與登撫袁可立
縱觀明代巡撫節鎮登萊，袁可立是唯一從大局出發長時間有效支持毛文龍的登萊巡撫。袁可立上任不到十個月，毛文龍就被加秩進階直賜尚方劍。[2]他禦文龍多得牽製之功，毛文龍的主要戰績和榮譽都是在這一時期取得的。毛文龍在袁可立的扶持下不斷被加秩晉階，開始恃功自傲，而其時朝官對毛文龍的質疑聲浪日高。天啟三年十月，皇帝嘉獎道：“巡撫僉都禦史袁可立厥治行勞哉，賜汝朱提文蟒。汝嘉而毛帥驕愎不協，蠱於兵，滿蒲、昌城襲報用敢獻功。”[3]“乃滿浦、昌城之捷，謂兵不滿千，未交一戰，不遺一矢，而使（虜）自相踐踏，其被炮死者二萬有餘，馬之走死者三萬有餘，止餘真夷二萬。公（袁可立）心頗疑之，私謂敷實而後報，不失於慎。”[4]“於是移檄東江，核其虛實。而毛帥嫉公如仇，嗾言官尋端中之。”[5]袁可立奉旨核查他的戰報和軍餉，由此為毛帥忌恨。這時忽然就有一個閹黨宋禎漢苟合自己的幾個同年東林人士宋師襄、方有度、龐尚廉等組成的利益集團利用了毛文龍和袁可立的矛盾，輪番惡意攻擊袁可立。以至於天啟皇帝看不過去，公開打抱不平切責道：“大臣去留悉聽上裁，言官論人當存大體，不必連章摶擊。”[6]時朝中閹黨橫行，黨派相攻者無虛日，而閹黨也欲除掉袁可立以剪孫督師之翼。袁可立沒有意氣用事，而是“力柔其（毛文龍）骨”[4]，勸毛“臣子勿欺”，“公（袁可立）故奇其（毛文龍）膽智。”[4]他認為毛文龍的存在事關明金戰爭大局，不是隨便找個人就能替代的，最後是自己選擇了“功成身退”。
甚至在地震時還在向朝廷上疏請求“預籌毛帥之接濟”。[6]天啟二年五月初二日，楊嗣昌剛上任就替袁可立向皇帝請餉道：“撫臣袁可立受命方新，請發帑金二十萬安兵散民，似非得已。惟在聖明裁定，賜予若幹。”[7]還有一些重山海輕沿海的激進朝官指責袁可立袒護毛文龍道：“毛文龍居海外,屢以虛言逛中朝,登萊巡撫袁可立每代為奏請。”袁可立兩頭受氣，處境十分尷尬。
袁可立去，毛文龍無人能禦，導致了後來一係列悲劇事件的發生，這可能也是毛文龍和當時的明廷所始料未及的。
不過，毛文龍占居的東江，形勢雖然足以牽製後金，但他本人謀略有限，每年浪費的軍餉無法計算，並且隻顧征招商賈，販賣禁物，名義上在援助朝鮮，實際上是妄出邊塞，沒有軍事的時候就以變賣人參、布匹為職事，有戰爭，也很少得到過他的功用。工科給事中潘士聞彈劾毛文龍浪費軍餉濫殺俘虜的罪行，尚寶卿董茂忠請求撤了毛文龍的兵，專門整治山海關、寧遠的軍隊。兵部討論認為不行。袁崇煥心裏對毛文龍不高興，曾上書請求派部臣到毛文龍處清理糧餉。毛文龍討厭有文臣在身邊牽製，上書反駁，袁崇煥很不高興。等到毛文龍來拜訪時，袁崇煥按賓客之禮迎接他，毛文龍又不謙讓，袁崇煥除掉毛文龍的主意更加堅決了。
被殺
到了這個時候，袁崇煥就以閱兵為名，乘船到達雙島，毛文龍前來會麵。袁崇煥同他設宴飲酒、行樂，每每到半夜才罷，毛文龍沒有覺察袁崇煥的意思。袁崇煥同他商量更改營製，設立監司，毛文龍很不高興。袁崇煥用離職返鄉勸說他，毛文龍迴答說：“以前有這個意思，但現在隻有我了解東部戰事，等東部戰爭完畢，朝鮮衰弱，可以一舉而占有。”袁崇煥更加不高興，就在六月五日這天邀請毛文龍來觀看將士們射箭，先在山上設了帷帳，命令參將謝尚政等安排身穿鎧甲的士兵埋伏在帳外。毛文龍來後，他手下的士兵不能進帳裏來。袁崇煥說：“我明天出發，海外的事情全寄托在您身上了，請受我一拜。”互相拜見之後，一起登上山來。袁崇煥問起他隨從軍官的姓名，多是姓毛的。毛文龍說：“這些人都是我的孫子。”袁崇煥笑了，說道：“你們在海外勞苦多日，每月祿米也隻有那麽一斛，說起來痛心呢，也請受我一拜，大家都為國家盡力。”這些人都叩頭道謝。
袁崇煥就此詰問毛文龍幾樁違令的事情，毛文龍做了對抗性的辯解。袁崇煥高聲喝斥他，讓人扒下他的帽子和袍帶，把他捆了起來，毛文龍仍很倔強。袁崇煥說：“你有十二條該斬頭的大罪，知道嗎？按我朝祖宗定下來的製度，大將領兵在外，必須接受文官的監視。你在這邊一人□□，軍馬錢糧都不接受核查，一該殺。大臣的罪沒有比欺騙君主更大的，你送上奏章全都蒙騙，殺害投降的士兵和難民，假冒戰功，二該殺。大臣沒有自己的將領，有則必殺。你上書說在登州駐兵取南京易如反掌，大逆不道，三該殺。每年餉銀幾十萬，不發給士兵，每月隻散發三鬥半米，侵占軍糧，四該殺。擅自在皮島開設馬市，私自和外國人來往，五該殺。部將幾千人都冒稱是你的同姓，副將以下都隨意發給布帛上千匹，走卒、轎夫都穿著品官官服和袍帶，六該殺。從寧遠返迴途中，劫掠商船，自己做了盜賊，七該殺。強娶民間女子，不知法紀，部下效仿，使得百姓不安於家，八該殺。驅使難民遠遠去幫你盜竊人參，不聽從的就被餓死，島上白骨累累，九該殺。用車送金子到京師，拜魏忠賢為父，並在島上雕塑他加冕冠的肖像，十該殺。鐵山一戰敗北，喪師不計其數，卻掩敗為功，十一該殺。設鎮八年，不能收複一寸土地，坐地觀望，姑息養敵，十二該殺。”宣布完後，毛文龍喪魂失魄，說不出話來，隻是叩頭請免他一死。袁崇煥召他的部將來說：“毛文龍這樣的罪狀，該不該殺他？”大家都怕得唯唯諾諾，誰敢反對？中間有稱道毛文龍數年勞苦的，袁崇煥訓斥說：“毛文龍本是一個平民百姓罷了，官做得最高，全家都得以蔭封，足夠報他的辛勞了，他怎麽就這樣悖亂違逆呢！”接著就磕頭請求皇帝的旨意說：“我今天殺毛文龍以整頓軍紀。將領中間有和毛文龍一樣的，都要殺了他們。我不能成功的話，請皇上也像殺毛文龍一樣殺了我。”於是取下尚方寶劍在帳前把毛文龍的頭砍了下來。出來告訴他的將士們說：“隻殺毛文龍一個人，其他人都沒有罪。”
這時候，毛文龍麾下兇猛強悍的官兵有數萬人，都怕袁崇煥的威風，沒有一個敢亂動的。袁崇煥命人用棺材埋了毛文龍。第二天，用肉酒等祭品祭奠他說：“昨天殺你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出於同僚、友人的感情。”並為他落下了淚。接著分撥毛文龍的士兵二萬八千人為四協，任用毛文龍的兒子承祚、副將陳繼盛、參將徐敷奏、遊擊劉光祚為首領。收迴毛文龍的敕印、尚方寶劍，令繼盛代他掌管。又犒勞軍士，傳檄安撫各島人民，全部廢除了毛文龍的苛政。迴到鎮上以後，把毛文龍一事上書報告皇帝，末尾說：“毛文龍作為大將，不是我可以擅自誅殺的，所以我謹席橐待罪。”當時是崇禎二年（1624）五月。莊烈帝突然聽到這個消息，大吃一驚，但想到毛文龍既已死去，當時又靠著袁崇煥，所以就以讚揚的態度下詔書褒獎他。不久又傳旨公開毛文龍的罪行，用以穩定袁崇煥的心；毛文龍埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。袁崇煥又上書說：“毛文龍一介匹夫，不守法竟至於這種程度，是因為海外便於作亂。他的部隊連老帶幼一起算有四萬七千人，假稱十萬，並且中間有很多百姓，兵還不到兩萬，擅自設將領千人。現在不便於再設總帥，就以繼盛代行其事，這樣算來是方便的。”崇禎迴答可以。
事後影響
袁崇煥殺了毛文龍，怕他的部下發動兵變，所以增加餉錢
至十八萬兩銀子。然而島上的兵失去主帥後，漸漸地散了心，越發不可征用了。以後直至有背叛投敵的。袁崇煥上書說：“東江一鎮，想牽製敵人還必須借助它。今定為兩協，馬軍十營，步軍五營，每年需餉銀四十二萬兩，米十三萬六千石。”崇禎因為兵減少糧餉增加很有點情緒，因為袁崇煥，就特別地按他的請求辦了。
袁崇煥在遼東，和趙率教、祖大壽、何可綱等確定兵製，漸漸推行到登、萊、天津，等到確定東江兵製以後，合計四鎮兵共十五萬三千有餘，馬匹八萬一千有餘，每年耗費餉銀四百八十餘萬兩，比過去減少了一百二十萬。[8-9]
袁崇煥斬毛文龍後，可說是為後金長驅南下解除了後顧之憂，三個月後就發生了後金兵臨北京城下的“己巳之變”——後金約十萬精兵繞道內蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直迫明都北京。
縱觀明代巡撫節鎮登萊，袁可立是唯一從大局出發長時間有效支持毛文龍的登萊巡撫。袁可立上任不到十個月，毛文龍就被加秩進階直賜尚方劍。[2]他禦文龍多得牽製之功，毛文龍的主要戰績和榮譽都是在這一時期取得的。毛文龍在袁可立的扶持下不斷被加秩晉階，開始恃功自傲，而其時朝官對毛文龍的質疑聲浪日高。天啟三年十月，皇帝嘉獎道：“巡撫僉都禦史袁可立厥治行勞哉，賜汝朱提文蟒。汝嘉而毛帥驕愎不協，蠱於兵，滿蒲、昌城襲報用敢獻功。”[3]“乃滿浦、昌城之捷，謂兵不滿千，未交一戰，不遺一矢，而使（虜）自相踐踏，其被炮死者二萬有餘，馬之走死者三萬有餘，止餘真夷二萬。公（袁可立）心頗疑之，私謂敷實而後報，不失於慎。”[4]“於是移檄東江，核其虛實。而毛帥嫉公如仇，嗾言官尋端中之。”[5]袁可立奉旨核查他的戰報和軍餉，由此為毛帥忌恨。這時忽然就有一個閹黨宋禎漢苟合自己的幾個同年東林人士宋師襄、方有度、龐尚廉等組成的利益集團利用了毛文龍和袁可立的矛盾，輪番惡意攻擊袁可立。以至於天啟皇帝看不過去，公開打抱不平切責道：“大臣去留悉聽上裁，言官論人當存大體，不必連章摶擊。”[6]時朝中閹黨橫行，黨派相攻者無虛日，而閹黨也欲除掉袁可立以剪孫督師之翼。袁可立沒有意氣用事，而是“力柔其（毛文龍）骨”[4]，勸毛“臣子勿欺”，“公（袁可立）故奇其（毛文龍）膽智。”[4]他認為毛文龍的存在事關明金戰爭大局，不是隨便找個人就能替代的，最後是自己選擇了“功成身退”。
甚至在地震時還在向朝廷上疏請求“預籌毛帥之接濟”。[6]天啟二年五月初二日，楊嗣昌剛上任就替袁可立向皇帝請餉道：“撫臣袁可立受命方新，請發帑金二十萬安兵散民，似非得已。惟在聖明裁定，賜予若幹。”[7]還有一些重山海輕沿海的激進朝官指責袁可立袒護毛文龍道：“毛文龍居海外,屢以虛言逛中朝,登萊巡撫袁可立每代為奏請。”袁可立兩頭受氣，處境十分尷尬。
袁可立去，毛文龍無人能禦，導致了後來一係列悲劇事件的發生，這可能也是毛文龍和當時的明廷所始料未及的。
不過，毛文龍占居的東江，形勢雖然足以牽製後金，但他本人謀略有限，每年浪費的軍餉無法計算，並且隻顧征招商賈，販賣禁物，名義上在援助朝鮮，實際上是妄出邊塞，沒有軍事的時候就以變賣人參、布匹為職事，有戰爭，也很少得到過他的功用。工科給事中潘士聞彈劾毛文龍浪費軍餉濫殺俘虜的罪行，尚寶卿董茂忠請求撤了毛文龍的兵，專門整治山海關、寧遠的軍隊。兵部討論認為不行。袁崇煥心裏對毛文龍不高興，曾上書請求派部臣到毛文龍處清理糧餉。毛文龍討厭有文臣在身邊牽製，上書反駁，袁崇煥很不高興。等到毛文龍來拜訪時，袁崇煥按賓客之禮迎接他，毛文龍又不謙讓，袁崇煥除掉毛文龍的主意更加堅決了。
被殺
到了這個時候，袁崇煥就以閱兵為名，乘船到達雙島，毛文龍前來會麵。袁崇煥同他設宴飲酒、行樂，每每到半夜才罷，毛文龍沒有覺察袁崇煥的意思。袁崇煥同他商量更改營製，設立監司，毛文龍很不高興。袁崇煥用離職返鄉勸說他，毛文龍迴答說：“以前有這個意思，但現在隻有我了解東部戰事，等東部戰爭完畢，朝鮮衰弱，可以一舉而占有。”袁崇煥更加不高興，就在六月五日這天邀請毛文龍來觀看將士們射箭，先在山上設了帷帳，命令參將謝尚政等安排身穿鎧甲的士兵埋伏在帳外。毛文龍來後，他手下的士兵不能進帳裏來。袁崇煥說：“我明天出發，海外的事情全寄托在您身上了，請受我一拜。”互相拜見之後，一起登上山來。袁崇煥問起他隨從軍官的姓名，多是姓毛的。毛文龍說：“這些人都是我的孫子。”袁崇煥笑了，說道：“你們在海外勞苦多日，每月祿米也隻有那麽一斛，說起來痛心呢，也請受我一拜，大家都為國家盡力。”這些人都叩頭道謝。
袁崇煥就此詰問毛文龍幾樁違令的事情，毛文龍做了對抗性的辯解。袁崇煥高聲喝斥他，讓人扒下他的帽子和袍帶，把他捆了起來，毛文龍仍很倔強。袁崇煥說：“你有十二條該斬頭的大罪，知道嗎？按我朝祖宗定下來的製度，大將領兵在外，必須接受文官的監視。你在這邊一人□□，軍馬錢糧都不接受核查，一該殺。大臣的罪沒有比欺騙君主更大的，你送上奏章全都蒙騙，殺害投降的士兵和難民，假冒戰功，二該殺。大臣沒有自己的將領，有則必殺。你上書說在登州駐兵取南京易如反掌，大逆不道，三該殺。每年餉銀幾十萬，不發給士兵，每月隻散發三鬥半米，侵占軍糧，四該殺。擅自在皮島開設馬市，私自和外國人來往，五該殺。部將幾千人都冒稱是你的同姓，副將以下都隨意發給布帛上千匹，走卒、轎夫都穿著品官官服和袍帶，六該殺。從寧遠返迴途中，劫掠商船，自己做了盜賊，七該殺。強娶民間女子，不知法紀，部下效仿，使得百姓不安於家，八該殺。驅使難民遠遠去幫你盜竊人參，不聽從的就被餓死，島上白骨累累，九該殺。用車送金子到京師，拜魏忠賢為父，並在島上雕塑他加冕冠的肖像，十該殺。鐵山一戰敗北，喪師不計其數，卻掩敗為功，十一該殺。設鎮八年，不能收複一寸土地，坐地觀望，姑息養敵，十二該殺。”宣布完後，毛文龍喪魂失魄，說不出話來，隻是叩頭請免他一死。袁崇煥召他的部將來說：“毛文龍這樣的罪狀，該不該殺他？”大家都怕得唯唯諾諾，誰敢反對？中間有稱道毛文龍數年勞苦的，袁崇煥訓斥說：“毛文龍本是一個平民百姓罷了，官做得最高，全家都得以蔭封，足夠報他的辛勞了，他怎麽就這樣悖亂違逆呢！”接著就磕頭請求皇帝的旨意說：“我今天殺毛文龍以整頓軍紀。將領中間有和毛文龍一樣的，都要殺了他們。我不能成功的話，請皇上也像殺毛文龍一樣殺了我。”於是取下尚方寶劍在帳前把毛文龍的頭砍了下來。出來告訴他的將士們說：“隻殺毛文龍一個人，其他人都沒有罪。”
這時候，毛文龍麾下兇猛強悍的官兵有數萬人，都怕袁崇煥的威風，沒有一個敢亂動的。袁崇煥命人用棺材埋了毛文龍。第二天，用肉酒等祭品祭奠他說：“昨天殺你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出於同僚、友人的感情。”並為他落下了淚。接著分撥毛文龍的士兵二萬八千人為四協，任用毛文龍的兒子承祚、副將陳繼盛、參將徐敷奏、遊擊劉光祚為首領。收迴毛文龍的敕印、尚方寶劍，令繼盛代他掌管。又犒勞軍士，傳檄安撫各島人民，全部廢除了毛文龍的苛政。迴到鎮上以後，把毛文龍一事上書報告皇帝，末尾說：“毛文龍作為大將，不是我可以擅自誅殺的，所以我謹席橐待罪。”當時是崇禎二年（1624）五月。莊烈帝突然聽到這個消息，大吃一驚，但想到毛文龍既已死去，當時又靠著袁崇煥，所以就以讚揚的態度下詔書褒獎他。不久又傳旨公開毛文龍的罪行，用以穩定袁崇煥的心；毛文龍埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。袁崇煥又上書說：“毛文龍一介匹夫，不守法竟至於這種程度，是因為海外便於作亂。他的部隊連老帶幼一起算有四萬七千人，假稱十萬，並且中間有很多百姓，兵還不到兩萬，擅自設將領千人。現在不便於再設總帥，就以繼盛代行其事，這樣算來是方便的。”崇禎迴答可以。
事後影響
袁崇煥殺了毛文龍，怕他的部下發動兵變，所以增加餉錢
至十八萬兩銀子。然而島上的兵失去主帥後，漸漸地散了心，越發不可征用了。以後直至有背叛投敵的。袁崇煥上書說：“東江一鎮，想牽製敵人還必須借助它。今定為兩協，馬軍十營，步軍五營，每年需餉銀四十二萬兩，米十三萬六千石。”崇禎因為兵減少糧餉增加很有點情緒，因為袁崇煥，就特別地按他的請求辦了。
袁崇煥在遼東，和趙率教、祖大壽、何可綱等確定兵製，漸漸推行到登、萊、天津，等到確定東江兵製以後，合計四鎮兵共十五萬三千有餘，馬匹八萬一千有餘，每年耗費餉銀四百八十餘萬兩，比過去減少了一百二十萬。[8-9]
袁崇煥斬毛文龍後，可說是為後金長驅南下解除了後顧之憂，三個月後就發生了後金兵臨北京城下的“己巳之變”——後金約十萬精兵繞道內蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直迫明都北京。