桓溫行動還是非常迅速的，在下定決心要殺武陵王以立威於朝廷的策略之後，第二天便直接上書穆帝，直接彈劾武陵王司馬曦以皇族親王之尊，親近輕浮小人，招攬亡命之徒，縱容兒子司馬縱禍亂朝綱，私自招兵買馬，私藏甲胄兵器，圖謀不軌，請求免除司馬曦及其兒子司馬縱的官職，以正朝綱。
桓溫的彈劾在朝堂之上掀起了軒然大波，司馬曦是晉元帝之子，地位十分的尊貴，而且為人大度，頗有聲望，而且又位極人臣，官居太宰要職，位列三公，桓溫竟然彈劾這樣一位受朝野普遍尊重的親王重臣，怎能不讓人震驚。
穆帝更是怒不可遏，他認為這是桓溫在公然的挑釁皇權，在穆帝看來，桓溫如此大張旗鼓的彈劾武陵王，實際就是在報他罷免郗超官職之仇，郗超是桓溫在朝廷勢力的代表，而司馬曦又是反桓溫勢力的核心人物，桓溫妄圖想以這樣的方式來證明自己的實力，但是郗超又怎能跟司馬曦相提並論的，郗超充其量就是一個士族門閥，而司馬曦則是正宗的皇親國戚，德高望重，二人根本就不是一個重量級的人物。
所以穆帝十分的憤怒，散騎常侍庾柔看出了穆帝的憤怒，於是便趁機向穆帝進言道：“桓溫膽大妄為、目無倫理綱常，竟然敢公然彈劾皇室宗親，實乃大不敬，桓溫禍亂朝綱已久，朝野盡知，現在他身在京城，身邊兵力甚少，何不趁此機會拿下他，永絕後患呢？”
穆帝雖然憤怒，但是他不傻，他當然知道桓溫此時正在京城裏，身邊也隻有兩千兵力，但是桓溫在京城外麵的可調兵力高達數十萬，而且還在姑孰城內有駐軍，姑孰城離健康近在咫尺，一個晝夜即可抵達，這貿然扣押了桓溫，極有可能會引起連鎖反應，若不好可能會再次釀成兵變，所以慎重之餘，穆帝並沒有采納庾柔的建議。
但是穆帝畢竟年輕氣盛，血氣方剛的他實在咽不下這口氣，因此決定對桓溫還以顏色，既然不能扣押桓溫，那麽繼續來個訓斥，於是便在桓溫上書當天便下旨訓斥桓溫目無論理綱常，藐視皇權，實乃大不敬，並對桓溫罰棒一年，以儆效尤。
這個處罰已經很輕了，對於桓溫來，罰不罰棒都一個樣，但是桓溫現在要的是殺人立威，他要的是通過彈劾武陵王來震懾朝廷，以便徹底掌控朝政，現在見穆帝不膽訓斥自己，而且還敢處罰自己，這讓桓溫不由的勃然大怒，天子一怒血流成河，桓溫不是天子，但是卻擁有天子一樣的權力和地位，見穆帝如此不識抬舉，桓溫一不作二不休，決定直接來個武力威脅。
此次桓溫雖然隻帶了兩千兵，但是這些士兵都是百戰之士，戰鬥力十分強悍，此時京城衛戍部隊還在司馬縱手裏，大約有一萬人的駐軍，主要駐紮在城東南的紫金山大營裏，桓溫命令隨行的參將孫無終秘密帶領一千人馬突襲紫金山大營，以謀反的罪名抓拿司馬縱，同時控製京城衛戍部隊。
同時桓溫又命令另一個參將劉軌秘密進宮招降宿衛禁軍首領毛安之，毛安之是毛穆之弟弟，父親是前豫州刺史毛寶，毛寶曾隨溫嶠一共平定蘇峻之亂，戰功顯赫，受封輔國將軍，不過後來在北伐後趙之時不小心溺水而亡。
毛安之因為哥哥毛穆之長年跟隨桓溫南征北戰的原因，早已秘密投靠桓溫，所以見劉軌奉桓溫之命前來接管宿衛禁軍，毫不猶豫的就將部隊交給了劉軌指揮，劉軌接管宿衛禁軍之後，連夜封鎖皇宮各大門，沒有桓溫的命令，誰也不準進出。
桓溫在控製了京城之後，又秘密調駐守姑孰城的部隊進京，駐守在健康城西北角的天闕山上，在京城外圍擔任警戒任務。
至此，桓溫算是徹底控製了京城，朝廷裏惟一可以調用的兵力可能就是王坦之手中的揚州兵了，可惜王坦之並不是領兵之人，好不容易有個沈勁還棄之不用，所以隻能幹瞪眼。
至到第二天上早朝的時候，穆帝才發現皇宮大門已被封，再仔細一看，身邊的貼身護衛也都已換了人，穆帝這才意識到大事不妙，從未經曆過這等時情的他頓時嚇的大哭起來，畢竟他還隻是一個十幾歲的孩子，啥時候見過這等世麵。
然而，還沒等穆帝哭完，皇宮大門突然打開了，走進來的正是桓溫本人，桓溫親手扶起早已嚇的呆若木雞的穆帝，不由分手把他架上了龍攆，然後親自護送他上了太極殿，穆帝根本就不敢有任何的反抗，隻得乖乖就範。
等穆帝到了太極殿之後，大臣們早已等候多時，大臣們看到穆帝到來之後，也都紛紛歎了口氣，他們也早已知曉了桓溫控製京城與皇宮之時，大家都在為穆帝捏一把汗，現在見穆帝安全歸來，所以紛紛慶幸不已。
桓溫扶穆帝登上龍椅之上，便拜倒在地上說道：“啟奏陛下，武陵王司馬曦及其子司馬縱著作郎殷涓、太宰長史庾倩、散騎常侍庾柔等人蓄意謀反之事已經查明，請陛下速作決斷。”
穆帝被嚇的戰戰兢兢，根本就說不出話來，目光不斷看向司馬昱，司馬昱此時也被震驚的目瞪口呆，他沒有想到桓溫居然如此膽大包大，敢誅殺自己的親哥哥武陵王司馬曦，而一旁的司馬曦、庾倩、殷涓等人也早已嚇的站都站不穩了，司馬曦等人明白，就當前這個局勢來看，他們幾個人肯定是跑不掉了，按照之前王敦之亂、蘇峻之亂時的經驗，大概率是要被殺掉的，司馬曦叫哭不跌，早知道就不挑這個頭了，自己當著自己的王爺多好啊，幹嘛去惹這個麻煩啊。
然後此時的司馬曦再後悔也沒有什麽用了，桓溫是鐵了心要殺掉他了，因為不殺掉他不足以震懾群臣，不殺他不足以威懾小皇帝，所以司馬曦必須被殺掉。
站在一旁的司馬昱實在不忍心自己的哥哥就這樣被殺掉，於是便上前一步說道：“謀反這件事在曆朝曆代都是重罪，武陵王乃皇親國戚，元皇帝之子，自幼就聰慧賢達、循規蹈矩，斷不可能做出這樣的事情，望大司馬能夠再查查，看看是不是哪裏搞錯了。”
司馬昱站出來求情早在桓溫的預料之中，他當然知道僅憑他一人說辭是肯定無法給武陵王定罪的，因此他早就做好了準備，他向班列當中自己的四弟桓秘使了眼色，此時的桓秘在朝中擔任秘書郎，所以位列朝臣班列，桓秘見桓溫向自己使了眼色，於是便心領神會，他仵了仵自己身邊的新蔡王司馬晃，司馬晃一個激靈，他看了一眼桓秘之後，不由的歎了口氣，眼神中充滿了悲戚，他整了整衣冠之後，便走出班列，跪倒在地上向穆帝痛哭流涕的說道：“皇上，臣等受武陵王司馬曦一夥的蠱惑，一時鬼迷心竅，曾參與過他們的謀反計劃，現在迷途知返，望皇上贖罪。”
司馬晃此言一出，朝堂頓時炸開了鍋，新蔡王司馬晃作為正宗的皇親國戚，居然在這個時候站出來公開自首，同時誣告武陵王司馬曦謀反，這是自古以來皆沒有過的事情。
麵對司馬晃的自首與指控，穆帝、司馬昱、司馬曦被震驚的久久說不出話來，太極殿內陷入了死一般的靜默狀態….
桓溫的彈劾在朝堂之上掀起了軒然大波，司馬曦是晉元帝之子，地位十分的尊貴，而且為人大度，頗有聲望，而且又位極人臣，官居太宰要職，位列三公，桓溫竟然彈劾這樣一位受朝野普遍尊重的親王重臣，怎能不讓人震驚。
穆帝更是怒不可遏，他認為這是桓溫在公然的挑釁皇權，在穆帝看來，桓溫如此大張旗鼓的彈劾武陵王，實際就是在報他罷免郗超官職之仇，郗超是桓溫在朝廷勢力的代表，而司馬曦又是反桓溫勢力的核心人物，桓溫妄圖想以這樣的方式來證明自己的實力，但是郗超又怎能跟司馬曦相提並論的，郗超充其量就是一個士族門閥，而司馬曦則是正宗的皇親國戚，德高望重，二人根本就不是一個重量級的人物。
所以穆帝十分的憤怒，散騎常侍庾柔看出了穆帝的憤怒，於是便趁機向穆帝進言道：“桓溫膽大妄為、目無倫理綱常，竟然敢公然彈劾皇室宗親，實乃大不敬，桓溫禍亂朝綱已久，朝野盡知，現在他身在京城，身邊兵力甚少，何不趁此機會拿下他，永絕後患呢？”
穆帝雖然憤怒，但是他不傻，他當然知道桓溫此時正在京城裏，身邊也隻有兩千兵力，但是桓溫在京城外麵的可調兵力高達數十萬，而且還在姑孰城內有駐軍，姑孰城離健康近在咫尺，一個晝夜即可抵達，這貿然扣押了桓溫，極有可能會引起連鎖反應，若不好可能會再次釀成兵變，所以慎重之餘，穆帝並沒有采納庾柔的建議。
但是穆帝畢竟年輕氣盛，血氣方剛的他實在咽不下這口氣，因此決定對桓溫還以顏色，既然不能扣押桓溫，那麽繼續來個訓斥，於是便在桓溫上書當天便下旨訓斥桓溫目無論理綱常，藐視皇權，實乃大不敬，並對桓溫罰棒一年，以儆效尤。
這個處罰已經很輕了，對於桓溫來，罰不罰棒都一個樣，但是桓溫現在要的是殺人立威，他要的是通過彈劾武陵王來震懾朝廷，以便徹底掌控朝政，現在見穆帝不膽訓斥自己，而且還敢處罰自己，這讓桓溫不由的勃然大怒，天子一怒血流成河，桓溫不是天子，但是卻擁有天子一樣的權力和地位，見穆帝如此不識抬舉，桓溫一不作二不休，決定直接來個武力威脅。
此次桓溫雖然隻帶了兩千兵，但是這些士兵都是百戰之士，戰鬥力十分強悍，此時京城衛戍部隊還在司馬縱手裏，大約有一萬人的駐軍，主要駐紮在城東南的紫金山大營裏，桓溫命令隨行的參將孫無終秘密帶領一千人馬突襲紫金山大營，以謀反的罪名抓拿司馬縱，同時控製京城衛戍部隊。
同時桓溫又命令另一個參將劉軌秘密進宮招降宿衛禁軍首領毛安之，毛安之是毛穆之弟弟，父親是前豫州刺史毛寶，毛寶曾隨溫嶠一共平定蘇峻之亂，戰功顯赫，受封輔國將軍，不過後來在北伐後趙之時不小心溺水而亡。
毛安之因為哥哥毛穆之長年跟隨桓溫南征北戰的原因，早已秘密投靠桓溫，所以見劉軌奉桓溫之命前來接管宿衛禁軍，毫不猶豫的就將部隊交給了劉軌指揮，劉軌接管宿衛禁軍之後，連夜封鎖皇宮各大門，沒有桓溫的命令，誰也不準進出。
桓溫在控製了京城之後，又秘密調駐守姑孰城的部隊進京，駐守在健康城西北角的天闕山上，在京城外圍擔任警戒任務。
至此，桓溫算是徹底控製了京城，朝廷裏惟一可以調用的兵力可能就是王坦之手中的揚州兵了，可惜王坦之並不是領兵之人，好不容易有個沈勁還棄之不用，所以隻能幹瞪眼。
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然而，還沒等穆帝哭完，皇宮大門突然打開了，走進來的正是桓溫本人，桓溫親手扶起早已嚇的呆若木雞的穆帝，不由分手把他架上了龍攆，然後親自護送他上了太極殿，穆帝根本就不敢有任何的反抗，隻得乖乖就範。
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桓溫扶穆帝登上龍椅之上，便拜倒在地上說道：“啟奏陛下，武陵王司馬曦及其子司馬縱著作郎殷涓、太宰長史庾倩、散騎常侍庾柔等人蓄意謀反之事已經查明，請陛下速作決斷。”
穆帝被嚇的戰戰兢兢，根本就說不出話來，目光不斷看向司馬昱，司馬昱此時也被震驚的目瞪口呆，他沒有想到桓溫居然如此膽大包大，敢誅殺自己的親哥哥武陵王司馬曦，而一旁的司馬曦、庾倩、殷涓等人也早已嚇的站都站不穩了，司馬曦等人明白，就當前這個局勢來看，他們幾個人肯定是跑不掉了，按照之前王敦之亂、蘇峻之亂時的經驗，大概率是要被殺掉的，司馬曦叫哭不跌，早知道就不挑這個頭了，自己當著自己的王爺多好啊，幹嘛去惹這個麻煩啊。
然後此時的司馬曦再後悔也沒有什麽用了，桓溫是鐵了心要殺掉他了，因為不殺掉他不足以震懾群臣，不殺他不足以威懾小皇帝，所以司馬曦必須被殺掉。
站在一旁的司馬昱實在不忍心自己的哥哥就這樣被殺掉，於是便上前一步說道：“謀反這件事在曆朝曆代都是重罪，武陵王乃皇親國戚，元皇帝之子，自幼就聰慧賢達、循規蹈矩，斷不可能做出這樣的事情，望大司馬能夠再查查，看看是不是哪裏搞錯了。”
司馬昱站出來求情早在桓溫的預料之中，他當然知道僅憑他一人說辭是肯定無法給武陵王定罪的，因此他早就做好了準備，他向班列當中自己的四弟桓秘使了眼色，此時的桓秘在朝中擔任秘書郎，所以位列朝臣班列，桓秘見桓溫向自己使了眼色，於是便心領神會，他仵了仵自己身邊的新蔡王司馬晃，司馬晃一個激靈，他看了一眼桓秘之後，不由的歎了口氣，眼神中充滿了悲戚，他整了整衣冠之後，便走出班列，跪倒在地上向穆帝痛哭流涕的說道：“皇上，臣等受武陵王司馬曦一夥的蠱惑，一時鬼迷心竅，曾參與過他們的謀反計劃，現在迷途知返，望皇上贖罪。”
司馬晃此言一出，朝堂頓時炸開了鍋，新蔡王司馬晃作為正宗的皇親國戚，居然在這個時候站出來公開自首，同時誣告武陵王司馬曦謀反，這是自古以來皆沒有過的事情。
麵對司馬晃的自首與指控，穆帝、司馬昱、司馬曦被震驚的久久說不出話來，太極殿內陷入了死一般的靜默狀態….