1966年6月至1968年6月的兩年時間裏，菲律賓和馬來西亞之間的關係平靜而穩定，在此期間，兩國締結了《反走私協定》。兩國還積極參加了東南亞國家聯盟（東盟）的成立。 同時兩國政府重申遵守過去的協定，即《馬尼拉協定》和1963年聯合聲明。後者提到了菲律賓政府有權繼續對沙巴提出索賠。6月3日，兩國駐各自領事館正式升遷為大使館，同時任命了菲律賓駐巴基斯坦大使羅密歐·布蘇戈（romeo busuego）和馬來西亞駐德國大使阿卜杜勒·哈米德·朱馬特分別擔任駐馬來西亞和菲律賓的大使。 當天，兩國簽署了一份公報，宣布兩國政府“同意遵守1963年7月31日的《馬尼拉協定》及其隨附的聯合聲明，以和平解決菲律賓對沙巴的主張”。兩國政府認識到有必要一起坐下來，以澄清這一要求並討論使雙方滿意的解決辦法。
1968年1月9日至11日，菲律賓時任總統費迪南德·馬科斯連同第一夫人和一些內閣成員的陪同下抵達吉隆坡，這是他對馬來西亞、印尼和泰國進行為期10天國事訪問的第一站。在訪問結束時發表的聯合公報中，兩國政府滿意為合作解決現有雙邊問題所作的努力，並同意定期審查菲律賓與馬來西亞的關係。菲律賓沙巴領土爭議再次陷入僵局後，菲律賓駐吉隆坡大使館於同年11月29日再次關閉。馬來西亞同樣撤出了駐馬尼拉大使館，這標誌著菲律賓和馬來西亞之間的外交關係崩潰。4月至11月這段緊張時期，兩國首腦在曼穀舉行會談，試圖解決這一問題。
外交爭端是由所謂的“科雷希多島”和賈比達大屠殺事件促成的摩洛衝突。菲律賓國會議員小貝尼格諾·阿基諾聲稱總統費迪南德·馬科斯正在訓練一支部隊準備進攻馬來西亞並奪迴沙巴領土，導致馬來西亞中斷了與菲律賓的所有外交關係。馬來西亞則指責菲律賓企圖訓練特種部隊在沙巴滲透和進行顛覆活動，但這一指控並沒有證據。1969年，經過兩國領導人之間未經公開的談判後，兩國在12月的東盟外長會議上宣布兩國關係正常化。1997年，沙巴州政府實施了一項涵蓋沙巴州和納閩聯邦領土的特別計劃，該計劃給予了大赦，並為來自菲律賓和印度尼西亞的非法移民提供了使他們就業和家屬合法化的機會。1997年的印度尼西亞和菲律賓非法移民正規化計劃實施了六個月後（3月1日至8月31日），使約12萬名菲律賓工人及其家屬合法化。為了補充馬來西亞的正規化計劃，菲律賓大使館設立並運營了四個臨時辦公室（哥打京那巴魯，鬥湖，山打根，納閩），向利用該計劃的無證菲律賓人發放護照。
2013年2月11日，一個自稱蘇祿蘇丹國後裔的武裝部隊從菲律賓南部進入沙巴東部地區索取領土，並引起持續41天的拿篤衝突，兩國外交關係再次陷入緊急狀態。馬來西亞對此采取反製措施，包括遣返在沙巴的菲律賓非法移民。2016年11月8日，菲律賓總統羅德裏戈·杜特爾特向馬來西亞進行國事訪問，並會見馬來西亞時任首相納吉·阿都拉薩。兩國首腦在會談中僅聚焦在兩國海域安全問題和經濟上的合作，同意擱置沙巴領土爭議問題。2018年7月16日，菲律賓總統羅德裏戈·杜特爾特訪問馬來西亞首相馬哈迪·莫哈末，並贈送馬哈迪肖像油畫為禮，討論雙邊關係和伊斯蘭極端組織（isis）等課題。2019年3月6日，應杜特爾特邀請，馬哈迪前向菲律賓馬尼拉，杜特爾和馬哈迪於7日在總統府馬拉坎南宮舉行雙邊會談，討論政治、經濟和民間合作。
同泰國的關係
2005年馬泰雙邊貿易額516.1億令吉，占馬外貿總額的5.33%。2006年7月，副總理兼國防部長納吉布赴泰國出席馬泰邊境委員會會議。
同越南的關係
兩國交往的曆史最早可以追溯到15世紀，而當代的馬來西亞政府則在1973年3月30日與當代的越南政府建交，截至2022年仍未中斷。
越南共和國（南越）政府在1957年馬來亞聯合邦獨立後予以承認，兩國之間的關係也在此時展開。此後馬來西亞便開始援助南越政府，協助它們與越共遊擊隊、北越軍作戰。馬來亞首相東古·阿卜杜勒·拉赫曼在1958年首次訪問南越，南越總統吳廷琰也先後在1958年1月和1961年10月迴訪馬來亞。馬來亞在1963年與位於婆羅洲的沙巴、砂拉越合組馬來西亞，這時吉隆坡政府擔心，按照骨牌理論，越南民主共和國（北越）共產主義者的影響可能對馬來西亞的存亡構成威脅，而且馬來西亞也經曆過gong dang 叛亂，所以他們改變立場，大力支持美國介入越南戰爭。東古拉赫曼在1966年12月表達這些憂慮，並唿籲美、英兩國為越南的戰事提供更多的後勤支援。馬來西亞曾為南越官員開設訓練班，教授公共行政技能、遊擊戰戰術；並向南越提供摩托車，旨在增加南越警隊的實力，以及南越軍後勤補給的能力。馬來西亞在1975年越戰臨近尾聲之際分兩階段停止駐南越使館的運作：首先在4月12日撤走使館人員，然後在16天後（西貢易幟前兩天）正式閉館。1975年5月越南南方共和國臨時革命政府接管南越，馬來西亞隨即予以承認，並表示大馬不會偏向任何一種政治思想和社會體製。
1968年1月9日至11日，菲律賓時任總統費迪南德·馬科斯連同第一夫人和一些內閣成員的陪同下抵達吉隆坡，這是他對馬來西亞、印尼和泰國進行為期10天國事訪問的第一站。在訪問結束時發表的聯合公報中，兩國政府滿意為合作解決現有雙邊問題所作的努力，並同意定期審查菲律賓與馬來西亞的關係。菲律賓沙巴領土爭議再次陷入僵局後，菲律賓駐吉隆坡大使館於同年11月29日再次關閉。馬來西亞同樣撤出了駐馬尼拉大使館，這標誌著菲律賓和馬來西亞之間的外交關係崩潰。4月至11月這段緊張時期，兩國首腦在曼穀舉行會談，試圖解決這一問題。
外交爭端是由所謂的“科雷希多島”和賈比達大屠殺事件促成的摩洛衝突。菲律賓國會議員小貝尼格諾·阿基諾聲稱總統費迪南德·馬科斯正在訓練一支部隊準備進攻馬來西亞並奪迴沙巴領土，導致馬來西亞中斷了與菲律賓的所有外交關係。馬來西亞則指責菲律賓企圖訓練特種部隊在沙巴滲透和進行顛覆活動，但這一指控並沒有證據。1969年，經過兩國領導人之間未經公開的談判後，兩國在12月的東盟外長會議上宣布兩國關係正常化。1997年，沙巴州政府實施了一項涵蓋沙巴州和納閩聯邦領土的特別計劃，該計劃給予了大赦，並為來自菲律賓和印度尼西亞的非法移民提供了使他們就業和家屬合法化的機會。1997年的印度尼西亞和菲律賓非法移民正規化計劃實施了六個月後（3月1日至8月31日），使約12萬名菲律賓工人及其家屬合法化。為了補充馬來西亞的正規化計劃，菲律賓大使館設立並運營了四個臨時辦公室（哥打京那巴魯，鬥湖，山打根，納閩），向利用該計劃的無證菲律賓人發放護照。
2013年2月11日，一個自稱蘇祿蘇丹國後裔的武裝部隊從菲律賓南部進入沙巴東部地區索取領土，並引起持續41天的拿篤衝突，兩國外交關係再次陷入緊急狀態。馬來西亞對此采取反製措施，包括遣返在沙巴的菲律賓非法移民。2016年11月8日，菲律賓總統羅德裏戈·杜特爾特向馬來西亞進行國事訪問，並會見馬來西亞時任首相納吉·阿都拉薩。兩國首腦在會談中僅聚焦在兩國海域安全問題和經濟上的合作，同意擱置沙巴領土爭議問題。2018年7月16日，菲律賓總統羅德裏戈·杜特爾特訪問馬來西亞首相馬哈迪·莫哈末，並贈送馬哈迪肖像油畫為禮，討論雙邊關係和伊斯蘭極端組織（isis）等課題。2019年3月6日，應杜特爾特邀請，馬哈迪前向菲律賓馬尼拉，杜特爾和馬哈迪於7日在總統府馬拉坎南宮舉行雙邊會談，討論政治、經濟和民間合作。
同泰國的關係
2005年馬泰雙邊貿易額516.1億令吉，占馬外貿總額的5.33%。2006年7月，副總理兼國防部長納吉布赴泰國出席馬泰邊境委員會會議。
同越南的關係
兩國交往的曆史最早可以追溯到15世紀，而當代的馬來西亞政府則在1973年3月30日與當代的越南政府建交，截至2022年仍未中斷。
越南共和國（南越）政府在1957年馬來亞聯合邦獨立後予以承認，兩國之間的關係也在此時展開。此後馬來西亞便開始援助南越政府，協助它們與越共遊擊隊、北越軍作戰。馬來亞首相東古·阿卜杜勒·拉赫曼在1958年首次訪問南越，南越總統吳廷琰也先後在1958年1月和1961年10月迴訪馬來亞。馬來亞在1963年與位於婆羅洲的沙巴、砂拉越合組馬來西亞，這時吉隆坡政府擔心，按照骨牌理論，越南民主共和國（北越）共產主義者的影響可能對馬來西亞的存亡構成威脅，而且馬來西亞也經曆過gong dang 叛亂，所以他們改變立場，大力支持美國介入越南戰爭。東古拉赫曼在1966年12月表達這些憂慮，並唿籲美、英兩國為越南的戰事提供更多的後勤支援。馬來西亞曾為南越官員開設訓練班，教授公共行政技能、遊擊戰戰術；並向南越提供摩托車，旨在增加南越警隊的實力，以及南越軍後勤補給的能力。馬來西亞在1975年越戰臨近尾聲之際分兩階段停止駐南越使館的運作：首先在4月12日撤走使館人員，然後在16天後（西貢易幟前兩天）正式閉館。1975年5月越南南方共和國臨時革命政府接管南越，馬來西亞隨即予以承認，並表示大馬不會偏向任何一種政治思想和社會體製。