十月，號稱最強的殺手——死神（第二代）出動。先前因為烏間的冷漠而憤憤離開比琪老師離開學校，死神找到了她。隨後趁殺老師去巴西看足球的時候，來到e班，以比琪老師為人質，要e班學生在不告訴烏間老師和殺老師的情況下前往指定地點。
殺老師發現異常，並聯絡烏間老師前去營救。此時學生們正被死神抓住在牢籠中，而當殺老師與烏間老師趕到時，發現學生們已經全部落於死神手中，但此時的死神（第二代）並不知道他麵前的殺老師便是當初被他背叛而奪取身份的初代死神。這時死神（第二代）以比琪老師和學生為人質，警告殺老師不要輕舉妄動。但比琪老師早已與死神合作了，於是便偷襲了殺老師，使他落入陷阱。在確認了學生的安全之後，殺老師打算將柵欄破壞，但柵欄是使用“對老師有害物質“殺老師無法輕易逃出（殺老師原打算用舌頭舔壞柵欄，被阻止），但此刻死神說出自己的計劃：將附近河流的水導入牢籠中，水壓會將殺老師推進柵欄中，將其置於死地。但這樣就連學生們也會受到傷害，烏間老師麵對死神的拉攏，還是決定以學生的性命為重，阻止死神。
但死神率先一步趕往操作室，烏間老師急忙追上，這時比琪老師與死神夾擊烏間老師，比琪老師向烏間老師說起了往事，並聲稱隻有和自己有著相同的經曆的死神才能理解自己。但其實這也是死神的計劃，死神隻是編造了跟伊莉娜相同的身世來騙取她的信任，這時死神卻將裝在天花板的炸彈引爆，使烏間老師和比琪老師被牆壁埋沒。並稱自己早已將伊莉娜當成棄子來使用了，這時烏間老師準備追上死神，但殺老師和同學們卻讓烏間老師不要丟下比琪老師。在經過倉橋的勸說下，烏間老師決定將比琪老師救下，並向她道歉。
隨後死神發現牢籠中空無一人，以為被他們逃脫了。但其實是殺老師與學生們利用油漆，染上了與四周相同的顏色，使死神誤以為他們成功逃脫了牢籠。於是他決定親自動手，在返迴的途中遇到了伊莉娜.，伊莉娜吸引了死神的注意力，而使烏間老師成功偷襲死神，將其打入地下。隨後兩人展開了肉搏戰，這時死神露出他的真麵目原來他為了能追求更高級的變裝技術，早已將自己的臉皮剝下。
在戰鬥中兩人不斷使用自己自己的格鬥技術，一時間難分上下。隨後死神為了盡快分出勝負，使出自己的秘密武器-——死神的隱形鐮刀。但殺老師在這之前，就先通過之前被死神殺死的人的死狀，便推測出死神的暗殺手法。便在死神攻擊前，將事先準備好的番茄汁喝下，將觸手伸出柵欄，並將顏色變為與皮膚一樣的顏色，貼在烏間老師的心髒處。在死神使出的秘密武器後，殺老師的觸手剛好擋住了死神的攻擊，喝下的番茄汁從觸手噴出。死神誤以為這是血液，放鬆了警惕。烏間老師趁機向死神的要害（下體）攻擊，擊倒了死神。
隨後，烏間老師打開了牢籠，救出了殺老師（不情願）和學生。學生們原諒了伊莉娜老師，並讓她繼續迴到學校教書，烏間老師將從死神奪來的玫瑰花送給伊琳娜，伊莉娜欣然接受。
在第二學期期末考試過後，茅野楓利用殺老師在整理道具時使用陷阱並露出隱藏在自己身上的觸手偷襲殺老師。以為殺老師要攻擊自己時，由於防禦起來而暗殺失敗。後來殺老師與e班同學得知了她的真實身份是原e班班主任雪村亞久裏的妹妹——雪村亞佳裏。
她原本是早已息影的天才兒童演員，藝名磨瀬榛名。在看望姐姐時目擊了研究所爆炸並看到了染血的殺老師抱著死去的姐姐，所以認為殺老師就是殺死自己姐姐的兇手。從殺老師留下的文字中得知他的去處並從研究室得到了觸手的種子。用一年的時間積累暗殺經驗、預習殺老師行動模式並逐步布置陷阱。為了讓別人認不出自己的真實身份，而把頭發染成綠色。
之後茅野楓（雪村亞佳裏）對殺老師下戰書，讓他明天晚上到一個地方與她決鬥。
之後在e班學生的要求下，答應e班會在事情解決後告訴他們，自己的過去
茅野楓再與殺老師決鬥的當晚，由於全身火熱而頸部異常冰冷，劇熱跟激痛會讓身體失去控製最後被觸手吸光生命力而死亡。但她卻反而利用劇痛使身體變得敏銳；將熱量匯聚於觸手上，用火焰攻擊殺老師。被係成稱為“使目前為止誰都殺不了的殺老師終於出現了被殺掉的可能性”。
但僅僅數十秒的戰鬥就被觸手侵蝕了神經而感覺不到痛楚，露出了瘋狂而病態的笑容。係成認為無論複仇有沒有成功，這場戰鬥後幾分鍾內她可能就死定了。
但還尚存一絲理智，在不斷重複著“去死吧”時，作出了“...殺老師，快殺了我...快救救我...”的發言
在殺老師認為一分鍾後她就可能被觸手吸光生命力而死，並且隻要她的殺意跟觸手的殺意一致，就無法剝離觸手根部的神經。因此殺老師故意讓她攻擊弱點（領帶下方的心髒）假裝被殺，以此使觸手的殺意弱化並趁機拘束茅野，在這時再由其他人做出某些舉動使茅野忘卻殺意。
後來渚做出了“我不會讓你說的，說全都是演技什麽的”的發言，並模仿比琪老師對自己做過的事，舌吻茅野致其流鼻血加昏厥，成功的使茅野的觸手縮進體內。觸手被殺老師拔除，沒有了生命危險，但需要靜養。
之後殺老師按約定告訴了e班學生自己的過去
在得知殺老師”死神“的過去後，潮田渚與赤羽業發生意見分歧，並對赤羽業示以反抗的眼神，赤羽業十分憤怒並放言“一隻小母兔還敢反抗人類”，開始挑釁，潮田渚用三角絞反擊他，後被前原陽鬥、磯貝悠馬拉開。於是殺老師製定分歧暗殺任務，潮田渚與磯貝悠馬、茅野楓、神崎有希子等人站到救派，與殺派的赤羽業、岡島大河、岡野日向、中村莉櫻、寺阪龍馬等人對戰。在雙方人數僅剩不多時，和赤羽業開始了兩人對戰。在戰鬥中處於下風，潮田渚使用“拍響”，赤羽業咬住舌頭避免昏迷。後潮田渚使用手臂三角絞將其困住，赤羽業本想用武器將其擊敗，後決心放棄，心甘情願地輸給了他。
分歧暗殺任務結束後，為了奪取能拯救殺老師的辦法，潮田渚和同學們而潛入科技中心。在堀部營的支持下，潮田渚和赤羽業一同承載火箭升空試圖獲取與殺老師的相關研究資料，並受到宇航員們的熱情招待並度過了一次難忘的課外實習。與赤羽業一同得取了資料後，靠律的資料讀取和殺老師的協助成功迴到e班。發現殺老師暴走後毀滅地球達到幾乎不可能的幾率。和e班的大家下定決心，直到三月畢業之前都要全身心地投入暗殺。
殺死殺老師
在後麵，殺老師遭到了來自全人類的“暗殺”，在所有學生全部離開的放學之後，遭到了來自太空的人造衛星所發射的“對老師專用穿透激光”的400千米以外的遠程巨大激光的攻擊（武器俗稱“天矛”），可以穿過一切事物，隻用於擊殺出觸手生物。憑借殺手的直覺逃離了這一擊之後，從周圍的大廈放出的“對老師用穿透激光屏障”的禁錮，從偽裝成公寓大廈的發射裝置放出的激光屏障將整座山丘覆蓋，從而實現禁錮殺老師的目的（武器俗稱“地盾”）。因為之前躲避“天矛”的攻擊的時候傷到了觸手，所以沒有來得及躲開地盾的禁錮，而且，因為“地之盾”連地下也進行了覆蓋，所以即便是殺老師也沒有辦法離開舊校舍。
作為武器的天矛用兩個缺點，一個是充能達到了100%，衛星的位置就會暴露無遺，晚上的時候比天上的月亮都要耀眼，這就是為什麽需要“地盾”的輔助的原因。而另一個就是需要進行一個星期的充能，原計劃是打算第一擊的時候直接擊殺殺老師，但是躲開以後，第二就是先將殺老師禁錮，然後進行一個星期的充能之後，能量達到100%以後可以對整個山丘進行無差別攻擊，屆時，殺老師必死無疑。
因為地盾的原因而遭到了禁錮，於是乎隻能是在辦公室裏麵修整畢業相冊和進行掃除來打發時間。自認為一切都已經在這一刻結束的時候，自以為作為超生物的他已經無所畏懼的時候，作為目標的老師和作為殺手的學生在某一個瞬間有了一個共鳴：“想要和你見上最後一麵。”
學生們在烏間老師和比琪老師的協助下成功潛入被傭兵團包圍的山中校舍並成功見到了殺老師。學生們為殺老師帶來了一周年紀念的生日蛋糕。而在此時，柳澤卻帶著被改造成觸手怪物的二代死神進入地盾之中，死神以隻有三個月的生命代價獲得了最高時速40馬赫，遠超殺老師的身體能力與殺老師進行最後的搏殺。
最終，在殺老師與柳澤，二代死神的對抗中，殺老師漸漸憑借經驗的差距彌補了性能的不足並在戰鬥中挽迴劣勢，柳澤隨即命令二代死神全力攻擊學生們。殺老師為了保護學生不斷受到來自二代死神的攻擊並漸漸不敵，而後茅野楓對殺老師進行援助卻不幸被二代死神的觸手貫穿，生死不明。看到倒在血泊中的茅野楓和在一旁嘲諷的柳澤，殺老師變成了暴怒的黑色。
殺老師想起過去與學生們一起度過的重要時光，將正確的橙色，錯誤的紫色，輕視的綠色，假正經的白色，好色的粉色融合在了一起變成了耀眼的白色，他將觸手匯聚在了一起並對二代死神說：“徒弟，至少平靜地畢業吧。”
隨即釋放出了威力巨大的噴射白光將二代死神與其身後的柳澤擊飛，體內種植了觸手細胞的柳澤以無法停止的速度撞向了包圍山區的“地盾”。（漫畫中得以存活，動畫中死亡）
殺老師將二代死神斬殺於“地盾”上，在其臨死前說：“等在那裏相會後，再繼續兩個人一起學習吧。”
殺老師在二代死神觸手刺穿茅野楓的一瞬間收集了茅野楓的體細胞與血液，複活了茅野。
傷重不治的章魚讓學生們殺死他，渚提出要親自動手，在渚動手前殺老師最後一次為全班學生點名。最後由渚親自動手，將匕首刺在殺老師的心髒上，隨後殺老師化為了光之粒子，消散而去。
當然，從最先開始，章魚便是注定要走向終結的，因為一旦它的細胞再也無法得到抑製，那麽，隨著它一起消亡的，將是整個世界。
沒有人可以做出這個選擇，也沒有人有資格這樣做，畢竟，他們的身後，是站著整個世界，而不是單一的某一個集團。
章魚身體本身具有強吸水性，在潮濕天氣中也會吸潮脹大，被形容為“如同生米一般”。一旦殺老師掉入水中，其全身（尤其是觸手）會立刻吸水脹大，身體行動速度直線下降。這一點被暗殺教室的學生們和白先生等人多次利用過。
”心髒“這一致命要害，位置在殺老師的身體中央（領帶上的月牙圖案的位置），被“對殺老師物質”擊中的話會一擊必殺。
隻要使殺老師緩解凝固，就可以大大降低在三月份的爆炸幾率，之前奧田製作的是殺老師變成液體裝的矽化物溶液，若定期服用，便可使殺老師的爆炸幾率降低到1%以下。(但跟整個地球相比最後的風險太大，所以失敗）
但還好，雖然章魚的結局有些讓人難以接受，可至少，他也是完成了最先開始，想要做成的事情。
它，成為了e班的班導，而它，也是教導出了一批，很棒的小夥子！
殺老師發現異常，並聯絡烏間老師前去營救。此時學生們正被死神抓住在牢籠中，而當殺老師與烏間老師趕到時，發現學生們已經全部落於死神手中，但此時的死神（第二代）並不知道他麵前的殺老師便是當初被他背叛而奪取身份的初代死神。這時死神（第二代）以比琪老師和學生為人質，警告殺老師不要輕舉妄動。但比琪老師早已與死神合作了，於是便偷襲了殺老師，使他落入陷阱。在確認了學生的安全之後，殺老師打算將柵欄破壞，但柵欄是使用“對老師有害物質“殺老師無法輕易逃出（殺老師原打算用舌頭舔壞柵欄，被阻止），但此刻死神說出自己的計劃：將附近河流的水導入牢籠中，水壓會將殺老師推進柵欄中，將其置於死地。但這樣就連學生們也會受到傷害，烏間老師麵對死神的拉攏，還是決定以學生的性命為重，阻止死神。
但死神率先一步趕往操作室，烏間老師急忙追上，這時比琪老師與死神夾擊烏間老師，比琪老師向烏間老師說起了往事，並聲稱隻有和自己有著相同的經曆的死神才能理解自己。但其實這也是死神的計劃，死神隻是編造了跟伊莉娜相同的身世來騙取她的信任，這時死神卻將裝在天花板的炸彈引爆，使烏間老師和比琪老師被牆壁埋沒。並稱自己早已將伊莉娜當成棄子來使用了，這時烏間老師準備追上死神，但殺老師和同學們卻讓烏間老師不要丟下比琪老師。在經過倉橋的勸說下，烏間老師決定將比琪老師救下，並向她道歉。
隨後死神發現牢籠中空無一人，以為被他們逃脫了。但其實是殺老師與學生們利用油漆，染上了與四周相同的顏色，使死神誤以為他們成功逃脫了牢籠。於是他決定親自動手，在返迴的途中遇到了伊莉娜.，伊莉娜吸引了死神的注意力，而使烏間老師成功偷襲死神，將其打入地下。隨後兩人展開了肉搏戰，這時死神露出他的真麵目原來他為了能追求更高級的變裝技術，早已將自己的臉皮剝下。
在戰鬥中兩人不斷使用自己自己的格鬥技術，一時間難分上下。隨後死神為了盡快分出勝負，使出自己的秘密武器-——死神的隱形鐮刀。但殺老師在這之前，就先通過之前被死神殺死的人的死狀，便推測出死神的暗殺手法。便在死神攻擊前，將事先準備好的番茄汁喝下，將觸手伸出柵欄，並將顏色變為與皮膚一樣的顏色，貼在烏間老師的心髒處。在死神使出的秘密武器後，殺老師的觸手剛好擋住了死神的攻擊，喝下的番茄汁從觸手噴出。死神誤以為這是血液，放鬆了警惕。烏間老師趁機向死神的要害（下體）攻擊，擊倒了死神。
隨後，烏間老師打開了牢籠，救出了殺老師（不情願）和學生。學生們原諒了伊莉娜老師，並讓她繼續迴到學校教書，烏間老師將從死神奪來的玫瑰花送給伊琳娜，伊莉娜欣然接受。
在第二學期期末考試過後，茅野楓利用殺老師在整理道具時使用陷阱並露出隱藏在自己身上的觸手偷襲殺老師。以為殺老師要攻擊自己時，由於防禦起來而暗殺失敗。後來殺老師與e班同學得知了她的真實身份是原e班班主任雪村亞久裏的妹妹——雪村亞佳裏。
她原本是早已息影的天才兒童演員，藝名磨瀬榛名。在看望姐姐時目擊了研究所爆炸並看到了染血的殺老師抱著死去的姐姐，所以認為殺老師就是殺死自己姐姐的兇手。從殺老師留下的文字中得知他的去處並從研究室得到了觸手的種子。用一年的時間積累暗殺經驗、預習殺老師行動模式並逐步布置陷阱。為了讓別人認不出自己的真實身份，而把頭發染成綠色。
之後茅野楓（雪村亞佳裏）對殺老師下戰書，讓他明天晚上到一個地方與她決鬥。
之後在e班學生的要求下，答應e班會在事情解決後告訴他們，自己的過去
茅野楓再與殺老師決鬥的當晚，由於全身火熱而頸部異常冰冷，劇熱跟激痛會讓身體失去控製最後被觸手吸光生命力而死亡。但她卻反而利用劇痛使身體變得敏銳；將熱量匯聚於觸手上，用火焰攻擊殺老師。被係成稱為“使目前為止誰都殺不了的殺老師終於出現了被殺掉的可能性”。
但僅僅數十秒的戰鬥就被觸手侵蝕了神經而感覺不到痛楚，露出了瘋狂而病態的笑容。係成認為無論複仇有沒有成功，這場戰鬥後幾分鍾內她可能就死定了。
但還尚存一絲理智，在不斷重複著“去死吧”時，作出了“...殺老師，快殺了我...快救救我...”的發言
在殺老師認為一分鍾後她就可能被觸手吸光生命力而死，並且隻要她的殺意跟觸手的殺意一致，就無法剝離觸手根部的神經。因此殺老師故意讓她攻擊弱點（領帶下方的心髒）假裝被殺，以此使觸手的殺意弱化並趁機拘束茅野，在這時再由其他人做出某些舉動使茅野忘卻殺意。
後來渚做出了“我不會讓你說的，說全都是演技什麽的”的發言，並模仿比琪老師對自己做過的事，舌吻茅野致其流鼻血加昏厥，成功的使茅野的觸手縮進體內。觸手被殺老師拔除，沒有了生命危險，但需要靜養。
之後殺老師按約定告訴了e班學生自己的過去
在得知殺老師”死神“的過去後，潮田渚與赤羽業發生意見分歧，並對赤羽業示以反抗的眼神，赤羽業十分憤怒並放言“一隻小母兔還敢反抗人類”，開始挑釁，潮田渚用三角絞反擊他，後被前原陽鬥、磯貝悠馬拉開。於是殺老師製定分歧暗殺任務，潮田渚與磯貝悠馬、茅野楓、神崎有希子等人站到救派，與殺派的赤羽業、岡島大河、岡野日向、中村莉櫻、寺阪龍馬等人對戰。在雙方人數僅剩不多時，和赤羽業開始了兩人對戰。在戰鬥中處於下風，潮田渚使用“拍響”，赤羽業咬住舌頭避免昏迷。後潮田渚使用手臂三角絞將其困住，赤羽業本想用武器將其擊敗，後決心放棄，心甘情願地輸給了他。
分歧暗殺任務結束後，為了奪取能拯救殺老師的辦法，潮田渚和同學們而潛入科技中心。在堀部營的支持下，潮田渚和赤羽業一同承載火箭升空試圖獲取與殺老師的相關研究資料，並受到宇航員們的熱情招待並度過了一次難忘的課外實習。與赤羽業一同得取了資料後，靠律的資料讀取和殺老師的協助成功迴到e班。發現殺老師暴走後毀滅地球達到幾乎不可能的幾率。和e班的大家下定決心，直到三月畢業之前都要全身心地投入暗殺。
殺死殺老師
在後麵，殺老師遭到了來自全人類的“暗殺”，在所有學生全部離開的放學之後，遭到了來自太空的人造衛星所發射的“對老師專用穿透激光”的400千米以外的遠程巨大激光的攻擊（武器俗稱“天矛”），可以穿過一切事物，隻用於擊殺出觸手生物。憑借殺手的直覺逃離了這一擊之後，從周圍的大廈放出的“對老師用穿透激光屏障”的禁錮，從偽裝成公寓大廈的發射裝置放出的激光屏障將整座山丘覆蓋，從而實現禁錮殺老師的目的（武器俗稱“地盾”）。因為之前躲避“天矛”的攻擊的時候傷到了觸手，所以沒有來得及躲開地盾的禁錮，而且，因為“地之盾”連地下也進行了覆蓋，所以即便是殺老師也沒有辦法離開舊校舍。
作為武器的天矛用兩個缺點，一個是充能達到了100%，衛星的位置就會暴露無遺，晚上的時候比天上的月亮都要耀眼，這就是為什麽需要“地盾”的輔助的原因。而另一個就是需要進行一個星期的充能，原計劃是打算第一擊的時候直接擊殺殺老師，但是躲開以後，第二就是先將殺老師禁錮，然後進行一個星期的充能之後，能量達到100%以後可以對整個山丘進行無差別攻擊，屆時，殺老師必死無疑。
因為地盾的原因而遭到了禁錮，於是乎隻能是在辦公室裏麵修整畢業相冊和進行掃除來打發時間。自認為一切都已經在這一刻結束的時候，自以為作為超生物的他已經無所畏懼的時候，作為目標的老師和作為殺手的學生在某一個瞬間有了一個共鳴：“想要和你見上最後一麵。”
學生們在烏間老師和比琪老師的協助下成功潛入被傭兵團包圍的山中校舍並成功見到了殺老師。學生們為殺老師帶來了一周年紀念的生日蛋糕。而在此時，柳澤卻帶著被改造成觸手怪物的二代死神進入地盾之中，死神以隻有三個月的生命代價獲得了最高時速40馬赫，遠超殺老師的身體能力與殺老師進行最後的搏殺。
最終，在殺老師與柳澤，二代死神的對抗中，殺老師漸漸憑借經驗的差距彌補了性能的不足並在戰鬥中挽迴劣勢，柳澤隨即命令二代死神全力攻擊學生們。殺老師為了保護學生不斷受到來自二代死神的攻擊並漸漸不敵，而後茅野楓對殺老師進行援助卻不幸被二代死神的觸手貫穿，生死不明。看到倒在血泊中的茅野楓和在一旁嘲諷的柳澤，殺老師變成了暴怒的黑色。
殺老師想起過去與學生們一起度過的重要時光，將正確的橙色，錯誤的紫色，輕視的綠色，假正經的白色，好色的粉色融合在了一起變成了耀眼的白色，他將觸手匯聚在了一起並對二代死神說：“徒弟，至少平靜地畢業吧。”
隨即釋放出了威力巨大的噴射白光將二代死神與其身後的柳澤擊飛，體內種植了觸手細胞的柳澤以無法停止的速度撞向了包圍山區的“地盾”。（漫畫中得以存活，動畫中死亡）
殺老師將二代死神斬殺於“地盾”上，在其臨死前說：“等在那裏相會後，再繼續兩個人一起學習吧。”
殺老師在二代死神觸手刺穿茅野楓的一瞬間收集了茅野楓的體細胞與血液，複活了茅野。
傷重不治的章魚讓學生們殺死他，渚提出要親自動手，在渚動手前殺老師最後一次為全班學生點名。最後由渚親自動手，將匕首刺在殺老師的心髒上，隨後殺老師化為了光之粒子，消散而去。
當然，從最先開始，章魚便是注定要走向終結的，因為一旦它的細胞再也無法得到抑製，那麽，隨著它一起消亡的，將是整個世界。
沒有人可以做出這個選擇，也沒有人有資格這樣做，畢竟，他們的身後，是站著整個世界，而不是單一的某一個集團。
章魚身體本身具有強吸水性，在潮濕天氣中也會吸潮脹大，被形容為“如同生米一般”。一旦殺老師掉入水中，其全身（尤其是觸手）會立刻吸水脹大，身體行動速度直線下降。這一點被暗殺教室的學生們和白先生等人多次利用過。
”心髒“這一致命要害，位置在殺老師的身體中央（領帶上的月牙圖案的位置），被“對殺老師物質”擊中的話會一擊必殺。
隻要使殺老師緩解凝固，就可以大大降低在三月份的爆炸幾率，之前奧田製作的是殺老師變成液體裝的矽化物溶液，若定期服用，便可使殺老師的爆炸幾率降低到1%以下。(但跟整個地球相比最後的風險太大，所以失敗）
但還好，雖然章魚的結局有些讓人難以接受，可至少，他也是完成了最先開始，想要做成的事情。
它，成為了e班的班導，而它，也是教導出了一批，很棒的小夥子！