廢立皇後
早在順治初年，多爾袞根據滿清皇室與蒙古聯姻的老傳統，已為福臨聘科爾沁卓禮克圖親王吳克善女博爾濟吉特氏，但直到福臨親政後的順治八年八月方完婚，並冊封為皇後，舉行了極為隆重的典禮。當年耶穌會士曾記載了完婚的“壯麗排場”：皇後是“在全部軍隊和無數騎兵的陪同下來到”北京的。他驚歎道：“世上竟確實有如此無邊無際的騎兵隊伍！我親眼看見過西韃靼給滿清皇帝八萬匹馬作為禮物。”兩年之後，即順治十年八月，福臨奏皇太後，降皇後為靜妃，改居側宮。諭禮部說，“今後乃睿王於朕於幼衝時因親訂婚，未經選擇。自冊立之始即與朕誌意不協，宮閫參商已曆三載。事上禦下，淑善難期，不足仰宗廟之重。表明了他堅決廢後的理由與決心。於是禮部尚書胡世安、侍郎呂崇烈、高珩上疏請“慎重詳審，以全始終”。禮部員外郎孔允樾以及宗敬一、潘朝選等十四名禦史具疏力爭。九月初，諸王貝勒大臣等遵旨會議，不同意廢後，認為胡世安、孔允樾所奏“實係典禮常經”，建議皇後“應正位中宮”。議上，福臨批示：“朕納後以來，緣意誌不協，另居側宮已經三載，從古廢後遺議後世，朕所悉知。但勢難容忍，故有此舉。”下令再議，並責令孔允樾“指實具奏”。孔允樾上疏引罪，“靜聽處分”。最後濟爾哈朗等再也不能違背皇上的旨意，遂奏言：“所奉聖旨甚明，臣等亦以為是，無庸更議。”後遂廢。
順治十一年（1654）五月，福臨再聘蒙古科爾沁貝勒綽爾濟女博爾濟吉特氏為妃，六月冊為後。可是，福臨對這位新後仍不愜意。不久，他便以從未有過的熾烈感情傾注於董鄂妃。
獨承帝眷董鄂妃
孝獻皇後，世稱董鄂妃，內大臣鄂碩之女，董鄂妃在順治十三年（1656年）八月二十五日被冊為“賢妃”，僅一月有餘，順治以“敏慧端良、未有出董鄂氏之上者”為理由，晉封她為皇貴妃。這樣的升遷速度，曆史上十分罕見。十二月初六日，順治帝還為董鄂妃舉行了十分隆重的冊妃典禮，並按照冊封皇後的大禮頒恩詔大赦天下。在有清一代近300年的曆史上，因為冊立皇貴妃而大赦天下的，這是絕無僅有的一次。這一年順治19歲，董鄂妃18歲。中國第一曆史檔案館中保存了冊立董鄂妃為皇貴妃的《詔書》。按常規，皇帝隻有在冊立皇後的大禮上，才會頒布詔書公告天下。董鄂妃享受到這種特殊禮遇，表明她得到了順治不同尋常的寵愛。1657年，董鄂妃生下皇四子，順治欣喜若狂，頒詔天下“此乃朕第一子”，對這個孩子的待遇如同嫡出，大有冊封太子之意。然而這個孩子生下不到三個月就夭折了，順治下令追封其為和碩榮親王，為他修建了高規模園寢。董鄂妃本來就體弱多病，皇四子又百日而殤，這種打擊使得她從此一病不起，順治十七年（1660）八月十九日，一代名妃、絕代佳人董鄂妃香消玉殞，病逝於東六宮之一的承乾宮，年僅22歲。據福臨說，董鄂妃崩時“言動不亂，端坐唿佛號，噓氣而死。薨後數日，顏貌安整，儼如平時”。
出家不成英年早逝
福臨因董鄂妃之死，陷入了無法擺脫的困惑之中，心灰意冷到了極點。這時隻有佛學理論使他還有所寄托，再萌出家之念。約於九、十月之交，福臨決心出家，由茆溪森剃度成了光頭天子。十月十五日，茆溪森本師玉林琇奉詔到京，聞其徒已為皇帝剃發，遂大怒，即命眾聚柴薪準備燒死茆溪森。玉林琇比茆溪森明智得多，他接近皇帝宣講佛法，目的是希皇帝以至高無上的權威，發揮護法作用，他決不要皇帝出家而無所依靠。這點他與木陳忞的態度是一致的。因此他勸福臨說：“若以世法論，皇上宜永居正位，上以安聖母之心，下以樂萬民之業；若以出世法論，皇上宜永作國王帝主，外以護持諸佛正法之輪，內住一切大權菩薩智所住處。”福臨聽其諫，許蓄發，罷出家之念。茆溪森因以免燒，當月便離京南還。福臨雖然不再出家，但精神卻再也振作不起來。
福臨自親政伊始，曾雄心勃勃，力圖振興國祚，政治一新，但卻力不從心，致使矛盾重重，他已疲憊不堪了。在董鄂妃未薨前，他曾對木陳忞說：“老和尚許朕三十歲來為祝壽，庶或可待。報恩和尚（指玉林琇）來祝四十，朕決候他不得矣。”他已自覺骨瘦如柴，體力不支，難以“挨得長久”到四十歲，頂多勉強可以活到三十。現在董鄂妃崩後，他的精神支柱已轟然坍塌，已覺不久於人世，再也無力支撐這座輝煌的帝國大廈了。大概是他不希望最寵幸的太監在他身後伏法，順治十八年（1661）正月初二，他安排吳良輔出家為僧。這天他親臨憫忠寺觀看吳良輔出家儀式。歸來的當晚即染上天花，發起高燒來。他預感病體沉重，勢將不支，初六日深夜急召禮部侍郎兼翰林院掌院學士王熙及原內閣學士麻勒吉入養心殿，口授遺詔。王熙、麻勒吉二人退至乾清門下西圍屏內，以初七一天的時間撰擬。“凡三次進覽，三蒙欽定，日入時始定。”當夜，年僅二十四歲的青年天子便與世長辭了。福臨晏駕後，麻勒吉及侍衛賈卜嘉二人“捧詔奏知皇太後，即宣示諸王貝勒貝子公大臣侍衛等”。遺詔立八歲的皇三子玄燁為皇太子，繼帝位，命索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鼇拜為輔政大臣。遺詔實為罪己詔，共羅列十四條罪過，主要是未能遵守祖製漸染漢俗，重用漢官致使滿臣無心任事，幾乎完全否定了他自己一生中最有光彩的政績。至於這是否福臨本意，即這十四條是否福臨過目批準的已無從知曉。但卻留給了後世之疑：遺詔公布前先“奏知皇太後”；遺詔的主要起草者王熙事後對此守口如瓶：“一不以語子弟，世遂莫得而傳。”“麵奉憑幾之言有事關國家大計，與諸大臣再三密議而後決者，公終身不以語人，雖子弟莫得而傳也。”因此，人們有理由說“遺詔本出太後（福臨生母博爾濟吉特氏）授意，實為母責其子之言”。但不論怎麽說，福臨一死，他便被徹底否定了。
福臨崩後，梓宮厝於景山壽皇殿。四月十七日，由再次進京的茆溪行森秉炬，舉行火化儀式。茆溪森的偈語雲：“釋迦涅盤，人天齊悟，先帝火化，更進一步。大眾會麽？壽皇殿前，官馬大路。”火化後寶宮（骨灰罐）安葬於遵化馬蘭峪，是為孝陵。廟號世祖，諡號章皇帝，後世累有尊諡，至乾隆元年尊諡加為二十二字：體天隆運定統建極英睿欽文顯武大德弘功至仁純孝章皇帝。
後妃：
皇後：
廢皇後：博爾濟吉特氏。蒙古科爾沁部卓禮克圖親王吳克善之女。生卒年不詳。孝莊文皇後侄女。
孝惠章皇後：博爾濟吉特氏。蒙古科爾沁部鎮國公後封貝勒綽爾濟之女。生於崇德六年(1641)辛巳十月初三日。曰孝惠仁憲端懿慈淑恭安純德順天翼聖章皇後。廢後的堂侄女；雍正、乾隆累加諡。
孝康章皇後：佟佳氏。都統佟圖賴之女。生於崇德五年庚辰。曰孝康慈和莊懿恭惠溫穆端靖崇文育聖章皇後。皇三子玄燁（康熙帝）一子；雍正、乾隆累加諡。
孝獻皇後：董鄂氏內大臣鄂碩之女生於崇德四年（1639）；順治十七年八月壬寅八月十九日諡曰孝獻莊和至德宣仁溫惠端敬皇後皇四子（和碩榮親王），三月而殤撫遠大將軍費揚古之姊。
妃：
恭靖妃博爾濟吉特氏蒙古浩齊特部額爾德尼郡王博羅特之女二十八年己巳四月初二日薨康熙十二年十二月尊為皇考恭靖妃
端順妃博爾濟吉特氏蒙古阿霸垓部一等台吉布達希布之女四十八年己醜六月二十六日薨康熙十二年十二月尊為皇考端順妃
淑惠妃博爾濟吉特氏蒙古科爾沁鎮國公後封貝勒綽爾濟之女五十二年癸巳十月三十日薨，年七十餘孝惠章皇後之妹
寧愨妃董鄂氏長史喀濟海之女三十三年甲戌六月二十一日薨愛新覺羅·福全（裕憲親王）
悼妃博爾濟吉特氏蒙古科爾沁部和碩達爾汗親王曼殊錫禮之女順治十五年（1658年）三月初五薨廢後的堂妹；追封為悼妃
貞妃：董鄂氏輕車都尉一等阿達哈哈番巴度之女順治十八年辛醜正月初七日以身殉世祖死孝獻皇後之族妹
恪妃石氏吏部侍郎石申之女康熙六年丁未十一月二十日薨
早在順治初年，多爾袞根據滿清皇室與蒙古聯姻的老傳統，已為福臨聘科爾沁卓禮克圖親王吳克善女博爾濟吉特氏，但直到福臨親政後的順治八年八月方完婚，並冊封為皇後，舉行了極為隆重的典禮。當年耶穌會士曾記載了完婚的“壯麗排場”：皇後是“在全部軍隊和無數騎兵的陪同下來到”北京的。他驚歎道：“世上竟確實有如此無邊無際的騎兵隊伍！我親眼看見過西韃靼給滿清皇帝八萬匹馬作為禮物。”兩年之後，即順治十年八月，福臨奏皇太後，降皇後為靜妃，改居側宮。諭禮部說，“今後乃睿王於朕於幼衝時因親訂婚，未經選擇。自冊立之始即與朕誌意不協，宮閫參商已曆三載。事上禦下，淑善難期，不足仰宗廟之重。表明了他堅決廢後的理由與決心。於是禮部尚書胡世安、侍郎呂崇烈、高珩上疏請“慎重詳審，以全始終”。禮部員外郎孔允樾以及宗敬一、潘朝選等十四名禦史具疏力爭。九月初，諸王貝勒大臣等遵旨會議，不同意廢後，認為胡世安、孔允樾所奏“實係典禮常經”，建議皇後“應正位中宮”。議上，福臨批示：“朕納後以來，緣意誌不協，另居側宮已經三載，從古廢後遺議後世，朕所悉知。但勢難容忍，故有此舉。”下令再議，並責令孔允樾“指實具奏”。孔允樾上疏引罪，“靜聽處分”。最後濟爾哈朗等再也不能違背皇上的旨意，遂奏言：“所奉聖旨甚明，臣等亦以為是，無庸更議。”後遂廢。
順治十一年（1654）五月，福臨再聘蒙古科爾沁貝勒綽爾濟女博爾濟吉特氏為妃，六月冊為後。可是，福臨對這位新後仍不愜意。不久，他便以從未有過的熾烈感情傾注於董鄂妃。
獨承帝眷董鄂妃
孝獻皇後，世稱董鄂妃，內大臣鄂碩之女，董鄂妃在順治十三年（1656年）八月二十五日被冊為“賢妃”，僅一月有餘，順治以“敏慧端良、未有出董鄂氏之上者”為理由，晉封她為皇貴妃。這樣的升遷速度，曆史上十分罕見。十二月初六日，順治帝還為董鄂妃舉行了十分隆重的冊妃典禮，並按照冊封皇後的大禮頒恩詔大赦天下。在有清一代近300年的曆史上，因為冊立皇貴妃而大赦天下的，這是絕無僅有的一次。這一年順治19歲，董鄂妃18歲。中國第一曆史檔案館中保存了冊立董鄂妃為皇貴妃的《詔書》。按常規，皇帝隻有在冊立皇後的大禮上，才會頒布詔書公告天下。董鄂妃享受到這種特殊禮遇，表明她得到了順治不同尋常的寵愛。1657年，董鄂妃生下皇四子，順治欣喜若狂，頒詔天下“此乃朕第一子”，對這個孩子的待遇如同嫡出，大有冊封太子之意。然而這個孩子生下不到三個月就夭折了，順治下令追封其為和碩榮親王，為他修建了高規模園寢。董鄂妃本來就體弱多病，皇四子又百日而殤，這種打擊使得她從此一病不起，順治十七年（1660）八月十九日，一代名妃、絕代佳人董鄂妃香消玉殞，病逝於東六宮之一的承乾宮，年僅22歲。據福臨說，董鄂妃崩時“言動不亂，端坐唿佛號，噓氣而死。薨後數日，顏貌安整，儼如平時”。
出家不成英年早逝
福臨因董鄂妃之死，陷入了無法擺脫的困惑之中，心灰意冷到了極點。這時隻有佛學理論使他還有所寄托，再萌出家之念。約於九、十月之交，福臨決心出家，由茆溪森剃度成了光頭天子。十月十五日，茆溪森本師玉林琇奉詔到京，聞其徒已為皇帝剃發，遂大怒，即命眾聚柴薪準備燒死茆溪森。玉林琇比茆溪森明智得多，他接近皇帝宣講佛法，目的是希皇帝以至高無上的權威，發揮護法作用，他決不要皇帝出家而無所依靠。這點他與木陳忞的態度是一致的。因此他勸福臨說：“若以世法論，皇上宜永居正位，上以安聖母之心，下以樂萬民之業；若以出世法論，皇上宜永作國王帝主，外以護持諸佛正法之輪，內住一切大權菩薩智所住處。”福臨聽其諫，許蓄發，罷出家之念。茆溪森因以免燒，當月便離京南還。福臨雖然不再出家，但精神卻再也振作不起來。
福臨自親政伊始，曾雄心勃勃，力圖振興國祚，政治一新，但卻力不從心，致使矛盾重重，他已疲憊不堪了。在董鄂妃未薨前，他曾對木陳忞說：“老和尚許朕三十歲來為祝壽，庶或可待。報恩和尚（指玉林琇）來祝四十，朕決候他不得矣。”他已自覺骨瘦如柴，體力不支，難以“挨得長久”到四十歲，頂多勉強可以活到三十。現在董鄂妃崩後，他的精神支柱已轟然坍塌，已覺不久於人世，再也無力支撐這座輝煌的帝國大廈了。大概是他不希望最寵幸的太監在他身後伏法，順治十八年（1661）正月初二，他安排吳良輔出家為僧。這天他親臨憫忠寺觀看吳良輔出家儀式。歸來的當晚即染上天花，發起高燒來。他預感病體沉重，勢將不支，初六日深夜急召禮部侍郎兼翰林院掌院學士王熙及原內閣學士麻勒吉入養心殿，口授遺詔。王熙、麻勒吉二人退至乾清門下西圍屏內，以初七一天的時間撰擬。“凡三次進覽，三蒙欽定，日入時始定。”當夜，年僅二十四歲的青年天子便與世長辭了。福臨晏駕後，麻勒吉及侍衛賈卜嘉二人“捧詔奏知皇太後，即宣示諸王貝勒貝子公大臣侍衛等”。遺詔立八歲的皇三子玄燁為皇太子，繼帝位，命索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鼇拜為輔政大臣。遺詔實為罪己詔，共羅列十四條罪過，主要是未能遵守祖製漸染漢俗，重用漢官致使滿臣無心任事，幾乎完全否定了他自己一生中最有光彩的政績。至於這是否福臨本意，即這十四條是否福臨過目批準的已無從知曉。但卻留給了後世之疑：遺詔公布前先“奏知皇太後”；遺詔的主要起草者王熙事後對此守口如瓶：“一不以語子弟，世遂莫得而傳。”“麵奉憑幾之言有事關國家大計，與諸大臣再三密議而後決者，公終身不以語人，雖子弟莫得而傳也。”因此，人們有理由說“遺詔本出太後（福臨生母博爾濟吉特氏）授意，實為母責其子之言”。但不論怎麽說，福臨一死，他便被徹底否定了。
福臨崩後，梓宮厝於景山壽皇殿。四月十七日，由再次進京的茆溪行森秉炬，舉行火化儀式。茆溪森的偈語雲：“釋迦涅盤，人天齊悟，先帝火化，更進一步。大眾會麽？壽皇殿前，官馬大路。”火化後寶宮（骨灰罐）安葬於遵化馬蘭峪，是為孝陵。廟號世祖，諡號章皇帝，後世累有尊諡，至乾隆元年尊諡加為二十二字：體天隆運定統建極英睿欽文顯武大德弘功至仁純孝章皇帝。
後妃：
皇後：
廢皇後：博爾濟吉特氏。蒙古科爾沁部卓禮克圖親王吳克善之女。生卒年不詳。孝莊文皇後侄女。
孝惠章皇後：博爾濟吉特氏。蒙古科爾沁部鎮國公後封貝勒綽爾濟之女。生於崇德六年(1641)辛巳十月初三日。曰孝惠仁憲端懿慈淑恭安純德順天翼聖章皇後。廢後的堂侄女；雍正、乾隆累加諡。
孝康章皇後：佟佳氏。都統佟圖賴之女。生於崇德五年庚辰。曰孝康慈和莊懿恭惠溫穆端靖崇文育聖章皇後。皇三子玄燁（康熙帝）一子；雍正、乾隆累加諡。
孝獻皇後：董鄂氏內大臣鄂碩之女生於崇德四年（1639）；順治十七年八月壬寅八月十九日諡曰孝獻莊和至德宣仁溫惠端敬皇後皇四子（和碩榮親王），三月而殤撫遠大將軍費揚古之姊。
妃：
恭靖妃博爾濟吉特氏蒙古浩齊特部額爾德尼郡王博羅特之女二十八年己巳四月初二日薨康熙十二年十二月尊為皇考恭靖妃
端順妃博爾濟吉特氏蒙古阿霸垓部一等台吉布達希布之女四十八年己醜六月二十六日薨康熙十二年十二月尊為皇考端順妃
淑惠妃博爾濟吉特氏蒙古科爾沁鎮國公後封貝勒綽爾濟之女五十二年癸巳十月三十日薨，年七十餘孝惠章皇後之妹
寧愨妃董鄂氏長史喀濟海之女三十三年甲戌六月二十一日薨愛新覺羅·福全（裕憲親王）
悼妃博爾濟吉特氏蒙古科爾沁部和碩達爾汗親王曼殊錫禮之女順治十五年（1658年）三月初五薨廢後的堂妹；追封為悼妃
貞妃：董鄂氏輕車都尉一等阿達哈哈番巴度之女順治十八年辛醜正月初七日以身殉世祖死孝獻皇後之族妹
恪妃石氏吏部侍郎石申之女康熙六年丁未十一月二十日薨