就這樣小皇帝阿離一家人，還有他的隨從十二人的家屬，他們在九蓮山後山過上了半隱居的生活。他們相互結親，相互之間都是親戚關係，小皇帝阿離也在這裏過世。關於他們的身份和來曆，隻有一些核心人員才知道，其他人都以為他們知識南宋遺民而已。他們漸漸失去了和明王朝朱家搶奪天下的能力和時機。相信不久之後，等到他們徹底和政治脫鉤的時候，就是他們可以恢複自由的時候了。
明中期的倭寇事件，又一次改變了他們的命運。
倭寇是指十四至十六世紀侵擾劫掠中國和朝鮮沿海地區的海盜，除沿海劫掠以外主要從事中日走私貿易。抗日戰爭期間，中國人亦用倭寇指稱日本侵略者。
以日本為基地，活躍於朝鮮半島及中國大陸沿岸的海上入侵者。曾經被歸於海盜之類，但實際上其搶掠對象並不是船隻，而是陸上城市。
明謝肇淛《五雜俎·地部一》:“亦使浙直諸軍士因之習於海戰，倭寇之來，可以截流而禦之。“《明史·外國傳三·日本》:“有捕倭寇數十人至京者，廷臣請正法。“鬱達夫《遊於山戚公祠》詩:“但使南疆猛將在，不教倭寇渡江涯。“老舍《四世同堂》第二部五十:“這仙境中的主人已換上了殺人不眨眼的倭寇;那仙姿逸態又有什麽用呢?“陳毅《哭葉軍長希夷》詩:“東進殺倭寇，舉世驚風雷。“
“倭“字從人從委，委亦聲。“委“意為“身材軟縮“、“身材小一號“。“人“與“委“聯合起來表示“身材矮小的人“。秦語中，寇與賊同意。“完“指“家園完整“，“攴“指“敲打“。“完“與“攴“聯合起來表示“家園破碎“。
所謂“倭寇“一辭的由來，是從''高句麗廣開土王碑''(西元414年)碑文上所記載“倭寇○○(某地名)“而來，在此“寇“當動詞，即“日本侵略(某地名)“之意，而之後“倭寇“二字作為名詞獨立，用以稱唿來自日本的侵略者。“倭寇“這一稱唿大約使用於公元7世紀後期，在16世紀倭酋豐臣秀吉的倭亂、以及中國的抗日戰爭裏。
十四世紀初葉，日本進入南北朝分裂時期，封建諸侯割據，互相攻戰，爭權奪利。在戰爭中失敗了的一些南朝封建主，就組織武士、商人和浪人到中國沿海地區進行武裝走私和搶劫燒殺的海盜活動，曆史上稱之為“倭寇“。
朱元璋建立明朝的時候，日本正處於封建割據的南北朝時代。早在元順帝至元二年(1336年)，打進京都的足利尊氏廢黜了後醍醐天皇，另立天皇，自任征夷大將軍，設幕府於京都。後醍醐天皇南逃吉野，建立朝廷，史稱南朝，在京都的朝廷被稱為北朝。後醍醐天皇為了恢複王權，推翻幕府，派他的兒子在九州設征西府。除了南、北兩個朝廷外，還有許多割據勢力--守護大名。他們掠奪財富，除互相爭戰之外，還常常支持和勾結海盜商人騷擾和擄掠中國沿海地區，形成了元末明初的倭患。朱元璋即位後，連續派使者到日本，以恢複兩國關係，更重要的是為了消彌倭患。但由於日本處於分裂對抗狀態，幾次派使都毫無結果，倭寇侵擾日漸繁複。北起山東，南到福建，到處受到劫掠。洪武二十五年(1392年)，北朝統一日本。南朝的武士、失意政客和浪人失去了依托，於是流落海上，盤踞海島，形成了一股不小的力量，不時侵擾中國沿海，造成洪武末年日漸熾盛的倭患。
統一日本的足利幕府第三代將軍足利義滿，也想肅清南朝的殘餘勢力，打擊海上盜賊，同時也想發展與明朝的貿易，獲取豐厚的利益。於是，兩國恢複了關係。明成祖時，雙方建立了勘合貿易關係，明朝給予足利幕府貿易憑證，即勘合，日本方麵憑勘合來中國進貢，進行貿易。明朝發展與日本的關係，主要是為了消除倭寇對中國沿海地區的侵擾，足利幕府也積極剿捕倭寇。在足利義滿死後，其子足利義持改變政策，雙方勘合貿易中斷，日本也不再剿捕倭寇，足利義滿時期稍有收斂的倭寇劫掠又在中國沿海一帶蔓延開來。
其後，在足利義教時期，中日勘合貿易又得以恢複。成化三年，即日本應仁元年(1467年)，日本進入了戰國時代，足利幕府衰弱，勘合貿易製度遭到破壞，一些守護大名為了爭得與明朝貿易的權力，搶奪勘合，沒有貿易勘合的大名便進行海盜活動，明嘉靖中葉以後，中日勘合貿易完全斷絕，倭寇侵擾日益嚴重。
明初，由於國力強盛，重視海軍、海運建設，因此倭寇未能釀成大患。正統以後，下西洋停止隨著明朝政治腐敗，海軍鬆弛，倭寇氣焰便日益囂張。正統四年(1439年)，倭寇侵擾浙江台州的桃渚村，殺人放火，掘墳挖墓，甚至把嬰兒束在竿上，用開水澆，看著嬰心啼哭，拍手笑樂。倭寇的罪行，給中國人民帶來了痛苦和災難。
至嘉靖時期，隨著東南沿海一帶商品經濟的進一步發展，對外貿易相當發達。沿海一帶私人經營的海上貿易也十分活躍。一些海商大賈、浙閩大姓為了牟取暴利，不顧朝廷的海禁命令，和“番舶夷商“相互販賣貨物，他們成群分黨，形成海上武裝走私集團，有的甚至亡命海外，勾結日本各島的倭寇，於沿海劫掠。這些海盜商人如王直、徐海等，與倭寇勾結，使得倭患愈演愈烈。同時一些明朝官僚也與這些寇盜建立了聯係。嘉靖二十七年(1548年)，明朝派朱紈巡撫浙江，兼提督福建軍務，朱紈到任後，封鎖海麵，擊殺了通倭的李光頭等96人。朱紈的海禁觸犯了通倭的官僚、豪富的利益，他們指使在朝的官僚攻擊朱紈擅殺，結果朱紈被迫自殺。從此，罷巡視大臣不設，朝中朝外，不敢再提海禁之事。倭寇更加猖獗起來。
古代倭寇主要分為元朝、明初----明朝中後期的前後兩期。前期(元初至明初)倭寇以日本的本國人為主，目的是為了報複征日的蒙朝聯軍的侵略和女真海盜的擄掠，主要是以日本軍隊的軍事報複為主;中後期(正德至萬曆)的倭寇基本上是中日混編隊，原因為明朝的閉關鎖國(海禁)政策和日本國內分裂動蕩。主要以中國沿海居民(海盜)和日本浪人為主，在巨大的經濟利益和豐碩的物質迴報促使中日兩國的冒險家鋌而走險。
明朝之前
蒙古入主中原後，元世祖忽必烈於至元十一年(公元1274年)、至元十八年兩次征討日本，雖然因種種原因最終失敗，但日本政府也因為恐懼元軍的再度進攻，加強海軍，日本在元朝時期不敢和中國來往。朝鮮史取對馬島、壹岐島、平戶島三地之名，稱為“三島倭寇“。清朝的徐繼畭所著“瀛環誌略“，以及朝鮮的安鼎福所著“東史綱目“，均指出倭寇的起因在於朝鮮人(高麗人)配合蒙古侵日行為所引發的報複。
後來日本進入南北朝的動亂狀態，倭寇的活動也由於政府管製力減弱而加劇。由於前期倭寇對於日本與明朝、高麗貿易造成破壞，初成立的明朝政府對日本南朝發出討伐倭寇的要求，隨後敕封討寇有功的南朝將軍“日本國王“的稱號。之後北朝室町幕府在南北朝合一後，由室町幕府將軍足利義滿再度進行討伐，隨後受封為新的“日本國王“。李氏朝鮮的開國君主李成桂因為討伐倭寇有功得到很大的聲望和勢力，後來進行政變取代高麗王朝建立朝鮮王朝。之後隨著明朝與日本間勘合貿易的盛行，以及對馬島與朝鮮之間的貿易開放，前期倭寇也逐漸式微。
前期的倭寇，是以日本人為主體，故被稱為“真倭“(以平戶藩鬆浦家為核心)。
明朝初年，移居南洋一帶的華僑迅速增加，其原因主要有二:一是張士誠、方國珍的殘餘勢力流落到南洋一帶，二是因為海禁嚴厲，私自出海的商民留居南洋不歸張士誠、方國珍原來都是鹽商，以在海上販鹽為業。元末農民大起義中，他們各自雄據一方，部從都達數十萬眾。他們的根據地在江浙沿海一帶，其部下也多是沿海人民，熟悉海上形勢。當張、方集團被朱元璋陸續攻滅後，其部下多逃亡海上，繼續與朱明王朝為敵。這種反明活動一再失敗，其餘部就散居南洋各地，成為華僑。他們有的到了日本，大多數是“借交趾、占城、闊婆、暹羅為逋藪明成祖即位後，聞知逃居東南海上的中國人很多，便特地發了一道詔令中國人逃匿在彼者，成赦前過，俾複本業但收效甚微。明初厲行海禁，嚴禁私人出海貿易。這是對宋元以來海外貿易持續發展的反動，遭到沿海人民的強烈反對。沿海人民以海為生，或漁或商，久成習慣。實行海禁，無疑等於斷絕了他們的生路。他們“不肯束手困窮，於是所在聯結為寇，潰裂以出“為了逃避明王朝的懲罰，他們便滯留海外不歸，從而成為華僑。這正如顧炎武所說:“永樂間......以小民衣食所賴，逐稍寬禁。“
明朝時，福建有不少武裝走私集團，或者是海盜。當中央政府進行鎮壓，他們在沿海待不住，就逃到台灣。鄭成功的父親鄭芝龍與顏思齊這兩個海盜就跑到台灣，在北港建立基地。管轄的居民中有漁民，也有大陸遷過去的其他漢人，大概有幾萬人。明朝的開國皇帝朱元璋有過“片板不許下海“的規定，但實際上，特別是當葡萄牙人、西班牙人、荷蘭人到達東南亞時，走私貿易就相當興盛，特別具有冒險精神的福建人就與他們貿易。福建地方政府眼開眼閉，因為商人每年交的錢可以補貼福建的財政開支，也可給地方官員發“獎金“。所以非但不管，還支持他們。如果朝廷下令清查，他們會通風報信，或者出動軍隊驅趕，海盜就會逃到外麵去。
順便講一下，明朝有倭寇，以前都稱倭寇為日本人對中國的侵略。其實，“倭寇“主要是福建以及沿海的走私商人或海盜，他們雇傭一些日本人打仗，地方官打不過他們，就報告朝廷，我們不是打不過，因為都是日本人，很厲害，所以就稱為倭寇。倭寇主體是中國人，首領是王直(一作汪直)，是徽商。所以主要是中國商人、武裝走私集團自己在騷擾，借了日本人的名義，不是日本侵略中國。他們當時與日本人的來往很密切，比如鄭成功的母親鄭芝龍太太就是日本人，鄭成功是中日混血兒。現在日本還有她的碑和墓。這些事實以前曆史書上講得實在太簡單，長期造成誤導。
明朝隨鄭和下“西洋“的鞏珍，圓國剛''寫了《西洋番國誌》一書，曾介紹他在印尼見聞:爪哇國的“杜板、番名賭班(tuban，在爪哇東部，華僑稱為廚閩)。此地約千餘家，中國廣東及漳州人多逃居於此……杜板向東行半日許至新村，番名革兒者(geresikgrisse，在爪哇東部，華僑稱為錦石)。此地原為枯灘，因中國人逃來，遂名新村……約千餘家……。新村向南行日許到蘇魯馬益港口，水淡沙淺，大舡難進，乘小舡行二十餘裏到蘇魯馬益……華僑稱為泅水，有村主，管番入千餘家，亦有中國人。“他到巨港時，也發現“國多廣。東、福建漳、泉人。“同鄭和、鞏珍等一齊下“西洋“的費信在《星槎勝覽》中，也記載許多華僑在馬來亞、馬六甲的情況:“滿刺加國……男女椎髻、身膚黑漆、問有白者、唐人種也。“《閩都記))記載明朝時福州華僑在馬六甲的情況:“明永樂時，福州商人……住麻喇國多年，聚番好生子“。《明史》上有關福建人到國外去的i己載也很多，如“呂宋(屬菲律賓)居南海巾，去漳州甚近……先是，閩人以其地近且饒富，商販者至數萬人，往往久居不返，''至長子孫。“。婆羅，又名文萊……鄭和使婆羅，有閩人從之，因留騰其地。“可見在明代，華僑在印尼、星馬和菲律賓一帶已形成村莊聚居，繁衍生息。“永樂在南洋設立舊港宣慰司、
正統九年(1444年)王驥上奏:“近邊牟利之徒，私載軍器諸物，潛入木邦、緬甸、車裏、八百諸處，結交土官人等，以易有無。至有教之治兵器、近女色、留家不歸者。漏我邊情，莫此為甚。以故邊患數生，致數年幹戈不息，軍民困弊。“因邊境貿易而生的製造武器之物以及製造武器技術的販賣進一步加劇了隱患。這種結果最終導致了明朝中南半島的土地三宣六慰全被緬甸宣慰司所吞，“雲南自此虛耗矣“。萬曆年間，雲南巡撫陳用賓下令“漢夷互市，則關外有市場，防弁及巡司主之。其犯銅鐵輸出之禁者，必誅無赦。“三宣六慰各土司多蓄有漢人為幕僚，以應付朝廷之計，其中不乏像嶽風這樣的“叛國“之徒。據《明史》載，風父祖江西撫州人，商於隴川，因投宣撫多士寧為記室，得多士寧信任，後鳩殺士寧，奪印投緬，受緬偽命。另有廣西人陳安者，初為郡吏，亡命入緬，應履信任之，署為丞相，教以侵掠疆土之計。這類人未見姓名者尚多，大都留居緬境不返。
嘉靖二十七年(1584年)朱紈派盧鏜攻破雙嶼港，許棟逃去，其部眾被殺很多，有些人則逃到了其他海島。後來，王直成了東南海上最大的海商頭目。嘉靖三十五年(1556年)三月，王直派徐海“擁眾十餘萬寇鬆江、嘉興諸郡這是武裝海商集團對明王朝海禁政策的公然反抗。明王朝不惜血本，從全國抽調兵力進行鎮壓，終於將這些海商集團鎮壓了下去。在這個過程中，有大批的沿海人民因私自出海不敢迴鄉，或因被明軍擊潰而流寓到南洋諸島。另一方麵，自正德以後，西方殖民者陸續來到南洋一帶和中國沿海。葡萄牙人最先來到東方。西方殖民者迫切希望得到中國絲綢、瓷器等物品，這吸引著越來越多的海商冒險私出。其中有些人長期不歸，成為華僑。同時，殖民者為了經營奪取的殖民地，需要大量熟練的勞動力，便在中國沿海掠賣人口。明中期以後，沿海群眾不斷有人無緣無故地失蹤，就是因為殖民者“拐掠城市之男婦人口“的結果。這與西方殖民者在非洲掠賣動力，便在中國沿海掠賣人口。明中期以後，沿海群眾不斷有人無緣無故地失蹤，就是因為殖民者“拐掠城市之男婦人口“的結果。這與西方殖民者在非洲掠賣黑奴具有同樣的性質，隻是規模較小。因此，在這期間流寓南洋一帶的華僑迅速增加。例如在淳泥華人多流寓其地。嘉靖末，閩、粵海寇遺孽逋逃至此，
據何喬遠《名山藏》雲:“南海人梁道明者，棄鄉裏往居之。閩、廣民從商者以千數，推道明為酋長，施進卿副之……廣東人陳祖義者，故有罪，亡人某國，久之，亦有眾“4。梁道明為海商，往南洋經商，“以千數“的從商者尊他為首領;海盜陳祖義，跟隨他的人不少，因而“亦有眾“，也是流寓華人的頭領。
“國人多是廣東、漳、泉州人逃居此地，人甚富饒，地土甚肥。……昔洪武年間，廣東人陳祖義等，全家逃於此處，充為頭目，甚是豪模，凡有經過客人船艘輒便劫奪財物。“
粵洋東莞海盜何亞八、鄭宗興夥同徽州商人王直、徐惟學及葉宗滿等興販津泥。繼後，閩、粵海盜多“逋逃“爪哇、舊港、{孛泥(大泥)、閣婆、交眥、占城、逞羅、柬埔寨和菲律賓等國家和地區，其中流寓津泥者人數最為眾多。
《明史·外國傳·渤泥篇》雲:“渤泥後名大泥，華人多流寓其地。嘉靖末，閩、粵海寇遺孽逋逃至此(即指林道乾等)，積二千餘人。“
《東西洋考》雲:““吉蘭丹，即渤泥之馬頭也，風俗同滓泥。嘉靖末，海寇餘眾，遁歸於此，生聚至二千餘人2。
所謂“嘉靖末，閩、粵海寇遺孽“係指廣東海盜張璉與林道乾的部眾(多為閩、粵人)。嘉靖末年，張璉海濱起義失敗，航海遁走南洋舊港。據《明史·三佛齊傳》雲:張璉作亂，官軍已報克獲。萬曆五年，商人詣舊港者，見璉列肆為蕃舶長，漳、泉人多附之，猶中國市舶官雲@。
“嘉靖末，廣東大盜張璉作亂，官軍已極克複。萬曆五年商人詣舊港(今印尼巨港)者，見璉列肆為蕃舶長，漳、泉人多附之。
嘉靖四十五年(公元1566年)，林道乾率領船隊到台灣北港，為俞大猷官兵追剿，即率船隊揚帆往南洋，航行途中抵達大昆侖島。這個海島屬康道耳群島，是中國與南洋往來必經之地，但處於危險海域，航海者“上怕七洲，下怕昆侖“的警語五。據史書記載，林道乾當年航海到達昆侖島時，曾經打算以它作為“海外扶餘“。此事，清人鬱永河在《海上紀略》中有詳細記敘:
林道乾，明季海寇，哨聚在鄭芝龍、劉香老前。圖據閩、粵不遂，又遍曆琉球、呂宋、暹羅、東京、交f9-諸國，無隙可乘。因過大昆侖，見其風景特異，欲留居之。其山最高且廣，四麵平壤沃土，五穀俱備，不種自生，中國草木無不有，百卉爛爛，四時皆春，但若空山無人。道乾率舟登山結茅，自謂海外扶餘，足以據土立國。奈龍出無時，風雨倏至，屋宇人民多為攝去;海舟又傾蕩不可泊，意其下必蛟龍窟宅，不可居，始棄去...…台灣有老人，經隨道乾至大昆侖者，尚得詳言之。
這則史料是跟隨林道乾至大昆侖的老人提供的，所說之事當確實可靠。海盜視海島為家，林道乾欲在大昆侖“據土立國“，是自然而然之舉，由於此島常遭颶風襲擊，造成人、船損失，故棄島而去。此位老人所講林道乾上大昆侖山的故事，引起鄭成功的重視與興趣，因而萌生“有卜居大昆侖之誌“。他“諮訪水程、風景甚悉。會病亡，不果行“1。
萬曆元年(公元1573年)初，林道乾率眾航海到柬埔寨。他到達柬埔寨時喜逢同鄉楊四，兩人即結“刎頸交“。楊四小時隨父到柬埔寨，父身故，當地一長老收養為子，長立為把水使。林道乾在楊四的幫助下晉謁寨主，受禮遇，命屬把水使翁十、蘇老和林十六等所部。過後，林道乾在柬埔寨人民及楊四等人的協助與掩護下，挫敗了明王朝官兵與安南國都統莫茂洽的搜捕行動。在暹羅，林道乾頗受禮待，國王與之“歃血為盟誓“，不準“漢使“入境追捕。
林鳳[19歲參加海上綠林泰老翁隊伍，後繼其業，以澎湖為基地，開拓海上貿易，最盛時轄艦300餘艘，人員4萬以上。隆慶元年(1567年)率部攻占惠來縣的神泉港。萬曆元年(1573年)屯南澳島的錢澳，十二月進攻澄海，大敗官兵。二年二月攻打潮州、惠來，四月攻入清瀾(今海南省文昌縣)，六月在廣東兵敗，退至福建沿海，十月遭福建總兵胡守仁官軍襲擊，轉移到魍洪(台灣)的雞籠(基隆)駐紮。十一月先後進攻潮陽踏頭埠(今汕頭市的達濠區)、饒平縣柘林、惠來縣靖海、陸豐縣碣石等廣東沿海港埠。明朝被迫集中水陸主力圍剿林鳳。林鳳以南澳島為根據地，相持不下，後曾修書議和求撫，廣東總兵殷正茂不予接納。為避官兵進剿，林鳳率戰艦62艘，5500餘人，揚帆向呂宋進發。當月二十九日抵達馬尼拉灣的馬裏斯。首次進攻馬尼拉獲勝，擊斃西班牙駐菲律賓總指揮戈尹特(maytlngoiti)。後在邦阿西楠省(panggsinan，prov.of)的林加延灣(lingayeng.)建立都城，自稱國王，與當地居民關係融洽。三年三月，西班牙派兵進攻林鳳，明朝政府乘機聯合圍攻。林鳳苦戰4個月，因糧械不繼，於八月四日，一夜之間，率40餘艘戰艦巧妙突圍，直抵台灣，後返潮州，出沒於柘林、靖海和碣石之間，船艦又增至150餘艘，勢力複振。後林鳳離開潮州，不知所終。
簡單來說，嘉靖大倭寇曾嚴重威脅到明朝經濟核心區江南蘇、鬆一帶的安全，“影響十分惡劣“，所以明廷相當重視此事，十幾年來一直堅持出兵，終於將其撲滅。之所以破壞力巨大，又因為此時的倭寇能夠同時掌握處於中、日兩國的資源，包括中國成員熟悉沿海水文地理、部分中國居民的支持、日本大名的默許、五島列島作為巢穴、日本武士作為精英戰力等等。至明中葉“雨嘯風嗥，幾無寧歲“，有江寇、虔寇、廣寇、漳寇、海寇、峒寇、佘寇、鹽寇，此起彼伏。《籌海圖編》在“敘寇源“部分，即追蹤倭寇來源時說:“今之海寇，動輒數萬，皆托言倭奴，而其實出於日本者不下數千，其餘皆中國之赤之無賴，孑人而附之耳。大略福建漳郡居其大半，而寧紹往往亦有之，夫豈盡倭也。“史籍《嘉靖東南平倭通錄》載:“蓋江南海警，倭居十三，而中國叛逆居十七也。“又如《吾學編》載:“大抵賊中皆華人，倭奴其十之一二。“
參與剿倭的將領王忬，也向皇帝報告:據他調查，“倭寇“頭領約有百餘人，其中“雄狡著名“者，都是本國之人，如“徽州王五峰(王直)、徐碧溪、徐明山，寧波毛海峰、徐元亮，漳州沈南山、李華山，泉州洪朝堅“等。2另一剿倭名將胡宗憲，根據實際調查，編寫了一本《籌海圖編》，其中列出十四股勢力最大的“倭寇“，其頭目同樣全部是中國人。3也就是說，在所謂的“倭寇“內部，中國人不但在人數上占了絕對優勢，也同時牢牢把握著領導權。
事實上，“倭寇“這種稱唿，在嘉靖年間已經產生了不小的爭議。身處抗倭第一線的基層將領萬表，就對從地方到中央都在“混言倭寇“的做法非常不滿，萬表說:海賊大頭目王直、徐碧溪的親屬子侄，都住在杭州等地，逍遙法外;王直等賊寇四處荼毒生靈，地方官卻每每上報說是“倭寇“進犯，真是自欺欺人。4浙江慈溪知縣薛應旗也說:稱唿海賊為“倭寇“，是中了海賊之計。海賊中雖有倭人，但“主謀響導“者仍是“中國之賊“，這些人假冒倭寇，藏匿身份，是為了保護自己的親戚族人不受牽連。5萬表感慨:杭州的店家，明知對方是海賊，仍然“任其堆貨，且為打點護送“地方百姓，對待賊寇，也“或送鮮貨，或饋酒米，或獻子女，絡繹不絕“時人記載，漳州一帶的假“倭寇“迴鄉，“皆雲做客迴，鄰居皆來相賀“。6南京刑部尚書王世貞的說法最誇張:“自節帥而有司，一身之外皆寇也“--除了督撫將帥，所有人都是賊寇。
明朝官員多把放開海禁作為解決倭寇的問題的辦法，這當然有一定道理，卻不能說倭寇本身就是為了謀求開放海禁;實際上厲行海禁的朱紈在1549年被免職後，就沒人在總體上厲行過海禁;且1550年明廷就應浙江巡按董鹹之請放鬆了海禁。抗倭期間明軍表現出的狼狽，說明他們本不可能實行真正的嚴禁。即是1567年隆慶開海後，也禁止華人直接出海去日本。在開海後，倭寇並沒有馬上消失，在廣東等地零星活動，但勢頭越來越弱。當時南海海盜頭目曾一本也和倭寇有合作，但並不緊密。中國海域上的海盜，此後多轉以台灣、南洋等地為巢穴。且由於日本的豐臣、德川政權相繼控製了九州，也嚴禁當地武士出海為寇。故倭寇此後就基本消失了。
倭寇現象當然和海禁有關，但與其說是不開禁導致倭寇，倒不如說是在長期的明禁實鬆的貿易政策下，明朝政府既不願意也無能力，去規範海上秩序，形成了沿海豪族、商人和日本武士相互勾結成海商集團，而不同集團為了壟斷利益又發展武裝、互相火並的局麵。這些人既然已經擁有了武力，而明朝海防又脆弱不堪，那麽劫掠沿海地區就是順手而為的事情了。把倭寇和海禁進行單線的聯係，是一種近乎天真的曆史解釋。說到底，沒有鞏固的海防作為前提，無論開禁還是嚴禁，都不可能是有效的治倭政策。先剿倭寇，再開海禁，雖然很難說是明廷有完善計劃的行動，但不失為穩健的策略。
假倭寇南上坑害中國沿海，南下掠奪商船據島為國王，這種短期內看似威風但長期看卻損害了華人利益。沿海海盜對母國沿海農民內卷化的內鬥導致海外華人被傷害時沒有母國支持。看似在當地被殖民者許予高官後祿到最後變成了高級韭菜害華族損失慘重。西方殖民主義者在南洋群島奴役當地土著居民的同時，也迫害華僑。《明史》載明萬曆三十一年(公元1603年)西班牙殖民者在菲律賓大肆屠殺華僑，先後死者二萬五千人。“《泉州府誌》對此慘案也有記載:“(萬曆)三十一年……是年泉商販呂宋者數萬人，盡為所殺。“
明中期的倭寇事件，又一次改變了他們的命運。
倭寇是指十四至十六世紀侵擾劫掠中國和朝鮮沿海地區的海盜，除沿海劫掠以外主要從事中日走私貿易。抗日戰爭期間，中國人亦用倭寇指稱日本侵略者。
以日本為基地，活躍於朝鮮半島及中國大陸沿岸的海上入侵者。曾經被歸於海盜之類，但實際上其搶掠對象並不是船隻，而是陸上城市。
明謝肇淛《五雜俎·地部一》:“亦使浙直諸軍士因之習於海戰，倭寇之來，可以截流而禦之。“《明史·外國傳三·日本》:“有捕倭寇數十人至京者，廷臣請正法。“鬱達夫《遊於山戚公祠》詩:“但使南疆猛將在，不教倭寇渡江涯。“老舍《四世同堂》第二部五十:“這仙境中的主人已換上了殺人不眨眼的倭寇;那仙姿逸態又有什麽用呢?“陳毅《哭葉軍長希夷》詩:“東進殺倭寇，舉世驚風雷。“
“倭“字從人從委，委亦聲。“委“意為“身材軟縮“、“身材小一號“。“人“與“委“聯合起來表示“身材矮小的人“。秦語中，寇與賊同意。“完“指“家園完整“，“攴“指“敲打“。“完“與“攴“聯合起來表示“家園破碎“。
所謂“倭寇“一辭的由來，是從''高句麗廣開土王碑''(西元414年)碑文上所記載“倭寇○○(某地名)“而來，在此“寇“當動詞，即“日本侵略(某地名)“之意，而之後“倭寇“二字作為名詞獨立，用以稱唿來自日本的侵略者。“倭寇“這一稱唿大約使用於公元7世紀後期，在16世紀倭酋豐臣秀吉的倭亂、以及中國的抗日戰爭裏。
十四世紀初葉，日本進入南北朝分裂時期，封建諸侯割據，互相攻戰，爭權奪利。在戰爭中失敗了的一些南朝封建主，就組織武士、商人和浪人到中國沿海地區進行武裝走私和搶劫燒殺的海盜活動，曆史上稱之為“倭寇“。
朱元璋建立明朝的時候，日本正處於封建割據的南北朝時代。早在元順帝至元二年(1336年)，打進京都的足利尊氏廢黜了後醍醐天皇，另立天皇，自任征夷大將軍，設幕府於京都。後醍醐天皇南逃吉野，建立朝廷，史稱南朝，在京都的朝廷被稱為北朝。後醍醐天皇為了恢複王權，推翻幕府，派他的兒子在九州設征西府。除了南、北兩個朝廷外，還有許多割據勢力--守護大名。他們掠奪財富，除互相爭戰之外，還常常支持和勾結海盜商人騷擾和擄掠中國沿海地區，形成了元末明初的倭患。朱元璋即位後，連續派使者到日本，以恢複兩國關係，更重要的是為了消彌倭患。但由於日本處於分裂對抗狀態，幾次派使都毫無結果，倭寇侵擾日漸繁複。北起山東，南到福建，到處受到劫掠。洪武二十五年(1392年)，北朝統一日本。南朝的武士、失意政客和浪人失去了依托，於是流落海上，盤踞海島，形成了一股不小的力量，不時侵擾中國沿海，造成洪武末年日漸熾盛的倭患。
統一日本的足利幕府第三代將軍足利義滿，也想肅清南朝的殘餘勢力，打擊海上盜賊，同時也想發展與明朝的貿易，獲取豐厚的利益。於是，兩國恢複了關係。明成祖時，雙方建立了勘合貿易關係，明朝給予足利幕府貿易憑證，即勘合，日本方麵憑勘合來中國進貢，進行貿易。明朝發展與日本的關係，主要是為了消除倭寇對中國沿海地區的侵擾，足利幕府也積極剿捕倭寇。在足利義滿死後，其子足利義持改變政策，雙方勘合貿易中斷，日本也不再剿捕倭寇，足利義滿時期稍有收斂的倭寇劫掠又在中國沿海一帶蔓延開來。
其後，在足利義教時期，中日勘合貿易又得以恢複。成化三年，即日本應仁元年(1467年)，日本進入了戰國時代，足利幕府衰弱，勘合貿易製度遭到破壞，一些守護大名為了爭得與明朝貿易的權力，搶奪勘合，沒有貿易勘合的大名便進行海盜活動，明嘉靖中葉以後，中日勘合貿易完全斷絕，倭寇侵擾日益嚴重。
明初，由於國力強盛，重視海軍、海運建設，因此倭寇未能釀成大患。正統以後，下西洋停止隨著明朝政治腐敗，海軍鬆弛，倭寇氣焰便日益囂張。正統四年(1439年)，倭寇侵擾浙江台州的桃渚村，殺人放火，掘墳挖墓，甚至把嬰兒束在竿上，用開水澆，看著嬰心啼哭，拍手笑樂。倭寇的罪行，給中國人民帶來了痛苦和災難。
至嘉靖時期，隨著東南沿海一帶商品經濟的進一步發展，對外貿易相當發達。沿海一帶私人經營的海上貿易也十分活躍。一些海商大賈、浙閩大姓為了牟取暴利，不顧朝廷的海禁命令，和“番舶夷商“相互販賣貨物，他們成群分黨，形成海上武裝走私集團，有的甚至亡命海外，勾結日本各島的倭寇，於沿海劫掠。這些海盜商人如王直、徐海等，與倭寇勾結，使得倭患愈演愈烈。同時一些明朝官僚也與這些寇盜建立了聯係。嘉靖二十七年(1548年)，明朝派朱紈巡撫浙江，兼提督福建軍務，朱紈到任後，封鎖海麵，擊殺了通倭的李光頭等96人。朱紈的海禁觸犯了通倭的官僚、豪富的利益，他們指使在朝的官僚攻擊朱紈擅殺，結果朱紈被迫自殺。從此，罷巡視大臣不設，朝中朝外，不敢再提海禁之事。倭寇更加猖獗起來。
古代倭寇主要分為元朝、明初----明朝中後期的前後兩期。前期(元初至明初)倭寇以日本的本國人為主，目的是為了報複征日的蒙朝聯軍的侵略和女真海盜的擄掠，主要是以日本軍隊的軍事報複為主;中後期(正德至萬曆)的倭寇基本上是中日混編隊，原因為明朝的閉關鎖國(海禁)政策和日本國內分裂動蕩。主要以中國沿海居民(海盜)和日本浪人為主，在巨大的經濟利益和豐碩的物質迴報促使中日兩國的冒險家鋌而走險。
明朝之前
蒙古入主中原後，元世祖忽必烈於至元十一年(公元1274年)、至元十八年兩次征討日本，雖然因種種原因最終失敗，但日本政府也因為恐懼元軍的再度進攻，加強海軍，日本在元朝時期不敢和中國來往。朝鮮史取對馬島、壹岐島、平戶島三地之名，稱為“三島倭寇“。清朝的徐繼畭所著“瀛環誌略“，以及朝鮮的安鼎福所著“東史綱目“，均指出倭寇的起因在於朝鮮人(高麗人)配合蒙古侵日行為所引發的報複。
後來日本進入南北朝的動亂狀態，倭寇的活動也由於政府管製力減弱而加劇。由於前期倭寇對於日本與明朝、高麗貿易造成破壞，初成立的明朝政府對日本南朝發出討伐倭寇的要求，隨後敕封討寇有功的南朝將軍“日本國王“的稱號。之後北朝室町幕府在南北朝合一後，由室町幕府將軍足利義滿再度進行討伐，隨後受封為新的“日本國王“。李氏朝鮮的開國君主李成桂因為討伐倭寇有功得到很大的聲望和勢力，後來進行政變取代高麗王朝建立朝鮮王朝。之後隨著明朝與日本間勘合貿易的盛行，以及對馬島與朝鮮之間的貿易開放，前期倭寇也逐漸式微。
前期的倭寇，是以日本人為主體，故被稱為“真倭“(以平戶藩鬆浦家為核心)。
明朝初年，移居南洋一帶的華僑迅速增加，其原因主要有二:一是張士誠、方國珍的殘餘勢力流落到南洋一帶，二是因為海禁嚴厲，私自出海的商民留居南洋不歸張士誠、方國珍原來都是鹽商，以在海上販鹽為業。元末農民大起義中，他們各自雄據一方，部從都達數十萬眾。他們的根據地在江浙沿海一帶，其部下也多是沿海人民，熟悉海上形勢。當張、方集團被朱元璋陸續攻滅後，其部下多逃亡海上，繼續與朱明王朝為敵。這種反明活動一再失敗，其餘部就散居南洋各地，成為華僑。他們有的到了日本，大多數是“借交趾、占城、闊婆、暹羅為逋藪明成祖即位後，聞知逃居東南海上的中國人很多，便特地發了一道詔令中國人逃匿在彼者，成赦前過，俾複本業但收效甚微。明初厲行海禁，嚴禁私人出海貿易。這是對宋元以來海外貿易持續發展的反動，遭到沿海人民的強烈反對。沿海人民以海為生，或漁或商，久成習慣。實行海禁，無疑等於斷絕了他們的生路。他們“不肯束手困窮，於是所在聯結為寇，潰裂以出“為了逃避明王朝的懲罰，他們便滯留海外不歸，從而成為華僑。這正如顧炎武所說:“永樂間......以小民衣食所賴，逐稍寬禁。“
明朝時，福建有不少武裝走私集團，或者是海盜。當中央政府進行鎮壓，他們在沿海待不住，就逃到台灣。鄭成功的父親鄭芝龍與顏思齊這兩個海盜就跑到台灣，在北港建立基地。管轄的居民中有漁民，也有大陸遷過去的其他漢人，大概有幾萬人。明朝的開國皇帝朱元璋有過“片板不許下海“的規定，但實際上，特別是當葡萄牙人、西班牙人、荷蘭人到達東南亞時，走私貿易就相當興盛，特別具有冒險精神的福建人就與他們貿易。福建地方政府眼開眼閉，因為商人每年交的錢可以補貼福建的財政開支，也可給地方官員發“獎金“。所以非但不管，還支持他們。如果朝廷下令清查，他們會通風報信，或者出動軍隊驅趕，海盜就會逃到外麵去。
順便講一下，明朝有倭寇，以前都稱倭寇為日本人對中國的侵略。其實，“倭寇“主要是福建以及沿海的走私商人或海盜，他們雇傭一些日本人打仗，地方官打不過他們，就報告朝廷，我們不是打不過，因為都是日本人，很厲害，所以就稱為倭寇。倭寇主體是中國人，首領是王直(一作汪直)，是徽商。所以主要是中國商人、武裝走私集團自己在騷擾，借了日本人的名義，不是日本侵略中國。他們當時與日本人的來往很密切，比如鄭成功的母親鄭芝龍太太就是日本人，鄭成功是中日混血兒。現在日本還有她的碑和墓。這些事實以前曆史書上講得實在太簡單，長期造成誤導。
明朝隨鄭和下“西洋“的鞏珍，圓國剛''寫了《西洋番國誌》一書，曾介紹他在印尼見聞:爪哇國的“杜板、番名賭班(tuban，在爪哇東部，華僑稱為廚閩)。此地約千餘家，中國廣東及漳州人多逃居於此……杜板向東行半日許至新村，番名革兒者(geresikgrisse，在爪哇東部，華僑稱為錦石)。此地原為枯灘，因中國人逃來，遂名新村……約千餘家……。新村向南行日許到蘇魯馬益港口，水淡沙淺，大舡難進，乘小舡行二十餘裏到蘇魯馬益……華僑稱為泅水，有村主，管番入千餘家，亦有中國人。“他到巨港時，也發現“國多廣。東、福建漳、泉人。“同鄭和、鞏珍等一齊下“西洋“的費信在《星槎勝覽》中，也記載許多華僑在馬來亞、馬六甲的情況:“滿刺加國……男女椎髻、身膚黑漆、問有白者、唐人種也。“《閩都記))記載明朝時福州華僑在馬六甲的情況:“明永樂時，福州商人……住麻喇國多年，聚番好生子“。《明史》上有關福建人到國外去的i己載也很多，如“呂宋(屬菲律賓)居南海巾，去漳州甚近……先是，閩人以其地近且饒富，商販者至數萬人，往往久居不返，''至長子孫。“。婆羅，又名文萊……鄭和使婆羅，有閩人從之，因留騰其地。“可見在明代，華僑在印尼、星馬和菲律賓一帶已形成村莊聚居，繁衍生息。“永樂在南洋設立舊港宣慰司、
正統九年(1444年)王驥上奏:“近邊牟利之徒，私載軍器諸物，潛入木邦、緬甸、車裏、八百諸處，結交土官人等，以易有無。至有教之治兵器、近女色、留家不歸者。漏我邊情，莫此為甚。以故邊患數生，致數年幹戈不息，軍民困弊。“因邊境貿易而生的製造武器之物以及製造武器技術的販賣進一步加劇了隱患。這種結果最終導致了明朝中南半島的土地三宣六慰全被緬甸宣慰司所吞，“雲南自此虛耗矣“。萬曆年間，雲南巡撫陳用賓下令“漢夷互市，則關外有市場，防弁及巡司主之。其犯銅鐵輸出之禁者，必誅無赦。“三宣六慰各土司多蓄有漢人為幕僚，以應付朝廷之計，其中不乏像嶽風這樣的“叛國“之徒。據《明史》載，風父祖江西撫州人，商於隴川，因投宣撫多士寧為記室，得多士寧信任，後鳩殺士寧，奪印投緬，受緬偽命。另有廣西人陳安者，初為郡吏，亡命入緬，應履信任之，署為丞相，教以侵掠疆土之計。這類人未見姓名者尚多，大都留居緬境不返。
嘉靖二十七年(1584年)朱紈派盧鏜攻破雙嶼港，許棟逃去，其部眾被殺很多，有些人則逃到了其他海島。後來，王直成了東南海上最大的海商頭目。嘉靖三十五年(1556年)三月，王直派徐海“擁眾十餘萬寇鬆江、嘉興諸郡這是武裝海商集團對明王朝海禁政策的公然反抗。明王朝不惜血本，從全國抽調兵力進行鎮壓，終於將這些海商集團鎮壓了下去。在這個過程中，有大批的沿海人民因私自出海不敢迴鄉，或因被明軍擊潰而流寓到南洋諸島。另一方麵，自正德以後，西方殖民者陸續來到南洋一帶和中國沿海。葡萄牙人最先來到東方。西方殖民者迫切希望得到中國絲綢、瓷器等物品，這吸引著越來越多的海商冒險私出。其中有些人長期不歸，成為華僑。同時，殖民者為了經營奪取的殖民地，需要大量熟練的勞動力，便在中國沿海掠賣人口。明中期以後，沿海群眾不斷有人無緣無故地失蹤，就是因為殖民者“拐掠城市之男婦人口“的結果。這與西方殖民者在非洲掠賣動力，便在中國沿海掠賣人口。明中期以後，沿海群眾不斷有人無緣無故地失蹤，就是因為殖民者“拐掠城市之男婦人口“的結果。這與西方殖民者在非洲掠賣黑奴具有同樣的性質，隻是規模較小。因此，在這期間流寓南洋一帶的華僑迅速增加。例如在淳泥華人多流寓其地。嘉靖末，閩、粵海寇遺孽逋逃至此，
據何喬遠《名山藏》雲:“南海人梁道明者，棄鄉裏往居之。閩、廣民從商者以千數，推道明為酋長，施進卿副之……廣東人陳祖義者，故有罪，亡人某國，久之，亦有眾“4。梁道明為海商，往南洋經商，“以千數“的從商者尊他為首領;海盜陳祖義，跟隨他的人不少，因而“亦有眾“，也是流寓華人的頭領。
“國人多是廣東、漳、泉州人逃居此地，人甚富饒，地土甚肥。……昔洪武年間，廣東人陳祖義等，全家逃於此處，充為頭目，甚是豪模，凡有經過客人船艘輒便劫奪財物。“
粵洋東莞海盜何亞八、鄭宗興夥同徽州商人王直、徐惟學及葉宗滿等興販津泥。繼後，閩、粵海盜多“逋逃“爪哇、舊港、{孛泥(大泥)、閣婆、交眥、占城、逞羅、柬埔寨和菲律賓等國家和地區，其中流寓津泥者人數最為眾多。
《明史·外國傳·渤泥篇》雲:“渤泥後名大泥，華人多流寓其地。嘉靖末，閩、粵海寇遺孽逋逃至此(即指林道乾等)，積二千餘人。“
《東西洋考》雲:““吉蘭丹，即渤泥之馬頭也，風俗同滓泥。嘉靖末，海寇餘眾，遁歸於此，生聚至二千餘人2。
所謂“嘉靖末，閩、粵海寇遺孽“係指廣東海盜張璉與林道乾的部眾(多為閩、粵人)。嘉靖末年，張璉海濱起義失敗，航海遁走南洋舊港。據《明史·三佛齊傳》雲:張璉作亂，官軍已報克獲。萬曆五年，商人詣舊港者，見璉列肆為蕃舶長，漳、泉人多附之，猶中國市舶官雲@。
“嘉靖末，廣東大盜張璉作亂，官軍已極克複。萬曆五年商人詣舊港(今印尼巨港)者，見璉列肆為蕃舶長，漳、泉人多附之。
嘉靖四十五年(公元1566年)，林道乾率領船隊到台灣北港，為俞大猷官兵追剿，即率船隊揚帆往南洋，航行途中抵達大昆侖島。這個海島屬康道耳群島，是中國與南洋往來必經之地，但處於危險海域，航海者“上怕七洲，下怕昆侖“的警語五。據史書記載，林道乾當年航海到達昆侖島時，曾經打算以它作為“海外扶餘“。此事，清人鬱永河在《海上紀略》中有詳細記敘:
林道乾，明季海寇，哨聚在鄭芝龍、劉香老前。圖據閩、粵不遂，又遍曆琉球、呂宋、暹羅、東京、交f9-諸國，無隙可乘。因過大昆侖，見其風景特異，欲留居之。其山最高且廣，四麵平壤沃土，五穀俱備，不種自生，中國草木無不有，百卉爛爛，四時皆春，但若空山無人。道乾率舟登山結茅，自謂海外扶餘，足以據土立國。奈龍出無時，風雨倏至，屋宇人民多為攝去;海舟又傾蕩不可泊，意其下必蛟龍窟宅，不可居，始棄去...…台灣有老人，經隨道乾至大昆侖者，尚得詳言之。
這則史料是跟隨林道乾至大昆侖的老人提供的，所說之事當確實可靠。海盜視海島為家，林道乾欲在大昆侖“據土立國“，是自然而然之舉，由於此島常遭颶風襲擊，造成人、船損失，故棄島而去。此位老人所講林道乾上大昆侖山的故事，引起鄭成功的重視與興趣，因而萌生“有卜居大昆侖之誌“。他“諮訪水程、風景甚悉。會病亡，不果行“1。
萬曆元年(公元1573年)初，林道乾率眾航海到柬埔寨。他到達柬埔寨時喜逢同鄉楊四，兩人即結“刎頸交“。楊四小時隨父到柬埔寨，父身故，當地一長老收養為子，長立為把水使。林道乾在楊四的幫助下晉謁寨主，受禮遇，命屬把水使翁十、蘇老和林十六等所部。過後，林道乾在柬埔寨人民及楊四等人的協助與掩護下，挫敗了明王朝官兵與安南國都統莫茂洽的搜捕行動。在暹羅，林道乾頗受禮待，國王與之“歃血為盟誓“，不準“漢使“入境追捕。
林鳳[19歲參加海上綠林泰老翁隊伍，後繼其業，以澎湖為基地，開拓海上貿易，最盛時轄艦300餘艘，人員4萬以上。隆慶元年(1567年)率部攻占惠來縣的神泉港。萬曆元年(1573年)屯南澳島的錢澳，十二月進攻澄海，大敗官兵。二年二月攻打潮州、惠來，四月攻入清瀾(今海南省文昌縣)，六月在廣東兵敗，退至福建沿海，十月遭福建總兵胡守仁官軍襲擊，轉移到魍洪(台灣)的雞籠(基隆)駐紮。十一月先後進攻潮陽踏頭埠(今汕頭市的達濠區)、饒平縣柘林、惠來縣靖海、陸豐縣碣石等廣東沿海港埠。明朝被迫集中水陸主力圍剿林鳳。林鳳以南澳島為根據地，相持不下，後曾修書議和求撫，廣東總兵殷正茂不予接納。為避官兵進剿，林鳳率戰艦62艘，5500餘人，揚帆向呂宋進發。當月二十九日抵達馬尼拉灣的馬裏斯。首次進攻馬尼拉獲勝，擊斃西班牙駐菲律賓總指揮戈尹特(maytlngoiti)。後在邦阿西楠省(panggsinan，prov.of)的林加延灣(lingayeng.)建立都城，自稱國王，與當地居民關係融洽。三年三月，西班牙派兵進攻林鳳，明朝政府乘機聯合圍攻。林鳳苦戰4個月，因糧械不繼，於八月四日，一夜之間，率40餘艘戰艦巧妙突圍，直抵台灣，後返潮州，出沒於柘林、靖海和碣石之間，船艦又增至150餘艘，勢力複振。後林鳳離開潮州，不知所終。
簡單來說，嘉靖大倭寇曾嚴重威脅到明朝經濟核心區江南蘇、鬆一帶的安全，“影響十分惡劣“，所以明廷相當重視此事，十幾年來一直堅持出兵，終於將其撲滅。之所以破壞力巨大，又因為此時的倭寇能夠同時掌握處於中、日兩國的資源，包括中國成員熟悉沿海水文地理、部分中國居民的支持、日本大名的默許、五島列島作為巢穴、日本武士作為精英戰力等等。至明中葉“雨嘯風嗥，幾無寧歲“，有江寇、虔寇、廣寇、漳寇、海寇、峒寇、佘寇、鹽寇，此起彼伏。《籌海圖編》在“敘寇源“部分，即追蹤倭寇來源時說:“今之海寇，動輒數萬，皆托言倭奴，而其實出於日本者不下數千，其餘皆中國之赤之無賴，孑人而附之耳。大略福建漳郡居其大半，而寧紹往往亦有之，夫豈盡倭也。“史籍《嘉靖東南平倭通錄》載:“蓋江南海警，倭居十三，而中國叛逆居十七也。“又如《吾學編》載:“大抵賊中皆華人，倭奴其十之一二。“
參與剿倭的將領王忬，也向皇帝報告:據他調查，“倭寇“頭領約有百餘人，其中“雄狡著名“者，都是本國之人，如“徽州王五峰(王直)、徐碧溪、徐明山，寧波毛海峰、徐元亮，漳州沈南山、李華山，泉州洪朝堅“等。2另一剿倭名將胡宗憲，根據實際調查，編寫了一本《籌海圖編》，其中列出十四股勢力最大的“倭寇“，其頭目同樣全部是中國人。3也就是說，在所謂的“倭寇“內部，中國人不但在人數上占了絕對優勢，也同時牢牢把握著領導權。
事實上，“倭寇“這種稱唿，在嘉靖年間已經產生了不小的爭議。身處抗倭第一線的基層將領萬表，就對從地方到中央都在“混言倭寇“的做法非常不滿，萬表說:海賊大頭目王直、徐碧溪的親屬子侄，都住在杭州等地，逍遙法外;王直等賊寇四處荼毒生靈，地方官卻每每上報說是“倭寇“進犯，真是自欺欺人。4浙江慈溪知縣薛應旗也說:稱唿海賊為“倭寇“，是中了海賊之計。海賊中雖有倭人，但“主謀響導“者仍是“中國之賊“，這些人假冒倭寇，藏匿身份，是為了保護自己的親戚族人不受牽連。5萬表感慨:杭州的店家，明知對方是海賊，仍然“任其堆貨，且為打點護送“地方百姓，對待賊寇，也“或送鮮貨，或饋酒米，或獻子女，絡繹不絕“時人記載，漳州一帶的假“倭寇“迴鄉，“皆雲做客迴，鄰居皆來相賀“。6南京刑部尚書王世貞的說法最誇張:“自節帥而有司，一身之外皆寇也“--除了督撫將帥，所有人都是賊寇。
明朝官員多把放開海禁作為解決倭寇的問題的辦法，這當然有一定道理，卻不能說倭寇本身就是為了謀求開放海禁;實際上厲行海禁的朱紈在1549年被免職後，就沒人在總體上厲行過海禁;且1550年明廷就應浙江巡按董鹹之請放鬆了海禁。抗倭期間明軍表現出的狼狽，說明他們本不可能實行真正的嚴禁。即是1567年隆慶開海後，也禁止華人直接出海去日本。在開海後，倭寇並沒有馬上消失，在廣東等地零星活動，但勢頭越來越弱。當時南海海盜頭目曾一本也和倭寇有合作，但並不緊密。中國海域上的海盜，此後多轉以台灣、南洋等地為巢穴。且由於日本的豐臣、德川政權相繼控製了九州，也嚴禁當地武士出海為寇。故倭寇此後就基本消失了。
倭寇現象當然和海禁有關，但與其說是不開禁導致倭寇，倒不如說是在長期的明禁實鬆的貿易政策下，明朝政府既不願意也無能力，去規範海上秩序，形成了沿海豪族、商人和日本武士相互勾結成海商集團，而不同集團為了壟斷利益又發展武裝、互相火並的局麵。這些人既然已經擁有了武力，而明朝海防又脆弱不堪，那麽劫掠沿海地區就是順手而為的事情了。把倭寇和海禁進行單線的聯係，是一種近乎天真的曆史解釋。說到底，沒有鞏固的海防作為前提，無論開禁還是嚴禁，都不可能是有效的治倭政策。先剿倭寇，再開海禁，雖然很難說是明廷有完善計劃的行動，但不失為穩健的策略。
假倭寇南上坑害中國沿海，南下掠奪商船據島為國王，這種短期內看似威風但長期看卻損害了華人利益。沿海海盜對母國沿海農民內卷化的內鬥導致海外華人被傷害時沒有母國支持。看似在當地被殖民者許予高官後祿到最後變成了高級韭菜害華族損失慘重。西方殖民主義者在南洋群島奴役當地土著居民的同時，也迫害華僑。《明史》載明萬曆三十一年(公元1603年)西班牙殖民者在菲律賓大肆屠殺華僑，先後死者二萬五千人。“《泉州府誌》對此慘案也有記載:“(萬曆)三十一年……是年泉商販呂宋者數萬人，盡為所殺。“