南北和議
宣統三年(1911年)10月13日召開的軍事會議上，黎元洪就發表了任職以來的首次演說，分析指出當前革命的形勢和麵臨的任務。指出革命軍起義，是推倒清朝，恢複漢族的統治，是廢除專製，建立共和的開始。並同意就任大都督之職。武昌起義爆發後，清軍加大了湖北的作戰力量，除湖北提督張彪率部繼續駐紮漢陽外，還派出馮國璋率領的陸軍、薩鎮冰率領的海軍抵達漢口作戰。剛剛成立的軍政府可以說是內外交困，黎元洪剛履任都督所麵臨的壓力和考驗也是雙重的。一方麵是內部的權力之爭，另一方麵是外部強大的軍事壓力。內部的壓力主要是軍政府權力分配問題，這也是黎元洪上任後遇到的第一個最為棘手的政治問題。
10月28日，同盟會領導人黃興、宋教仁、田桐等人抵達武漢支援。黃興為眾望所歸的、敢上前線衝鋒陷陣的統帥，他的到來給革命軍的士氣打了一針強心劑。黎元洪委任黃興為湖北革命軍戰時總司令，所有湖北軍隊和外省開赴湖北的援軍悉歸其節製調遣。但由於雙方力量對比懸殊，漢口、漢陽相繼失陷，革命黨人不得不退守武昌以圖自救，武漢保衛戰進行得非常慘烈。與此同時，全國的革命形勢的發展卻十分有利。革命形勢的變化拉開了南北議和的序幕。
10月到11月之交，袁世凱囑意曾任湖北新軍管帶、時為袁府幕僚和湖北籍道員的劉承恩，先後三次向黎元洪致函提出，南北戰事應趁清廷下罪己詔悔過的機會暫且和平了結。對此，湖北軍政府商議了權宜一時之計，即主張利用袁世凱反戈，隻要袁世凱不反對革命，即推戴袁世凱為大總統。袁世凱認為革命黨人雖居心巨測，但和平解決之意已明，遂繼續邊剿邊撫、邊打邊拉來斡旋。
11月10日，在黎元洪發出通電請獨立各省組織臨時中央政府以一軍權的同日，袁世凱派出全權代表劉承恩、海軍正參領蔡廷幹攜其手書到武昌都督府與革命軍議和，並向湖北方麵提出:如能承認君主立憲，兩軍立刻息戰。否則仍以武力解決。湖北軍政府則向袁世凱提出如果能順從民意，則同意袁世凱的條件。不然，即使國家和人民受塗炭之禍，也不能屈從袁世凱。黎元洪雖然同意議和，但對袁世凱提出的君主立憲的條件嚴詞拒絕，堅持以建立共和作為議和的根本條件。
從首義之初袁世凱誘和到清帝退位這段南北議和期間，黎元洪主戰的態度也不是自始至終的，而是搖擺於“戰”與“和”之間。在袁世凱幕僚遊說黎元洪當前戰事不能長久，當有議和轉機，希望和平了結時，黎元洪所作複書語氣恭順。對袁世凱提出在實行君主立憲的基礎上兩軍息戰的議和條件時，黎元洪的反應溫和，都可以考慮。停戰議和是袁世凱瓦解革命力量的殺手鐧的目的。
12月9日，南北雙方簽訂正式停戰協定，資產階級革命派發動和領導的反對清王朝的起義鬥爭至此告停。
民初政爭
民國元年(1912年)1月，中華民國臨時政府在南京成立，黎元洪被選為副總統兼領鄂督。同年1月16日，孫武、劉成禺等首義諸人在上海成立民社，創辦機關報《民聲日報》，大力宣揚盧梭《民約論》中的民主思想，擁護黎元洪為首領，與同盟會爭權，公開與同盟會對立，跟臨時政府分庭抗禮。黎元洪和民社的結合，雙方都有其自身利益的考慮。民社依靠黎元洪，可以借首義領袖人物的威望來擴大自己的影響，進而達到幹涉臨時政府政治安排的目的。
孫中山就任臨時大總統的當天，黎元洪就在致電南京臨時政府和各省都督時指出:“袁世凱胸懷磊落，名滿天下。此次因為袁世凱出仕清廷而未被當選，有識之士都為此感到惋惜。如果南北議和能快速達成，國人都能享受共和帶來的好處。那袁世凱居功至偉，為什麽不能選他呢?”表現出了對袁世凱的推崇之情。這從另外一個側麵也反映出了他對孫中山領導下的臨時政府組成班子的不滿。以黎元洪為首的武漢方麵和以孫中山為首的南京方麵在財政籌款、國旗式樣選取、定都等問題的決策上產生了較大的意見分歧。在這種情勢下，南京臨時政府施政有來自內部的強大阻力，各項工作部署落實起來顯得異常的艱難。
與此同時，湖北革命黨人內部也開始出現明顯的分化，或為爭權奪利，或為挽救革命成果，因而同室操戈的現象時有發生。黎元洪處於武昌權力集團的中心，在政府的內務、財政、外交、秘書廳等要害部門大量啟用自己的舊部，拓展自己的勢力，鞏固自己的地位，這進一步激起了部分革命黨人的強烈不滿，遂而引發一起起推倒黎元洪的運動。但倒黎又往往以未遂告終，由此所引發的則是黎元洪通過實行對黨人的大肆鎮壓來“清君側”。雙方的劍拔弩張使沒有掌握政權和正規軍隊的革命黨人隊伍明顯處於弱勢地位，雙方槍林彈雨的較量也就表現得異常血腥，“黎屠夫”之名更是因此不脛而走，廣為傳播。
8月16日與袁世凱合謀，誘殺湖北軍政府軍務部副部長張振武和湖北將校團團長方維。黎元洪對革命黨人的血洗和鎮壓，也使他牢牢地控製住了湖北軍政大權。此間，黎元洪聯袁反孫的政治路線，不但加速了葬送辛亥革命成果的步伐，也給整個民初政治撲朔迷離、反複無常埋下了曆史的禍根。
疏遠帝製
贛寧之役後，在袁世凱的威逼利誘下，在國會中占半數議席之上的國民黨議員開始分化。民國二年(1913年)8月5日，黎元洪領銜通電全國，主張先選總統再定憲法。10月6日，國會議員在袁世凱一手安排的打手要挾之下選舉他為“正式”大總統。次日，黎元洪當選為副總統。隨後，黎元洪應袁世凱之邀離開武昌，入京履職，居住在有“小蓬萊”之稱的的中南海瀛台。12月22日，黎元洪以“前兼領湖北都督”的名義領銜邀集各省都督、民政長聯名通電，主張給資遣散議員，解散國會，以政治會議取而代國會。前後在不到三個月的時間裏，袁世凱就相繼解散國民黨、召開“政治會議”、解散國會、撤銷各省議會、停辦地方自治等，清除了他走向專製獨裁道路的政治障礙。
民國三年(1914年)5月，袁世凱公布了把總統權力擴大到和皇帝一樣的《中華民國新約法》，替代了民國元年的《臨時約法》，並規定“立法院”為立法機關，“參政院”為總統諮詢機關，所有參政由總統任命。6月21日，由70人組成的“參政院”正式成立，代替了以往的國會，黎元洪出任院長，為袁世凱向專製政權進發裝點門麵。此時，袁世凱依靠封建軍閥武裝已在全國建立起了較為穩固的統治基礎，其帝製自為活動也隨之日囂塵上。對於袁世凱所進行的一係列帝製活動，黎元洪采取了消極抵製的態度。他首先是請辭本兼各職，試圖從帝製活動中抽身而退。黎元洪在參政院的演講中聲明，此次會議期間，決不涉及參議院立法職權範圍外之事，並拒絕出席參議院會議，提出辭去副總統、參政院長等職，並向袁提出迴湖北原籍修養的要求。袁世凱擔心放虎歸山，對此一律不予批準。黎元洪遂將居所由堿台遷往東廠胡同。
民國四年(1915年)12月12日，袁世凱正式稱帝，成為中華帝國的皇帝。袁世凱稱帝後的第一道命令就是冊封黎元洪為“武義親王”。在冊封令下達之時，黎元洪委婉地拒絕。此時，各省督軍、巡按使、鎮守使、都統、巡閱使等紛紛以“東廠胡同黎親王”、“武義親王”、“黎親王”等不同的電頭致電向黎元洪表示祝賀。但黎數次拒絕了袁世凱各種變換招數的冊封形式。
護國運動發生後，以雲南、貴州起兵反對帝製最為劇烈。為消除戰爭，穩定大局，民國五年(1916年)3月28日，在袁世凱宣布取消帝製的第六天，副總統黎元洪就邀集辭職引退的原國務卿徐世昌、時任參謀總長兼代理國務卿段祺瑞聯名就滇黔息兵問題四發勘電。滇黔問題最終在黎元洪等人和社會各界的共同努力下，蔡鍔、唐繼堯等人考慮到袁世凱己宣布取消帝製，遂放棄與中央的割據和戰爭，共建民國。
民國五年(1916年)5月7日，西南四省倡議成立中華民國軍政府並宣告:“中華民國大總統，領海陸軍大元帥一職，依法由副總統黎公繼位。”袁世凱取消帝製後於民國五年(1916年)6月6日去世。
府院之爭
民國五年(1916年)6月7日，即袁世凱死後的第二天，黎元洪在東廠胡同宅邸就職中華民國大總統。黎元洪就職大總統後，各方來電請求恢複“民元約法”(民國元年約法)和“民二國會“(民國二年國會)製定之大總統選舉法，召集國會，速定憲法，組織責任內閣，廢除民國二年(1913年)十一月四日後袁氏偽製，懲辦禍首。所有措施須依臨時約法，以解時局紛擾之禍，慰人民望治之心，固民國根基之本。
以段祺瑞為首的北洋軍閥堅持袁氏約法，主要是出於維護北洋軍閥的合法地位的考慮，有利於段祺瑞獨攬大權，武力統一全國;如果約法恢複，延伸而來的就是要恢複國會，這個以國民黨議員居於優勢地位的舊國會當然也就會成為他實行軍事獨裁的障礙，所以段一再堅持不肯恢複舊約法和舊國會。革命黨人和護國軍政府方麵堅持恢複臨時約法和民二國會，實際上也是為了打破北洋係專製獨裁的局麵，重新使中央政府迴歸到民主政治的軌道上來。民國五年(1916年)6月27日，黎元洪致電馮國璋商談恢複約法召集國會，指出臨時約法束縛了行政的順暢，應當速速籌措召開憲法國會開會。
黎元洪繼任大總統離不開段祺瑞的擁護和支持。段祺瑞擁護黎元洪就任也是迫於當時政治形勢的需要。為維護這種相互依存關係，黎元洪任命段祺瑞為國務總理，組織責任內閣。段祺瑞由於有著強大的北洋軍和除西南六省外的各省掌握軍政實權的督軍和高官的支持，對手無武裝實力、僅依存於國會的黎元洪不放在眼裏，繼續推行自己的軍閥作風。在對德參戰等問題上，雙方鬥爭和矛盾急劇升級，引發了激烈的府院之爭，其結果是黎元洪下令免去段祺瑞的職務。段祺瑞憤然離京去津，策劃武裝倒黎。民國六年(1917年)5月，張勳在徐州邀開督軍團會議，正逢段祺瑞被免職，與會各省督軍群情激憤，痛罵黎元洪和國會。張勳則乘機盤算著借驅黎之名達到複辟清室的目的。
民國六年(1917年)6月7日，張勳率五千辮子軍北上，7月1日張勳進京，擁戴清廢帝溥儀即位。出於對張勳勢力的威脅，黎元洪不得已逃到日本公使館進行躲避。此時，廣東高官朱慶潤、廣西省議會、江蘇督軍李純等紛紛電請黎元洪勿思引退，以武力斬除張勳。7月3日，段祺瑞以討逆軍總司令名義誓師討伐，劍指張勳一人，餘者不咎。不出十日功夫，張勳等複辟勢力即遭到段祺瑞的鎮壓。張勳複辟使段祺瑞以“再造共和”的功臣身份迴到北京，黎元洪也因段祺瑞討逆成功而重獲自由。
法統重光
民國六年(1917年)8月28日，黎元洪啟程趕赴天津，從此開始了長達五年的息影津門的生活。黎元洪受到企業盈利的巨大鼓舞，熱心發展實業。他也曾表示:“對於政治業已心灰意冷，以後將在實業界力求活動”，從而拿出自己的官傣收入、土地租金或利用個人的政治影響借債銀行，先後選擇在北京、天津、上海、湖北等13個省和香港等地，投資煤礦、鹽堿、鋼鐵、紡織、煙酒、食品、製藥、林場、銀行、證券、信托、保險、郵電等各種企業70多個，有的還親自出任董事長，或以子女的名義擔任要職，施展實業救國的抱負。
民國十一年(1922年)6月，直係軍閥曹錕、吳佩孚趕走皖係總統徐世昌，徐世昌在各種利益的左右和外部武力的脅迫下，他顯得孤立無援而不得不於同年6月3日辭去大總統職位。總統一席又是虛位以待。直係軍閥對此雖凱覷已久，但顧忌到西南軍閥、奉係和國民黨的反對，不好直接登上總統寶座。早些時候，原國會眾議院議長吳景鐮曾通過吳佩孚的部將王承斌給吳獻上了“法統重光”之計，即重新擁戴黎元洪複職大總統，恢複張勳複辟期間解散的國會。其立論根據在於黎元洪的離職和國會的解散都處在非常時期，是不得已而為之，故需補滿任期侯期滿後再行重選。按照這一推理，其後“安福國會”選舉的總統徐世昌自然也就非法，理應下台。但其用心卻不在於真正的保持“法統”，維護國家的穩定和法律的尊嚴，而是明修棧道，暗渡陳倉，以黎元洪為跳板來實現曹、吳的總統之夢。所以，徐世昌辭職當日，曹、吳就領銜會同直係軍閥17人發表通電，表示擁黎元洪出山繼任總統職位。
6月6日，黎元洪發出“廢督裁兵”的魚電，頗得社會同情和部分軍閥的響應。9日夜到10日早間，川、湘、漢、東三省定團體發出勸駕電凡十數通，章太炎等名流亦來賀電，加上吳佩孚發來電報解釋曹、邊恫嚇不要顧忌，此時黎元洪出山之心“已為之動然，尚未出諸口雲，但已側注廢督裁兵一層”。
複職後，黎元洪麵臨三大問題需要著手解決。一是內閣問題，內定顏惠慶組閣;二是國會問題;三是統一問題，主要是西南和東北兩部分尚未統一。同時，黎元洪雖然再次上任大總統職務，但北京政府內部的政治鬥爭並未因此停息，國會與內閣的衝突也直接反映了直係內部保、洛兩派的明爭暗鬥，這在羅文幹案引發的倒閣風潮上的表現最為集中。在直係各派的激烈爭鬥下，隨後半年內，內閣又迭經汪大燮、張紹曾署理，黎元洪也在政治漩渦的中心不能自拔。
下台逝世
1923年10月5日，曹錕賄選成功，反直同盟隨之瓦解，黎元洪複位總統的夢想破滅。一年來的奔走唿號，使黎元洪身心疲憊。加之曹錕上台後加大了對異己的打擊力度，黎元洪的生活和生存空間越發狹小，他隻好選擇東渡日本。1928年6月3日，黎元洪因為腦溢血在天津去世，享年65歲。黎元洪死後，以國葬的形式葬在土公山(現華中師範大學東南門附近)。1935年11月24日中華民國國民政府於武昌為黎元洪舉行國葬典禮，遺體歸葬於武昌卓刀泉。
宣統三年(1911年)10月13日召開的軍事會議上，黎元洪就發表了任職以來的首次演說，分析指出當前革命的形勢和麵臨的任務。指出革命軍起義，是推倒清朝，恢複漢族的統治，是廢除專製，建立共和的開始。並同意就任大都督之職。武昌起義爆發後，清軍加大了湖北的作戰力量，除湖北提督張彪率部繼續駐紮漢陽外，還派出馮國璋率領的陸軍、薩鎮冰率領的海軍抵達漢口作戰。剛剛成立的軍政府可以說是內外交困，黎元洪剛履任都督所麵臨的壓力和考驗也是雙重的。一方麵是內部的權力之爭，另一方麵是外部強大的軍事壓力。內部的壓力主要是軍政府權力分配問題，這也是黎元洪上任後遇到的第一個最為棘手的政治問題。
10月28日，同盟會領導人黃興、宋教仁、田桐等人抵達武漢支援。黃興為眾望所歸的、敢上前線衝鋒陷陣的統帥，他的到來給革命軍的士氣打了一針強心劑。黎元洪委任黃興為湖北革命軍戰時總司令，所有湖北軍隊和外省開赴湖北的援軍悉歸其節製調遣。但由於雙方力量對比懸殊，漢口、漢陽相繼失陷，革命黨人不得不退守武昌以圖自救，武漢保衛戰進行得非常慘烈。與此同時，全國的革命形勢的發展卻十分有利。革命形勢的變化拉開了南北議和的序幕。
10月到11月之交，袁世凱囑意曾任湖北新軍管帶、時為袁府幕僚和湖北籍道員的劉承恩，先後三次向黎元洪致函提出，南北戰事應趁清廷下罪己詔悔過的機會暫且和平了結。對此，湖北軍政府商議了權宜一時之計，即主張利用袁世凱反戈，隻要袁世凱不反對革命，即推戴袁世凱為大總統。袁世凱認為革命黨人雖居心巨測，但和平解決之意已明，遂繼續邊剿邊撫、邊打邊拉來斡旋。
11月10日，在黎元洪發出通電請獨立各省組織臨時中央政府以一軍權的同日，袁世凱派出全權代表劉承恩、海軍正參領蔡廷幹攜其手書到武昌都督府與革命軍議和，並向湖北方麵提出:如能承認君主立憲，兩軍立刻息戰。否則仍以武力解決。湖北軍政府則向袁世凱提出如果能順從民意，則同意袁世凱的條件。不然，即使國家和人民受塗炭之禍，也不能屈從袁世凱。黎元洪雖然同意議和，但對袁世凱提出的君主立憲的條件嚴詞拒絕，堅持以建立共和作為議和的根本條件。
從首義之初袁世凱誘和到清帝退位這段南北議和期間，黎元洪主戰的態度也不是自始至終的，而是搖擺於“戰”與“和”之間。在袁世凱幕僚遊說黎元洪當前戰事不能長久，當有議和轉機，希望和平了結時，黎元洪所作複書語氣恭順。對袁世凱提出在實行君主立憲的基礎上兩軍息戰的議和條件時，黎元洪的反應溫和，都可以考慮。停戰議和是袁世凱瓦解革命力量的殺手鐧的目的。
12月9日，南北雙方簽訂正式停戰協定，資產階級革命派發動和領導的反對清王朝的起義鬥爭至此告停。
民初政爭
民國元年(1912年)1月，中華民國臨時政府在南京成立，黎元洪被選為副總統兼領鄂督。同年1月16日，孫武、劉成禺等首義諸人在上海成立民社，創辦機關報《民聲日報》，大力宣揚盧梭《民約論》中的民主思想，擁護黎元洪為首領，與同盟會爭權，公開與同盟會對立，跟臨時政府分庭抗禮。黎元洪和民社的結合，雙方都有其自身利益的考慮。民社依靠黎元洪，可以借首義領袖人物的威望來擴大自己的影響，進而達到幹涉臨時政府政治安排的目的。
孫中山就任臨時大總統的當天，黎元洪就在致電南京臨時政府和各省都督時指出:“袁世凱胸懷磊落，名滿天下。此次因為袁世凱出仕清廷而未被當選，有識之士都為此感到惋惜。如果南北議和能快速達成，國人都能享受共和帶來的好處。那袁世凱居功至偉，為什麽不能選他呢?”表現出了對袁世凱的推崇之情。這從另外一個側麵也反映出了他對孫中山領導下的臨時政府組成班子的不滿。以黎元洪為首的武漢方麵和以孫中山為首的南京方麵在財政籌款、國旗式樣選取、定都等問題的決策上產生了較大的意見分歧。在這種情勢下，南京臨時政府施政有來自內部的強大阻力，各項工作部署落實起來顯得異常的艱難。
與此同時，湖北革命黨人內部也開始出現明顯的分化，或為爭權奪利，或為挽救革命成果，因而同室操戈的現象時有發生。黎元洪處於武昌權力集團的中心，在政府的內務、財政、外交、秘書廳等要害部門大量啟用自己的舊部，拓展自己的勢力，鞏固自己的地位，這進一步激起了部分革命黨人的強烈不滿，遂而引發一起起推倒黎元洪的運動。但倒黎又往往以未遂告終，由此所引發的則是黎元洪通過實行對黨人的大肆鎮壓來“清君側”。雙方的劍拔弩張使沒有掌握政權和正規軍隊的革命黨人隊伍明顯處於弱勢地位，雙方槍林彈雨的較量也就表現得異常血腥，“黎屠夫”之名更是因此不脛而走，廣為傳播。
8月16日與袁世凱合謀，誘殺湖北軍政府軍務部副部長張振武和湖北將校團團長方維。黎元洪對革命黨人的血洗和鎮壓，也使他牢牢地控製住了湖北軍政大權。此間，黎元洪聯袁反孫的政治路線，不但加速了葬送辛亥革命成果的步伐，也給整個民初政治撲朔迷離、反複無常埋下了曆史的禍根。
疏遠帝製
贛寧之役後，在袁世凱的威逼利誘下，在國會中占半數議席之上的國民黨議員開始分化。民國二年(1913年)8月5日，黎元洪領銜通電全國，主張先選總統再定憲法。10月6日，國會議員在袁世凱一手安排的打手要挾之下選舉他為“正式”大總統。次日，黎元洪當選為副總統。隨後，黎元洪應袁世凱之邀離開武昌，入京履職，居住在有“小蓬萊”之稱的的中南海瀛台。12月22日，黎元洪以“前兼領湖北都督”的名義領銜邀集各省都督、民政長聯名通電，主張給資遣散議員，解散國會，以政治會議取而代國會。前後在不到三個月的時間裏，袁世凱就相繼解散國民黨、召開“政治會議”、解散國會、撤銷各省議會、停辦地方自治等，清除了他走向專製獨裁道路的政治障礙。
民國三年(1914年)5月，袁世凱公布了把總統權力擴大到和皇帝一樣的《中華民國新約法》，替代了民國元年的《臨時約法》，並規定“立法院”為立法機關，“參政院”為總統諮詢機關，所有參政由總統任命。6月21日，由70人組成的“參政院”正式成立，代替了以往的國會，黎元洪出任院長，為袁世凱向專製政權進發裝點門麵。此時，袁世凱依靠封建軍閥武裝已在全國建立起了較為穩固的統治基礎，其帝製自為活動也隨之日囂塵上。對於袁世凱所進行的一係列帝製活動，黎元洪采取了消極抵製的態度。他首先是請辭本兼各職，試圖從帝製活動中抽身而退。黎元洪在參政院的演講中聲明，此次會議期間，決不涉及參議院立法職權範圍外之事，並拒絕出席參議院會議，提出辭去副總統、參政院長等職，並向袁提出迴湖北原籍修養的要求。袁世凱擔心放虎歸山，對此一律不予批準。黎元洪遂將居所由堿台遷往東廠胡同。
民國四年(1915年)12月12日，袁世凱正式稱帝，成為中華帝國的皇帝。袁世凱稱帝後的第一道命令就是冊封黎元洪為“武義親王”。在冊封令下達之時，黎元洪委婉地拒絕。此時，各省督軍、巡按使、鎮守使、都統、巡閱使等紛紛以“東廠胡同黎親王”、“武義親王”、“黎親王”等不同的電頭致電向黎元洪表示祝賀。但黎數次拒絕了袁世凱各種變換招數的冊封形式。
護國運動發生後，以雲南、貴州起兵反對帝製最為劇烈。為消除戰爭，穩定大局，民國五年(1916年)3月28日，在袁世凱宣布取消帝製的第六天，副總統黎元洪就邀集辭職引退的原國務卿徐世昌、時任參謀總長兼代理國務卿段祺瑞聯名就滇黔息兵問題四發勘電。滇黔問題最終在黎元洪等人和社會各界的共同努力下，蔡鍔、唐繼堯等人考慮到袁世凱己宣布取消帝製，遂放棄與中央的割據和戰爭，共建民國。
民國五年(1916年)5月7日，西南四省倡議成立中華民國軍政府並宣告:“中華民國大總統，領海陸軍大元帥一職，依法由副總統黎公繼位。”袁世凱取消帝製後於民國五年(1916年)6月6日去世。
府院之爭
民國五年(1916年)6月7日，即袁世凱死後的第二天，黎元洪在東廠胡同宅邸就職中華民國大總統。黎元洪就職大總統後，各方來電請求恢複“民元約法”(民國元年約法)和“民二國會“(民國二年國會)製定之大總統選舉法，召集國會，速定憲法，組織責任內閣，廢除民國二年(1913年)十一月四日後袁氏偽製，懲辦禍首。所有措施須依臨時約法，以解時局紛擾之禍，慰人民望治之心，固民國根基之本。
以段祺瑞為首的北洋軍閥堅持袁氏約法，主要是出於維護北洋軍閥的合法地位的考慮，有利於段祺瑞獨攬大權，武力統一全國;如果約法恢複，延伸而來的就是要恢複國會，這個以國民黨議員居於優勢地位的舊國會當然也就會成為他實行軍事獨裁的障礙，所以段一再堅持不肯恢複舊約法和舊國會。革命黨人和護國軍政府方麵堅持恢複臨時約法和民二國會，實際上也是為了打破北洋係專製獨裁的局麵，重新使中央政府迴歸到民主政治的軌道上來。民國五年(1916年)6月27日，黎元洪致電馮國璋商談恢複約法召集國會，指出臨時約法束縛了行政的順暢，應當速速籌措召開憲法國會開會。
黎元洪繼任大總統離不開段祺瑞的擁護和支持。段祺瑞擁護黎元洪就任也是迫於當時政治形勢的需要。為維護這種相互依存關係，黎元洪任命段祺瑞為國務總理，組織責任內閣。段祺瑞由於有著強大的北洋軍和除西南六省外的各省掌握軍政實權的督軍和高官的支持，對手無武裝實力、僅依存於國會的黎元洪不放在眼裏，繼續推行自己的軍閥作風。在對德參戰等問題上，雙方鬥爭和矛盾急劇升級，引發了激烈的府院之爭，其結果是黎元洪下令免去段祺瑞的職務。段祺瑞憤然離京去津，策劃武裝倒黎。民國六年(1917年)5月，張勳在徐州邀開督軍團會議，正逢段祺瑞被免職，與會各省督軍群情激憤，痛罵黎元洪和國會。張勳則乘機盤算著借驅黎之名達到複辟清室的目的。
民國六年(1917年)6月7日，張勳率五千辮子軍北上，7月1日張勳進京，擁戴清廢帝溥儀即位。出於對張勳勢力的威脅，黎元洪不得已逃到日本公使館進行躲避。此時，廣東高官朱慶潤、廣西省議會、江蘇督軍李純等紛紛電請黎元洪勿思引退，以武力斬除張勳。7月3日，段祺瑞以討逆軍總司令名義誓師討伐，劍指張勳一人，餘者不咎。不出十日功夫，張勳等複辟勢力即遭到段祺瑞的鎮壓。張勳複辟使段祺瑞以“再造共和”的功臣身份迴到北京，黎元洪也因段祺瑞討逆成功而重獲自由。
法統重光
民國六年(1917年)8月28日，黎元洪啟程趕赴天津，從此開始了長達五年的息影津門的生活。黎元洪受到企業盈利的巨大鼓舞，熱心發展實業。他也曾表示:“對於政治業已心灰意冷，以後將在實業界力求活動”，從而拿出自己的官傣收入、土地租金或利用個人的政治影響借債銀行，先後選擇在北京、天津、上海、湖北等13個省和香港等地，投資煤礦、鹽堿、鋼鐵、紡織、煙酒、食品、製藥、林場、銀行、證券、信托、保險、郵電等各種企業70多個，有的還親自出任董事長，或以子女的名義擔任要職，施展實業救國的抱負。
民國十一年(1922年)6月，直係軍閥曹錕、吳佩孚趕走皖係總統徐世昌，徐世昌在各種利益的左右和外部武力的脅迫下，他顯得孤立無援而不得不於同年6月3日辭去大總統職位。總統一席又是虛位以待。直係軍閥對此雖凱覷已久，但顧忌到西南軍閥、奉係和國民黨的反對，不好直接登上總統寶座。早些時候，原國會眾議院議長吳景鐮曾通過吳佩孚的部將王承斌給吳獻上了“法統重光”之計，即重新擁戴黎元洪複職大總統，恢複張勳複辟期間解散的國會。其立論根據在於黎元洪的離職和國會的解散都處在非常時期，是不得已而為之，故需補滿任期侯期滿後再行重選。按照這一推理，其後“安福國會”選舉的總統徐世昌自然也就非法，理應下台。但其用心卻不在於真正的保持“法統”，維護國家的穩定和法律的尊嚴，而是明修棧道，暗渡陳倉，以黎元洪為跳板來實現曹、吳的總統之夢。所以，徐世昌辭職當日，曹、吳就領銜會同直係軍閥17人發表通電，表示擁黎元洪出山繼任總統職位。
6月6日，黎元洪發出“廢督裁兵”的魚電，頗得社會同情和部分軍閥的響應。9日夜到10日早間，川、湘、漢、東三省定團體發出勸駕電凡十數通，章太炎等名流亦來賀電，加上吳佩孚發來電報解釋曹、邊恫嚇不要顧忌，此時黎元洪出山之心“已為之動然，尚未出諸口雲，但已側注廢督裁兵一層”。
複職後，黎元洪麵臨三大問題需要著手解決。一是內閣問題，內定顏惠慶組閣;二是國會問題;三是統一問題，主要是西南和東北兩部分尚未統一。同時，黎元洪雖然再次上任大總統職務，但北京政府內部的政治鬥爭並未因此停息，國會與內閣的衝突也直接反映了直係內部保、洛兩派的明爭暗鬥，這在羅文幹案引發的倒閣風潮上的表現最為集中。在直係各派的激烈爭鬥下，隨後半年內，內閣又迭經汪大燮、張紹曾署理，黎元洪也在政治漩渦的中心不能自拔。
下台逝世
1923年10月5日，曹錕賄選成功，反直同盟隨之瓦解，黎元洪複位總統的夢想破滅。一年來的奔走唿號，使黎元洪身心疲憊。加之曹錕上台後加大了對異己的打擊力度，黎元洪的生活和生存空間越發狹小，他隻好選擇東渡日本。1928年6月3日，黎元洪因為腦溢血在天津去世，享年65歲。黎元洪死後，以國葬的形式葬在土公山(現華中師範大學東南門附近)。1935年11月24日中華民國國民政府於武昌為黎元洪舉行國葬典禮，遺體歸葬於武昌卓刀泉。