在外修功行方麵他主要吸取了儒家仁、義、禮、智、信等說教，作為全真教信徒行事的準則。在《寄西州道友書》一文中他提出舍己從人克己複禮乃外日用，饒人忍辱絕盡思慮物物心體乃內日用，先人後己以己方人乃外日用，清靜做修行乃內日用。即道為內儒為外用道家的修性結合儒家的事功以達到追求的目標。
在性與道的關係上，丘處機也融合了儒家的人性論，認為道教所言之道與儒學的天命天道並無區別。他尤其讚同孔子性相近習相遠的說教，號召全真教徒要不斷修煉心境，消除邪念達到平常心以適應社會。在丘處機的著作裏還經常宣揚儒家的仁愛忠孝理論，要求教徒要有仁愛之心講孝道。在對金元統治階級講道時，他也把這類命題作為重要內容加以論述，丘處機將儒道結合之密切納儒入道之深刻，是有別於當時其他道教領袖及派別的一個鮮明特點。這種納儒入道的思想迎合了人們的心理。
從曆史上看道家與儒家文化都是中國傳統文化的重要組成部分，道家偏重於研究人與自然的關係，而儒家則偏重於研究人與人的關係。丘處機在堅持道教修煉的同時宣傳仁愛忠孝，提倡信徒走向社會、博取功名、濟世安民，無疑比單純宣揚研究人性與自然更能適應多數人的需求，如果說丘處機在其理論中把外修功行更多地與儒學相結合的話，那麽在內修心性方麵則更多地吸取了佛教禪宗的觀點。他的內丹修煉成仙說與禪宗明心見性成佛說多有相似之處。他提出的凡有七竅皆可成真源於佛教眾生皆有佛性之說。他也接受了佛教六道輪迴的觀點，提倡教徒在困苦之時要堅持心性修煉才能在心理上、精神上擺脫苦海，去享受天上真樂。他認為人間聲色衣食人見以為樂此非真樂本為苦耳。
丘處機所追求的不同於傳統道教那種延生術，而是一種成仙的超生術：吾宗之不言長生者非不長生超之也，他那種超出生死獲得精神解脫的認識與禪宗見性成佛如出一轍，均是一種主觀唯心論。所不同的是丘處機不讚成禪宗頓悟說，而是要經過長期內修心性外修命功來達到目標，其包含的內容更為豐富。丘處機還把佛教的至善思想融入了道教，提倡止惡揚善把追求善行、全善、至善當做一個奮鬥方向，看做是道的核心。他反複對信徒強調不僅心中要存善念，而且在行動上要有善行。慕善惡惡之念既存於心，必自有心去欲惡者，行之有力則至於全善之地。這種行善去惡的信念和忠孝仁義思想成為丘處機采納儒佛之長而形成的濟世安民思想的基礎。丘處機將全真道教三教合一思想發揚光大，適應了當時社會發展的要求也符合其時的國情，其一從理論上看儒釋道三家在其哲學原理如心性、天命、天道的論述上有相似之處，長期以來就有互相吸收的先例。特別是隋唐以來三教共存與發展，各家之長短已充分顯示。要想擴大自己的影響，勢必要取彼之長以補己之短，從而兼容並存。所以自北宋起，三教在堅持自己理論的同時，漸有融合之趨勢三教合成為三教代表人物和有識之士的共同願望。如高僧讚寧提出三教是一家之物萬乘是一家之君。儒學家宋太初說禮之中庸，伯陽之自然，釋氏之無為，其歸一也。道教大師張伯端認為教雖三分道乃歸一。王喆更有儒門釋戶道相通三教從來一祖風詩句。
金元之際三教合一是大勢所趨尤其對三教之中處於最弱小地位的道教自身發展是最為有利的。三教合一也是一種發展的必然趨勢，一種宗教理論或哲學思想，如能在社會上生存發展並占據支配地位。勢必要為廣大階層所接受。隻有統治階級支持而不為廣大人民群眾所接受，則缺少賴以存在的基礎難以發展，僅有下層群眾擁護而得不到統治階級的支持則難以持久。金元之際由於北方持續戰亂和少數民族相繼建立政權，過去傳統的儒學思想體係被打亂了，二程和朱熹開創的理學剛在南方形成直到元代後期才傳入中原地區並逐漸成為官方的指導思想。因此金元之際的少數民族統治階級在入主中原後迫切需要一種適應其統治的思想來穩定政權，糅合儒釋道三家所長的三教合一說可謂應運而生。
以丘處機為代表的全真教承認金元統治者在中原地區建立政權是符合天命的合法的，教導廣大人民群眾對統治階級應忠孝，對其剝削壓迫應忍讓，讓人民群眾修煉心性排除不滿於現狀的雜念，以更好地適應社會。這種說教是統治階級樂於采納的。對廣大勞苦大眾而言，沉重的階級壓迫和民族壓迫給人民造成極大痛苦。全真教宣揚有生皆苦修煉成仙尋求真樂，在精神上能給飽受苦難的勞苦大眾以一種暫時忍受痛苦和擺脫痛苦的虛幻安慰，他們宣揚仁愛行善濟世尋求功名又給人們帶來極大誘惑力和某種期盼。特別是丘處機反對戰亂提倡統治階級濟世愛民，倡導人民群眾在勞動中修行自耕自食，以勞動節儉作為入道修行的方式對於廣大貧苦農民無疑有著巨大的吸引力。
正是因為金元之際以丘處機為代表的三教合一理論為廣大階級所接受才會形成全真教在當時一枝獨秀之地位，成吉思汗西征和四大汗國建立後大批歐洲西亞人湧入中國北方，契丹、黨項、女真各民族也在中原落戶，伊斯蘭教和基督教等外來宗教開始在國內傳播，伴隨著民族融合而來的是各民族在文化上的融合，元政權建立後，對各種宗教采取兼容並納的政策恰是反映了不同民族文化融合的趨勢。與儒學深邃的哲理和佛學玄奧的說教相比較，丘處機深知要使自己的理論有長盛不衰的生命力，必須要在實踐中給人們帶來好處，而這種實踐又必須要得到統治階級的全力支持。金大定二十八年(1188)他首先取得當時信奉道教的金世宗青睞，一月內兩次在京召見尋問其長生與治國保民之術。
丘處機對金世宗剖析天人之理演明道德之宗甚愜上意。那是丘處機首次向最高統治者宣傳自己的主張並取得了成功。金世宗不僅親賜大桃以示褒獎讓他主持萬春節醮事，而且下令在宮庵中塑全真教創始人王喆之像以為紀念，為丘處機擴大全真教的影響和提高自己的社會地位無疑起了重要作用。金興定三年(1219)丘處機應邀與成吉思汗行營與其論道，是丘處機得以實現自己理想與才幹的重大舉措，之前，丘處機看到金朝國勢衰敗乃隱居於家鄉棲霞傳道授徒，並先後謝絕了金朝與南宋統治者欲請其輔政的邀請。
“師傅，對這個大老粗已經叨嘮的夠多的了，看他木頭木腦的樣子，就怕他聽不懂。”獨眼人有些耐不住性子，他湊近師傅丘處機低語著，“師傅，咱們走吧。”
“全真教日後發展是為師的宿願，必須要得到即將出現的新王支持。眼下，大金滅亡已成定局，必須要得到成吉思汗的支持。”丘處機冷眼盯了一下獨眼人，“休得羅嗦，以後，再見成吉思汗，就不帶你了。”
“還準備再見他？”獨眼人很暗暗敬佩師傅丘處機的耐性。
“是的，認準的事情就要幹成。不拋棄，不放棄，沒有聽說過嗎？”丘處機低語到，“以前，曾派弟子規勸這個大老粗，看來，隻有為師親自對他教誨，才能讓他放下屠刀。”
“聽他的意思，好象說殺性一起，還是要屠城的。”獨眼人用一隻眼白了一下成吉思汗，“他殺了那麽多人，玩了那麽多女人，就怕是沒有好報應的。將來，就怕這斯要死在女人手裏。”
“不要再多言了。”丘處機見成吉思汗側耳聽著他們師傅說話，他打斷的弟子獨眼人的話語。
“是的，師傅。”獨眼人不在多語。
丘處機表麵上給成吉思汗講養生之道，實際上是想勸他放下屠刀，而成吉思汗則是裝腔作勢地聽著眼前這個老道人叨嘮不休，內心裏卻是打定主意要從他口裏得一些安邦大計。
獨眼人有些不耐煩，他示意師傅丘處機快些離開，覺得與成吉思汗這個不識字又有些固執和偏執的人多說無用。丘處機見成吉思汗願意考慮他提出的一些主張，也為他治理國家求賢若渴的心境所打動，不由得心中竊喜。他想把實現理想和抱負的希望寄托在成吉思汗身上，就算曆盡艱辛他覺得也值得的。事實上丘處機去暴止殺的主張被成吉思汗接受以後，蒙古軍確實減少了對征地的殘酷殺戮。聽成吉思汗提到神仙一說，丘處機覺得有些好笑，看來，他也是怕死的。心想，這世上哪有不死的人，我修身養性也隻是希望多活幾歲，還叫我什麽神仙。於是，他針對成吉思汗希冀長生之心理，勸他把修身與行善結合起來。丘處機說，養生之道重在內固精神外修陰德。內固就是不要四處征伐，外修陰德就是要去暴止殺。丘處機勸其務須禁止殘暴殺戮才能使事業最後成功，凡將帥來謁，必方便勸以不殺，人有急必周之，士有俘於人者必援而出之，士馬所至以師與之名，脫欲兵之禍者甚眾。成吉思汗聽後不斷點頭。
獨眼人心想，師傅丘處機真是個救生靈於鼎鑊之中，奪性命於刀鋸之下，一言止殺有濟世有奇功的高人，看來，自己放下屠刀跟隨他還是對的。不過，他覺得自從跟隨丘處機以來，除了天天聽他叨嘮止殺要勸成吉思汗息戰，並沒有跟他學什麽驚世武功。
“先生以神仙之譽不為過也，隻是眼下金人如果不服我的統治有何良策。”成吉思汗歎息一聲，“有幾路江湖義人馬正欲迎我大軍，是殺還是不殺？”
“大金將滅是個定數，待以時機，那些綠林英雄自會歸順大汗的。”丘處機兩眼緊緊地盯著成吉思汗，勸他不要對那些綠林英雄開殺戒。接著又向宣傳濟世安民思想，要他在戰後恢複和發展中原地區社會經濟，救濟貧困百姓，安定社會的秩序。見成吉思汗點頭稱是，丘處機心裏很是高興。丘處機盼望出現一個好皇帝，以便讓人民過上安居樂業的生活。金世宗統治時期，一度政治比較清明，因此獲得丘處機的擁戴和高度評價。然而好景不長，蒙古軍進入中原與金戰爭不斷造成山河破碎人民流離失所，目睹人民痛苦生靈塗炭丘處機感到十分痛苦。
“以後，我得天下，就讓你們長春教為天下第一教。”成吉思汗哈哈笑到，“你也可與我並肩而論了。”
“天蒼蒼兮臨下土，胡為不救萬靈苦，萬靈日夜相淩遲，忍氣吞聲死無語。仰天大叫天不應，一物細瑣徒勞形。”丘處機把這次和成吉思汗交談當作一個實現自己濟世安民理想的良好契機，後來他又一次麵見成吉思汗時曾吟詠到“十年兵火萬民愁，千萬中無一二留。去歲幸逢慈詔下，今春須合冒寒遊。不辭嶺北三千裏，仍念山東二百州。窮急漏誅殘喘在，早教身命得消憂。”丘處機反複向成吉思汗灌輸愛民的道理，讓成吉思汗明白以敬天愛民為本。還巧妙地借用雷震等自然現象勸告成吉思汗及蒙古人要有行孝之心。他說嚐聞三千之罪莫大於不孝者，天故以是警之。今聞國俗不孝父母，帝乘威德可戒其眾。普天之下所有國土不啻億兆，奇珍異寶比比出之，皆不如中原天垂經教，治國之術為之大備。山東河北天下美地多出良禾、美蔬、魚、鹽、絲、蛋以給四方之用，自古得之者為大國曆代有國家者唯爭此地耳。要治理好中原須讓百姓獲蘇息之安，減免中原地區百姓賦稅，真正做到恤民保眾使天下懷安。成吉思汗思想多有所觸動，他愣愣呆了一會，喚過一個怯薛。
在性與道的關係上，丘處機也融合了儒家的人性論，認為道教所言之道與儒學的天命天道並無區別。他尤其讚同孔子性相近習相遠的說教，號召全真教徒要不斷修煉心境，消除邪念達到平常心以適應社會。在丘處機的著作裏還經常宣揚儒家的仁愛忠孝理論，要求教徒要有仁愛之心講孝道。在對金元統治階級講道時，他也把這類命題作為重要內容加以論述，丘處機將儒道結合之密切納儒入道之深刻，是有別於當時其他道教領袖及派別的一個鮮明特點。這種納儒入道的思想迎合了人們的心理。
從曆史上看道家與儒家文化都是中國傳統文化的重要組成部分，道家偏重於研究人與自然的關係，而儒家則偏重於研究人與人的關係。丘處機在堅持道教修煉的同時宣傳仁愛忠孝，提倡信徒走向社會、博取功名、濟世安民，無疑比單純宣揚研究人性與自然更能適應多數人的需求，如果說丘處機在其理論中把外修功行更多地與儒學相結合的話，那麽在內修心性方麵則更多地吸取了佛教禪宗的觀點。他的內丹修煉成仙說與禪宗明心見性成佛說多有相似之處。他提出的凡有七竅皆可成真源於佛教眾生皆有佛性之說。他也接受了佛教六道輪迴的觀點，提倡教徒在困苦之時要堅持心性修煉才能在心理上、精神上擺脫苦海，去享受天上真樂。他認為人間聲色衣食人見以為樂此非真樂本為苦耳。
丘處機所追求的不同於傳統道教那種延生術，而是一種成仙的超生術：吾宗之不言長生者非不長生超之也，他那種超出生死獲得精神解脫的認識與禪宗見性成佛如出一轍，均是一種主觀唯心論。所不同的是丘處機不讚成禪宗頓悟說，而是要經過長期內修心性外修命功來達到目標，其包含的內容更為豐富。丘處機還把佛教的至善思想融入了道教，提倡止惡揚善把追求善行、全善、至善當做一個奮鬥方向，看做是道的核心。他反複對信徒強調不僅心中要存善念，而且在行動上要有善行。慕善惡惡之念既存於心，必自有心去欲惡者，行之有力則至於全善之地。這種行善去惡的信念和忠孝仁義思想成為丘處機采納儒佛之長而形成的濟世安民思想的基礎。丘處機將全真道教三教合一思想發揚光大，適應了當時社會發展的要求也符合其時的國情，其一從理論上看儒釋道三家在其哲學原理如心性、天命、天道的論述上有相似之處，長期以來就有互相吸收的先例。特別是隋唐以來三教共存與發展，各家之長短已充分顯示。要想擴大自己的影響，勢必要取彼之長以補己之短，從而兼容並存。所以自北宋起，三教在堅持自己理論的同時，漸有融合之趨勢三教合成為三教代表人物和有識之士的共同願望。如高僧讚寧提出三教是一家之物萬乘是一家之君。儒學家宋太初說禮之中庸，伯陽之自然，釋氏之無為，其歸一也。道教大師張伯端認為教雖三分道乃歸一。王喆更有儒門釋戶道相通三教從來一祖風詩句。
金元之際三教合一是大勢所趨尤其對三教之中處於最弱小地位的道教自身發展是最為有利的。三教合一也是一種發展的必然趨勢，一種宗教理論或哲學思想，如能在社會上生存發展並占據支配地位。勢必要為廣大階層所接受。隻有統治階級支持而不為廣大人民群眾所接受，則缺少賴以存在的基礎難以發展，僅有下層群眾擁護而得不到統治階級的支持則難以持久。金元之際由於北方持續戰亂和少數民族相繼建立政權，過去傳統的儒學思想體係被打亂了，二程和朱熹開創的理學剛在南方形成直到元代後期才傳入中原地區並逐漸成為官方的指導思想。因此金元之際的少數民族統治階級在入主中原後迫切需要一種適應其統治的思想來穩定政權，糅合儒釋道三家所長的三教合一說可謂應運而生。
以丘處機為代表的全真教承認金元統治者在中原地區建立政權是符合天命的合法的，教導廣大人民群眾對統治階級應忠孝，對其剝削壓迫應忍讓，讓人民群眾修煉心性排除不滿於現狀的雜念，以更好地適應社會。這種說教是統治階級樂於采納的。對廣大勞苦大眾而言，沉重的階級壓迫和民族壓迫給人民造成極大痛苦。全真教宣揚有生皆苦修煉成仙尋求真樂，在精神上能給飽受苦難的勞苦大眾以一種暫時忍受痛苦和擺脫痛苦的虛幻安慰，他們宣揚仁愛行善濟世尋求功名又給人們帶來極大誘惑力和某種期盼。特別是丘處機反對戰亂提倡統治階級濟世愛民，倡導人民群眾在勞動中修行自耕自食，以勞動節儉作為入道修行的方式對於廣大貧苦農民無疑有著巨大的吸引力。
正是因為金元之際以丘處機為代表的三教合一理論為廣大階級所接受才會形成全真教在當時一枝獨秀之地位，成吉思汗西征和四大汗國建立後大批歐洲西亞人湧入中國北方，契丹、黨項、女真各民族也在中原落戶，伊斯蘭教和基督教等外來宗教開始在國內傳播，伴隨著民族融合而來的是各民族在文化上的融合，元政權建立後，對各種宗教采取兼容並納的政策恰是反映了不同民族文化融合的趨勢。與儒學深邃的哲理和佛學玄奧的說教相比較，丘處機深知要使自己的理論有長盛不衰的生命力，必須要在實踐中給人們帶來好處，而這種實踐又必須要得到統治階級的全力支持。金大定二十八年(1188)他首先取得當時信奉道教的金世宗青睞，一月內兩次在京召見尋問其長生與治國保民之術。
丘處機對金世宗剖析天人之理演明道德之宗甚愜上意。那是丘處機首次向最高統治者宣傳自己的主張並取得了成功。金世宗不僅親賜大桃以示褒獎讓他主持萬春節醮事，而且下令在宮庵中塑全真教創始人王喆之像以為紀念，為丘處機擴大全真教的影響和提高自己的社會地位無疑起了重要作用。金興定三年(1219)丘處機應邀與成吉思汗行營與其論道，是丘處機得以實現自己理想與才幹的重大舉措，之前，丘處機看到金朝國勢衰敗乃隱居於家鄉棲霞傳道授徒，並先後謝絕了金朝與南宋統治者欲請其輔政的邀請。
“師傅，對這個大老粗已經叨嘮的夠多的了，看他木頭木腦的樣子，就怕他聽不懂。”獨眼人有些耐不住性子，他湊近師傅丘處機低語著，“師傅，咱們走吧。”
“全真教日後發展是為師的宿願，必須要得到即將出現的新王支持。眼下，大金滅亡已成定局，必須要得到成吉思汗的支持。”丘處機冷眼盯了一下獨眼人，“休得羅嗦，以後，再見成吉思汗，就不帶你了。”
“還準備再見他？”獨眼人很暗暗敬佩師傅丘處機的耐性。
“是的，認準的事情就要幹成。不拋棄，不放棄，沒有聽說過嗎？”丘處機低語到，“以前，曾派弟子規勸這個大老粗，看來，隻有為師親自對他教誨，才能讓他放下屠刀。”
“聽他的意思，好象說殺性一起，還是要屠城的。”獨眼人用一隻眼白了一下成吉思汗，“他殺了那麽多人，玩了那麽多女人，就怕是沒有好報應的。將來，就怕這斯要死在女人手裏。”
“不要再多言了。”丘處機見成吉思汗側耳聽著他們師傅說話，他打斷的弟子獨眼人的話語。
“是的，師傅。”獨眼人不在多語。
丘處機表麵上給成吉思汗講養生之道，實際上是想勸他放下屠刀，而成吉思汗則是裝腔作勢地聽著眼前這個老道人叨嘮不休，內心裏卻是打定主意要從他口裏得一些安邦大計。
獨眼人有些不耐煩，他示意師傅丘處機快些離開，覺得與成吉思汗這個不識字又有些固執和偏執的人多說無用。丘處機見成吉思汗願意考慮他提出的一些主張，也為他治理國家求賢若渴的心境所打動，不由得心中竊喜。他想把實現理想和抱負的希望寄托在成吉思汗身上，就算曆盡艱辛他覺得也值得的。事實上丘處機去暴止殺的主張被成吉思汗接受以後，蒙古軍確實減少了對征地的殘酷殺戮。聽成吉思汗提到神仙一說，丘處機覺得有些好笑，看來，他也是怕死的。心想，這世上哪有不死的人，我修身養性也隻是希望多活幾歲，還叫我什麽神仙。於是，他針對成吉思汗希冀長生之心理，勸他把修身與行善結合起來。丘處機說，養生之道重在內固精神外修陰德。內固就是不要四處征伐，外修陰德就是要去暴止殺。丘處機勸其務須禁止殘暴殺戮才能使事業最後成功，凡將帥來謁，必方便勸以不殺，人有急必周之，士有俘於人者必援而出之，士馬所至以師與之名，脫欲兵之禍者甚眾。成吉思汗聽後不斷點頭。
獨眼人心想，師傅丘處機真是個救生靈於鼎鑊之中，奪性命於刀鋸之下，一言止殺有濟世有奇功的高人，看來，自己放下屠刀跟隨他還是對的。不過，他覺得自從跟隨丘處機以來，除了天天聽他叨嘮止殺要勸成吉思汗息戰，並沒有跟他學什麽驚世武功。
“先生以神仙之譽不為過也，隻是眼下金人如果不服我的統治有何良策。”成吉思汗歎息一聲，“有幾路江湖義人馬正欲迎我大軍，是殺還是不殺？”
“大金將滅是個定數，待以時機，那些綠林英雄自會歸順大汗的。”丘處機兩眼緊緊地盯著成吉思汗，勸他不要對那些綠林英雄開殺戒。接著又向宣傳濟世安民思想，要他在戰後恢複和發展中原地區社會經濟，救濟貧困百姓，安定社會的秩序。見成吉思汗點頭稱是，丘處機心裏很是高興。丘處機盼望出現一個好皇帝，以便讓人民過上安居樂業的生活。金世宗統治時期，一度政治比較清明，因此獲得丘處機的擁戴和高度評價。然而好景不長，蒙古軍進入中原與金戰爭不斷造成山河破碎人民流離失所，目睹人民痛苦生靈塗炭丘處機感到十分痛苦。
“以後，我得天下，就讓你們長春教為天下第一教。”成吉思汗哈哈笑到，“你也可與我並肩而論了。”
“天蒼蒼兮臨下土，胡為不救萬靈苦，萬靈日夜相淩遲，忍氣吞聲死無語。仰天大叫天不應，一物細瑣徒勞形。”丘處機把這次和成吉思汗交談當作一個實現自己濟世安民理想的良好契機，後來他又一次麵見成吉思汗時曾吟詠到“十年兵火萬民愁，千萬中無一二留。去歲幸逢慈詔下，今春須合冒寒遊。不辭嶺北三千裏，仍念山東二百州。窮急漏誅殘喘在，早教身命得消憂。”丘處機反複向成吉思汗灌輸愛民的道理，讓成吉思汗明白以敬天愛民為本。還巧妙地借用雷震等自然現象勸告成吉思汗及蒙古人要有行孝之心。他說嚐聞三千之罪莫大於不孝者，天故以是警之。今聞國俗不孝父母，帝乘威德可戒其眾。普天之下所有國土不啻億兆，奇珍異寶比比出之，皆不如中原天垂經教，治國之術為之大備。山東河北天下美地多出良禾、美蔬、魚、鹽、絲、蛋以給四方之用，自古得之者為大國曆代有國家者唯爭此地耳。要治理好中原須讓百姓獲蘇息之安，減免中原地區百姓賦稅，真正做到恤民保眾使天下懷安。成吉思汗思想多有所觸動，他愣愣呆了一會，喚過一個怯薛。