政治
康熙親政不久後，便宣布停止圈地，放寬墾荒地的免稅年限。他還著手整頓吏治，恢複了京察、大計等考核製度。為了防止被臣下蒙蔽欺騙，康熙還親自出京巡視，了解民情吏治。其中最著名的是六次南巡，此外還有三次東巡、一次西巡，以及數百次巡查京畿和蒙古，此舉極大的促進了康熙對民情的了解，他還親自巡視黃河河道，督察河工，並下令整修永定河河道。
康熙晚年倦勤，導致官吏貪汙，吏治敗壞。康熙四十九年（1710年），禦史參劾戶部堂官希福納等侵貪戶部內倉銀六十四萬餘兩，牽連的官吏多達112人。康熙說“朕反複思之，終夜不寐，若將伊等審問，獲罪之人甚多矣”。最後隻把希福納革職，其餘官吏則勒限賠款。
軍事
統一台灣，開府設縣
初步形成了剿撫並用的方針，即“亂則聲討，治則撫綏”（《清聖祖實錄》卷180，康熙36年2月壬寅），“仰憑天道，俯愜人情，以萬不得已而用兵”（《禦製親征平定朔漠方略序》）。康熙認為：“帝王治天下自有本原，不專恃險阻”，“守國之道惟在修德安民，民心悅則邦本得，而邊境自固，所謂眾誌成城者是也”（《清聖祖實錄》卷151，康熙三十年五月丙午）。為了維護祖國統一，康熙二十二年（1683年），康熙以施琅為福建水師提督，收複了台灣。康熙二十三年（1684年），清政府在台灣設一府（台灣府）三縣，即台灣縣（今台南）、鳳山縣（今高雄）、諸羅縣（今嘉義），隸福建省，並在台灣設巡道一員，總兵官一員，副將二員，兵八千。在澎湖設副將一員，兵二千。從而加強了中央對台灣的管轄，促進了台灣經濟文化的發展。
平定三藩
所謂“三藩”，是指鎮守雲南的平西王吳三桂，鎮守福建的靖南王耿精忠和鎮守廣東的平南王尚可喜之子尚之信。自清初以來，他們各霸一方，形成幾股割據勢力。“三藩”都擁有大量武裝。特別是吳三桂，“功最高，兵最強”，積極儲將帥，習武備，使“四方精兵猛將，多歸其部下”。他們仗著自己日益壯大的力量，飛揚跋扈，不聽約束，給清廷以很大威脅。而且所耗軍費巨大。寫真1673年三月，以尚可喜請求歸老遼東，但請求留其子之信繼續鎮守廣東為引線，引發了是否撤藩的激烈爭論。最後康熙帝認為“藩鎮久握重兵，勢成尾大，非國家利”，決定下令“撤藩”。
十一月，吳三桂在雲南發動叛亂，提出反清複明，並於次年派將率軍進攻湖南，攻陷常德、長沙、嶽州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文，聲討清朝。廣西將軍孫延齡、四川巡撫羅森等許多地方大員紛紛反清。接著，福建耿精忠亦反。在短短數月之內，滇、黔、湘、桂、閩、川六省收複，一時間清帝國危在旦夕。隨後，陝西提督王輔臣、廣東尚之信等也相繼反叛，叛亂擴大到廣東、江西和陝西、甘肅等省。
1676年（康熙十五年）十月，福建耿精忠在清軍進攻下，被迫投降。廣東的尚之信也於1677年投降。閩、粵以及江西都先後陷落。1678年八月，吳三桂死，其部將迎立其孫吳世璠繼位，退居雲貴。此後，清軍先後收複湖南、廣西和四川。1681年，清軍攻破昆明，吳世璠自殺。
平定準噶爾叛亂
清初，西北方居住的蒙古分為漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西厄魯特蒙古三大部。漠北喀爾喀蒙古內部又分為紮薩克圖、土謝圖、車臣等三部漠西厄魯特蒙古內部又分為準噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四部。清軍入關之前，漠南蒙古就已歸附大清，喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古各部，也與清政府關係密切。
噶爾丹起兵被粉碎以後，喀爾喀蒙古各部又迴到了原來的居住地。在清政府的幫助下，噶爾丹暫時退兵。
玄燁設置將軍和參讚大臣率兵駐守科布多和烏蘇雅台等重鎮，加強了對喀爾喀蒙古各部的管理和統治。
雅克薩自衛反擊戰
明末清初，沙俄在亞歐大陸上不斷向東擴張，並於17世紀中期侵入了東北亞外東北地區。沙皇多次遣使來清，要求建立外交和通商關係，但[因俄國侵占清帝國領土等問題而遭到清政府拒絕]。此外，由於清初帝國內部尚未安定，所以直到17世紀80年代中期，康熙才對黑龍江地區的俄國據點雅克薩采取了有力的軍事行動，扞衛了東北邊疆一百五十多年的和平穩定。
管理西藏
在西藏問題上，康熙除了承繼順治帝尊敬並冊封達賴政策外，還派兵於1718年至1720年（康熙五十七年至康熙五十九年）間入藏，擊敗了占據西藏北部的準噶爾汗國軍隊。此後，清朝分兵駐藏，並任命康濟鼐和頗羅鼐二人協助達賴班禪分理前後藏事務。
經濟
康熙認為“家給人足，而後世濟”，在繼續采取輕徭薄賦，與民生息的政策的同時，又采取了一係列措施，體現了他仁愛的一麵。
其一，是廢止“圈田令”，即廢止貴族圈近京州縣田地的特權，將土地讓與百姓耕種；康熙在詔書上說：“自後圈占民間房地，永行停止，其今年所已圈者，悉令給還民間。”
其二，延長墾荒的免稅時間。清初規定墾荒三年內免稅，以後改為六年；康熙十二年重申新墾荒田十年後征稅。這一政策刺激了農民墾荒的積極性，使耕地麵積迅速增加。
其三，實行更名地政策。對於農民耕種的原先屬於明朝宗室的土地，康熙下詔農民可以不必支付田價，照常耕種。對於已交過“易價銀兩”的，可以從來年的常稅中衝洗。
其四，蠲免錢糧。康熙提出“藏富於民”的思想，在陝、雲、貴、川、粵等省全國二十多個省區蠲免錢糧丁銀、通賦，其中重大蠲免計32次。並從康熙五十一年（1711年）開始，在全國範圍內普免天下錢糧。下令“凡遇蠲免之年，免業主七分佃，戶三分。”使佃農也能得到好處。在康熙皇帝在位的61年間，清政府蠲免錢糧共計545次，免除天下錢糧計銀1.5億兩。
其五，地丁合一。康熙對按丁征收丁稅的方法進行改革。改革的經過分為兩步：第一步是康熙五十一年（1712年）清廷決定，以康熙五十年（1711年）的丁稅額數作為定額，以後新增人丁，不收丁稅。這就叫做“盛世滋生人丁，永不加賦”。這樣丁稅額數便固定下來了；第二步是實行地丁合一。這種辦法先在康熙末年開始行之於廣東、四川等省，到雍正元年（1723年）以後，又相繼在各省普遍推行起來。
其六，修治黃河，淮河和永定河。清朝初年，黃河多次泛濫成災，在河南、安徽一帶經常決口，後來竟改道與淮河合流，從今天的蘇北地區入海，既影響了漕運，又使許多良田成了沙洲，嚴重的威脅著國庫的收入和人民的生活。對此，康熙帝表示十分關切。他曾把“三藩、河務、漕運”作為其時三件大事，並親自書寫成條幅，懸掛於宮中大柱上。他選派靳輔為河道總督，又對治河專家陳湟，委以重任。經過十年（1677年—1687年）的辛苦經營，終於使黃河、淮河各歸故道。永定河原名渾河，又稱“小黃河”，在流經北京附近時，常常淤塞成災。康熙三十七年（1698年），清政府招募了十幾萬民夫，在蘆溝橋附近的良鄉到東安，開掘了一條200裏長的新河道，使原來的斥鹵之地，成為膏腴良田。康熙曾親自視察，並將渾河改名為“永定河”賦予永遠安定之義。
其七，廢除匠籍製度。清朝初年，凡手工業工匠，均另有匠籍，要按政府規定服勞役，或者交納班匠銀代役。康熙三十九年（1700年），康熙下令將班匠銀並入田賦中征收，從而使工匠們擺脫了人身的控製，有利於促進手工業發展。
文化
康熙強調興禮教。他在康熙十八年下詔說：“盛治之世，餘一餘三。蓋倉廩足而禮教興，水旱乃可無虞。比聞小民不知積蓄，一逢歉歲，率致流移。夫興儉化民，食時用禮，惟良有司是賴。”康熙自幼就對儒家學說充滿濃厚興趣，認為“殊覺義理無窮，樂此不倦”。康熙十六年（1677年）十二月，他在禦製《日講四書解義序》中，明確宣布清廷要將治統與道統合一，以儒家學說為治國之本。
他曾多次舉辦博學鴻儒科，創建了南書房製度，並親臨曲阜拜謁孔廟。康熙還組織編輯與出版了《康熙字典》《古今圖書集成》《曆象考成》《數理精蘊》《康熙永年曆法》《康熙皇輿全覽圖》等圖書、曆法和地圖。
康熙對西方文化也十分感興趣，向來華傳教士學習代數、幾何、天文、醫學等方麵的知識，並頗有著述。康熙對基督教也很有好感，後來康熙逐漸發現羅馬教廷試圖過多的幹預清朝政治，並且皇子信仰基督後以此作為爭權奪利的工具，遂開始有所抵製天主教。也有人指出康熙對科學的所謂興趣，一方麵是用來炫耀，另一方麵則也是當玩具供他個人取樂消遣的意思。而不是用於實際需要。
亦有學者指出，有才華的傳教士被皇帝欣賞和重用，西方先進的科學技術也被推崇和應用。而在民間，民人與西方傳教士能夠互相交遊，西學在社會中得以自由傳播，亦指出分別由康乾敕輯的叢書－《古今圖書集成》和《四庫全書》亦收錄了傳入中國的西方科學技術。
康熙除了學習西方科技之外還會應用實踐，其最突出的成就，就是在發現原來的地圖繪製方法相對落後之後，用科學方法和西方儀器繪製全國地圖。康熙亦會利用巡行和出兵之便，實地測量，吸取經驗。在康熙四十六年（1707年）委任耶穌會士雷孝思、白晉、社德美及中國學者何國楝、明安圖等人走遍各省，運用當時最先進的經緯圖法、三角測量法、梯形投影技術等在全國大規模實地測量，並於康熙五十七年（1718年）繪製成《康熙皇輿全覽圖》，其作被稱為在當時世界地理學的最高成就，英國李約瑟亦稱之為不但是亞洲當時所有的地圖中最好的一幅，而且比當時的所有歐洲地圖都要好、更精確。
康熙還以巡視之便訪求民間的有才之士，例如將在數學方麵有很大成就的梅轂成調進宮中培養深造。梅轂成亦通過學習西方數學知識，重新令在明朝被廢棄的中國古代數學受到重視。
康熙對於宗教基本上是寬容的，不僅僅是滿洲的藏傳佛教信仰，他也大致接受基督宗教傳教士講道，還褒封道教白雲觀方丈王常月，並依於門下。
康熙時文字獄則相對有所減輕，比較著名的有《南山集》案。戴名世僅僅因為讚同方孝標給南明正名的觀點，結果就被斬首，家人好友等也被牽連為奴。還有朱方旦案、王錫侯案，以及親政前鼇拜等顧命大臣發起的《明史》案。
康熙親政不久後，便宣布停止圈地，放寬墾荒地的免稅年限。他還著手整頓吏治，恢複了京察、大計等考核製度。為了防止被臣下蒙蔽欺騙，康熙還親自出京巡視，了解民情吏治。其中最著名的是六次南巡，此外還有三次東巡、一次西巡，以及數百次巡查京畿和蒙古，此舉極大的促進了康熙對民情的了解，他還親自巡視黃河河道，督察河工，並下令整修永定河河道。
康熙晚年倦勤，導致官吏貪汙，吏治敗壞。康熙四十九年（1710年），禦史參劾戶部堂官希福納等侵貪戶部內倉銀六十四萬餘兩，牽連的官吏多達112人。康熙說“朕反複思之，終夜不寐，若將伊等審問，獲罪之人甚多矣”。最後隻把希福納革職，其餘官吏則勒限賠款。
軍事
統一台灣，開府設縣
初步形成了剿撫並用的方針，即“亂則聲討，治則撫綏”（《清聖祖實錄》卷180，康熙36年2月壬寅），“仰憑天道，俯愜人情，以萬不得已而用兵”（《禦製親征平定朔漠方略序》）。康熙認為：“帝王治天下自有本原，不專恃險阻”，“守國之道惟在修德安民，民心悅則邦本得，而邊境自固，所謂眾誌成城者是也”（《清聖祖實錄》卷151，康熙三十年五月丙午）。為了維護祖國統一，康熙二十二年（1683年），康熙以施琅為福建水師提督，收複了台灣。康熙二十三年（1684年），清政府在台灣設一府（台灣府）三縣，即台灣縣（今台南）、鳳山縣（今高雄）、諸羅縣（今嘉義），隸福建省，並在台灣設巡道一員，總兵官一員，副將二員，兵八千。在澎湖設副將一員，兵二千。從而加強了中央對台灣的管轄，促進了台灣經濟文化的發展。
平定三藩
所謂“三藩”，是指鎮守雲南的平西王吳三桂，鎮守福建的靖南王耿精忠和鎮守廣東的平南王尚可喜之子尚之信。自清初以來，他們各霸一方，形成幾股割據勢力。“三藩”都擁有大量武裝。特別是吳三桂，“功最高，兵最強”，積極儲將帥，習武備，使“四方精兵猛將，多歸其部下”。他們仗著自己日益壯大的力量，飛揚跋扈，不聽約束，給清廷以很大威脅。而且所耗軍費巨大。寫真1673年三月，以尚可喜請求歸老遼東，但請求留其子之信繼續鎮守廣東為引線，引發了是否撤藩的激烈爭論。最後康熙帝認為“藩鎮久握重兵，勢成尾大，非國家利”，決定下令“撤藩”。
十一月，吳三桂在雲南發動叛亂，提出反清複明，並於次年派將率軍進攻湖南，攻陷常德、長沙、嶽州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文，聲討清朝。廣西將軍孫延齡、四川巡撫羅森等許多地方大員紛紛反清。接著，福建耿精忠亦反。在短短數月之內，滇、黔、湘、桂、閩、川六省收複，一時間清帝國危在旦夕。隨後，陝西提督王輔臣、廣東尚之信等也相繼反叛，叛亂擴大到廣東、江西和陝西、甘肅等省。
1676年（康熙十五年）十月，福建耿精忠在清軍進攻下，被迫投降。廣東的尚之信也於1677年投降。閩、粵以及江西都先後陷落。1678年八月，吳三桂死，其部將迎立其孫吳世璠繼位，退居雲貴。此後，清軍先後收複湖南、廣西和四川。1681年，清軍攻破昆明，吳世璠自殺。
平定準噶爾叛亂
清初，西北方居住的蒙古分為漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西厄魯特蒙古三大部。漠北喀爾喀蒙古內部又分為紮薩克圖、土謝圖、車臣等三部漠西厄魯特蒙古內部又分為準噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四部。清軍入關之前，漠南蒙古就已歸附大清，喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古各部，也與清政府關係密切。
噶爾丹起兵被粉碎以後，喀爾喀蒙古各部又迴到了原來的居住地。在清政府的幫助下，噶爾丹暫時退兵。
玄燁設置將軍和參讚大臣率兵駐守科布多和烏蘇雅台等重鎮，加強了對喀爾喀蒙古各部的管理和統治。
雅克薩自衛反擊戰
明末清初，沙俄在亞歐大陸上不斷向東擴張，並於17世紀中期侵入了東北亞外東北地區。沙皇多次遣使來清，要求建立外交和通商關係，但[因俄國侵占清帝國領土等問題而遭到清政府拒絕]。此外，由於清初帝國內部尚未安定，所以直到17世紀80年代中期，康熙才對黑龍江地區的俄國據點雅克薩采取了有力的軍事行動，扞衛了東北邊疆一百五十多年的和平穩定。
管理西藏
在西藏問題上，康熙除了承繼順治帝尊敬並冊封達賴政策外，還派兵於1718年至1720年（康熙五十七年至康熙五十九年）間入藏，擊敗了占據西藏北部的準噶爾汗國軍隊。此後，清朝分兵駐藏，並任命康濟鼐和頗羅鼐二人協助達賴班禪分理前後藏事務。
經濟
康熙認為“家給人足，而後世濟”，在繼續采取輕徭薄賦，與民生息的政策的同時，又采取了一係列措施，體現了他仁愛的一麵。
其一，是廢止“圈田令”，即廢止貴族圈近京州縣田地的特權，將土地讓與百姓耕種；康熙在詔書上說：“自後圈占民間房地，永行停止，其今年所已圈者，悉令給還民間。”
其二，延長墾荒的免稅時間。清初規定墾荒三年內免稅，以後改為六年；康熙十二年重申新墾荒田十年後征稅。這一政策刺激了農民墾荒的積極性，使耕地麵積迅速增加。
其三，實行更名地政策。對於農民耕種的原先屬於明朝宗室的土地，康熙下詔農民可以不必支付田價，照常耕種。對於已交過“易價銀兩”的，可以從來年的常稅中衝洗。
其四，蠲免錢糧。康熙提出“藏富於民”的思想，在陝、雲、貴、川、粵等省全國二十多個省區蠲免錢糧丁銀、通賦，其中重大蠲免計32次。並從康熙五十一年（1711年）開始，在全國範圍內普免天下錢糧。下令“凡遇蠲免之年，免業主七分佃，戶三分。”使佃農也能得到好處。在康熙皇帝在位的61年間，清政府蠲免錢糧共計545次，免除天下錢糧計銀1.5億兩。
其五，地丁合一。康熙對按丁征收丁稅的方法進行改革。改革的經過分為兩步：第一步是康熙五十一年（1712年）清廷決定，以康熙五十年（1711年）的丁稅額數作為定額，以後新增人丁，不收丁稅。這就叫做“盛世滋生人丁，永不加賦”。這樣丁稅額數便固定下來了；第二步是實行地丁合一。這種辦法先在康熙末年開始行之於廣東、四川等省，到雍正元年（1723年）以後，又相繼在各省普遍推行起來。
其六，修治黃河，淮河和永定河。清朝初年，黃河多次泛濫成災，在河南、安徽一帶經常決口，後來竟改道與淮河合流，從今天的蘇北地區入海，既影響了漕運，又使許多良田成了沙洲，嚴重的威脅著國庫的收入和人民的生活。對此，康熙帝表示十分關切。他曾把“三藩、河務、漕運”作為其時三件大事，並親自書寫成條幅，懸掛於宮中大柱上。他選派靳輔為河道總督，又對治河專家陳湟，委以重任。經過十年（1677年—1687年）的辛苦經營，終於使黃河、淮河各歸故道。永定河原名渾河，又稱“小黃河”，在流經北京附近時，常常淤塞成災。康熙三十七年（1698年），清政府招募了十幾萬民夫，在蘆溝橋附近的良鄉到東安，開掘了一條200裏長的新河道，使原來的斥鹵之地，成為膏腴良田。康熙曾親自視察，並將渾河改名為“永定河”賦予永遠安定之義。
其七，廢除匠籍製度。清朝初年，凡手工業工匠，均另有匠籍，要按政府規定服勞役，或者交納班匠銀代役。康熙三十九年（1700年），康熙下令將班匠銀並入田賦中征收，從而使工匠們擺脫了人身的控製，有利於促進手工業發展。
文化
康熙強調興禮教。他在康熙十八年下詔說：“盛治之世，餘一餘三。蓋倉廩足而禮教興，水旱乃可無虞。比聞小民不知積蓄，一逢歉歲，率致流移。夫興儉化民，食時用禮，惟良有司是賴。”康熙自幼就對儒家學說充滿濃厚興趣，認為“殊覺義理無窮，樂此不倦”。康熙十六年（1677年）十二月，他在禦製《日講四書解義序》中，明確宣布清廷要將治統與道統合一，以儒家學說為治國之本。
他曾多次舉辦博學鴻儒科，創建了南書房製度，並親臨曲阜拜謁孔廟。康熙還組織編輯與出版了《康熙字典》《古今圖書集成》《曆象考成》《數理精蘊》《康熙永年曆法》《康熙皇輿全覽圖》等圖書、曆法和地圖。
康熙對西方文化也十分感興趣，向來華傳教士學習代數、幾何、天文、醫學等方麵的知識，並頗有著述。康熙對基督教也很有好感，後來康熙逐漸發現羅馬教廷試圖過多的幹預清朝政治，並且皇子信仰基督後以此作為爭權奪利的工具，遂開始有所抵製天主教。也有人指出康熙對科學的所謂興趣，一方麵是用來炫耀，另一方麵則也是當玩具供他個人取樂消遣的意思。而不是用於實際需要。
亦有學者指出，有才華的傳教士被皇帝欣賞和重用，西方先進的科學技術也被推崇和應用。而在民間，民人與西方傳教士能夠互相交遊，西學在社會中得以自由傳播，亦指出分別由康乾敕輯的叢書－《古今圖書集成》和《四庫全書》亦收錄了傳入中國的西方科學技術。
康熙除了學習西方科技之外還會應用實踐，其最突出的成就，就是在發現原來的地圖繪製方法相對落後之後，用科學方法和西方儀器繪製全國地圖。康熙亦會利用巡行和出兵之便，實地測量，吸取經驗。在康熙四十六年（1707年）委任耶穌會士雷孝思、白晉、社德美及中國學者何國楝、明安圖等人走遍各省，運用當時最先進的經緯圖法、三角測量法、梯形投影技術等在全國大規模實地測量，並於康熙五十七年（1718年）繪製成《康熙皇輿全覽圖》，其作被稱為在當時世界地理學的最高成就，英國李約瑟亦稱之為不但是亞洲當時所有的地圖中最好的一幅，而且比當時的所有歐洲地圖都要好、更精確。
康熙還以巡視之便訪求民間的有才之士，例如將在數學方麵有很大成就的梅轂成調進宮中培養深造。梅轂成亦通過學習西方數學知識，重新令在明朝被廢棄的中國古代數學受到重視。
康熙對於宗教基本上是寬容的，不僅僅是滿洲的藏傳佛教信仰，他也大致接受基督宗教傳教士講道，還褒封道教白雲觀方丈王常月，並依於門下。
康熙時文字獄則相對有所減輕，比較著名的有《南山集》案。戴名世僅僅因為讚同方孝標給南明正名的觀點，結果就被斬首，家人好友等也被牽連為奴。還有朱方旦案、王錫侯案，以及親政前鼇拜等顧命大臣發起的《明史》案。