卻說愛新覺羅·玄燁即位，改元康熙，由四位輔政大臣，盡心佐理，首擬肅清宮禁，將內官十三衙門，盡行革去。
十三衙門，是清順治十一年（1654年）由宦官吳良輔等建議，仿明朝體例二十四衙門而設立的。作為內廷機構，為皇帝及其家族服務，在宮廷內侍奉皇室及其家族，以宦官為主管。其下即：司禮監、禦用監、禦馬監、內官監（宣徽院）、尚衣監、尚膳監、尚寶監（尚寶司）、司設監、尚方監（尚方院）、惜薪司、鍾鼓司（禮儀監、禮儀院）、兵杖局、織染局（經局）。
清順治十八年（1661年），吳良輔等伏誅，裁撤十三衙門，另由上三旗包衣組設內務府，改尚膳監為采捕衙門，改惜薪司為內工部，又改禦用監為廣儲司，宣徽院為會稽司，禮儀院為掌儀司，尚方院為慎刑司，采捕衙門為都虞司，內工部為營造司，又自掌儀司分出慶豐司，總稱司，宦官之權皆歸內務府。
康熙元年（1662年），平西王吳三桂、定西將軍愛星阿擒殺永曆帝朱由榔。康熙特降殊旨，另吳三桂晉爵親王，兼轄貴州，鎮守如故，命愛星阿即日班師。李定國聽聞朱由榔被吳三桂絞殺的消息，慟哭並命人為永曆帝發喪，李定國披發徒跣，號誦搶地，兩目皆血淚，後死於猛臘。臨終前還囑咐兒子及部下：“寧可死到荒郊野外，也不可投降。”
至此，清朝西陲無遺患，獨東南尚有張煌言、鄭成功。張煌言隱居南田島，隨從隻有數人，明知大勢已去，無能為力，隻是忠心未泯，還與台灣常通音信，屢促成功進兵，不料鄭成功突然病逝於台灣，致使抗清鬥爭形勢更為嚴峻。
張煌言則轉戰於寧海臨門村一帶。這時，清廷浙江總督趙廷臣趁張煌言義軍處境艱難之際，寫信招降，張煌言不為所動，並迴信拒絕。十一月，魯王朱以海薨於金門。於是，張煌言隻得轉戰於寧海縣臨門村一帶，還師臨門，更使張煌言感慨萬千。
清廷浙江總督趙廷臣再次寫信招降，張煌言扔不為所動，義軍此時雖多次奮戰，然孤懸海上，被迫孤軍作戰，日漸勢單力薄。為此有人提議將義軍隊伍拉上雞籠島駐紮，張煌言認為此議不可行，雞籠小島，四麵環海，易攻難守，若遭致清軍突襲有全軍覆沒的危險。
康熙三年（1664年）六月，張煌言見複明無望，在南田的懸嶴島解散義軍，隱居海島不出。七月十七日，清軍通過叛徒找到張煌言隱居地，夜半渡島，張煌言同部屬羅子木侍僮楊冠玉等人被執，九月七日，張煌言被清軍殺害於杭州弼教坊。當他赴刑場時，大義凜然，麵無懼色，抬頭舉目望見吳山，歎息說：“大好江山，可惜淪於腥膻！”臨刑時，他拒絕跪而受戮，“坐而受刃”，時年僅四十五歲。監斬官見楊冠玉年幼，有心為他開脫。楊冠玉卻斷然拒絕道：“張公為國，死於忠；我願為張公，死於義。要殺便殺，不必多言。”言罷跪在張煌言麵前引頸受刑。
這時候，鎮守閩地的耿繼茂，複與閩督李率泰，水師提督施琅，借了荷蘭國夾板船數艘，攻克金、廈二島，複名思明州為廈門。鄭軍退保台灣，由成功子經據守台地，仍奉永曆正朔，效節海外。
八齡天子，坐享承平，修文偃武，隻洪承疇、範文程等一班勳臣，先後於康熙四年（1665年）、康熙五年（1666年）逝世，朝綱國計，統歸輔政四大臣管理。
四大臣中，索尼是四朝元老，資格最優，人品亦頗公正。遏必隆、蘇克薩哈勳望較卑，凡事俱聽索尼主裁。獨這鼇拜隨征四方，自恃功高，橫行無忌，連索尼都不在眼中，他想把索尼諸人，一一除掉，趁著皇帝衝幼，獨攬大權，因此暗中設法，先從蘇克薩哈下手。
鼇拜與蘇克薩哈的對壘，問題集中在鑲黃旗與正白旗圈換土地上。蘇克薩哈是正白旗人，鼇拜乃鑲黃旗人，順治初年，睿親王多爾袞曾把鑲黃旗應得之地，給與正白旗，別給鑲黃旗右翼地，旗民安居樂業，已二十多年。
然康熙五年正月，鼇拜執意更換旗地，在社會上激起了軒然大波。蘇克薩哈力阻，大學士、戶部尚書蘇納海，直隸、山東、河南三省總督朱昌祚，巡撫王登聯皆言不可為。鼇拜惱羞成怒，利用職權將蘇納海、朱昌祚、王登聯下獄議罪。玄燁特召輔臣詢問。鼇拜請將蘇納海等置重典，索尼、遏必隆不能爭，獨蘇克薩哈緘默不語。康熙帝猶在遲疑，鼇拜即向禦座前，檢出片紙，提起禦用的朱筆，寫著：“蘇納海、朱昌祚、王登聯，不遵上命，著即處斬”十七個大字，匆匆徑出。索尼等亦隨了出來。鼇拜就將矯旨付與刑部，刑部安敢怠慢，即提到蘇納海、朱昌祚、王登聯三人，綁出市曹，一概梟首。
鼇拜也時常講述蘇克薩哈壞話，在資格最老的大臣索尼旁挑撥離間，因此很多人不想相信大臣蘇克薩哈，因此鼇拜也日益驕恣，漸漸日增排擠蘇克薩哈。
康熙六年（1667）六月，索尼病死。索尼雖然在生前未能遏製鼇拜的勢力，不過他臨死前的一個動作卻造成解決鼇拜問題的良好轉機。這年，康熙帝玄燁已年滿14歲。索尼上書請小皇帝遵循先帝順治14歲親政的先例，開始親政。
七月，康熙親政，加恩輔臣，仍命佐理政務。皇帝已經親政，卻又無法應對鼇拜的威脅，蘇克薩哈便上疏請求解除輔臣之任，願往遵化守護順治陵寢。
這個舉動別有意味，那就是既然蘇克薩哈已經卸任（此時他已經排名第一），那麽鼇拜、遏必隆兩人按理也應辭職。這一招觸及到鼇拜的要害，可鼇拜卻不想就這樣退出政治舞台。於是鼇拜給蘇克薩哈羅織了心懷奸詐、久蓄異誌、欺藐幼主、不願歸政等24款罪名，提出應處淩遲、族誅之刑。並擬將蘇克薩哈與長子查克旦磔死，餘下子孫處斬，籍沒家產。
康熙帝玄燁洞見鼇拜等素怨蘇克薩哈，積以成仇，而不準奏。鼇拜攘臂上前，強奏累日，再次矯旨，剪除蘇克薩哈，為他全麵擅權掃清道路。
至此，索尼已故，蘇克薩哈被殺，四大輔臣隻剩下一個無足輕重的遏必隆，鼇拜更加肆無忌憚，為所欲為。雖然康熙已經親政，但鼇拜並不想歸政於他。
十三衙門，是清順治十一年（1654年）由宦官吳良輔等建議，仿明朝體例二十四衙門而設立的。作為內廷機構，為皇帝及其家族服務，在宮廷內侍奉皇室及其家族，以宦官為主管。其下即：司禮監、禦用監、禦馬監、內官監（宣徽院）、尚衣監、尚膳監、尚寶監（尚寶司）、司設監、尚方監（尚方院）、惜薪司、鍾鼓司（禮儀監、禮儀院）、兵杖局、織染局（經局）。
清順治十八年（1661年），吳良輔等伏誅，裁撤十三衙門，另由上三旗包衣組設內務府，改尚膳監為采捕衙門，改惜薪司為內工部，又改禦用監為廣儲司，宣徽院為會稽司，禮儀院為掌儀司，尚方院為慎刑司，采捕衙門為都虞司，內工部為營造司，又自掌儀司分出慶豐司，總稱司，宦官之權皆歸內務府。
康熙元年（1662年），平西王吳三桂、定西將軍愛星阿擒殺永曆帝朱由榔。康熙特降殊旨，另吳三桂晉爵親王，兼轄貴州，鎮守如故，命愛星阿即日班師。李定國聽聞朱由榔被吳三桂絞殺的消息，慟哭並命人為永曆帝發喪，李定國披發徒跣，號誦搶地，兩目皆血淚，後死於猛臘。臨終前還囑咐兒子及部下：“寧可死到荒郊野外，也不可投降。”
至此，清朝西陲無遺患，獨東南尚有張煌言、鄭成功。張煌言隱居南田島，隨從隻有數人，明知大勢已去，無能為力，隻是忠心未泯，還與台灣常通音信，屢促成功進兵，不料鄭成功突然病逝於台灣，致使抗清鬥爭形勢更為嚴峻。
張煌言則轉戰於寧海臨門村一帶。這時，清廷浙江總督趙廷臣趁張煌言義軍處境艱難之際，寫信招降，張煌言不為所動，並迴信拒絕。十一月，魯王朱以海薨於金門。於是，張煌言隻得轉戰於寧海縣臨門村一帶，還師臨門，更使張煌言感慨萬千。
清廷浙江總督趙廷臣再次寫信招降，張煌言扔不為所動，義軍此時雖多次奮戰，然孤懸海上，被迫孤軍作戰，日漸勢單力薄。為此有人提議將義軍隊伍拉上雞籠島駐紮，張煌言認為此議不可行，雞籠小島，四麵環海，易攻難守，若遭致清軍突襲有全軍覆沒的危險。
康熙三年（1664年）六月，張煌言見複明無望，在南田的懸嶴島解散義軍，隱居海島不出。七月十七日，清軍通過叛徒找到張煌言隱居地，夜半渡島，張煌言同部屬羅子木侍僮楊冠玉等人被執，九月七日，張煌言被清軍殺害於杭州弼教坊。當他赴刑場時，大義凜然，麵無懼色，抬頭舉目望見吳山，歎息說：“大好江山，可惜淪於腥膻！”臨刑時，他拒絕跪而受戮，“坐而受刃”，時年僅四十五歲。監斬官見楊冠玉年幼，有心為他開脫。楊冠玉卻斷然拒絕道：“張公為國，死於忠；我願為張公，死於義。要殺便殺，不必多言。”言罷跪在張煌言麵前引頸受刑。
這時候，鎮守閩地的耿繼茂，複與閩督李率泰，水師提督施琅，借了荷蘭國夾板船數艘，攻克金、廈二島，複名思明州為廈門。鄭軍退保台灣，由成功子經據守台地，仍奉永曆正朔，效節海外。
八齡天子，坐享承平，修文偃武，隻洪承疇、範文程等一班勳臣，先後於康熙四年（1665年）、康熙五年（1666年）逝世，朝綱國計，統歸輔政四大臣管理。
四大臣中，索尼是四朝元老，資格最優，人品亦頗公正。遏必隆、蘇克薩哈勳望較卑，凡事俱聽索尼主裁。獨這鼇拜隨征四方，自恃功高，橫行無忌，連索尼都不在眼中，他想把索尼諸人，一一除掉，趁著皇帝衝幼，獨攬大權，因此暗中設法，先從蘇克薩哈下手。
鼇拜與蘇克薩哈的對壘，問題集中在鑲黃旗與正白旗圈換土地上。蘇克薩哈是正白旗人，鼇拜乃鑲黃旗人，順治初年，睿親王多爾袞曾把鑲黃旗應得之地，給與正白旗，別給鑲黃旗右翼地，旗民安居樂業，已二十多年。
然康熙五年正月，鼇拜執意更換旗地，在社會上激起了軒然大波。蘇克薩哈力阻，大學士、戶部尚書蘇納海，直隸、山東、河南三省總督朱昌祚，巡撫王登聯皆言不可為。鼇拜惱羞成怒，利用職權將蘇納海、朱昌祚、王登聯下獄議罪。玄燁特召輔臣詢問。鼇拜請將蘇納海等置重典，索尼、遏必隆不能爭，獨蘇克薩哈緘默不語。康熙帝猶在遲疑，鼇拜即向禦座前，檢出片紙，提起禦用的朱筆，寫著：“蘇納海、朱昌祚、王登聯，不遵上命，著即處斬”十七個大字，匆匆徑出。索尼等亦隨了出來。鼇拜就將矯旨付與刑部，刑部安敢怠慢，即提到蘇納海、朱昌祚、王登聯三人，綁出市曹，一概梟首。
鼇拜也時常講述蘇克薩哈壞話，在資格最老的大臣索尼旁挑撥離間，因此很多人不想相信大臣蘇克薩哈，因此鼇拜也日益驕恣，漸漸日增排擠蘇克薩哈。
康熙六年（1667）六月，索尼病死。索尼雖然在生前未能遏製鼇拜的勢力，不過他臨死前的一個動作卻造成解決鼇拜問題的良好轉機。這年，康熙帝玄燁已年滿14歲。索尼上書請小皇帝遵循先帝順治14歲親政的先例，開始親政。
七月，康熙親政，加恩輔臣，仍命佐理政務。皇帝已經親政，卻又無法應對鼇拜的威脅，蘇克薩哈便上疏請求解除輔臣之任，願往遵化守護順治陵寢。
這個舉動別有意味，那就是既然蘇克薩哈已經卸任（此時他已經排名第一），那麽鼇拜、遏必隆兩人按理也應辭職。這一招觸及到鼇拜的要害，可鼇拜卻不想就這樣退出政治舞台。於是鼇拜給蘇克薩哈羅織了心懷奸詐、久蓄異誌、欺藐幼主、不願歸政等24款罪名，提出應處淩遲、族誅之刑。並擬將蘇克薩哈與長子查克旦磔死，餘下子孫處斬，籍沒家產。
康熙帝玄燁洞見鼇拜等素怨蘇克薩哈，積以成仇，而不準奏。鼇拜攘臂上前，強奏累日，再次矯旨，剪除蘇克薩哈，為他全麵擅權掃清道路。
至此，索尼已故，蘇克薩哈被殺，四大輔臣隻剩下一個無足輕重的遏必隆，鼇拜更加肆無忌憚，為所欲為。雖然康熙已經親政，但鼇拜並不想歸政於他。