然而，當桓溫提出由司馬昱之子司馬耀來繼承大統之後，原本默不作語的群臣立馬炸了鍋，他們紛紛提出反對意見，言辭十分的激烈，甚至連司馬昱和褚蒜子都極其強烈的表達了反對意見，而他們提出的理由也讓桓溫深深的體會到了即便你是權臣，也需要遵循基本的禮儀法製，而桓溫推舉司馬耀繼承大統，實際上就是破壞了這種禮儀法製，所以也就不可避免的遭到了所有人的反對了。
原因很簡單，若是由司馬耀繼承大統，那麽他的父親司馬昱怎麽辦？總不能兒子是皇帝，父親是王爺吧。
而桓溫給出的解決辦法就是：將司馬耀過繼給司馬丕當兒子，這樣就即解決了司馬昱的身份問題，也解決了司馬耀繼承法統的法理問題。
然而，雖然當時宗族之間過繼兒子是常有的事情，但是顯然桓溫忽略了一個重要問題就是輩份問題。
首先司馬丕是晉成帝司馬衍的兒子，也是晉明帝司馬紹的孫子，而司馬紹跟司馬昱又是親兄弟，也就是說，司馬昱是司馬丕的爺爺輩。
也就是說，盡管司馬耀年僅五歲，但是從輩份上來講，應該是司馬丕的叔叔輩，你現在讓一個叔叔去給侄子當兒子，這不是滑天下之大稽嘛？
眾人反對的意見讓桓溫實在無法反駁，但是除了司馬耀之外又實在是找不出其他的有資格繼承大統的小孩來，所以最終無奈之下，桓溫也隻能接受由司馬奕入宮繼承大統這樣一個事實。
見桓溫不再反對之後，褚蒜子便命司馬昱起草詔書，褚蒜子在詔書中說道：“琅琊王司馬奕德才兼備，又是皇帝的親弟弟，應當繼承大統。”
起草完詔書，蓋上大印之後，司馬昱便帶領著文武百官到琅邪王府去迎奉司馬奕，早已得知消息的司馬奕也穿戴整齊在王府裏等待，並當天隨駕進宮，正式登基稱帝。
登基後的司馬奕繼續尊褚蒜子為崇德太後，尊晉穆帝皇後何法倪為穆皇後，同時冊封琅邪王妃庾道憐為皇後，同時大赦天下。
隨後，司馬奕又命眾臣商議司馬丕的諡號，最終確定諡號為“哀”，史稱晉哀帝，並歸葬於安平陵，同時改年號為太和，改明年為太和元年。
由於司馬奕已經成年，褚蒜子也就沒有必要繼續攝政，因此移居崇德宮，將朝政交給了司馬奕。
司馬奕當了皇帝之後，也聽說了桓溫反對過自己繼承大統的事情，出於對桓溫權勢的恐懼，也為了拉隴桓溫，於是便以桓溫有擁立之功為由，贈其前部羽葆、鼓吹，賜武賁六十人；進封桓溫為楚公，從荊州、江州兩地析出鄱陽郡、廬陵郡、臨川郡、南康郡、建安郡、晉安郡、桂陽郡、安成郡、南鄉郡、章陵郡等十郡之地建立楚公國，地位在諸侯王之上。
見司馬奕如此懂事，桓溫之前擔心司馬奕會搗亂的事也就不了了之，雖然一直支持自己的褚蒜子不再攝政，但是因為朝政事實上已經被桓溫總攬，再加上司馬奕主動主動討好，所以桓溫決定繼續推行土斷。
就這樣嚴厲的土斷政策又推行了一年，至太和二年的時候，全國共清理隱藏戶籍二百多戶口，新增黃籍人口六百多萬，使東晉的可納稅人口達到了一千七百多萬的高峰。
更重要的是，通過推行土斷，不但打破了士族階層在官場上的壟斷地位，更是給了寒族官員崛起的機會，重塑了新的政治格局，加強了階層流動性，使一直以來死氣沉沉的東晉社會重新煥發了生機。
但是任何事情都有正反兩麵，雖然這些大量的可納稅人口的出現使朝廷的財政收入與日俱增，但是由於桓溫嚴厲打擊私藏戶口，動輒就下獄論罪，使一些膽小的士族寧願不雇傭這些人也不敢再私藏戶口，這也就造成了原本依附於大姓人家的北方流民失去了生存的依靠，再加上朝廷一時半會也拿不出更多的土地分給這些流民，失去依靠的流民隻得再次到處流浪，由於這些流民都居無定所，又普遍的缺衣少食，情急之下，很容易發生暴亂，所以隨著這些流浪的流民越來越多，給地方上的治安帶來了嚴重影響。
針對這種情況，桓溫決定采取後世“以工代賑”的方法，來解決流民的工作問題，以工代賑的意思就是在遇到災荒年的時候，由於災民失去了收入來源，為了生存，很容易走向暴動，而單純的發放救濟糧又很容易被貪官汙吏給貪汙，這樣就會引起更大的暴亂。
所以為了解決這個情況，自明朝以後，朝廷往往會通過啟動一些大工程，比如清理黃河、修築長城等工程量浩大的工程來吸收這些災民，通過給他們提供工作的方式來代替之前單純的發放救濟糧，這樣即可以解決災民的生存問題，又杜絕了貪官汙吏從中貪汙，還能順便修築一些大工程，可謂一舉多得，因此也成為後世主要解決災荒的方式。
而正好東晉的兵力一直不足，而多年來招募兵員的工作一直進行的不理想，現在正好因為土斷而釋放出了大量的流民，桓溫就決定直接招募流民以補充兵力。
為了解決原本軍隊裏一些弊端，桓溫決定借此機會依照後世的軍隊模式組建一支全新的軍隊，由於京口地區的流民比較多，同時為了徹底掌控這支部隊，將這支新的部隊成為自己的私家軍，桓溫決定調四弟桓衝去京口組建這支軍隊。
由於桓衝現在還擔任著青州刺史一職，因此桓溫調任之前一直守孝在家的二弟桓雲為青州刺史，同時又提拔侄子桓石虔為寧遠將軍，率軍跟隨桓雲進駐青州廣固城，協助桓雲鎮守青州。
桓溫任命桓衝為冠軍將軍、徐州刺史、廣陵相，都督江北諸軍事，命他在京口之地招募北方流民當中的驍勇之士，組建一支全新的軍隊，因為京口位於京城以北，所以也被稱之為北府，所以桓溫便給這支嶄新的軍隊起名為“北府兵”。
桓衝領命之後，便帶著一直追隨自己的手下將領，已經官至建武將軍的謝玄、參軍劉牢之前往京口著手組建新的軍隊。
在晉室東渡之前，京口實則仍是貧瘠荒涼之處，但是因為有長江作為有效屏障，因而南渡過來的流民因為財力匱乏、勢單力薄，所以在抵達了可落腳的安全之地後便再也無力南行。
因此京口作為北方流民第一個落腳點，聚集了大量的流民，而這些流民為了自保又紛紛組成武裝軍隊，以防禦異族繼續南下，因此也成為了一支不可忽視的力量。
在王敦之亂時，朝廷兵力匱乏，無力抵擋王敦的荊州兵，當朝太尉郗鑒就曾在此地組織流民軍隊平亂拱衛晉室，並取得了不錯的效果，所以，郗鑒應該稱得上第一任北府流民帥。
因此，在桓衝在京口打出了招募士卒的大旗之後，響應者眾多，短時間內就聚集起了八萬人，其中又主要以徐州、兗州、青州這三州的流民最多，由於這些流民長期在軍隊裏與北方異族作戰，又多半都遭受過胡人的掠奪和欺辱，甚至還有不少人的妻子兒女都是死在了胡人的刀下，國恨家仇都擠在一塊，使他們對胡人格外的仇視。
再加上這些南渡流民在這之前就是半武裝性質，整天個跟胡人作戰，所以戰鬥力頗為強勁，戰鬥意誌十分堅定，因而由這些流民組建起來的軍隊的整體實力要比朝廷的正規軍都要高出一大截，戰鬥力十分可觀。
原因很簡單，若是由司馬耀繼承大統，那麽他的父親司馬昱怎麽辦？總不能兒子是皇帝，父親是王爺吧。
而桓溫給出的解決辦法就是：將司馬耀過繼給司馬丕當兒子，這樣就即解決了司馬昱的身份問題，也解決了司馬耀繼承法統的法理問題。
然而，雖然當時宗族之間過繼兒子是常有的事情，但是顯然桓溫忽略了一個重要問題就是輩份問題。
首先司馬丕是晉成帝司馬衍的兒子，也是晉明帝司馬紹的孫子，而司馬紹跟司馬昱又是親兄弟，也就是說，司馬昱是司馬丕的爺爺輩。
也就是說，盡管司馬耀年僅五歲，但是從輩份上來講，應該是司馬丕的叔叔輩，你現在讓一個叔叔去給侄子當兒子，這不是滑天下之大稽嘛？
眾人反對的意見讓桓溫實在無法反駁，但是除了司馬耀之外又實在是找不出其他的有資格繼承大統的小孩來，所以最終無奈之下，桓溫也隻能接受由司馬奕入宮繼承大統這樣一個事實。
見桓溫不再反對之後，褚蒜子便命司馬昱起草詔書，褚蒜子在詔書中說道：“琅琊王司馬奕德才兼備，又是皇帝的親弟弟，應當繼承大統。”
起草完詔書，蓋上大印之後，司馬昱便帶領著文武百官到琅邪王府去迎奉司馬奕，早已得知消息的司馬奕也穿戴整齊在王府裏等待，並當天隨駕進宮，正式登基稱帝。
登基後的司馬奕繼續尊褚蒜子為崇德太後，尊晉穆帝皇後何法倪為穆皇後，同時冊封琅邪王妃庾道憐為皇後，同時大赦天下。
隨後，司馬奕又命眾臣商議司馬丕的諡號，最終確定諡號為“哀”，史稱晉哀帝，並歸葬於安平陵，同時改年號為太和，改明年為太和元年。
由於司馬奕已經成年，褚蒜子也就沒有必要繼續攝政，因此移居崇德宮，將朝政交給了司馬奕。
司馬奕當了皇帝之後，也聽說了桓溫反對過自己繼承大統的事情，出於對桓溫權勢的恐懼，也為了拉隴桓溫，於是便以桓溫有擁立之功為由，贈其前部羽葆、鼓吹，賜武賁六十人；進封桓溫為楚公，從荊州、江州兩地析出鄱陽郡、廬陵郡、臨川郡、南康郡、建安郡、晉安郡、桂陽郡、安成郡、南鄉郡、章陵郡等十郡之地建立楚公國，地位在諸侯王之上。
見司馬奕如此懂事，桓溫之前擔心司馬奕會搗亂的事也就不了了之，雖然一直支持自己的褚蒜子不再攝政，但是因為朝政事實上已經被桓溫總攬，再加上司馬奕主動主動討好，所以桓溫決定繼續推行土斷。
就這樣嚴厲的土斷政策又推行了一年，至太和二年的時候，全國共清理隱藏戶籍二百多戶口，新增黃籍人口六百多萬，使東晉的可納稅人口達到了一千七百多萬的高峰。
更重要的是，通過推行土斷，不但打破了士族階層在官場上的壟斷地位，更是給了寒族官員崛起的機會，重塑了新的政治格局，加強了階層流動性，使一直以來死氣沉沉的東晉社會重新煥發了生機。
但是任何事情都有正反兩麵，雖然這些大量的可納稅人口的出現使朝廷的財政收入與日俱增，但是由於桓溫嚴厲打擊私藏戶口，動輒就下獄論罪，使一些膽小的士族寧願不雇傭這些人也不敢再私藏戶口，這也就造成了原本依附於大姓人家的北方流民失去了生存的依靠，再加上朝廷一時半會也拿不出更多的土地分給這些流民，失去依靠的流民隻得再次到處流浪，由於這些流民都居無定所，又普遍的缺衣少食，情急之下，很容易發生暴亂，所以隨著這些流浪的流民越來越多，給地方上的治安帶來了嚴重影響。
針對這種情況，桓溫決定采取後世“以工代賑”的方法，來解決流民的工作問題，以工代賑的意思就是在遇到災荒年的時候，由於災民失去了收入來源，為了生存，很容易走向暴動，而單純的發放救濟糧又很容易被貪官汙吏給貪汙，這樣就會引起更大的暴亂。
所以為了解決這個情況，自明朝以後，朝廷往往會通過啟動一些大工程，比如清理黃河、修築長城等工程量浩大的工程來吸收這些災民，通過給他們提供工作的方式來代替之前單純的發放救濟糧，這樣即可以解決災民的生存問題，又杜絕了貪官汙吏從中貪汙，還能順便修築一些大工程，可謂一舉多得，因此也成為後世主要解決災荒的方式。
而正好東晉的兵力一直不足，而多年來招募兵員的工作一直進行的不理想，現在正好因為土斷而釋放出了大量的流民，桓溫就決定直接招募流民以補充兵力。
為了解決原本軍隊裏一些弊端，桓溫決定借此機會依照後世的軍隊模式組建一支全新的軍隊，由於京口地區的流民比較多，同時為了徹底掌控這支部隊，將這支新的部隊成為自己的私家軍，桓溫決定調四弟桓衝去京口組建這支軍隊。
由於桓衝現在還擔任著青州刺史一職，因此桓溫調任之前一直守孝在家的二弟桓雲為青州刺史，同時又提拔侄子桓石虔為寧遠將軍，率軍跟隨桓雲進駐青州廣固城，協助桓雲鎮守青州。
桓溫任命桓衝為冠軍將軍、徐州刺史、廣陵相，都督江北諸軍事，命他在京口之地招募北方流民當中的驍勇之士，組建一支全新的軍隊，因為京口位於京城以北，所以也被稱之為北府，所以桓溫便給這支嶄新的軍隊起名為“北府兵”。
桓衝領命之後，便帶著一直追隨自己的手下將領，已經官至建武將軍的謝玄、參軍劉牢之前往京口著手組建新的軍隊。
在晉室東渡之前，京口實則仍是貧瘠荒涼之處，但是因為有長江作為有效屏障，因而南渡過來的流民因為財力匱乏、勢單力薄，所以在抵達了可落腳的安全之地後便再也無力南行。
因此京口作為北方流民第一個落腳點，聚集了大量的流民，而這些流民為了自保又紛紛組成武裝軍隊，以防禦異族繼續南下，因此也成為了一支不可忽視的力量。
在王敦之亂時，朝廷兵力匱乏，無力抵擋王敦的荊州兵，當朝太尉郗鑒就曾在此地組織流民軍隊平亂拱衛晉室，並取得了不錯的效果，所以，郗鑒應該稱得上第一任北府流民帥。
因此，在桓衝在京口打出了招募士卒的大旗之後，響應者眾多，短時間內就聚集起了八萬人，其中又主要以徐州、兗州、青州這三州的流民最多，由於這些流民長期在軍隊裏與北方異族作戰，又多半都遭受過胡人的掠奪和欺辱，甚至還有不少人的妻子兒女都是死在了胡人的刀下，國恨家仇都擠在一塊，使他們對胡人格外的仇視。
再加上這些南渡流民在這之前就是半武裝性質，整天個跟胡人作戰，所以戰鬥力頗為強勁，戰鬥意誌十分堅定，因而由這些流民組建起來的軍隊的整體實力要比朝廷的正規軍都要高出一大截，戰鬥力十分可觀。