當時的部隊不管是東晉還是北方諸胡所用的主用兵器基本一樣，通俗的講就是步騎五兵，即槍、刀、劍、弓矢和盾牌。這與漢末三國時期的兵器大體相同，但也出現一些新的變化。比如由於冶鐵技術和士兵防護能力的發展，晉軍的裝備的槍穿甲能力要更強一些。
首先說刀，當時部隊裏裝備的刀是比較流行的環首刀。該種刀的刀身窄而直，刀尖下斜，刀柄一般是在鐵芯外包裹木把，纏繞絲繩。
這種刀屬於短刀的範疇，既適合劈砍，也可用來擊刺，使用非常靈活，是一種非常適合步兵的兵器。
但是這種刀不適合騎兵，考慮到未來征戰中原時騎兵才是主要的兵種，桓溫決定為騎兵打造一種專用的刀，那就是長柄大刀，這種長刀是桓溫根據唐朝時代陌刀改良而來，這種刀柄長而刀身寬，兩麵開刃，通長一丈，在騎兵衝鋒之時可以利用刀身長的特點率先刺殺對方，但是缺點就是有重，重約十五公斤左右，但是好在當時的士兵普遍力氣比較大，所以在稍加訓練之後，也能夠輕鬆駕馭這種長柄大刀。
第二是劍，由於劍身細窄，實戰中主要用來劈砍，其強度不如刀，實戰效果也不如刀，因此桓溫決定不再將劍大範圍的裝配到一線部隊，而隻是將它作為將領防身所用或者裝飾用品，這也使得佩劍逐漸成為軍中等級的標誌。
第三是弩，弩是一種遠射武器。東晉時期的弩機與漢代的製式弩機相比沒有多大演化。之所以沒有太大改進，不是時人創新程度不夠，而是漢弩機已達到冷兵器時代單兵弩機的技術巔峰。
當時兩晉軍隊用弩很普遍，當時單兵用弩主要用於戰陣中的防禦，特別是立營以後的固定防禦，或是步兵陣中的防禦。
但是桓溫在與北方胡人的征戰中發現，北方胡人軍隊都很擅長馬上騎射，遠射武器主要是弓，弓完全靠人力發射，相較依靠弩機發射的單兵弩，力量較小，穩定性和精確度也差，然而弓使用靈活，機動性強，單位時間射擊數量多。
正是基於此，桓溫決定在裝備傳統弩機的同時，決定學習胡人軍隊的先進經驗，也大規模的裝備比較輕便的弓，這樣可以使士兵戰鬥之時更加靈活。
大型弩具方麵，桓溫改良了傳統的弩車，將大型弩具安裝在安裝在戰車或固定機架上，弩力可達到1500斤，弩弓長度可達5米，需要多人合力、依靠絞機才能張弦。
為了適合這種大型弩車，桓溫又大膽啟用了大型弩矢，桓溫改良的弩矢矢長90厘米，鏃長21厘米，矢身周長15厘米。
經過實際測試發現，經過這種弩車射出的弩矢威力相當驚人，不但射程達到了驚人的1000米，威力也是相當驚人，不但可以輕易穿透對方的木柵、盾牌等防禦工程，甚至可以推毀石頭修築的防禦工程，近距離的射擊的話甚至可以穿透城牆和擊毀木質的樓船，堪稱大型穿甲彈的存在，是當時北府兵裝備的主要的遠程攻擊武器。
第四是鎧甲，在鎧甲方麵，東晉部隊當時仍然沿用三國時期的黑光鎧、明光鎧、兩當鎧等甲具。兩當鎧形製最為簡單，由一片胸甲和一片背甲在肩上用革帶前後扣聯而構成，主要的功能就是保護前胸和後背。
明光鎧形製較為複雜，該甲在前後心都安裝了一大片明亮的金屬片，能夠像鏡子一樣反射日光，俗稱“護心鏡”；由於該甲其實是鐵製紮甲，因其在陽光下甲片耀眼而得名。
明光鎧防護力較好，除了護胸和背甲，還有護頸的盆領，更有保護肩臂的披膊和保護大腿的膝裙。
這種鎧甲價格低廉，能夠配屬使用到低級軍官身上，是當時部隊的主要製式防護用具。
此外，東晉軍隊還曾裝備過一種據說是諸葛亮所製的筒袖鎧和鐵帽，這類鎧甲能夠抵禦二十五石弩的超級硬甲，但是十分的笨重，瘦小一點的士兵甚至會被這種鎧甲自身的重量就給壓扒下，正是因為太過笨重，所以桓溫果斷摒棄這種鎧甲，隻在北府兵中大規模裝備防護效果較好的明光鎧。
除了人穿鎧甲，戰馬同樣裝備有馬鎧。其實馬鎧早在三國時代就出現過，曹植就曾經自述有“馬鎧一領”。馬鎧有的簡陋，比如隻配有防護馬頭、馬胸的；有的完備，由一係列的麵簾（護馬頭）、雞頸（護頸）、當胸（護胸）、馬身甲（護軀幹）、搭後（護臀）和豎在馬臀上的“寄生”（遮擋來自後麵的流矢）組成。
戰馬裝上完備的馬鎧，馬上的騎士再穿上明光鎧之類的重甲，配備弓矢和馬矟，這便是當時名震一時的“甲騎具裝”。
這種重型騎兵在北方少數民族軍隊中較為常見，戰場防護能力強，衝擊步兵戰陣的能力也比較強，宛如一座小型的移動堡壘，在兩晉時期是名副其實的騎兵之王。
東晉雖然地處南方缺少戰馬，騎兵部隊較少，但由於北方政權重裝騎兵的興盛，所以不差錢的桓溫也決定給北府軍騎兵部隊裝備裝備馬鎧，在桓溫財力的加持下，當時北府軍戰馬的披甲率達到了驚人的97%，甚至超過了北方胡人騎兵部隊的披甲率。
除了馬鎧之外，馬鐙也被桓溫應用到了騎兵當中，在西晉之前騎兵是沒有馬鐙的，隻有一種類似馬鐙的幫助上馬的器具，這種器具也具有雙馬鐙的一些基本形態，可以供人上馬時蹬踏助力，但不能用於騎行過程中的踩踏。
桓溫根據後世的經驗發明出了現代意義上的，這種雙馬鐙可以供騎兵前進時使用，使得騎士能夠借助腿力保持身體穩定，即使高速衝鋒時也不必再手抓韁身，同時還可以在馬鐙上站力，使騎士得以發揮全身力量進行格鬥。這件裝具的出現，極大的提高了騎兵的作戰效能。
北府軍除了步騎之外，桓溫還建立了強大的水軍，這與大型樓船的出現密不可分。西晉時水軍便已有發展，西晉滅吳前，撫遠大將軍王濬就曾在蜀地大造樓船，樓船順流而下，直到下遊還能看到。
東晉南渡後，造船和使船的技術更加完善。在桓溫的大力支持與推動下，北府軍也大規模建造了能容納多達2000人的大型樓船。這種大型船隻大多在內河航運，一則體積巨大，防護能力強；二則運輸能力強，不論運送兵力還是輸送後勤補給物資，都是陸地交通效率的數倍。
此外，桓溫還根據自己的經驗跟工匠們一起研究出了車船。車船使用了輪槳，輪槳與舊式直槳相比有很多優點。一是動力連續。直槳劃水時，在槳出水時沒有動力，而輪槳可以連續產生動力。二是協作容易。直槳船要增加動力，必須盡量多地配置人力，但是直槳越多，多人同時劃槳，很難做到步調一致，造成人力浪費，而輪槳連續轉動，不存在協同和人力浪費問題，極大提高了動力輸出效率。
桓溫之所以發明車船主要也是看到了傳統樓船的缺點，那就是無法在大海裏航行，桓溫另一個隱藏在內心的想法就是待打敗胡人實現天下一統之後，桓溫也想派船前往台灣、琉球、蘇祿、占城、爪哇以及那可惡之極的倭國去，早早在哪裏建立起穩定的統治，也方便後世再出現領土糾紛之時，我們也可以有史可依，可以理直氣壯的喊出哪句著名的“自古以來…”
強大的武器裝備再加上超高素質的兵源，北府兵可以說已經是當時頂級的軍隊了，此時的北府兵就像一隻待在籠子裏的已經武裝到牙齒的老虎，待到時機成熟，就會像猛虎下山一般威震天下了。
有了這支部隊的加持，再加上東晉中央及地方已經完全被桓溫掌控，通過土斷又積累了大量的財富，解決了困擾朝廷多年的社會矛盾，同時也嚴重打擊了士族的勢力，扶持了寒族的崛起。
此時的東晉內部可以說是已經十分穩固，寒族階層是絕對支持桓溫，士族階層也已分化嚴重，一部分徹底倒向了桓溫，剩下的一部分即便是沒有倒向桓溫也絕對不會再敢搗亂了，這也就保證了不會再出現有人摯肘的事情了。
巨大的成就和絕對的掌控力讓桓溫冥冥中覺得，組織第三次北伐，一舉統天下的時機已經成熟了。
首先說刀，當時部隊裏裝備的刀是比較流行的環首刀。該種刀的刀身窄而直，刀尖下斜，刀柄一般是在鐵芯外包裹木把，纏繞絲繩。
這種刀屬於短刀的範疇，既適合劈砍，也可用來擊刺，使用非常靈活，是一種非常適合步兵的兵器。
但是這種刀不適合騎兵，考慮到未來征戰中原時騎兵才是主要的兵種，桓溫決定為騎兵打造一種專用的刀，那就是長柄大刀，這種長刀是桓溫根據唐朝時代陌刀改良而來，這種刀柄長而刀身寬，兩麵開刃，通長一丈，在騎兵衝鋒之時可以利用刀身長的特點率先刺殺對方，但是缺點就是有重，重約十五公斤左右，但是好在當時的士兵普遍力氣比較大，所以在稍加訓練之後，也能夠輕鬆駕馭這種長柄大刀。
第二是劍，由於劍身細窄，實戰中主要用來劈砍，其強度不如刀，實戰效果也不如刀，因此桓溫決定不再將劍大範圍的裝配到一線部隊，而隻是將它作為將領防身所用或者裝飾用品，這也使得佩劍逐漸成為軍中等級的標誌。
第三是弩，弩是一種遠射武器。東晉時期的弩機與漢代的製式弩機相比沒有多大演化。之所以沒有太大改進，不是時人創新程度不夠，而是漢弩機已達到冷兵器時代單兵弩機的技術巔峰。
當時兩晉軍隊用弩很普遍，當時單兵用弩主要用於戰陣中的防禦，特別是立營以後的固定防禦，或是步兵陣中的防禦。
但是桓溫在與北方胡人的征戰中發現，北方胡人軍隊都很擅長馬上騎射，遠射武器主要是弓，弓完全靠人力發射，相較依靠弩機發射的單兵弩，力量較小，穩定性和精確度也差，然而弓使用靈活，機動性強，單位時間射擊數量多。
正是基於此，桓溫決定在裝備傳統弩機的同時，決定學習胡人軍隊的先進經驗，也大規模的裝備比較輕便的弓，這樣可以使士兵戰鬥之時更加靈活。
大型弩具方麵，桓溫改良了傳統的弩車，將大型弩具安裝在安裝在戰車或固定機架上，弩力可達到1500斤，弩弓長度可達5米，需要多人合力、依靠絞機才能張弦。
為了適合這種大型弩車，桓溫又大膽啟用了大型弩矢，桓溫改良的弩矢矢長90厘米，鏃長21厘米，矢身周長15厘米。
經過實際測試發現，經過這種弩車射出的弩矢威力相當驚人，不但射程達到了驚人的1000米，威力也是相當驚人，不但可以輕易穿透對方的木柵、盾牌等防禦工程，甚至可以推毀石頭修築的防禦工程，近距離的射擊的話甚至可以穿透城牆和擊毀木質的樓船，堪稱大型穿甲彈的存在，是當時北府兵裝備的主要的遠程攻擊武器。
第四是鎧甲，在鎧甲方麵，東晉部隊當時仍然沿用三國時期的黑光鎧、明光鎧、兩當鎧等甲具。兩當鎧形製最為簡單，由一片胸甲和一片背甲在肩上用革帶前後扣聯而構成，主要的功能就是保護前胸和後背。
明光鎧形製較為複雜，該甲在前後心都安裝了一大片明亮的金屬片，能夠像鏡子一樣反射日光，俗稱“護心鏡”；由於該甲其實是鐵製紮甲，因其在陽光下甲片耀眼而得名。
明光鎧防護力較好，除了護胸和背甲，還有護頸的盆領，更有保護肩臂的披膊和保護大腿的膝裙。
這種鎧甲價格低廉，能夠配屬使用到低級軍官身上，是當時部隊的主要製式防護用具。
此外，東晉軍隊還曾裝備過一種據說是諸葛亮所製的筒袖鎧和鐵帽，這類鎧甲能夠抵禦二十五石弩的超級硬甲，但是十分的笨重，瘦小一點的士兵甚至會被這種鎧甲自身的重量就給壓扒下，正是因為太過笨重，所以桓溫果斷摒棄這種鎧甲，隻在北府兵中大規模裝備防護效果較好的明光鎧。
除了人穿鎧甲，戰馬同樣裝備有馬鎧。其實馬鎧早在三國時代就出現過，曹植就曾經自述有“馬鎧一領”。馬鎧有的簡陋，比如隻配有防護馬頭、馬胸的；有的完備，由一係列的麵簾（護馬頭）、雞頸（護頸）、當胸（護胸）、馬身甲（護軀幹）、搭後（護臀）和豎在馬臀上的“寄生”（遮擋來自後麵的流矢）組成。
戰馬裝上完備的馬鎧，馬上的騎士再穿上明光鎧之類的重甲，配備弓矢和馬矟，這便是當時名震一時的“甲騎具裝”。
這種重型騎兵在北方少數民族軍隊中較為常見，戰場防護能力強，衝擊步兵戰陣的能力也比較強，宛如一座小型的移動堡壘，在兩晉時期是名副其實的騎兵之王。
東晉雖然地處南方缺少戰馬，騎兵部隊較少，但由於北方政權重裝騎兵的興盛，所以不差錢的桓溫也決定給北府軍騎兵部隊裝備裝備馬鎧，在桓溫財力的加持下，當時北府軍戰馬的披甲率達到了驚人的97%，甚至超過了北方胡人騎兵部隊的披甲率。
除了馬鎧之外，馬鐙也被桓溫應用到了騎兵當中，在西晉之前騎兵是沒有馬鐙的，隻有一種類似馬鐙的幫助上馬的器具，這種器具也具有雙馬鐙的一些基本形態，可以供人上馬時蹬踏助力，但不能用於騎行過程中的踩踏。
桓溫根據後世的經驗發明出了現代意義上的，這種雙馬鐙可以供騎兵前進時使用，使得騎士能夠借助腿力保持身體穩定，即使高速衝鋒時也不必再手抓韁身，同時還可以在馬鐙上站力，使騎士得以發揮全身力量進行格鬥。這件裝具的出現，極大的提高了騎兵的作戰效能。
北府軍除了步騎之外，桓溫還建立了強大的水軍，這與大型樓船的出現密不可分。西晉時水軍便已有發展，西晉滅吳前，撫遠大將軍王濬就曾在蜀地大造樓船，樓船順流而下，直到下遊還能看到。
東晉南渡後，造船和使船的技術更加完善。在桓溫的大力支持與推動下，北府軍也大規模建造了能容納多達2000人的大型樓船。這種大型船隻大多在內河航運，一則體積巨大，防護能力強；二則運輸能力強，不論運送兵力還是輸送後勤補給物資，都是陸地交通效率的數倍。
此外，桓溫還根據自己的經驗跟工匠們一起研究出了車船。車船使用了輪槳，輪槳與舊式直槳相比有很多優點。一是動力連續。直槳劃水時，在槳出水時沒有動力，而輪槳可以連續產生動力。二是協作容易。直槳船要增加動力，必須盡量多地配置人力，但是直槳越多，多人同時劃槳，很難做到步調一致，造成人力浪費，而輪槳連續轉動，不存在協同和人力浪費問題，極大提高了動力輸出效率。
桓溫之所以發明車船主要也是看到了傳統樓船的缺點，那就是無法在大海裏航行，桓溫另一個隱藏在內心的想法就是待打敗胡人實現天下一統之後，桓溫也想派船前往台灣、琉球、蘇祿、占城、爪哇以及那可惡之極的倭國去，早早在哪裏建立起穩定的統治，也方便後世再出現領土糾紛之時，我們也可以有史可依，可以理直氣壯的喊出哪句著名的“自古以來…”
強大的武器裝備再加上超高素質的兵源，北府兵可以說已經是當時頂級的軍隊了，此時的北府兵就像一隻待在籠子裏的已經武裝到牙齒的老虎，待到時機成熟，就會像猛虎下山一般威震天下了。
有了這支部隊的加持，再加上東晉中央及地方已經完全被桓溫掌控，通過土斷又積累了大量的財富，解決了困擾朝廷多年的社會矛盾，同時也嚴重打擊了士族的勢力，扶持了寒族的崛起。
此時的東晉內部可以說是已經十分穩固，寒族階層是絕對支持桓溫，士族階層也已分化嚴重，一部分徹底倒向了桓溫，剩下的一部分即便是沒有倒向桓溫也絕對不會再敢搗亂了，這也就保證了不會再出現有人摯肘的事情了。
巨大的成就和絕對的掌控力讓桓溫冥冥中覺得，組織第三次北伐，一舉統天下的時機已經成熟了。