傅斯年是個公認為比較全麵的人，不但書教得好，行政工作也是得心應手。在北大，他除主持史語所日常行政工作之外，也承擔了北京大學很多的行政工作。
時任北大校長的蔣夢麟迴憶說：“九?一八”事變後，北平正在多事之秋，我的“參謀”就是適之和孟真兩位，事無大小，都就商於兩位。他們兩位代北大請到多位國內著名的教授，北大在北伐成功以後之複興，他們兩位的功勞，實在是太大了。那個時期，我才知道孟真辦事十分細心，考慮十分周密。
九一八”事變以後，1933年2月日軍侵占熱河，華北危急。4月，史語所南遷上海，暫時安置於曹家渡的小萬柳堂。
次年12月，中央研究院在南京集中興建的各研究所房舍相繼竣工，史語所由上海遷到了南京欽天山北極閣的史語所大廈。
日本軍隊占領了中國東北三省，進一步向華北地區進犯，威脅平津，中華民族進入了危難之際。
鑒於清末英法聯軍占領北京火燒圓明園，導致大量價值連城的文物遭到焚毀和劫掠的悲慘命運，考慮到北平故宮等機構保藏的文物有在戰火中被焚毀或遭日軍搶劫的可能，故宮博物院院長易培基等有識之士，電告南京中央政府，提出了盡快把文物南遷以避刀兵之災的意見。經過一番周折，終於得到國民政府批準，北平幾家存有文物的部門於1932年底商定派員精選文物，緊急裝箱南遷。除故宮博物院集中的13427箱零64包外，另有古物陳列所、太廟、頤和園、國子監，以及奉天、熱河兩行宮等處文物6066箱，由國民政府委托故宮博物院派員一起將其南遷——這便是中國近代史上著名的第一次國寶南遷大行動。
由北平南遷的文物先運到上海暫存，同時利用南京朝天宮舊址，修建故宮博物院南京分院長期存放。因南京分院隻能容納原北平故宮運出的文物，一同運往上海的其他部門如太廟、頤和園等原有6066箱文物無處存放。
經蔡元培倡議，於1933年4月在南京成立了國立中央博物院籌備處，暫時接管這批文物。中央博物院隸屬教育部，辦公地點設在雞鳴寺路1號。
中央博物院籌備處成立後，蔡元培出任第一屆理事會理事長，傅斯年受教育部長朱家驊之聘，擔任中央博物院籌備主任。
中央博物院是第一個近代意義上的國立博物館，對博物館事業的發展有著重大的作用，籌建國立中央博物院事關重大，傅斯年不敢怠慢，立即投入到緊張的籌建之中。他首先主持擬定《國立中央博物院計劃書草案》，明確建院宗旨：提倡科學研究，輔助公眾教育，以適當之陳列展覽，圖智識之增進。
經過和有關方麵請示和協商，決定在中山門半山園征地12.9公頃，擬建“人文”、“工藝”、“自然”三大館，延請翁文灝、李濟、周仁分別為自然館、人文館和工藝館籌備主任，後因時局關係，僅建“人文館”，即後來南京博物院大殿。該建築為仿遼代宮殿式，由民國著名建築師徐敬直設計，經建築大師梁思成修改。這為後話。
除政府明令撥發的南遷文物，國立中央博物院籌備處自成立之始，傅斯年就有建成一個實至名歸的國家乃至世界級博物院的構想，於是開始從私人收藏家手裏征集文物。
1933年10月，在蔡元培、葉恭綽、李濟等人的共同努力下，以3.4萬元的價格，購進了閩侯何敘甫繪園古物兩千餘件。再後來，隨著不斷收購、撥交和派員主動到田野進行考古發掘，中央博物院籌備處很快集中起全國第一流珍品約30萬件，其中包括繪畫中的《曆代帝後像》《唐明皇幸蜀圖》，銅器中聞名中外的毛公鼎等稀世珍寶。
1934年7月，傅斯年因兼職過多，決定辭職，經征得朱家驊同意後，由他推薦的李濟繼任中央博物院籌備主任的職務。
1936年春，擔任中央研究院總幹事的丁文江因煤氣中毒不幸在長沙病逝，院長蔡元培提議朱家驊接任總幹事。按中央研究院章程和權力劃分，院長之下以總幹事掌握實權，總攬全局。這是個很重要也很顯要的崗位，朱家驊也確是合適的人選，傅斯年對此是很支持的。朱家驊當時已經是國民黨的中央委員，中央政.治.會.議委員，還有其他職務，身上的擔子很重。開始不太情願，在大家的勸說下，還是勉強答應了。
這一年的冬天，朱家驊被國民政府任命為浙江省主.席。
中央研究院的總幹事，是要有具體業務的，一個政務繁多的省主.席兼任中研院總幹事是不太合適的。但因為一時找不到合適的人選，本人幾次遞交辭呈，都無結果。
不久，盧溝橋事變爆發，日軍即有進攻上海，迫近南京之勢，華北、華東陷入全麵危急。麵對危局，身兼多職的朱家驊顯然已無法繼續兼顧中研院事務了，隻好請傅斯年出麵代理。傅斯年是個顧全大局的人，情況都在哪明擺著，便毅然挑起了這副擔子。這時候的傅斯年，主要的職務應該已經不是中央史語所的主任，而是中央研究院總幹事了。
不久，“八一三”淞滬抗戰爆發了。
1937年8月17日，國防參議會最高會議在南京召開，傅斯年以中央研究院總幹事的身份參加了這次會議。
在這次會議上，傅斯年力主中央研究院各研究所以及平津重點大學，內遷長沙與南昌一帶城市暫避。這個請求得到了多數人會者的響應與支持，很快形成了政府決議。
1937年10月11日夜，在南京的傅斯年給遠在美國的胡適書寫密（confidential）信，對國內政治、軍事情形做了如下披露：
1.國內抗戰之意識有增無減，老百姓苦極而無怨言。上海前敵兵士，真是再好也不能了。這次最可佩的是革命軍將士，最無聊的是南京官僚。太子（南按：指孫科）有排德、意以便取信於蘇聯之說，為general（南按：指蔣介石）大教訓一下，以後他們也消聲了。王陸一因在dugout（南按：防空洞）-玩-女-人，被免職。外部之吳司長亦以逃走免職，這是差強人意的。
2.兩廣對出兵助戰之賣力氣，可算一百分。廣西軍大批北上，全省總動員，廣東軍在上海戰死、傷數萬人，看來曆年的“人事問題”算一掃而空了。閻、韓亦皆好，如理想，閻尤奮勇（南按：指山西省主.席閻錫山，時兼任第二戰區司令長官），韓至最近亦奮起（南按：指山東省主.席韓複榘，時兼任第五戰區第三集團軍總司令）。隻是那些雜牌軍如東北軍、二十九軍，太不好生打了。
3.上海方麵，今日之戰線大致與先生走時差不多。上月十七八左右曾有一度危險，general親自出馬，轉危為安，並且攻下一段。北四川路一段，北站、江灣仍在我們手中，浦東隻是大炮比武，敵未能登岸。此一線中，我們是以血肉抵抗飛機、大炮，不消說死傷之多，數目聽到嚇死人。但千古未有之勇敢，完全表現。這是抗日訓練之大成功。
4.津浦路糟透了。二十九軍聞聲即跑，不戰失靜海，聞汽船而失馬廠，敵以數千人長驅直入，我們十七師不知何在，馮指揮不動。幸廣西軍大批已開上，韓亦上前了（以前謠言甚多，大前日方明白，昨日韓下手令教全省公務員至死抵抗，韓亦以精兵上前）。目下此一路將由李宗仁及韓指揮決守黃河北岸，李大致三、四日內可至前方。人雲李、韓交情不錯。此線現戰於平原。
5.平漢路也弄到一塌糊塗。劉峙已革職查辦，目下調馮指揮。此線現在石家莊打著。
6.晉綏局麵皆壞於劉汝明二十九軍也。劉乃一準漢--奸-，最初拒絕湯恩伯入察，後來湯守南口，彼在後方潰退，以致中央軍大吃虧。劉退之前，傅作義來援，到張垣則滿地紅旗，皆漢--奸-之信號也。傅乃退，轉為劉軍繳械。劉軍沿路繳傅、湯諸軍之械，直潰到山西。李服膺又不行，於是大同不守。但後來老閻大拚命，打了幾個大勝仗。倭寇乃括滿蒙偽軍共約十八萬來犯，沿長城各口皆攻，遂失茹越口，而賊直入矣。但中央軍八師日內已趕上，老閻賣氣力，八路軍（共）在後麵作遊擊戰。大約山西可以支持一下子。可惜劉、李二賊，否則燕山天險，豈易於此哉？
有人說，傅斯年是文人秀才中少數幾個懂軍事的人才之一，此言大體不差，從他對全國繁亂複雜的軍事形勢和各軍將士心態的了解分析可見一斑。
時任北大校長的蔣夢麟迴憶說：“九?一八”事變後，北平正在多事之秋，我的“參謀”就是適之和孟真兩位，事無大小，都就商於兩位。他們兩位代北大請到多位國內著名的教授，北大在北伐成功以後之複興，他們兩位的功勞，實在是太大了。那個時期，我才知道孟真辦事十分細心，考慮十分周密。
九一八”事變以後，1933年2月日軍侵占熱河，華北危急。4月，史語所南遷上海，暫時安置於曹家渡的小萬柳堂。
次年12月，中央研究院在南京集中興建的各研究所房舍相繼竣工，史語所由上海遷到了南京欽天山北極閣的史語所大廈。
日本軍隊占領了中國東北三省，進一步向華北地區進犯，威脅平津，中華民族進入了危難之際。
鑒於清末英法聯軍占領北京火燒圓明園，導致大量價值連城的文物遭到焚毀和劫掠的悲慘命運，考慮到北平故宮等機構保藏的文物有在戰火中被焚毀或遭日軍搶劫的可能，故宮博物院院長易培基等有識之士，電告南京中央政府，提出了盡快把文物南遷以避刀兵之災的意見。經過一番周折，終於得到國民政府批準，北平幾家存有文物的部門於1932年底商定派員精選文物，緊急裝箱南遷。除故宮博物院集中的13427箱零64包外，另有古物陳列所、太廟、頤和園、國子監，以及奉天、熱河兩行宮等處文物6066箱，由國民政府委托故宮博物院派員一起將其南遷——這便是中國近代史上著名的第一次國寶南遷大行動。
由北平南遷的文物先運到上海暫存，同時利用南京朝天宮舊址，修建故宮博物院南京分院長期存放。因南京分院隻能容納原北平故宮運出的文物，一同運往上海的其他部門如太廟、頤和園等原有6066箱文物無處存放。
經蔡元培倡議，於1933年4月在南京成立了國立中央博物院籌備處，暫時接管這批文物。中央博物院隸屬教育部，辦公地點設在雞鳴寺路1號。
中央博物院籌備處成立後，蔡元培出任第一屆理事會理事長，傅斯年受教育部長朱家驊之聘，擔任中央博物院籌備主任。
中央博物院是第一個近代意義上的國立博物館，對博物館事業的發展有著重大的作用，籌建國立中央博物院事關重大，傅斯年不敢怠慢，立即投入到緊張的籌建之中。他首先主持擬定《國立中央博物院計劃書草案》，明確建院宗旨：提倡科學研究，輔助公眾教育，以適當之陳列展覽，圖智識之增進。
經過和有關方麵請示和協商，決定在中山門半山園征地12.9公頃，擬建“人文”、“工藝”、“自然”三大館，延請翁文灝、李濟、周仁分別為自然館、人文館和工藝館籌備主任，後因時局關係，僅建“人文館”，即後來南京博物院大殿。該建築為仿遼代宮殿式，由民國著名建築師徐敬直設計，經建築大師梁思成修改。這為後話。
除政府明令撥發的南遷文物，國立中央博物院籌備處自成立之始，傅斯年就有建成一個實至名歸的國家乃至世界級博物院的構想，於是開始從私人收藏家手裏征集文物。
1933年10月，在蔡元培、葉恭綽、李濟等人的共同努力下，以3.4萬元的價格，購進了閩侯何敘甫繪園古物兩千餘件。再後來，隨著不斷收購、撥交和派員主動到田野進行考古發掘，中央博物院籌備處很快集中起全國第一流珍品約30萬件，其中包括繪畫中的《曆代帝後像》《唐明皇幸蜀圖》，銅器中聞名中外的毛公鼎等稀世珍寶。
1934年7月，傅斯年因兼職過多，決定辭職，經征得朱家驊同意後，由他推薦的李濟繼任中央博物院籌備主任的職務。
1936年春，擔任中央研究院總幹事的丁文江因煤氣中毒不幸在長沙病逝，院長蔡元培提議朱家驊接任總幹事。按中央研究院章程和權力劃分，院長之下以總幹事掌握實權，總攬全局。這是個很重要也很顯要的崗位，朱家驊也確是合適的人選，傅斯年對此是很支持的。朱家驊當時已經是國民黨的中央委員，中央政.治.會.議委員，還有其他職務，身上的擔子很重。開始不太情願，在大家的勸說下，還是勉強答應了。
這一年的冬天，朱家驊被國民政府任命為浙江省主.席。
中央研究院的總幹事，是要有具體業務的，一個政務繁多的省主.席兼任中研院總幹事是不太合適的。但因為一時找不到合適的人選，本人幾次遞交辭呈，都無結果。
不久，盧溝橋事變爆發，日軍即有進攻上海，迫近南京之勢，華北、華東陷入全麵危急。麵對危局，身兼多職的朱家驊顯然已無法繼續兼顧中研院事務了，隻好請傅斯年出麵代理。傅斯年是個顧全大局的人，情況都在哪明擺著，便毅然挑起了這副擔子。這時候的傅斯年，主要的職務應該已經不是中央史語所的主任，而是中央研究院總幹事了。
不久，“八一三”淞滬抗戰爆發了。
1937年8月17日，國防參議會最高會議在南京召開，傅斯年以中央研究院總幹事的身份參加了這次會議。
在這次會議上，傅斯年力主中央研究院各研究所以及平津重點大學，內遷長沙與南昌一帶城市暫避。這個請求得到了多數人會者的響應與支持，很快形成了政府決議。
1937年10月11日夜，在南京的傅斯年給遠在美國的胡適書寫密（confidential）信，對國內政治、軍事情形做了如下披露：
1.國內抗戰之意識有增無減，老百姓苦極而無怨言。上海前敵兵士，真是再好也不能了。這次最可佩的是革命軍將士，最無聊的是南京官僚。太子（南按：指孫科）有排德、意以便取信於蘇聯之說，為general（南按：指蔣介石）大教訓一下，以後他們也消聲了。王陸一因在dugout（南按：防空洞）-玩-女-人，被免職。外部之吳司長亦以逃走免職，這是差強人意的。
2.兩廣對出兵助戰之賣力氣，可算一百分。廣西軍大批北上，全省總動員，廣東軍在上海戰死、傷數萬人，看來曆年的“人事問題”算一掃而空了。閻、韓亦皆好，如理想，閻尤奮勇（南按：指山西省主.席閻錫山，時兼任第二戰區司令長官），韓至最近亦奮起（南按：指山東省主.席韓複榘，時兼任第五戰區第三集團軍總司令）。隻是那些雜牌軍如東北軍、二十九軍，太不好生打了。
3.上海方麵，今日之戰線大致與先生走時差不多。上月十七八左右曾有一度危險，general親自出馬，轉危為安，並且攻下一段。北四川路一段，北站、江灣仍在我們手中，浦東隻是大炮比武，敵未能登岸。此一線中，我們是以血肉抵抗飛機、大炮，不消說死傷之多，數目聽到嚇死人。但千古未有之勇敢，完全表現。這是抗日訓練之大成功。
4.津浦路糟透了。二十九軍聞聲即跑，不戰失靜海，聞汽船而失馬廠，敵以數千人長驅直入，我們十七師不知何在，馮指揮不動。幸廣西軍大批已開上，韓亦上前了（以前謠言甚多，大前日方明白，昨日韓下手令教全省公務員至死抵抗，韓亦以精兵上前）。目下此一路將由李宗仁及韓指揮決守黃河北岸，李大致三、四日內可至前方。人雲李、韓交情不錯。此線現戰於平原。
5.平漢路也弄到一塌糊塗。劉峙已革職查辦，目下調馮指揮。此線現在石家莊打著。
6.晉綏局麵皆壞於劉汝明二十九軍也。劉乃一準漢--奸-，最初拒絕湯恩伯入察，後來湯守南口，彼在後方潰退，以致中央軍大吃虧。劉退之前，傅作義來援，到張垣則滿地紅旗，皆漢--奸-之信號也。傅乃退，轉為劉軍繳械。劉軍沿路繳傅、湯諸軍之械，直潰到山西。李服膺又不行，於是大同不守。但後來老閻大拚命，打了幾個大勝仗。倭寇乃括滿蒙偽軍共約十八萬來犯，沿長城各口皆攻，遂失茹越口，而賊直入矣。但中央軍八師日內已趕上，老閻賣氣力，八路軍（共）在後麵作遊擊戰。大約山西可以支持一下子。可惜劉、李二賊，否則燕山天險，豈易於此哉？
有人說，傅斯年是文人秀才中少數幾個懂軍事的人才之一，此言大體不差，從他對全國繁亂複雜的軍事形勢和各軍將士心態的了解分析可見一斑。