北洋中堅
民國二年(1913年)7月，“二次革命”爆發。15日，黃興在南京宣布討袁。23日，馮國璋受命出任江淮宣撫使率部由津浦路南下，不久攻陷了宿縣、蚌埠和滁縣各處，8月6日直達浦口。16日，他的女婿、參加反袁鬥爭的南京第八師師長陳之驥，率少數衛兵偷偷過江向嶽父投降。陳將南京群龍無首的混亂情況及其設防布局向馮國璋作了詳細匯報。馮國璋喜形於色，對陳之驥說:“你提供的情況很是重要，待我揮軍渡江，我倆裏應外合，攻下南京，給你立個首功。”隨後，馮國璋會合張勳的辮子兵及劉冠雄海軍，部署了聯合攻克南京的作戰計劃。南京何海鳴率討袁軍與北洋軍鏖戰半個多月。
9月2日，馮國璋指揮北洋軍炸毀城牆進入南京。入城後北洋軍如同野獸一般，恣意燒殺淫掠，南京商民家破人亡者，不可勝數，許多婦女被奸|淫後投秦淮河自盡。張勳辮子軍獸行尤甚。馮國璋因攻占南京有“功”，被袁授予一等文虎章。南京陷落，“二次革命”宣告失敗。袁世凱深知南京虎踞龍蟠的戰略地位對他控製南方至關重要，因此他本來打算在攻克南京後任命心腹大將馮國璋為江蘇都督，然而事不湊巧，因為馮國璋在攻占南京前夕，允諾了張勳提出的“先攻入城者為都督”的協議，張勳不惜辮軍慘重傷亡，搶先一步攻入南京，馮國璋隻得保舉張勳為江蘇都督。
9月10日馮國璋故居，馮國璋北上繼任直隸都督。然而張勳治軍無方，終引出“南京交涉案”。日、英、美等國公使以張勳在南京其僑民生命財產得不到完全保證為由，向袁世凱施加壓力。於是袁世凱於12月16日任命馮國璋出任江蘇都督，並於第二年授予宣武上將軍;改任張勳為長江巡閱使，令其率“辮子軍”駐防徐州。
馮國璋接任江蘇都督後，打著維護江蘇社會秩序的旗號(其實是為了鎮壓革命黨人)，首先於前清江寧府署設立江蘇全省執法處。在此之前又從天津調來大批警察，代替張勳軍警維護南京治安。馮國璋又將沿江的四路要塞加以整頓，統一指揮，任命王遇甲中將為總司令;同時設立軍事研究所，又在南京設立憲兵司令部，任命陳調元為司令。接著又成立陸軍講武堂、水師學堂、陸軍警察學校。馮國璋在軍事上的一係列措施，旨在加強北洋軍閥的統治，但在客觀上保障了江蘇社會秩序的穩定，因此江蘇在馮國璋統治的幾年間，經濟、文化的發展是有長進的。馮國璋手握四師重兵，據有富庶的江蘇省，一時成了國內各省軍閥中舉足輕重的人物。
袁世凱為了籠絡馮國璋，於民國三年(1914年)1月特將自己的家庭教師周砥介紹給馮國璋為妻。袁氏父子想藉此左右馮國璋，因此袁世凱指揮部下將這次婚禮辦得格外隆重，一時轟動了大江南北。袁氏給周砥陪送的金銀首飾、珠寶玉器達120餘擔，其他妝奩五光十色，不可勝數。婚禮場麵十分熱鬧。婚後結算，僅招待費就支出白銀數萬兩。不久，馮國璋還被授以“宣武上將軍”。馮國璋深感袁氏的知遇之恩，曾多次通電支持袁世凱解散國會，撕毀約法，反對內閣製，主張總統製，曾通電竭力叫囂中國“應於世界上總統之外，別創一格，總統有權則取美國，解散國會則取法國，使大總統以無限權能展其抱負”。
公開反袁
在袁世凱擔任中華民國大總統後，馮國璋聽聞袁氏父子在京策劃帝製的消息後，十分驚訝。經與周夫人商量，決定進京了解內幕，於是於民國四年(1915年)6月親赴北京謁袁。馮國璋迴到南京後，北京“籌安會”即公開倡導恢複帝製，馮國璋不敢不信又不敢全信，隻得去密電向反對帝製的總統府機要局局長張一磨詢問，不久得到“事出有因”的答複。馮國璋深感受騙，便憤憤不平地說:“他哪把我們當自己人呢?他的做功倒真不壞!”從此，馮國璋與袁氏的矛盾逐漸尖銳化。
袁世凱對馮國璋很不放心，便采取了嚴密的防範措施。首先在馮國璋身邊安置王子銘等人監視其行動;又據傳張勳曾接袁世凱一密電，謂馮國璋為人不可靠，囑其就近監察。不僅如此，袁世凱的死黨上海鎮守使鄭汝成被刺後，袁又派其親信楊善德率第四師移住上海監視馮國璋。未幾，又加派盧永祥率第十師駐吳淞，也為了防備馮國璋。馮國璋見此情形，明白了袁世凱不再相信自己，從此與袁氏父子的關係逐漸疏遠，不肯再為袁世凱賣力。不久，袁氏父子指示江蘇巡按使齊耀琳選舉代表，舉行改變國體投票。齊指派代表時，馮暗示督軍署人員一律不當代表，不參加投票活動。在舉行投票那天，馮國璋托病不去;齊親自到署勸請，他才勉強到場，然而卻呆坐在那裏，一言不發。
12月18日，袁世凱任命馮國璋為參謀總長，急電催促進京就職。馮乃托詞害病拒不進京，並策動江蘇軍民電請“挽留”，李純等督軍也致電主張留馮。袁世凱沒辦法，隻得允他在南京“遙領”。然而，袁世凱馮國璋仍不放心，一麵派阮忠樞、蔭昌等人赴寧繼續催馮離寧北上，一麵電令楊善德、盧永祥、倪嗣衝調兵控製長江下遊。12月25日，蔡鍔等宣告雲南獨立，組織護國軍，討伐袁世凱。馮國璋鑒於全國討袁運動興起.也就不再裝病了。民國五年(1916年)3月9日致電袁世凱銷假視事，從此放開膽量，公開反對帝製，遂成為“北洋派中反對洪憲皇帝之第一中心人物”。
民國五年(1916年)3月19日，當直隸省巡按使朱家寶將“五將軍密電”呈送袁世凱過目時，袁氣急之下，幾乎暈倒;帝製派見此電，亦個個瞠目無詞，足見“五將軍密電”對袁氏帝製的打擊程度。袁世凱鑒於全國人民反對帝製鬥爭正方興未艾，內部已處四分五裂、眾叛親離之勢，深知已臨滅頂之災，但為了仍然保住權力，企圖繼續盤踞大總統職位，便於3月22日宣布取消帝製。自從“五將軍密電”泄漏後，馮國璋與袁世凱的裂痕更無法掩飾。
於是馮國璋一不做，二不休，決定對袁世凱施加更大壓力，以迫其將政權讓予他。為此，馮國璋於民國五年(1916年)4月1日和16日公開致電北京政府，勸袁世凱及早退位。各省軍閥紛紛效尤，亦先後通電勸袁世凱迅速退位，袁世凱不得不派親信阮忠樞南下向馮國璋乞情。馮國璋在阮忠樞的請求下，答應聯絡各省，擔任調停。5月18日，馮國璋邀集未獨立各省在南京召開代表會議。馮國璋意圖通過南京會議逼袁下台，由他取而代之。但由於倪嗣衝的破壞和各省區將軍代表謀略不一，遂使南京會議夭折。馮國璋弄巧成拙，被輿論斥責為:“與其名為解決袁氏地位之會議，毋寧名為解決自己地位之會議。”
袁世凱複辟帝製激起了全國人民的無比憤怒，導致護國戰爭爆發，北洋軍閥集團內部四分五裂，袁世凱於民國五年(1916年)6月6日在全國人民的聲討聲中，憂懼而死。在此過程中，馮國璋是起了一定作用的。
進京任職
袁世凱死後，黎元洪出任總統。民國五年(1916年)10月馮國璋被選為副總統，11月在南京宣布就職，仍兼江蘇督軍。馮國璋就職副總統後，便在南京設立副總統辦事機構，並以國家元首的姿態公開接見中外記者，大談治國方略，主張中國建設要漸次進行，反對國民黨的激進方針，一時政副總統馮國璋(前排右三)治上頗為活躍。民國六年(1917年)初，江蘇商民鑒於馮國璋坐鎮南京，維護社會治安有功，便發動集資為馮國璋豎立“豐碑”;未幾，江蘇軍界聯合會聞知，亦願加入發起，改為建立馮公生祠，取華符之“華”字名為“華園”，並擬鑄造銅像。事為馮國璋所聞.他“恐為人所譏議，立即致函辭謝”，謂:“華園一事千萬打消，如不能中斷，請即改為勸工場，以利民生經濟。”不久，將建華園和鑄像之捐資建成貧民工廠和勸工場，此事一時傳為美談，並為馮國璋增添了幾分光彩。不僅如此，馮國璋更以反帝製餘孽麵孔出現。
段祺瑞出任國務總理後，將閣員名單派人送到南京請馮核準，馮國璋一看名單上竟有曹汝霖，便對身邊的人說:“這張名單我能同意嗎?連帝製餘孽也要當閣員了，太不象話了，芝泉(段祺瑞)真是胡鬧呀，我準備把它退迴去!”
民國六年(1917年)2月，馮國璋赴京調解黎元洪與段祺瑞因對德斷交而引起的“府院之爭”。馮國璋到京後，住在禁衛軍司令部，整天忙於接見軍政各界要人，發表個人對時局的看法，“欲求對外一致，不可不先求內政刷新”，一時贏得各界的好感。他還在中國大學以“教育救國”為題演講，獲得了師生的歡迎。3月，段祺瑞因不滿國會和黎元洪的外交政策而辭職赴津，馮國璋受黎元洪之托親自赴津挽留，並與段祺瑞聯袂迴京。馮國璋見段祺瑞剛愎自用，目中無人，最後表示無力調解，
迴南京後，馮國璋預料到段祺瑞必將對己不利，於是決定集聚實力，迎擊段祺瑞的種種挑戰。他聯合江西督軍李純、湖北督軍王占元，建立了“長江三督”勢力，又竭力籠絡各省軍閥和英、美勢力，從而伏下了未來的直皖之戰。不久，黎元洪在美國公使“允為後盾”的支持下，斷然下令免掉段祺瑞國務總理的職務。段憤然赴津，立即煽動“督軍團”倒黎，於是皖係各省軍閥在段的指揮下，紛紛獨立，使黎進退兩難。
這時，馮國璋曾致電表示支持黎元洪，並建議由王士珍出來組閣。由於王士珍首鼠兩端，害怕招致災禍，一時沒敢答應;段卻趁機派其親信徐樹錚慫恿安徽督軍張勳出麵調停，且暗示使清遜帝溥儀複辟，結果黎氏受騙，解散國會，引出了一場複辟的醜劇。
代理總統
民國六年(1917年)7月1日，張勳在北京擁戴溥儀複辟，黎元洪避入日本公使館，致電南京請馮國璋代行總統職權，維護共和。馮國璋於7月3日通電全國指出:“國璋在前清時代，本非主張革命之人，國璋今日之不讚成複辟，亦猶前之不主張革命，彼(指張勳)恃京師為營窟，挾幼帝以居奇，手握主權，口含天憲，名器由其假借，度支供其虛糜，化文明為野蠻，委法律於草莽，此而可忍，何以國為!”
第二天，馮國璋在軍署接見英國領事時說:“中國政體已走上了共和。不容許再有皇帝，我可以告訴你們，我跟段總理都是站在反對地位的。”複辟敉平，馮國璋於14日致電“奉還大總統職權，請黎元洪複職”。黎愧於解散國會，故決心去職，致電馮國璋說:“慚魂雖化，枯骨猶生，黽載河間，奠我民國。”
段祺瑞企圖乘機使其親信倪嗣衝接替馮國璋江蘇督軍之職，於是大施調虎離山之計，18日致電促馮國璋北上就大總統之職，並派靳雲鵬為專使赴南京迎馮國璋北上。靳雲鵬對馮說:“段此次組閣表示必可聽馮四哥的話，二人同心，其力斷金馮國璋代理總統!”
馮國璋深知段之野心，不為靳雲鵬語所迷惑，斷然拒絕段祺瑞的安排，並針鋒相對地提出離寧條件:調其部下江西督軍李純為江蘇督軍，陳光遠為江西督軍，第十五、第十六師為總統衛隊。靳致電段祺瑞報告，段則以吳光新、傅良佐為長江上遊警備總司令兼四川查辦使和湖南督軍為交換條件，答應了馮的要求。馮國璋鑒於自己的勢力在長江下遊得以鞏固，便於8月1日率第十六師抵達北京就職。馮國璋進京後，先拜訪黎元洪，再次力言勸其複職;又派內務部總長湯化龍為大總統代表，進宮答謝清廷對他榮升大總統的祝賀。隨後，他便將王士珍、段祺瑞請進府來，敘“北洋三傑”之友誼。馮極為親切地說:“咱們老兄弟三個連枝一體，不分總統、總理、總長，隻求合力辦事，從今而後再也不會有什麽府院之爭了。馮把“府院一體，內外一心”的高調唿得山響。然而這僅是表麵文章，馮國璋決不是第二個黎元洪。他是一個有軍隊、有地盤、有勢力、有野心的不低於段祺瑞的實權人物，他決不象黎元洪那樣甘心當“活動的蓋印機器”。
因此，馮國璋來京就職代大總統，無疑加深了馮段之間的矛盾，促進了北洋集團的分裂。段祺瑞剛愎自用，非常看不起馮國璋。馮國璋來北京前夕，段祺瑞聽到馮用債券收買上海外商存土(鴉|片)，借製藥為名，從中牟利的消息後，便對身邊人說:“我與馮是舊友了，此君有個錢癖，固所深知。但以今日環境論，我絕不能反對，因小失大，致傷感情。且係蘇省官紳合辦，彼既事前未征求我的意見，我隻好裝作聾聵。”段祺瑞宣揚散布馮國璋有“錢癖”，並非無端攻擊，馮國璋自保定發跡後，通過各種搜刮手段，已陸續聚斂了大量的財富，成為軍閥、大地主和大資本家三位一體的典型人物。
例如，他在原籍河間和阜城、興濟等地有土地3000餘畝;在江蘇與張謇合辦鹽墾公司。購地70萬畝;在詩經村、天津、北京有房千餘間;在直隸夾山、遵化、興隆有3座金礦;在南京、北京、天津有10座錢莊和銀號;並且在中華匯業銀行和“北四行”均有大量股票和存款。盡管如此，仍不能滿足其貪欲。當他走進總統府看到三海活蹦亂跳的魚群時，卻又動了心計，正好一個姓李的嬖人對其買好，進言說:“三海之魚，自明清以來從未網罟過，如果打出賣給魚商可值10萬餘元。”李某見馮猶豫不定，又說:“成文規定，三海魚鳥花草曆來是皇帝總統私產。”於是，馮國璋招魚商捕之，議價8萬元。從此，馮國璋落得貪婪名聲，所以段祺瑞是很藐視他的。
辮子軍於民國六年(1917年)7月12日掛五色旗投降，馮國璋於14日電請奉還大總統給黎元洪，但黎元洪知道盡管自己命令段祺瑞複職，但段祺瑞決計不會盡釋前嫌、善罷甘休，因此不願就職，並通電全國決意去職。不久就發生了新的府院之爭，而且較之前一次，有過之而無不及。由於段祺瑞是兩次府院之爭的當事人，可見其必有責任。但是新府院之爭比舊府院之爭畢竟上了一個檔次。黎元洪和段祺瑞的舊府院之爭，更多的是一種名器之爭，總統認為總統是老大，總理卻認為總理是第一，因此為了一些芝麻綠豆的小事都可以大動幹戈，實際上有民國元年內閣製與總統製之論爭的餘響。但馮國璋與段祺瑞的新府院之爭，卻是一種政見之爭。段祺瑞鷹揚虎視，要用武力征服全國，是把南方軍政府當作敵人來對待的，這是承襲了袁世凱時代的敵我劃分;但馮國璋卻希望“和平混一”，視西南實力派為憤而出走的兄弟，因此寓含了對袁世凱的否定。
護法戰爭
段祺瑞上台後，以“再造共和”功臣自命，獨攬軍政大權，拒絕恢複《臨時約法》和召開國會。於是孫中山以維護《臨時約法》為號召，聯絡海軍總長程壁光及西南軍閥於民國六年(1917年)9月在廣州建立了與北京政府對峙的護法軍政府。段祺瑞麵對此局勢，立即決定對南方實行“武力統一”的軍事馮國璋討伐。9月18日零陵鎮守使劉建藩和駐衡陽湘軍旅長林修梅通電宣布湖南“自主”。10月6日，護法戰爭首先在湖南爆發。正當段祺瑞全力對南方用兵之際，代大總統馮國璋卻提出了與段祺瑞的“武力統一”對立的“和平統一”政策，即保持西南各省軍閥割據現狀，以換取他們對北京中央政權的承認，保持中國名義上的統一。
馮為了貫徹他的“和平統一”政策，利用他直係軍閥首領的地位，密遣其婿陳之驥赴湘，運動王汝賢、範國璋聯名通電主和。於是王、範通電:“懇請大總統下令征求南北各省意見協議組織立法機關，議決根本大法，以垂永久而絕紛爭。”10月20日馮又指使“長江三督”聯名提出停止湖南戰爭，撤迴湖南督軍傅良佐，改善內閣和調整倪嗣衝安武軍駐防四項主張。段對南方戰爭徹底失敗。12月25日，馮國璋發布“弭戰布告”，要求南北兩軍“於軍事上先得各方之結束，於政治上乃徐圖統一之進行。”馮國璋的“和平統一”政策暫時占了上風。
段祺瑞雖然一度下野，但皖係實力仍存無損。因此段祺瑞下台後，竭盡全力破壞馮國璋的“和平統一”政策。首先拉攏直係內部主戰派首領直隸督軍曹錕於12月召開“天津會議”，煽動繼續對南方用兵;同時，段祺瑞還指示徐樹錚勾結奉係軍閥張作霖派兵入關，以威脅馮國璋。馮國璋雖有十五師、十六師，卻仍感力量單薄，而敷衍西南的“和平統一”政策因進行緩慢而無效果，致使護法戰爭於1918年1月中旬重新交火。段祺瑞的陰謀得逞，馮國璋在北京陷於孤立。
民國七年(1918年)1月26日，馮國璋借出京“巡視”為名，率領1000餘名衛隊，準備赴南京與李純等人商討反段大計。當馮國璋的專車抵達天津時，曹錕率直隸軍政大員在車站歡迎。馮國璋一行人在天津曹家花園小住一夜。曹錕向馮國璋表示:“無論和戰，吾輩堅決服從命令。”第二天，馮國璋繼續乘專車南下，27日下午抵達濟南，山東督軍張懷芝登車晉謁馮國璋，並同車赴蚌埠。此時段祺瑞急電倪嗣衝阻止馮國璋前往南京。
28日上午馮國璋專車抵達蚌埠，倪嗣衝率親信十餘人到站迎接，見到馮國璋劈頭第一句就說:“在天津小站時，咱還是個文官，如今居然也領兵了，咱們多時相好，如今你是大總統，我還是個督軍，天差地遠，我看這督軍覲見大總統的大禮就免了吧!”下車後到了倪嗣衝署府，馮國璋也不甘示弱，剛坐定，就對倪嗣衝說:“督軍不聽中央的命令不必說，就是一個師長、旅長，索餉索械比什麽人都兇，一點點不如意就通電反對中央，請老弟代我想想，這樣的總統做得下去嗎?”倪嗣衝因事前接到段祺瑞密電命令他阻止馮國璋赴南京，所以對馮國璋的態度極為惡劣，他竟然指著馮國璋說:“是戰是和，你是當總統的，總統先有個主意，究竟你的主意何在?你為何不明白說出來!你和段總理已是數十年的老朋友了，可是，你隻顧自己的總統地位，而不顧總理的麵子，此種舉動真令吾輩寒心。”不待馮講話，倪又連珠炮般地發泄內心的不滿:“不知總統是否還記得當年在天津武備學堂當學生時候，校長不是我們安徽的李文忠(李鴻章)嗎?”
倪嗣衝的一席話竟使馮國璋也流下了眼淚，跟隨馮國璋的田文烈見此情形，便說:“總統原來是與倪督軍、張督軍諸君商議討伐西南之事呢。既馮國璋與段祺瑞然這樣，待總統迴去即下討伐令好了。”馮國璋欲赴南京，倪當即說:“你若迴北京，我可以放行，若去南京，我便扣留你在此。”馮國璋不得已，隻得折迴北京。
馮國璋迴到北京後，於1月30日下討伐令，派曹錕、張懷芝、張敬堯率軍進犯湖南，並於2月上旬下“罪己布告”。馮國璋效法專製君王用“罪己詔”的形式緩和與段祺瑞一派的緊張關係，盡力向段表示讓步，以平息皖係軍閥政客們的怨氣。民國七年(1918年)3月23日複任段祺瑞為國務總理。
段祺瑞的“武力統一”又占了上風。但馮國璋並不甘心“和平統一”政策的失敗，他密電曹錕率兵南下“適可而止”，不必過於深入為他人效力，“以恢複湘省為止”。曹錕接電後，心領神會，迴電說:“決不令主座為難。盡請放懷!”吳佩孚率直軍攻占長沙後，段祺瑞電告吳佩孚“直搗兩廣”，吳佩孚借口餉械供應不及，故意按兵不動。段祺瑞為了早日完成他的“武力統一”，便極力籠絡曹錕、吳佩孚。
當段準備升任曹錕為兩湖巡閱使兼湖北督軍的消息傳出後，馮國璋急忙致電曹錕:“久戎於外，直隸根本之地，未免空虛，倘有疏虞，便無退步。”於是直軍占領衡陽後，曹錕力辭兩湖巡閱使，立即迴到天津，吳佩孚亦屯兵不前，並與護法軍劃界停戰，致使段祺瑞的“武力統一”到此為止。
晚年逝世
段祺瑞企圖再以名位引誘曹、吳繼續為其賣力，使授曹錕為川粵湘贛四省經略使，授吳佩孚為“孚威將軍”。未幾，段祺瑞又“秘以副總統許曹”。並且親往湖北犒師。馮國璋此時恐怕曹錕再次馮國璋受騙，便派陸建章赴天津說服曹錕，放棄南征，迴到直係與李純等人合作把局麵轉向和平。結果陸建章在天津被段的第一親信徐樹錚誘殺。段祺瑞深知阻礙“武力統一”的主要障礙是馮國璋，於是便指使親信王揖唐為首的“安福俱樂部”收買政客，操縱國會選舉，把馮趕下台去。安福係乘馮國璋繼黎元洪總統任期已滿，按照事前段祺瑞的部署選舉徐世昌為新總統，馮國璋隻得把總統的“寶座”讓了出來。不久，馮國璋離京迴到故裏河間。
徐世昌上台後，企圖調解直、皖兩係矛盾，為了取悅馮國璋，便批準下台的馮國璋仍有節製第十五、十六師的權力。不久，又派師景雲赴河間迎請馮晉京，以疏通馮、段感情。由於馮國璋鑒於陸建章被謀殺的教訓，遲遲不敢登程，直到靳雲鵬組閣，稍有了安全保障，他才於民國八年(1919年)10月經天津抵達北京。馮國璋此次進京雖然是打著調合直、皖兩係分裂的旗號而來，但實際上，他依然想通過他的斡旋促進直係內部團結，以對抗皖係，並伺機東山再起。此外，他進京的另一任務，則是企圖把陸軍部於民國八年(1919年)6月裁撤的第十五、十六師的糧餉局奪迴來，以保其外快財源不致中斷。然而一切都未能如願，即於12月28日突然病逝，時年60歲。馮國璋臨終口授遺言給徐世昌總統:“和平統一，身未及見，死有遺憾，希望總統一力主持，早日完成。”
民國二年(1913年)7月，“二次革命”爆發。15日，黃興在南京宣布討袁。23日，馮國璋受命出任江淮宣撫使率部由津浦路南下，不久攻陷了宿縣、蚌埠和滁縣各處，8月6日直達浦口。16日，他的女婿、參加反袁鬥爭的南京第八師師長陳之驥，率少數衛兵偷偷過江向嶽父投降。陳將南京群龍無首的混亂情況及其設防布局向馮國璋作了詳細匯報。馮國璋喜形於色，對陳之驥說:“你提供的情況很是重要，待我揮軍渡江，我倆裏應外合，攻下南京，給你立個首功。”隨後，馮國璋會合張勳的辮子兵及劉冠雄海軍，部署了聯合攻克南京的作戰計劃。南京何海鳴率討袁軍與北洋軍鏖戰半個多月。
9月2日，馮國璋指揮北洋軍炸毀城牆進入南京。入城後北洋軍如同野獸一般，恣意燒殺淫掠，南京商民家破人亡者，不可勝數，許多婦女被奸|淫後投秦淮河自盡。張勳辮子軍獸行尤甚。馮國璋因攻占南京有“功”，被袁授予一等文虎章。南京陷落，“二次革命”宣告失敗。袁世凱深知南京虎踞龍蟠的戰略地位對他控製南方至關重要，因此他本來打算在攻克南京後任命心腹大將馮國璋為江蘇都督，然而事不湊巧，因為馮國璋在攻占南京前夕，允諾了張勳提出的“先攻入城者為都督”的協議，張勳不惜辮軍慘重傷亡，搶先一步攻入南京，馮國璋隻得保舉張勳為江蘇都督。
9月10日馮國璋故居，馮國璋北上繼任直隸都督。然而張勳治軍無方，終引出“南京交涉案”。日、英、美等國公使以張勳在南京其僑民生命財產得不到完全保證為由，向袁世凱施加壓力。於是袁世凱於12月16日任命馮國璋出任江蘇都督，並於第二年授予宣武上將軍;改任張勳為長江巡閱使，令其率“辮子軍”駐防徐州。
馮國璋接任江蘇都督後，打著維護江蘇社會秩序的旗號(其實是為了鎮壓革命黨人)，首先於前清江寧府署設立江蘇全省執法處。在此之前又從天津調來大批警察，代替張勳軍警維護南京治安。馮國璋又將沿江的四路要塞加以整頓，統一指揮，任命王遇甲中將為總司令;同時設立軍事研究所，又在南京設立憲兵司令部，任命陳調元為司令。接著又成立陸軍講武堂、水師學堂、陸軍警察學校。馮國璋在軍事上的一係列措施，旨在加強北洋軍閥的統治，但在客觀上保障了江蘇社會秩序的穩定，因此江蘇在馮國璋統治的幾年間，經濟、文化的發展是有長進的。馮國璋手握四師重兵，據有富庶的江蘇省，一時成了國內各省軍閥中舉足輕重的人物。
袁世凱為了籠絡馮國璋，於民國三年(1914年)1月特將自己的家庭教師周砥介紹給馮國璋為妻。袁氏父子想藉此左右馮國璋，因此袁世凱指揮部下將這次婚禮辦得格外隆重，一時轟動了大江南北。袁氏給周砥陪送的金銀首飾、珠寶玉器達120餘擔，其他妝奩五光十色，不可勝數。婚禮場麵十分熱鬧。婚後結算，僅招待費就支出白銀數萬兩。不久，馮國璋還被授以“宣武上將軍”。馮國璋深感袁氏的知遇之恩，曾多次通電支持袁世凱解散國會，撕毀約法，反對內閣製，主張總統製，曾通電竭力叫囂中國“應於世界上總統之外，別創一格，總統有權則取美國，解散國會則取法國，使大總統以無限權能展其抱負”。
公開反袁
在袁世凱擔任中華民國大總統後，馮國璋聽聞袁氏父子在京策劃帝製的消息後，十分驚訝。經與周夫人商量，決定進京了解內幕，於是於民國四年(1915年)6月親赴北京謁袁。馮國璋迴到南京後，北京“籌安會”即公開倡導恢複帝製，馮國璋不敢不信又不敢全信，隻得去密電向反對帝製的總統府機要局局長張一磨詢問，不久得到“事出有因”的答複。馮國璋深感受騙，便憤憤不平地說:“他哪把我們當自己人呢?他的做功倒真不壞!”從此，馮國璋與袁氏的矛盾逐漸尖銳化。
袁世凱對馮國璋很不放心，便采取了嚴密的防範措施。首先在馮國璋身邊安置王子銘等人監視其行動;又據傳張勳曾接袁世凱一密電，謂馮國璋為人不可靠，囑其就近監察。不僅如此，袁世凱的死黨上海鎮守使鄭汝成被刺後，袁又派其親信楊善德率第四師移住上海監視馮國璋。未幾，又加派盧永祥率第十師駐吳淞，也為了防備馮國璋。馮國璋見此情形，明白了袁世凱不再相信自己，從此與袁氏父子的關係逐漸疏遠，不肯再為袁世凱賣力。不久，袁氏父子指示江蘇巡按使齊耀琳選舉代表，舉行改變國體投票。齊指派代表時，馮暗示督軍署人員一律不當代表，不參加投票活動。在舉行投票那天，馮國璋托病不去;齊親自到署勸請，他才勉強到場，然而卻呆坐在那裏，一言不發。
12月18日，袁世凱任命馮國璋為參謀總長，急電催促進京就職。馮乃托詞害病拒不進京，並策動江蘇軍民電請“挽留”，李純等督軍也致電主張留馮。袁世凱沒辦法，隻得允他在南京“遙領”。然而，袁世凱馮國璋仍不放心，一麵派阮忠樞、蔭昌等人赴寧繼續催馮離寧北上，一麵電令楊善德、盧永祥、倪嗣衝調兵控製長江下遊。12月25日，蔡鍔等宣告雲南獨立，組織護國軍，討伐袁世凱。馮國璋鑒於全國討袁運動興起.也就不再裝病了。民國五年(1916年)3月9日致電袁世凱銷假視事，從此放開膽量，公開反對帝製，遂成為“北洋派中反對洪憲皇帝之第一中心人物”。
民國五年(1916年)3月19日，當直隸省巡按使朱家寶將“五將軍密電”呈送袁世凱過目時，袁氣急之下，幾乎暈倒;帝製派見此電，亦個個瞠目無詞，足見“五將軍密電”對袁氏帝製的打擊程度。袁世凱鑒於全國人民反對帝製鬥爭正方興未艾，內部已處四分五裂、眾叛親離之勢，深知已臨滅頂之災，但為了仍然保住權力，企圖繼續盤踞大總統職位，便於3月22日宣布取消帝製。自從“五將軍密電”泄漏後，馮國璋與袁世凱的裂痕更無法掩飾。
於是馮國璋一不做，二不休，決定對袁世凱施加更大壓力，以迫其將政權讓予他。為此，馮國璋於民國五年(1916年)4月1日和16日公開致電北京政府，勸袁世凱及早退位。各省軍閥紛紛效尤，亦先後通電勸袁世凱迅速退位，袁世凱不得不派親信阮忠樞南下向馮國璋乞情。馮國璋在阮忠樞的請求下，答應聯絡各省，擔任調停。5月18日，馮國璋邀集未獨立各省在南京召開代表會議。馮國璋意圖通過南京會議逼袁下台，由他取而代之。但由於倪嗣衝的破壞和各省區將軍代表謀略不一，遂使南京會議夭折。馮國璋弄巧成拙，被輿論斥責為:“與其名為解決袁氏地位之會議，毋寧名為解決自己地位之會議。”
袁世凱複辟帝製激起了全國人民的無比憤怒，導致護國戰爭爆發，北洋軍閥集團內部四分五裂，袁世凱於民國五年(1916年)6月6日在全國人民的聲討聲中，憂懼而死。在此過程中，馮國璋是起了一定作用的。
進京任職
袁世凱死後，黎元洪出任總統。民國五年(1916年)10月馮國璋被選為副總統，11月在南京宣布就職，仍兼江蘇督軍。馮國璋就職副總統後，便在南京設立副總統辦事機構，並以國家元首的姿態公開接見中外記者，大談治國方略，主張中國建設要漸次進行，反對國民黨的激進方針，一時政副總統馮國璋(前排右三)治上頗為活躍。民國六年(1917年)初，江蘇商民鑒於馮國璋坐鎮南京，維護社會治安有功，便發動集資為馮國璋豎立“豐碑”;未幾，江蘇軍界聯合會聞知，亦願加入發起，改為建立馮公生祠，取華符之“華”字名為“華園”，並擬鑄造銅像。事為馮國璋所聞.他“恐為人所譏議，立即致函辭謝”，謂:“華園一事千萬打消，如不能中斷，請即改為勸工場，以利民生經濟。”不久，將建華園和鑄像之捐資建成貧民工廠和勸工場，此事一時傳為美談，並為馮國璋增添了幾分光彩。不僅如此，馮國璋更以反帝製餘孽麵孔出現。
段祺瑞出任國務總理後，將閣員名單派人送到南京請馮核準，馮國璋一看名單上竟有曹汝霖，便對身邊的人說:“這張名單我能同意嗎?連帝製餘孽也要當閣員了，太不象話了，芝泉(段祺瑞)真是胡鬧呀，我準備把它退迴去!”
民國六年(1917年)2月，馮國璋赴京調解黎元洪與段祺瑞因對德斷交而引起的“府院之爭”。馮國璋到京後，住在禁衛軍司令部，整天忙於接見軍政各界要人，發表個人對時局的看法，“欲求對外一致，不可不先求內政刷新”，一時贏得各界的好感。他還在中國大學以“教育救國”為題演講，獲得了師生的歡迎。3月，段祺瑞因不滿國會和黎元洪的外交政策而辭職赴津，馮國璋受黎元洪之托親自赴津挽留，並與段祺瑞聯袂迴京。馮國璋見段祺瑞剛愎自用，目中無人，最後表示無力調解，
迴南京後，馮國璋預料到段祺瑞必將對己不利，於是決定集聚實力，迎擊段祺瑞的種種挑戰。他聯合江西督軍李純、湖北督軍王占元，建立了“長江三督”勢力，又竭力籠絡各省軍閥和英、美勢力，從而伏下了未來的直皖之戰。不久，黎元洪在美國公使“允為後盾”的支持下，斷然下令免掉段祺瑞國務總理的職務。段憤然赴津，立即煽動“督軍團”倒黎，於是皖係各省軍閥在段的指揮下，紛紛獨立，使黎進退兩難。
這時，馮國璋曾致電表示支持黎元洪，並建議由王士珍出來組閣。由於王士珍首鼠兩端，害怕招致災禍，一時沒敢答應;段卻趁機派其親信徐樹錚慫恿安徽督軍張勳出麵調停，且暗示使清遜帝溥儀複辟，結果黎氏受騙，解散國會，引出了一場複辟的醜劇。
代理總統
民國六年(1917年)7月1日，張勳在北京擁戴溥儀複辟，黎元洪避入日本公使館，致電南京請馮國璋代行總統職權，維護共和。馮國璋於7月3日通電全國指出:“國璋在前清時代，本非主張革命之人，國璋今日之不讚成複辟，亦猶前之不主張革命，彼(指張勳)恃京師為營窟，挾幼帝以居奇，手握主權，口含天憲，名器由其假借，度支供其虛糜，化文明為野蠻，委法律於草莽，此而可忍，何以國為!”
第二天，馮國璋在軍署接見英國領事時說:“中國政體已走上了共和。不容許再有皇帝，我可以告訴你們，我跟段總理都是站在反對地位的。”複辟敉平，馮國璋於14日致電“奉還大總統職權，請黎元洪複職”。黎愧於解散國會，故決心去職，致電馮國璋說:“慚魂雖化，枯骨猶生，黽載河間，奠我民國。”
段祺瑞企圖乘機使其親信倪嗣衝接替馮國璋江蘇督軍之職，於是大施調虎離山之計，18日致電促馮國璋北上就大總統之職，並派靳雲鵬為專使赴南京迎馮國璋北上。靳雲鵬對馮說:“段此次組閣表示必可聽馮四哥的話，二人同心，其力斷金馮國璋代理總統!”
馮國璋深知段之野心，不為靳雲鵬語所迷惑，斷然拒絕段祺瑞的安排，並針鋒相對地提出離寧條件:調其部下江西督軍李純為江蘇督軍，陳光遠為江西督軍，第十五、第十六師為總統衛隊。靳致電段祺瑞報告，段則以吳光新、傅良佐為長江上遊警備總司令兼四川查辦使和湖南督軍為交換條件，答應了馮的要求。馮國璋鑒於自己的勢力在長江下遊得以鞏固，便於8月1日率第十六師抵達北京就職。馮國璋進京後，先拜訪黎元洪，再次力言勸其複職;又派內務部總長湯化龍為大總統代表，進宮答謝清廷對他榮升大總統的祝賀。隨後，他便將王士珍、段祺瑞請進府來，敘“北洋三傑”之友誼。馮極為親切地說:“咱們老兄弟三個連枝一體，不分總統、總理、總長，隻求合力辦事，從今而後再也不會有什麽府院之爭了。馮把“府院一體，內外一心”的高調唿得山響。然而這僅是表麵文章，馮國璋決不是第二個黎元洪。他是一個有軍隊、有地盤、有勢力、有野心的不低於段祺瑞的實權人物，他決不象黎元洪那樣甘心當“活動的蓋印機器”。
因此，馮國璋來京就職代大總統，無疑加深了馮段之間的矛盾，促進了北洋集團的分裂。段祺瑞剛愎自用，非常看不起馮國璋。馮國璋來北京前夕，段祺瑞聽到馮用債券收買上海外商存土(鴉|片)，借製藥為名，從中牟利的消息後，便對身邊人說:“我與馮是舊友了，此君有個錢癖，固所深知。但以今日環境論，我絕不能反對，因小失大，致傷感情。且係蘇省官紳合辦，彼既事前未征求我的意見，我隻好裝作聾聵。”段祺瑞宣揚散布馮國璋有“錢癖”，並非無端攻擊，馮國璋自保定發跡後，通過各種搜刮手段，已陸續聚斂了大量的財富，成為軍閥、大地主和大資本家三位一體的典型人物。
例如，他在原籍河間和阜城、興濟等地有土地3000餘畝;在江蘇與張謇合辦鹽墾公司。購地70萬畝;在詩經村、天津、北京有房千餘間;在直隸夾山、遵化、興隆有3座金礦;在南京、北京、天津有10座錢莊和銀號;並且在中華匯業銀行和“北四行”均有大量股票和存款。盡管如此，仍不能滿足其貪欲。當他走進總統府看到三海活蹦亂跳的魚群時，卻又動了心計，正好一個姓李的嬖人對其買好，進言說:“三海之魚，自明清以來從未網罟過，如果打出賣給魚商可值10萬餘元。”李某見馮猶豫不定，又說:“成文規定，三海魚鳥花草曆來是皇帝總統私產。”於是，馮國璋招魚商捕之，議價8萬元。從此，馮國璋落得貪婪名聲，所以段祺瑞是很藐視他的。
辮子軍於民國六年(1917年)7月12日掛五色旗投降，馮國璋於14日電請奉還大總統給黎元洪，但黎元洪知道盡管自己命令段祺瑞複職，但段祺瑞決計不會盡釋前嫌、善罷甘休，因此不願就職，並通電全國決意去職。不久就發生了新的府院之爭，而且較之前一次，有過之而無不及。由於段祺瑞是兩次府院之爭的當事人，可見其必有責任。但是新府院之爭比舊府院之爭畢竟上了一個檔次。黎元洪和段祺瑞的舊府院之爭，更多的是一種名器之爭，總統認為總統是老大，總理卻認為總理是第一，因此為了一些芝麻綠豆的小事都可以大動幹戈，實際上有民國元年內閣製與總統製之論爭的餘響。但馮國璋與段祺瑞的新府院之爭，卻是一種政見之爭。段祺瑞鷹揚虎視，要用武力征服全國，是把南方軍政府當作敵人來對待的，這是承襲了袁世凱時代的敵我劃分;但馮國璋卻希望“和平混一”，視西南實力派為憤而出走的兄弟，因此寓含了對袁世凱的否定。
護法戰爭
段祺瑞上台後，以“再造共和”功臣自命，獨攬軍政大權，拒絕恢複《臨時約法》和召開國會。於是孫中山以維護《臨時約法》為號召，聯絡海軍總長程壁光及西南軍閥於民國六年(1917年)9月在廣州建立了與北京政府對峙的護法軍政府。段祺瑞麵對此局勢，立即決定對南方實行“武力統一”的軍事馮國璋討伐。9月18日零陵鎮守使劉建藩和駐衡陽湘軍旅長林修梅通電宣布湖南“自主”。10月6日，護法戰爭首先在湖南爆發。正當段祺瑞全力對南方用兵之際，代大總統馮國璋卻提出了與段祺瑞的“武力統一”對立的“和平統一”政策，即保持西南各省軍閥割據現狀，以換取他們對北京中央政權的承認，保持中國名義上的統一。
馮為了貫徹他的“和平統一”政策，利用他直係軍閥首領的地位，密遣其婿陳之驥赴湘，運動王汝賢、範國璋聯名通電主和。於是王、範通電:“懇請大總統下令征求南北各省意見協議組織立法機關，議決根本大法，以垂永久而絕紛爭。”10月20日馮又指使“長江三督”聯名提出停止湖南戰爭，撤迴湖南督軍傅良佐，改善內閣和調整倪嗣衝安武軍駐防四項主張。段對南方戰爭徹底失敗。12月25日，馮國璋發布“弭戰布告”，要求南北兩軍“於軍事上先得各方之結束，於政治上乃徐圖統一之進行。”馮國璋的“和平統一”政策暫時占了上風。
段祺瑞雖然一度下野，但皖係實力仍存無損。因此段祺瑞下台後，竭盡全力破壞馮國璋的“和平統一”政策。首先拉攏直係內部主戰派首領直隸督軍曹錕於12月召開“天津會議”，煽動繼續對南方用兵;同時，段祺瑞還指示徐樹錚勾結奉係軍閥張作霖派兵入關，以威脅馮國璋。馮國璋雖有十五師、十六師，卻仍感力量單薄，而敷衍西南的“和平統一”政策因進行緩慢而無效果，致使護法戰爭於1918年1月中旬重新交火。段祺瑞的陰謀得逞，馮國璋在北京陷於孤立。
民國七年(1918年)1月26日，馮國璋借出京“巡視”為名，率領1000餘名衛隊，準備赴南京與李純等人商討反段大計。當馮國璋的專車抵達天津時，曹錕率直隸軍政大員在車站歡迎。馮國璋一行人在天津曹家花園小住一夜。曹錕向馮國璋表示:“無論和戰，吾輩堅決服從命令。”第二天，馮國璋繼續乘專車南下，27日下午抵達濟南，山東督軍張懷芝登車晉謁馮國璋，並同車赴蚌埠。此時段祺瑞急電倪嗣衝阻止馮國璋前往南京。
28日上午馮國璋專車抵達蚌埠，倪嗣衝率親信十餘人到站迎接，見到馮國璋劈頭第一句就說:“在天津小站時，咱還是個文官，如今居然也領兵了，咱們多時相好，如今你是大總統，我還是個督軍，天差地遠，我看這督軍覲見大總統的大禮就免了吧!”下車後到了倪嗣衝署府，馮國璋也不甘示弱，剛坐定，就對倪嗣衝說:“督軍不聽中央的命令不必說，就是一個師長、旅長，索餉索械比什麽人都兇，一點點不如意就通電反對中央，請老弟代我想想，這樣的總統做得下去嗎?”倪嗣衝因事前接到段祺瑞密電命令他阻止馮國璋赴南京，所以對馮國璋的態度極為惡劣，他竟然指著馮國璋說:“是戰是和，你是當總統的，總統先有個主意，究竟你的主意何在?你為何不明白說出來!你和段總理已是數十年的老朋友了，可是，你隻顧自己的總統地位，而不顧總理的麵子，此種舉動真令吾輩寒心。”不待馮講話，倪又連珠炮般地發泄內心的不滿:“不知總統是否還記得當年在天津武備學堂當學生時候，校長不是我們安徽的李文忠(李鴻章)嗎?”
倪嗣衝的一席話竟使馮國璋也流下了眼淚，跟隨馮國璋的田文烈見此情形，便說:“總統原來是與倪督軍、張督軍諸君商議討伐西南之事呢。既馮國璋與段祺瑞然這樣，待總統迴去即下討伐令好了。”馮國璋欲赴南京，倪當即說:“你若迴北京，我可以放行，若去南京，我便扣留你在此。”馮國璋不得已，隻得折迴北京。
馮國璋迴到北京後，於1月30日下討伐令，派曹錕、張懷芝、張敬堯率軍進犯湖南，並於2月上旬下“罪己布告”。馮國璋效法專製君王用“罪己詔”的形式緩和與段祺瑞一派的緊張關係，盡力向段表示讓步，以平息皖係軍閥政客們的怨氣。民國七年(1918年)3月23日複任段祺瑞為國務總理。
段祺瑞的“武力統一”又占了上風。但馮國璋並不甘心“和平統一”政策的失敗，他密電曹錕率兵南下“適可而止”，不必過於深入為他人效力，“以恢複湘省為止”。曹錕接電後，心領神會，迴電說:“決不令主座為難。盡請放懷!”吳佩孚率直軍攻占長沙後，段祺瑞電告吳佩孚“直搗兩廣”，吳佩孚借口餉械供應不及，故意按兵不動。段祺瑞為了早日完成他的“武力統一”，便極力籠絡曹錕、吳佩孚。
當段準備升任曹錕為兩湖巡閱使兼湖北督軍的消息傳出後，馮國璋急忙致電曹錕:“久戎於外，直隸根本之地，未免空虛，倘有疏虞，便無退步。”於是直軍占領衡陽後，曹錕力辭兩湖巡閱使，立即迴到天津，吳佩孚亦屯兵不前，並與護法軍劃界停戰，致使段祺瑞的“武力統一”到此為止。
晚年逝世
段祺瑞企圖再以名位引誘曹、吳繼續為其賣力，使授曹錕為川粵湘贛四省經略使，授吳佩孚為“孚威將軍”。未幾，段祺瑞又“秘以副總統許曹”。並且親往湖北犒師。馮國璋此時恐怕曹錕再次馮國璋受騙，便派陸建章赴天津說服曹錕，放棄南征，迴到直係與李純等人合作把局麵轉向和平。結果陸建章在天津被段的第一親信徐樹錚誘殺。段祺瑞深知阻礙“武力統一”的主要障礙是馮國璋，於是便指使親信王揖唐為首的“安福俱樂部”收買政客，操縱國會選舉，把馮趕下台去。安福係乘馮國璋繼黎元洪總統任期已滿，按照事前段祺瑞的部署選舉徐世昌為新總統，馮國璋隻得把總統的“寶座”讓了出來。不久，馮國璋離京迴到故裏河間。
徐世昌上台後，企圖調解直、皖兩係矛盾，為了取悅馮國璋，便批準下台的馮國璋仍有節製第十五、十六師的權力。不久，又派師景雲赴河間迎請馮晉京，以疏通馮、段感情。由於馮國璋鑒於陸建章被謀殺的教訓，遲遲不敢登程，直到靳雲鵬組閣，稍有了安全保障，他才於民國八年(1919年)10月經天津抵達北京。馮國璋此次進京雖然是打著調合直、皖兩係分裂的旗號而來，但實際上，他依然想通過他的斡旋促進直係內部團結，以對抗皖係，並伺機東山再起。此外，他進京的另一任務，則是企圖把陸軍部於民國八年(1919年)6月裁撤的第十五、十六師的糧餉局奪迴來，以保其外快財源不致中斷。然而一切都未能如願，即於12月28日突然病逝，時年60歲。馮國璋臨終口授遺言給徐世昌總統:“和平統一，身未及見，死有遺憾，希望總統一力主持，早日完成。”