第二階段為穩定操練時期。時間從1896年8月到1898年5月。這時期自強軍駐紮吳淞，為全軍最興盛時期。吳淞地處上海海口，此處原駐有江南防營盛字軍。為了駐紮自強軍，劉坤一專門撥款修築營房，並令原吳淞駐軍移紮獅子林炮台，騰出營地操場，資自強軍訓練。自強軍各營於5月間先後從江寧抵達吳淞，分營駐紮。其時房屋尚未建成，除步隊一、五營之外，其餘各營都隻好臨時支搭帳棚居住，到8月上旬，房屋建造方告完竣。
自強軍安頓以後，開始了正規的軍事操練。為了督操方便，將步隊8營分為左右兩翼，每翼4營，由洋營官斯忒老和柏登高森統帶（後由南爾都福接替斯忒老）。士兵們開始了緊張的訓練，每天幾乎“無一刻之偷閑”。步隊使用的武器是1888年新式小口徑雙筒毛瑟槍，炮隊2營使用武器分別是克虜卜八生的後膛鋼炮及英國麥克信七生的半後膛鋼炮各6尊。馬隊操練器具主要是長矛，炮隊馬隊士兵則都備有新式小口徑雙筒馬槍。1897年5月1日，自強軍在吳淞舉行閱操，邀請了駐滬各國領事、水陸團練各將弁共170餘人觀看。閱畢，上海的西文報刊評論說：“此軍人人體氣強壯，槍械整潔”，步隊“聽其扳機作勢之聲則千人一律，及裝藥放響則初次不齊，二、三次較佳”；炮隊鋼炮“皆精利之器，光潔絕倫，……炮手之技洵稱敏捷”；馬隊“操亦甚精，進退徐疾，皆如人意”。連當時江蘇巡撫趙舒翹視察自強軍時，對其“行軍陣法”，也發出“江南諸軍無如自強軍”的感嘆。國內輿論更對自強軍“士軀之精壯，戎衣之整潔，槍械之新煉，手足之靈捷，步伐之敏肅，紀律之嚴謹”，讚嘆不已。大閱操的成功，使自強軍名聲大振，令中外人士有耳目一新之感。
1897年2月，鑑於士兵操練已基本嫻熟，自強軍又在駐地辦起練將學堂，練將學堂分派洋將4人充任教習，輪流教授槍法、步法、測繪、戰學四門課程。每日集華副營官哨官赴堂聽課，以4個月為期。4個月之後，又接辦了練弁學堂，由自強軍中選派排長入堂學習，練習行軍、偵探、測繪等技藝。這些學堂的開辦，使自強軍營哨排長各級將弁得到了輪訓。
是年9月，自強軍移駐吳淞訓練已有年餘，按張之洞創軍之原意：“俟成軍半年以後，操練已有規模，即行推廣加練，酌增人數一倍，統以增至萬人為止。”但是限於財力，劉坤一無力再擴大自強軍。於是便出現了調防分練之議。即將自強軍調防江陰，調江陰合字營來吳淞自強軍駐地，與原駐吳淞的盛字營一起由自強軍派洋將弁教練，而自強軍僅留洋將2員隨往江陰教練。此議原意很明顯，一可不增餉項，達到多練新軍之目的。二可將自強軍中的洋將權力削弱。三可避免自強軍與防軍因餉項厚薄而產生矛盾。但調防分練的主張，很快引起洋統領來春石泰的反對，他上書劉坤一說：“歐洲強國用兵最精，而訓練率限以三年，未有一年成勁旅者”，他認為今自強軍雖較諸防營為佳，但比較歐洲之兵，則如初涉藩籬，未窺堂奧，並且僅令2洋將隨往江陰接練，限於能力，對操練必有不利。而且自強軍名聲已著，駐紮吳淞可扼守要隘，隱維大局，關係非輕。來春石泰的反對使劉坤一改變了調防分練的主張。同年9月27日劉坤一作出自強軍仍駐吳淞接續訓練的決定。隻令自強軍就近教習盛字軍。不久，自強軍派出洋將3員前往盛字軍，教習洋操。
是年11月2日，來春石泰上了要求補練工程隊的條陳。11月13日，劉坤一批示決定工程隊由江寧陸軍學堂開辦，自強軍不必籌建。這樣自強軍的營製上正式取消了工程隊1營的編製。自強軍的編製，在移駐吳淤前共為11營，額設士兵共2580人。自沈敦和總理營務處時起，因點驗剔退，先後斥革逃逸，自強軍共缺額240餘名。雖屢經招募選補，但從未足額，加上洋將又慮新舊摻雜，操練難期合法，因此常積缺額百餘名或數十名不等。1898年2月，因洋統帶來春石泰的合同期將滿解職，自強軍兵額始一律補足。
自強軍中的德國軍官，都訂有3年合同，自1895年應募到華之日起，到1898年的3月至9月將先後期滿。為了作好交接工作，1898年3月劉坤一派長江水師提督黃少春，前皖南鎮總兵署江南提督李占椿，兩江營務處道員楊慕璿前往吳淞校閱自強軍。閱畢，他們向劉坤一報告說：“調閱馬步炮隊各營軍容壯盛，隊伍整齊，陣法進退有方，槍炮施放靈捷，倘遇有事可期得力”。為此劉坤一上奏請獎來春石泰二等第三寶星，洋營官齊百凱等6員給三等第一寶星，其餘16員洋哨官獎給銀牌。鑑於來春石泰將於4月11日合同期滿，委李占椿接統自強軍，其它洋營官哨官均俟期滿派員接帶。
1897年後，列強在中國劃分勢力範圍，瓜分危機日盛，英國又提出要以長江流域為其勢力範圍，因此長江流域的防守成為重心。負有守土之責的劉坤一，基於“以江寧江蘇論，則江陰係兩處門戶，若論大局，則鎮江乃上遊七省咽喉，且為南北關鍵。”作出了重點扼守江陰、鎮江的決定。由於前時來春石泰的反對，自強軍未能移駐江陰，來春石泰期滿辭退後，1898年5月，由新任自強軍統帶江南提督李占椿帶軍移駐江陰，以便與鎮江上遊諸軍相互聯絡，自強軍加入了江防行列。
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自強軍安頓以後，開始了正規的軍事操練。為了督操方便，將步隊8營分為左右兩翼，每翼4營，由洋營官斯忒老和柏登高森統帶（後由南爾都福接替斯忒老）。士兵們開始了緊張的訓練，每天幾乎“無一刻之偷閑”。步隊使用的武器是1888年新式小口徑雙筒毛瑟槍，炮隊2營使用武器分別是克虜卜八生的後膛鋼炮及英國麥克信七生的半後膛鋼炮各6尊。馬隊操練器具主要是長矛，炮隊馬隊士兵則都備有新式小口徑雙筒馬槍。1897年5月1日，自強軍在吳淞舉行閱操，邀請了駐滬各國領事、水陸團練各將弁共170餘人觀看。閱畢，上海的西文報刊評論說：“此軍人人體氣強壯，槍械整潔”，步隊“聽其扳機作勢之聲則千人一律，及裝藥放響則初次不齊，二、三次較佳”；炮隊鋼炮“皆精利之器，光潔絕倫，……炮手之技洵稱敏捷”；馬隊“操亦甚精，進退徐疾，皆如人意”。連當時江蘇巡撫趙舒翹視察自強軍時，對其“行軍陣法”，也發出“江南諸軍無如自強軍”的感嘆。國內輿論更對自強軍“士軀之精壯，戎衣之整潔，槍械之新煉，手足之靈捷，步伐之敏肅，紀律之嚴謹”，讚嘆不已。大閱操的成功，使自強軍名聲大振，令中外人士有耳目一新之感。
1897年2月，鑑於士兵操練已基本嫻熟，自強軍又在駐地辦起練將學堂，練將學堂分派洋將4人充任教習，輪流教授槍法、步法、測繪、戰學四門課程。每日集華副營官哨官赴堂聽課，以4個月為期。4個月之後，又接辦了練弁學堂，由自強軍中選派排長入堂學習，練習行軍、偵探、測繪等技藝。這些學堂的開辦，使自強軍營哨排長各級將弁得到了輪訓。
是年9月，自強軍移駐吳淞訓練已有年餘，按張之洞創軍之原意：“俟成軍半年以後，操練已有規模，即行推廣加練，酌增人數一倍，統以增至萬人為止。”但是限於財力，劉坤一無力再擴大自強軍。於是便出現了調防分練之議。即將自強軍調防江陰，調江陰合字營來吳淞自強軍駐地，與原駐吳淞的盛字營一起由自強軍派洋將弁教練，而自強軍僅留洋將2員隨往江陰教練。此議原意很明顯，一可不增餉項，達到多練新軍之目的。二可將自強軍中的洋將權力削弱。三可避免自強軍與防軍因餉項厚薄而產生矛盾。但調防分練的主張，很快引起洋統領來春石泰的反對，他上書劉坤一說：“歐洲強國用兵最精，而訓練率限以三年，未有一年成勁旅者”，他認為今自強軍雖較諸防營為佳，但比較歐洲之兵，則如初涉藩籬，未窺堂奧，並且僅令2洋將隨往江陰接練，限於能力，對操練必有不利。而且自強軍名聲已著，駐紮吳淞可扼守要隘，隱維大局，關係非輕。來春石泰的反對使劉坤一改變了調防分練的主張。同年9月27日劉坤一作出自強軍仍駐吳淞接續訓練的決定。隻令自強軍就近教習盛字軍。不久，自強軍派出洋將3員前往盛字軍，教習洋操。
是年11月2日，來春石泰上了要求補練工程隊的條陳。11月13日，劉坤一批示決定工程隊由江寧陸軍學堂開辦，自強軍不必籌建。這樣自強軍的營製上正式取消了工程隊1營的編製。自強軍的編製，在移駐吳淤前共為11營，額設士兵共2580人。自沈敦和總理營務處時起，因點驗剔退，先後斥革逃逸，自強軍共缺額240餘名。雖屢經招募選補，但從未足額，加上洋將又慮新舊摻雜，操練難期合法，因此常積缺額百餘名或數十名不等。1898年2月，因洋統帶來春石泰的合同期將滿解職，自強軍兵額始一律補足。
自強軍中的德國軍官，都訂有3年合同，自1895年應募到華之日起，到1898年的3月至9月將先後期滿。為了作好交接工作，1898年3月劉坤一派長江水師提督黃少春，前皖南鎮總兵署江南提督李占椿，兩江營務處道員楊慕璿前往吳淞校閱自強軍。閱畢，他們向劉坤一報告說：“調閱馬步炮隊各營軍容壯盛，隊伍整齊，陣法進退有方，槍炮施放靈捷，倘遇有事可期得力”。為此劉坤一上奏請獎來春石泰二等第三寶星，洋營官齊百凱等6員給三等第一寶星，其餘16員洋哨官獎給銀牌。鑑於來春石泰將於4月11日合同期滿，委李占椿接統自強軍，其它洋營官哨官均俟期滿派員接帶。
1897年後，列強在中國劃分勢力範圍，瓜分危機日盛，英國又提出要以長江流域為其勢力範圍，因此長江流域的防守成為重心。負有守土之責的劉坤一，基於“以江寧江蘇論，則江陰係兩處門戶，若論大局，則鎮江乃上遊七省咽喉，且為南北關鍵。”作出了重點扼守江陰、鎮江的決定。由於前時來春石泰的反對，自強軍未能移駐江陰，來春石泰期滿辭退後，1898年5月，由新任自強軍統帶江南提督李占椿帶軍移駐江陰，以便與鎮江上遊諸軍相互聯絡，自強軍加入了江防行列。
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