除了鹿善繼，前往京營監軍的文震孟、前往宣府監軍的倪元璐，以及前往薊州監軍的施邦曜也都行使了密折奏事的權力，分別上了密折。錦衣衛和東廠也都很盡職，每人一式兩份的密折，先後都到了皇帝的案頭。
三個人密折的內容差不太多，都與發放軍餉過程中發現的問題有關。
文震孟上任之後，先去了神機營。神機營是的曆史非常久遠，幾乎與大明朝的曆史一樣長。
朱元璋占領南京之後，就開始重視發展和使用火器，當時他稱吳王的時候，就已經有了一支以火器為主的軍隊，大量裝備了火銃、火炮、火箭等熱兵器。也正是因為這一點，明太祖朱元璋在與張士誠、陳友諒的戰爭中才能屢次以少勝多，贏得最後勝利。
後來，朱元璋的部隊在對陣以馬步軍和騎射為主的元軍時，又是裝備了熱兵器的部隊發揮了決定性的作用，尤其在北伐的過程中，大量火炮的使用，使得徐達和常遇春率領的北伐軍取得了輝煌的勝利。
再後來，到了明成祖朱棣的時候，對火器的重視程度更高了，遷都北京以後，專門在京師設置了以火槍火炮等熱兵器為主的神機營，當時的編製員額是五千人。
全營分為中軍、左右掖和左右哨五軍，共裝備有“霹靂炮”三千六百杆，“大連珠炮”二百杆，盞口將軍炮一百六十門，另有炮兵手持的“手銃”五百杆。
所謂的“霹靂炮”，就是步兵火銃，以後又改裝鳥銃，再後來就是前裝的火繩槍。所謂的“大連珠炮”，就是多管火銃，主要是“三眼銃”。所謂“盞口將軍炮”，就是口徑有盞口大小的野戰火炮。至於“手銃”就是炮兵近戰防身用的單發短柄火銃。
這是神機營成立之後相當長一段時間內的編製，隨著成祖以後多位明朝皇帝對火器的重視，特別是蒙古人、女真人對北部邊境的威脅凸顯以後，神機營經過了多次的擴編，裝備也有了很大的改進。神機營原來的中軍、左右掖和左右哨也升格為營，分別升格為前後左右中五個營頭，每個營頭的編製都是三千人，總計一萬五千人。
然後在萬曆後期以來的遼東作戰中，神機營當然也是一抽再抽，不少精銳都戰死在遼東。由於如今的火器裝填、點火、瞄準等比較複雜，所以熟練的軍卒比較難得，而大量精銳的損失，也不是說補充就能補充的。
所以如今雖然神機營仍是一萬五千人的編製，但是五個營頭缺額很多，即便是登記在冊而且實有其人的，也有相當一部分要麽是老弱病殘的，要麽是臨時拉來濫竽充數的，這樣的士卒占了如今神機營實有人數的四分之一還多，再加上缺額不補吃空餉的，至少三分之一的士卒要麽是不存在的，要麽是根本沒有戰鬥力的。
這樣的情況，當然令狀元出身的文震孟極為震驚，一向自詡為天下精銳的京營居然是這個樣子，完全出乎他的意料之外。然而即便神機營已經如此不堪，當他到了五軍營這個以馬步軍與車營混編的京師主力軍營地以後，更加震驚了。
左右馬軍營多是勳貴之家的紈絝子弟充任，前後步軍營則看來了更像是乞丐隊伍，至於中軍車營則多是老弱病殘，鼎盛時期編製十五萬人的五軍營，如今實有編製兩萬五千人，而且其中還不知道有多少冒名頂替的呢，即便如此當文震孟連發兩天餉銀之後，實際發出的軍餉也隻合得上一萬八千人，另外七千人要麽逃亡流失了，要麽就是根本不存在。
三千營也是如此，這個在成祖時期編製三千，並以歸化蒙古人為主的純騎兵部隊，也曾經是戰力強勁的京營主力，鼎盛時期也人數曾經達到過七八萬人，後來隨著外來威脅的消長，三千營的編製也是忽多忽少，一度還曾更名為神樞營，如今三千營上報軍機處備案的人數是兩萬人，而實際露麵領餉的隻有一萬兩千人，其中還多是老弱病殘，這些原來以朵顏三衛內遷蒙古人為主的隊伍，如今漢一點也看不出蒙古族朵顏部騎兵彪悍的樣子。
就這樣，文震孟帶著錦衣衛和東廠押解餉銀的隨行人員，在京師三大營的駐地，先後駐守了半個月，到了登記領餉的最後期限，仍然有一萬八千餘人不見蹤影。
京師三大營的坐營官當然也很尷尬，甚至也可以說有點害怕，畢竟如今的皇帝開始不好糊弄的，而且動不動就殺頭抄家，過去高高在上的錦衣衛和東廠，也是說殺就殺、說抓就抓，將近六萬人硬生生給清洗成不足四萬人，另外兩萬人要麽被殺頭抄家，要麽被抓了攆去挖煤開礦，當然了這所謂的兩萬人中也有大量的空餉存在，見不到人的也都是一律除名削籍，從此不再有糧餉俸祿了。
這次文震孟也是依著皇帝的意思，凡是逾期不來領餉的，一律除名削籍，從此不再發餉，至於坐營官以及各哨官把總的罪責，視情可不予追究。隻是令文震孟這個狀元公沒有想到的是，逾期不來領餉的人居然如此之多，冒領空餉的額度居然如此之大，號稱三十萬的京師三大營，不久前報備軍機處的實有員額是六萬，而實地點驗的人數，居然隻有四萬兩千人。
震驚之餘，做事認真、講原則的文狀元，根本不聽三大營坐營官的解釋，即便是英國公軍機大臣張惟賢、成國公朱純臣相繼派人說和也沒有用，根本不給京師勳貴武臣一點麵子，限定的最後期限一過，立馬提筆給皇帝上了密折，說明了實情。
對京營的情況，朱大明有心理準備，所以並沒有太意外。而這也的確是整頓京營的一個契機，隻是京營牽扯了太多勳貴武臣，輕易不能擅動，英國公張惟賢總督京師三大營，而成國公朱純臣提督五軍營，豐城侯李承祚提督三千營，新樂侯劉效祖與總兵朱國彥共掌神機營。
其中除了豐城侯李承祚涉魏黨被抓以外，其他的都不能重處。尤其新樂侯劉效祖，他是崇禎皇帝生母劉氏的親弟弟，也就是崇禎皇帝的親舅舅，其子劉文炳後來繼承了新樂侯的爵位，崇禎死後，劉文炳與鞏永固受命護送崇禎皇帝的太子出城，結果失敗，全家殉節而死。所以接到文震孟的密折之後，朱大明想來想去，最後決定把三千營的責任歸咎於豐城侯李承祚，以勾結魏逆、欺君罔上、貪墨軍餉之罪，將其抄家斬首，家人流放雲南；將五軍營、神機營的責任歸咎於之前的監軍內臣和坐營中官，共十二人，一律抄家斬首，並下旨申斥英國公張惟賢、成國公朱純臣和新樂侯劉效祖，一律罰俸一年。
對於文震孟密折裏請示剩餘餉銀如何處置的問題，朱大明則在給文震孟的旨意中，令他用剩餘的餉銀重新招募一萬八千人，從三大營選官訓練三個月，然後以一萬五千人充實三大營，再以三千人新建一個監軍標營，由監軍禦史直領，免得監軍禦史說話沒有分量。
與文震孟看到的情況大同小異，帶著尚方劍的倪元璐、施邦曜，分別到達任所之後，也是采取逐營發餉、逐人發餉的辦法，經過半個月的辛勞，終於摸清了宣府和薊鎮的情況，空餉的問題當然存在，但是要比京營好一點，空餉的額度都在兩成左右，而這些空餉倒也不是純粹貪汙揮霍了，而是用來養家丁。
營兵是朝廷的，而家丁是自己的，所以多數邊鎮將領喜歡把更多的軍餉挪用過來養家丁，這也是邊鎮普遍存在空餉問題的原因。好在這些家丁將來還是要上陣的，很多家丁隊伍到了關鍵時刻還能發揮重要的作用。這一點與京營比顯然要好一點，因為京營的空餉，就是將領純粹的貪墨，他們不需要像邊鎮將領那樣養家丁戰場保命。
但是即便算上了將領的家丁，宣府和薊鎮也還是有空餉，倪元璐核算之後密折上報宣府鎮營兵兼衛所兵實有員額一萬七千人，空餉三千人。
施邦曜所在的薊鎮三屯營、建昌營營兵兼衛所兵實有一萬六千人，空餉四千人。對於這個空餉的比例，朱大明其實還算是滿意的，至少與當初核實上報的差距隻有兩成左右，還不像後來那樣離譜。
但是該處理的人員還是要處理的，而且考慮到兩年後應對建虜的入侵，也有必要趁機清理掉一批不太可靠的將領，宣府鎮總兵侯世祿和薊鎮三屯營總兵劉策還算盡責，而宣府副總兵張承蔭、三屯營副總兵朱來，卻不敢死戰，在麵對建虜大軍的時候一降一逃，這樣的人留著也是禍害。
朱大明很快就把倪元璐和施邦曜的密折轉給了軍機處，張惟賢知道皇帝對軍務的重視，所以很快就做出了處理，參照京營的做法，監軍太監和坐營中官一律以欺君之罪處斬。與京營不同的是，根據皇帝的意思，宣府和薊鎮的副總兵張承蔭、朱來同樣抄家處斬，張承蔭的副總兵之位由宣府守備鄧祖禹升任，朱來的副總兵之位則由薊州鎮原參將孫祖壽升任。
之所以升鄧祖禹和孫祖壽的官，並不是他倆有多優秀，隻是因為在軍機處會同兵部報上來的候選名單裏，這兩個人是朱大明在後世讀明史的時候就知道的。
鄧祖禹是萬曆年間的武進士出身，萬曆年末天啟初曾在沈陽任守備，在出城激戰的過程中被擊落馬下，攻守雙方都以為他死了，結果隻是昏迷，等他醒來的時候沈陽城已經淪陷，無奈逃歸，先是論罪處死，後來知道內情的官員上書施救，被改為宣府守備至今，再後來與入侵的後金軍激戰，因公升任宣府副總兵，最後在與流賊作戰中被俘，不屈而死。至於孫祖壽，朱大明了解的不多，隻知道他在崇禎二年後金入侵的過程中，跟隨滿桂在德勝門外一起戰死。
宣府和薊州兩個邊鎮虛報兵員冒領軍餉的問題，最後該殺的殺、該罰的罰，數日之內就了結了。這就是有了密折和軍機處的好處，不需要上朝會議論來議論去，讓懂軍事的管軍事、懂政務的管政務，這樣一份工少了扯皮，多了效率。而且軍機處以軍法論罪，根本不走刑部、督察院、大理寺這個司法係統。惟一主管軍法的前後左右中五軍都督府，又是軍機大臣兼著大都督，所以效率就更高了。
當然了，追究責任的事情結束之後，朱大明也分別給倪元璐和施邦曜一道旨意，與給文震孟的旨意基本一樣，都是準許他們拿著剩餘的餉銀，每鎮以三千為定額，就地募兵，抽調所在邊鎮將校，編練監軍直領標營。軍機處將皇帝的旨意轉發九邊，整個九邊都是一震，那些虛報冒領額度較少的還好，空餉額度較高而且監軍禦史還未到達的，都是趕緊募兵填補，希望躲過這一劫。
而那些監軍禦史已到，兵員尚未補充的邊鎮，比如山海鎮、遼東鎮、東江鎮、大同鎮，則是忐忑不安地等待著監軍禦史的點驗，等待著皇帝的怒火和軍機處的處置。
三個人密折的內容差不太多，都與發放軍餉過程中發現的問題有關。
文震孟上任之後，先去了神機營。神機營是的曆史非常久遠，幾乎與大明朝的曆史一樣長。
朱元璋占領南京之後，就開始重視發展和使用火器，當時他稱吳王的時候，就已經有了一支以火器為主的軍隊，大量裝備了火銃、火炮、火箭等熱兵器。也正是因為這一點，明太祖朱元璋在與張士誠、陳友諒的戰爭中才能屢次以少勝多，贏得最後勝利。
後來，朱元璋的部隊在對陣以馬步軍和騎射為主的元軍時，又是裝備了熱兵器的部隊發揮了決定性的作用，尤其在北伐的過程中，大量火炮的使用，使得徐達和常遇春率領的北伐軍取得了輝煌的勝利。
再後來，到了明成祖朱棣的時候，對火器的重視程度更高了，遷都北京以後，專門在京師設置了以火槍火炮等熱兵器為主的神機營，當時的編製員額是五千人。
全營分為中軍、左右掖和左右哨五軍，共裝備有“霹靂炮”三千六百杆，“大連珠炮”二百杆，盞口將軍炮一百六十門，另有炮兵手持的“手銃”五百杆。
所謂的“霹靂炮”，就是步兵火銃，以後又改裝鳥銃，再後來就是前裝的火繩槍。所謂的“大連珠炮”，就是多管火銃，主要是“三眼銃”。所謂“盞口將軍炮”，就是口徑有盞口大小的野戰火炮。至於“手銃”就是炮兵近戰防身用的單發短柄火銃。
這是神機營成立之後相當長一段時間內的編製，隨著成祖以後多位明朝皇帝對火器的重視，特別是蒙古人、女真人對北部邊境的威脅凸顯以後，神機營經過了多次的擴編，裝備也有了很大的改進。神機營原來的中軍、左右掖和左右哨也升格為營，分別升格為前後左右中五個營頭，每個營頭的編製都是三千人，總計一萬五千人。
然後在萬曆後期以來的遼東作戰中，神機營當然也是一抽再抽，不少精銳都戰死在遼東。由於如今的火器裝填、點火、瞄準等比較複雜，所以熟練的軍卒比較難得，而大量精銳的損失，也不是說補充就能補充的。
所以如今雖然神機營仍是一萬五千人的編製，但是五個營頭缺額很多，即便是登記在冊而且實有其人的，也有相當一部分要麽是老弱病殘的，要麽是臨時拉來濫竽充數的，這樣的士卒占了如今神機營實有人數的四分之一還多，再加上缺額不補吃空餉的，至少三分之一的士卒要麽是不存在的，要麽是根本沒有戰鬥力的。
這樣的情況，當然令狀元出身的文震孟極為震驚，一向自詡為天下精銳的京營居然是這個樣子，完全出乎他的意料之外。然而即便神機營已經如此不堪，當他到了五軍營這個以馬步軍與車營混編的京師主力軍營地以後，更加震驚了。
左右馬軍營多是勳貴之家的紈絝子弟充任，前後步軍營則看來了更像是乞丐隊伍，至於中軍車營則多是老弱病殘，鼎盛時期編製十五萬人的五軍營，如今實有編製兩萬五千人，而且其中還不知道有多少冒名頂替的呢，即便如此當文震孟連發兩天餉銀之後，實際發出的軍餉也隻合得上一萬八千人，另外七千人要麽逃亡流失了，要麽就是根本不存在。
三千營也是如此，這個在成祖時期編製三千，並以歸化蒙古人為主的純騎兵部隊，也曾經是戰力強勁的京營主力，鼎盛時期也人數曾經達到過七八萬人，後來隨著外來威脅的消長，三千營的編製也是忽多忽少，一度還曾更名為神樞營，如今三千營上報軍機處備案的人數是兩萬人，而實際露麵領餉的隻有一萬兩千人，其中還多是老弱病殘，這些原來以朵顏三衛內遷蒙古人為主的隊伍，如今漢一點也看不出蒙古族朵顏部騎兵彪悍的樣子。
就這樣，文震孟帶著錦衣衛和東廠押解餉銀的隨行人員，在京師三大營的駐地，先後駐守了半個月，到了登記領餉的最後期限，仍然有一萬八千餘人不見蹤影。
京師三大營的坐營官當然也很尷尬，甚至也可以說有點害怕，畢竟如今的皇帝開始不好糊弄的，而且動不動就殺頭抄家，過去高高在上的錦衣衛和東廠，也是說殺就殺、說抓就抓，將近六萬人硬生生給清洗成不足四萬人，另外兩萬人要麽被殺頭抄家，要麽被抓了攆去挖煤開礦，當然了這所謂的兩萬人中也有大量的空餉存在，見不到人的也都是一律除名削籍，從此不再有糧餉俸祿了。
這次文震孟也是依著皇帝的意思，凡是逾期不來領餉的，一律除名削籍，從此不再發餉，至於坐營官以及各哨官把總的罪責，視情可不予追究。隻是令文震孟這個狀元公沒有想到的是，逾期不來領餉的人居然如此之多，冒領空餉的額度居然如此之大，號稱三十萬的京師三大營，不久前報備軍機處的實有員額是六萬，而實地點驗的人數，居然隻有四萬兩千人。
震驚之餘，做事認真、講原則的文狀元，根本不聽三大營坐營官的解釋，即便是英國公軍機大臣張惟賢、成國公朱純臣相繼派人說和也沒有用，根本不給京師勳貴武臣一點麵子，限定的最後期限一過，立馬提筆給皇帝上了密折，說明了實情。
對京營的情況，朱大明有心理準備，所以並沒有太意外。而這也的確是整頓京營的一個契機，隻是京營牽扯了太多勳貴武臣，輕易不能擅動，英國公張惟賢總督京師三大營，而成國公朱純臣提督五軍營，豐城侯李承祚提督三千營，新樂侯劉效祖與總兵朱國彥共掌神機營。
其中除了豐城侯李承祚涉魏黨被抓以外，其他的都不能重處。尤其新樂侯劉效祖，他是崇禎皇帝生母劉氏的親弟弟，也就是崇禎皇帝的親舅舅，其子劉文炳後來繼承了新樂侯的爵位，崇禎死後，劉文炳與鞏永固受命護送崇禎皇帝的太子出城，結果失敗，全家殉節而死。所以接到文震孟的密折之後，朱大明想來想去，最後決定把三千營的責任歸咎於豐城侯李承祚，以勾結魏逆、欺君罔上、貪墨軍餉之罪，將其抄家斬首，家人流放雲南；將五軍營、神機營的責任歸咎於之前的監軍內臣和坐營中官，共十二人，一律抄家斬首，並下旨申斥英國公張惟賢、成國公朱純臣和新樂侯劉效祖，一律罰俸一年。
對於文震孟密折裏請示剩餘餉銀如何處置的問題，朱大明則在給文震孟的旨意中，令他用剩餘的餉銀重新招募一萬八千人，從三大營選官訓練三個月，然後以一萬五千人充實三大營，再以三千人新建一個監軍標營，由監軍禦史直領，免得監軍禦史說話沒有分量。
與文震孟看到的情況大同小異，帶著尚方劍的倪元璐、施邦曜，分別到達任所之後，也是采取逐營發餉、逐人發餉的辦法，經過半個月的辛勞，終於摸清了宣府和薊鎮的情況，空餉的問題當然存在，但是要比京營好一點，空餉的額度都在兩成左右，而這些空餉倒也不是純粹貪汙揮霍了，而是用來養家丁。
營兵是朝廷的，而家丁是自己的，所以多數邊鎮將領喜歡把更多的軍餉挪用過來養家丁，這也是邊鎮普遍存在空餉問題的原因。好在這些家丁將來還是要上陣的，很多家丁隊伍到了關鍵時刻還能發揮重要的作用。這一點與京營比顯然要好一點，因為京營的空餉，就是將領純粹的貪墨，他們不需要像邊鎮將領那樣養家丁戰場保命。
但是即便算上了將領的家丁，宣府和薊鎮也還是有空餉，倪元璐核算之後密折上報宣府鎮營兵兼衛所兵實有員額一萬七千人，空餉三千人。
施邦曜所在的薊鎮三屯營、建昌營營兵兼衛所兵實有一萬六千人，空餉四千人。對於這個空餉的比例，朱大明其實還算是滿意的，至少與當初核實上報的差距隻有兩成左右，還不像後來那樣離譜。
但是該處理的人員還是要處理的，而且考慮到兩年後應對建虜的入侵，也有必要趁機清理掉一批不太可靠的將領，宣府鎮總兵侯世祿和薊鎮三屯營總兵劉策還算盡責，而宣府副總兵張承蔭、三屯營副總兵朱來，卻不敢死戰，在麵對建虜大軍的時候一降一逃，這樣的人留著也是禍害。
朱大明很快就把倪元璐和施邦曜的密折轉給了軍機處，張惟賢知道皇帝對軍務的重視，所以很快就做出了處理，參照京營的做法，監軍太監和坐營中官一律以欺君之罪處斬。與京營不同的是，根據皇帝的意思，宣府和薊鎮的副總兵張承蔭、朱來同樣抄家處斬，張承蔭的副總兵之位由宣府守備鄧祖禹升任，朱來的副總兵之位則由薊州鎮原參將孫祖壽升任。
之所以升鄧祖禹和孫祖壽的官，並不是他倆有多優秀，隻是因為在軍機處會同兵部報上來的候選名單裏，這兩個人是朱大明在後世讀明史的時候就知道的。
鄧祖禹是萬曆年間的武進士出身，萬曆年末天啟初曾在沈陽任守備，在出城激戰的過程中被擊落馬下，攻守雙方都以為他死了，結果隻是昏迷，等他醒來的時候沈陽城已經淪陷，無奈逃歸，先是論罪處死，後來知道內情的官員上書施救，被改為宣府守備至今，再後來與入侵的後金軍激戰，因公升任宣府副總兵，最後在與流賊作戰中被俘，不屈而死。至於孫祖壽，朱大明了解的不多，隻知道他在崇禎二年後金入侵的過程中，跟隨滿桂在德勝門外一起戰死。
宣府和薊州兩個邊鎮虛報兵員冒領軍餉的問題，最後該殺的殺、該罰的罰，數日之內就了結了。這就是有了密折和軍機處的好處，不需要上朝會議論來議論去，讓懂軍事的管軍事、懂政務的管政務，這樣一份工少了扯皮，多了效率。而且軍機處以軍法論罪，根本不走刑部、督察院、大理寺這個司法係統。惟一主管軍法的前後左右中五軍都督府，又是軍機大臣兼著大都督，所以效率就更高了。
當然了，追究責任的事情結束之後，朱大明也分別給倪元璐和施邦曜一道旨意，與給文震孟的旨意基本一樣，都是準許他們拿著剩餘的餉銀，每鎮以三千為定額，就地募兵，抽調所在邊鎮將校，編練監軍直領標營。軍機處將皇帝的旨意轉發九邊，整個九邊都是一震，那些虛報冒領額度較少的還好，空餉額度較高而且監軍禦史還未到達的，都是趕緊募兵填補，希望躲過這一劫。
而那些監軍禦史已到，兵員尚未補充的邊鎮，比如山海鎮、遼東鎮、東江鎮、大同鎮，則是忐忑不安地等待著監軍禦史的點驗，等待著皇帝的怒火和軍機處的處置。