卻說揚州被清兵攻入，警報傳至南京，馬士英急遣總兵鄭鴻逵，副使楊文聰，率師堵截江上。
這鄭楊兩人，都屬於馬黨。二人率師堵截江上，鄭鴻逵隔江亂放炮彈，清軍佯敗，以大筏置燈火於江中。楊文聰直向妻兄馬士英報捷。是夜清兵乘夜，渡江而來。待明營驚醒，清兵已經殺入，鄭楊二人不知所措，隻得率兵逃走。楊文聰逃至蘇州，清軍派降臣黃家鼒勸降，楊文聰將其斬首。再退至處州（浙江麗水市），大募義軍。而鄭鴻逵則退往杭州，清兵遂進陷鎮江。
那時弘光皇帝恰羅列美女，飲酒取樂，至鎮江失守的信息，報入宮中，他還擁著美人，不住的飲酒。次日，又有太監入報，清兵自丹陽句容向南京襲來，至是弘光帝方有些著急，連喚奈何。太監道：“現聞黃得功屯兵蕪湖，請皇上趕緊前去，叫他保駕才好。”弘光帝朱由崧忙收拾行裝，連夜率內官四五十人騎馬出通濟門。
天亮後百官入朝，見宮女、內臣、皆逃奔西華門外，方知朱由崧已出逃。馬士英忙入宮中，見太後皇後，正在著忙，哭得似淚人兒一般。馬士英遂命侍衛備駕出宮，自與阮大铖率親兵數千名，挾了太後皇後等，匆匆逃去。南京市民亦救北來太子出獄。
弘光元年、順治二年（1645年）五月十五日，多鐸率清兵進入南京，魏國公徐文爵、保國公朱國弼、靈璧侯湯國祚、定遠侯鄧文鬱，及尚書錢謙益、大臣趙之龍、大學士王鐸、都禦史唐世濟等人剃發降清。
休息一天，多鐸又遣貝勒尼堪，貝子屯齊，進兵蕪湖，追擒弘光帝。適遇明將劉良佐率兵來降。尼堪令為前驅，直達蕪湖江口。
此時江北四鎮豪傑被殺，劉澤清、劉良佐降清，隻剩了一個黃得功，他前時奉命去攻左良玉，而左病死於九江舟中，其子左夢庚敗走，黃得功遂迴屯蕪湖。忽見弘光帝狼狽奔到，他尚對京城變故一無所知。當知道自己的“天子門生”是張皇失措，棄都而來時。內心不勝感慨，但仍然決定以死報國，對這位新君效忠到底。
不數日，清兵已到江口，得功戎裝披掛，執了佩刀，坐下小舟，督部下渡江迎戰。遙聞對岸有人大叫道：“黃將軍何不早降？”
黃得功視之，乃劉良佐，不覺怒叱道：“汝乃甘心降敵麽？”
言未畢，忽有一箭射來，正中喉間左偏，鮮血直噴，黃得功痛極，拔去箭鏃抽刀自殺。總兵田雄，見得功已死，起了壞心，與馬得功、丘鉞、張傑、黃名、陳獻策衝上禦舟，劫持弘光帝，複令兵士縛住弘光愛妃，送至對岸，獻入清營。尼堪命將弘光帝及愛妃，推入囚車，解至南京。
至南京，豫王多鐸命去鎖鏈，以紅繩捆綁。五月二十五日，朱由崧乘無幔小轎入南京聚寶門，頭蒙緇素帕，身衣藍布袍，以油扇掩麵，兩妃乘驢隨後，夾路百姓唾罵，有投瓦礫者。多鐸在靈璧侯府設宴，命朱由崧居於北來太子之下。宴罷，拘弘光帝於江寧縣署。可憐這位風流天子，隻享了一年豔福，到此身為俘虜。至1646年四月九日，有人向攝政王多爾袞進言，稱在京居住的故明衡王、荊王欲起兵反清。五月，弘光帝與潞王朱常淓、荊王朱慈煃、德王朱由櫟、衡王朱由棷和“太子”王之明等十七人被斬首於菜市口（一說朱由崧以弓弦勒斃），年僅四十歲。朱由崧王妃黃氏之弟黃鹽梅購得棺木，與黃妃合葬於河南孟津縣東山頭村。
江南已定，範文程、洪承疇等，撰頌詞，修賀表，又有一番忙碌，過了數日，又有捷報傳來，是英親王阿濟格，報稱追逐李自成，戰無不勝，後李自成遁至武昌，入九宮山，被村民斫斃，獲住賊叔及妻妾，並死黨左光先、劉宗敏等，俱審實正法了，一代闖王至此潦草落幕。
李自成原名鴻基，小字黃來兒，又字棗兒，萬曆三十四年（1606年）出生，世居陝西榆林米脂李繼遷寨。童年時給地主牧羊，曾為銀川驛卒。
崇禎二年（1629年）起義，先是參加了王左掛的農民軍。當年後金第一次入塞，北京震動，大將袁崇煥被崇禎帝淩遲處死。崇禎三年王佐掛被明廷招降，李自成轉投奔張存孟（不沾泥），擔任隊長一職。
崇禎四年（1631年）四月，張存孟在陝北戰敗降明。十月，洪承疇正式接任三邊總督，大力圍剿農民軍。李自成遂於崇禎六年（1633年）率餘部東渡黃河，在山西投奔了他的舅父闖王高迎祥，稱“闖將”。同年，曹文詔率千餘關寧軍擊敗山西境內的農民軍，高迎祥、李自成、張獻忠等均逃到河南之後被曹文詔、左良玉等多路明軍包圍。
然而，崇禎七年（1634年），後金軍第二次入塞，曹文詔被調到大同抗金，被圍農民軍從王樸處突圍。是年六月，新任五省總督陳奇瑜乃引軍西向，約會陝西、鄖陽、湖廣、河南四巡撫圍剿漢南農民軍。高迎祥、張獻忠、羅汝才、李自成等部見明軍雲集，誤入興安車箱峽，峽穀之中為古棧道，四麵山勢險峻，易入難出，唯一出口為明軍所截，再次情勢危殆之際，李自成用顧君恩之計，賄賂陳奇瑜左右人士，向官兵詐降。陳奇瑜釋放李自成等人，派五十多名安撫官，將農民軍遣送迴籍。剛出棧道，李自成立刻殺安撫官。
崇禎八年（1635年），洪承疇任五省總督後圍剿民軍，農民軍退到河南洛陽一帶。此時十三家七十二營起義軍在河南滎陽召開滎陽大會，包括高迎祥、張獻忠、老迴迴、羅汝才、革裏眼、左金王、改世王、射塌天、橫天王、混十萬、過天星、九條龍、順天王等。李自成提出“分兵定向、四路攻戰”方略。會後李自成與高迎祥、張獻忠率部攻下南直隸鳳陽，掘明皇室的祖墳，焚毀朱元璋曾經出家的“皇覺寺”，殺宦官六十多人，斬中都守將朱國相。因爭奪鳳陽皇宮的俘虜小太監和鼓吹樂器，李自成與張獻忠結怨，李自成分軍西走甘肅。
崇禎九年(1636年)，高迎祥被新任五省總督盧象升擊敗，包圍在鄖[yun]陽山區（隸屬於湖北省十堰市）。高迎祥欲率軍出漢中，謀攻西安。行至黑水峪（今陝西周至縣黑河水庫），遭到陝西巡撫孫傳庭伏擊，兵敗受俘而死。高迎祥犧牲後，其殘部投奔李自成，李自成便被推為“闖王”，繼續征戰四川、甘肅、陝西一帶。
崇禎十年（1637年），楊嗣昌會兵10萬，增餉280萬，提出“四正六隅，十麵張網”策略，限製農民軍的流動性，各個擊破，最後殲滅。此舉在兩年內頗見成效。張獻忠兵敗降明，李自成在渭南潼關南原遭遇洪承疇、孫傳庭的埋伏被擊潰，帶著劉宗敏等殘部17人躲到陝西東南的商洛山中。
崇禎十一年（1638年）八月，清兵從青口山（今河北遷安市東北）、牆子嶺（今北京密雲東北）兩路毀牆入關，發動了第四次入關作戰。楊嗣昌為貫徹其“安內方可攘外”的戰略，力主與清議和，但遭到宣大總督、勤王兵總指揮盧象升等人的激烈反對。崇禎和戰不定，盧象升在河北巨鹿戰死。清兵撤退後，孫傳庭、洪承疇等人均被調往遼東防範清軍，李自成在山中得以喘息。駐紮在富水關南的生龍寨，並於當年冬天娶妻生子。
崇禎十二年（1639年），張獻忠在穀城（位於湖北襄樊）再次反叛明廷，李自成從商洛山中率數千人馬殺出。崇禎十三年（1640年），李自成趁明軍主力在四川追剿張獻忠之際入河南，收留饑民，開倉而賑饑民。“遠近饑民荷鋤而往，應之者如流水，日夜不絕，一唿百萬，而其勢燎原不可撲”。自此，李自成軍隊發展到數萬，提出“均田免賦”口號，即民歌之“迎闖王，不納糧”。
崇禎十四年（1641年）正月二十日，李自成攻克洛陽，殺萬曆皇帝的兒子福王朱常洵，從後園弄出幾頭鹿，與福王的肉一起共煮，名為“福祿宴”，與將士們共享。同時，李自成沒收福王府中金銀財貨和大批糧食、物資，發布告示大賑饑民。之後，在一年半之內，三圍省城開封未果，最後一次崇禎十五年（1642年）黃河決堤衝毀開封。先後殺死陝西總督傅宗龍、汪喬年。十月，在河南郟縣敗明陝西巡撫孫傳庭。
崇禎十六年（1643年）正月，李自成攻下承天，被舉為“奉天倡義文武大元帥”。三月，李自成改襄陽為襄京，稱“新順王”，同月，殺與之合軍的農民領袖羅汝才和革左五營的賀一龍。四月，殺叛將袁時中。五月，張獻忠克武昌建立“大西”政權。十月，李自成攻破潼關，斬殺明將孫傳庭，占領陝西全省。
1644年，崇禎十七年、大順永昌元一月，李自成在西安稱帝，定都西安，建國號“大順”，改元“永昌”。封功臣以五等爵。四月二十五日，攻入紫禁城。
時至1645年，清軍分水陸兩路突然來襲，李自成倉促棄武昌向東南進發。四月，清軍在湖北陽新、江西九江接連大敗大順軍，切斷其東下去路。李自成見東下已無可能，便掉頭向西南進軍，準備穿過江西轉入湖南。五月初，大順軍到達湖北通城九宮山麓時，李自成率輕騎20餘人登山探路，被當地民兵武裝薑大眼殺死，屍首秘密埋葬，李自成戰死後，農民軍悲怒交集，立即掃蕩九宮山區，對當地民眾予以報複性打擊。大順軍餘部稱李自成為先帝，其妻高氏為太後，李錦推舉李自成三弟李自敬為首領，至此一代梟雄落幕。
又過了數日，豫親王多鐸報稱，安慶、寧國、常州、蘇州、鬆江各府，統已降順，別遣貝勒博洛，及新授援浙閩總督張存仁，南下杭州去了。此時佳音迭至，喜氣盈廷，皇太後吉特氏，及攝政王多爾袞，統喜歡得了不得。兩人複私下商議，南征西討諸將帥，在外多時，應召他迴朝休養，再作後圖。遂令英親王阿濟格、豫親王多鐸奏凱還朝。
這鄭楊兩人，都屬於馬黨。二人率師堵截江上，鄭鴻逵隔江亂放炮彈，清軍佯敗，以大筏置燈火於江中。楊文聰直向妻兄馬士英報捷。是夜清兵乘夜，渡江而來。待明營驚醒，清兵已經殺入，鄭楊二人不知所措，隻得率兵逃走。楊文聰逃至蘇州，清軍派降臣黃家鼒勸降，楊文聰將其斬首。再退至處州（浙江麗水市），大募義軍。而鄭鴻逵則退往杭州，清兵遂進陷鎮江。
那時弘光皇帝恰羅列美女，飲酒取樂，至鎮江失守的信息，報入宮中，他還擁著美人，不住的飲酒。次日，又有太監入報，清兵自丹陽句容向南京襲來，至是弘光帝方有些著急，連喚奈何。太監道：“現聞黃得功屯兵蕪湖，請皇上趕緊前去，叫他保駕才好。”弘光帝朱由崧忙收拾行裝，連夜率內官四五十人騎馬出通濟門。
天亮後百官入朝，見宮女、內臣、皆逃奔西華門外，方知朱由崧已出逃。馬士英忙入宮中，見太後皇後，正在著忙，哭得似淚人兒一般。馬士英遂命侍衛備駕出宮，自與阮大铖率親兵數千名，挾了太後皇後等，匆匆逃去。南京市民亦救北來太子出獄。
弘光元年、順治二年（1645年）五月十五日，多鐸率清兵進入南京，魏國公徐文爵、保國公朱國弼、靈璧侯湯國祚、定遠侯鄧文鬱，及尚書錢謙益、大臣趙之龍、大學士王鐸、都禦史唐世濟等人剃發降清。
休息一天，多鐸又遣貝勒尼堪，貝子屯齊，進兵蕪湖，追擒弘光帝。適遇明將劉良佐率兵來降。尼堪令為前驅，直達蕪湖江口。
此時江北四鎮豪傑被殺，劉澤清、劉良佐降清，隻剩了一個黃得功，他前時奉命去攻左良玉，而左病死於九江舟中，其子左夢庚敗走，黃得功遂迴屯蕪湖。忽見弘光帝狼狽奔到，他尚對京城變故一無所知。當知道自己的“天子門生”是張皇失措，棄都而來時。內心不勝感慨，但仍然決定以死報國，對這位新君效忠到底。
不數日，清兵已到江口，得功戎裝披掛，執了佩刀，坐下小舟，督部下渡江迎戰。遙聞對岸有人大叫道：“黃將軍何不早降？”
黃得功視之，乃劉良佐，不覺怒叱道：“汝乃甘心降敵麽？”
言未畢，忽有一箭射來，正中喉間左偏，鮮血直噴，黃得功痛極，拔去箭鏃抽刀自殺。總兵田雄，見得功已死，起了壞心，與馬得功、丘鉞、張傑、黃名、陳獻策衝上禦舟，劫持弘光帝，複令兵士縛住弘光愛妃，送至對岸，獻入清營。尼堪命將弘光帝及愛妃，推入囚車，解至南京。
至南京，豫王多鐸命去鎖鏈，以紅繩捆綁。五月二十五日，朱由崧乘無幔小轎入南京聚寶門，頭蒙緇素帕，身衣藍布袍，以油扇掩麵，兩妃乘驢隨後，夾路百姓唾罵，有投瓦礫者。多鐸在靈璧侯府設宴，命朱由崧居於北來太子之下。宴罷，拘弘光帝於江寧縣署。可憐這位風流天子，隻享了一年豔福，到此身為俘虜。至1646年四月九日，有人向攝政王多爾袞進言，稱在京居住的故明衡王、荊王欲起兵反清。五月，弘光帝與潞王朱常淓、荊王朱慈煃、德王朱由櫟、衡王朱由棷和“太子”王之明等十七人被斬首於菜市口（一說朱由崧以弓弦勒斃），年僅四十歲。朱由崧王妃黃氏之弟黃鹽梅購得棺木，與黃妃合葬於河南孟津縣東山頭村。
江南已定，範文程、洪承疇等，撰頌詞，修賀表，又有一番忙碌，過了數日，又有捷報傳來，是英親王阿濟格，報稱追逐李自成，戰無不勝，後李自成遁至武昌，入九宮山，被村民斫斃，獲住賊叔及妻妾，並死黨左光先、劉宗敏等，俱審實正法了，一代闖王至此潦草落幕。
李自成原名鴻基，小字黃來兒，又字棗兒，萬曆三十四年（1606年）出生，世居陝西榆林米脂李繼遷寨。童年時給地主牧羊，曾為銀川驛卒。
崇禎二年（1629年）起義，先是參加了王左掛的農民軍。當年後金第一次入塞，北京震動，大將袁崇煥被崇禎帝淩遲處死。崇禎三年王佐掛被明廷招降，李自成轉投奔張存孟（不沾泥），擔任隊長一職。
崇禎四年（1631年）四月，張存孟在陝北戰敗降明。十月，洪承疇正式接任三邊總督，大力圍剿農民軍。李自成遂於崇禎六年（1633年）率餘部東渡黃河，在山西投奔了他的舅父闖王高迎祥，稱“闖將”。同年，曹文詔率千餘關寧軍擊敗山西境內的農民軍，高迎祥、李自成、張獻忠等均逃到河南之後被曹文詔、左良玉等多路明軍包圍。
然而，崇禎七年（1634年），後金軍第二次入塞，曹文詔被調到大同抗金，被圍農民軍從王樸處突圍。是年六月，新任五省總督陳奇瑜乃引軍西向，約會陝西、鄖陽、湖廣、河南四巡撫圍剿漢南農民軍。高迎祥、張獻忠、羅汝才、李自成等部見明軍雲集，誤入興安車箱峽，峽穀之中為古棧道，四麵山勢險峻，易入難出，唯一出口為明軍所截，再次情勢危殆之際，李自成用顧君恩之計，賄賂陳奇瑜左右人士，向官兵詐降。陳奇瑜釋放李自成等人，派五十多名安撫官，將農民軍遣送迴籍。剛出棧道，李自成立刻殺安撫官。
崇禎八年（1635年），洪承疇任五省總督後圍剿民軍，農民軍退到河南洛陽一帶。此時十三家七十二營起義軍在河南滎陽召開滎陽大會，包括高迎祥、張獻忠、老迴迴、羅汝才、革裏眼、左金王、改世王、射塌天、橫天王、混十萬、過天星、九條龍、順天王等。李自成提出“分兵定向、四路攻戰”方略。會後李自成與高迎祥、張獻忠率部攻下南直隸鳳陽，掘明皇室的祖墳，焚毀朱元璋曾經出家的“皇覺寺”，殺宦官六十多人，斬中都守將朱國相。因爭奪鳳陽皇宮的俘虜小太監和鼓吹樂器，李自成與張獻忠結怨，李自成分軍西走甘肅。
崇禎九年(1636年)，高迎祥被新任五省總督盧象升擊敗，包圍在鄖[yun]陽山區（隸屬於湖北省十堰市）。高迎祥欲率軍出漢中，謀攻西安。行至黑水峪（今陝西周至縣黑河水庫），遭到陝西巡撫孫傳庭伏擊，兵敗受俘而死。高迎祥犧牲後，其殘部投奔李自成，李自成便被推為“闖王”，繼續征戰四川、甘肅、陝西一帶。
崇禎十年（1637年），楊嗣昌會兵10萬，增餉280萬，提出“四正六隅，十麵張網”策略，限製農民軍的流動性，各個擊破，最後殲滅。此舉在兩年內頗見成效。張獻忠兵敗降明，李自成在渭南潼關南原遭遇洪承疇、孫傳庭的埋伏被擊潰，帶著劉宗敏等殘部17人躲到陝西東南的商洛山中。
崇禎十一年（1638年）八月，清兵從青口山（今河北遷安市東北）、牆子嶺（今北京密雲東北）兩路毀牆入關，發動了第四次入關作戰。楊嗣昌為貫徹其“安內方可攘外”的戰略，力主與清議和，但遭到宣大總督、勤王兵總指揮盧象升等人的激烈反對。崇禎和戰不定，盧象升在河北巨鹿戰死。清兵撤退後，孫傳庭、洪承疇等人均被調往遼東防範清軍，李自成在山中得以喘息。駐紮在富水關南的生龍寨，並於當年冬天娶妻生子。
崇禎十二年（1639年），張獻忠在穀城（位於湖北襄樊）再次反叛明廷，李自成從商洛山中率數千人馬殺出。崇禎十三年（1640年），李自成趁明軍主力在四川追剿張獻忠之際入河南，收留饑民，開倉而賑饑民。“遠近饑民荷鋤而往，應之者如流水，日夜不絕，一唿百萬，而其勢燎原不可撲”。自此，李自成軍隊發展到數萬，提出“均田免賦”口號，即民歌之“迎闖王，不納糧”。
崇禎十四年（1641年）正月二十日，李自成攻克洛陽，殺萬曆皇帝的兒子福王朱常洵，從後園弄出幾頭鹿，與福王的肉一起共煮，名為“福祿宴”，與將士們共享。同時，李自成沒收福王府中金銀財貨和大批糧食、物資，發布告示大賑饑民。之後，在一年半之內，三圍省城開封未果，最後一次崇禎十五年（1642年）黃河決堤衝毀開封。先後殺死陝西總督傅宗龍、汪喬年。十月，在河南郟縣敗明陝西巡撫孫傳庭。
崇禎十六年（1643年）正月，李自成攻下承天，被舉為“奉天倡義文武大元帥”。三月，李自成改襄陽為襄京，稱“新順王”，同月，殺與之合軍的農民領袖羅汝才和革左五營的賀一龍。四月，殺叛將袁時中。五月，張獻忠克武昌建立“大西”政權。十月，李自成攻破潼關，斬殺明將孫傳庭，占領陝西全省。
1644年，崇禎十七年、大順永昌元一月，李自成在西安稱帝，定都西安，建國號“大順”，改元“永昌”。封功臣以五等爵。四月二十五日，攻入紫禁城。
時至1645年，清軍分水陸兩路突然來襲，李自成倉促棄武昌向東南進發。四月，清軍在湖北陽新、江西九江接連大敗大順軍，切斷其東下去路。李自成見東下已無可能，便掉頭向西南進軍，準備穿過江西轉入湖南。五月初，大順軍到達湖北通城九宮山麓時，李自成率輕騎20餘人登山探路，被當地民兵武裝薑大眼殺死，屍首秘密埋葬，李自成戰死後，農民軍悲怒交集，立即掃蕩九宮山區，對當地民眾予以報複性打擊。大順軍餘部稱李自成為先帝，其妻高氏為太後，李錦推舉李自成三弟李自敬為首領，至此一代梟雄落幕。
又過了數日，豫親王多鐸報稱，安慶、寧國、常州、蘇州、鬆江各府，統已降順，別遣貝勒博洛，及新授援浙閩總督張存仁，南下杭州去了。此時佳音迭至，喜氣盈廷，皇太後吉特氏，及攝政王多爾袞，統喜歡得了不得。兩人複私下商議，南征西討諸將帥，在外多時，應召他迴朝休養，再作後圖。遂令英親王阿濟格、豫親王多鐸奏凱還朝。