《尼布楚條約》訂立之時，悄然間，外蒙古已經被來自新疆的準噶爾部落的首領噶爾丹占領。正是因為這個原因，中國和俄國的邊界其實劃到了尼布楚為界，而尼布楚以西的地方，尤其是有關外蒙古與西伯利亞之間的界限並沒有談論到。
當時在外蒙古的蒙古人，分成了三個部分：首先是東邊的車臣汗國、其次是西邊的劄薩克圖汗國、最後是中間的土謝圖汗國。三個汗國的汗，都是來自於當年元太祖忽必烈的十六世孫的後裔，加在一起統稱為“漠北”或“漠北喀爾喀”。而在熱河的東部，其實也有喀爾喀，分成左右兩部分。
新疆北部的蒙古人在元朝分為四個衛拉特（oirat），而準噶爾在今天的伊犁地區，和碩特在烏魯木齊一帶，杜爾伯特在承化一帶，土爾扈特在塔城附近的雅爾一帶。
明代的官方文書稱衛拉特為“瓦剌”，到了清朝的時候，便稱唿為“厄魯特”或“額魯特”。
準噶爾在四個衛拉特裏是最為強勢的，甚至在明朝末年，強迫土爾扈特部遷走，讓他們到俄國境內伏爾加河流域（直到乾隆年間才遷了迴來）。
準噶爾本就強勢，而在康熙年間準部出現了一位很有能力的領袖——噶爾丹。他吞並了和碩特部與杜爾伯特部，一舉統一了新疆的北部，又用武力讓新疆南邊的喀爾噶爾、葉爾羌等迴教部落也歸屬了他。
康熙二十七年，他又利用劄薩克圖汗部與土謝圖汗部的“內訌”與矛盾，趁機領了三萬騎兵，幫劄部打土部，打敗了土部又占領劄部，倒是有幾分像假虢滅塗之計，之後又侵占了車臣汗部。從此，噶爾丹成為事實上草原的霸主，跨有外蒙古和新疆，好似當年努爾哈赤之崛起於遼東一樣，但地盤比努爾哈赤的發源可要大得多。
眾所周知，康熙也是一位雄才的君主，他怎麽能忍受這樣的威脅，任何有點腦子的統治者都不會允許自己的政權旁邊還有另外一個強大的地盤，再不濟也得有個緩衝地帶，正如趙匡胤所言“臥榻之畔豈容他人鼾睡”。
正好這個時候，三個“漠北喀爾喀”汗部的汗以及臣民集體逃難到沙漠的南邊，人數有幾十萬之眾。康熙表示歡迎，並且把他們安置在蘇尼特各旗的地方。
噶爾丹逼迫的很緊，一直在後麵緊追。以感性的評價維度，噶爾丹此刻以後，死不足惜。
康熙覺得此刻時機已到，決定親征。
在出了長城以後，駐紮在博和洛屯，將主要的兵力交由同父異母的裕親王福全，封為撫遠大將軍，迎擊噶爾丹。
兩軍在烏蘭布通一起相遇，八月初一，噶爾丹把駱駝捆了，蓋著浸透水的毯子，形成所謂的“駝陣”，卻怎麽也擋不住清的槍炮，噶爾丹大敗。
噶爾丹派代表伊拉古克三唿圖克圖來和清軍的福全談判議和，他的要求是：交出土謝圖汗部的汗察琿多爾濟以及建議漠北喀爾喀諸部向南逃難的哲布尊丹巴（活佛）。福全覺得條件太過於苛刻，不允通過，將伊拉古克三唿圖克圖罵走。
結果剛過一天，噶爾丹又派了一位叫濟隆的唿圖克圖來，說道：噶爾丹不再要求交出察琿多爾濟，隻需要將哲布尊丹巴交出，並押送給西藏的達賴喇嘛加以懲罰，便可以了。
福全的意思是他這個級別沒有資格答應，要先請示康熙後，才可有消息。還說：你必須要保證在等候消息的時間內，噶爾丹不允許跑到其他地方去，劫掠我的臣民。濟隆表示可以保證。
福全一麵向康熙報告，一麵派侍衛陪著濟隆去見噶爾丹，要他在“威靈佛”前跪下磕頭宣誓。宣誓結束以後，噶爾丹又派伊拉古克三過來，交給了濟隆一份給康熙的奏章，上麵要康熙原諒自己的罪，並要求允許自己“出邊待命”。康熙批準了，但告訴福全“噶爾丹為人狡詐，仍當防備他。”而這個時候，噶爾丹已經真的出了邊。
十月的時候，福全借口糧食太少，將軍隊撤退到了哈瑪爾嶺。康熙大怒，認為軍隊不可妄動，下旨讓福全迴北京，索性將全部的軍隊都撤迴。康熙免了福全“議政大臣”的職務，罰俸三年，削奪了三個佐領（九百個世仆及耕地牛羊）
第二年五月，康熙在多倫迴見蒙古逐部落首領，將“漠北”（外蒙古）編為三十七個旗，與內蒙的四十九旗同樣看待，每個旗都設世襲的“劄薩克”。這樣的措施和木蘭秋彌很是相像，將滿洲貴族與蒙古的聯係溝通日益密切，也是為了政權的穩定而考慮做出的滿蒙聯合方針。
過了兩年（康熙三十二年），康熙打算派人送漠北喀爾喀的人迴到原地，結果科爾沁的奏章說噶爾丹約他們一起南侵。康熙停止了送漠北喀爾喀人迴原地的舉措，準備再次和噶爾丹碰一碰。
康熙三十五年三月，再次下旨親征，自己領著中路軍，長驅直入到達達克魯倫河的附近，噶爾丹在河對麵，還沒開始打，就已經害怕西撤了，康熙在兩天以後才知道對方跑了。
噶爾丹退到了昭莫多地方，與清的西路軍相遇。恰逢這時，綠營的士兵將噶爾丹的後隊輜重劫了，把噶爾丹殺的大敗而退，自己的“可敦”（王後）阿弩也戰死。
噶爾丹這個時候最想迴到新疆去，結果消息傳來，自己的侄子兼仇人策妄阿拉布坦，已經接受了康熙的命令，迴到伊犁。屋漏偏逢連夜雨，噶爾丹派自己的兩個兒子去哈密，結果哈密的迴王捆了直接交給了清軍。
噶爾丹在窮途末路之下，於康熙三十六年喝毒藥自殺。
康熙三十七年，康熙第三次親征，駐紮榆林，噶爾丹的部下把他的屍體和女兒及三百戶殘餘人口，送還清軍。
康熙這才安心，下詔班師迴京。
漠北喀爾喀的幾十萬人口被送迴，三十七個旗也擴張至五十五個旗。又增設一個賽音諾顏部，冊封額附（駙馬）策淩為第一代的貝勒（諾顏），統轄十九個旗，從此之後外蒙共擁有七十四旗（到了乾隆年間，增加至八十三旗）。
當時在外蒙古的蒙古人，分成了三個部分：首先是東邊的車臣汗國、其次是西邊的劄薩克圖汗國、最後是中間的土謝圖汗國。三個汗國的汗，都是來自於當年元太祖忽必烈的十六世孫的後裔，加在一起統稱為“漠北”或“漠北喀爾喀”。而在熱河的東部，其實也有喀爾喀，分成左右兩部分。
新疆北部的蒙古人在元朝分為四個衛拉特（oirat），而準噶爾在今天的伊犁地區，和碩特在烏魯木齊一帶，杜爾伯特在承化一帶，土爾扈特在塔城附近的雅爾一帶。
明代的官方文書稱衛拉特為“瓦剌”，到了清朝的時候，便稱唿為“厄魯特”或“額魯特”。
準噶爾在四個衛拉特裏是最為強勢的，甚至在明朝末年，強迫土爾扈特部遷走，讓他們到俄國境內伏爾加河流域（直到乾隆年間才遷了迴來）。
準噶爾本就強勢，而在康熙年間準部出現了一位很有能力的領袖——噶爾丹。他吞並了和碩特部與杜爾伯特部，一舉統一了新疆的北部，又用武力讓新疆南邊的喀爾噶爾、葉爾羌等迴教部落也歸屬了他。
康熙二十七年，他又利用劄薩克圖汗部與土謝圖汗部的“內訌”與矛盾，趁機領了三萬騎兵，幫劄部打土部，打敗了土部又占領劄部，倒是有幾分像假虢滅塗之計，之後又侵占了車臣汗部。從此，噶爾丹成為事實上草原的霸主，跨有外蒙古和新疆，好似當年努爾哈赤之崛起於遼東一樣，但地盤比努爾哈赤的發源可要大得多。
眾所周知，康熙也是一位雄才的君主，他怎麽能忍受這樣的威脅，任何有點腦子的統治者都不會允許自己的政權旁邊還有另外一個強大的地盤，再不濟也得有個緩衝地帶，正如趙匡胤所言“臥榻之畔豈容他人鼾睡”。
正好這個時候，三個“漠北喀爾喀”汗部的汗以及臣民集體逃難到沙漠的南邊，人數有幾十萬之眾。康熙表示歡迎，並且把他們安置在蘇尼特各旗的地方。
噶爾丹逼迫的很緊，一直在後麵緊追。以感性的評價維度，噶爾丹此刻以後，死不足惜。
康熙覺得此刻時機已到，決定親征。
在出了長城以後，駐紮在博和洛屯，將主要的兵力交由同父異母的裕親王福全，封為撫遠大將軍，迎擊噶爾丹。
兩軍在烏蘭布通一起相遇，八月初一，噶爾丹把駱駝捆了，蓋著浸透水的毯子，形成所謂的“駝陣”，卻怎麽也擋不住清的槍炮，噶爾丹大敗。
噶爾丹派代表伊拉古克三唿圖克圖來和清軍的福全談判議和，他的要求是：交出土謝圖汗部的汗察琿多爾濟以及建議漠北喀爾喀諸部向南逃難的哲布尊丹巴（活佛）。福全覺得條件太過於苛刻，不允通過，將伊拉古克三唿圖克圖罵走。
結果剛過一天，噶爾丹又派了一位叫濟隆的唿圖克圖來，說道：噶爾丹不再要求交出察琿多爾濟，隻需要將哲布尊丹巴交出，並押送給西藏的達賴喇嘛加以懲罰，便可以了。
福全的意思是他這個級別沒有資格答應，要先請示康熙後，才可有消息。還說：你必須要保證在等候消息的時間內，噶爾丹不允許跑到其他地方去，劫掠我的臣民。濟隆表示可以保證。
福全一麵向康熙報告，一麵派侍衛陪著濟隆去見噶爾丹，要他在“威靈佛”前跪下磕頭宣誓。宣誓結束以後，噶爾丹又派伊拉古克三過來，交給了濟隆一份給康熙的奏章，上麵要康熙原諒自己的罪，並要求允許自己“出邊待命”。康熙批準了，但告訴福全“噶爾丹為人狡詐，仍當防備他。”而這個時候，噶爾丹已經真的出了邊。
十月的時候，福全借口糧食太少，將軍隊撤退到了哈瑪爾嶺。康熙大怒，認為軍隊不可妄動，下旨讓福全迴北京，索性將全部的軍隊都撤迴。康熙免了福全“議政大臣”的職務，罰俸三年，削奪了三個佐領（九百個世仆及耕地牛羊）
第二年五月，康熙在多倫迴見蒙古逐部落首領，將“漠北”（外蒙古）編為三十七個旗，與內蒙的四十九旗同樣看待，每個旗都設世襲的“劄薩克”。這樣的措施和木蘭秋彌很是相像，將滿洲貴族與蒙古的聯係溝通日益密切，也是為了政權的穩定而考慮做出的滿蒙聯合方針。
過了兩年（康熙三十二年），康熙打算派人送漠北喀爾喀的人迴到原地，結果科爾沁的奏章說噶爾丹約他們一起南侵。康熙停止了送漠北喀爾喀人迴原地的舉措，準備再次和噶爾丹碰一碰。
康熙三十五年三月，再次下旨親征，自己領著中路軍，長驅直入到達達克魯倫河的附近，噶爾丹在河對麵，還沒開始打，就已經害怕西撤了，康熙在兩天以後才知道對方跑了。
噶爾丹退到了昭莫多地方，與清的西路軍相遇。恰逢這時，綠營的士兵將噶爾丹的後隊輜重劫了，把噶爾丹殺的大敗而退，自己的“可敦”（王後）阿弩也戰死。
噶爾丹這個時候最想迴到新疆去，結果消息傳來，自己的侄子兼仇人策妄阿拉布坦，已經接受了康熙的命令，迴到伊犁。屋漏偏逢連夜雨，噶爾丹派自己的兩個兒子去哈密，結果哈密的迴王捆了直接交給了清軍。
噶爾丹在窮途末路之下，於康熙三十六年喝毒藥自殺。
康熙三十七年，康熙第三次親征，駐紮榆林，噶爾丹的部下把他的屍體和女兒及三百戶殘餘人口，送還清軍。
康熙這才安心，下詔班師迴京。
漠北喀爾喀的幾十萬人口被送迴，三十七個旗也擴張至五十五個旗。又增設一個賽音諾顏部，冊封額附（駙馬）策淩為第一代的貝勒（諾顏），統轄十九個旗，從此之後外蒙共擁有七十四旗（到了乾隆年間，增加至八十三旗）。