魏忠賢的出現打亂了明朝的文官治國體係，在他瘋狂的屠殺迫害之後，行政權力轉移到宦官，大臣的權力被剝奪。
明朝的宦官專權實際上是皇帝想奪迴權力的工具。宦官們惟利是圖，被閹了後隻有依靠皇權才能生存，除了皇宮連謀生的本領都沒有。而且，對於那些宦官，如果皇帝嫌他權利太大，與之形成矛盾，皇帝不高興了一紙詔書就可以扳倒，因為這時皇帝就與內閣和大臣一邊了。這絕非唐朝時，宦官權利大到可以殺皇帝可比。比如英宗於曹吉祥，憲宗於汪直，武宗於劉瑾，思宗於魏忠賢，無不如是。
朱元璋廢宰相一職，仿宋殿閣製設內閣。明朝在中央設置六部、五寺、特務機構內行廠、三公、諸司、外三監、內十二監。
六部
明朝在中央設置吏、戶、禮、工、刑、兵六部，與前代相比，明朝最初在每部增加尚書侍郎各一。胡惟庸案之後，朱元璋廢丞相之職，取消中書省。六部因此地位得到了提高。每部隻設一個尚書，兩個侍郎，原有的各科尚書降為郎中。各部尚書和侍郎的官階也上升。其中以吏部（主管文官升遷）最為重要，戶部人員最多。禮部（主管祭祀大典）與工部（主管公共建設）地位較低。
監察機構
在洪武十三年前，明朝還沿襲元的監察製度，設立禦史台，有左右禦史大夫各一名。洪武十三年後，朱元璋廢禦史台。兩年之後，朱元璋設立新的監察機構—都察院。都察院下麵設立監察禦史若幹人，分巡全國各省，稱為十二道監察禦史。每道有監察禦史三至五人，範圍大體為一省。但監察禦史都駐在京師，有事帶印出巡，事畢迴京繳印。到明末，監察禦史分為十三道，共有一百一十人。
六科
明朝開始隻設了給事中。到洪武二十四年，設都給事中六人，分吏、戶、禮、工、刑、兵六科，每科一人。該製度基本是繼承了唐朝的門下省製度。六科官職品級雖低，然職權很高。他們可以不讚成皇帝的意旨。而該製度也發揮了一定的改善朝政作用。
五寺
五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太仆寺、鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合為三法司，其職權與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱為大理寺卿，也是九卿之一。其餘四個寺的卿職權較低。太常寺負責祭祀；太仆寺管理馬匹；光祿寺負責壽宴；鴻臚寺負責接待外賓。
內閣
在廢除丞相製度後，朱元璋親理政務，一度深感疲憊，於是設立四輔製度來輔佐政事。但這項製度效能不彰。洪武十七年後被廢。之後朱元璋請來幾位翰林學士幫忙輔佐，這些翰林學士的官職被命為“xx大學士”。這也就是所謂的內閣機構。
特務機構
參見：錦衣衛、東廠和西廠，前幾章。
三公
包括太師、太傅、太保。這些官職都是虛弦。他們名為輔導太子，但實際上輔導太子的機構是詹事府。詹事府下設兩坊、一局、一廳。此外還有太醫院。太醫院附屬有生藥庫和惠民藥局。而翰林院遠較太醫院重要。翰林院首長則是翰林學士。
諸司
指不屬於各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司負責傳遞公文，公告周知。行人司負責到地方上頒詔諭及赴外國作使臣。
外三監
包括國子監、欽天監、上林苑監。欽天監負責觀測星象。國子監是教育機構，有祭酒一人，司業一人，監丞一人，博士五人，助教十五人，學正十人，學錄七人，典簿一人，典籍一人，典饌兩人。上林苑監負責掌管皇帝的禦花園，畜牧場與菜圃。
內十二監
為宦官衙門。事實上隻有在這些衙門工作的宦官才是太監。包括司禮監、內宮監、禦用監、司設監、禦馬監、神宮監、尚膳監、尚寶監、印綬監、直殿監、尚衣監、都知監。以司禮監最為重要，監內的提督太監主管宮內一切宦官禮儀刑名。而秉筆太監在宦官極端專權時竟代替皇帝批公文。此外還設有四個司（惜薪、鍾鼓、寶鈔、混堂），八個局（兵仗、銀作、浣衣、巾帽、針工、內織染、酒醋麵，司苑），合為內官廿四衙門。宮女也有六個局（尚宮、尚儀、尚食、尚寢、尚功等），每個局下設四個司。
明初，朱元璋設計的典章製度包括了政治，經濟，軍事等諸方麵。他繼漢晉以後第三次實行分封製度，建立諸藩。?
朱元璋分封諸王，則完全出於己願。朱元璋之所以分封諸王，顯然懷有一種理想，那就是“法古建邦”，“分茅胙土，以藩屏國家”，“藩輔帝室”這一理念的關懷所係。這一點從他的分封詔書中可以清楚知道。
從此意義而言，朱元璋的分封諸王是中國曆史上漢代以降一次帶有分封本意的複古行動。明初分封的諸王，雖不領土地，人口，但是領有軍隊。一般諸王都領有二三衛，大者擁軍二三萬，如秦王，晉王，燕王等；小者亦近萬。如此多之兵，不待征發已是數萬之眾。故而就出現了清人楊椿所說的局勢，“高皇帝崩，遂人人有帝製自為之意。”
而朱元璋選擇的皇位繼承人太子朱標乃一柔仁之人，即使不早亡，這些強藩兄弟勢力坐大亦是指日之事，後患無窮。不料朱標早死，皇位竟然落入皇太孫朱允炆之手。這種情緒從建文繼承皇位到削藩時已經顯露出來。那些勢力強大而誌大才疏的皇叔們不是輸給了建文帝，而是輸給了朱棣。頗有乃父風範的燕王朱棣，瞅準了建文帝削藩，變更官製這些違背祖訓的舉措，公然打起“清君側”的大旗，起而發動靖難叛亂。曆時四年的血戰，燕王終於成為明朝的最高統治者。
朱棣以違背祖訓為借口而發動叛亂，也違背祖訓起來。在宗藩政策上，他成為建文帝未完成事業的實際執行人。削藩，瓦解有勢力的同宗兄弟的力量是朱棣上台後的一大任務。與建文帝不同的，是朱棣政治上的手段老練和策略性。在一定意義上，朱棣吸收了建文帝削藩的經驗，與建文帝徹底的冒進的做法不同。在宗藩問題上，朱棣最後采取了豢養藩王的政策。?
在一種特殊背景下最終形成的明代宗藩政策，給這個明朝帶來無窮禍害。豢養藩王政策，使諸家藩王無所事事。既不能朝見皇帝，參與朝政，亦不能參與地方事務。他們生活在劃定的地方範圍內，能做什麽？既不能參與經濟，軍事建設，隻有個別藩王從事一點個人喜好的文化活動，如寧王朱權寫出了《救荒本草》，朱載堉無聊之極玩撫琴弦之際悟出了“十二平均律”的音樂理論。因此，明代宗室藩王們除了不斷地從事人口生產外，別無他途。宗室人口，從洪武年間的二十幾家，至正德嘉靖間發展到了二萬餘人，據中國社會科學院曆史所研究員王春瑜估計至明末大約有十萬左右。
這眾多的人口，形成一個特殊的階層，唯一的功績就是消耗掉明代老百姓們辛苦倍至生產出來的社會財富，坐食民脂民膏終老。僅俸祿一項，就占了明朝開支中的絕大部分。明代宗藩每年消耗的開支成為明代財政支出中一個大頭，成為明代財政的一大包袱。這足以令明朝最高統治者的皇帝寢食難安。這從明代眾多的戶部尚書以及朝臣關於宗藩開支的奏折中可以得知。明代宗藩可以說成為一個十足的寄生階層，尾大不掉，是國家社會中的廢物。
這一切，是這個帝國的設計者朱元璋當初分封諸王時無論如何也不曾預見到的。在特殊環境下形成的明代宗藩製度潛藏的禍患，在朱棣死後就甩給了他的後來者去承受他篡逆帶來的惡果，而這一切都是朱元璋親手培植種下的。
明朝的宦官專權實際上是皇帝想奪迴權力的工具。宦官們惟利是圖，被閹了後隻有依靠皇權才能生存，除了皇宮連謀生的本領都沒有。而且，對於那些宦官，如果皇帝嫌他權利太大，與之形成矛盾，皇帝不高興了一紙詔書就可以扳倒，因為這時皇帝就與內閣和大臣一邊了。這絕非唐朝時，宦官權利大到可以殺皇帝可比。比如英宗於曹吉祥，憲宗於汪直，武宗於劉瑾，思宗於魏忠賢，無不如是。
朱元璋廢宰相一職，仿宋殿閣製設內閣。明朝在中央設置六部、五寺、特務機構內行廠、三公、諸司、外三監、內十二監。
六部
明朝在中央設置吏、戶、禮、工、刑、兵六部，與前代相比，明朝最初在每部增加尚書侍郎各一。胡惟庸案之後，朱元璋廢丞相之職，取消中書省。六部因此地位得到了提高。每部隻設一個尚書，兩個侍郎，原有的各科尚書降為郎中。各部尚書和侍郎的官階也上升。其中以吏部（主管文官升遷）最為重要，戶部人員最多。禮部（主管祭祀大典）與工部（主管公共建設）地位較低。
監察機構
在洪武十三年前，明朝還沿襲元的監察製度，設立禦史台，有左右禦史大夫各一名。洪武十三年後，朱元璋廢禦史台。兩年之後，朱元璋設立新的監察機構—都察院。都察院下麵設立監察禦史若幹人，分巡全國各省，稱為十二道監察禦史。每道有監察禦史三至五人，範圍大體為一省。但監察禦史都駐在京師，有事帶印出巡，事畢迴京繳印。到明末，監察禦史分為十三道，共有一百一十人。
六科
明朝開始隻設了給事中。到洪武二十四年，設都給事中六人，分吏、戶、禮、工、刑、兵六科，每科一人。該製度基本是繼承了唐朝的門下省製度。六科官職品級雖低，然職權很高。他們可以不讚成皇帝的意旨。而該製度也發揮了一定的改善朝政作用。
五寺
五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太仆寺、鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合為三法司，其職權與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱為大理寺卿，也是九卿之一。其餘四個寺的卿職權較低。太常寺負責祭祀；太仆寺管理馬匹；光祿寺負責壽宴；鴻臚寺負責接待外賓。
內閣
在廢除丞相製度後，朱元璋親理政務，一度深感疲憊，於是設立四輔製度來輔佐政事。但這項製度效能不彰。洪武十七年後被廢。之後朱元璋請來幾位翰林學士幫忙輔佐，這些翰林學士的官職被命為“xx大學士”。這也就是所謂的內閣機構。
特務機構
參見：錦衣衛、東廠和西廠，前幾章。
三公
包括太師、太傅、太保。這些官職都是虛弦。他們名為輔導太子，但實際上輔導太子的機構是詹事府。詹事府下設兩坊、一局、一廳。此外還有太醫院。太醫院附屬有生藥庫和惠民藥局。而翰林院遠較太醫院重要。翰林院首長則是翰林學士。
諸司
指不屬於各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司負責傳遞公文，公告周知。行人司負責到地方上頒詔諭及赴外國作使臣。
外三監
包括國子監、欽天監、上林苑監。欽天監負責觀測星象。國子監是教育機構，有祭酒一人，司業一人，監丞一人，博士五人，助教十五人，學正十人，學錄七人，典簿一人，典籍一人，典饌兩人。上林苑監負責掌管皇帝的禦花園，畜牧場與菜圃。
內十二監
為宦官衙門。事實上隻有在這些衙門工作的宦官才是太監。包括司禮監、內宮監、禦用監、司設監、禦馬監、神宮監、尚膳監、尚寶監、印綬監、直殿監、尚衣監、都知監。以司禮監最為重要，監內的提督太監主管宮內一切宦官禮儀刑名。而秉筆太監在宦官極端專權時竟代替皇帝批公文。此外還設有四個司（惜薪、鍾鼓、寶鈔、混堂），八個局（兵仗、銀作、浣衣、巾帽、針工、內織染、酒醋麵，司苑），合為內官廿四衙門。宮女也有六個局（尚宮、尚儀、尚食、尚寢、尚功等），每個局下設四個司。
明初，朱元璋設計的典章製度包括了政治，經濟，軍事等諸方麵。他繼漢晉以後第三次實行分封製度，建立諸藩。?
朱元璋分封諸王，則完全出於己願。朱元璋之所以分封諸王，顯然懷有一種理想，那就是“法古建邦”，“分茅胙土，以藩屏國家”，“藩輔帝室”這一理念的關懷所係。這一點從他的分封詔書中可以清楚知道。
從此意義而言，朱元璋的分封諸王是中國曆史上漢代以降一次帶有分封本意的複古行動。明初分封的諸王，雖不領土地，人口，但是領有軍隊。一般諸王都領有二三衛，大者擁軍二三萬，如秦王，晉王，燕王等；小者亦近萬。如此多之兵，不待征發已是數萬之眾。故而就出現了清人楊椿所說的局勢，“高皇帝崩，遂人人有帝製自為之意。”
而朱元璋選擇的皇位繼承人太子朱標乃一柔仁之人，即使不早亡，這些強藩兄弟勢力坐大亦是指日之事，後患無窮。不料朱標早死，皇位竟然落入皇太孫朱允炆之手。這種情緒從建文繼承皇位到削藩時已經顯露出來。那些勢力強大而誌大才疏的皇叔們不是輸給了建文帝，而是輸給了朱棣。頗有乃父風範的燕王朱棣，瞅準了建文帝削藩，變更官製這些違背祖訓的舉措，公然打起“清君側”的大旗，起而發動靖難叛亂。曆時四年的血戰，燕王終於成為明朝的最高統治者。
朱棣以違背祖訓為借口而發動叛亂，也違背祖訓起來。在宗藩政策上，他成為建文帝未完成事業的實際執行人。削藩，瓦解有勢力的同宗兄弟的力量是朱棣上台後的一大任務。與建文帝不同的，是朱棣政治上的手段老練和策略性。在一定意義上，朱棣吸收了建文帝削藩的經驗，與建文帝徹底的冒進的做法不同。在宗藩問題上，朱棣最後采取了豢養藩王的政策。?
在一種特殊背景下最終形成的明代宗藩政策，給這個明朝帶來無窮禍害。豢養藩王政策，使諸家藩王無所事事。既不能朝見皇帝，參與朝政，亦不能參與地方事務。他們生活在劃定的地方範圍內，能做什麽？既不能參與經濟，軍事建設，隻有個別藩王從事一點個人喜好的文化活動，如寧王朱權寫出了《救荒本草》，朱載堉無聊之極玩撫琴弦之際悟出了“十二平均律”的音樂理論。因此，明代宗室藩王們除了不斷地從事人口生產外，別無他途。宗室人口，從洪武年間的二十幾家，至正德嘉靖間發展到了二萬餘人，據中國社會科學院曆史所研究員王春瑜估計至明末大約有十萬左右。
這眾多的人口，形成一個特殊的階層，唯一的功績就是消耗掉明代老百姓們辛苦倍至生產出來的社會財富，坐食民脂民膏終老。僅俸祿一項，就占了明朝開支中的絕大部分。明代宗藩每年消耗的開支成為明代財政支出中一個大頭，成為明代財政的一大包袱。這足以令明朝最高統治者的皇帝寢食難安。這從明代眾多的戶部尚書以及朝臣關於宗藩開支的奏折中可以得知。明代宗藩可以說成為一個十足的寄生階層，尾大不掉，是國家社會中的廢物。
這一切，是這個帝國的設計者朱元璋當初分封諸王時無論如何也不曾預見到的。在特殊環境下形成的明代宗藩製度潛藏的禍患，在朱棣死後就甩給了他的後來者去承受他篡逆帶來的惡果，而這一切都是朱元璋親手培植種下的。