康熙二十二年（1683年），施琅督率水軍由銅山出發。在進攻路線的選擇上，施琅根據風向和敵方防禦情況的情報，決定清軍船隊從銅山（今福建東山島）啟航，乘六月的西南季風向東穿越台灣海峽。首先奪取地處澎湖主島以南、鄭軍防守薄弱的八罩島。
鄭軍守將劉國軒四麵築垣，環列火器，把澎湖守得格外嚴密。施琅遣藍理為先鋒，乘潮進薄，自乘樓船繼進。國軒令守兵連放火炮，間以矢石，自晝至夜，相持不下。忽然颶風大起，波如山立，戰船隨流簸蕩，支撐不住。劉國軒駕船而出，直衝樓船，施琅急督兵迎敵，猛被一箭射來，琅不禁失聲，幾乎跌倒。幸虧總兵吳英，見主帥受傷，一麵令親卒保護施琅，一麵率軍士力戰，炮矢齊發，射退劉國軒，大風亦漸漸平息，兩邊鳴金收兵。
由於初戰失利，施琅很快吸取教訓，對下一步作戰行動進行了周密籌劃和部署。施琅將清軍分為四部分，施琅親率56隻大型戰船組成的主攻部隊，正麵進攻鄭軍主陣地娘媽宮；總兵陳蟒等率領由50隻戰船組成的東線攻擊部隊，從澎湖港口東側突入雞籠嶼，作為奇兵，配合主攻部隊夾擊娘媽宮；總兵董義等統率另50隻戰船組成的西線攻擊部隊，從港口西側進入牛心灣，進行佯動登陸，牽製西麵的鄭軍；其餘80隻戰船作為預備隊，仍用藍理為先鋒，隨主攻部隊跟進。
劉國軒見清軍繼出，正擬堅守，仰見東南角上，微雲漸合，立命發兵。曾遂道：“施琅再來，必懲前轍，我軍不如固守為是。”
國軒道：“今日必有大風，正可一鼓殲敵。”
曾遂問道：“主帥何以知有大風？”
劉國軒以手指東南角，示曾遂道：“汝在海上多年，難道不知海上氣候，雲合風生，雷鳴風止麽？”曾遂喜躍而出，率領戰艦，先來迎敵。適遇一清艦駛至，舟上大書“藍理”二字，曾遂知清軍前鋒已到，喝令水兵接仗。
藍理脫掉上衣，赤膊上陣，接連斬殺了十幾個守軍，自己身上雖然也受了幾處刀傷，但他全然不覺，仍然拚命地廝殺。雙方從辰時戰至午時，海上硝煙彌漫。藍理越戰越勇，突然一枚炮彈飛來，彈片擊中其腹部。藍理倒下，曾遂大叫：“藍理死了！“藍理之弟藍瑤將藍理扶起。藍理掙紮著站起來，握緊拳頭大喊：“藍理沒死，曾遂死了！“並連唿：“殺賊！殺賊！殺賊！“聲大如雷，清軍士氣大振。
這時，藍理的腸子已經流出來。族人藍法為他將腸子捧放入腹，並為他包紮穿衣。藍理全然不顧，還在大喊殺賊。雙方都以鐵鉤鉤住對方船隻，往對方擲火箭、火龍、火罐。藍理命以火藥桶攻敵，擊沉二艘，燒死無數。施琅聞藍理被傷，急率軍艦上前，命人將其載迴營中。
此時國軒已聯檣而來，接應曾遂，奮力相撲。施琅命各隊分列，人自為戰，槍戟並舉，箭彈互施，殺得天日無光，風雲變色。突然間天空中一聲霹靂，響徹海濱，劉國軒不勝驚愕，曾遂以下諸將士，都相顧失色，軍心一亂，哪裏還願抵敵？眼見得敗陣退還。清軍乘勢掩殺，焚毀敵艦百餘艘，斃敵兵萬餘名，劉國軒倉卒退至牛心灣，遇清將魏明殺來，不敢抵當，另走雞籠嶼，又遇著清將陳蟒，前後左右，統是清兵，沒奈何逃奔台灣去了。
施琅乘勝至台灣，舟泊鹿耳門，膠淺被擱，鄭軍軍艦來擊。施琅連忙對仗，怎奈敵兵如蟻而來，施琅舟不能動，被他四麵圍住。正緊急間，藍理搖舟來救。鄭軍大驚，相率披靡。藍理左手執盾，右手執刀。躍上敵船，連斬巨魁十餘人，乃請施琅易舟，施琅執藍理手，並問創疾。藍理笑道：“主帥有急，就使創裂至死，亦顧不得許多。”遂與施琅轟擊鄭軍，鄭軍退去。
此後，施琅一麵加緊軍事行動，一麵對占據台灣的鄭氏集團施以招撫。在施琅大軍壓境之下，鄭克塽茫然地說：“現在台灣人心風聲鶴唳，士卒滿目瘡痍，再戰下去恐怕難以取勝。還是應當請降，以免今後追悔莫及。”
八月十三日，施琅率領舟師到達台灣，劉國軒等帶領文武官員軍前往迎接。施琅入台之後，主動前去祭鄭成功之廟，對鄭氏父子經營台灣的功績作了高度的評價，並稱鄭氏收複台灣是為國為民盡職的舉動。
施琅遣人由海道告捷，上疏時將藍理列為首功。不過澎湖海戰後，藍理居家侍奉雙親，不久因父亡故，又在家服喪。康熙二十七年，藍理奉詔晉見皇帝。康熙念念不忘他澎湖拖腸血戰之功，特召他到麵前，詢問血戰時狀況，叫解衣察看傷處，康熙撫摸著傷疤，感歎不已。有一次還引見與太後說：“這就是破肚總兵。“為表彰藍理功績，康熙先後兩次為藍理題寫禦書榜文：“所向無敵“和“勇壯簡易“，賜藍理花翎、冠服，從此“破腹將軍”名聞全國。
卻說施琅收複台灣，康熙帝大喜，封施琅為靖海侯，命克塽等入都，授鄭克塽海澄公，劉國軒、馮錫範亦封伯爵。遂於台灣辟地墾荒，設一府三縣，隸屬福建省。自是清朝威力，遠達海外，琉球、暹羅、安南諸國都，遣使朝貢，連歐洲的意大利、荷蘭等國，亦通使修好，請開海禁，求互市。
朝廷商議準海濱通商，廢除明朝以來的禁海令，設粵海、閩海、浙海、江海四關，置吏榷稅，這也就是以後沿海通商的基礎。
鄭軍守將劉國軒四麵築垣，環列火器，把澎湖守得格外嚴密。施琅遣藍理為先鋒，乘潮進薄，自乘樓船繼進。國軒令守兵連放火炮，間以矢石，自晝至夜，相持不下。忽然颶風大起，波如山立，戰船隨流簸蕩，支撐不住。劉國軒駕船而出，直衝樓船，施琅急督兵迎敵，猛被一箭射來，琅不禁失聲，幾乎跌倒。幸虧總兵吳英，見主帥受傷，一麵令親卒保護施琅，一麵率軍士力戰，炮矢齊發，射退劉國軒，大風亦漸漸平息，兩邊鳴金收兵。
由於初戰失利，施琅很快吸取教訓，對下一步作戰行動進行了周密籌劃和部署。施琅將清軍分為四部分，施琅親率56隻大型戰船組成的主攻部隊，正麵進攻鄭軍主陣地娘媽宮；總兵陳蟒等率領由50隻戰船組成的東線攻擊部隊，從澎湖港口東側突入雞籠嶼，作為奇兵，配合主攻部隊夾擊娘媽宮；總兵董義等統率另50隻戰船組成的西線攻擊部隊，從港口西側進入牛心灣，進行佯動登陸，牽製西麵的鄭軍；其餘80隻戰船作為預備隊，仍用藍理為先鋒，隨主攻部隊跟進。
劉國軒見清軍繼出，正擬堅守，仰見東南角上，微雲漸合，立命發兵。曾遂道：“施琅再來，必懲前轍，我軍不如固守為是。”
國軒道：“今日必有大風，正可一鼓殲敵。”
曾遂問道：“主帥何以知有大風？”
劉國軒以手指東南角，示曾遂道：“汝在海上多年，難道不知海上氣候，雲合風生，雷鳴風止麽？”曾遂喜躍而出，率領戰艦，先來迎敵。適遇一清艦駛至，舟上大書“藍理”二字，曾遂知清軍前鋒已到，喝令水兵接仗。
藍理脫掉上衣，赤膊上陣，接連斬殺了十幾個守軍，自己身上雖然也受了幾處刀傷，但他全然不覺，仍然拚命地廝殺。雙方從辰時戰至午時，海上硝煙彌漫。藍理越戰越勇，突然一枚炮彈飛來，彈片擊中其腹部。藍理倒下，曾遂大叫：“藍理死了！“藍理之弟藍瑤將藍理扶起。藍理掙紮著站起來，握緊拳頭大喊：“藍理沒死，曾遂死了！“並連唿：“殺賊！殺賊！殺賊！“聲大如雷，清軍士氣大振。
這時，藍理的腸子已經流出來。族人藍法為他將腸子捧放入腹，並為他包紮穿衣。藍理全然不顧，還在大喊殺賊。雙方都以鐵鉤鉤住對方船隻，往對方擲火箭、火龍、火罐。藍理命以火藥桶攻敵，擊沉二艘，燒死無數。施琅聞藍理被傷，急率軍艦上前，命人將其載迴營中。
此時國軒已聯檣而來，接應曾遂，奮力相撲。施琅命各隊分列，人自為戰，槍戟並舉，箭彈互施，殺得天日無光，風雲變色。突然間天空中一聲霹靂，響徹海濱，劉國軒不勝驚愕，曾遂以下諸將士，都相顧失色，軍心一亂，哪裏還願抵敵？眼見得敗陣退還。清軍乘勢掩殺，焚毀敵艦百餘艘，斃敵兵萬餘名，劉國軒倉卒退至牛心灣，遇清將魏明殺來，不敢抵當，另走雞籠嶼，又遇著清將陳蟒，前後左右，統是清兵，沒奈何逃奔台灣去了。
施琅乘勝至台灣，舟泊鹿耳門，膠淺被擱，鄭軍軍艦來擊。施琅連忙對仗，怎奈敵兵如蟻而來，施琅舟不能動，被他四麵圍住。正緊急間，藍理搖舟來救。鄭軍大驚，相率披靡。藍理左手執盾，右手執刀。躍上敵船，連斬巨魁十餘人，乃請施琅易舟，施琅執藍理手，並問創疾。藍理笑道：“主帥有急，就使創裂至死，亦顧不得許多。”遂與施琅轟擊鄭軍，鄭軍退去。
此後，施琅一麵加緊軍事行動，一麵對占據台灣的鄭氏集團施以招撫。在施琅大軍壓境之下，鄭克塽茫然地說：“現在台灣人心風聲鶴唳，士卒滿目瘡痍，再戰下去恐怕難以取勝。還是應當請降，以免今後追悔莫及。”
八月十三日，施琅率領舟師到達台灣，劉國軒等帶領文武官員軍前往迎接。施琅入台之後，主動前去祭鄭成功之廟，對鄭氏父子經營台灣的功績作了高度的評價，並稱鄭氏收複台灣是為國為民盡職的舉動。
施琅遣人由海道告捷，上疏時將藍理列為首功。不過澎湖海戰後，藍理居家侍奉雙親，不久因父亡故，又在家服喪。康熙二十七年，藍理奉詔晉見皇帝。康熙念念不忘他澎湖拖腸血戰之功，特召他到麵前，詢問血戰時狀況，叫解衣察看傷處，康熙撫摸著傷疤，感歎不已。有一次還引見與太後說：“這就是破肚總兵。“為表彰藍理功績，康熙先後兩次為藍理題寫禦書榜文：“所向無敵“和“勇壯簡易“，賜藍理花翎、冠服，從此“破腹將軍”名聞全國。
卻說施琅收複台灣，康熙帝大喜，封施琅為靖海侯，命克塽等入都，授鄭克塽海澄公，劉國軒、馮錫範亦封伯爵。遂於台灣辟地墾荒，設一府三縣，隸屬福建省。自是清朝威力，遠達海外，琉球、暹羅、安南諸國都，遣使朝貢，連歐洲的意大利、荷蘭等國，亦通使修好，請開海禁，求互市。
朝廷商議準海濱通商，廢除明朝以來的禁海令，設粵海、閩海、浙海、江海四關，置吏榷稅，這也就是以後沿海通商的基礎。