皇帝南巡，可不是一件小事，要安排大量的護衛官軍，隨扈的大臣，沿途的保障，供給都是一個巨大的數字，肯定是要提前準備的。
現在朱載坖也不用偽裝了，明牌自己要南巡的事情，當初自己老爹嘉靖不也南巡承天府了，自己這個做兒子的南巡南京有什麽不行。
何況南京還是大明的留都，太祖皇帝陵寢之所在，朱載坖作為皇帝怎麽能夠不去祭拜孝陵呢？朱載坖作為大孝子肯定是要祭拜孝陵的，所以隆慶二年十月，朱載坖正式要求翰林院草擬詔書，準備南巡。
沒想到此舉招致了翰林院的反對，首先就是禮部左侍郎、翰林學士掌院事殷士儋反對朱載坖南巡，麵對自己的老師，朱載坖隻得親自召見殷士儋，希望說服自己這位老師。
殷士儋不同意朱載坖去南京，還是擔心朱載坖的安全，往返京師南京數千裏的路程，路上可能會出現什麽都不好說，還不要說水土不服等各種意外風險，這些都是不可測的，殷士儋認為東南有張居正足夠應對局麵了，朱載坖再去南京，意義不大。
但是朱載坖執意要去南京，他對於朝廷新政在東南推行的情況始終是不放心的，擔心有所反複，還有新政是否有弊端，是否有殘民、害民之處，這些事情朱載坖倒現在還不知道，朱載坖很清楚，張居正等人肯定是報喜不報憂，而朝堂上的臣子們隻要看到新政給朝廷帶來了巨大的賦稅收入就好了，但是其中的利弊到底如何，朱載坖必須到東南實地看看。
殷士儋見無法勸說朱載坖，隻得領命，朱載坖對殷士儋說道：“先生之忠，朕一日不敢往，太子在京師，先生還要多看顧一點！”
殷士儋趕緊說道：“陛下言重了，此臣分內之事也，臣敢不竭忠盡智！”
朱載坖笑笑，令殷士儋迴去督促翰林院起草詔書，準備昭告天下。
殷士儋走後，朱載坖下達上諭，禮部左侍郎兼翰林學士掌院事殷士儋，加東閣大學士，入閣預機務。同時召集內閣和六部商量南巡的事情，雖然大臣們極不讚成朱載坖南巡，但是聖意已決，他們也隻得同意。
南巡最主要的問題就是人員和錢糧，朱載坖不是一個人幾個人出巡，隨駕的文武官員，護駕的官軍士卒，數以萬計，需要大量的補給物資，這些東西的調集和運輸都需要時間，尤其是數萬大軍的人吃馬嚼，在長達數月的時間裏就是數十萬石的軍糧。
朱載坖命令從東南府縣所繳納的本色中撥出六十萬石，於南巡路上分批囤積，以供隨駕大軍支用，盡可能的避免滋擾地方，加重百姓的負擔。
同時為了盡可能的減少耗費，朱載坖肯定是選擇通過水路抵達南京，這樣也舒適一些，同時也避免沿途建造、征用行宮，太過於勞民傷財，朱載坖還特地下旨，自己沿途駐蹕之所，不許新建行宮，隻暫時征用房舍數日即可，還要照價給付租金。
接下來就是時間的隨行人員了，因為要走水路，所以肯定是在運河化凍之後，而且朱載坖也要等到武舉之後，最早也是四月份才行了。這樣地方州縣和南京也有充分的時間準備。
接下來就是隨行人員了，主要是隨扈大臣和護衛官軍，朱載坖的意思是馬芳統帥的六千精騎加上新組建的親軍四衛，總兵力已經高達二萬七千人了，再加上錦衣衛、禦馬監、勳衛等禁兵、宿衛，總人數肯定超過三萬人了，朱載坖可以借機鍛煉一下親軍四衛的戰鬥力。
但是楊博等人堅決反對朱載坖的方案，原因很簡單，馬芳部是外兵，從未擔任過隨扈護駕的任務，而且馬芳部中有蒙古人，楊博認為馬芳部中不一定完全可靠，親軍四衛就是新組建的新兵，來源複雜，將朱載坖的安全交付給他們實在是不放心，還是要從京營和禦馬監禁兵中選擇忠誠可靠的士卒軍官，承擔護駕的重任。
經過一番討價還價，朱載坖和內閣、六部商議，從馬芳部中挑選三千可靠的精銳士卒，效仿戚繼光的模式互相具保，充作護衛官軍，然後調禦馬監勇士營精騎歸馬芳指揮，組成護駕騎兵。
新組建的親軍四衛，隻調府軍前衛參加隨扈，剩餘的護駕官軍，從京營和禦馬監四衛營中挑選，同時委任公侯伯擔任護衛諸營指揮，以英國公張溶提督護衛官軍總兵官，豐州伯馬芳為護衛官軍副總兵，遣成國公朱希忠為前鋒總兵，率軍在為聖駕開路，定西侯蔣佑為左哨總兵，寧陽侯陳維藩為右掖總兵，武定侯郭大誠為後衛總兵，臨淮侯世子李言恭統帥禦前精騎，英國公世子張元功、定國公世子徐文壁管帶勳衛。
錦衣衛指揮使掌北鎮撫司事陸繹隨駕護衛，管帶紅盔、明軍、大漢將軍及錦衣親軍。
處理完了這些護衛官軍的事情，就是隨扈的重臣們了，首輔李春芳自然是要留守京師，處理日常政務的，經過商量，內閣李春芳、郭樸、殷士儋三人留守，高拱、陳以勤兩位隨駕，六部尚書中吏部尚書楊博和戶部尚書馬森隨駕，其餘各部派出侍郎一人隨駕，都察院右都禦史李開先隨駕，翰林院朱載坖欽點了王錫爵、申時行、許國三人隨駕。
同時朱載坖還委任總督京營戎政臨淮侯李庭竹守備京師，與協理京營戎政兵部左侍郎汪道昆一道掌握京營，定國公徐延德為中軍都督府左都督僉書中軍都督府，在朱載坖巡幸時，日常事務由首輔李春芳與留守的內閣成員會商決定，輔佐太子朱翊釴監國。
錦衣衛指揮使朱希孝留守京師，宿衛宮禁，禦馬監掌印兼提督東廠馮保掌握剩餘的禦馬監禁兵，兵符由皇後和皇太子掌握，同時練兵總理大臣兼提督薊遼軍務總兵官戚繼光也要加強戒備，派出精騎與聖駕保持聯係，除朱載坖手詔中旨之外，概不得受。
現在朱載坖也不用偽裝了，明牌自己要南巡的事情，當初自己老爹嘉靖不也南巡承天府了，自己這個做兒子的南巡南京有什麽不行。
何況南京還是大明的留都，太祖皇帝陵寢之所在，朱載坖作為皇帝怎麽能夠不去祭拜孝陵呢？朱載坖作為大孝子肯定是要祭拜孝陵的，所以隆慶二年十月，朱載坖正式要求翰林院草擬詔書，準備南巡。
沒想到此舉招致了翰林院的反對，首先就是禮部左侍郎、翰林學士掌院事殷士儋反對朱載坖南巡，麵對自己的老師，朱載坖隻得親自召見殷士儋，希望說服自己這位老師。
殷士儋不同意朱載坖去南京，還是擔心朱載坖的安全，往返京師南京數千裏的路程，路上可能會出現什麽都不好說，還不要說水土不服等各種意外風險，這些都是不可測的，殷士儋認為東南有張居正足夠應對局麵了，朱載坖再去南京，意義不大。
但是朱載坖執意要去南京，他對於朝廷新政在東南推行的情況始終是不放心的，擔心有所反複，還有新政是否有弊端，是否有殘民、害民之處，這些事情朱載坖倒現在還不知道，朱載坖很清楚，張居正等人肯定是報喜不報憂，而朝堂上的臣子們隻要看到新政給朝廷帶來了巨大的賦稅收入就好了，但是其中的利弊到底如何，朱載坖必須到東南實地看看。
殷士儋見無法勸說朱載坖，隻得領命，朱載坖對殷士儋說道：“先生之忠，朕一日不敢往，太子在京師，先生還要多看顧一點！”
殷士儋趕緊說道：“陛下言重了，此臣分內之事也，臣敢不竭忠盡智！”
朱載坖笑笑，令殷士儋迴去督促翰林院起草詔書，準備昭告天下。
殷士儋走後，朱載坖下達上諭，禮部左侍郎兼翰林學士掌院事殷士儋，加東閣大學士，入閣預機務。同時召集內閣和六部商量南巡的事情，雖然大臣們極不讚成朱載坖南巡，但是聖意已決，他們也隻得同意。
南巡最主要的問題就是人員和錢糧，朱載坖不是一個人幾個人出巡，隨駕的文武官員，護駕的官軍士卒，數以萬計，需要大量的補給物資，這些東西的調集和運輸都需要時間，尤其是數萬大軍的人吃馬嚼，在長達數月的時間裏就是數十萬石的軍糧。
朱載坖命令從東南府縣所繳納的本色中撥出六十萬石，於南巡路上分批囤積，以供隨駕大軍支用，盡可能的避免滋擾地方，加重百姓的負擔。
同時為了盡可能的減少耗費，朱載坖肯定是選擇通過水路抵達南京，這樣也舒適一些，同時也避免沿途建造、征用行宮，太過於勞民傷財，朱載坖還特地下旨，自己沿途駐蹕之所，不許新建行宮，隻暫時征用房舍數日即可，還要照價給付租金。
接下來就是時間的隨行人員了，因為要走水路，所以肯定是在運河化凍之後，而且朱載坖也要等到武舉之後，最早也是四月份才行了。這樣地方州縣和南京也有充分的時間準備。
接下來就是隨行人員了，主要是隨扈大臣和護衛官軍，朱載坖的意思是馬芳統帥的六千精騎加上新組建的親軍四衛，總兵力已經高達二萬七千人了，再加上錦衣衛、禦馬監、勳衛等禁兵、宿衛，總人數肯定超過三萬人了，朱載坖可以借機鍛煉一下親軍四衛的戰鬥力。
但是楊博等人堅決反對朱載坖的方案，原因很簡單，馬芳部是外兵，從未擔任過隨扈護駕的任務，而且馬芳部中有蒙古人，楊博認為馬芳部中不一定完全可靠，親軍四衛就是新組建的新兵，來源複雜，將朱載坖的安全交付給他們實在是不放心，還是要從京營和禦馬監禁兵中選擇忠誠可靠的士卒軍官，承擔護駕的重任。
經過一番討價還價，朱載坖和內閣、六部商議，從馬芳部中挑選三千可靠的精銳士卒，效仿戚繼光的模式互相具保，充作護衛官軍，然後調禦馬監勇士營精騎歸馬芳指揮，組成護駕騎兵。
新組建的親軍四衛，隻調府軍前衛參加隨扈，剩餘的護駕官軍，從京營和禦馬監四衛營中挑選，同時委任公侯伯擔任護衛諸營指揮，以英國公張溶提督護衛官軍總兵官，豐州伯馬芳為護衛官軍副總兵，遣成國公朱希忠為前鋒總兵，率軍在為聖駕開路，定西侯蔣佑為左哨總兵，寧陽侯陳維藩為右掖總兵，武定侯郭大誠為後衛總兵，臨淮侯世子李言恭統帥禦前精騎，英國公世子張元功、定國公世子徐文壁管帶勳衛。
錦衣衛指揮使掌北鎮撫司事陸繹隨駕護衛，管帶紅盔、明軍、大漢將軍及錦衣親軍。
處理完了這些護衛官軍的事情，就是隨扈的重臣們了，首輔李春芳自然是要留守京師，處理日常政務的，經過商量，內閣李春芳、郭樸、殷士儋三人留守，高拱、陳以勤兩位隨駕，六部尚書中吏部尚書楊博和戶部尚書馬森隨駕，其餘各部派出侍郎一人隨駕，都察院右都禦史李開先隨駕，翰林院朱載坖欽點了王錫爵、申時行、許國三人隨駕。
同時朱載坖還委任總督京營戎政臨淮侯李庭竹守備京師，與協理京營戎政兵部左侍郎汪道昆一道掌握京營，定國公徐延德為中軍都督府左都督僉書中軍都督府，在朱載坖巡幸時，日常事務由首輔李春芳與留守的內閣成員會商決定，輔佐太子朱翊釴監國。
錦衣衛指揮使朱希孝留守京師，宿衛宮禁，禦馬監掌印兼提督東廠馮保掌握剩餘的禦馬監禁兵，兵符由皇後和皇太子掌握，同時練兵總理大臣兼提督薊遼軍務總兵官戚繼光也要加強戒備，派出精騎與聖駕保持聯係，除朱載坖手詔中旨之外，概不得受。