順治四年、明永曆元年（1647年）二月，朱由榔在桂林聞報平樂被襲，李成棟大軍直指桂林，甚是恐慌。
剛好劉承胤兵至全州，上奏疏迎駕至武岡，司禮監太監王坤也請朱由榔去劉承胤的軍營。瞿式耜反複勸說，甚至痛哭流涕，朱由榔也不聽。臨走時，要瞿式耜一起走。瞿式耜說：”皇上要我一起走，是對我關心，但我負有保衛桂林的責任，就是為它犧牲，也心甘情願。”自請留守桂林。朱由榔升任其為文淵閣大學士，兼兵部尚書，賜劍，便宜從事，又命麾下焦璉為總兵，助瞿式耜守城，自己於王坤等去了全州劉承胤部。
第二天清兵突然襲擊桂林，攻入文昌門。瞿式耜沉著指揮，依靠焦璉、白貴、白玉等部隊奮勇廝殺，與清兵連戰兩晝夜，李成棟所率清兵全麵潰退。第二天傍晚，又直搗清營，把清兵殺得落花流水，棄甲而逃，明軍追趕數十裏才迴。
瞿式耜又命焦璉收複平樂、梧州，遣人至朱由榔處報捷。
此時朱由榔已至全州，鎮將劉承胤開城出迎，起初還算恪守君臣之禮，後來漸漸跋扈。斥責王坤弄權，逐出全州，當眾毆打兵科給事中劉堯珍，因為他們取笑太仆卿鄭逢元，而鄭逢元是劉承胤的親戚。
劉承胤揚言清兵將至，瞿式耜已降清，迫朱由榔徙武岡，進封武岡侯。劉承胤又請封錦衣指揮馬吉翔、郭承昊、嚴雲從皆為伯爵，推舉自己的親戚鄭逢元為兵部右侍郎。以劉遠生為太仆寺卿、劉湘客為右諭德、主事劉真為禦史、萃士劉魯生為編修；四人皆以劉姓與承胤為兄弟，故皆得到提拔。劉承胤自恃兵盛，挾製朝廷，驕橫日甚。群臣畏其剛暴，爭著向他諂媚來保護自己的地位，交文章頌功德，乃封吳國公加上柱國，賜尚方劍、蟒玉督師。
朱由榔不堪脅迫，密遣人求救於何騰蛟。劉承胤本為何騰蛟部將，現在卻挾天子令諸侯，何騰蛟聞之甚怒。但此時清廷正命孔有德為平南大將軍，偕耿仲明、尚可喜等，進兵湖南。何騰蛟麾下的鎮將，或遁或亡，連何騰蛟也不能抵禦，自長沙走衡州。
長沙、湘陰一同失陷，清兵進攻衡州，何騰蛟又自衡州奔向永州，但又被清兵追逼。六月何騰蛟奔至白牙市，又接到朱由榔密函，命令他到武岡除掉劉承胤。何騰蛟於是前去拜見朱由榔，朱由榔和王太後都召見了他。朱由榔與他密議良久，怎奈何騰蛟隻赤手空拳，沒有能力可除劉承胤。適趙印選、胡一青兩將從贛州到武岡，朱由榔乃命二將隸屬騰蛟，密令後圖。
何騰蛟領命，辭還白牙，途中被劉承胤黨羽圍住，虧得趙、胡兩人率兵前來，護其殺出重圍。既還白牙市，聞瞿式耜戰勝桂林，便前往桂林瞿式耜處。
剛至桂林，又聞清軍攻克武岡，劉承胤投降，何騰蛟、瞿式耜免不得一番驚惶著急。探得朱由榔先逃往靖州，後來又到了柳州。當時常德、寶慶已經丟掉了，永州也再次陷落。
何、瞿二人乃聯名奏請還駕。至朱由榔已迴桂林，即開了一番會議，命湘粵諸將分路出守，互相接應。
剛好劉承胤兵至全州，上奏疏迎駕至武岡，司禮監太監王坤也請朱由榔去劉承胤的軍營。瞿式耜反複勸說，甚至痛哭流涕，朱由榔也不聽。臨走時，要瞿式耜一起走。瞿式耜說：”皇上要我一起走，是對我關心，但我負有保衛桂林的責任，就是為它犧牲，也心甘情願。”自請留守桂林。朱由榔升任其為文淵閣大學士，兼兵部尚書，賜劍，便宜從事，又命麾下焦璉為總兵，助瞿式耜守城，自己於王坤等去了全州劉承胤部。
第二天清兵突然襲擊桂林，攻入文昌門。瞿式耜沉著指揮，依靠焦璉、白貴、白玉等部隊奮勇廝殺，與清兵連戰兩晝夜，李成棟所率清兵全麵潰退。第二天傍晚，又直搗清營，把清兵殺得落花流水，棄甲而逃，明軍追趕數十裏才迴。
瞿式耜又命焦璉收複平樂、梧州，遣人至朱由榔處報捷。
此時朱由榔已至全州，鎮將劉承胤開城出迎，起初還算恪守君臣之禮，後來漸漸跋扈。斥責王坤弄權，逐出全州，當眾毆打兵科給事中劉堯珍，因為他們取笑太仆卿鄭逢元，而鄭逢元是劉承胤的親戚。
劉承胤揚言清兵將至，瞿式耜已降清，迫朱由榔徙武岡，進封武岡侯。劉承胤又請封錦衣指揮馬吉翔、郭承昊、嚴雲從皆為伯爵，推舉自己的親戚鄭逢元為兵部右侍郎。以劉遠生為太仆寺卿、劉湘客為右諭德、主事劉真為禦史、萃士劉魯生為編修；四人皆以劉姓與承胤為兄弟，故皆得到提拔。劉承胤自恃兵盛，挾製朝廷，驕橫日甚。群臣畏其剛暴，爭著向他諂媚來保護自己的地位，交文章頌功德，乃封吳國公加上柱國，賜尚方劍、蟒玉督師。
朱由榔不堪脅迫，密遣人求救於何騰蛟。劉承胤本為何騰蛟部將，現在卻挾天子令諸侯，何騰蛟聞之甚怒。但此時清廷正命孔有德為平南大將軍，偕耿仲明、尚可喜等，進兵湖南。何騰蛟麾下的鎮將，或遁或亡，連何騰蛟也不能抵禦，自長沙走衡州。
長沙、湘陰一同失陷，清兵進攻衡州，何騰蛟又自衡州奔向永州，但又被清兵追逼。六月何騰蛟奔至白牙市，又接到朱由榔密函，命令他到武岡除掉劉承胤。何騰蛟於是前去拜見朱由榔，朱由榔和王太後都召見了他。朱由榔與他密議良久，怎奈何騰蛟隻赤手空拳，沒有能力可除劉承胤。適趙印選、胡一青兩將從贛州到武岡，朱由榔乃命二將隸屬騰蛟，密令後圖。
何騰蛟領命，辭還白牙，途中被劉承胤黨羽圍住，虧得趙、胡兩人率兵前來，護其殺出重圍。既還白牙市，聞瞿式耜戰勝桂林，便前往桂林瞿式耜處。
剛至桂林，又聞清軍攻克武岡，劉承胤投降，何騰蛟、瞿式耜免不得一番驚惶著急。探得朱由榔先逃往靖州，後來又到了柳州。當時常德、寶慶已經丟掉了，永州也再次陷落。
何、瞿二人乃聯名奏請還駕。至朱由榔已迴桂林，即開了一番會議，命湘粵諸將分路出守，互相接應。