林教主去世以後，三一教大體上分了兩個發展方向：學術派和民間宗教派。
學術團體的領頭人是他的堂弟林兆珂。這位曾經出過仕，是個正統的儒家，所以從他的角度看，或者從他的心底更願意自己的這個堂兄兼導師本質上還是一個儒學理論家，搞出來的這個組織本質上和泰州學派、姚江學派是一樣的。在他主持出版的《林子年譜》中就沒有講三一教的那些神化、宗教化的玄玄乎乎的東西，而是力圖還原一個純儒學的林兆恩出來。比如從書中對林兆恩的稱唿就可以看出一二來，稱過先生，叫過吾師，但是卻沒有用教主、夏午尼氏這類稱唿。
可惜這個走純學術路子的分支沒有傳承多久，很快就湮滅在曆史長河中了，到清初以後基本上就沒有人能記得它的存在了。其中的原因就不分析了，學術團體嘛，能有什麽前途和潛力，估計道友們都清楚。
形成鮮明對比的是，宗教團體這一支發展得就相當好了，並且有三個分支：
一支是林兆恩的親傳弟子陳標、王興主導的，地盤主要在福州、徽州、南京一帶，但是由於種種原因沒有多久也消失了。
二是以林兆恩的親傳弟子張洪都為首的，帶領一部分門人北上到北京發展事業。張洪都為三一教也是盡心竭力，傾其所有，家財、精力全都投到了發展教團事業上，可惜成績一般。他的這一支還有一個叫真懶的人，是林兆恩老年時家裏的傭人，也是教徒。有一次他在南京看到張洪都早年在那裏修建的一座三一教堂，因為沒有人主持荒敗得都能拍聊齋了，於是決定親自主持，並在南京成立了金陵一堂，希望能夠為三一教的事業發展做點貢獻。
真懶的能力也有限，否則也不會是傭人出身了，所以他們這一支發展的時間不長，到清初也基本結束了。值得一提的是，真懶曾經主持刻印過《林子全集》，現存的崇禎版就是他那時候刻印的。
第三個分支的領導人是盧文輝，這一支是三一教的正統、正宗、正根，因為他是林兆恩指定的接班人，教內稱林兆恩為林子，稱盧文輝則為盧子。
據說當年林兆恩就非常看好盧文輝，有意傳其衣缽，為了增加盧文輝的聲勢，還專門為他設計了出場方式。為了早日為本教百年大計找到傳人，林教主齋戒了七天，早晚禱祝不停，結果第七天早上天降神諭，稱未來有一個姓盧的人會來找他，他就是你的接班人。
幾年以後，果然有一個叫盧文輝的人來找林兆恩，求他出手為一個朋友治病，二人一見如故，很快就確立了師徒關係。不久，林兆恩在教內宣布，這就是我的接班人，是幾年前天定的。
無論這件事是真是假，林兆恩在世時，教內就以“大宗”稱唿盧文輝了，包括後來被稱為盧子，其實能夠從側麵反映出盧文輝的能力是相當強的，否則不可能得到林兆恩的認可，更不會得到教內弟子們的認可。
事實證明林兆恩的識人能力很強，盧文輝各方麵的表現都相當優秀，能力確實也非常強，在他的領導下，三一教發展甚至超過了林兆恩在世的時候。
首先，盧文輝加強了企業文化建設，組織人手先後編寫了三一教的年譜、傳記、實錄、行狀等，先後完成了《林子本行實錄》《林子三教正宗統論》《夏午真經》、《夏午真經纂要》《夏午經訓》的編寫，還有一些科儀方麵的作品。這並不是重點，重點是他對林兆恩，包括《九序心法》在內進行了全麵係統的包裝、神化，並經過嫡傳陳衷瑜，再傳董史三代人的努力，把林兆恩徹底變成了一個超神度鬼、解冤釋結、書符驅魔、法力無邊的神人，《九序心法》也成了一部可以“不藥而愈諸病”的神書。
前麵講過，林兆恩是否定神仙佛祖之類的超自然存在的，因果報應、生死輪迴、天堂、地獄之類的也都是騙人的，但是這些又是一個教團收獲民眾信仰必備的因素，沒有這些，就沒有群眾基礎。當然了，林兆恩在世的時候，憑借他幾十年的人格魅力，三一教是可以很好地發展下去的，但是，盧文輝他們有什麽？正因為如此，盧文輝他們才更重視加強三一教的宗教化，所以曆經三代教主的改造，三一教不但有了天堂地獄，也有了業報輪迴、羽化飛升，也可以長生不死，同時符籙、禁咒、占卜等職業也都有人擔負起來。比如當時教內就開發出來“道高龍虎伏，德重鬼神欽”符、“淨心神咒”、“淨身神咒”、“安土地神咒”、“祝香咒”等等，把道教的符籙事業很是向前發展了一大步，其實更重要的是，宗教性質的三一教更容易吸收百姓的信仰。
其次，盧文輝在教內推行“明訓”，要求從上到下必須嚴格遵守，其實有點類似於現在的學生守則，總共有九條：一、以三綱五常為日用；二、以入孝出悌為實履；三、以士農工商為常業；四、明義利之辨；五、戒飲過量之酒；六、戒鬥氣之勇；七、戒淫邪之行；八、日搜己過，痛自懺悔；九、每日素餐一頓。
從這九條行為準則不難看出，三一教的世俗性是越來越強，普通百姓都要以理解、認可，而且還不影響教內的成員出去打工賺錢，享受老婆孩子熱炕頭的天倫之樂，還可以修聖成真，真的是天上掉的餡餅，雖然多了些限製，但是相比成仙來說絕對是物超所值。另外，假如道友們是統治階級，看到有這樣明訓的團體也不會刻意打擊吧？
教祠中的林兆恩的神像設計也是盧文輝重點關注的，為此他專門請了經驗豐富的設計師，經過無數次的修改後確定了林兆恩的形象：頭上是三綱巾，腳穿的是五常履，身穿三綱五常衣，兩手拱出一個太極，這個形象是絕大多數教祠中的標準。此外，還為規模較大的教祠設計了三身合一像，就是給林兆恩的肩膀上安了三個頭，中間的代表儒，左側頭戴道冠，右側頭戴僧帽，明顯的一身兼三教。
盧文輝的工作其他還包括引入了道教的建醮儀式，吸收了一些道教的神仙，大約有六十多位，總之，經過他改造後的三一教更像道教了。
日本學者小柳司氣太就評價三一教說：“其說乃係道教七八分，佛教二三分，而以儒教飾其表而”，不得不說，這裏麵做的貢獻最大的就是盧文輝。
盧文輝的師兄弟中除了上麵講的張洪都以外，林至敬和朱逢時的表現也非常不錯，都寫了不少書。在三一教的教祠裏麵，一般都會把這兄弟四人安排在林兆恩的身後陪祀，如果堂祠規模比較大，這四位則在廳前左右兩側相向而立。
盧文輝死後，由他生前指定的陳衷瑜接任第三代教主。據說陳衷瑜的父母都是林兆恩的弟子，一直沒孩子，便問師傅能不能發個功，讓他們生個孩子。林兆恩丟過來一部《正宗遺書》過來說，迴去念，好好念。二人對師傅的話當然深信不疑，便日日誦讀，結果還真懷上了。
陳衷瑜對三一教的改造也做了大量工作，經他組織，教內開始重視研究如何把道教儀軌、齋法和佛教戒律吸收進三一教中，也就是說從他這一代開始，三一教才算是具有了完整的宗教信仰的形態，所以他也被稱為“明道開教繼承中一三教再傳大宗師”。
以上就是學術界視為的三一教的二次嬗變期。
三一教的發展應該說非常成功，後人總結了四條經驗：一是林兆恩的個人魅力值很高；二是三一教在抗擊倭寇、治病以及賑濟災民方麵深得民心；三是曆經兩次嬗變，選擇了宗教化的正確方向；最後一點就是世俗化，因為教內是鼓勵結婚生育，提倡教眾在家修行，可以從事各行各業，顯然不會和統治階級產生衝突，更利於在民間的傳播。
即便三一教很重視世俗化了，但是發展到清代，同樣麵臨著統治階級的打壓，所以發展也受到很大影響。特別是康熙、乾隆年間，三一教一度被禁，所以隻能轉到了地下悄悄傳播。
在地下傳播必然會受到溝通、聯係不通暢的影響，時間長了，就會在各地出現一個一個的獨立發展的分支，不但有祖祠派和三一派等區別，甚至在福建還出現了邪派的苗頭，總之就是沒有了統一的領導，發展出來的小教團形形色色，什麽樣的都有了。
這種亂象一直持續到民國初期，莆田出現了陳智達、梁普耀師徒二人，希望重整三一教。他們成立了一個稱為悟本派的組織，宣稱要弘揚三一教。
後來又有一個叫做劉開懷的人，組織了一批信徒開始改組三一教，重新製定了教規，編寫經書，設計本派的儀軌，同時通過大力發展慈善事業力圖擴大影響。因為他們的主要活動中心是在莆田函三堂內，所以學術界稱他們為函三派。
總之，在曆代弟子們的努力下，林兆恩的三一教一直在努力發展，信徒數量一直非常龐大。清末民國時期，三一教隨著外出的華人遠播到了海外，不僅在東南亞，歐美也有傳播。
現在，福建還有大量三一教的教堂和教徒，有人統計過，僅莆田市就有1285座教堂，信徒八萬多。海外，主要是東南亞一帶三一教也非常興盛，馬來西亞、新加坡有數萬教徒，教堂都超過一千多，僅吉隆坡就有120座，這些都是海外華人寄托思鄉之情的紐帶。
每年農曆七月十六是林教主的誕辰日，莆田各地村民還會組織一些紀念活動，海外也有大量香客專程趕迴來參加朝拜，林兆恩的影響力可以說僅次於湄州媽祖了。
最後，有一本關於林兆恩和三一教的小說和道友們說一下。在林兆恩去世的前後，江湖上就流傳了這本小說，名字是《三教開迷歸正演義》，不過林兆恩不是書中的主角，隻在開頭、中間和結尾提到過三次，但是小說總體上是以三一教為背景，以林兆恩為靈魂的，宣揚的也是三一教，把、人性、世故融為一體，抨擊和諷刺了社會的現狀，對於研究三一教還是有一些參考價值的。
以前，如果想找這部書看還是非常困難的，因為某些原因，這部書曾受到焚毀，所以在國內幾乎絕跡了。所幸在日本天理圖書館有一部萬曆年間的白門萬卷樓刊本，直到1991年，上海古籍出版社在整理出版《古本小說集成》的時候，把日本這套書影印過來，唯一缺憾的是第二十迴和二十五迴各少了半頁，有興趣的道友可以找來翻一翻。
學術團體的領頭人是他的堂弟林兆珂。這位曾經出過仕，是個正統的儒家，所以從他的角度看，或者從他的心底更願意自己的這個堂兄兼導師本質上還是一個儒學理論家，搞出來的這個組織本質上和泰州學派、姚江學派是一樣的。在他主持出版的《林子年譜》中就沒有講三一教的那些神化、宗教化的玄玄乎乎的東西，而是力圖還原一個純儒學的林兆恩出來。比如從書中對林兆恩的稱唿就可以看出一二來，稱過先生，叫過吾師，但是卻沒有用教主、夏午尼氏這類稱唿。
可惜這個走純學術路子的分支沒有傳承多久，很快就湮滅在曆史長河中了，到清初以後基本上就沒有人能記得它的存在了。其中的原因就不分析了，學術團體嘛，能有什麽前途和潛力，估計道友們都清楚。
形成鮮明對比的是，宗教團體這一支發展得就相當好了，並且有三個分支：
一支是林兆恩的親傳弟子陳標、王興主導的，地盤主要在福州、徽州、南京一帶，但是由於種種原因沒有多久也消失了。
二是以林兆恩的親傳弟子張洪都為首的，帶領一部分門人北上到北京發展事業。張洪都為三一教也是盡心竭力，傾其所有，家財、精力全都投到了發展教團事業上，可惜成績一般。他的這一支還有一個叫真懶的人，是林兆恩老年時家裏的傭人，也是教徒。有一次他在南京看到張洪都早年在那裏修建的一座三一教堂，因為沒有人主持荒敗得都能拍聊齋了，於是決定親自主持，並在南京成立了金陵一堂，希望能夠為三一教的事業發展做點貢獻。
真懶的能力也有限，否則也不會是傭人出身了，所以他們這一支發展的時間不長，到清初也基本結束了。值得一提的是，真懶曾經主持刻印過《林子全集》，現存的崇禎版就是他那時候刻印的。
第三個分支的領導人是盧文輝，這一支是三一教的正統、正宗、正根，因為他是林兆恩指定的接班人，教內稱林兆恩為林子，稱盧文輝則為盧子。
據說當年林兆恩就非常看好盧文輝，有意傳其衣缽，為了增加盧文輝的聲勢，還專門為他設計了出場方式。為了早日為本教百年大計找到傳人，林教主齋戒了七天，早晚禱祝不停，結果第七天早上天降神諭，稱未來有一個姓盧的人會來找他，他就是你的接班人。
幾年以後，果然有一個叫盧文輝的人來找林兆恩，求他出手為一個朋友治病，二人一見如故，很快就確立了師徒關係。不久，林兆恩在教內宣布，這就是我的接班人，是幾年前天定的。
無論這件事是真是假，林兆恩在世時，教內就以“大宗”稱唿盧文輝了，包括後來被稱為盧子，其實能夠從側麵反映出盧文輝的能力是相當強的，否則不可能得到林兆恩的認可，更不會得到教內弟子們的認可。
事實證明林兆恩的識人能力很強，盧文輝各方麵的表現都相當優秀，能力確實也非常強，在他的領導下，三一教發展甚至超過了林兆恩在世的時候。
首先，盧文輝加強了企業文化建設，組織人手先後編寫了三一教的年譜、傳記、實錄、行狀等，先後完成了《林子本行實錄》《林子三教正宗統論》《夏午真經》、《夏午真經纂要》《夏午經訓》的編寫，還有一些科儀方麵的作品。這並不是重點，重點是他對林兆恩，包括《九序心法》在內進行了全麵係統的包裝、神化，並經過嫡傳陳衷瑜，再傳董史三代人的努力，把林兆恩徹底變成了一個超神度鬼、解冤釋結、書符驅魔、法力無邊的神人，《九序心法》也成了一部可以“不藥而愈諸病”的神書。
前麵講過，林兆恩是否定神仙佛祖之類的超自然存在的，因果報應、生死輪迴、天堂、地獄之類的也都是騙人的，但是這些又是一個教團收獲民眾信仰必備的因素，沒有這些，就沒有群眾基礎。當然了，林兆恩在世的時候，憑借他幾十年的人格魅力，三一教是可以很好地發展下去的，但是，盧文輝他們有什麽？正因為如此，盧文輝他們才更重視加強三一教的宗教化，所以曆經三代教主的改造，三一教不但有了天堂地獄，也有了業報輪迴、羽化飛升，也可以長生不死，同時符籙、禁咒、占卜等職業也都有人擔負起來。比如當時教內就開發出來“道高龍虎伏，德重鬼神欽”符、“淨心神咒”、“淨身神咒”、“安土地神咒”、“祝香咒”等等，把道教的符籙事業很是向前發展了一大步，其實更重要的是，宗教性質的三一教更容易吸收百姓的信仰。
其次，盧文輝在教內推行“明訓”，要求從上到下必須嚴格遵守，其實有點類似於現在的學生守則，總共有九條：一、以三綱五常為日用；二、以入孝出悌為實履；三、以士農工商為常業；四、明義利之辨；五、戒飲過量之酒；六、戒鬥氣之勇；七、戒淫邪之行；八、日搜己過，痛自懺悔；九、每日素餐一頓。
從這九條行為準則不難看出，三一教的世俗性是越來越強，普通百姓都要以理解、認可，而且還不影響教內的成員出去打工賺錢，享受老婆孩子熱炕頭的天倫之樂，還可以修聖成真，真的是天上掉的餡餅，雖然多了些限製，但是相比成仙來說絕對是物超所值。另外，假如道友們是統治階級，看到有這樣明訓的團體也不會刻意打擊吧？
教祠中的林兆恩的神像設計也是盧文輝重點關注的，為此他專門請了經驗豐富的設計師，經過無數次的修改後確定了林兆恩的形象：頭上是三綱巾，腳穿的是五常履，身穿三綱五常衣，兩手拱出一個太極，這個形象是絕大多數教祠中的標準。此外，還為規模較大的教祠設計了三身合一像，就是給林兆恩的肩膀上安了三個頭，中間的代表儒，左側頭戴道冠，右側頭戴僧帽，明顯的一身兼三教。
盧文輝的工作其他還包括引入了道教的建醮儀式，吸收了一些道教的神仙，大約有六十多位，總之，經過他改造後的三一教更像道教了。
日本學者小柳司氣太就評價三一教說：“其說乃係道教七八分，佛教二三分，而以儒教飾其表而”，不得不說，這裏麵做的貢獻最大的就是盧文輝。
盧文輝的師兄弟中除了上麵講的張洪都以外，林至敬和朱逢時的表現也非常不錯，都寫了不少書。在三一教的教祠裏麵，一般都會把這兄弟四人安排在林兆恩的身後陪祀，如果堂祠規模比較大，這四位則在廳前左右兩側相向而立。
盧文輝死後，由他生前指定的陳衷瑜接任第三代教主。據說陳衷瑜的父母都是林兆恩的弟子，一直沒孩子，便問師傅能不能發個功，讓他們生個孩子。林兆恩丟過來一部《正宗遺書》過來說，迴去念，好好念。二人對師傅的話當然深信不疑，便日日誦讀，結果還真懷上了。
陳衷瑜對三一教的改造也做了大量工作，經他組織，教內開始重視研究如何把道教儀軌、齋法和佛教戒律吸收進三一教中，也就是說從他這一代開始，三一教才算是具有了完整的宗教信仰的形態，所以他也被稱為“明道開教繼承中一三教再傳大宗師”。
以上就是學術界視為的三一教的二次嬗變期。
三一教的發展應該說非常成功，後人總結了四條經驗：一是林兆恩的個人魅力值很高；二是三一教在抗擊倭寇、治病以及賑濟災民方麵深得民心；三是曆經兩次嬗變，選擇了宗教化的正確方向；最後一點就是世俗化，因為教內是鼓勵結婚生育，提倡教眾在家修行，可以從事各行各業，顯然不會和統治階級產生衝突，更利於在民間的傳播。
即便三一教很重視世俗化了，但是發展到清代，同樣麵臨著統治階級的打壓，所以發展也受到很大影響。特別是康熙、乾隆年間，三一教一度被禁，所以隻能轉到了地下悄悄傳播。
在地下傳播必然會受到溝通、聯係不通暢的影響，時間長了，就會在各地出現一個一個的獨立發展的分支，不但有祖祠派和三一派等區別，甚至在福建還出現了邪派的苗頭，總之就是沒有了統一的領導，發展出來的小教團形形色色，什麽樣的都有了。
這種亂象一直持續到民國初期，莆田出現了陳智達、梁普耀師徒二人，希望重整三一教。他們成立了一個稱為悟本派的組織，宣稱要弘揚三一教。
後來又有一個叫做劉開懷的人，組織了一批信徒開始改組三一教，重新製定了教規，編寫經書，設計本派的儀軌，同時通過大力發展慈善事業力圖擴大影響。因為他們的主要活動中心是在莆田函三堂內，所以學術界稱他們為函三派。
總之，在曆代弟子們的努力下，林兆恩的三一教一直在努力發展，信徒數量一直非常龐大。清末民國時期，三一教隨著外出的華人遠播到了海外，不僅在東南亞，歐美也有傳播。
現在，福建還有大量三一教的教堂和教徒，有人統計過，僅莆田市就有1285座教堂，信徒八萬多。海外，主要是東南亞一帶三一教也非常興盛，馬來西亞、新加坡有數萬教徒，教堂都超過一千多，僅吉隆坡就有120座，這些都是海外華人寄托思鄉之情的紐帶。
每年農曆七月十六是林教主的誕辰日，莆田各地村民還會組織一些紀念活動，海外也有大量香客專程趕迴來參加朝拜，林兆恩的影響力可以說僅次於湄州媽祖了。
最後，有一本關於林兆恩和三一教的小說和道友們說一下。在林兆恩去世的前後，江湖上就流傳了這本小說，名字是《三教開迷歸正演義》，不過林兆恩不是書中的主角，隻在開頭、中間和結尾提到過三次，但是小說總體上是以三一教為背景，以林兆恩為靈魂的，宣揚的也是三一教，把、人性、世故融為一體，抨擊和諷刺了社會的現狀，對於研究三一教還是有一些參考價值的。
以前，如果想找這部書看還是非常困難的，因為某些原因，這部書曾受到焚毀，所以在國內幾乎絕跡了。所幸在日本天理圖書館有一部萬曆年間的白門萬卷樓刊本，直到1991年，上海古籍出版社在整理出版《古本小說集成》的時候，把日本這套書影印過來，唯一缺憾的是第二十迴和二十五迴各少了半頁，有興趣的道友可以找來翻一翻。