諸清將殲滅雲南吳軍，陸續班師，到了北京，聞尚之信、耿精忠，亦已逮到治罪。
原來吳世璠敗局已定，再加上尚之信護衛張永祥、張士選秘密赴京，揭發其謀叛罪。康熙帝速派刑部侍郎宜昌阿等赴粵調查，並於武宣逮捕尚之信，之後被賜死。
耿精忠亦為諸弟所劾，召至京師，交部議罪。大學士明珠上奏說：“耿精忠負恩謀反，罪過大於尚之信。”於是康熙帝下詔將耿精忠及其心腹死黨白顯忠、徐文耀、王世瑜等淩遲處死，範承謨之子範時崇分割其肉祭墓。
惟孫延齡妻孔四貞，為太後義女，且勸夫反正，先至京師聲明，有旨實封郡主，祿贍終身。於是大赦天下，並減免用兵各省賦稅。
三藩已平，中原十八省及關東三省，都屬大清版圖，真成了浩蕩乾坤，升平世界。獨有台灣鄭經，抗誌海外，偏不受清朝命令。先前耿精忠叛清時，與鄭經同攻廣東，耿精忠降清後，汀州、泉州、漳州等郡，皆為鄭經所據。耿精忠與清親王傑書，合軍攻經收複各郡。鄭經退守廈門，嗣複令部將劉國軒等，分路入犯，攻陷海澄，圍攻漳、泉各州。巡撫吳興祚與將軍賴塔，出兵泉州，總督姚啟聖與提督楊捷，出兵漳州，鄭軍始退。
康熙十九年（1680年）正月，清福建水師提督萬正色率舟師進攻金、廈。鄭經以右武衛林陛督師抵禦，劉國軒部亦自海澄來援，戰皆不利，鄭經率諸將迴台灣。
將軍賴塔意欲招撫鄭經，省得再來纏擾，遂著人致書鄭經，準照朝鮮事例，“不剃發，不登岸，稱臣入貢，俾沿海生靈永息塗炭”。鄭經得書，複請如約，隻要把海澄縣作為互市公所。賴塔倒也有意允許，不意總督姚啟聖，偏說出許多後患，堅持不可，和議暫被擱置。奈何鄭經於康熙二十年（1681年）三月去世。
鄭經有子數人，長子鄭克臧最賢，頗知禮賢下士，鄭經率師西征時，鄭克臧奉命監國，由其嶽父陳永華輔政。鄭克臧年少，但明敏果斷，有他祖父延平文王鄭成功之風。在陳永華輔助下，鄭克臧治理井井有條，凡事堅持原則。
鄭克臧方正有為，因此被曾為“東寧賢主”，讓他的叔叔以及奸邪之人深為畏懼，害怕由鄭克臧繼位，對自己不利。鄭克塽的嶽父馮錫範等打算擁立其弟鄭克塽。鄭經一死，馮錫範便帶頭以傳聞“監國非鄭經真血脈”為辭，與鄭經之弟鄭聰等人共謀，說服鄭成功之妻董氏在北園別館（今台南開元寺）廢掉鄭克臧的監國職位，但是鄭克臧不肯交出監國印璽。馮錫範等人派人將其絞死，而這場政變距鄭經死亡僅兩天。鄭克臧妻陳妃已懷有身孕，也絕食數日後上吊殉死。
眾人擁立鄭經次子鄭克塽為主，襲爵延平郡王。克塽幼弱，不能理事，諸事統由馮錫範決斷。錫範驕橫不法，大失人心。諜報傳入清廷，閩督姚啟聖非常得意，想乘此吞滅台灣。
姚啟聖字熙止，號憂庵，浙江會稽（今浙江紹興）人，隸漢軍鑲紅旗。從小有豪俠之氣。順治初年，清軍占領江南。姚啟聖前往通州，為當地土豪侮辱，因而投效清兵，被委任為通州知州。因擅開海禁，罷官從商。三藩之亂後，捐資募兵，投入康親王愛新覺羅·傑書麾下，屢獻奇謀。康熙十五年（1676），勸降耿精忠，遷福建布政使。康熙十七年（1678年），升任福建總督，負責平台事宜。康熙十九年（1680），與湖南水師萬正色率兵攻克海澄，收複金廈，迫使鄭經退兵澎湖，授兵部尚書銜、少保兼太子太保、右都禦史。
適值台灣內亂，姚啟聖立即奏了一本，說是台灣主少國危，時不可失。康熙帝便令各大臣會議，內閣學士李光地請即照準，康熙帝遂降旨準奏。姚啟聖複力保降將施琅，材可大用，得旨授施琅為福建水師提督，加太子太保銜。
施琅本是鄭成功的得力助手，鄭成功手下曾德得罪了施琅，施琅借故殺曾德而得罪了鄭成功，鄭成功誅殺了施琅父親與弟弟。由於親人被鄭成功殺害的大恨，施琅投降了清朝。
從施琅的自身條件來看，他的確是攻台清軍主將的合適人選。首先，施琅生長在海邊，自幼隨父從事海上貿易活動，精通航海，對海疆的氣候、地理等方麵的情況了若指掌。從軍後，轉戰東南沿海，有豐富的海戰經驗。其次，施琅通曉兵法、戰陣，並一貫主張以武力統一台灣，所以多年來精心謀劃對台用兵方略，提出“因剿寓撫”的戰略方針及一整套實施方案，不但周密完備，而且是切實可行的。第三，施琅是從鄭氏陣營中反叛出來的，他熟悉台灣鄭氏集團內情，他的智勇韜略也一向為鄭軍官兵所畏懼。他在鄭氏集團中的故舊很多，為他爭取內應和進行情報工作提供了便利條件。第四，施琅不但是武力統一的堅決擁護者，而且對統一充滿信心。
施琅習知海上險要，他迴到廈門後，便日以繼夜，廢寐忘食，一麵整船，一麵練兵，兼工製造器械，親自挑選工匠和船，曆時數月，使原來全無頭緒的水師船堅兵練，事事全備。練成水師軍二萬，分載戰船三百艘，指日攻打台灣。
會彗星出現，尚書梁清標，及給事中孫蕙，疏陳天象告警，不宜用兵，有詔暫停進剿。施琅力主出師，朝議又遷延數月。到康熙二十二年，因施琅屢次上奏，遂如所請。
原來吳世璠敗局已定，再加上尚之信護衛張永祥、張士選秘密赴京，揭發其謀叛罪。康熙帝速派刑部侍郎宜昌阿等赴粵調查，並於武宣逮捕尚之信，之後被賜死。
耿精忠亦為諸弟所劾，召至京師，交部議罪。大學士明珠上奏說：“耿精忠負恩謀反，罪過大於尚之信。”於是康熙帝下詔將耿精忠及其心腹死黨白顯忠、徐文耀、王世瑜等淩遲處死，範承謨之子範時崇分割其肉祭墓。
惟孫延齡妻孔四貞，為太後義女，且勸夫反正，先至京師聲明，有旨實封郡主，祿贍終身。於是大赦天下，並減免用兵各省賦稅。
三藩已平，中原十八省及關東三省，都屬大清版圖，真成了浩蕩乾坤，升平世界。獨有台灣鄭經，抗誌海外，偏不受清朝命令。先前耿精忠叛清時，與鄭經同攻廣東，耿精忠降清後，汀州、泉州、漳州等郡，皆為鄭經所據。耿精忠與清親王傑書，合軍攻經收複各郡。鄭經退守廈門，嗣複令部將劉國軒等，分路入犯，攻陷海澄，圍攻漳、泉各州。巡撫吳興祚與將軍賴塔，出兵泉州，總督姚啟聖與提督楊捷，出兵漳州，鄭軍始退。
康熙十九年（1680年）正月，清福建水師提督萬正色率舟師進攻金、廈。鄭經以右武衛林陛督師抵禦，劉國軒部亦自海澄來援，戰皆不利，鄭經率諸將迴台灣。
將軍賴塔意欲招撫鄭經，省得再來纏擾，遂著人致書鄭經，準照朝鮮事例，“不剃發，不登岸，稱臣入貢，俾沿海生靈永息塗炭”。鄭經得書，複請如約，隻要把海澄縣作為互市公所。賴塔倒也有意允許，不意總督姚啟聖，偏說出許多後患，堅持不可，和議暫被擱置。奈何鄭經於康熙二十年（1681年）三月去世。
鄭經有子數人，長子鄭克臧最賢，頗知禮賢下士，鄭經率師西征時，鄭克臧奉命監國，由其嶽父陳永華輔政。鄭克臧年少，但明敏果斷，有他祖父延平文王鄭成功之風。在陳永華輔助下，鄭克臧治理井井有條，凡事堅持原則。
鄭克臧方正有為，因此被曾為“東寧賢主”，讓他的叔叔以及奸邪之人深為畏懼，害怕由鄭克臧繼位，對自己不利。鄭克塽的嶽父馮錫範等打算擁立其弟鄭克塽。鄭經一死，馮錫範便帶頭以傳聞“監國非鄭經真血脈”為辭，與鄭經之弟鄭聰等人共謀，說服鄭成功之妻董氏在北園別館（今台南開元寺）廢掉鄭克臧的監國職位，但是鄭克臧不肯交出監國印璽。馮錫範等人派人將其絞死，而這場政變距鄭經死亡僅兩天。鄭克臧妻陳妃已懷有身孕，也絕食數日後上吊殉死。
眾人擁立鄭經次子鄭克塽為主，襲爵延平郡王。克塽幼弱，不能理事，諸事統由馮錫範決斷。錫範驕橫不法，大失人心。諜報傳入清廷，閩督姚啟聖非常得意，想乘此吞滅台灣。
姚啟聖字熙止，號憂庵，浙江會稽（今浙江紹興）人，隸漢軍鑲紅旗。從小有豪俠之氣。順治初年，清軍占領江南。姚啟聖前往通州，為當地土豪侮辱，因而投效清兵，被委任為通州知州。因擅開海禁，罷官從商。三藩之亂後，捐資募兵，投入康親王愛新覺羅·傑書麾下，屢獻奇謀。康熙十五年（1676），勸降耿精忠，遷福建布政使。康熙十七年（1678年），升任福建總督，負責平台事宜。康熙十九年（1680），與湖南水師萬正色率兵攻克海澄，收複金廈，迫使鄭經退兵澎湖，授兵部尚書銜、少保兼太子太保、右都禦史。
適值台灣內亂，姚啟聖立即奏了一本，說是台灣主少國危，時不可失。康熙帝便令各大臣會議，內閣學士李光地請即照準，康熙帝遂降旨準奏。姚啟聖複力保降將施琅，材可大用，得旨授施琅為福建水師提督，加太子太保銜。
施琅本是鄭成功的得力助手，鄭成功手下曾德得罪了施琅，施琅借故殺曾德而得罪了鄭成功，鄭成功誅殺了施琅父親與弟弟。由於親人被鄭成功殺害的大恨，施琅投降了清朝。
從施琅的自身條件來看，他的確是攻台清軍主將的合適人選。首先，施琅生長在海邊，自幼隨父從事海上貿易活動，精通航海，對海疆的氣候、地理等方麵的情況了若指掌。從軍後，轉戰東南沿海，有豐富的海戰經驗。其次，施琅通曉兵法、戰陣，並一貫主張以武力統一台灣，所以多年來精心謀劃對台用兵方略，提出“因剿寓撫”的戰略方針及一整套實施方案，不但周密完備，而且是切實可行的。第三，施琅是從鄭氏陣營中反叛出來的，他熟悉台灣鄭氏集團內情，他的智勇韜略也一向為鄭軍官兵所畏懼。他在鄭氏集團中的故舊很多，為他爭取內應和進行情報工作提供了便利條件。第四，施琅不但是武力統一的堅決擁護者，而且對統一充滿信心。
施琅習知海上險要，他迴到廈門後，便日以繼夜，廢寐忘食，一麵整船，一麵練兵，兼工製造器械，親自挑選工匠和船，曆時數月，使原來全無頭緒的水師船堅兵練，事事全備。練成水師軍二萬，分載戰船三百艘，指日攻打台灣。
會彗星出現，尚書梁清標，及給事中孫蕙，疏陳天象告警，不宜用兵，有詔暫停進剿。施琅力主出師，朝議又遷延數月。到康熙二十二年，因施琅屢次上奏，遂如所請。