五月，經過王文韶等人反複的商討論證，新的教育法案大綱終於製定完成，隨即光緒皇帝頒布‘教育敕令’，將這一法案公布天下。
新式學堂除了光緒皇帝所說的小學之外，還增設了中等專科學堂、高等專科學堂和儒學堂，並將原有的‘同文館’也納入新式學堂體製之中。規定大小文武各學堂，均應欽遵諭旨，以選舉德、行、道、藝四者並重之人，造就通才為宗旨。
小學堂學製五年，意在使入此學者，通曉四民皆應必知之要端，仕進者有進學之階梯，改業者有謀生之智能。中等專科學堂、高等專科學堂學製分別為三年，意在講求國政民事，各種專門之學，為國家儲養任用之人才。而大學堂、儒學堂可終身研讀，意在研究專門精深之義蘊，俾能自悟新理，自創新法，並為保存古學古書之地。
另設職業教育學堂，學製一至兩年不等，意在使人民具有各種謀生之才智技藝，以為富民富國之本。同文館不設學年，意在通曉各國語文，以儲交涉之才，以備各學校教習各國語文之選。
考慮到皇帝對將來朝廷大臣新學的要求，新的教育大綱專門設立了‘進土館’，也就是類似於後世的‘進修班’或者‘黨校’，不設學年，意在使已經得第入官者，通知各種實學大要，以應濟時急需。
而師範學堂作為專科學堂之一，意在使全國中小學堂，各有師資，放在了各專科學堂的第一位。自光緒二年開始陸續外派出洋留學迴國的那些人自然而然成為了師範學堂的第一批新學種子。而後又根據皇帝的要求，相應增加了武備學堂、船政學堂、醫學堂、機械工程學堂等專科學堂。
考慮到新學剛剛開始推行，在五年之內，各省初辦之學堂學額，暫不限數。但為了推行新學，朝廷專門出具了一條獎勵措施，即：各級官員所轄戶籍人口中，如有戶籍總數三成學員的成功獲取更高一級的入學資格，則該官員年度考核為良，吏部考評可以留級或平調；如有戶籍總數五成學員的成功獲取更高一級的入學資格，則該官員年度考核為優，吏部考評可以獲得升遷或優序。
同時考慮到小學教育的負擔和士紳辦學的積極性問題，推出針對小學教育的支持補貼政策，即：每所新式學校有一名學生成功畢業，獲取更高一級的入學資格，則可享受朝廷五十兩白銀的補貼。
同樣的，有獎就有懲。凡成功獲取更高一級入學資格的學員總數不足戶籍總數一成的，則該官員年度考核為差，吏部考評應予以降職；如此現象連續兩年發生，或在五年內發生三次，則該員應予以革職。如有當地考核合格而經教育總署複試不符，則根據學堂情況分別懲罰各省督撫、學政：如分數不符過半者，革職；不符在三分之一以上者，降級敘用；不足三分之一者，臨時酌量，分別辦理。
不論是晉級還是獎學金，亦或是財政補貼、官員考核，都是基於對學生的學業考核之上的。對於考核學生，新式學堂采用積分法，每年對所開設的各個學科進行四次考試，每次考試均不低於六十分者可以進入下一學年學習，反之，則予以處罰直至退學。
對於所學習科目，小學的課程主要包括國學、算術、曆史、地理、格致、體操，各省根據條件不同，可適當增減科目，但國學、算術、體操三項為必修課；自三年級開始，陸續增開洋文、地理必修學科；專科學校則根據專科不同增開兵操、物理、化學等科；待學員學成之後，可以選擇相應的研究方向，轉向各高等專科學堂或同文館；也可繼續深造進入大學堂，深入學習政治、法律等社會學科。
其中儒學專講要義而不務奧博。隻有師範專科、儒學堂以精深經學。但同時規定學堂不得廢棄中國文辭，以便讀古來經籍。
在規定了各級學堂的學科製度後，又明確規定了私學堂禁止學習政治、法律、兵操。
根據新的教育法案，朝廷調整了禮部的職責，規定禮部自十一年起不再負責科舉考試，自此，禮部的職能被進一步弱化，成為僅僅負責朝廷重要典禮的單一職能部門。而教育總署則成為統轄全國學務的最高機構，其職能包括整飭各省學堂、編訂學製、考察學規、審定專門普通實業教科書、任用教員、選錄畢業學生、綜核各學堂經費及一切有關教育之事。
教育總署設總理學務大臣——即教育總長一人；下設八名助理，分管各處。高級學務處管理儒學堂、進士館學務；普通處管理小學至大學普通學科學務；專務處管理各專科學務；審訂處審定各學堂教科書，及各種圖書儀器，檢察私家撰述，刊布有關學務之書籍報章；留學處管理同文館及出洋遊學生一切事務；會計處管理各學堂經費；稽查處負責不定期巡查各地，督導學政進程及考評學員；參劾處是最得罪人的一個，但也是最熱門的一個處，它負責考核各級官員在學政上的成績並向吏部提出參劾要求。
之所以參劾處最得罪人，是因為他掌握著各級官員的升遷錄用；之所以他最熱門，也是因為他掌握著各級官員的升遷錄用。所以這個部門光緒指定由譚嗣同來總辦。
與之相輔相成的就是稽查處，總辦被定為蔡紹基。
僅次於這兩個部門的，就是管理財政大權的會計處，總辦為辜湯生。其他的分別為康有為負責高級學務處，曹吉福負責普通學務處，楊銳負責審訂處，榮尚琴負責專門處，而唐國安負責留學處了。
光緒對於個人的任用，也是基本上考慮到每個人的專業和能力不同、或者性格不同而定。例如辜湯生，在南洋生活多年，頭腦靈光、經濟嫻熟，放到會計處最合適；譚嗣同的性格剛正不阿，自然該放到參劾處；但隻是放譚嗣同過去，恐怕過不了兩年他就要被各省官員罵死，所以光緒又放了歲數較大、相對會做人的王照過去負責稽核。
確定了各處總辦之後，又以康有為、辜湯生、譚嗣同等人深入各省，篩選品學兼優、性情肫摯，而平日又能留心教育者，陸續資派出洋。或一年，或數月，考察外國各學堂規模製度，及—切管理教授之法。迴國後，分別派入學務處暨各學堂辦事，總理全省學務。並派講求教育之正紳，參議學務。這中間留洋的首選則為英國、德國，其次為美國、日本，至於法國，因為自由浪漫主義氣息太重，暫不考慮。
因為此次‘教育法案大綱’刻意的迴避了皇帝在談話時所涉及的對現有書院和科舉製度的觸動內容，所以並沒有在士林中掀起太大的波瀾。這也是王文韶等人擔心因為過多的觸及士林利益而造成反彈，極可能造成新式教育的夭折和對自身的攻擊而采取的策略。
在大清朝野關注最新頒布的‘教育敕令’的同時，巨文島事件也在持續發酵中。
4月28日，英國政府通過曾紀澤向清廷遞交了一份新的對於巨文島事件處理的建議。意見書中提到：英國政府對巨文島的進駐為暫時性的，如果中國方麵對英軍艦隊‘暫時占領’巨文島不持反對意見，那麽英國方麵將在未來一年中向朝鮮上交全部島上稅收，同時會從中扣除應歲貢中國部分提交清政府。而且英國人還明確提到不會有損中國在島上的利益和島上居民的權益。
英國人的目的是想通過中國的宗主權聲明來獲得在島上的合法行政管轄權。在此之前，李鴻章曾私下裏向英國駐天津領事璧利南提出‘結盟’主張，卻並沒有包含在這份答複裏。
5月3日，經過和皇帝溝通後，奕?致電曾紀澤並同時告知李鴻章：“因為關於結盟一事未獲英方答複，大清在英方提出的協議中無法獲得足夠的利益，因此不予簽署。”
與此同時，受到國內委托的歐格納第二次求見奕?。
在會談中，歐格納極力淡化英軍對巨文島的占領。“英方進駐巨文島實際上就是想在這裏建設一個海軍煤站，這與通常意義上的領土侵占不同。而且英軍的存在也是對其他意圖占領朝鮮的國家的一種威懾。”
很明顯，歐格納這一次直接將矛頭指向了俄國。
“公使先生，現在的問題是，正因為貴國的艦隊進占了巨文島，才使得俄國政府也產生了占領朝鮮一處港口或者島嶼的想法。想必您應該也了解到了，俄國政府已經明確向我發出了照會。俄國駐華公使博白傅威脅稱“若中國政府承認英國占領巨文島，則俄國認為有占領其他島嶼或朝鮮王國一部之必要”。其國內的《俄羅斯新聞》已經在鼓吹俄國“現在必須要采取果斷措施”。”
奕?頓了頓，接著道：“除非貴國明確發表聲明，宣布巨文島為貴國海軍艦隊臨時停泊處，而非建設煤站，否則我國政府無法迴複俄國，也不可能同意貴國的占領。”
奕?的建議一語雙關。一方麵，‘臨時停泊’將會使這一次事件淡化為非常態事件，避免了‘占領’帶來的國際糾紛和對自身主權的侵害；同時，臨時停泊港也能造成英國的軍事存在，對俄國形成一種威懾。
麵對奕?所提出的意見，歐格納點點頭，表示明白。“親王殿下，對於貴國政府的態度，我將如實迴複國內，相信會對此次事件做出相應的答複。”
奕?站起身來道：“如此，那就拜托公使先生了。”
告辭離開總理衙門後，歐格納隨即給國內發迴了電報。“通過和大清親王的會談，我認為清政府並不明確反對我國艦隊占領巨文島。清政府所關心的有兩條，一是其在朝鮮的利益，二是來自俄國的威脅。因此，在日俄的壓力下要做一些反對的姿態。”
收到歐格納的電報後，龐斯福特即刻轉交了格萊斯頓。同時，曾紀澤也正式迴複馬格裏：“中國若承認英國占領巨文島，則俄國政府認為有占領其他島嶼或朝鮮王國一部之必要。而日本亦有出於同樣處置之虞。中國政府為避免此等糾紛起見，不能簽字於貴國提議之條約，因是希望貴國政府勿以占領巨文島為必要。”
然而此時因為英國下院否決了通過戰爭解決危機的動議，格萊斯頓內閣不得不轉而向俄國提出就‘平狄問題’展開談判、請德國仲裁英俄爭端的建議。巨文島問題被暫時忽略了。
新式學堂除了光緒皇帝所說的小學之外，還增設了中等專科學堂、高等專科學堂和儒學堂，並將原有的‘同文館’也納入新式學堂體製之中。規定大小文武各學堂，均應欽遵諭旨，以選舉德、行、道、藝四者並重之人，造就通才為宗旨。
小學堂學製五年，意在使入此學者，通曉四民皆應必知之要端，仕進者有進學之階梯，改業者有謀生之智能。中等專科學堂、高等專科學堂學製分別為三年，意在講求國政民事，各種專門之學，為國家儲養任用之人才。而大學堂、儒學堂可終身研讀，意在研究專門精深之義蘊，俾能自悟新理，自創新法，並為保存古學古書之地。
另設職業教育學堂，學製一至兩年不等，意在使人民具有各種謀生之才智技藝，以為富民富國之本。同文館不設學年，意在通曉各國語文，以儲交涉之才，以備各學校教習各國語文之選。
考慮到皇帝對將來朝廷大臣新學的要求，新的教育大綱專門設立了‘進土館’，也就是類似於後世的‘進修班’或者‘黨校’，不設學年，意在使已經得第入官者，通知各種實學大要，以應濟時急需。
而師範學堂作為專科學堂之一，意在使全國中小學堂，各有師資，放在了各專科學堂的第一位。自光緒二年開始陸續外派出洋留學迴國的那些人自然而然成為了師範學堂的第一批新學種子。而後又根據皇帝的要求，相應增加了武備學堂、船政學堂、醫學堂、機械工程學堂等專科學堂。
考慮到新學剛剛開始推行，在五年之內，各省初辦之學堂學額，暫不限數。但為了推行新學，朝廷專門出具了一條獎勵措施，即：各級官員所轄戶籍人口中，如有戶籍總數三成學員的成功獲取更高一級的入學資格，則該官員年度考核為良，吏部考評可以留級或平調；如有戶籍總數五成學員的成功獲取更高一級的入學資格，則該官員年度考核為優，吏部考評可以獲得升遷或優序。
同時考慮到小學教育的負擔和士紳辦學的積極性問題，推出針對小學教育的支持補貼政策，即：每所新式學校有一名學生成功畢業，獲取更高一級的入學資格，則可享受朝廷五十兩白銀的補貼。
同樣的，有獎就有懲。凡成功獲取更高一級入學資格的學員總數不足戶籍總數一成的，則該官員年度考核為差，吏部考評應予以降職；如此現象連續兩年發生，或在五年內發生三次，則該員應予以革職。如有當地考核合格而經教育總署複試不符，則根據學堂情況分別懲罰各省督撫、學政：如分數不符過半者，革職；不符在三分之一以上者，降級敘用；不足三分之一者，臨時酌量，分別辦理。
不論是晉級還是獎學金，亦或是財政補貼、官員考核，都是基於對學生的學業考核之上的。對於考核學生，新式學堂采用積分法，每年對所開設的各個學科進行四次考試，每次考試均不低於六十分者可以進入下一學年學習，反之，則予以處罰直至退學。
對於所學習科目，小學的課程主要包括國學、算術、曆史、地理、格致、體操，各省根據條件不同，可適當增減科目，但國學、算術、體操三項為必修課；自三年級開始，陸續增開洋文、地理必修學科；專科學校則根據專科不同增開兵操、物理、化學等科；待學員學成之後，可以選擇相應的研究方向，轉向各高等專科學堂或同文館；也可繼續深造進入大學堂，深入學習政治、法律等社會學科。
其中儒學專講要義而不務奧博。隻有師範專科、儒學堂以精深經學。但同時規定學堂不得廢棄中國文辭，以便讀古來經籍。
在規定了各級學堂的學科製度後，又明確規定了私學堂禁止學習政治、法律、兵操。
根據新的教育法案，朝廷調整了禮部的職責，規定禮部自十一年起不再負責科舉考試，自此，禮部的職能被進一步弱化，成為僅僅負責朝廷重要典禮的單一職能部門。而教育總署則成為統轄全國學務的最高機構，其職能包括整飭各省學堂、編訂學製、考察學規、審定專門普通實業教科書、任用教員、選錄畢業學生、綜核各學堂經費及一切有關教育之事。
教育總署設總理學務大臣——即教育總長一人；下設八名助理，分管各處。高級學務處管理儒學堂、進士館學務；普通處管理小學至大學普通學科學務；專務處管理各專科學務；審訂處審定各學堂教科書，及各種圖書儀器，檢察私家撰述，刊布有關學務之書籍報章；留學處管理同文館及出洋遊學生一切事務；會計處管理各學堂經費；稽查處負責不定期巡查各地，督導學政進程及考評學員；參劾處是最得罪人的一個，但也是最熱門的一個處，它負責考核各級官員在學政上的成績並向吏部提出參劾要求。
之所以參劾處最得罪人，是因為他掌握著各級官員的升遷錄用；之所以他最熱門，也是因為他掌握著各級官員的升遷錄用。所以這個部門光緒指定由譚嗣同來總辦。
與之相輔相成的就是稽查處，總辦被定為蔡紹基。
僅次於這兩個部門的，就是管理財政大權的會計處，總辦為辜湯生。其他的分別為康有為負責高級學務處，曹吉福負責普通學務處，楊銳負責審訂處，榮尚琴負責專門處，而唐國安負責留學處了。
光緒對於個人的任用，也是基本上考慮到每個人的專業和能力不同、或者性格不同而定。例如辜湯生，在南洋生活多年，頭腦靈光、經濟嫻熟，放到會計處最合適；譚嗣同的性格剛正不阿，自然該放到參劾處；但隻是放譚嗣同過去，恐怕過不了兩年他就要被各省官員罵死，所以光緒又放了歲數較大、相對會做人的王照過去負責稽核。
確定了各處總辦之後，又以康有為、辜湯生、譚嗣同等人深入各省，篩選品學兼優、性情肫摯，而平日又能留心教育者，陸續資派出洋。或一年，或數月，考察外國各學堂規模製度，及—切管理教授之法。迴國後，分別派入學務處暨各學堂辦事，總理全省學務。並派講求教育之正紳，參議學務。這中間留洋的首選則為英國、德國，其次為美國、日本，至於法國，因為自由浪漫主義氣息太重，暫不考慮。
因為此次‘教育法案大綱’刻意的迴避了皇帝在談話時所涉及的對現有書院和科舉製度的觸動內容，所以並沒有在士林中掀起太大的波瀾。這也是王文韶等人擔心因為過多的觸及士林利益而造成反彈，極可能造成新式教育的夭折和對自身的攻擊而采取的策略。
在大清朝野關注最新頒布的‘教育敕令’的同時，巨文島事件也在持續發酵中。
4月28日，英國政府通過曾紀澤向清廷遞交了一份新的對於巨文島事件處理的建議。意見書中提到：英國政府對巨文島的進駐為暫時性的，如果中國方麵對英軍艦隊‘暫時占領’巨文島不持反對意見，那麽英國方麵將在未來一年中向朝鮮上交全部島上稅收，同時會從中扣除應歲貢中國部分提交清政府。而且英國人還明確提到不會有損中國在島上的利益和島上居民的權益。
英國人的目的是想通過中國的宗主權聲明來獲得在島上的合法行政管轄權。在此之前，李鴻章曾私下裏向英國駐天津領事璧利南提出‘結盟’主張，卻並沒有包含在這份答複裏。
5月3日，經過和皇帝溝通後，奕?致電曾紀澤並同時告知李鴻章：“因為關於結盟一事未獲英方答複，大清在英方提出的協議中無法獲得足夠的利益，因此不予簽署。”
與此同時，受到國內委托的歐格納第二次求見奕?。
在會談中，歐格納極力淡化英軍對巨文島的占領。“英方進駐巨文島實際上就是想在這裏建設一個海軍煤站，這與通常意義上的領土侵占不同。而且英軍的存在也是對其他意圖占領朝鮮的國家的一種威懾。”
很明顯，歐格納這一次直接將矛頭指向了俄國。
“公使先生，現在的問題是，正因為貴國的艦隊進占了巨文島，才使得俄國政府也產生了占領朝鮮一處港口或者島嶼的想法。想必您應該也了解到了，俄國政府已經明確向我發出了照會。俄國駐華公使博白傅威脅稱“若中國政府承認英國占領巨文島，則俄國認為有占領其他島嶼或朝鮮王國一部之必要”。其國內的《俄羅斯新聞》已經在鼓吹俄國“現在必須要采取果斷措施”。”
奕?頓了頓，接著道：“除非貴國明確發表聲明，宣布巨文島為貴國海軍艦隊臨時停泊處，而非建設煤站，否則我國政府無法迴複俄國，也不可能同意貴國的占領。”
奕?的建議一語雙關。一方麵，‘臨時停泊’將會使這一次事件淡化為非常態事件，避免了‘占領’帶來的國際糾紛和對自身主權的侵害；同時，臨時停泊港也能造成英國的軍事存在，對俄國形成一種威懾。
麵對奕?所提出的意見，歐格納點點頭，表示明白。“親王殿下，對於貴國政府的態度，我將如實迴複國內，相信會對此次事件做出相應的答複。”
奕?站起身來道：“如此，那就拜托公使先生了。”
告辭離開總理衙門後，歐格納隨即給國內發迴了電報。“通過和大清親王的會談，我認為清政府並不明確反對我國艦隊占領巨文島。清政府所關心的有兩條，一是其在朝鮮的利益，二是來自俄國的威脅。因此，在日俄的壓力下要做一些反對的姿態。”
收到歐格納的電報後，龐斯福特即刻轉交了格萊斯頓。同時，曾紀澤也正式迴複馬格裏：“中國若承認英國占領巨文島，則俄國政府認為有占領其他島嶼或朝鮮王國一部之必要。而日本亦有出於同樣處置之虞。中國政府為避免此等糾紛起見，不能簽字於貴國提議之條約，因是希望貴國政府勿以占領巨文島為必要。”
然而此時因為英國下院否決了通過戰爭解決危機的動議，格萊斯頓內閣不得不轉而向俄國提出就‘平狄問題’展開談判、請德國仲裁英俄爭端的建議。巨文島問題被暫時忽略了。