總的來講，辛饒彌沃祖師分類的學科有五大明：即工巧明、聲明、醫方明、外明、內明。各大明的主要學科集於本教三部十萬頌中。
工巧明
首先，工巧明的三部十萬頌為：《大千輪迴論》十萬頌，《氏族繁衍論》十萬頌，《世界成住滅空論》十萬頌。
祖師將其傳於匠王噶爾瑪李學；匠王所授六徒稱為宗門六飾；這六徒便是嫻熟技藝的藝王拉旺；擅長建造的舉楚旺秋，精通鑄造的勒禿巴桑；精於鍛造的神匠尤巴；擅長繪畫的神子白瑪；擅長書法的伊格楚瓊。此六人身懷絕技，自立門戶，同時出將工巧明推廣到世界各地。
聲明
聲明的三部十萬頌是：《神鬼之戰黑十萬頌》，《聲明和因明之辯論花十萬頌》，《淨界之神白十萬頌》，將其傳於愛徒瑪羅和玉羅。
聲明分聲明和音明兩學科，其中聲明學的《異語概論》記載了三百六十種不同的語言。講因明學方麵有《性相五部》及《因明七論》等論著，眾弟子將其傳播至各個地域。
醫方明
醫方明三部十萬頌是：《疾病黑十萬頌》，《除病診斷花十萬頌》，《全勝藥白十萬頌》，再加《根本心藍天十萬頌》，總稱其為藥之四部十萬頌，將其傳於吉布赤希及神通、言實、知言、通言、意幻、意出、意生、意成等八大仙人後（醫師），創立了理論體係及臨床診斷方法，使其發揚光大，至今仍保存完好。
外明
外明的三部十萬頌是：《萬物朵黑十萬頌》，《珍寶花十萬頌》，《經典白十萬頌》，將其傳於貢子和貢察楚布等人。所謂外明就是與外部器世界具有內在聯係外，從理論的角度看，根據上述三部十萬頌中出的木、火、土、金、水的五行，又有五大理論：大分土之續，大渡輪木之續，大明生火之續，全伏無邊金之續，大滅王水之續，從而創立了陰陽五行學說。其主要內容為科澤變幻鏡，八卦九宮，五行時輪，吉暇因緣和合四種。此後創立天文星算，能確定預測日月星辰等星圖運行軌跡和春夏秋冬時令變化。天文曆算的主要理論在顯宗中有《劫世運行經》，密宗有《時輪續》。《時輪續》又產生了身續、語續、意續三續。此三續為歡喜輪身續，自在輪語續、密輪意續，按其段落大概有十多萬品。另外，將與《萬物朵黑十萬頌》相聯係的《朵法三百六十種》傳於工巧明的三部十萬頌為。
內明
內明的三部十萬頌是：黑白花十萬頌《濟龍經》，將其傳於魯珠伊西寧布。內明之理論精深博大。按其修行主要講授斷道的是外續，講授轉變道的是內續，講授解脫道的是密續：此三續歸於顯、密、心識部三者。按其修行者來講，有外律傳、內密傳、密續大圓滿上師傳。
祖師辛饒創製了這此學科之後，將其法王之位禪讓於法太子穆確鄧珠。
穆確鄧珠的親傳弟子中大食智者穆紮紮黑、中原智者李當芒布、印度智者拉達阿卓、象雄智者赤托巴匝、唿裏巴雅、衝地智者色陀解尖姆六人被稱之為世間六莊嚴。
他們將本教諸學科繼承並使其發揚光大，推廣至世界各個地域。
四門五庫
根據本教《集經》和《無垢光榮經》記載：佛祖辛饒從誕生到圓寂，前後傳講三轉法輪。第二轉法輪是以四門五庫為主體。四門即斯巴續本門、廣義十萬頌本門、密部真言本門和上師訣理本門。五庫就是上述之四門加上“四門總體法庫”便稱為五庫。
斯巴續本門
“斯巴”意為有或存在、緣起，“續本門”意為相續或部門，總稱為一切有部法門，此法含蓋了因四乘所敘述的一切內容。
廣義十萬頌本門
其“廣義”意為廣大勝義，即以勝義諦為主體之一切正法；“十萬頌”意為般若十萬頌或智度十萬頌，現今甘珠爾般若部裏總有六十多函都歸本門，總稱為勝義般若本門。
密部真言本門
“密部”指四部六續含有之一切密法，即以生、圓二次第為主體的所有密宗之法；“真言”意為心咒或明咒，即以四支加行含有的一切真言誦修。
上師訣理本門
“上師”意為自心或法性；“訣”意為口訣或精華；“理”意為合理或道理、邏輯；總稱為“法性竅訣道理部”，他蘊含著大圓滿心性部、法性部和竅訣部三部。
四門總體法庫：該法雖為四門一體宗旨，但主要以《俱舍論》為主體，為俱舍論部。
九乘次第
九乘次第是雍仲本教的判教方式，簡單介紹本教的九乘次第為：因四乘、果四乘和無上乘。概括為：恰辛（phy gshen）、囊辛（snang gshen）、車辛（vphrul gshen）、什辛（srid gshen）是因四乘；給尼、章鬆、阿嘎、葉辛是果四乘，無上乘為大圓滿。
本教九乘分三類：《南部伏藏九乘》、《中部伏藏九乘》和《北部伏藏九乘》。
《南部伏藏九乘》分恰辛、朗辛、楚辛、什辛，此四乘稱“因四乘”；居士、仙人、阿噶、耶辛“果四乘”；另加“無上大圓滿乘”，共九乘。此九乘是三類中最主要的一類。
《衛部伏藏九乘》是人本尊貴居外、自明辛饒、悲心無畏、雍仲無畏，此四乘為“因教四乘”；事淨行、形俱在、直生持悲心、非常有義、居無上乘為“果密五乘”。共九乘。
《北部伏藏九乘》是明在、自在、謝端，此三乘為“外三乘”；吐駝、西駝、壓駝乘為“仙三乘”拉譯、朗澤、江澤三乘為“密三乘”。共九乘。
在南、北、衛伏藏的三種傳授中，各自的九乘教導稍有差異，但本質為一。
《南部伏藏九乘》分類簡介：
南部伏藏九乘中，恰辛、朗辛、楚辛、什辛四乘，稱“因四乘”；居士、仙人、阿噶、耶辛為“果四乘”；另加“無上大圓滿乘”。
工巧明
首先，工巧明的三部十萬頌為：《大千輪迴論》十萬頌，《氏族繁衍論》十萬頌，《世界成住滅空論》十萬頌。
祖師將其傳於匠王噶爾瑪李學；匠王所授六徒稱為宗門六飾；這六徒便是嫻熟技藝的藝王拉旺；擅長建造的舉楚旺秋，精通鑄造的勒禿巴桑；精於鍛造的神匠尤巴；擅長繪畫的神子白瑪；擅長書法的伊格楚瓊。此六人身懷絕技，自立門戶，同時出將工巧明推廣到世界各地。
聲明
聲明的三部十萬頌是：《神鬼之戰黑十萬頌》，《聲明和因明之辯論花十萬頌》，《淨界之神白十萬頌》，將其傳於愛徒瑪羅和玉羅。
聲明分聲明和音明兩學科，其中聲明學的《異語概論》記載了三百六十種不同的語言。講因明學方麵有《性相五部》及《因明七論》等論著，眾弟子將其傳播至各個地域。
醫方明
醫方明三部十萬頌是：《疾病黑十萬頌》，《除病診斷花十萬頌》，《全勝藥白十萬頌》，再加《根本心藍天十萬頌》，總稱其為藥之四部十萬頌，將其傳於吉布赤希及神通、言實、知言、通言、意幻、意出、意生、意成等八大仙人後（醫師），創立了理論體係及臨床診斷方法，使其發揚光大，至今仍保存完好。
外明
外明的三部十萬頌是：《萬物朵黑十萬頌》，《珍寶花十萬頌》，《經典白十萬頌》，將其傳於貢子和貢察楚布等人。所謂外明就是與外部器世界具有內在聯係外，從理論的角度看，根據上述三部十萬頌中出的木、火、土、金、水的五行，又有五大理論：大分土之續，大渡輪木之續，大明生火之續，全伏無邊金之續，大滅王水之續，從而創立了陰陽五行學說。其主要內容為科澤變幻鏡，八卦九宮，五行時輪，吉暇因緣和合四種。此後創立天文星算，能確定預測日月星辰等星圖運行軌跡和春夏秋冬時令變化。天文曆算的主要理論在顯宗中有《劫世運行經》，密宗有《時輪續》。《時輪續》又產生了身續、語續、意續三續。此三續為歡喜輪身續，自在輪語續、密輪意續，按其段落大概有十多萬品。另外，將與《萬物朵黑十萬頌》相聯係的《朵法三百六十種》傳於工巧明的三部十萬頌為。
內明
內明的三部十萬頌是：黑白花十萬頌《濟龍經》，將其傳於魯珠伊西寧布。內明之理論精深博大。按其修行主要講授斷道的是外續，講授轉變道的是內續，講授解脫道的是密續：此三續歸於顯、密、心識部三者。按其修行者來講，有外律傳、內密傳、密續大圓滿上師傳。
祖師辛饒創製了這此學科之後，將其法王之位禪讓於法太子穆確鄧珠。
穆確鄧珠的親傳弟子中大食智者穆紮紮黑、中原智者李當芒布、印度智者拉達阿卓、象雄智者赤托巴匝、唿裏巴雅、衝地智者色陀解尖姆六人被稱之為世間六莊嚴。
他們將本教諸學科繼承並使其發揚光大，推廣至世界各個地域。
四門五庫
根據本教《集經》和《無垢光榮經》記載：佛祖辛饒從誕生到圓寂，前後傳講三轉法輪。第二轉法輪是以四門五庫為主體。四門即斯巴續本門、廣義十萬頌本門、密部真言本門和上師訣理本門。五庫就是上述之四門加上“四門總體法庫”便稱為五庫。
斯巴續本門
“斯巴”意為有或存在、緣起，“續本門”意為相續或部門，總稱為一切有部法門，此法含蓋了因四乘所敘述的一切內容。
廣義十萬頌本門
其“廣義”意為廣大勝義，即以勝義諦為主體之一切正法；“十萬頌”意為般若十萬頌或智度十萬頌，現今甘珠爾般若部裏總有六十多函都歸本門，總稱為勝義般若本門。
密部真言本門
“密部”指四部六續含有之一切密法，即以生、圓二次第為主體的所有密宗之法；“真言”意為心咒或明咒，即以四支加行含有的一切真言誦修。
上師訣理本門
“上師”意為自心或法性；“訣”意為口訣或精華；“理”意為合理或道理、邏輯；總稱為“法性竅訣道理部”，他蘊含著大圓滿心性部、法性部和竅訣部三部。
四門總體法庫：該法雖為四門一體宗旨，但主要以《俱舍論》為主體，為俱舍論部。
九乘次第
九乘次第是雍仲本教的判教方式，簡單介紹本教的九乘次第為：因四乘、果四乘和無上乘。概括為：恰辛（phy gshen）、囊辛（snang gshen）、車辛（vphrul gshen）、什辛（srid gshen）是因四乘；給尼、章鬆、阿嘎、葉辛是果四乘，無上乘為大圓滿。
本教九乘分三類：《南部伏藏九乘》、《中部伏藏九乘》和《北部伏藏九乘》。
《南部伏藏九乘》分恰辛、朗辛、楚辛、什辛，此四乘稱“因四乘”；居士、仙人、阿噶、耶辛“果四乘”；另加“無上大圓滿乘”，共九乘。此九乘是三類中最主要的一類。
《衛部伏藏九乘》是人本尊貴居外、自明辛饒、悲心無畏、雍仲無畏，此四乘為“因教四乘”；事淨行、形俱在、直生持悲心、非常有義、居無上乘為“果密五乘”。共九乘。
《北部伏藏九乘》是明在、自在、謝端，此三乘為“外三乘”；吐駝、西駝、壓駝乘為“仙三乘”拉譯、朗澤、江澤三乘為“密三乘”。共九乘。
在南、北、衛伏藏的三種傳授中，各自的九乘教導稍有差異，但本質為一。
《南部伏藏九乘》分類簡介：
南部伏藏九乘中，恰辛、朗辛、楚辛、什辛四乘，稱“因四乘”；居士、仙人、阿噶、耶辛為“果四乘”；另加“無上大圓滿乘”。