據天渡運糧以饋平。魏博士李先曰：“兵法：高者為敵所棲，深者為敵所囚。今秦皆犯之，宜及興未至，遣奇兵先據天渡，柴壁可不戰而取也。”珪命增築重圍，內以防平之出，外以拒興之入。廣武將軍安同曰：“汾東有蒙坑，東西三百餘裏，蹊徑不通。興來，必從汾西直臨柴壁；如此，虜聲勢相接，重圍雖固，不能製也。不如為浮梁，渡汾西，築圍以拒之。虜至，無所施其智力矣。”珪從之。興至蒲阪，憚魏之強，久乃進兵。甲子，珪帥步騎三萬逆擊興於蒙坑之南，斬首千餘級，興退走四十餘裏，平亦不敢出。珪乃分兵四據險要，使秦兵不得近柴壁。興屯汾西，賃壑為壘，束柏村從汾上流縱之，欲以毀浮梁，魏人皆鉤取以為薪蒸。
冬，十月，平糧竭矢盡，夜，悉眾突西南圍求出；興列兵汾西，舉烽鼓噪為應。興欲平力戰突免，平望興攻圍引接，但叫唿相和，莫敢逼圍。平不得出，計窮，乃帥麾下赴水死，諸將多從平赴水；珪使善遊者鉤捕之，無得免者。執狄伯支及越騎校尉唐小方等四十餘人，餘眾二萬餘人皆斂手就禽。興坐視其窮，力不能救。舉軍慟哭，聲震山穀。數遣使求和於魏，珪不許，乘勝進攻蒲阪，秦晉公緒固守不戰。會柔然謀伐魏，珪聞之，戊申，引兵還。
或告太史令晁崇及弟黃門侍郎懿潛召秦兵，珪至惡陽，賜崇、懿死。
秦徙河西豪右萬餘戶於長安。
太尉玄殺吳興太守高素、將軍竺謙之及謙從兄朗之、劉襲並襲弟季武，皆劉牢之北府舊將也。襲兄冀州刺史軌邀司馬休之、劉敬宣、高雅之等共據山陽，欲起兵攻玄，不克而走，將軍袁虔之、劉壽、高長慶、郭恭等皆往從之。將奔魏，至陳留南，分為二輩：軌、休之、敬宣奔南燕；虔之、壽、長慶、恭奔秦。
魏主珪初聞休之等當來，大喜。後怪其不至，令兗州求訪，獲，其從者，問其故，皆曰：“魏朝威聲遠被，是以休之等鹹欲歸附；既而聞崔逞被殺，故奔二國。”珪深悔之。自是士人有過，頗見優容。
南涼王傉檀攻呂隆於姑臧。
燕王熙納故中山尹苻謨二女，長曰娀娥，為貴人，幼曰訓英，為貴嬪，貴嬪尤有寵。丁太後怨恚，與兄子尚書信謀廢熙立章武公淵。事覺，熙逼丁太後自殺，葬以後禮，諡曰獻幽皇後。十一月，戊辰，殺淵及信。
辛未，熙畋於北原，石城令高和與尚方兵於後作亂，殺司隸校尉張顯，入掠宮殿，取庫兵，脅營署，閉門乘城。熙馳還，城上人皆投仗開門；盡誅反者，唯和走免。甲戌，大赦。
魏以庾嶽為司空。
十二月，辛亥，魏主珪還雲中。
柔然可汗社侖聞珪伐秦，自參合陂侵魏，至豺山，及善無北澤，魏常山王遵以萬騎追之，不及而還。
太尉玄使禦史杜林防衛會稽文孝王道子至安成，林承玄旨，鴆道子，殺之。
沮渠蒙遜所署西郡太守梁中庸叛，奔西涼。蒙遜聞之，笑曰：“吾待中庸，恩如骨肉，而中庸不我信，但自負耳，孤豈在此一人邪！”乃盡歸其孥。西涼公暠問中庸曰：“我何如索嗣？”中庸曰：“未可量也。”暠曰：“嗣才度若敵我者，我何能於千裏之外以長繩絞其頸邪？”中庸曰：“智有短長，命有成敗。殿下之與索嗣，得失之理，臣實未之能詳。若以身死為負，計行為勝，則公孫瓚豈賢於劉虞邪？”暠默然。
袁虔之等至長安，秦王興問曰：“桓玄才略何如其父？卒能成功乎？”虔之曰：“玄乘晉室衰亂，盜據宰衡，猜忌安忍，刑賞不公。以臣觀之，不如其父遠矣。玄今已執大柄，其勢必將篡逆，正可為他人驅除耳。”興善之，以虔之為廣州刺史。
是歲，秦王興立昭儀張氏為皇後，封子懿、弼、洸、宣、諶、愔、璞、質、逵、裕、國兒皆為公，遣使拜禿發傉檀為車騎將軍、廣武公，沮渠蒙遜為鎮西將軍、沙州刺史、西海侯，李暠為安西將軍、高昌候。
秦鎮遠將軍趙曜帥二萬西屯金城，建節將軍王鬆匆帥騎助呂隆守姑臧。鬆匆至魏安，傉檀弟文真擊而虜之。傉檀大怒，送鬆匆還長安，深自陳謝。
壬申，複隆安年號，帝遣侍中勞玄於安樂渚。玄入京師，稱詔解嚴，以玄總百揆、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧、領徐、荊、江三州刺史，假黃鉞。玄以桓偉為荊州刺史，桓謙為尚書左仆射，桓修為徐、兗二州刺史，桓石生為江州刺史，卞範之為丹陽尹。
初，玄之舉兵，侍中王謐奉詔詣玄，玄親禮之。及玄輔政，以謐為中書令。謐，導之孫也。新安太守殷仲文，覬之弟也，玄姊為仲文妻。仲文聞玄克京師，棄郡投玄，玄以為諮議參軍。劉邁往見玄，玄曰：“汝不畏死，而敢來邪？”邁曰：“射鉤斬祛，並邁為三。”玄悅，以為參軍。
癸酉，有司奏會稽王道子酣縱不孝，當棄市，詔徙安成郡；斬元顯及東海王彥璋、譙王尚之、庾楷、張法順、毛泰等於建康市。桓修為王誕固請，得流嶺南。
玄以劉牢之為會稽內史。牢之曰：“始爾，便奪我兵，禍其至矣！”劉敬宣請歸諭牢之，使受命，玄遣之。敬宣勸牢之襲玄，牢之猶豫不決，移屯班瀆，私告劉裕曰：“今當北就高雅之於廣陵，舉兵以匡社稷，卿能從我去乎？”裕曰：“將軍以勁卒數萬，望風降服，彼新得誌，威震天下，朝野人情皆已去矣，廣陵豈可得至邪！裕當反服還京口耳。”何無忌謂裕曰：“我將何之？”裕曰：“吾觀鎮北必不免，卿可隨我還京口。桓玄若守臣節，當與卿事之；不然，當與卿圖之。”
於是牢之大集僚佐，議據江北以討玄。參軍劉襲曰：“事之不可者莫大於反。將軍往年反王兗州，近日反司馬郎君，今複反桓公；一人三反，何以自立！”語畢，趨出，佐吏多散走。牢之懼，使敬宣之京口迎家；失期不至，牢之以為事已泄，為玄所殺，乃帥部曲北走，至新洲，縊而死。敬宣至，不暇哭，即渡江奔廣陵。將吏共殯斂牢之，以其喪歸丹徒。玄令斫棺斬首，暴屍於市。
大赦，改元大亨。
桓玄讓丞相荊、江、徐三州，改授太尉、都督中外諸軍事、揚州牧、領豫州刺史，總百揆；以琅邪王德文為太宰。
司馬休之、劉敬宣、高雅之俱奔洛陽，各以子弟為質於秦以求救。秦王興與之符信，使於關東募兵，得數千人，複還屯彭城間。
孫恩寇臨海，臨海太守辛景擊破之，恩所虜三吳男女，死亡殆盡。恩恐為官軍所獲，乃赴海死，其黨及妓妾從死者以百數，謂之“水仙”。餘眾數千人複推恩妹夫盧循為主。循，諶之曾孫也，神采清秀，雅有材藝。少時，沙門惠遠嚐謂之曰：“君雖體涉風素，而誌存不軌，如何？”太尉玄欲撫安東土，乃以循為永嘉太守。循雖受命，而寇暴不已。甲戌，燕大赦。
河西王禿發利鹿孤寢疾，遣令以國事授弟傉檀。初，禿發思複韐愛重傉檀，謂諸子曰：“傉檀器識，非汝曹所及也。”故諸兄不以傳子而傳於弟。利鹿孤在位，垂拱而已，軍國大事皆委於傉檀。利鹿孤卒，傉檀襲位，更稱涼王，改元弘昌，遷於樂都，諡利鹿孤曰康王。
夏，四月，太尉玄出屯姑孰，辭錄尚書事，詔許之，而大政皆就諮焉，小事則決於尚書令桓謙及卞範之。
自隆安以來，中外之人厭於禍亂。及玄初至，黜奸佞，擢俊賢，京師欣然，冀得少安。既而玄奢豪縱逸，政令無常，朋黨互起，陵侮朝廷，裁損乘輿供奉之具，帝幾不免饑寒，由是眾心失望。三吳大饑，戶口減半，會稽減什三、四，臨海、永嘉殆盡，富室皆衣羅紈，懷金玉，閉門相守餓死。
乞伏熾磐自西平逃歸苑川，南涼王傉檀歸其妻子。乞伏乾歸使熾磐入朝於秦，秦主興以熾磐為興晉太守。
五月，盧循自臨海入東陽，太尉玄遣撫軍中兵參軍劉裕將兵擊之，循敗，走永嘉。
高句麗攻宿軍，燕平州刺史慕容歸棄城走。
秦主興大發諸軍，遣義陽公平、尚書右仆射狄伯支等將步騎四萬伐魏，興自將大軍繼之，以尚書令姚晃輔太子泓守長安，沒弈幹權鎮上邽，廣陵公欽權鎮洛陽。平攻魏乾壁六十餘日，拔之。秋，七月，魏主珪遣毗陵王順及豫州刺史長孫肥將六萬騎為前鋒，自將大軍繼發以擊之。
八月，太尉玄諷朝廷以玄平元顯功封豫章公，平殷、楊功封桂陽公，並本封南郡如故。玄以豫章封其子昻，桂陽封其兄子俊。
魏主珪至永安，秦義陽公平遣驍將帥精騎二百覘魏軍，長孫肥逆擊，盡禽之。平退走，珪追之，乙巳，及於柴壁。平嬰地固守，魏軍圍之。秦王興將兵四萬七千救之，將據天渡運糧以饋平。魏博士李先曰：“兵法：高者為敵所棲，深者為敵所囚。今秦皆犯之，宜及興未至，遣奇兵先據天渡，柴壁可不戰而取也。”珪命增築重圍，內以防平之出，外以拒興之入。廣武將軍安同曰：“汾東有蒙坑，東西三百餘裏，蹊徑不通。興來，必從汾西直臨柴壁；如此，虜聲勢相接，重圍雖固，不能製也。不如為浮梁，渡汾西，築圍以拒之。虜至，無所施其智力矣。”珪從之。興至蒲阪，憚魏之強，久乃進兵。甲子，珪帥步騎三萬逆擊興於蒙坑之南，斬首千餘級，興退走四十餘裏，平亦不敢出。珪乃分兵四據險要，使秦兵不得近柴壁。興屯汾西，賃壑為壘，束柏村從汾上流縱之，欲以毀浮梁，魏人皆鉤取以為薪蒸。
冬，十月，平糧竭矢盡，夜，悉眾突西南圍求出；興列兵汾西，舉烽鼓噪為應。興欲平力戰突免，平望興攻圍引接，但叫唿相和，莫敢逼圍。平不得出，計窮，乃帥麾下赴水死，諸將多從平赴水；珪使善遊者鉤捕之，無得免者。執狄伯支及越騎校尉唐小方等四十餘人，餘眾二萬餘人皆斂手就禽。興坐視其窮，力不能救。舉軍慟哭，聲震山穀。數遣使求和於魏，珪不許，乘勝進攻蒲阪，秦晉公緒固守不戰。會柔然謀伐魏，珪聞之，戊申，引兵還。
或告太史令晁崇及弟黃門侍郎懿潛召秦兵，珪至惡陽，賜崇、懿死。
秦徙河西豪右萬餘戶於長安。
太尉玄殺吳興太守高素、將軍竺謙之及謙從兄朗之、劉襲並襲弟季武，皆劉牢之北府舊將也。襲兄冀州刺史軌邀司馬休之、劉敬宣、高雅之等共據山陽，欲起兵攻玄，不克而走，將軍袁虔之、劉壽、高長慶、郭恭等皆往從之。將奔魏，至陳留南，分為二輩：軌、休之、敬宣奔南燕；虔之、壽、長慶、恭奔秦。
魏主珪初聞休之等當來，大喜。後怪其不至，令兗州求訪，獲，其從者，問其故，皆曰：“魏朝威聲遠被，是以休之等鹹欲歸附；既而聞崔逞被殺，故奔二國。”珪深悔之。自是士人有過，頗見優容。
南涼王傉檀攻呂隆於姑臧。
燕王熙納故中山尹苻謨二女，長曰娀娥，為貴人，幼曰訓英，為貴嬪，貴嬪尤有寵。丁太後怨恚，與兄子尚書信謀廢熙立章武公淵。事覺，熙逼丁太後自殺，葬以後禮，諡曰獻幽皇後。十一月，戊辰，殺淵及信。
辛未，熙畋於北原，石城令高和與尚方兵於後作亂，殺司隸校尉張顯，入掠宮殿，取庫兵，脅營署，閉門乘城。熙馳還，城上人皆投仗開門；盡誅反者，唯和走免。甲戌，大赦。
魏以庾嶽為司空。
十二月，辛亥，魏主珪還雲中。
柔然可汗社侖聞珪伐秦，自參合陂侵魏，至豺山，及善無北澤，魏常山王遵以萬騎追之，不及而還。
太尉玄使禦史杜林防衛會稽文孝王道子至安成，林承玄旨，鴆道子，殺之。
沮渠蒙遜所署西郡太守梁中庸叛，奔西涼。蒙遜聞之，笑曰：“吾待中庸，恩如骨肉，而中庸不我信，但自負耳，孤豈在此一人邪！”乃盡歸其孥。西涼公暠問中庸曰：“我何如索嗣？”中庸曰：“未可量也。”暠曰：“嗣才度若敵我者，我何能於千裏之外以長繩絞其頸邪？”中庸曰：“智有短長，命有成敗。殿下之與索嗣，得失之理，臣實未之能詳。若以身死為負，計行為勝，則公孫瓚豈賢於劉虞邪？”暠默然。
袁虔之等至長安，秦王興問曰：“桓玄才略何如其父？卒能成功乎？”虔之曰：“玄乘晉室衰亂，盜據宰衡，猜忌安忍，刑賞不公。以臣觀之，不如其父遠矣。玄今已執大柄，其勢必將篡逆，正可為他人驅除耳。”興善之，以虔之為廣州刺史。
是歲，秦王興立昭儀張氏為皇後，封子懿、弼、洸、宣、諶、愔、璞、質、逵、裕、國兒皆為公，遣使拜禿發傉檀為車騎將軍、廣武公，沮渠蒙遜為鎮西將軍、沙州刺史、西海侯，李暠為安西將軍、高昌候。
秦鎮遠將軍趙曜帥二萬西屯金城，建節將軍王鬆匆帥騎助呂隆守姑臧。鬆匆至魏安，傉檀弟文真擊而虜之。傉檀大怒，送鬆匆還長安，深自陳謝。