接下來的三序被林兆恩稱為入門功夫，所謂明倫立本，見性入門，為的就是要明心見性。具體的功法有敦仁、采取和凝神氣穴。
第四序安土敦仁，以結陰丹
安土敦仁出自易經係辭，“安土敦乎仁，故能愛”，林教主的學問還是很令人佩服的，把儒家經典無縫和道教的修煉聯係了起來，雖然做了一些變化，但又那麽自然。比如這裏的安土是說五行的中央土，就是上麵所講的心臍之間的那個位置。仁的意思也不同，是指經過前麵修煉以後得到的一點靈光。這一序的目的就是要不斷使這一點靈光變大變強，最終發生質變，結成陰丹，也就是說，這一步的功夫是否成功了，就看是不是結成了這顆陰丹。
大概的功法是挖個坑，埋點土，澆點水，上點肥……把這點靈光的仁放在土裏麵，然後用坎水裏麵的真陽使勁煉補離火中的真陰，就是以坎水濟離火，使未既變成既濟，就是從水下火上變成水上火下，這樣反複鍛煉下就結成了陰丹。
林兆恩所說的陰丹前麵沒有講到過，實際上就是一團內息，功行如意後，這團內息是不會散到四肢百脈中的，而是可以隨神識周流百脈，心、肝、脾、肺、腎五氣相通，差不多相當於內丹學中的五氣朝元的境界。另外，如果感覺哪裏有了病痛，隻要引導它在那裏轉幾圈就行了，而且功夫深了以後，甚至可以用它來給別人治病，這就如同武俠小說中的用內力助人。
為什麽稱為陰丹呢，因為離中的真陰還沒有被完全煉化，如果完全煉化了，那就是成就了純陽之體，所以這一步可以看成是過渡。
第五序采取天地，以收藥物
什麽是藥物，就是陰陽二氣，“藥物者，先天地祖氣，即一陰一陽也”。祖氣就是體內的先天之氣，是元陽之氣。結成陰丹以後，這本就是逆天而行的，所以陰丹不但要時時用取坎填離的功夫，用體內的陰陽二氣溫養，還要借助天地間的陰陽二氣來溫養，否則是不足以溫養這顆陰丹的。
天地間的陰陽二氣如何采呢？大概的功法是先找個條件好的環境，樓上樓下孩子哭大人鬧的環境是絕對不行的，最好有山有水，清幽雅靜，能有個洞天福地是最好的，這就是前麵講到過的財法侶地的範疇。接著在子、午時開始入定，因為子時一陽來複，午時一陰來姤，此時身不動，意不動，然後意采天地陰陽二氣，事半功倍。
經過這一序的內外溫養，做好了結陽丹的準備。
第六序凝神氣穴，以媾陽丹
這裏所凝的神，就是這顆陰丹，實際上就是內丹學裏麵的藥物。神不能受幹擾，所以需要藏起來，藏在哪呢？地方就是氣穴，具體位置是在兩腎之間，所以有“金丹大道，借腎為發生之地”的說法。這一序要求收視返聽，靜心澄慮，神氣互融、性情成片而結成陽丹。
最後三序統稱為極則，大概就是說下麵的功法是最高級、最上乘的了，學起來會很困難，非有靈根不能學，非有大智慧、大毅力不能成功的，當然，學成之後也就有了通天徹地的大神通。
第七序脫離生死，以身天地
從開始第一序艮背止念到第六序凝神媾陽，其實都算是入門的初級功夫，還屬於凡人的階段，從第七序就可以成就長生的偉大願望了，怎麽能不吸引人去追求去修煉呢。
如何超脫生死？林兆恩說人的心是不會死的，人之所以會死，是受肉身所累，如果能找個用不壞的身體就可以不死了。這個觀點前輩們早就提出來了，要不也不會修外丹、性命雙修了。經過無數前輩們探索後發現，這具肉身如果修成與天地同壽著實有點困難，那麽就換個思路，找個最靠譜的鼎爐代替肉身，所以就有了“以身天地”，把我的心修煉成為這方天地的心，天地不死，我也就不死了，真正可以與天地同壽了。
這一想法的產生還是有依據的，就是天地和身體的本質是一樣的，都是由氣組成的，這是相通的，所以林兆恩認為通過修煉陽丹，就可以把“我之心”變成“天地之心”，天地不死，我就不死了。後代門人們解釋了，林兆恩這裏所說的心，實際上就是內丹學裏麵講的元神。
這一序的功法大概就是意念控製所謂的一白一紅兩顆珠子，在氣海和頂門間往複運動，至於為什麽是兩顆珠子，為什麽一白一紅，為什麽來迴動，詳細的功法就不得而知了。
第八序超天出地，以身太虛
按理說心和天地融為一體了，都與天地同壽了應該滿足了吧？在有誌向的人眼裏，天地也是有邊界的，容不下我的心，天地也有消亡的時候，隻不過比人的壽命更長一點罷了，誌向高遠的人怎麽能止步於此呢？
於是，第八序給出了更高的理想和目標，超脫出這方天地。要知道，天地還是有形有質的，這就難免有損壞的一天，而天地外麵是一片虛無，是比天地更廣闊的存在！關鍵它是虛的，所以也就沒有邊界，沒有毀滅，這不是比天地更適合作為肉身？要是把心修煉得以太虛為體，那不就真的可以長生了嗎？
這一序的功法也有隻言片語流出來，意念控製前麵那紅白兩顆珠子的同時，這一序又增加了一顆黑色的珠子，同時讓這三顆珠子在頂門和氣海間轉悠就行了。
第九序虛空粉碎，以證極則
如果你想著超脫了天地之心的境界，升級成了太虛之心，這樣已經達到了極致了那就錯了，雖然能做到這一步已經不錯了，但並不是沒有升級空間，還沒有達到真正的、傳說中的無以複加的極則之境呢。為什麽這麽說，太虛不是還占一個虛字嘛，所以這還是一種無相而有相的層次，隻要有相，就不可能真正永恆。
那麽什麽才是極則？就是要空相俱泯，不知有相，不知有空，不知虛空，無空而無不空，無虛空而無無虛空。相信道友們能想起來前麵講過的坐忘了吧。
要達到這種超越了三教的極則境界，隻有在虛空中粉碎一條路，此時意念中隻有黑白兩顆珠子轉圈玩，而人呢則進入到一種“何思何慮，無意無為”的狀態中。
如果說以前修煉出陽丹以後，就煉元神出竅，周流宇宙間還比較好理解，畢竟現代的修真小說也是按這個套路寫的。可是林兆恩的想法更玄，坐在那意念可以發散出去，不但籠罩了整個宇宙，連宇宙外麵的不知多深遠的虛無都可以包容進來，至少三教聖人是遠遠做不到的。
以上就是九序心法的大概內容，有儒家的“誌一動氣”，有佛教的“觀想”，有道教的煉精化氣，煉氣化神，煉神還虛，有結丹，有長生。總體上看，這套心法的第一至第三序是儒家的靜坐之法等，第四至第六序是道教的內丹功法，第七至第九序則是佛教禪定涅盤等，所以更加唯心一點。
拋開這些過於玄奧的心法，作為三一教的寶典，《九序心法》從內容到形式基本上和道教的內丹功夫一樣，實質上就是以內丹理論為基礎的，以儒為本，以煉性為門，以虛空本體為極則的，出世和入世相融合的一套理論，雖然林兆恩自稱這是一套孔門心法。
作為一門心法，隻有入教以後的門人才有資格修行，修煉到最後是不是真的能夠長生不好說，至少前麵的養生的功夫還是可以，修煉後確實能夠達到強身健體、祛病延年的效果。
但是另外，這套功法還宣揚了倫理道德，在穩定封建統治，特別是福建倭寇肆虐的苦難下，給底層人民提供了精神慰藉，同樣為三一教爭取了一些統治階級的認可，吸收了大量的信徒加入。
第四序安土敦仁，以結陰丹
安土敦仁出自易經係辭，“安土敦乎仁，故能愛”，林教主的學問還是很令人佩服的，把儒家經典無縫和道教的修煉聯係了起來，雖然做了一些變化，但又那麽自然。比如這裏的安土是說五行的中央土，就是上麵所講的心臍之間的那個位置。仁的意思也不同，是指經過前麵修煉以後得到的一點靈光。這一序的目的就是要不斷使這一點靈光變大變強，最終發生質變，結成陰丹，也就是說，這一步的功夫是否成功了，就看是不是結成了這顆陰丹。
大概的功法是挖個坑，埋點土，澆點水，上點肥……把這點靈光的仁放在土裏麵，然後用坎水裏麵的真陽使勁煉補離火中的真陰，就是以坎水濟離火，使未既變成既濟，就是從水下火上變成水上火下，這樣反複鍛煉下就結成了陰丹。
林兆恩所說的陰丹前麵沒有講到過，實際上就是一團內息，功行如意後，這團內息是不會散到四肢百脈中的，而是可以隨神識周流百脈，心、肝、脾、肺、腎五氣相通，差不多相當於內丹學中的五氣朝元的境界。另外，如果感覺哪裏有了病痛，隻要引導它在那裏轉幾圈就行了，而且功夫深了以後，甚至可以用它來給別人治病，這就如同武俠小說中的用內力助人。
為什麽稱為陰丹呢，因為離中的真陰還沒有被完全煉化，如果完全煉化了，那就是成就了純陽之體，所以這一步可以看成是過渡。
第五序采取天地，以收藥物
什麽是藥物，就是陰陽二氣，“藥物者，先天地祖氣，即一陰一陽也”。祖氣就是體內的先天之氣，是元陽之氣。結成陰丹以後，這本就是逆天而行的，所以陰丹不但要時時用取坎填離的功夫，用體內的陰陽二氣溫養，還要借助天地間的陰陽二氣來溫養，否則是不足以溫養這顆陰丹的。
天地間的陰陽二氣如何采呢？大概的功法是先找個條件好的環境，樓上樓下孩子哭大人鬧的環境是絕對不行的，最好有山有水，清幽雅靜，能有個洞天福地是最好的，這就是前麵講到過的財法侶地的範疇。接著在子、午時開始入定，因為子時一陽來複，午時一陰來姤，此時身不動，意不動，然後意采天地陰陽二氣，事半功倍。
經過這一序的內外溫養，做好了結陽丹的準備。
第六序凝神氣穴，以媾陽丹
這裏所凝的神，就是這顆陰丹，實際上就是內丹學裏麵的藥物。神不能受幹擾，所以需要藏起來，藏在哪呢？地方就是氣穴，具體位置是在兩腎之間，所以有“金丹大道，借腎為發生之地”的說法。這一序要求收視返聽，靜心澄慮，神氣互融、性情成片而結成陽丹。
最後三序統稱為極則，大概就是說下麵的功法是最高級、最上乘的了，學起來會很困難，非有靈根不能學，非有大智慧、大毅力不能成功的，當然，學成之後也就有了通天徹地的大神通。
第七序脫離生死，以身天地
從開始第一序艮背止念到第六序凝神媾陽，其實都算是入門的初級功夫，還屬於凡人的階段，從第七序就可以成就長生的偉大願望了，怎麽能不吸引人去追求去修煉呢。
如何超脫生死？林兆恩說人的心是不會死的，人之所以會死，是受肉身所累，如果能找個用不壞的身體就可以不死了。這個觀點前輩們早就提出來了，要不也不會修外丹、性命雙修了。經過無數前輩們探索後發現，這具肉身如果修成與天地同壽著實有點困難，那麽就換個思路，找個最靠譜的鼎爐代替肉身，所以就有了“以身天地”，把我的心修煉成為這方天地的心，天地不死，我也就不死了，真正可以與天地同壽了。
這一想法的產生還是有依據的，就是天地和身體的本質是一樣的，都是由氣組成的，這是相通的，所以林兆恩認為通過修煉陽丹，就可以把“我之心”變成“天地之心”，天地不死，我就不死了。後代門人們解釋了，林兆恩這裏所說的心，實際上就是內丹學裏麵講的元神。
這一序的功法大概就是意念控製所謂的一白一紅兩顆珠子，在氣海和頂門間往複運動，至於為什麽是兩顆珠子，為什麽一白一紅，為什麽來迴動，詳細的功法就不得而知了。
第八序超天出地，以身太虛
按理說心和天地融為一體了，都與天地同壽了應該滿足了吧？在有誌向的人眼裏，天地也是有邊界的，容不下我的心，天地也有消亡的時候，隻不過比人的壽命更長一點罷了，誌向高遠的人怎麽能止步於此呢？
於是，第八序給出了更高的理想和目標，超脫出這方天地。要知道，天地還是有形有質的，這就難免有損壞的一天，而天地外麵是一片虛無，是比天地更廣闊的存在！關鍵它是虛的，所以也就沒有邊界，沒有毀滅，這不是比天地更適合作為肉身？要是把心修煉得以太虛為體，那不就真的可以長生了嗎？
這一序的功法也有隻言片語流出來，意念控製前麵那紅白兩顆珠子的同時，這一序又增加了一顆黑色的珠子，同時讓這三顆珠子在頂門和氣海間轉悠就行了。
第九序虛空粉碎，以證極則
如果你想著超脫了天地之心的境界，升級成了太虛之心，這樣已經達到了極致了那就錯了，雖然能做到這一步已經不錯了，但並不是沒有升級空間，還沒有達到真正的、傳說中的無以複加的極則之境呢。為什麽這麽說，太虛不是還占一個虛字嘛，所以這還是一種無相而有相的層次，隻要有相，就不可能真正永恆。
那麽什麽才是極則？就是要空相俱泯，不知有相，不知有空，不知虛空，無空而無不空，無虛空而無無虛空。相信道友們能想起來前麵講過的坐忘了吧。
要達到這種超越了三教的極則境界，隻有在虛空中粉碎一條路，此時意念中隻有黑白兩顆珠子轉圈玩，而人呢則進入到一種“何思何慮，無意無為”的狀態中。
如果說以前修煉出陽丹以後，就煉元神出竅，周流宇宙間還比較好理解，畢竟現代的修真小說也是按這個套路寫的。可是林兆恩的想法更玄，坐在那意念可以發散出去，不但籠罩了整個宇宙，連宇宙外麵的不知多深遠的虛無都可以包容進來，至少三教聖人是遠遠做不到的。
以上就是九序心法的大概內容，有儒家的“誌一動氣”，有佛教的“觀想”，有道教的煉精化氣，煉氣化神，煉神還虛，有結丹，有長生。總體上看，這套心法的第一至第三序是儒家的靜坐之法等，第四至第六序是道教的內丹功法，第七至第九序則是佛教禪定涅盤等，所以更加唯心一點。
拋開這些過於玄奧的心法，作為三一教的寶典，《九序心法》從內容到形式基本上和道教的內丹功夫一樣，實質上就是以內丹理論為基礎的，以儒為本，以煉性為門，以虛空本體為極則的，出世和入世相融合的一套理論，雖然林兆恩自稱這是一套孔門心法。
作為一門心法，隻有入教以後的門人才有資格修行，修煉到最後是不是真的能夠長生不好說，至少前麵的養生的功夫還是可以，修煉後確實能夠達到強身健體、祛病延年的效果。
但是另外，這套功法還宣揚了倫理道德，在穩定封建統治，特別是福建倭寇肆虐的苦難下，給底層人民提供了精神慰藉，同樣為三一教爭取了一些統治階級的認可，吸收了大量的信徒加入。