兩江總督馬新貽在大街上公然被刺殺，不但是讓江寧各級的地方官慌了手腳，更讓某些大人物也意想不到，這件事造成的影響太嚴重了。
八月初二消息傳到北京，猶如一顆炸彈在紫禁城內炸開。同治帝看完奏報，大驚道：“謀刺重臣的事情，此是千年第一案。
最近的一件也隻在唐朝元和十年的時候（公元815年），丞相武元衡在早朝時為盜所害。到現在已經一千多年了，今朝身邊又出此事，實在讓朕深為駭異。”當即下旨：江寧將軍魁玉同司道各官趕緊嚴訊，務得確情，盡法懲辦。
慈禧更是先一步得到消息，她當天下午即將曾國藩與李鴻章召到儀鸞殿商量。慈禧太後坐在鸞座之上問道：“這事豈不甚奇？”曾國藩何樣機敏？因為事涉自己原任的兩江之地，曾國藩急忙誠惶誠恐地迴答：“這事很奇。”卻不敢再說什麽。
清廷先命江寧將軍魁玉會同兩江“嚴訊”，“務將因何行刺緣由及有無主使之人一一審出，據實奏聞”。魁玉等複奏：“兇犯……直認行刺不諱，而訊其行刺之由，尚屬支離狡詐”。
後慈禧太後又以五百裏加緊的上諭，指派漕運總督張之萬（張之洞的哥哥）“馳赴江寧，會同熬審”同時調直隸總督曾國藩接任兩江總督主審此案，12月再加派刑部尚書鄭敦謹以軟差大臣身份馳赴江寧複審。
就這樣幾派欽差重臣，折騰了大半年，到1871年3月14日，曾國藩、鄭敦謹聯銜上奏，以“漏網發匪逆黨挾恨複仇”具結該案，刺客張文祥被處淩遲極刑，並剖心致祭馬新貽。一件大案至此，似乎已成定驗。然而，參審官員事後的種種異常表現，卻令人覺得此案結猶未結，另有不能道破的隱情。
首先是參與會審的兩位馬新貽親信——江寧布政使孫衣言、營務處總辦袁保慶（袁世凱的叔叔，後過繼為其子）都拒絕在奏結上簽字“書諾”，也就是不承認審訊的結果。
孫衣言更把質疑寫到了馬新貽的墓誌銘上：“賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷用重典，使天下有所畏懼，而獄已具且奏，衣言遂不書‘諾’。嗚唿！衣言之所以力爭，亦豈獨為公一人也哉？”直指供詞不實，忿忿不滿之情溢於言表。
他這個時候才明白，自己的靠山一死，湘軍集團上下對於他的態度，原來馬新貽在時，整個湘軍集團對於他或者馬新貽都是不冷不熱的，如今更是冷眼相加，更談不上配合查案了，而張文祥對他更是嗤之以鼻，也難怪他忿忿不平。
其次，欽差大臣鄭敦謹審結出奏之後，不等朝廷答複，就匆匆離開江寧；未及迴京複命，就中途稱病辭官迴家。按清製，欽差不迴京複命是要受處分的。而鄭竟然置之不理，不免令人詫異。
鄭敦謹翰林出身，先後任左都禦史、刑部尚書（相當於今日的最高監察長官和司法部長），因為辦案鐵麵無私贏得“鄭青天”之名。
他在離開江寧之日，對曾國藩按官場禮節致送的程儀（送別禮金）拒而不納，如此不給麵子的舉動，是不是要表示對與曾國藩會審結果的不滿？而鄭辭官後終身不複出仕，又是什麽樣的原因讓他心灰意冷？
冷眼人不難看出這其中的貓膩，如果說刺馬案跟湘軍集團沒有任何瓜葛？這話估計沒有一個人相信，更何況曾國藩雖然不在，但湘軍真正的統帥曾國荃始終對此不發表任何意見和態度。
“刺馬案”之所以被列入清末四大奇案，一個是因為馬新貽作為兩江總督的高級官場身份；另一個是因為這個案子背後隱藏的巨大政治軍事秘密——朝野都認為曾國藩平定太平軍攻陷天京後，收繳了洪秀全的全部金銀，但所上繳朝廷的數額卻非常少。
曾國藩此時等於背了黑鍋，他的所獲實在是不多，但這事情等於黃泥巴掉到了褲~襠裏——不是屎也是屎了，曾國藩有苦說不出，這顯然是有人泄露了他的那些非常隱秘的事情，這讓他非常憤怒，現在消除朝廷對他的猜忌才是重中之重。
可是這又那裏是那麽容易的？別的不說他的湘軍就是一個口實，所以他對於朝廷要裁撤湘軍的意見是全力配合和支持，但當時湘軍勢力強大，更有傳言曾國藩有野心，於是慈僖太後先把曾國藩調離江寧。
接著召見過馬新貽，升其為兩江總督，之後馬便在其密旨的授權下開始了對湘軍的財政調查。就在馬新貽即將把太平天國財富去向弄清楚的時候，“刺馬”案突然發生。
後世史家，多持湘軍“刺馬”說。認為至少有如下三個理由，令湘軍必“刺馬”而後快：
第一、湘軍自186~4年攻下太平天國首都“天京”（也就是江寧，今南京）後，就視兩江為自己的地盤。但朝廷卻不容湘軍坐大，1868年把曾國藩由兩江總督調任天子腳下的直隸總督，派不屬湘軍係統的馬新貽繼任，並落實裁撤湘軍。
其時馬新貽不過47歲，資望既淺，又無顯赫軍功。純是朝廷為了製衡湘軍勢力培養出來的政治新貴，湘軍中人，如何容得下這根“眼中釘”？
第二、幾萬湘軍士卒被裁撤後，其中不乏將領。這些人並不迴鄉務農，而是到處遊蕩擄掠，有些人參加了“哥老會”（又稱“袍哥”，源於四川，是近代中國活躍於長江流域，聲勢和影響都很大的一個秘密結社組織，傳說中是“天地會”的分支），這樣就擴大了黑勢力，成為社會的一大公害。
馬新貽在懲治散兵遊勇時非常嚴厲，尤其是他任命以剽悍著稱的袁保慶為營務處總辦，抓到為害百姓的散兵遊勇即就地~正~法。散兵遊勇對他恨之入骨。
第三、有聞馬新貽奉有慈禧太後密旨，要他追查太平天國寶藏下落。太平天國在天京經營十年，積聚金銀財寶無數。清廷本指望在攻克天京後，以這筆財富填補曆經十多年內外征戰空虛已久的國庫。
豈料天京在被湘軍“九帥”曾國荃率軍圍困四十餘天陷落後，這筆財寶卻不翼而飛。有傳聞指曾國荃攻進天京後，縱兵將天王府搶劫一空，然後一火焚之。
事後，湘軍中人多有迴鄉購田置地，大起豪宅的。當時朝廷曾讓時任兩江總督的曾國藩查報太平天國國庫的下落，曾國藩卻隻對以天王府已被大火焚毀，瓦礫全無。而馬新貽要調查此事，不被殺人滅口才怪。
馬新貽被刺後，執掌朝政的慈禧太後和恭親王顯然看出了一些端倪，急調湘軍老祖宗曾國藩迴兩江坐鎮，以防局麵變壞。但曾國藩態度卻很奇怪，兩度上折稱病請辭江督。
當時在直隸總督任上的曾國藩正為辦理“天津教案”焦頭爛額，國人責他媚外，洋人責他懲辦不力。
如能調任江督，正可順理成章脫離這個裏外不是人的尷尬境地，而曾國藩竟想賴在天津不走，除非他認為，“刺馬案”比“天津教案”更麻煩，更尷尬。
雖然曾國藩屢辭不獲之下，又受了朝廷幾頂誇他“老成持重，前在江南多年，情形熟悉，措置鹹宜”等高帽，不得不勉強赴任，卻是一路拖延。抵達江寧後，每天不過會客看書，也並不急著審案。
而後來在與鄭敦謹共同審案的過程中，曾國藩又往往沉默寡言，極少發問。鄭敦謹進行了將近半個月的審訊後，曾國藩不過是淡淡的提示鄭敦謹，恐怕案子還得象以前那樣奏結。曾國藩的消極態度中有什麽樣的隱情，耐人尋味。
最終，因曾國藩一個“實無指使別情”的奏片，朝廷中止了追求“刺馬”案真相的努力。這句話雖是“此地無銀三百兩”，但出自勳高柱石的曾國藩，力量非同小可，無非告訴朝中軍機大臣：不要再問了，問下去就沒什麽好結果了。
自始至終，可以說朝廷一直力主“刺馬”案另有主使，並且不斷降旨以推動審訊工作，前後參加審訊的官員多達五十餘人。
但直到最終，也沒有審出幕後主使，朝廷迫不得已接受了審訊結果，隻有以死後哀榮來安撫馬家後人，上諭賞加馬新貽太子太保銜，照總督陣亡例賜恤，入祀賢良祠，列國史傳，並賜諡號“端湣”，意思是為官清正，死得可惜。
其子馬毓楨加恩賞給主事，分刑部學習行走。其後代子子孫孫可世襲“騎都尉兼雲騎尉”的職位。又令在馬新貽曾經為官的江寧、廬州等地及其家鄉荷澤建立專祠，春秋官為之致祭。這些恩賜總算仁至義盡。
坊間傳聞四起，說什麽的都有，有說張文祥其實是反清義士。曾經是跟隨太平天國的一些小組織小勢力裏的人，殺馬新貽乃是殺身成仁的壯舉，有說馬新貽在江寧斂奪財物，搶了張文祥家的祖宅，更有桃色的說法，說是張文祥的嬌妻被馬新貽所搶！總之說什麽的都有，社會上傳的一片烏煙瘴氣。
八月初二消息傳到北京，猶如一顆炸彈在紫禁城內炸開。同治帝看完奏報，大驚道：“謀刺重臣的事情，此是千年第一案。
最近的一件也隻在唐朝元和十年的時候（公元815年），丞相武元衡在早朝時為盜所害。到現在已經一千多年了，今朝身邊又出此事，實在讓朕深為駭異。”當即下旨：江寧將軍魁玉同司道各官趕緊嚴訊，務得確情，盡法懲辦。
慈禧更是先一步得到消息，她當天下午即將曾國藩與李鴻章召到儀鸞殿商量。慈禧太後坐在鸞座之上問道：“這事豈不甚奇？”曾國藩何樣機敏？因為事涉自己原任的兩江之地，曾國藩急忙誠惶誠恐地迴答：“這事很奇。”卻不敢再說什麽。
清廷先命江寧將軍魁玉會同兩江“嚴訊”，“務將因何行刺緣由及有無主使之人一一審出，據實奏聞”。魁玉等複奏：“兇犯……直認行刺不諱，而訊其行刺之由，尚屬支離狡詐”。
後慈禧太後又以五百裏加緊的上諭，指派漕運總督張之萬（張之洞的哥哥）“馳赴江寧，會同熬審”同時調直隸總督曾國藩接任兩江總督主審此案，12月再加派刑部尚書鄭敦謹以軟差大臣身份馳赴江寧複審。
就這樣幾派欽差重臣，折騰了大半年，到1871年3月14日，曾國藩、鄭敦謹聯銜上奏，以“漏網發匪逆黨挾恨複仇”具結該案，刺客張文祥被處淩遲極刑，並剖心致祭馬新貽。一件大案至此，似乎已成定驗。然而，參審官員事後的種種異常表現，卻令人覺得此案結猶未結，另有不能道破的隱情。
首先是參與會審的兩位馬新貽親信——江寧布政使孫衣言、營務處總辦袁保慶（袁世凱的叔叔，後過繼為其子）都拒絕在奏結上簽字“書諾”，也就是不承認審訊的結果。
孫衣言更把質疑寫到了馬新貽的墓誌銘上：“賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷用重典，使天下有所畏懼，而獄已具且奏，衣言遂不書‘諾’。嗚唿！衣言之所以力爭，亦豈獨為公一人也哉？”直指供詞不實，忿忿不滿之情溢於言表。
他這個時候才明白，自己的靠山一死，湘軍集團上下對於他的態度，原來馬新貽在時，整個湘軍集團對於他或者馬新貽都是不冷不熱的，如今更是冷眼相加，更談不上配合查案了，而張文祥對他更是嗤之以鼻，也難怪他忿忿不平。
其次，欽差大臣鄭敦謹審結出奏之後，不等朝廷答複，就匆匆離開江寧；未及迴京複命，就中途稱病辭官迴家。按清製，欽差不迴京複命是要受處分的。而鄭竟然置之不理，不免令人詫異。
鄭敦謹翰林出身，先後任左都禦史、刑部尚書（相當於今日的最高監察長官和司法部長），因為辦案鐵麵無私贏得“鄭青天”之名。
他在離開江寧之日，對曾國藩按官場禮節致送的程儀（送別禮金）拒而不納，如此不給麵子的舉動，是不是要表示對與曾國藩會審結果的不滿？而鄭辭官後終身不複出仕，又是什麽樣的原因讓他心灰意冷？
冷眼人不難看出這其中的貓膩，如果說刺馬案跟湘軍集團沒有任何瓜葛？這話估計沒有一個人相信，更何況曾國藩雖然不在，但湘軍真正的統帥曾國荃始終對此不發表任何意見和態度。
“刺馬案”之所以被列入清末四大奇案，一個是因為馬新貽作為兩江總督的高級官場身份；另一個是因為這個案子背後隱藏的巨大政治軍事秘密——朝野都認為曾國藩平定太平軍攻陷天京後，收繳了洪秀全的全部金銀，但所上繳朝廷的數額卻非常少。
曾國藩此時等於背了黑鍋，他的所獲實在是不多，但這事情等於黃泥巴掉到了褲~襠裏——不是屎也是屎了，曾國藩有苦說不出，這顯然是有人泄露了他的那些非常隱秘的事情，這讓他非常憤怒，現在消除朝廷對他的猜忌才是重中之重。
可是這又那裏是那麽容易的？別的不說他的湘軍就是一個口實，所以他對於朝廷要裁撤湘軍的意見是全力配合和支持，但當時湘軍勢力強大，更有傳言曾國藩有野心，於是慈僖太後先把曾國藩調離江寧。
接著召見過馬新貽，升其為兩江總督，之後馬便在其密旨的授權下開始了對湘軍的財政調查。就在馬新貽即將把太平天國財富去向弄清楚的時候，“刺馬”案突然發生。
後世史家，多持湘軍“刺馬”說。認為至少有如下三個理由，令湘軍必“刺馬”而後快：
第一、湘軍自186~4年攻下太平天國首都“天京”（也就是江寧，今南京）後，就視兩江為自己的地盤。但朝廷卻不容湘軍坐大，1868年把曾國藩由兩江總督調任天子腳下的直隸總督，派不屬湘軍係統的馬新貽繼任，並落實裁撤湘軍。
其時馬新貽不過47歲，資望既淺，又無顯赫軍功。純是朝廷為了製衡湘軍勢力培養出來的政治新貴，湘軍中人，如何容得下這根“眼中釘”？
第二、幾萬湘軍士卒被裁撤後，其中不乏將領。這些人並不迴鄉務農，而是到處遊蕩擄掠，有些人參加了“哥老會”（又稱“袍哥”，源於四川，是近代中國活躍於長江流域，聲勢和影響都很大的一個秘密結社組織，傳說中是“天地會”的分支），這樣就擴大了黑勢力，成為社會的一大公害。
馬新貽在懲治散兵遊勇時非常嚴厲，尤其是他任命以剽悍著稱的袁保慶為營務處總辦，抓到為害百姓的散兵遊勇即就地~正~法。散兵遊勇對他恨之入骨。
第三、有聞馬新貽奉有慈禧太後密旨，要他追查太平天國寶藏下落。太平天國在天京經營十年，積聚金銀財寶無數。清廷本指望在攻克天京後，以這筆財富填補曆經十多年內外征戰空虛已久的國庫。
豈料天京在被湘軍“九帥”曾國荃率軍圍困四十餘天陷落後，這筆財寶卻不翼而飛。有傳聞指曾國荃攻進天京後，縱兵將天王府搶劫一空，然後一火焚之。
事後，湘軍中人多有迴鄉購田置地，大起豪宅的。當時朝廷曾讓時任兩江總督的曾國藩查報太平天國國庫的下落，曾國藩卻隻對以天王府已被大火焚毀，瓦礫全無。而馬新貽要調查此事，不被殺人滅口才怪。
馬新貽被刺後，執掌朝政的慈禧太後和恭親王顯然看出了一些端倪，急調湘軍老祖宗曾國藩迴兩江坐鎮，以防局麵變壞。但曾國藩態度卻很奇怪，兩度上折稱病請辭江督。
當時在直隸總督任上的曾國藩正為辦理“天津教案”焦頭爛額，國人責他媚外，洋人責他懲辦不力。
如能調任江督，正可順理成章脫離這個裏外不是人的尷尬境地，而曾國藩竟想賴在天津不走，除非他認為，“刺馬案”比“天津教案”更麻煩，更尷尬。
雖然曾國藩屢辭不獲之下，又受了朝廷幾頂誇他“老成持重，前在江南多年，情形熟悉，措置鹹宜”等高帽，不得不勉強赴任，卻是一路拖延。抵達江寧後，每天不過會客看書，也並不急著審案。
而後來在與鄭敦謹共同審案的過程中，曾國藩又往往沉默寡言，極少發問。鄭敦謹進行了將近半個月的審訊後，曾國藩不過是淡淡的提示鄭敦謹，恐怕案子還得象以前那樣奏結。曾國藩的消極態度中有什麽樣的隱情，耐人尋味。
最終，因曾國藩一個“實無指使別情”的奏片，朝廷中止了追求“刺馬”案真相的努力。這句話雖是“此地無銀三百兩”，但出自勳高柱石的曾國藩，力量非同小可，無非告訴朝中軍機大臣：不要再問了，問下去就沒什麽好結果了。
自始至終，可以說朝廷一直力主“刺馬”案另有主使，並且不斷降旨以推動審訊工作，前後參加審訊的官員多達五十餘人。
但直到最終，也沒有審出幕後主使，朝廷迫不得已接受了審訊結果，隻有以死後哀榮來安撫馬家後人，上諭賞加馬新貽太子太保銜，照總督陣亡例賜恤，入祀賢良祠，列國史傳，並賜諡號“端湣”，意思是為官清正，死得可惜。
其子馬毓楨加恩賞給主事，分刑部學習行走。其後代子子孫孫可世襲“騎都尉兼雲騎尉”的職位。又令在馬新貽曾經為官的江寧、廬州等地及其家鄉荷澤建立專祠，春秋官為之致祭。這些恩賜總算仁至義盡。
坊間傳聞四起，說什麽的都有，有說張文祥其實是反清義士。曾經是跟隨太平天國的一些小組織小勢力裏的人，殺馬新貽乃是殺身成仁的壯舉，有說馬新貽在江寧斂奪財物，搶了張文祥家的祖宅，更有桃色的說法，說是張文祥的嬌妻被馬新貽所搶！總之說什麽的都有，社會上傳的一片烏煙瘴氣。