建武八年壬辰，公元三二年春，來歙將二千餘人伐山開道，從番須、迴中徑襲略陽，斬隗囂守將金梁。囂大驚曰：“何其神也！”帝聞得略陽，甚喜，曰：“略陽，囂所依阻。心腹已壞，則製其支體易矣！”吳漢等諸將聞歙據略陽，爭馳赴之。上以為囂失所恃，亡其要城，勢必悉以精銳來攻；曠日久圍而城不拔，士卒頓敝，乃可乘危而進，皆追漢等還。隗囂果使王元拒隴坻，行巡守番須口，王孟塞雞頭道，牛邯軍瓦亭。囂自悉其大眾數萬人圍略陽，公孫述遣將李育、田弇助之，斬山築堤，激水灌城。來歙與將士固死堅守，矢盡，發屋斷木以為兵。囂盡銳攻之，累月不能下。
夏，閏四月，帝自將征隗囂，光祿勳汝南郭憲諫曰：“東方初定，車駕未可遠征。”乃當車拔佩刀以斷車靷。帝不從，西至漆。諸將多以王師之重，不宜遠入險阻，計豫未決；帝召馬援問之。援因說隗囂將帥有土崩之勢，兵進有必破之狀；又於帝前聚米為山穀，指畫形勢，開示眾軍所從道徑，往來分析，昭然可曉。帝曰：“虜在吾目中矣！”明旦，遂進軍，至高平第一。竇融率五郡太守及羌虜小月氏等步騎數萬，輜重五千餘兩，與大軍會。是時軍旅草創，諸將朝會禮容多不肅，融先遣從事問會見儀適。帝聞而善之，以宣告百僚，乃置酒高會，待融等以殊禮。遂共進軍，數道上隴。使王遵以書招牛邯，下之，拜邯太中大夫。於是囂大將十三人、屬縣十六、眾十餘萬皆降。囂將妻子奔西城，從楊廣，而田弇、李育保上邽。略陽圍解。帝勞賜來歙，班坐絕席，在諸將之右，賜歙妻縑千匹。進幸上邽，詔告隗囂曰：“若束手自詣，父子相見，保無佗也。若遂欲為黥布者，亦自任也。”囂終不降，於是誅其子恂。使吳漢、岑彭圍西城，耿弇、蓋延圍上邽。以四縣封竇融為安豐侯，弟友為顯親侯，及五郡太守皆封列侯，遣西還所鎮。融以久專方麵，懼不自安，數上書求代。詔報曰：“吾與將軍如左右手耳，數執謙退，何不曉人意！勉循士民，無擅離部曲！”潁川盜賊群起，寇沒屬縣，河東守兵亦叛，京師騷動。帝聞之曰：“吾悔不用郭子橫之言。”
秋，八月，帝自上邽晨夜東馳，賜岑彭等書曰：“兩城若下，便可將兵南擊蜀虜。人苦不知足，既平隴，複望蜀。每一發兵，頭須為白！”
九月，乙卯，車駕還宮。帝謂執金吾寇恂曰：“潁川迫近京師，當以時定。惟念獨卿能平之耳，從九卿複出以憂國可也！”對曰：“潁川聞陛下有事隴、蜀，故狂狡乘間相詿誤耳。如聞乘輿南向，賊必惶怖歸死，臣願執銳前驅。”帝從之。庚申，車駕南征，潁川盜賊悉降。寇恂竟不拜郡，百姓遮道曰：“願從陛下複借寇君一年。”乃留恂長社，鎮撫吏民，受納餘降。東郡、濟陰盜賊亦起，帝遣李通、王常擊之。以東光侯耿純嚐為東郡太守，威信著於衛地，遣使拜太中大夫，使與大兵會東郡。東郡聞純入界，盜賊九千餘人皆詣純降，大兵不戰而還；璽書複以純為東郡太守。戊寅，車駕還自潁川。
安丘侯張步將妻子逃奔臨淮，與弟弘、藍欲招其故眾，乘船入海。琅邪太守陳俊追討，斬之。
冬，十月，丙午，上行幸懷；十一月，乙醜，還雒陽。
楊廣死，隗囂窮困，其大將王捷別在戎丘，登城唿漢軍曰：“為隗王城守者，皆必死，無二心。願諸軍亟罷，請自殺以明之。”遂自刎死。
初，帝敕吳漢曰：“諸郡甲卒但坐費糧食，若有逃亡，則沮敗眾心，宜悉罷之。”漢等貪並力攻囂，遂不能遣，糧食日少，吏士疲役，逃亡者多。岑彭壅穀水灌西城，城未沒丈餘。會王元、行巡、周宗將蜀救兵五千餘人乘高卒至，鼓噪大唿曰：“百萬之眾方至！”漢軍大驚，未及成陳，元等決圍殊死戰，遂得入城，迎囂歸冀。吳漢軍食盡，乃燒輜重，引兵下隴，蓋延、耿弇亦相隨而退。囂出兵尾擊諸營，岑彭為後拒，諸將乃得全軍東歸；唯祭遵屯沠不退。吳漢等複屯長安，岑彭還津鄉。於是安定、北地、天水、隴西複反為囂。校尉太原溫序為囂將苟宇所獲，宇曉譬數四，欲降之。序大怒，叱宇等曰：“虜何敢迫脅漢將！”因以節楇殺數人。宇眾爭欲殺之，宇止之曰：“此義士，死節，可賜以劍。”序受劍，銜須於口，顧左右曰：“既為賊所殺，無令須汙土！”遂伏劍而死。從事王忠持其喪歸雒陽，詔賜以塚地，拜三子為郎。
十二月，高句麗王遣使朝貢，帝複其王號。
是歲，大水。
建武九年癸巳，公元三三年春，正月，潁陽成侯祭遵薨於軍“詔馮異並將其營。遵為人，廉約小心，克己奉公，賞賜盡與士卒；約束嚴整，所在吏民不知有軍。取士皆用儒術，對酒設樂，必雅歌投壺。臨終，遺戒薄葬；問以家事，終無所言。帝湣悼之尤甚，遵喪至河南，車駕素服臨之，望哭哀慟；還，幸城門，閱過喪車，涕泣不能已；喪禮成，複親祠以太牢。詔大長秋、謁者、河南尹護喪事，大司農給費。至葬，車駕複臨之；既葬，又臨其墳，存見夫人、室家。其後朝會，帝每歎曰：安得憂國奉公如祭征虜者乎！”衛尉銚期曰：陛下至仁，哀念祭遵不已，群臣各懷慚懼。帝乃止。
隗囂病且餓，餐糗糽，恚憤而卒。王元、周宗立囂少子純為王，總兵據冀。公孫述遣將趙匡、田弇助純。帝使馮異擊之。
公孫述遣其翼江王田戎、大司徒任滿、南郡太守程泛將數萬人下江關，擊破馮駿等軍，遂拔巫及夷道、夷陵，因據荊門、虎牙，橫江水起浮橋、關樓，立欑柱以絕水道，結營跨山以塞陸路，拒漢兵。
夏，六月，丙戌，帝幸緱氏，登辳轅。
吳漢率王常等四將軍兵五萬餘人擊盧芳將賈覽、閔堪於高柳；匈奴救之，漢軍不利。於是匈奴轉盛，鈔暴日增。詔朱祜屯常山，王常屯涿郡，破奸將軍侯進屯漁陽，以討虜將軍王霸為上穀太守，以備匈奴。
帝使來歙悉監護諸將屯長安，太中大夫馬援為之副。歙上書曰：“公孫述以隴西、天水為藩蔽，故得延命假息；今二郡平蕩，則述智計窮矣。宜益選兵馬，儲積資糧。今西州新破，兵人疲饉，若招以財穀，則其眾可集。臣知國家所給非一，用度不足，然有不得已也！”帝然之。於是詔於沠積穀六萬斛。秋，八月，來歙率馮異等五將軍討隗純於天水。
驃騎將軍杜茂與賈覽戰於繁畤，茂軍敗績。
諸羌自王莽末入居塞內，金城屬縣多為所有。隗囂不能討，因就慰納，發其眾與漢相拒。司徒掾班彪上言：“今涼州部皆有降羌，羌胡被發左衽，而與漢人雜處，習俗既異，言語不通，數為小吏黠人所見侵奪，窮恚無聊，故致反叛。夫蠻夷寇亂，皆為此也。舊製，益州部置蠻夷騎都尉，幽州部置領烏桓校尉，涼州部置護羌校尉，皆持節領護，治其怨結，歲時巡行，問所疾苦。又數遣使譯，通導動靜，使塞外羌夷為吏耳目，州郡因此可得警備。今宜複如舊，以明威防。”帝從之。以牛邯為護羌校尉。
夏，閏四月，帝自將征隗囂，光祿勳汝南郭憲諫曰：“東方初定，車駕未可遠征。”乃當車拔佩刀以斷車靷。帝不從，西至漆。諸將多以王師之重，不宜遠入險阻，計豫未決；帝召馬援問之。援因說隗囂將帥有土崩之勢，兵進有必破之狀；又於帝前聚米為山穀，指畫形勢，開示眾軍所從道徑，往來分析，昭然可曉。帝曰：“虜在吾目中矣！”明旦，遂進軍，至高平第一。竇融率五郡太守及羌虜小月氏等步騎數萬，輜重五千餘兩，與大軍會。是時軍旅草創，諸將朝會禮容多不肅，融先遣從事問會見儀適。帝聞而善之，以宣告百僚，乃置酒高會，待融等以殊禮。遂共進軍，數道上隴。使王遵以書招牛邯，下之，拜邯太中大夫。於是囂大將十三人、屬縣十六、眾十餘萬皆降。囂將妻子奔西城，從楊廣，而田弇、李育保上邽。略陽圍解。帝勞賜來歙，班坐絕席，在諸將之右，賜歙妻縑千匹。進幸上邽，詔告隗囂曰：“若束手自詣，父子相見，保無佗也。若遂欲為黥布者，亦自任也。”囂終不降，於是誅其子恂。使吳漢、岑彭圍西城，耿弇、蓋延圍上邽。以四縣封竇融為安豐侯，弟友為顯親侯，及五郡太守皆封列侯，遣西還所鎮。融以久專方麵，懼不自安，數上書求代。詔報曰：“吾與將軍如左右手耳，數執謙退，何不曉人意！勉循士民，無擅離部曲！”潁川盜賊群起，寇沒屬縣，河東守兵亦叛，京師騷動。帝聞之曰：“吾悔不用郭子橫之言。”
秋，八月，帝自上邽晨夜東馳，賜岑彭等書曰：“兩城若下，便可將兵南擊蜀虜。人苦不知足，既平隴，複望蜀。每一發兵，頭須為白！”
九月，乙卯，車駕還宮。帝謂執金吾寇恂曰：“潁川迫近京師，當以時定。惟念獨卿能平之耳，從九卿複出以憂國可也！”對曰：“潁川聞陛下有事隴、蜀，故狂狡乘間相詿誤耳。如聞乘輿南向，賊必惶怖歸死，臣願執銳前驅。”帝從之。庚申，車駕南征，潁川盜賊悉降。寇恂竟不拜郡，百姓遮道曰：“願從陛下複借寇君一年。”乃留恂長社，鎮撫吏民，受納餘降。東郡、濟陰盜賊亦起，帝遣李通、王常擊之。以東光侯耿純嚐為東郡太守，威信著於衛地，遣使拜太中大夫，使與大兵會東郡。東郡聞純入界，盜賊九千餘人皆詣純降，大兵不戰而還；璽書複以純為東郡太守。戊寅，車駕還自潁川。
安丘侯張步將妻子逃奔臨淮，與弟弘、藍欲招其故眾，乘船入海。琅邪太守陳俊追討，斬之。
冬，十月，丙午，上行幸懷；十一月，乙醜，還雒陽。
楊廣死，隗囂窮困，其大將王捷別在戎丘，登城唿漢軍曰：“為隗王城守者，皆必死，無二心。願諸軍亟罷，請自殺以明之。”遂自刎死。
初，帝敕吳漢曰：“諸郡甲卒但坐費糧食，若有逃亡，則沮敗眾心，宜悉罷之。”漢等貪並力攻囂，遂不能遣，糧食日少，吏士疲役，逃亡者多。岑彭壅穀水灌西城，城未沒丈餘。會王元、行巡、周宗將蜀救兵五千餘人乘高卒至，鼓噪大唿曰：“百萬之眾方至！”漢軍大驚，未及成陳，元等決圍殊死戰，遂得入城，迎囂歸冀。吳漢軍食盡，乃燒輜重，引兵下隴，蓋延、耿弇亦相隨而退。囂出兵尾擊諸營，岑彭為後拒，諸將乃得全軍東歸；唯祭遵屯沠不退。吳漢等複屯長安，岑彭還津鄉。於是安定、北地、天水、隴西複反為囂。校尉太原溫序為囂將苟宇所獲，宇曉譬數四，欲降之。序大怒，叱宇等曰：“虜何敢迫脅漢將！”因以節楇殺數人。宇眾爭欲殺之，宇止之曰：“此義士，死節，可賜以劍。”序受劍，銜須於口，顧左右曰：“既為賊所殺，無令須汙土！”遂伏劍而死。從事王忠持其喪歸雒陽，詔賜以塚地，拜三子為郎。
十二月，高句麗王遣使朝貢，帝複其王號。
是歲，大水。
建武九年癸巳，公元三三年春，正月，潁陽成侯祭遵薨於軍“詔馮異並將其營。遵為人，廉約小心，克己奉公，賞賜盡與士卒；約束嚴整，所在吏民不知有軍。取士皆用儒術，對酒設樂，必雅歌投壺。臨終，遺戒薄葬；問以家事，終無所言。帝湣悼之尤甚，遵喪至河南，車駕素服臨之，望哭哀慟；還，幸城門，閱過喪車，涕泣不能已；喪禮成，複親祠以太牢。詔大長秋、謁者、河南尹護喪事，大司農給費。至葬，車駕複臨之；既葬，又臨其墳，存見夫人、室家。其後朝會，帝每歎曰：安得憂國奉公如祭征虜者乎！”衛尉銚期曰：陛下至仁，哀念祭遵不已，群臣各懷慚懼。帝乃止。
隗囂病且餓，餐糗糽，恚憤而卒。王元、周宗立囂少子純為王，總兵據冀。公孫述遣將趙匡、田弇助純。帝使馮異擊之。
公孫述遣其翼江王田戎、大司徒任滿、南郡太守程泛將數萬人下江關，擊破馮駿等軍，遂拔巫及夷道、夷陵，因據荊門、虎牙，橫江水起浮橋、關樓，立欑柱以絕水道，結營跨山以塞陸路，拒漢兵。
夏，六月，丙戌，帝幸緱氏，登辳轅。
吳漢率王常等四將軍兵五萬餘人擊盧芳將賈覽、閔堪於高柳；匈奴救之，漢軍不利。於是匈奴轉盛，鈔暴日增。詔朱祜屯常山，王常屯涿郡，破奸將軍侯進屯漁陽，以討虜將軍王霸為上穀太守，以備匈奴。
帝使來歙悉監護諸將屯長安，太中大夫馬援為之副。歙上書曰：“公孫述以隴西、天水為藩蔽，故得延命假息；今二郡平蕩，則述智計窮矣。宜益選兵馬，儲積資糧。今西州新破，兵人疲饉，若招以財穀，則其眾可集。臣知國家所給非一，用度不足，然有不得已也！”帝然之。於是詔於沠積穀六萬斛。秋，八月，來歙率馮異等五將軍討隗純於天水。
驃騎將軍杜茂與賈覽戰於繁畤，茂軍敗績。
諸羌自王莽末入居塞內，金城屬縣多為所有。隗囂不能討，因就慰納，發其眾與漢相拒。司徒掾班彪上言：“今涼州部皆有降羌，羌胡被發左衽，而與漢人雜處，習俗既異，言語不通，數為小吏黠人所見侵奪，窮恚無聊，故致反叛。夫蠻夷寇亂，皆為此也。舊製，益州部置蠻夷騎都尉，幽州部置領烏桓校尉，涼州部置護羌校尉，皆持節領護，治其怨結，歲時巡行，問所疾苦。又數遣使譯，通導動靜，使塞外羌夷為吏耳目，州郡因此可得警備。今宜複如舊，以明威防。”帝從之。以牛邯為護羌校尉。