由於沒有取得實質性的戰果，1256年五月，福裕組織了一個代表團來到和林上訪找蒙哥，說：“上次陛下親自開庭，代表最高法院判決了，可是李誌常那牛鼻子是個老賴，根本就不執行判決結果，您得給我們做主啊！要是他們還不服氣，我們可以再給他們一個機會重新再辯辯。”
結果蒙哥說那就再給他們個機會，你們再辯論一次，看看他們是不是真的有什麽想法。結果掌教李誌常卻派人迴複說：“陛下，我出差了，現在這交通也不方便，一時半會還迴不去，您讓他們等等，多等等。”結果這一等就是永遠，因為李誌常這一年幹脆就駕鶴西遊，徹底不迴來了。老大都沒了，全真教也沒心情理會和尚們的糾纏，反正就是不露麵也不出庭，連個律師都不委托，所以這次辯論實質上由於全真教缺席判負了。
1257年七月，不甘心的福裕又來和林找全真教挑戰，全真派依舊高掛免戰就是不搭理這茬。沒辦法的福裕隻好又來找蒙哥，把前前後後一說倒是把蒙哥給氣樂了。接著福裕又反複強調全真教的那《老子八十一化圖》根本就是全真教惡意杜撰，肆意汙損佛教的。忽必烈看了看一起來的西域僧人那摩國師，早就和福裕是統一戰線的那摩點頭表示的確如此，於是蒙哥就安排忽必烈負責處理這件事，給佛道兩家調節調節，希望徹底解決這個矛盾。
為了防止全真道士繼續老賴下去，蒙哥還給忽必烈下旨說全真教如果繼續躲著不派人應戰，那你就看著辦，必要時可以強製執行，然後就帶著大軍走了。
由此看來，直到此時，蒙古的宗教政策還沒有發生明顯的改變，蒙哥並沒有明顯的偏袒佛道的任何一方，否則也不會采用這種相對溫和的辯論的方式解決雙方的爭端，而是直接下命令，反正誰敢不聽話，大蒙古的鐵騎誰不怕？所以雖然全真教辯論失敗了，麵子也的確是丟了，那又如何？反正我們又沒有實質上的損失，反正我就是拒不執行。
眼看著再也拖不下去了，全真教不得不應戰，於是在1258年，忽必烈在開平城組織僧道兩派重新就《老子八十一化圖》和《老子化胡經》的真偽問題舉行第二次辯論，這是三次辯論中規模最大的一次。
有的學者稱這次是第三次辯論，是因為他們把1256年全真教高掛免戰，閉門不出，直接被蒙哥判負那次也算上了，這裏需要解釋清楚了。
史料記載，這次辯論轉到了開平城裏舉行，開平城位於內蒙古境內，是忽必烈一手建設起來的，後來成為元上都。佛教一方可謂是人多勢眾，參加的辯論的除了福裕、那摩，還有八思巴等來自各地的和尚三百多位。道教一方以新任掌教、三代弟子張誌敬為首，來的道士也不少，有二百多位。裁判和觀禮的人也不少，忽必烈派了木華黎、張宗謙等公卿二百多人觀戰，順便當個見證人，姚樞、竇黷等高級謀士主持大會。
雙方約定了辯論的形式，各自選出了17位精英參加辯論會，“道勝則僧冠首而為道，僧勝則道削發而為僧”。當然了，為了避免徹底撕破麵皮，雙方的老大就不直接上場開撕了，所以福裕、張誌敬不直接上場，那摩國師、八思巴等人也沒有出現在雙方的對陣名單裏麵。
雙方參賽隊員的具體名單，在《至元辨偽錄》中有詳細記載，就不一一列舉了，不過需要說明的是，除了張誌敬和福裕沒有直接參與辯論以外，那摩和八思巴都參加了，而且八思巴還起到了決定性的作用。
具體的辯論過程也不多講了，據《至元辨偽錄》記載，八思巴是最終為本次辯論畫上句號的，他的發難直指問題本質：“《史記》中有化胡的記載嗎？”
道教一方眾人：“no。”
八思巴：“老子傳下來什麽經書？”
道教：“《道德經》。”
八思巴：“ok，除了《道德經》，還有別的嗎？”
道教：“沒啦。”
八思巴心想，真配合，接著問：“《道德經》中有沒有講到化胡？”
道教：“無。”
八思巴：“這就奇怪了，《史記》裏沒說，《道德經》裏也沒說，那麽你們總說的化胡，就連老子本人都沒有說過，那你們是聽誰說的？如果真有這麽偉大的壯舉，那麽在《道德經》怎麽可能會不記載，《史記》中怎麽可能不記載？可見你們所謂的化胡是你們這些後人無中生有，胡編亂造出來的偽經。”
道教：“……”
眼看十七位道士啞口無言，於是姚樞宣布：“此次辯論會，佛教勝！”
當然，以上全是出自《至元辨偽錄》，其中自然是對道教一方有所貶低，不過結果與事實還是基本一致的。
眼看分出了勝負，忽必烈宣布：“既然道教不占道理，那麽你們這十七個道士就剃個光頭，改行當和尚去吧。另外，全真教占的那二百多座寺廟，嗯……”
看著底下福裕給自己比劃手勢，忽必烈頓了一頓，看明白以後接著宣布：“嗯，是237座都還給人家佛教吧……你們還真能搶。還有，把那什麽亂七八糟的化胡經、八十一化圖什麽的全部燒了吧，刻板也不能留，也燒了。”
敗是敗了，不過全真教依舊堅定不移地貫徹老賴的傳統，一個拖字訣深得太極真諦，玩得那叫一個爐火純青，但是迫於各方麵的壓力，也不可能一點好處不讓，比如據各方麵的史料記載，這座法興寺在1258年以後歸還給佛教一方了。1260年-1263年間，福裕派了一位叫巢雲威的和尚去接手並主持法興寺，不久又請求官方賜名為北少林禪寺，正式成為有身份證的正規旅遊景點—嗯是正式的寺廟了，嚴格說是福裕和尚的曹洞宗的房產了。
1258年二月，在辯論開始之前，蒙哥已經帶著大兵南下找南宋的麻煩去了，辯論期間，忽必烈就開始著手準備兵進鄂州，不久也出兵了，這段曆史估計道友們也熟悉。1259年蒙哥死在了合州釣魚山下，忽必烈也同意了南宋的求和，匆匆迴軍和弟弟阿裏不哥爭汗位，不但南宋大大滴鬆了一口氣，全真教也因為沒人顧得上他們和佛教的這點小事，幹脆照樣賴帳不執行宣判結果了。所以，第二次辯論雖然也慘敗了，但全真教的損失也並不是很大，據說就連那十七位削發為僧的道士，也又重新留起了頭發重新穿上了道袍，是不是全都這樣沒有仔細考證，至少李誌全、申誌貞、樊誌應這三位是有記載迴歸道門了。
當然了，蒙哥時期的佛道之爭，並不是表麵上的兩教為了那點利益之爭，而是一次道教對抗佛儒兩家合夥打壓的鬥爭，不僅是宗教之爭，還是政治和文化衝突的體現。長遠來看，全真教逐漸沒落，佛教地位得到了提升，八思巴成了最大的受益人，很快成為了國師，不但個人的地位和聲望越來越高，藏傳佛教也受益，最終取代了漢地禪宗成為國教。
1260年三月，忽必烈迴到了開平，馬上操持著稱汗，阿裏不哥也不含糊，四月在和林稱帝，七月，忽必烈提兵就來打阿裏不哥了。
兄弟兩個的矛盾實際上早就有了，蒙哥、忽必烈和阿裏不哥都是拖雷的兒子，阿裏不哥是老七，非常看不起漢人，他代表了一大批蒙古貴族的態度，所以他對於重用漢人，推行漢化的忽必烈非常不感冒，這才有了在一幫子貴族支持下稱帝的這一事件，當然，皇帝誰都想當。
蒙古人的這次內戰持續的時間並不長，1261年十一月，忽必烈大敗阿裏不哥，1264年四月阿裏不哥實在打不過了便投降當了俘虜，從此去唱鐵窗淚。蒙古帝國時期的《史集》中詳細記載了這段曆史，包括當時審判阿裏不哥時的各種細節。不久以後，1266年的秋天，正值盛年的阿裏不哥病死了，有人認為是被忽必烈暗中害死的，真的假的就不管了。從此，蒙古帝國結束了內亂，1271年，忽必烈取《易經》“大哉乾元”之意，建國號為大元，史稱元世祖。
上頭在忙著軍國大事，自然沒有精力管全真教和佛教的爭鬥這些小事了，所以全真教隻是歸還了一小部分寺院，小日子照樣一副紅紅火火的樣子，直到……
話說1280年四月，大都長春宮與崇福寺發生了一次規模並不算很大的流血衝突，但是它卻成為了徹底改變全真教地位的一個導 火 索。
在《至元辯偽錄》中並沒有說明這次的流血事件的起因，但是說長春宮的道士們“聚徒持挺，毆擊僧眾”，然後又自己燒了房子，誣告當時的僧録廣淵，說是他派和尚們來放的火。當然了，經過一番調查取證，最後把這次鬧事的甘誌泉幾個主要人物砍了腦袋，和尚們還是很不滿意，接著又想起來第二次辯論勝利以後，全真教至今也沒有執行還寺廟燒經書的判決，於是借此次事件，西蕃喇嘛瞻巴建議，接著去找皇帝告狀，徹底清算全真教。
1281年十月，樞密副使張易等奏請忽必烈，說我們研究了一下道教的那些經書，除了道德經是老子親筆寫的以外，其他的都是後來的道士們偽撰的，應該全燒了。這個邏輯就有點過分了，難道佛經就全都是釋迦牟尼寫的了？這也表明了儒家的加入，共同開始對道教打壓了。
忽必烈於是就派張易這幫人，組織佛道兩界人士到長春宮無極殿組織了這次辯論，好好考證一下道藏的真偽問題。
參加的除了全真掌教祁誌誠以外，還有正一教天師張宗演以及大道教掌教李德和、杜春福等人，李德和就是大道教的七祖，杜福春可能就是玉虛宮一脈的七祖，在前文中有過交代。
這次忽必烈的偏向就很明顯了，原來大家還是辯論，相互可以指責，這次完全是一副評估道藏真偽了，這也是全真教一家不可能承擔的責任，才有了正一、大道和太一等的參加。
即使是有了其他門派的相助，全真教一方也擺脫不掉接受質問的局麵。這次主題除了再次辯論《老子化胡經》《老子八十一化圖》以及其他道藏的真偽問題以外，還包括了符籙等方麵。有人提出來說，你們道教總是說自己的符籙能捉鬼辟邪，還能水火不侵、刀劍不傷，那麽你們幾位門派大佬誰給我們演示演示？
忽必烈一聽對啊：“來人啊，在外麵弄個火堆出來，你們四位就各選一個代表，拿上你們的神符，先試試辟火的能力吧。”
四人連忙求饒，聲稱都是假的，不能試。
於是忽必烈下令，除了《道德經》和諸子的醫藥方麵的書籍之外的全部道經都燒了，這次的命令執行力度顯然比前兩次要強得多了，如今忽必烈是皇帝，身份也不是以前所能比的。首先把長春宮裏的經書付之一炬，這還不算，又派了人到全國各地去燒，從此全真教徹底失去了和佛教抗衡的實力。
《至元辯偽錄》卷六記載，至元二十一年，1284年三月，忽必烈還命令翰林院把這次焚毀道藏偽經的壯舉刻碑記錄下來，留給後來人看一看，這就是《聖旨焚毀諸路偽道藏經之碑》，碑文就不引用了。
忽必烈對於佛教的重視，除了受到蒙哥時期的佛道之爭的影響和八思巴有關以外，還和兩個人有關係，海雲和尚和劉秉忠。
海雲早在忽必烈年輕時就跟隨他，並用佛教教義來影響著他，所以算是元朝的開國元勳了，劉秉忠和耶律楚材相似，是個半僧半儒的佛教學者般的存在，是海雲和尚的弟子，因此海雲就把他推薦給了忽必烈。
海雲在蒙古宮廷中一直有很高的地位，早在貴由期間就一直掌管佛教事務，道友們可能沒注意，上麵講到過，在《元史?憲宗本紀》中有“以僧海雲掌釋教事，以道士李真常掌道教事”，前麵有點小失誤，寫成了“掌佛教事”，在此致歉。另外，這裏所說的李真常，就是李誌常，丘處機的弟子，號真常子，並非筆誤。
所以，忽必烈從小就有八思巴、海雲和劉秉忠這些佛教高人的陪伴和影響，對佛教有了偏向就容易理解了。
結果蒙哥說那就再給他們個機會，你們再辯論一次，看看他們是不是真的有什麽想法。結果掌教李誌常卻派人迴複說：“陛下，我出差了，現在這交通也不方便，一時半會還迴不去，您讓他們等等，多等等。”結果這一等就是永遠，因為李誌常這一年幹脆就駕鶴西遊，徹底不迴來了。老大都沒了，全真教也沒心情理會和尚們的糾纏，反正就是不露麵也不出庭，連個律師都不委托，所以這次辯論實質上由於全真教缺席判負了。
1257年七月，不甘心的福裕又來和林找全真教挑戰，全真派依舊高掛免戰就是不搭理這茬。沒辦法的福裕隻好又來找蒙哥，把前前後後一說倒是把蒙哥給氣樂了。接著福裕又反複強調全真教的那《老子八十一化圖》根本就是全真教惡意杜撰，肆意汙損佛教的。忽必烈看了看一起來的西域僧人那摩國師，早就和福裕是統一戰線的那摩點頭表示的確如此，於是蒙哥就安排忽必烈負責處理這件事，給佛道兩家調節調節，希望徹底解決這個矛盾。
為了防止全真道士繼續老賴下去，蒙哥還給忽必烈下旨說全真教如果繼續躲著不派人應戰，那你就看著辦，必要時可以強製執行，然後就帶著大軍走了。
由此看來，直到此時，蒙古的宗教政策還沒有發生明顯的改變，蒙哥並沒有明顯的偏袒佛道的任何一方，否則也不會采用這種相對溫和的辯論的方式解決雙方的爭端，而是直接下命令，反正誰敢不聽話，大蒙古的鐵騎誰不怕？所以雖然全真教辯論失敗了，麵子也的確是丟了，那又如何？反正我們又沒有實質上的損失，反正我就是拒不執行。
眼看著再也拖不下去了，全真教不得不應戰，於是在1258年，忽必烈在開平城組織僧道兩派重新就《老子八十一化圖》和《老子化胡經》的真偽問題舉行第二次辯論，這是三次辯論中規模最大的一次。
有的學者稱這次是第三次辯論，是因為他們把1256年全真教高掛免戰，閉門不出，直接被蒙哥判負那次也算上了，這裏需要解釋清楚了。
史料記載，這次辯論轉到了開平城裏舉行，開平城位於內蒙古境內，是忽必烈一手建設起來的，後來成為元上都。佛教一方可謂是人多勢眾，參加的辯論的除了福裕、那摩，還有八思巴等來自各地的和尚三百多位。道教一方以新任掌教、三代弟子張誌敬為首，來的道士也不少，有二百多位。裁判和觀禮的人也不少，忽必烈派了木華黎、張宗謙等公卿二百多人觀戰，順便當個見證人，姚樞、竇黷等高級謀士主持大會。
雙方約定了辯論的形式，各自選出了17位精英參加辯論會，“道勝則僧冠首而為道，僧勝則道削發而為僧”。當然了，為了避免徹底撕破麵皮，雙方的老大就不直接上場開撕了，所以福裕、張誌敬不直接上場，那摩國師、八思巴等人也沒有出現在雙方的對陣名單裏麵。
雙方參賽隊員的具體名單，在《至元辨偽錄》中有詳細記載，就不一一列舉了，不過需要說明的是，除了張誌敬和福裕沒有直接參與辯論以外，那摩和八思巴都參加了，而且八思巴還起到了決定性的作用。
具體的辯論過程也不多講了，據《至元辨偽錄》記載，八思巴是最終為本次辯論畫上句號的，他的發難直指問題本質：“《史記》中有化胡的記載嗎？”
道教一方眾人：“no。”
八思巴：“老子傳下來什麽經書？”
道教：“《道德經》。”
八思巴：“ok，除了《道德經》，還有別的嗎？”
道教：“沒啦。”
八思巴心想，真配合，接著問：“《道德經》中有沒有講到化胡？”
道教：“無。”
八思巴：“這就奇怪了，《史記》裏沒說，《道德經》裏也沒說，那麽你們總說的化胡，就連老子本人都沒有說過，那你們是聽誰說的？如果真有這麽偉大的壯舉，那麽在《道德經》怎麽可能會不記載，《史記》中怎麽可能不記載？可見你們所謂的化胡是你們這些後人無中生有，胡編亂造出來的偽經。”
道教：“……”
眼看十七位道士啞口無言，於是姚樞宣布：“此次辯論會，佛教勝！”
當然，以上全是出自《至元辨偽錄》，其中自然是對道教一方有所貶低，不過結果與事實還是基本一致的。
眼看分出了勝負，忽必烈宣布：“既然道教不占道理，那麽你們這十七個道士就剃個光頭，改行當和尚去吧。另外，全真教占的那二百多座寺廟，嗯……”
看著底下福裕給自己比劃手勢，忽必烈頓了一頓，看明白以後接著宣布：“嗯，是237座都還給人家佛教吧……你們還真能搶。還有，把那什麽亂七八糟的化胡經、八十一化圖什麽的全部燒了吧，刻板也不能留，也燒了。”
敗是敗了，不過全真教依舊堅定不移地貫徹老賴的傳統，一個拖字訣深得太極真諦，玩得那叫一個爐火純青，但是迫於各方麵的壓力，也不可能一點好處不讓，比如據各方麵的史料記載，這座法興寺在1258年以後歸還給佛教一方了。1260年-1263年間，福裕派了一位叫巢雲威的和尚去接手並主持法興寺，不久又請求官方賜名為北少林禪寺，正式成為有身份證的正規旅遊景點—嗯是正式的寺廟了，嚴格說是福裕和尚的曹洞宗的房產了。
1258年二月，在辯論開始之前，蒙哥已經帶著大兵南下找南宋的麻煩去了，辯論期間，忽必烈就開始著手準備兵進鄂州，不久也出兵了，這段曆史估計道友們也熟悉。1259年蒙哥死在了合州釣魚山下，忽必烈也同意了南宋的求和，匆匆迴軍和弟弟阿裏不哥爭汗位，不但南宋大大滴鬆了一口氣，全真教也因為沒人顧得上他們和佛教的這點小事，幹脆照樣賴帳不執行宣判結果了。所以，第二次辯論雖然也慘敗了，但全真教的損失也並不是很大，據說就連那十七位削發為僧的道士，也又重新留起了頭發重新穿上了道袍，是不是全都這樣沒有仔細考證，至少李誌全、申誌貞、樊誌應這三位是有記載迴歸道門了。
當然了，蒙哥時期的佛道之爭，並不是表麵上的兩教為了那點利益之爭，而是一次道教對抗佛儒兩家合夥打壓的鬥爭，不僅是宗教之爭，還是政治和文化衝突的體現。長遠來看，全真教逐漸沒落，佛教地位得到了提升，八思巴成了最大的受益人，很快成為了國師，不但個人的地位和聲望越來越高，藏傳佛教也受益，最終取代了漢地禪宗成為國教。
1260年三月，忽必烈迴到了開平，馬上操持著稱汗，阿裏不哥也不含糊，四月在和林稱帝，七月，忽必烈提兵就來打阿裏不哥了。
兄弟兩個的矛盾實際上早就有了，蒙哥、忽必烈和阿裏不哥都是拖雷的兒子，阿裏不哥是老七，非常看不起漢人，他代表了一大批蒙古貴族的態度，所以他對於重用漢人，推行漢化的忽必烈非常不感冒，這才有了在一幫子貴族支持下稱帝的這一事件，當然，皇帝誰都想當。
蒙古人的這次內戰持續的時間並不長，1261年十一月，忽必烈大敗阿裏不哥，1264年四月阿裏不哥實在打不過了便投降當了俘虜，從此去唱鐵窗淚。蒙古帝國時期的《史集》中詳細記載了這段曆史，包括當時審判阿裏不哥時的各種細節。不久以後，1266年的秋天，正值盛年的阿裏不哥病死了，有人認為是被忽必烈暗中害死的，真的假的就不管了。從此，蒙古帝國結束了內亂，1271年，忽必烈取《易經》“大哉乾元”之意，建國號為大元，史稱元世祖。
上頭在忙著軍國大事，自然沒有精力管全真教和佛教的爭鬥這些小事了，所以全真教隻是歸還了一小部分寺院，小日子照樣一副紅紅火火的樣子，直到……
話說1280年四月，大都長春宮與崇福寺發生了一次規模並不算很大的流血衝突，但是它卻成為了徹底改變全真教地位的一個導 火 索。
在《至元辯偽錄》中並沒有說明這次的流血事件的起因，但是說長春宮的道士們“聚徒持挺，毆擊僧眾”，然後又自己燒了房子，誣告當時的僧録廣淵，說是他派和尚們來放的火。當然了，經過一番調查取證，最後把這次鬧事的甘誌泉幾個主要人物砍了腦袋，和尚們還是很不滿意，接著又想起來第二次辯論勝利以後，全真教至今也沒有執行還寺廟燒經書的判決，於是借此次事件，西蕃喇嘛瞻巴建議，接著去找皇帝告狀，徹底清算全真教。
1281年十月，樞密副使張易等奏請忽必烈，說我們研究了一下道教的那些經書，除了道德經是老子親筆寫的以外，其他的都是後來的道士們偽撰的，應該全燒了。這個邏輯就有點過分了，難道佛經就全都是釋迦牟尼寫的了？這也表明了儒家的加入，共同開始對道教打壓了。
忽必烈於是就派張易這幫人，組織佛道兩界人士到長春宮無極殿組織了這次辯論，好好考證一下道藏的真偽問題。
參加的除了全真掌教祁誌誠以外，還有正一教天師張宗演以及大道教掌教李德和、杜春福等人，李德和就是大道教的七祖，杜福春可能就是玉虛宮一脈的七祖，在前文中有過交代。
這次忽必烈的偏向就很明顯了，原來大家還是辯論，相互可以指責，這次完全是一副評估道藏真偽了，這也是全真教一家不可能承擔的責任，才有了正一、大道和太一等的參加。
即使是有了其他門派的相助，全真教一方也擺脫不掉接受質問的局麵。這次主題除了再次辯論《老子化胡經》《老子八十一化圖》以及其他道藏的真偽問題以外，還包括了符籙等方麵。有人提出來說，你們道教總是說自己的符籙能捉鬼辟邪，還能水火不侵、刀劍不傷，那麽你們幾位門派大佬誰給我們演示演示？
忽必烈一聽對啊：“來人啊，在外麵弄個火堆出來，你們四位就各選一個代表，拿上你們的神符，先試試辟火的能力吧。”
四人連忙求饒，聲稱都是假的，不能試。
於是忽必烈下令，除了《道德經》和諸子的醫藥方麵的書籍之外的全部道經都燒了，這次的命令執行力度顯然比前兩次要強得多了，如今忽必烈是皇帝，身份也不是以前所能比的。首先把長春宮裏的經書付之一炬，這還不算，又派了人到全國各地去燒，從此全真教徹底失去了和佛教抗衡的實力。
《至元辯偽錄》卷六記載，至元二十一年，1284年三月，忽必烈還命令翰林院把這次焚毀道藏偽經的壯舉刻碑記錄下來，留給後來人看一看，這就是《聖旨焚毀諸路偽道藏經之碑》，碑文就不引用了。
忽必烈對於佛教的重視，除了受到蒙哥時期的佛道之爭的影響和八思巴有關以外，還和兩個人有關係，海雲和尚和劉秉忠。
海雲早在忽必烈年輕時就跟隨他，並用佛教教義來影響著他，所以算是元朝的開國元勳了，劉秉忠和耶律楚材相似，是個半僧半儒的佛教學者般的存在，是海雲和尚的弟子，因此海雲就把他推薦給了忽必烈。
海雲在蒙古宮廷中一直有很高的地位，早在貴由期間就一直掌管佛教事務，道友們可能沒注意，上麵講到過，在《元史?憲宗本紀》中有“以僧海雲掌釋教事，以道士李真常掌道教事”，前麵有點小失誤，寫成了“掌佛教事”，在此致歉。另外，這裏所說的李真常，就是李誌常，丘處機的弟子，號真常子，並非筆誤。
所以，忽必烈從小就有八思巴、海雲和劉秉忠這些佛教高人的陪伴和影響，對佛教有了偏向就容易理解了。