1653年（清順治十年，永曆七年）農曆五月，海澄戰役以後，順治帝敕封鄭成功為“海澄公”，鄭成功不接受。八月，雙方與泉州府安平報恩寺內議和，鄭軍得以休兵籌措糧餉，稍事整頓。十一月，順治帝再度敕封，並承諾給予一府（泉州府）之地安置兵將，鄭成功仍不接受。
1654年（清順治十一年，永曆八年），定西侯張名振見清軍已將軍力集中於福建，則江、浙等地防務勢必空虛；於是乃向鄭成功請師，率領百艘戰艦北上，圖取江南地區。張名振的北伐之師沿長江進攻，直達金山寺，威脅南京城，但因後援接濟不及，隻得迴師。
清廷再遣使與鄭成功議和，承諾給予興化、泉州、漳州、潮州四府地方；鄭成功以“兵馬繁多，非數省不足安插”為由，再拒絕之。清又遣使往議，鄭成功的親弟鄭渡、鄭蔭也在使節之中。鄭成功稱“清朝沒有誠意”，並謂“我一日未受詔，父一日在朝榮耀”，又一次拒絕清朝提出的條件，堅持抗清。
此時南明西寧王李定國與鄭成功聯係，希望從東、西合力進攻廣東，則明朝勢力得以合流，若再沿長江北伐，攻贛、皖、蘇各省，則複興大業有望矣。鄭成功一方麵在與清廷談判，一方麵派林察、周瑞督軍西進，卻因故延誤了與李定國的約期，致使李定國孤軍奮戰，雖克複肇慶，卻於新會大敗而迴。李定國本來對與鄭成功會師北伐，抱有很大期待，甚至促成李、鄭連姻來鞏固盟誼；但卻因鄭成功屢愆軍期而誤了大事，李定國對此相當失望。
同年清朝漳州協守劉國軒向鄭成功投降，引鄭軍進入漳州府城；漳州總鎮張世耀見大勢已去，與以下官員盡皆向鄭軍投降。十二月，鄭軍分兵進擊，拿下同安、南安、惠安、安溪、永春、德化諸縣，軍隊進入興化。
1655年（清順治十二年，永曆九年），因為永曆帝和鄭成功勢力相隔遙遠，特準鄭成功設置六官及察言、承宣、審理等官方便施政，同時允許他委任官職，武官可達一品，文職可達六部主事。鄭成功每次拜封官員，都請寧靖王朱術桂等明朝宗室在旁觀禮，以示尊重體製。鄭成功同時將廈門（當時稱中左所）改名為“思明州”，並建造演武亭，以便親自督察官兵操練。
九月，清朝定遠大將軍、鄭親王世子濟度率三萬大軍入閩，會同駐閩清軍，準備進攻廈門，鄭成功開始鞏固金門、廈門的防禦。與此同時，還派遣部將率領舟師兩路進擊，一北上浙江，一南下廣東，令清軍腹背受敵、難以兼顧頭尾。北上鄭軍連戰皆捷，攻入舟山，但南下的鄭軍雖一度攻取揭陽，卻遭到清援軍擊潰，死傷慘重。
1656年（清順治十三年，永曆十年）四月，濟度調集各路水師進攻廈門，於圍頭海域遭鄭軍痛擊，清軍大敗而歸。鄭軍取得泉州戰役的勝利。十二月，鄭成功部隊又在閩東北取得護國嶺戰役的勝利。
1658年（清順治十五年，永曆十二年），鄭成功統率水陸軍十七萬與浙東張煌言會師，大舉北伐。大軍進入長江之前，於羊山海域遭遇颶風，損失非常慘重，隻得暫且退迴廈門，重整旗鼓欲攻南京。
鄭成功欲進攻南京，帳內有部將諫阻，這部將便是中軍提督甘輝，當下獻計道：“我軍深入南京，清廷必發兵來救，前有守兵，後有援兵，我軍孤處其間，豈非陷入重圍？現不如將我軍分作兩路，一路取揚州，堵住山東來軍，一路據京口，截斷兩浙漕運，嚴扼咽咳，號召各郡，南京不戰自困，便唾手而得了。”
鄭成功道：“此計未免太迂。據我看來，南京清兵，多已調往雲貴，現在不乘勝攻取，更待何時？況清提督馬進寶，已自鬆江遣人通報與我，南京城虛援絕，還有多大本領，敢與我對敵？自然是馬到成功了。”
1659年（清順治十六年，永曆十三年），鄭成功再次率領大軍北伐，鄭成功先向孝陵前率軍祭奠，隨後作了一篇檄文，傳布遠近，令張煌言別率所部，由蕪湖進取徽、寧各路，自率兵攻南京。
兩江總督郎廷佐聞鄭軍已至，急遣將分守要害，鄭成功圍攻不下，惟接連得煌言捷報，說是太平、寧國、徽州、池州等府，都已攻克，張煌言部收複蕪湖一帶十數府縣，一時江南震動。鄭成功不勝欣喜，料想南京一城，不日可拔。忽報郎廷佐遣人下書，成功傳見，把來書閱看，乃是願獻城池，惟城內人心不一，須要慢慢勸導，限期半月，方可獻納。
鄭成功甚喜，即批迴照準。其實郎廷佐的書信，乃是緩兵之計，他已聞得雲、貴獲勝，朱由榔遠遁，清兵可自西返東，來援南京，因此托詞獻城，寬延時日。鄭成功不知是詐，竟墮入他計中按兵不攻了。
1654年（清順治十一年，永曆八年），定西侯張名振見清軍已將軍力集中於福建，則江、浙等地防務勢必空虛；於是乃向鄭成功請師，率領百艘戰艦北上，圖取江南地區。張名振的北伐之師沿長江進攻，直達金山寺，威脅南京城，但因後援接濟不及，隻得迴師。
清廷再遣使與鄭成功議和，承諾給予興化、泉州、漳州、潮州四府地方；鄭成功以“兵馬繁多，非數省不足安插”為由，再拒絕之。清又遣使往議，鄭成功的親弟鄭渡、鄭蔭也在使節之中。鄭成功稱“清朝沒有誠意”，並謂“我一日未受詔，父一日在朝榮耀”，又一次拒絕清朝提出的條件，堅持抗清。
此時南明西寧王李定國與鄭成功聯係，希望從東、西合力進攻廣東，則明朝勢力得以合流，若再沿長江北伐，攻贛、皖、蘇各省，則複興大業有望矣。鄭成功一方麵在與清廷談判，一方麵派林察、周瑞督軍西進，卻因故延誤了與李定國的約期，致使李定國孤軍奮戰，雖克複肇慶，卻於新會大敗而迴。李定國本來對與鄭成功會師北伐，抱有很大期待，甚至促成李、鄭連姻來鞏固盟誼；但卻因鄭成功屢愆軍期而誤了大事，李定國對此相當失望。
同年清朝漳州協守劉國軒向鄭成功投降，引鄭軍進入漳州府城；漳州總鎮張世耀見大勢已去，與以下官員盡皆向鄭軍投降。十二月，鄭軍分兵進擊，拿下同安、南安、惠安、安溪、永春、德化諸縣，軍隊進入興化。
1655年（清順治十二年，永曆九年），因為永曆帝和鄭成功勢力相隔遙遠，特準鄭成功設置六官及察言、承宣、審理等官方便施政，同時允許他委任官職，武官可達一品，文職可達六部主事。鄭成功每次拜封官員，都請寧靖王朱術桂等明朝宗室在旁觀禮，以示尊重體製。鄭成功同時將廈門（當時稱中左所）改名為“思明州”，並建造演武亭，以便親自督察官兵操練。
九月，清朝定遠大將軍、鄭親王世子濟度率三萬大軍入閩，會同駐閩清軍，準備進攻廈門，鄭成功開始鞏固金門、廈門的防禦。與此同時，還派遣部將率領舟師兩路進擊，一北上浙江，一南下廣東，令清軍腹背受敵、難以兼顧頭尾。北上鄭軍連戰皆捷，攻入舟山，但南下的鄭軍雖一度攻取揭陽，卻遭到清援軍擊潰，死傷慘重。
1656年（清順治十三年，永曆十年）四月，濟度調集各路水師進攻廈門，於圍頭海域遭鄭軍痛擊，清軍大敗而歸。鄭軍取得泉州戰役的勝利。十二月，鄭成功部隊又在閩東北取得護國嶺戰役的勝利。
1658年（清順治十五年，永曆十二年），鄭成功統率水陸軍十七萬與浙東張煌言會師，大舉北伐。大軍進入長江之前，於羊山海域遭遇颶風，損失非常慘重，隻得暫且退迴廈門，重整旗鼓欲攻南京。
鄭成功欲進攻南京，帳內有部將諫阻，這部將便是中軍提督甘輝，當下獻計道：“我軍深入南京，清廷必發兵來救，前有守兵，後有援兵，我軍孤處其間，豈非陷入重圍？現不如將我軍分作兩路，一路取揚州，堵住山東來軍，一路據京口，截斷兩浙漕運，嚴扼咽咳，號召各郡，南京不戰自困，便唾手而得了。”
鄭成功道：“此計未免太迂。據我看來，南京清兵，多已調往雲貴，現在不乘勝攻取，更待何時？況清提督馬進寶，已自鬆江遣人通報與我，南京城虛援絕，還有多大本領，敢與我對敵？自然是馬到成功了。”
1659年（清順治十六年，永曆十三年），鄭成功再次率領大軍北伐，鄭成功先向孝陵前率軍祭奠，隨後作了一篇檄文，傳布遠近，令張煌言別率所部，由蕪湖進取徽、寧各路，自率兵攻南京。
兩江總督郎廷佐聞鄭軍已至，急遣將分守要害，鄭成功圍攻不下，惟接連得煌言捷報，說是太平、寧國、徽州、池州等府，都已攻克，張煌言部收複蕪湖一帶十數府縣，一時江南震動。鄭成功不勝欣喜，料想南京一城，不日可拔。忽報郎廷佐遣人下書，成功傳見，把來書閱看，乃是願獻城池，惟城內人心不一，須要慢慢勸導，限期半月，方可獻納。
鄭成功甚喜，即批迴照準。其實郎廷佐的書信，乃是緩兵之計，他已聞得雲、貴獲勝，朱由榔遠遁，清兵可自西返東，來援南京，因此托詞獻城，寬延時日。鄭成功不知是詐，竟墮入他計中按兵不攻了。