1242年，他發動了打擊塞薩洛尼基的戰鬥，當時這個城市由約翰依靠其父親塞奧多利·安苴利的支持進行統治，後者也已經被亞森二世釋放。正當他快速順利進軍，快要接近這個西希臘帝國的首都時，小亞細亞的蒙古人發動了進攻，迫使他撤軍，並訂立和約。這次戰爭雖然提前中斷，但是，它產生的後果卻並非沒有重要意義。西方希臘帝國正式允諾撤出與占優勢地位的尼西亞帝國的任何對抗，塞薩洛尼基皇帝交出了其帝國的印璽，同意接受瓦塔基斯授予他的專製君主稱號。[57]
蒙古入侵使整個東方帝國和近東地區警覺起來。俄羅斯屈從於入侵者，在兩個多世紀期間服從韃靼人統治，後者在伏爾加河和頓河下遊支流地區建立了所謂的“金帳汗國”。波蘭、西裏西亞、波希米亞、摩拉維亞、匈牙利和整個多瑙河盆地，都遭到入侵和蹂躪，韃靼人一直挺進到亞得裏亞海海濱。他們在經過巴爾幹半島的撤退途中，洗劫了南斯拉夫各國，迫使保加利亞人支付貢金。與此同時，他們以空前強大的猛烈攻勢侵入近東地區。尼西亞帝國的東方近鄰伊科尼烏姆蘇丹國和特拉比仲德小帝國的生存受到威脅，尼西亞帝國也擔憂自身的安危。為了對付共同的威脅，約翰·杜卡斯·瓦塔基斯於1243年與伊科尼烏姆蘇丹國訂立同盟。[58]但是，小亞細亞地區的其他小國根本沒有力量抵抗這個敵人，其勢力從太平洋伸延到了中歐。特拉比仲德皇帝在被蒙古人徹底擊潰後成為其附庸臣屬國，甚至伊科尼烏姆蘇丹也不得不繳納貢金。特拉比仲德帝國和伊科尼烏姆蘇丹國必須履行這些條件，以維持其悲慘的存在，而蒙古人則離開小亞細亞地區進行更重要的軍事擴張。尼西亞帝國沒有受到傷害，甚至還從其東方鄰居的衰弱中獲得了極大的好處。
約翰·杜卡斯·瓦塔基斯能夠於1246年再度將其注意力轉移到巴爾幹半島，以少量有限的兵力戰勝保加利亞人和希臘西部帝國。巴爾幹半島昔日勢力最強大的保加利亞王國此時成為韃靼人的臣屬國，當時由亞森二世尚在少年的兒子統治，處於絕望的境地。1246年，這個12歲的孩子克羅曼（koloman，1241～1246年在位）突然去世，由其更小的異母弟弟米哈伊爾（mi插el，1246～1256年在位）繼位，這隻能使局勢更加混亂和惡化。瓦塔基斯乘機奪迴約翰·亞森二世早先從西希臘帝國奪取的領土，而未遭遇任何抵抗，從而使其勢力擴張到色雷斯地區，並沿伸到馬利卡河上遊支流地區和瓦爾達河流域的馬其頓地區。
而後，他以同樣迅速的成功轉向塞薩洛尼基，這個城市當時由瞎子塞奧多利的後人統治著，他隻不過是在搖搖欲墜的皇帝寶座上勉強維持的傀儡。1246年12月，瓦塔基斯在勢力強大的反對派支持下，未遇抵抗地進入塞薩洛尼基，他們正焦急地盼望他的到來。塞奧多利·安苴利的帝國先被剝奪了權力而後被取消了帝國稱號，最終消失殆盡。塞奧多利本人被賞賜了沃德納附近一處莊園作為補償，其子迪米特裏這位塞薩洛尼基帝國末代統治者（1244～1246年在位）則作為戰俘被押往小亞細亞。後來，安德羅尼庫斯·帕列奧列格作為尼西亞帝國歐洲領土的總督駐紮在塞薩洛尼基。他的兒子，後來的皇帝曼努埃爾·帕列奧列格則統領塞裏斯和邁爾尼克。以前作為西部希臘政權中心的伊庇魯斯也在大約10年前脫離了塞薩洛尼基，隻有塞薩利也在米哈伊爾一世·安苴利的私生子專製君主米哈伊爾二世統治下保持獨立。為了避免事態複雜化，瓦塔基斯與米哈伊爾二世（mi插el ii）訂立友好條約，並於1249年將自己的孫女瑪利亞許配給米哈伊爾的兒子和繼承人尼基弗魯斯。但是在難以駕禦的塞奧多利·安苴利不甘寂寞精神的影響下，米哈伊爾放棄了聯盟，出兵占領了尼西亞帝國在馬其頓地區的多座要塞。隨後發生的軍事衝突變得對他不利，他被迫在拉利沙接受了尼西亞皇帝特使起草的強製性和約。根據該和約，他不得不放棄新近占領的各個城鎮，並將之歸還給尼西亞皇帝，而且還應於1252年交出他從保加利亞人那裏奪取的馬其頓西部地區，以及阿爾巴尼亞的克羅加。他還被迫將自己的兒子尼基弗魯斯作為人質交給瓦塔基斯。[59]塞奧多利·安苴利也被交出來，後者在尼西亞監獄中度過了其狂亂的餘生。
約翰·杜卡斯·瓦塔基斯還積極地與教皇和德國皇帝這兩個西方強權進行接洽，他與13世紀最偉大的君主弗雷德裏克二世·霍亨斯陶芬（frederick ii hohenstaufen）的關係極為密切。當時，後者恰好與教皇發生衝突，而他本人則與拉丁帝國較量，兩位君主找到了共同立場，最終訂立了聯盟。該同盟由於約翰·瓦塔基斯和弗雷德裏克二世的妹妹康斯坦斯（constance）的婚姻得到強化，當時，其第一位妻子伊琳尼·拉斯卡利斯已經去世。弗雷德裏克二世在致約翰·瓦塔基斯的信中表達出對希臘人誠摯的同情和欽佩，他寫到：“這個所謂的高級教士（指教皇）極力誹謗汙衊希臘人為異端，但是事實上，希臘人將基督的信仰傳播到地球的各個角落”。[60]這個聯盟並未產生出任何具體的結果，但是，它毫無疑問擴大了尼西亞帝國的威望。
圖57 三聯畫像牙雕，描繪了基督接受施洗者約翰和聖母瑪利亞祈禱的場景，其他人物為使徒、教父和殉教者。獻詞銘文提到皇帝君士坦丁，大概是君士坦丁七世委託製作了這一作品 如同這個時期幾乎所有的拜占廷皇帝一樣，約翰·瓦塔基斯也與羅馬教會談判尋求教會統一。作為基本的條件，他要求教皇勸降拉丁帝國。開始，這次談判像以前歷次涉及教會統一的談判一樣毫無結果，且由於希臘皇帝和弗雷德裏克二世之間的相互了解而變得複雜化。但是，後者去世後，在教皇英諾森四世（innocent iv）時期，統一教會的談判出現了更有利的轉機。作為一個頭腦清晰且有洞察力的政治家，英諾森四世不能不認識到與日益崛起的尼西亞帝國合作，將比繼續與垂死的拉丁帝國合作會獲得更大的迴報。正像希臘皇帝準備犧牲掉其教會的獨立以贏得恢復君士坦丁堡一樣，教皇也準備拋棄拉丁帝國以獲得與希臘教會的統一。[61]雙方似乎比以前任何時候都更加接近達成協議，但是他們再度未能邁出這最後一步。事實上，已經不再需要以影響如此巨大的讓步來贏得羅馬的支持了。君士坦丁堡的拉丁帝國氣數已盡，其滅亡之日已經屈指可數，因為瓦塔基斯恢復博斯普魯斯海峽上的拜占廷帝國的最後勝利隻是個遲早的問題。
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蒙古入侵使整個東方帝國和近東地區警覺起來。俄羅斯屈從於入侵者，在兩個多世紀期間服從韃靼人統治，後者在伏爾加河和頓河下遊支流地區建立了所謂的“金帳汗國”。波蘭、西裏西亞、波希米亞、摩拉維亞、匈牙利和整個多瑙河盆地，都遭到入侵和蹂躪，韃靼人一直挺進到亞得裏亞海海濱。他們在經過巴爾幹半島的撤退途中，洗劫了南斯拉夫各國，迫使保加利亞人支付貢金。與此同時，他們以空前強大的猛烈攻勢侵入近東地區。尼西亞帝國的東方近鄰伊科尼烏姆蘇丹國和特拉比仲德小帝國的生存受到威脅，尼西亞帝國也擔憂自身的安危。為了對付共同的威脅，約翰·杜卡斯·瓦塔基斯於1243年與伊科尼烏姆蘇丹國訂立同盟。[58]但是，小亞細亞地區的其他小國根本沒有力量抵抗這個敵人，其勢力從太平洋伸延到了中歐。特拉比仲德皇帝在被蒙古人徹底擊潰後成為其附庸臣屬國，甚至伊科尼烏姆蘇丹也不得不繳納貢金。特拉比仲德帝國和伊科尼烏姆蘇丹國必須履行這些條件，以維持其悲慘的存在，而蒙古人則離開小亞細亞地區進行更重要的軍事擴張。尼西亞帝國沒有受到傷害，甚至還從其東方鄰居的衰弱中獲得了極大的好處。
約翰·杜卡斯·瓦塔基斯能夠於1246年再度將其注意力轉移到巴爾幹半島，以少量有限的兵力戰勝保加利亞人和希臘西部帝國。巴爾幹半島昔日勢力最強大的保加利亞王國此時成為韃靼人的臣屬國，當時由亞森二世尚在少年的兒子統治，處於絕望的境地。1246年，這個12歲的孩子克羅曼（koloman，1241～1246年在位）突然去世，由其更小的異母弟弟米哈伊爾（mi插el，1246～1256年在位）繼位，這隻能使局勢更加混亂和惡化。瓦塔基斯乘機奪迴約翰·亞森二世早先從西希臘帝國奪取的領土，而未遭遇任何抵抗，從而使其勢力擴張到色雷斯地區，並沿伸到馬利卡河上遊支流地區和瓦爾達河流域的馬其頓地區。
而後，他以同樣迅速的成功轉向塞薩洛尼基，這個城市當時由瞎子塞奧多利的後人統治著，他隻不過是在搖搖欲墜的皇帝寶座上勉強維持的傀儡。1246年12月，瓦塔基斯在勢力強大的反對派支持下，未遇抵抗地進入塞薩洛尼基，他們正焦急地盼望他的到來。塞奧多利·安苴利的帝國先被剝奪了權力而後被取消了帝國稱號，最終消失殆盡。塞奧多利本人被賞賜了沃德納附近一處莊園作為補償，其子迪米特裏這位塞薩洛尼基帝國末代統治者（1244～1246年在位）則作為戰俘被押往小亞細亞。後來，安德羅尼庫斯·帕列奧列格作為尼西亞帝國歐洲領土的總督駐紮在塞薩洛尼基。他的兒子，後來的皇帝曼努埃爾·帕列奧列格則統領塞裏斯和邁爾尼克。以前作為西部希臘政權中心的伊庇魯斯也在大約10年前脫離了塞薩洛尼基，隻有塞薩利也在米哈伊爾一世·安苴利的私生子專製君主米哈伊爾二世統治下保持獨立。為了避免事態複雜化，瓦塔基斯與米哈伊爾二世（mi插el ii）訂立友好條約，並於1249年將自己的孫女瑪利亞許配給米哈伊爾的兒子和繼承人尼基弗魯斯。但是在難以駕禦的塞奧多利·安苴利不甘寂寞精神的影響下，米哈伊爾放棄了聯盟，出兵占領了尼西亞帝國在馬其頓地區的多座要塞。隨後發生的軍事衝突變得對他不利，他被迫在拉利沙接受了尼西亞皇帝特使起草的強製性和約。根據該和約，他不得不放棄新近占領的各個城鎮，並將之歸還給尼西亞皇帝，而且還應於1252年交出他從保加利亞人那裏奪取的馬其頓西部地區，以及阿爾巴尼亞的克羅加。他還被迫將自己的兒子尼基弗魯斯作為人質交給瓦塔基斯。[59]塞奧多利·安苴利也被交出來，後者在尼西亞監獄中度過了其狂亂的餘生。
約翰·杜卡斯·瓦塔基斯還積極地與教皇和德國皇帝這兩個西方強權進行接洽，他與13世紀最偉大的君主弗雷德裏克二世·霍亨斯陶芬（frederick ii hohenstaufen）的關係極為密切。當時，後者恰好與教皇發生衝突，而他本人則與拉丁帝國較量，兩位君主找到了共同立場，最終訂立了聯盟。該同盟由於約翰·瓦塔基斯和弗雷德裏克二世的妹妹康斯坦斯（constance）的婚姻得到強化，當時，其第一位妻子伊琳尼·拉斯卡利斯已經去世。弗雷德裏克二世在致約翰·瓦塔基斯的信中表達出對希臘人誠摯的同情和欽佩，他寫到：“這個所謂的高級教士（指教皇）極力誹謗汙衊希臘人為異端，但是事實上，希臘人將基督的信仰傳播到地球的各個角落”。[60]這個聯盟並未產生出任何具體的結果，但是，它毫無疑問擴大了尼西亞帝國的威望。
圖57 三聯畫像牙雕，描繪了基督接受施洗者約翰和聖母瑪利亞祈禱的場景，其他人物為使徒、教父和殉教者。獻詞銘文提到皇帝君士坦丁，大概是君士坦丁七世委託製作了這一作品 如同這個時期幾乎所有的拜占廷皇帝一樣，約翰·瓦塔基斯也與羅馬教會談判尋求教會統一。作為基本的條件，他要求教皇勸降拉丁帝國。開始，這次談判像以前歷次涉及教會統一的談判一樣毫無結果，且由於希臘皇帝和弗雷德裏克二世之間的相互了解而變得複雜化。但是，後者去世後，在教皇英諾森四世（innocent iv）時期，統一教會的談判出現了更有利的轉機。作為一個頭腦清晰且有洞察力的政治家，英諾森四世不能不認識到與日益崛起的尼西亞帝國合作，將比繼續與垂死的拉丁帝國合作會獲得更大的迴報。正像希臘皇帝準備犧牲掉其教會的獨立以贏得恢復君士坦丁堡一樣，教皇也準備拋棄拉丁帝國以獲得與希臘教會的統一。[61]雙方似乎比以前任何時候都更加接近達成協議，但是他們再度未能邁出這最後一步。事實上，已經不再需要以影響如此巨大的讓步來贏得羅馬的支持了。君士坦丁堡的拉丁帝國氣數已盡，其滅亡之日已經屈指可數，因為瓦塔基斯恢復博斯普魯斯海峽上的拜占廷帝國的最後勝利隻是個遲早的問題。
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