元朝統一中國後，根據藏族地區的實際情況，采取了一係列影響深遠的施政措施：
首次設置中央機構總製院（1288年改稱宣政院），掌管全國佛教事務及西藏等地的軍政事務。宣政院使（主管官員）一般由丞相兼任，副使由帝師舉薦的僧人擔任。
在西藏清查民戶、設置驛站、征收賦稅、駐紮軍隊、任命官員，並將元朝刑法、曆法在西藏頒行。
任用藏族僧俗擔當從中央到地方高級官吏。烏思藏、朵甘等地行政機構之設裁及官員的任免、升降、賞罰，皆聽命於中央。
劃分西藏地方行政區域。元朝中央在藏族地區設了三個不相統屬的宣慰使司，均直屬宣政院管理，這就是藏文史書中所說的“三區喀”。就今西藏自治區的地域而言，當時分歸其中兩個宣慰使司管轄——今拉薩、山南、日喀則、阿裏等地歸烏斯藏宣慰司管轄；今昌都一帶及那曲地區東部歸朵甘宣慰司管轄。元朝在烏思藏等地清查戶口，確立差役，征收賦稅，建立驛站，派駐軍隊，鎮守邊疆。烏思藏宣慰司設在薩斯迦（今西藏薩迦），下設13個萬戶府和若幹個千戶所，並征收賦稅。
其中，元代對於行政區域的劃置，成為此後西藏行政區劃沿革的基礎。
公元1368年，明朝取代元朝，采用收繳元朝舊敕舊印，換發明朝新敕新印的形式和平過渡，繼承了對西藏地方的國家主權。
明朝沒有沿用元朝的職官製度，而是建立了一套別具特色的僧官封授製度。各地有代表性的政教首領人物，明朝均賜封以不同的名號，頒給他們印章和封浩，命其管理各自的地方，其職位的承襲須經皇帝批準，皆可直通名號於天子。
在行政區劃與軍政機構設置上，明朝在西藏基本上承襲了元朝的劃置方式。在元代烏思藏宣慰司、朵甘宣慰司故地，明朝設立烏思藏、朵甘兩個衛指揮使司和俄力思軍民元帥府。後來，又將烏思藏、朵甘兩個衛指揮使司升格為行都指揮使司，其下設指揮使司、宣慰司、招討司、萬戶府、千戶所等機構。各級軍政機構的官員，均封委當地的僧俗首領出任。各級官員之任免、升遷，概由明朝中央直接決定，並頒授印誥等。
公元1644年，清朝定都北京，進而統一中國。清朝循曆史定例在西藏行使主權，隻要前朝所封官員進送舊朝印信，即改授新朝印信，其原有地位不變。1652年，藏傳佛教格魯派五世達賴喇嘛應召到北京覲見清世祖順治皇帝，次年受到清朝正式冊封；後來，五世班禪又受到康熙皇帝的冊封。達賴喇嘛和班禪額爾德尼的封號和他們在西藏的政治宗教地位由此被正式確立，此後曆世達賴、班禪須經中央政府冊封遂成定製。1727年，雍正皇帝正式設立駐藏大臣處理西藏事務。
西藏高原清朝對西藏的施政管理，在總結元明兩朝治藏經驗的基礎上，根據實際情況和形勢變化作了重大而全麵的調整，例如：設置駐藏大臣總攬全藏；調整西藏地方的政教管理體製；賜封達賴喇嘛、班禪額爾德尼名號，並確定了金瓶掣簽製度；確立西藏地方涉外事務、邊境國防的決定權歸中央等原則；勘定今西藏與青海、四川、雲南間的界線；規定達賴喇嘛、班禪額爾德尼的轄區及權限，劃分了駐藏大臣直轄區。
1911年辛亥革命推翻了封建帝製，次年建立了中華民國。《中華民國臨時約法》中明文規定：西藏是中華民國22行省之一。此後正式頒布的《憲法》等法律法規，也都明確規定西藏是中華民國的一部分。
1912年7月，民國政府設立管理蒙藏事務的中央機構——蒙藏事務局
首次設置中央機構總製院（1288年改稱宣政院），掌管全國佛教事務及西藏等地的軍政事務。宣政院使（主管官員）一般由丞相兼任，副使由帝師舉薦的僧人擔任。
在西藏清查民戶、設置驛站、征收賦稅、駐紮軍隊、任命官員，並將元朝刑法、曆法在西藏頒行。
任用藏族僧俗擔當從中央到地方高級官吏。烏思藏、朵甘等地行政機構之設裁及官員的任免、升降、賞罰，皆聽命於中央。
劃分西藏地方行政區域。元朝中央在藏族地區設了三個不相統屬的宣慰使司，均直屬宣政院管理，這就是藏文史書中所說的“三區喀”。就今西藏自治區的地域而言，當時分歸其中兩個宣慰使司管轄——今拉薩、山南、日喀則、阿裏等地歸烏斯藏宣慰司管轄；今昌都一帶及那曲地區東部歸朵甘宣慰司管轄。元朝在烏思藏等地清查戶口，確立差役，征收賦稅，建立驛站，派駐軍隊，鎮守邊疆。烏思藏宣慰司設在薩斯迦（今西藏薩迦），下設13個萬戶府和若幹個千戶所，並征收賦稅。
其中，元代對於行政區域的劃置，成為此後西藏行政區劃沿革的基礎。
公元1368年，明朝取代元朝，采用收繳元朝舊敕舊印，換發明朝新敕新印的形式和平過渡，繼承了對西藏地方的國家主權。
明朝沒有沿用元朝的職官製度，而是建立了一套別具特色的僧官封授製度。各地有代表性的政教首領人物，明朝均賜封以不同的名號，頒給他們印章和封浩，命其管理各自的地方，其職位的承襲須經皇帝批準，皆可直通名號於天子。
在行政區劃與軍政機構設置上，明朝在西藏基本上承襲了元朝的劃置方式。在元代烏思藏宣慰司、朵甘宣慰司故地，明朝設立烏思藏、朵甘兩個衛指揮使司和俄力思軍民元帥府。後來，又將烏思藏、朵甘兩個衛指揮使司升格為行都指揮使司，其下設指揮使司、宣慰司、招討司、萬戶府、千戶所等機構。各級軍政機構的官員，均封委當地的僧俗首領出任。各級官員之任免、升遷，概由明朝中央直接決定，並頒授印誥等。
公元1644年，清朝定都北京，進而統一中國。清朝循曆史定例在西藏行使主權，隻要前朝所封官員進送舊朝印信，即改授新朝印信，其原有地位不變。1652年，藏傳佛教格魯派五世達賴喇嘛應召到北京覲見清世祖順治皇帝，次年受到清朝正式冊封；後來，五世班禪又受到康熙皇帝的冊封。達賴喇嘛和班禪額爾德尼的封號和他們在西藏的政治宗教地位由此被正式確立，此後曆世達賴、班禪須經中央政府冊封遂成定製。1727年，雍正皇帝正式設立駐藏大臣處理西藏事務。
西藏高原清朝對西藏的施政管理，在總結元明兩朝治藏經驗的基礎上，根據實際情況和形勢變化作了重大而全麵的調整，例如：設置駐藏大臣總攬全藏；調整西藏地方的政教管理體製；賜封達賴喇嘛、班禪額爾德尼名號，並確定了金瓶掣簽製度；確立西藏地方涉外事務、邊境國防的決定權歸中央等原則；勘定今西藏與青海、四川、雲南間的界線；規定達賴喇嘛、班禪額爾德尼的轄區及權限，劃分了駐藏大臣直轄區。
1911年辛亥革命推翻了封建帝製，次年建立了中華民國。《中華民國臨時約法》中明文規定：西藏是中華民國22行省之一。此後正式頒布的《憲法》等法律法規，也都明確規定西藏是中華民國的一部分。
1912年7月，民國政府設立管理蒙藏事務的中央機構——蒙藏事務局