1659年（明永曆十三年，清順治十六年）鄭成功率領大軍攻打南京，慘敗而迴。鄭軍元氣大傷，鄭成功感於清朝統治逐漸穩固，而鄭軍困守思明（廈門）孤島糧草匱乏，難以提供數萬大軍給養，開始思考取得另外的根據地以為整補。
1660年3月（明永曆十四年，清順治十七年），前荷蘭通事何斌（客家人），因與荷蘭人發生債務糾紛而逃到思明，向鄭成功鼓吹攻取台灣。他說：“台灣沃野數千裏，實霸王之區。若得此地，可以雄其國；使人耕種，可以足其食。上至基隆、淡水，硝磺有焉。且橫絕大海，肆通外國，置船興販，桅舵銅鐵不憂乏用。移諸鎮兵士眷口其間，十年生聚，十年教養，而國可富，兵可強，進攻退守，真足與清廷抗衡也。”
同時獻上台灣地圖，講解原住民形勢，以及水路變化。何斌強調台灣的糧食與軍用物資充足，貿易位置理想，又有海峽天險，每一項都是鄭軍迫切的需求，使鄭成功非常心動。但當時鄭軍正準備抵禦清將達素的進攻，因此攻台之議被暫時擱置。
同年6月，達素領兵數萬進攻廈門，鄭成功引誘對方在海上決戰，並加以擊退，重振軍威。
1661年（清順治十八年，明永曆十五年），為了解決大軍的後勤給養問題，鄭成功決定聽從何斌之建議收複由荷蘭殖民主義者侵占的台灣島。鄭成功傳令大修船隻，聽令出征，並召集將領討論攻台事宜。然而將領們對此計劃並不認同，雖不敢直言反對，但多麵有難色。曾經到過台灣的將領吳豪發言道：“風水不可，水土多病”，又說“港淺大船難進”。提督黃廷也附和吳豪的看法，但二人的意見被鄭成功駁斥。大將馬信試圖打圓場，提議先派一支部隊前往探望，如果可取則大軍立即跟進，若荷蘭人防禦堅固，則再討論。陳永華也同意馬信的意見。此時協理中軍戎政（軍事行政官）楊朝棟揣摩鄭成功的想法，發言表示支持攻台，鄭成功聞言大喜，決議出兵。
1661年3月（清順治十八年，永曆十五年），鄭成功留下兒子鄭經防守廈門、金門，鄭成功親率將士二萬五千、戰船數百艘，自金門料羅灣出發，經澎湖，橫渡台灣海峽，向台灣進軍。荷蘭於台島西南建有兩大防禦要塞，一為位於大員（今台南市安平區）的熱蘭遮城，二為位於台江內陸赤崁地方（今台南市中西區）的普羅民遮城。
當時荷蘭東印度公司的台灣長官為揆一，費裏第裏克，是荷蘭國王的弟弟，他駐守熱蘭遮城。另有地方官貓難實叮駐守普羅民遮城。自1650年前後，隨著中國情勢動蕩，荷蘭東印度公司一直關注事態發展是否會影響公司的貿易乃至在台灣的地位。對此公司的最高決策機構十七人董事會曾決議，即便在太平時期，也須維持1200人以上的士兵保護公司在台灣的財產，但事實上並未執行。
1660年（永曆十四年，清順治十七年），當鄭成功攻打南京失利，何斌又逃往廈門之後，大員地區便盛傳國姓爺即將前來攻打的風聲。一月時，大員商館發現當地華商陸續將財產轉移到大陸，同時前來貿易的華船急遽減少，於是召集華商打聽消息，最後判斷國姓爺將在三月底出兵。
大員長官揆一緊急備戰，要求各地加強偵察與武裝，不準華人在普羅民遮城販賣糧食，所有華人商家仕紳軟禁在熱蘭遮城中以免通敵。田間未及收割的稻穀一律焚毀，共焚毀8000袋之多，並造成華人傷亡。揆一同時在3月10日向巴達維亞城的總督報告，請求援軍。
1660年7月16日，巴達維亞總督派遣外號“固執約翰”的司令官範德蘭率領12艘船隻組成的艦隊，載運1453人前往台灣。總督指示範德蘭，若國姓爺未如情報顯示的來襲，則為了彌補財務損失，艦隊必須攻打澳門。9月20日，範德蘭艦隊中的11艘抵達大員。
範德蘭並不認為鄭成功會前來攻打台灣，抵台不久便堅持要去攻打澳門，與大員方麵官員爆發數次激烈爭執。為此，大員評議會在1660年10月22日決議派遣使者前往廈門會見鄭成功，一探虛實。11月下旬，使者帶著覆信迴到大員，鄭成功在信中表示善意並否認即將攻台。但評議會根據種種跡象，判斷鄭成功攻台的危機並未解除。範德蘭對此大為不滿，次年（1661年）2月27日率領兩艘船隻，以及所有隨行軍官返迴巴達維亞，若幹船隻被分頭派往各地，隻留下4艘船和不到600名沒有軍官率領的士兵，這時大員地區的總兵力為1500人。然而，此時鄭成功已經蓄勢待發。
1661年（永曆十五年），鄭成功率領眾將士在金門“祭天”“禮地”“祭江”，舉行隆重的誓師儀式。一切準備就緒，船艦將士集結於料羅灣，候風進發。鄭軍進入澎湖海麵，狂風暴雨，突然襲來。在極端惡劣的氣候條件下，鄭成功傳令大軍連夜破浪前進。四月初一，鄭軍利用海水漲潮的機會由鹿耳門水道進入台江內海並於禾寮港（今台南市北區開元寺附近）登陸，意圖先求取防禦薄弱的普羅民遮城。
隨後鄭軍在台江海域與荷蘭軍艦展開海戰，擊沉荷軍艦赫克特號，取得台江內海控製權，並同時在北線尾地區擊敗荷蘭陸軍，以優勢兵力包圍普羅民遮城。不久，於四月初五即迫使普羅民遮城守軍出降。在取得普羅民遮城做為據點之後，鄭軍隨即由海、陸兩麵圍困熱蘭遮城。由於考慮到兩萬大軍的糧餉調度不易，鄭成功並沒有做持久戰的打算，一開始即對熱蘭遮城施壓，試圖脅迫荷蘭軍隊投降。
遭荷蘭大員長官揆一拒絕其投降要求之後，鄭成功一度下令強攻熱蘭遮城。由於強攻不下，加之大軍糧食短缺，使得鄭成功被迫改變策略，派出大部分的軍隊至南北各地屯田、征收錢糧，以解大軍乏糧的燃眉之急，對熱蘭遮城改采長期包圍的戰略。
1661年（清順治十八年，永曆十五年）五月初五，鄭成功改赤崁為“東都明京”，設承天府及天興、萬年二縣。敵軍守將描難丁戰敗投降。於是成功留部將楊朝棟守赤嵌樓，親自率軍乘勝進攻赤嵌城。然而揆一仍然企圖據險頑抗，成功命令大軍把赤嵌城嚴密包圍起來，發炮向城裏進攻。赤嵌城被圍困了七個多月，敵軍官兵死傷一千六百多人，最後荷軍水源被鄭軍切斷，揆一隻好扯起白旗，宣告投降。
七月中旬，停泊於外海的荷蘭援軍遭遇強風侵襲，被迫離開大員海岸。八月中旬，荷、鄭兩軍於台江內海展開激烈海戰，鄭軍大獲全勝，擊沉一艘荷蘭軍艦，並奪取船隻數艘，自此荷軍喪失主動出擊的能力，在十二月二十日向鄭成功屈服。1662年荷蘭駐台灣長官揆一簽字投降，荷軍交出了所有城堡、武器、物資，包括傷病員在內的約900名荷蘭軍民，最後由揆一率領，乘船撤離台灣。
至此，荷蘭侵略者在台灣38年的殖民統治宣告結束，寶島台灣又迴到祖國的懷抱。
至於大員長官揆一則因為投降而受到審判，被軟禁於班達群島，直到1674年家人以荷盾將他贖迴。1675年他出版《被遺誤的台灣》一書為自己辯護。
1660年3月（明永曆十四年，清順治十七年），前荷蘭通事何斌（客家人），因與荷蘭人發生債務糾紛而逃到思明，向鄭成功鼓吹攻取台灣。他說：“台灣沃野數千裏，實霸王之區。若得此地，可以雄其國；使人耕種，可以足其食。上至基隆、淡水，硝磺有焉。且橫絕大海，肆通外國，置船興販，桅舵銅鐵不憂乏用。移諸鎮兵士眷口其間，十年生聚，十年教養，而國可富，兵可強，進攻退守，真足與清廷抗衡也。”
同時獻上台灣地圖，講解原住民形勢，以及水路變化。何斌強調台灣的糧食與軍用物資充足，貿易位置理想，又有海峽天險，每一項都是鄭軍迫切的需求，使鄭成功非常心動。但當時鄭軍正準備抵禦清將達素的進攻，因此攻台之議被暫時擱置。
同年6月，達素領兵數萬進攻廈門，鄭成功引誘對方在海上決戰，並加以擊退，重振軍威。
1661年（清順治十八年，明永曆十五年），為了解決大軍的後勤給養問題，鄭成功決定聽從何斌之建議收複由荷蘭殖民主義者侵占的台灣島。鄭成功傳令大修船隻，聽令出征，並召集將領討論攻台事宜。然而將領們對此計劃並不認同，雖不敢直言反對，但多麵有難色。曾經到過台灣的將領吳豪發言道：“風水不可，水土多病”，又說“港淺大船難進”。提督黃廷也附和吳豪的看法，但二人的意見被鄭成功駁斥。大將馬信試圖打圓場，提議先派一支部隊前往探望，如果可取則大軍立即跟進，若荷蘭人防禦堅固，則再討論。陳永華也同意馬信的意見。此時協理中軍戎政（軍事行政官）楊朝棟揣摩鄭成功的想法，發言表示支持攻台，鄭成功聞言大喜，決議出兵。
1661年3月（清順治十八年，永曆十五年），鄭成功留下兒子鄭經防守廈門、金門，鄭成功親率將士二萬五千、戰船數百艘，自金門料羅灣出發，經澎湖，橫渡台灣海峽，向台灣進軍。荷蘭於台島西南建有兩大防禦要塞，一為位於大員（今台南市安平區）的熱蘭遮城，二為位於台江內陸赤崁地方（今台南市中西區）的普羅民遮城。
當時荷蘭東印度公司的台灣長官為揆一，費裏第裏克，是荷蘭國王的弟弟，他駐守熱蘭遮城。另有地方官貓難實叮駐守普羅民遮城。自1650年前後，隨著中國情勢動蕩，荷蘭東印度公司一直關注事態發展是否會影響公司的貿易乃至在台灣的地位。對此公司的最高決策機構十七人董事會曾決議，即便在太平時期，也須維持1200人以上的士兵保護公司在台灣的財產，但事實上並未執行。
1660年（永曆十四年，清順治十七年），當鄭成功攻打南京失利，何斌又逃往廈門之後，大員地區便盛傳國姓爺即將前來攻打的風聲。一月時，大員商館發現當地華商陸續將財產轉移到大陸，同時前來貿易的華船急遽減少，於是召集華商打聽消息，最後判斷國姓爺將在三月底出兵。
大員長官揆一緊急備戰，要求各地加強偵察與武裝，不準華人在普羅民遮城販賣糧食，所有華人商家仕紳軟禁在熱蘭遮城中以免通敵。田間未及收割的稻穀一律焚毀，共焚毀8000袋之多，並造成華人傷亡。揆一同時在3月10日向巴達維亞城的總督報告，請求援軍。
1660年7月16日，巴達維亞總督派遣外號“固執約翰”的司令官範德蘭率領12艘船隻組成的艦隊，載運1453人前往台灣。總督指示範德蘭，若國姓爺未如情報顯示的來襲，則為了彌補財務損失，艦隊必須攻打澳門。9月20日，範德蘭艦隊中的11艘抵達大員。
範德蘭並不認為鄭成功會前來攻打台灣，抵台不久便堅持要去攻打澳門，與大員方麵官員爆發數次激烈爭執。為此，大員評議會在1660年10月22日決議派遣使者前往廈門會見鄭成功，一探虛實。11月下旬，使者帶著覆信迴到大員，鄭成功在信中表示善意並否認即將攻台。但評議會根據種種跡象，判斷鄭成功攻台的危機並未解除。範德蘭對此大為不滿，次年（1661年）2月27日率領兩艘船隻，以及所有隨行軍官返迴巴達維亞，若幹船隻被分頭派往各地，隻留下4艘船和不到600名沒有軍官率領的士兵，這時大員地區的總兵力為1500人。然而，此時鄭成功已經蓄勢待發。
1661年（永曆十五年），鄭成功率領眾將士在金門“祭天”“禮地”“祭江”，舉行隆重的誓師儀式。一切準備就緒，船艦將士集結於料羅灣，候風進發。鄭軍進入澎湖海麵，狂風暴雨，突然襲來。在極端惡劣的氣候條件下，鄭成功傳令大軍連夜破浪前進。四月初一，鄭軍利用海水漲潮的機會由鹿耳門水道進入台江內海並於禾寮港（今台南市北區開元寺附近）登陸，意圖先求取防禦薄弱的普羅民遮城。
隨後鄭軍在台江海域與荷蘭軍艦展開海戰，擊沉荷軍艦赫克特號，取得台江內海控製權，並同時在北線尾地區擊敗荷蘭陸軍，以優勢兵力包圍普羅民遮城。不久，於四月初五即迫使普羅民遮城守軍出降。在取得普羅民遮城做為據點之後，鄭軍隨即由海、陸兩麵圍困熱蘭遮城。由於考慮到兩萬大軍的糧餉調度不易，鄭成功並沒有做持久戰的打算，一開始即對熱蘭遮城施壓，試圖脅迫荷蘭軍隊投降。
遭荷蘭大員長官揆一拒絕其投降要求之後，鄭成功一度下令強攻熱蘭遮城。由於強攻不下，加之大軍糧食短缺，使得鄭成功被迫改變策略，派出大部分的軍隊至南北各地屯田、征收錢糧，以解大軍乏糧的燃眉之急，對熱蘭遮城改采長期包圍的戰略。
1661年（清順治十八年，永曆十五年）五月初五，鄭成功改赤崁為“東都明京”，設承天府及天興、萬年二縣。敵軍守將描難丁戰敗投降。於是成功留部將楊朝棟守赤嵌樓，親自率軍乘勝進攻赤嵌城。然而揆一仍然企圖據險頑抗，成功命令大軍把赤嵌城嚴密包圍起來，發炮向城裏進攻。赤嵌城被圍困了七個多月，敵軍官兵死傷一千六百多人，最後荷軍水源被鄭軍切斷，揆一隻好扯起白旗，宣告投降。
七月中旬，停泊於外海的荷蘭援軍遭遇強風侵襲，被迫離開大員海岸。八月中旬，荷、鄭兩軍於台江內海展開激烈海戰，鄭軍大獲全勝，擊沉一艘荷蘭軍艦，並奪取船隻數艘，自此荷軍喪失主動出擊的能力，在十二月二十日向鄭成功屈服。1662年荷蘭駐台灣長官揆一簽字投降，荷軍交出了所有城堡、武器、物資，包括傷病員在內的約900名荷蘭軍民，最後由揆一率領，乘船撤離台灣。
至此，荷蘭侵略者在台灣38年的殖民統治宣告結束，寶島台灣又迴到祖國的懷抱。
至於大員長官揆一則因為投降而受到審判，被軟禁於班達群島，直到1674年家人以荷盾將他贖迴。1675年他出版《被遺誤的台灣》一書為自己辯護。