一九四五年十一月，傅斯年抵達北平時，陳雪屏等人到機場迎接。
傅斯年見到陳雪屏後的第一句話，就是問他與偽大學的教師有沒有來往。
陳雪屏如實迴答後，傅斯年很不滿意，他激動地說：“漢賊不兩立，連握手都不應該。”
那些在日偽時期擔任過教職員的人聽說傅斯年堅決不錄用他們，便四處活動，要求繼續留用。他們甚至向北平行營主任李宗仁請願，還有人在報紙上發表致傅斯年公開信，申述他們留下來充當日偽教員的理由和苦衷。
這些理由和苦衷也得到不少人的同情，就連陳雪屏也認為，除了極少數人甘心附逆之外，大多數人是由於各種原因留下來的，因此不必過於認真。
對此，傅斯年再次發表聲明，重申不用日偽教職員的決心。他說：抗戰開始後，北大是請全體教職員內遷的。事實上，除了周作人等一兩個人以外，其他人都應該響應。即使是因為種種原因不能內遷，也可以到輔仁大學或燕京大學任教。因此，那些到偽北大任教的人與北大毫無關係。
他還說：“學校是陶冶培植後一代青年的地方，必須要能首先正是非，辨忠奸。否則下一代的青年不知所取，今天負教育責任的人，豈不都成了國家的罪人？”基於上述原因，他堅決表示：“無論現在將來，北大都不容偽校偽組織的人插足其間。”
與傅斯年頗有交情的容庚教授聽說傅斯年的申明後非常著急，就去找傅斯年理論。傅斯年以前對容庚是相當看重的，這時卻拍案而起，指著容庚破口大罵：“你這個民族敗類，無恥漢奸，快滾，快滾，不用見我！”當場命人將容庚按倒在地架了出去，扔到了泥濘的馬路上。
後來，容庚再度登門拜訪，表示要謝罪改過，重新做人。傅斯年考慮半天才勉強接見，但仍不允許他在北大任教。
此後，容庚到嶺南大學任教，終其一生，再也沒能邁進北大的門檻。對自己曾經的老師周作人，因為周作人曾失足侍偽，傅斯年也毫不留情地清算，他堅持的就是“正是非，辨忠奸”。傅斯年在給夫人俞大綵的信中說：“大批偽教職員進來，這是暑假後北大開辦的大障礙，但我決心清除這個障礙，決不為北大留下劣跡。”
傅斯年正式上任後，立刻辭退了所有附敵的偽北大人員，沒有一絲留情。所有偽職人員在被傅斯年解聘之後，組織團體，在偽北大校長鮑鑒清的帶領下，四處遊說情願，甚至說動了許多政府官員來為他們求情。
傅斯年對此不為所動，他堅決維護北大的尊嚴，拒絕容許偽校偽組織的人進入北大校園。
在解決教職員難題的同時，傅斯年這個暫代校長，也拚盡全力，為北大爭取到新校地、校產，目的自然是為“斷然不願與別人搶東西”的胡適開路。
在以後的短短半年中，他還爭取到北大周圍的許多敵偽房產和無主民房，其中包括相公府、東廠胡同的黎元洪故居、舊國會大廈等建築。
他在致敵偽產業處理局等部門的公函中稱：“查本校複員在即，需用房屋至為迫切。茲將鄰近本校之敵偽房產地址開具清單，敬希惠察，允將單列各處暫為撥借應用，或訂價購置以濟急需。”
在致河北平津區敵偽產業處理局的公函中稱：“查中老胡同三十二號房舍係敵偽產業，經交通部平津區特派員辦公處撥交敝校應用業已接收清楚，相應函達查照，即請賜予備案。”在致李宗仁、**崎、熊斌的電報中稱：“本校校址不敷亟等購置民房，擬請將後門、沙灘、馬神廟、南北池子、皇城根、南夾道、南河沿一帶及西四至西單間之敵偽房產盡先撥歸本校價購以資應用。”
據陳雪屏迴憶，傅斯年經常對他說：“關於行政上的業務，我們應先替胡先生辦好，將來不勞他操心，即以校產為言，他斷不願和別人搶東西的。”
在擔任代理校長的過程中，傅斯年還不遺餘力建學院充師資。將北大由原來的文理法三個學院，擴展為文理法農工醫六個學院，建立文科研究所，在文學院成立東方語文學係。北大成為門類齊全的綜合性大學，成形於傅斯年之手。
又聘任陳寅恪、湯用彤、饒毓泰、俞大紱、朱光潛、季羨林等一批學術大師，北大遷往南方的圖書資料和其它設施也抓緊運迴。
清華、北大執中國教育之牛耳，親如手足，競如對手。外界常將兩校並列，各有千秋，難分軒輊。但本校學生向來當仁不讓，母校永遠爭第一，相互較勁、相互消遣的段子也層出不窮。如同英國之牛津、劍橋，美國之哈佛、耶魯
對外護校心切，暗中與清華叫板。傅斯年“北大長子”的母校情結，在複校擴院時多處流露。
三校合並西南聯大之時，清華實力最強，師多、生多、錢多、物（設備）多，清華校長梅貽琦實際主持聯大校務，公正厚道，井井有條，威望極高。
前邊提到過，對以“最高學府”自居的北大而言，卻有一種“寄人籬下”的心理折磨。北大一些教授對時任校長蔣夢麟不滿，認為他沒有在聯大中爭奪更多話語權，沒有足夠維護北大利益（這也是蔣幹脆離校從政的重要原因）。
1945年10月17日，傅斯年寫信胡適，提及此事也耿耿於懷，“我們這些年與清華合作，清華得到安定，我們得到卑視。”信中圍繞北大擴張的主題，詳細討論院係設置、延聘教員、募集書籍儀器及款項等問題，思路清晰縝密，建議“農第一，醫第二，工第三，以好辦否為標準。”密切關注強勁對手清華的一舉一動，“農學院的問題，目前隻在清華，如果清華也堅持三十五年度（1946年）辦，教育部為難。”
傅斯年之見就是不讓清華，因為農學“在華北之將來，其用無窮，我們不能坐而論道，我們總當與人民接近，總當負起改造社會的責任來。”但他對辦工學院很慎重，心裏沒底，因為“今日工學院絕難請得好教員，花錢太多，人家（指清華）比我們早二十年。此時來上一下，恐怕要出醜。”傅斯年的最後方案是，“工學院與清華合並，由清華主持。”
傅斯年代理校長僅僅一年，就使北大各方麵走上了正軌。從其效率之高，進展之迅速，可見其辦事能力非常人所能比。
1947年7月胡適迴國。9月正式就任北大校長，傅斯年與他進行了交接。
9月20日，北大為傅斯年卸任舉行了茶話會。席間，胡適對先生一年來為北大盡瘁工作，備致稱揚。教授亦相繼致詞，對傅斯年在西南聯合大學時代力謀恢複北大文科研究所，複員後又為北大廣延教授，增加數培之校舍，至足感謝。傅斯年則謙稱：過去為北大辦理成功之事，百分之七十為機會，百分之三十為努力；所謂百分之三十之努力，亦為教授不辭萬裏歸來之結果。
29日，傅斯年離開北平前往南京，繼續主持史語所的工作。
蔣夢麟《憶孟真》中寫道：“12月27日為北京大學52周年紀念。他（即傅斯年）演說中有幾句話說他自己。他說夢麟先生學問不如蔡孑民先生，辦事卻比蔡先生高明。他自己的學問比不上胡適之先生，但他辦事卻比胡先生高明。最後他笑著批評蔡、胡兩位先生說：‘這兩位先生的辦事，真不敢恭維。’他走下講台以後，我笑著對他說：‘盂真，你這話對極了。所以他們兩位是北大的功臣，我們兩個人不過是北大的功狗。’他笑著就溜走了。”
一九四七年九月，已經卸去北大代理校長的傅斯年在《經世日報》發表《漫談辦學》的文章提出，要辦好一所學校，應該從四個方麵著手：第一，麵對教師們“衣食無著”的困境，政府要盡快調整教職員的待遇，否則就是沒有盡到責任。第二，為了不至於誤人子弟，學校應該盡最大努力把自己的事情辦好。第三，學校要有合理的紀律，否則就會風潮不斷。第四，學校要有良好的學風，其中“包括自由的思想，規律的行動，求學的誌願，求真的信心，師生相愛的誠意，愛校愛國愛人民的願心。”在文章結束時他自豪地說：“我這幾個月負北京大學的責任，實在一無貢獻，所做都是些雜務的事，隻有一條頗堪自負的，便是‘分別涇渭’，為北京大學保持一個幹淨的紀錄。”
傅斯年見到陳雪屏後的第一句話，就是問他與偽大學的教師有沒有來往。
陳雪屏如實迴答後，傅斯年很不滿意，他激動地說：“漢賊不兩立，連握手都不應該。”
那些在日偽時期擔任過教職員的人聽說傅斯年堅決不錄用他們，便四處活動，要求繼續留用。他們甚至向北平行營主任李宗仁請願，還有人在報紙上發表致傅斯年公開信，申述他們留下來充當日偽教員的理由和苦衷。
這些理由和苦衷也得到不少人的同情，就連陳雪屏也認為，除了極少數人甘心附逆之外，大多數人是由於各種原因留下來的，因此不必過於認真。
對此，傅斯年再次發表聲明，重申不用日偽教職員的決心。他說：抗戰開始後，北大是請全體教職員內遷的。事實上，除了周作人等一兩個人以外，其他人都應該響應。即使是因為種種原因不能內遷，也可以到輔仁大學或燕京大學任教。因此，那些到偽北大任教的人與北大毫無關係。
他還說：“學校是陶冶培植後一代青年的地方，必須要能首先正是非，辨忠奸。否則下一代的青年不知所取，今天負教育責任的人，豈不都成了國家的罪人？”基於上述原因，他堅決表示：“無論現在將來，北大都不容偽校偽組織的人插足其間。”
與傅斯年頗有交情的容庚教授聽說傅斯年的申明後非常著急，就去找傅斯年理論。傅斯年以前對容庚是相當看重的，這時卻拍案而起，指著容庚破口大罵：“你這個民族敗類，無恥漢奸，快滾，快滾，不用見我！”當場命人將容庚按倒在地架了出去，扔到了泥濘的馬路上。
後來，容庚再度登門拜訪，表示要謝罪改過，重新做人。傅斯年考慮半天才勉強接見，但仍不允許他在北大任教。
此後，容庚到嶺南大學任教，終其一生，再也沒能邁進北大的門檻。對自己曾經的老師周作人，因為周作人曾失足侍偽，傅斯年也毫不留情地清算，他堅持的就是“正是非，辨忠奸”。傅斯年在給夫人俞大綵的信中說：“大批偽教職員進來，這是暑假後北大開辦的大障礙，但我決心清除這個障礙，決不為北大留下劣跡。”
傅斯年正式上任後，立刻辭退了所有附敵的偽北大人員，沒有一絲留情。所有偽職人員在被傅斯年解聘之後，組織團體，在偽北大校長鮑鑒清的帶領下，四處遊說情願，甚至說動了許多政府官員來為他們求情。
傅斯年對此不為所動，他堅決維護北大的尊嚴，拒絕容許偽校偽組織的人進入北大校園。
在解決教職員難題的同時，傅斯年這個暫代校長，也拚盡全力，為北大爭取到新校地、校產，目的自然是為“斷然不願與別人搶東西”的胡適開路。
在以後的短短半年中，他還爭取到北大周圍的許多敵偽房產和無主民房，其中包括相公府、東廠胡同的黎元洪故居、舊國會大廈等建築。
他在致敵偽產業處理局等部門的公函中稱：“查本校複員在即，需用房屋至為迫切。茲將鄰近本校之敵偽房產地址開具清單，敬希惠察，允將單列各處暫為撥借應用，或訂價購置以濟急需。”
在致河北平津區敵偽產業處理局的公函中稱：“查中老胡同三十二號房舍係敵偽產業，經交通部平津區特派員辦公處撥交敝校應用業已接收清楚，相應函達查照，即請賜予備案。”在致李宗仁、**崎、熊斌的電報中稱：“本校校址不敷亟等購置民房，擬請將後門、沙灘、馬神廟、南北池子、皇城根、南夾道、南河沿一帶及西四至西單間之敵偽房產盡先撥歸本校價購以資應用。”
據陳雪屏迴憶，傅斯年經常對他說：“關於行政上的業務，我們應先替胡先生辦好，將來不勞他操心，即以校產為言，他斷不願和別人搶東西的。”
在擔任代理校長的過程中，傅斯年還不遺餘力建學院充師資。將北大由原來的文理法三個學院，擴展為文理法農工醫六個學院，建立文科研究所，在文學院成立東方語文學係。北大成為門類齊全的綜合性大學，成形於傅斯年之手。
又聘任陳寅恪、湯用彤、饒毓泰、俞大紱、朱光潛、季羨林等一批學術大師，北大遷往南方的圖書資料和其它設施也抓緊運迴。
清華、北大執中國教育之牛耳，親如手足，競如對手。外界常將兩校並列，各有千秋，難分軒輊。但本校學生向來當仁不讓，母校永遠爭第一，相互較勁、相互消遣的段子也層出不窮。如同英國之牛津、劍橋，美國之哈佛、耶魯
對外護校心切，暗中與清華叫板。傅斯年“北大長子”的母校情結，在複校擴院時多處流露。
三校合並西南聯大之時，清華實力最強，師多、生多、錢多、物（設備）多，清華校長梅貽琦實際主持聯大校務，公正厚道，井井有條，威望極高。
前邊提到過，對以“最高學府”自居的北大而言，卻有一種“寄人籬下”的心理折磨。北大一些教授對時任校長蔣夢麟不滿，認為他沒有在聯大中爭奪更多話語權，沒有足夠維護北大利益（這也是蔣幹脆離校從政的重要原因）。
1945年10月17日，傅斯年寫信胡適，提及此事也耿耿於懷，“我們這些年與清華合作，清華得到安定，我們得到卑視。”信中圍繞北大擴張的主題，詳細討論院係設置、延聘教員、募集書籍儀器及款項等問題，思路清晰縝密，建議“農第一，醫第二，工第三，以好辦否為標準。”密切關注強勁對手清華的一舉一動，“農學院的問題，目前隻在清華，如果清華也堅持三十五年度（1946年）辦，教育部為難。”
傅斯年之見就是不讓清華，因為農學“在華北之將來，其用無窮，我們不能坐而論道，我們總當與人民接近，總當負起改造社會的責任來。”但他對辦工學院很慎重，心裏沒底，因為“今日工學院絕難請得好教員，花錢太多，人家（指清華）比我們早二十年。此時來上一下，恐怕要出醜。”傅斯年的最後方案是，“工學院與清華合並，由清華主持。”
傅斯年代理校長僅僅一年，就使北大各方麵走上了正軌。從其效率之高，進展之迅速，可見其辦事能力非常人所能比。
1947年7月胡適迴國。9月正式就任北大校長，傅斯年與他進行了交接。
9月20日，北大為傅斯年卸任舉行了茶話會。席間，胡適對先生一年來為北大盡瘁工作，備致稱揚。教授亦相繼致詞，對傅斯年在西南聯合大學時代力謀恢複北大文科研究所，複員後又為北大廣延教授，增加數培之校舍，至足感謝。傅斯年則謙稱：過去為北大辦理成功之事，百分之七十為機會，百分之三十為努力；所謂百分之三十之努力，亦為教授不辭萬裏歸來之結果。
29日，傅斯年離開北平前往南京，繼續主持史語所的工作。
蔣夢麟《憶孟真》中寫道：“12月27日為北京大學52周年紀念。他（即傅斯年）演說中有幾句話說他自己。他說夢麟先生學問不如蔡孑民先生，辦事卻比蔡先生高明。他自己的學問比不上胡適之先生，但他辦事卻比胡先生高明。最後他笑著批評蔡、胡兩位先生說：‘這兩位先生的辦事，真不敢恭維。’他走下講台以後，我笑著對他說：‘盂真，你這話對極了。所以他們兩位是北大的功臣，我們兩個人不過是北大的功狗。’他笑著就溜走了。”
一九四七年九月，已經卸去北大代理校長的傅斯年在《經世日報》發表《漫談辦學》的文章提出，要辦好一所學校，應該從四個方麵著手：第一，麵對教師們“衣食無著”的困境，政府要盡快調整教職員的待遇，否則就是沒有盡到責任。第二，為了不至於誤人子弟，學校應該盡最大努力把自己的事情辦好。第三，學校要有合理的紀律，否則就會風潮不斷。第四，學校要有良好的學風，其中“包括自由的思想，規律的行動，求學的誌願，求真的信心，師生相愛的誠意，愛校愛國愛人民的願心。”在文章結束時他自豪地說：“我這幾個月負北京大學的責任，實在一無貢獻，所做都是些雜務的事，隻有一條頗堪自負的，便是‘分別涇渭’，為北京大學保持一個幹淨的紀錄。”