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直秀一大早就跑到港口，直到上船後才放鬆下來，這次的迴船船主也在船上，他是佐賀鍋島家的商人，平時跑“長崎-下關-大阪”這條航線販賣貨物。船主頗為健談，直秀在海上無事可做，就和船主談談風物給兩個學生長長見識。
德川幕府剛成立的時候慶長八年（1603年），為了急缺物資的輸入和收拾豐臣政權擴張政策失敗後所留下的爛攤子，積極對外貿易，扶桑與中華、高麗、東南亞和西洋各國的貿易因此興盛。
幕府實行特許權貿易，將特許權“朱印狀”頒發給往來於外國與扶桑之間的商船主，史稱這種獲得特許權的商船為“禦朱印船”，船主多是九州的大名、各地豪商、幕府官員和外國商人。輸出產品主要有金、銀、銅、硫磺、樟腦、稻米、日本刀、漆器、和扇和其它精美手工藝品，輸入的主要是絲綢、硝石、呢絨、蘇木、鹿皮、染料、香料、鉛、錫、糖、藥材、高麗參等，當時對扶桑經濟影響很大。扶桑當時在造船、航海的技術方麵都不及外國所以不便從事轉口貿易，但扶桑盛產金、銀、銅等貴重金屬，所以進出口貿易很是興旺。
其中比較特殊的是當時的中華和扶桑貿易，因為明朝萬曆三大征之一的“萬曆援高麗戰爭”（高麗稱之為“壬辰倭亂”，扶桑稱之為“文祿慶長之役”）剛剛結束不久，明朝拒絕了幕府的通商請求。交涉失敗後，幕府又嚐試借助琉球、高麗等明朝藩屬國進行交涉：慶長十一年六月（1606年），幕府獲悉明冊封使抵達琉球，隨向明朝使節請求“複大明與扶桑商賈、通貨財之有無”、“自今已往、阜通財賄”，但明廷答複卻是嚴禁琉球與“倭夷”聯係。同樣，高麗也因戰爭陰霾，以“古今天下，安有借路於鄰國，穿由腹內，而遠達於他境”為由拒絕“假道”入貢。扶桑借助兩國斡旋的嚐試亦告失敗，此後幕府雖又多次努力，但始終未得允許。由此，幕府逐漸舍棄官方層麵的勘合訴求，轉而嚐試恢複兩國私人貿易。
麵對扶桑方麵的熱切態度，閩、粵、浙諸省商人積極響應，中華往市扶桑者逐年增加。慶長十六年八月（1611年），“大明南蠻異域之商船八十餘艘來朝”，翌年七月，又有“大明商船及呂宋歸朝船共二十六艘”，載來生絲二十餘萬斤。截止慶長十九年六月（1614年），當年入長崎之明船更達七十艘。“勘合不成，然南京、福建商舶每歲渡長崎者，自此逐年多多”，一度中斷的私人貿易旋又恢複。故終明之世勘合雖未再開，但幕府由重啟官方勘合到鼓勵私人商船來航的轉變，使扶桑恢複了與明朝的貿易往來。
至於高麗，為了將壬辰倭亂中被擄走的高麗人帶迴國內，經過幾次交涉後同意與扶桑通商，從慶長十二年（1607年）之後一直到文化八年（1811年），高麗派出了十二次高麗通信使前往扶桑通商，其中前十一次都到達了江戶，最後一次是在對馬島進行。因為以高麗通信使形式進行的通商除了商業外其它外交活動耗費很大，後來兩國財力都不能支持，於是自動停止，而民間的通商一直延續，在扶桑對馬島和高麗釜山之間進行。
隨著扶桑經濟的恢複，對外貿易帶來了當時意想不到的問題。
首先是西洋商人和切支丹教士的傳教導致幕府的不安全感，切支丹傳教士、教民與傳統的武士統治階級和本地佛教等發生了各種衝突，甚至有外國商人向幕府將軍密報切支丹傳教士意圖對幕府不利。
其次，對外貿易導致扶桑金、銀、銅等貴重金屬大量外流，國內商品價格暴漲，引發民間騷亂。
然後，幕府發現九州島的大名通過對外貿易實力增長迅速，而幕府相對獲益不多。
於是，幕府對外國貿易的態度發生了改變。
元和二年（1616年）幕府下令禁止外國船隻(除明國船隻外)在平戶、長崎兩港以外靠岸。元和六年（1620年），又禁止扶桑人搭乘外國船隻並禁止輸出武器。元和八年（1622年）幕府屠殺外國及本土切支丹教士，次年驅逐全體葡人出境。寬永元年（1624年）禁止南蠻（西班牙和葡萄牙）船隻入境。
寬永十年(1633年)、十一年（1634年)，幕府發布第一、第二兩次鎖國令，實行“奉書船”製度，規定除持有特許證的船外，嚴禁扶桑人、扶桑船隻離開扶桑。“奉書船”製度即出海船隻除朱印狀外還必須有老中簽發的文書，當時隻有特許商人才能得到該種許可文書。同時，嚴格限製外貿，外船來扶桑受監視，限期交易、到期離境，生絲價格由長崎奉行規定(其他商品按生絲標準定價)，禁止官吏直接購買外貨，還嚴令拘捕南蠻人教士，頒布告發教士者的獎勵辦法。結果朱印船貿易隻為幕府特許商人角倉、茶屋(京都)、末吉(大阪)、三浦按針等七家獨占，生絲貿易由界、長崎、京都、江戶、大阪的商人專營。
寬水十二年(1635年)發布第三次鎖國令，禁止包括特許船在內一切扶桑船隻駛往外國，去外國的的扶桑人在迴扶桑後不問理由一律處死。
寬水十三年(1636年)發布第四次鎖國令，除第一次禁令內容外，又增加了將南蠻在長崎所生子女及收留或救助這些混血兒童的人一律處死的法令，還有加強搜捕外籍教士的規定。這樣，隨著禁教而加強的貿易封鎖逐步嚴厲。
寬永十四年（1637年），“島原之亂”（“天草起義”）爆發，起義的農民以教民為核心反抗領主的苛政和暴行，據城防守打退了幕府聯軍的第一次、第二次、第三次攻擊，還當場打死了幕府派遣的討伐使板倉重昌，後來幕府動用了超過十二萬人的諸侯聯軍，圍城近兩個月使起義軍彈盡糧絕，之後才攻城成功。
此次事件給幕府、諸大名及當時扶桑社會極大震撼，島原鬆倉家被沒收領地，家主鬆倉勝家被判決斬首，成為江戶時代大名被斬首的唯一一人（刨腹不算被斬首），天草寺澤家被沒收領地，家主寺澤堅高因為精神失常自殺，寺澤家從此斷絕。至此引發島原之亂的兩家大名都遭到覆滅的厄運。
因為此事，幕府更加深了對外來文化的恐懼，寬永十六年（1639年）幕府發布第五次也是最後一次鎖國令：全麵禁止外國船隻來扶桑，命令各諸侯檢查航行船隻，提高三倍密告外船走私入境的獎金，並禁絕西洋教會對扶桑教民的一切聯係與影響。
寬永十八年（1641年），將蘭人一律轉移到長崎的人工小島“出島”，設立禁書目錄限製外文書籍進口，連朱印船貿易也禁止了。除對馬島的高麗扶桑貿易外，幕府隻限長崎一港準許中華、蘭國船舶通航，因為長崎是幕府天領（直轄地），這樣由幕府掌握了對中華和蘭國的貿易，另外交易中最重要的商品——生絲交易被持有幕府生絲特許權的豪商集團“絲割符仲間”獨占。
從這時起，幕府鎖國政策基本完成。
為配合鎖國政策，幕府實行了“寺請”或“擅家”製度，每個扶桑人都必須選擇一個寺廟作為自己的“擅那寺”，由寺院證明他是某一佛教宗派的信徒。從此，佛教大興。
從此，長崎作為扶桑當時的惟二的國際貿易港，接待蘭國和中華商人，成為了三都之外最繁華的商業城市。
受長州白石正一郎對自己小心翼翼接待的影響，直秀隻是粗略地和船主商人談談了古事，沒有把上麵提到的情況說完整，而且還囑咐商人和兩個學生“自己未通明徹悟，隻是私下閑談，請勿傳播以免貽笑大方”。
四天之後，船隻駛入長崎港，直秀奉上九枚寬永小判與船主告別。
其實除海路到長崎的路線外，直秀考慮過由下關經下關海峽到小倉，再經過佐賀城到長崎，這樣可以先去拜訪老師伊東玄樸，這樣的路途看起來更近一些。但現在不允許用馬拉車，牛車大八車隻拉貨，靠雙腳走陸路速度比較慢，小倉小笠原家雖然是譜代大名對幕臣比較友好，但萬一碰上那個發瘋的武士找自己麻煩，想想還是算了，坐船雖然貴一點，但舒服得多。
長崎就是後世繼廣島之後世界上第二個被原子彈毀滅的城市。但後來長崎又發展起來，在全球城市500強榜單能排到前150名，這和它便利的交通位置是分不開的。
長崎位於九州島西部的長崎半島西端，三麵環山，一麵向海，港口南至鹿兒島港159海裏，西北至佐世保約40海裏，西距中華吳淞港僅448海裏，是扶桑距離中華和東南亞非常近的港口。該港處在長崎峽灣內，外有香燒島，伊王島等港灣擋風浪，灣內潮升2.1－2.9米，平均海麵浪潮1.64米，入港航道外段長2.1公裏，寬460米，水深38－45米；中段1.84公裏，寬200－330米，水深27－40米，內段長1.43公裏，寬180米，水深18－24米。
總而言之，長崎是天然的避風良港而且位置便於做國際貿易。
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直秀一大早就跑到港口，直到上船後才放鬆下來，這次的迴船船主也在船上，他是佐賀鍋島家的商人，平時跑“長崎-下關-大阪”這條航線販賣貨物。船主頗為健談，直秀在海上無事可做，就和船主談談風物給兩個學生長長見識。
德川幕府剛成立的時候慶長八年（1603年），為了急缺物資的輸入和收拾豐臣政權擴張政策失敗後所留下的爛攤子，積極對外貿易，扶桑與中華、高麗、東南亞和西洋各國的貿易因此興盛。
幕府實行特許權貿易，將特許權“朱印狀”頒發給往來於外國與扶桑之間的商船主，史稱這種獲得特許權的商船為“禦朱印船”，船主多是九州的大名、各地豪商、幕府官員和外國商人。輸出產品主要有金、銀、銅、硫磺、樟腦、稻米、日本刀、漆器、和扇和其它精美手工藝品，輸入的主要是絲綢、硝石、呢絨、蘇木、鹿皮、染料、香料、鉛、錫、糖、藥材、高麗參等，當時對扶桑經濟影響很大。扶桑當時在造船、航海的技術方麵都不及外國所以不便從事轉口貿易，但扶桑盛產金、銀、銅等貴重金屬，所以進出口貿易很是興旺。
其中比較特殊的是當時的中華和扶桑貿易，因為明朝萬曆三大征之一的“萬曆援高麗戰爭”（高麗稱之為“壬辰倭亂”，扶桑稱之為“文祿慶長之役”）剛剛結束不久，明朝拒絕了幕府的通商請求。交涉失敗後，幕府又嚐試借助琉球、高麗等明朝藩屬國進行交涉：慶長十一年六月（1606年），幕府獲悉明冊封使抵達琉球，隨向明朝使節請求“複大明與扶桑商賈、通貨財之有無”、“自今已往、阜通財賄”，但明廷答複卻是嚴禁琉球與“倭夷”聯係。同樣，高麗也因戰爭陰霾，以“古今天下，安有借路於鄰國，穿由腹內，而遠達於他境”為由拒絕“假道”入貢。扶桑借助兩國斡旋的嚐試亦告失敗，此後幕府雖又多次努力，但始終未得允許。由此，幕府逐漸舍棄官方層麵的勘合訴求，轉而嚐試恢複兩國私人貿易。
麵對扶桑方麵的熱切態度，閩、粵、浙諸省商人積極響應，中華往市扶桑者逐年增加。慶長十六年八月（1611年），“大明南蠻異域之商船八十餘艘來朝”，翌年七月，又有“大明商船及呂宋歸朝船共二十六艘”，載來生絲二十餘萬斤。截止慶長十九年六月（1614年），當年入長崎之明船更達七十艘。“勘合不成，然南京、福建商舶每歲渡長崎者，自此逐年多多”，一度中斷的私人貿易旋又恢複。故終明之世勘合雖未再開，但幕府由重啟官方勘合到鼓勵私人商船來航的轉變，使扶桑恢複了與明朝的貿易往來。
至於高麗，為了將壬辰倭亂中被擄走的高麗人帶迴國內，經過幾次交涉後同意與扶桑通商，從慶長十二年（1607年）之後一直到文化八年（1811年），高麗派出了十二次高麗通信使前往扶桑通商，其中前十一次都到達了江戶，最後一次是在對馬島進行。因為以高麗通信使形式進行的通商除了商業外其它外交活動耗費很大，後來兩國財力都不能支持，於是自動停止，而民間的通商一直延續，在扶桑對馬島和高麗釜山之間進行。
隨著扶桑經濟的恢複，對外貿易帶來了當時意想不到的問題。
首先是西洋商人和切支丹教士的傳教導致幕府的不安全感，切支丹傳教士、教民與傳統的武士統治階級和本地佛教等發生了各種衝突，甚至有外國商人向幕府將軍密報切支丹傳教士意圖對幕府不利。
其次，對外貿易導致扶桑金、銀、銅等貴重金屬大量外流，國內商品價格暴漲，引發民間騷亂。
然後，幕府發現九州島的大名通過對外貿易實力增長迅速，而幕府相對獲益不多。
於是，幕府對外國貿易的態度發生了改變。
元和二年（1616年）幕府下令禁止外國船隻(除明國船隻外)在平戶、長崎兩港以外靠岸。元和六年（1620年），又禁止扶桑人搭乘外國船隻並禁止輸出武器。元和八年（1622年）幕府屠殺外國及本土切支丹教士，次年驅逐全體葡人出境。寬永元年（1624年）禁止南蠻（西班牙和葡萄牙）船隻入境。
寬永十年(1633年)、十一年（1634年)，幕府發布第一、第二兩次鎖國令，實行“奉書船”製度，規定除持有特許證的船外，嚴禁扶桑人、扶桑船隻離開扶桑。“奉書船”製度即出海船隻除朱印狀外還必須有老中簽發的文書，當時隻有特許商人才能得到該種許可文書。同時，嚴格限製外貿，外船來扶桑受監視，限期交易、到期離境，生絲價格由長崎奉行規定(其他商品按生絲標準定價)，禁止官吏直接購買外貨，還嚴令拘捕南蠻人教士，頒布告發教士者的獎勵辦法。結果朱印船貿易隻為幕府特許商人角倉、茶屋(京都)、末吉(大阪)、三浦按針等七家獨占，生絲貿易由界、長崎、京都、江戶、大阪的商人專營。
寬水十二年(1635年)發布第三次鎖國令，禁止包括特許船在內一切扶桑船隻駛往外國，去外國的的扶桑人在迴扶桑後不問理由一律處死。
寬水十三年(1636年)發布第四次鎖國令，除第一次禁令內容外，又增加了將南蠻在長崎所生子女及收留或救助這些混血兒童的人一律處死的法令，還有加強搜捕外籍教士的規定。這樣，隨著禁教而加強的貿易封鎖逐步嚴厲。
寬永十四年（1637年），“島原之亂”（“天草起義”）爆發，起義的農民以教民為核心反抗領主的苛政和暴行，據城防守打退了幕府聯軍的第一次、第二次、第三次攻擊，還當場打死了幕府派遣的討伐使板倉重昌，後來幕府動用了超過十二萬人的諸侯聯軍，圍城近兩個月使起義軍彈盡糧絕，之後才攻城成功。
此次事件給幕府、諸大名及當時扶桑社會極大震撼，島原鬆倉家被沒收領地，家主鬆倉勝家被判決斬首，成為江戶時代大名被斬首的唯一一人（刨腹不算被斬首），天草寺澤家被沒收領地，家主寺澤堅高因為精神失常自殺，寺澤家從此斷絕。至此引發島原之亂的兩家大名都遭到覆滅的厄運。
因為此事，幕府更加深了對外來文化的恐懼，寬永十六年（1639年）幕府發布第五次也是最後一次鎖國令：全麵禁止外國船隻來扶桑，命令各諸侯檢查航行船隻，提高三倍密告外船走私入境的獎金，並禁絕西洋教會對扶桑教民的一切聯係與影響。
寬永十八年（1641年），將蘭人一律轉移到長崎的人工小島“出島”，設立禁書目錄限製外文書籍進口，連朱印船貿易也禁止了。除對馬島的高麗扶桑貿易外，幕府隻限長崎一港準許中華、蘭國船舶通航，因為長崎是幕府天領（直轄地），這樣由幕府掌握了對中華和蘭國的貿易，另外交易中最重要的商品——生絲交易被持有幕府生絲特許權的豪商集團“絲割符仲間”獨占。
從這時起，幕府鎖國政策基本完成。
為配合鎖國政策，幕府實行了“寺請”或“擅家”製度，每個扶桑人都必須選擇一個寺廟作為自己的“擅那寺”，由寺院證明他是某一佛教宗派的信徒。從此，佛教大興。
從此，長崎作為扶桑當時的惟二的國際貿易港，接待蘭國和中華商人，成為了三都之外最繁華的商業城市。
受長州白石正一郎對自己小心翼翼接待的影響，直秀隻是粗略地和船主商人談談了古事，沒有把上麵提到的情況說完整，而且還囑咐商人和兩個學生“自己未通明徹悟，隻是私下閑談，請勿傳播以免貽笑大方”。
四天之後，船隻駛入長崎港，直秀奉上九枚寬永小判與船主告別。
其實除海路到長崎的路線外，直秀考慮過由下關經下關海峽到小倉，再經過佐賀城到長崎，這樣可以先去拜訪老師伊東玄樸，這樣的路途看起來更近一些。但現在不允許用馬拉車，牛車大八車隻拉貨，靠雙腳走陸路速度比較慢，小倉小笠原家雖然是譜代大名對幕臣比較友好，但萬一碰上那個發瘋的武士找自己麻煩，想想還是算了，坐船雖然貴一點，但舒服得多。
長崎就是後世繼廣島之後世界上第二個被原子彈毀滅的城市。但後來長崎又發展起來，在全球城市500強榜單能排到前150名，這和它便利的交通位置是分不開的。
長崎位於九州島西部的長崎半島西端，三麵環山，一麵向海，港口南至鹿兒島港159海裏，西北至佐世保約40海裏，西距中華吳淞港僅448海裏，是扶桑距離中華和東南亞非常近的港口。該港處在長崎峽灣內，外有香燒島，伊王島等港灣擋風浪，灣內潮升2.1－2.9米，平均海麵浪潮1.64米，入港航道外段長2.1公裏，寬460米，水深38－45米；中段1.84公裏，寬200－330米，水深27－40米，內段長1.43公裏，寬180米，水深18－24米。
總而言之，長崎是天然的避風良港而且位置便於做國際貿易。