到了崇禎三年五月底，這場曆時七個月之久的“己巳之變”才結束。
最後清軍是撤出去了，明軍收複了失地，可是損失就太大了，清軍一路攻城掠地，長城喜峰口，遵化，良鄉，固安，香河，永平，順義，遷安，灤州等。劫掠走人口、牲畜數萬，金銀損失更是不計其數。
明朝還損失了山海關總兵趙率教、大將滿桂、孫祖壽、兵部右侍郎劉之綸；總兵黑雲龍、麻登雲被俘後投降，連袁崇煥在北京之圍結束之後被捕入獄，處死。
朝廷上的官員也有很多人被牽連，罷官的罷官，下獄的下獄。
至於陝西這邊，自從封鎖了黃河水道，陝西的形勢變得越來越嚴重，最後在局部地區已經成了賊比兵多了。
這時的崇禎皇帝，又接受大臣的建議想要招撫這些賊寇，得到這個消息之後，三邊總督楊鶴也開始實行他的招撫方略，首先上書對陝西的局勢進行闡述：
“饑民為土賊，逃兵為流賊。一為上天虎、掃地王，五六千人，在綏德，清澗；一為黃甫故橋積盜；一為橫天王、點燈子，六七千人，在宜川；又有四夷逃兵及合水、安化饑民二三千人。延安遍地皆賊，皆因饑荒使然，剿不易結，必須撫之。”
但剛剛升任陝西巡按的吳甡卻有不同的意見，吳甡認為：“王嘉胤縱橫於延安，神一魁跋扈於慶陽。鄜州、中部、雒川、宜川之間，向受迴賊之害，近又乘釁而起，眾至數萬。如耀州、涇陽、淳化、三水、白水、富平、合陽、澄城等，為西安門戶，無處不可闌入。扞禦止恃屯兵，鄉兵無戰馬，無盔甲，無錢糧，何為施力？非獨延慶危，西安未嚐不危也。嘉胤諸賊，實為禍首，不可言撫，以損國威。”
但這時的局勢已經糜爛到了不得不撫的地步了。
神一魁勾結河套蒙古人，突襲保安。擊敗賀虎臣、杜文煥，大掠保安。神一魁率其部圍攻慶陽，局勢十分危急。當時神一魁擁眾六、七萬，並分兵一支攻克合水縣城，活捉知縣蔣應昌。同時對慶陽發動大舉進攻，慶陽推官馬一荀與士民共守慶陽。起義軍雖然在攻擊東門的戰鬥中被明軍遊擊伍維藩擊敗，但依舊牢牢包圍著慶陽。
在這時上天猴等又從陝西返迴，屯於宜君、雒川、甘泉、鄜州。點燈子屯於中部。
這個時候的陝西明軍兵力已經捉襟見肘了，陝西當地的衛所兵素弱又很差根本幹不過那些有邊軍和災民組成的起義軍。能從邊軍中抽調出來的兵力太有限了，雖然兵力有限但依舊在四處救火。
首先張全昌、趙大胤率領千餘兵馬在梁家嶺擊敗上天猴，斬首四百級。又折返中部與點燈子交戰，斬首一百二十級。隨後兩軍又追擊點燈子部直到葭州斬首四百級。
雖然取得了一些勝利，但此時慶陽依舊在起義軍的包圍之中。楊鶴這時派出周日強對起義軍進行招撫，雙方還在談判之中，暫時還沒有結果，不過也大大的緩解了慶陽的危急形勢。
直到提督山、陝、寧、臨軍務總兵官杜文煥派遣定邊副總兵張全昌提數千兵馬南下，戰場上的局勢開始向利於明軍招撫轉變。
首先神一魁也派出數千精兵前去迎擊，張應昌將其擊敗，一路猛追至城下，斬首三百，參與作戰的鄉兵也斬首一百，慶陽之圍徹底解除。
這時談判也有了進展，神一魁也宣布接受招撫，三月初九日，神一魁派孫繼業等大小頭目六十餘人，率眾至寧州接受詔安。十六日神一魁親自赴楊鶴營中拜見。楊鶴先對神一魁進行聲色俱厲的問罪，然後宣布赦免其罪。對他手下的兵卒進行賞賜，然後遣散了那些依附的流民。
之後不幾天，延綏巡撫洪承疇命守備賀人龍，假意設宴慰問投降受撫人員，等眾人酒醉告辭時，伏兵四起，大肆屠殺，共殺了三百多人，隻有神一魁等數人死裏逃生。
這血的教訓，終於使神一魁覺醒了。他返迴寧塞堡糾集舊部重新舉起旗，劫走寧塞守將吳弘器、範禮二人，隨即也遭到官兵的四麵圍攻。
神一元、神一魁是弟兄倆，吳旗寧塞堡人，都是貧苦農民出身。成年後投入陝西延綏鎮邊兵當兵。崇禎三年領導三千多邊兵起義，“其鋒不可擋，官兵望風奔潰“，是起義軍中頂尖的存在。
一直到崇禎四年，朝廷答應賑濟災民的十萬兩白銀到達陝西。大批饑民得到救濟，接受朝廷的招撫慢慢迴鄉，陝西局勢才開始穩定。但全陝依舊存在著大大小小的反抗勢力，但楊鶴卻以為大勢已定，一意求撫。片刻安靜之後將是更猛烈的風暴，而作為三邊總督，楊鶴將首當其衝。
而從崇禎二年一直到崇禎四年底，這三年的時間裏，王樹亭就安心的待在呂梁山中發展，現在他所建設的小城中居民已經達到了五六百戶三千餘人，這些人主要是給王樹亭的各種工廠做工的，原先的小作坊現在已經變成大工廠了，煉鐵的高爐數十個，兵器、盔甲、布匹這些工廠每個都有數百人在做工，還有什麽磨坊，商隊等等都有不少人，這些全都是最早的時候跟隨王樹亭的村中的百姓，或者是士兵的家屬，忠誠方麵是完全沒問題的。
這些工廠暫時還是處在不緊不慢生產過程中，每個月可以產出刀槍等各色兵器上千，火器數十，盔甲百副，生產出來了就給部隊換裝，再多出來就都放在倉庫裏存著，其餘的時間都是生產一些民用的物資，比如鋤頭、布匹、被褥等等，三年時間還是積攢了不少家底；
之所以生產這麽點，一來是因為限製於隊伍的規模，另一個就是生產物資的短缺，其他的還好弄，鐵料、皮革就沒有辦法大批量的購買，牛皮還是去草原那日鬆幫忙解決了一部分的，鐵料之前都是在外購買，今天才在山中發現了一處鐵礦，不過開采量很少就是了，聊勝於無吧
人多了各種生活所需也就有了，沿街也開起來了一些商鋪，來滿足人們的生活需求，同時各種市政設施也都建設起來了。城中也成立了衙門，城衛部門，衙門負責小城的管理運作，現在徐平川在兼任著，城衛由左富貴在管，主要負責城內的治安。
王樹亭的勢力範圍已經遍布整個呂梁山脈，除了沒有進駐縣城基本上觸手伸進了每個村子，現在處在山中的婁煩、靜樂、嵐縣、岢嵐、寧武、神池等縣都在他的包圍之中，所能控製的人口已經有十萬之眾了，不過這些人並不是他直接管轄，而是在每個地方扶植幾個大戶地主，將部分的村子土地收入他們名下，這樣間接的控製著這些人口。
有了這些人口的支撐，王樹亭又經過數次征兵，護鄉隊現在已經正式更名為護鄉軍了，護鄉軍的兵馬人數達到了兩千人，這還是王樹亭收斂著招的，現在是按照五十個人養一個兵的比例在招兵，如果是戰時甚至可以再擴充一倍，不多對於老百姓的壓力就太大了。暫時也沒有必要。
除了呂梁山內部的發展，對外部王樹亭、徐平川又分別向山西、河南、山東、北直隸、江蘇、南直隸等地都派遣了一定數量的細作，以確保能及時的知道朝廷的動向。
現在王樹亭已經很堅定的要在大明內部搞些事情了，開始的時候還對自己有所懷疑，懷疑自己能不能行，在經過徐平川不懈努力的洗腦灌輸下，才讓他堅定了信念。
除了在外派遣了間諜細作，王樹亭還接受徐平川的建議，派人帶隊偷渡到陝西、河南，在那些地方建立根據地，這些帶隊出去的都得是絕對的自己人，不然到時候脫離了掌控那就成了偷雞不成蝕把米了，王樹亭手裏能夠絕對信任的就那麽幾個，他自己和徐平川不能動，那就隻能是二順莽子幾人了。
王樹亭也是狠心，跟老娘做通工作之後，直接把自己弟弟王樹林給派去了最危險的地方—陝西，把王二順派去了晉南，把王二嘎派去了河南伏牛山，每個人走的時候帶走了一百人，還給他們從黃家、李、葉三家各挑選了一名子弟作為幫襯。
這三家也算是完全綁定在了王樹亭身上了。
最後清軍是撤出去了，明軍收複了失地，可是損失就太大了，清軍一路攻城掠地，長城喜峰口，遵化，良鄉，固安，香河，永平，順義，遷安，灤州等。劫掠走人口、牲畜數萬，金銀損失更是不計其數。
明朝還損失了山海關總兵趙率教、大將滿桂、孫祖壽、兵部右侍郎劉之綸；總兵黑雲龍、麻登雲被俘後投降，連袁崇煥在北京之圍結束之後被捕入獄，處死。
朝廷上的官員也有很多人被牽連，罷官的罷官，下獄的下獄。
至於陝西這邊，自從封鎖了黃河水道，陝西的形勢變得越來越嚴重，最後在局部地區已經成了賊比兵多了。
這時的崇禎皇帝，又接受大臣的建議想要招撫這些賊寇，得到這個消息之後，三邊總督楊鶴也開始實行他的招撫方略，首先上書對陝西的局勢進行闡述：
“饑民為土賊，逃兵為流賊。一為上天虎、掃地王，五六千人，在綏德，清澗；一為黃甫故橋積盜；一為橫天王、點燈子，六七千人，在宜川；又有四夷逃兵及合水、安化饑民二三千人。延安遍地皆賊，皆因饑荒使然，剿不易結，必須撫之。”
但剛剛升任陝西巡按的吳甡卻有不同的意見，吳甡認為：“王嘉胤縱橫於延安，神一魁跋扈於慶陽。鄜州、中部、雒川、宜川之間，向受迴賊之害，近又乘釁而起，眾至數萬。如耀州、涇陽、淳化、三水、白水、富平、合陽、澄城等，為西安門戶，無處不可闌入。扞禦止恃屯兵，鄉兵無戰馬，無盔甲，無錢糧，何為施力？非獨延慶危，西安未嚐不危也。嘉胤諸賊，實為禍首，不可言撫，以損國威。”
但這時的局勢已經糜爛到了不得不撫的地步了。
神一魁勾結河套蒙古人，突襲保安。擊敗賀虎臣、杜文煥，大掠保安。神一魁率其部圍攻慶陽，局勢十分危急。當時神一魁擁眾六、七萬，並分兵一支攻克合水縣城，活捉知縣蔣應昌。同時對慶陽發動大舉進攻，慶陽推官馬一荀與士民共守慶陽。起義軍雖然在攻擊東門的戰鬥中被明軍遊擊伍維藩擊敗，但依舊牢牢包圍著慶陽。
在這時上天猴等又從陝西返迴，屯於宜君、雒川、甘泉、鄜州。點燈子屯於中部。
這個時候的陝西明軍兵力已經捉襟見肘了，陝西當地的衛所兵素弱又很差根本幹不過那些有邊軍和災民組成的起義軍。能從邊軍中抽調出來的兵力太有限了，雖然兵力有限但依舊在四處救火。
首先張全昌、趙大胤率領千餘兵馬在梁家嶺擊敗上天猴，斬首四百級。又折返中部與點燈子交戰，斬首一百二十級。隨後兩軍又追擊點燈子部直到葭州斬首四百級。
雖然取得了一些勝利，但此時慶陽依舊在起義軍的包圍之中。楊鶴這時派出周日強對起義軍進行招撫，雙方還在談判之中，暫時還沒有結果，不過也大大的緩解了慶陽的危急形勢。
直到提督山、陝、寧、臨軍務總兵官杜文煥派遣定邊副總兵張全昌提數千兵馬南下，戰場上的局勢開始向利於明軍招撫轉變。
首先神一魁也派出數千精兵前去迎擊，張應昌將其擊敗，一路猛追至城下，斬首三百，參與作戰的鄉兵也斬首一百，慶陽之圍徹底解除。
這時談判也有了進展，神一魁也宣布接受招撫，三月初九日，神一魁派孫繼業等大小頭目六十餘人，率眾至寧州接受詔安。十六日神一魁親自赴楊鶴營中拜見。楊鶴先對神一魁進行聲色俱厲的問罪，然後宣布赦免其罪。對他手下的兵卒進行賞賜，然後遣散了那些依附的流民。
之後不幾天，延綏巡撫洪承疇命守備賀人龍，假意設宴慰問投降受撫人員，等眾人酒醉告辭時，伏兵四起，大肆屠殺，共殺了三百多人，隻有神一魁等數人死裏逃生。
這血的教訓，終於使神一魁覺醒了。他返迴寧塞堡糾集舊部重新舉起旗，劫走寧塞守將吳弘器、範禮二人，隨即也遭到官兵的四麵圍攻。
神一元、神一魁是弟兄倆，吳旗寧塞堡人，都是貧苦農民出身。成年後投入陝西延綏鎮邊兵當兵。崇禎三年領導三千多邊兵起義，“其鋒不可擋，官兵望風奔潰“，是起義軍中頂尖的存在。
一直到崇禎四年，朝廷答應賑濟災民的十萬兩白銀到達陝西。大批饑民得到救濟，接受朝廷的招撫慢慢迴鄉，陝西局勢才開始穩定。但全陝依舊存在著大大小小的反抗勢力，但楊鶴卻以為大勢已定，一意求撫。片刻安靜之後將是更猛烈的風暴，而作為三邊總督，楊鶴將首當其衝。
而從崇禎二年一直到崇禎四年底，這三年的時間裏，王樹亭就安心的待在呂梁山中發展，現在他所建設的小城中居民已經達到了五六百戶三千餘人，這些人主要是給王樹亭的各種工廠做工的，原先的小作坊現在已經變成大工廠了，煉鐵的高爐數十個，兵器、盔甲、布匹這些工廠每個都有數百人在做工，還有什麽磨坊，商隊等等都有不少人，這些全都是最早的時候跟隨王樹亭的村中的百姓，或者是士兵的家屬，忠誠方麵是完全沒問題的。
這些工廠暫時還是處在不緊不慢生產過程中，每個月可以產出刀槍等各色兵器上千，火器數十，盔甲百副，生產出來了就給部隊換裝，再多出來就都放在倉庫裏存著，其餘的時間都是生產一些民用的物資，比如鋤頭、布匹、被褥等等，三年時間還是積攢了不少家底；
之所以生產這麽點，一來是因為限製於隊伍的規模，另一個就是生產物資的短缺，其他的還好弄，鐵料、皮革就沒有辦法大批量的購買，牛皮還是去草原那日鬆幫忙解決了一部分的，鐵料之前都是在外購買，今天才在山中發現了一處鐵礦，不過開采量很少就是了，聊勝於無吧
人多了各種生活所需也就有了，沿街也開起來了一些商鋪，來滿足人們的生活需求，同時各種市政設施也都建設起來了。城中也成立了衙門，城衛部門，衙門負責小城的管理運作，現在徐平川在兼任著，城衛由左富貴在管，主要負責城內的治安。
王樹亭的勢力範圍已經遍布整個呂梁山脈，除了沒有進駐縣城基本上觸手伸進了每個村子，現在處在山中的婁煩、靜樂、嵐縣、岢嵐、寧武、神池等縣都在他的包圍之中，所能控製的人口已經有十萬之眾了，不過這些人並不是他直接管轄，而是在每個地方扶植幾個大戶地主，將部分的村子土地收入他們名下，這樣間接的控製著這些人口。
有了這些人口的支撐，王樹亭又經過數次征兵，護鄉隊現在已經正式更名為護鄉軍了，護鄉軍的兵馬人數達到了兩千人，這還是王樹亭收斂著招的，現在是按照五十個人養一個兵的比例在招兵，如果是戰時甚至可以再擴充一倍，不多對於老百姓的壓力就太大了。暫時也沒有必要。
除了呂梁山內部的發展，對外部王樹亭、徐平川又分別向山西、河南、山東、北直隸、江蘇、南直隸等地都派遣了一定數量的細作，以確保能及時的知道朝廷的動向。
現在王樹亭已經很堅定的要在大明內部搞些事情了，開始的時候還對自己有所懷疑，懷疑自己能不能行，在經過徐平川不懈努力的洗腦灌輸下，才讓他堅定了信念。
除了在外派遣了間諜細作，王樹亭還接受徐平川的建議，派人帶隊偷渡到陝西、河南，在那些地方建立根據地，這些帶隊出去的都得是絕對的自己人，不然到時候脫離了掌控那就成了偷雞不成蝕把米了，王樹亭手裏能夠絕對信任的就那麽幾個，他自己和徐平川不能動，那就隻能是二順莽子幾人了。
王樹亭也是狠心，跟老娘做通工作之後，直接把自己弟弟王樹林給派去了最危險的地方—陝西，把王二順派去了晉南，把王二嘎派去了河南伏牛山，每個人走的時候帶走了一百人，還給他們從黃家、李、葉三家各挑選了一名子弟作為幫襯。
這三家也算是完全綁定在了王樹亭身上了。