12月12日晚，唐生智召開師以上將領會議，布置撤退行動。唐生智首先簡要說明當前戰況，詢問大家是否還能繼續堅守？眾將領沉默無語。
唐生智遂即出示蔣介石命的電令：“電文說‘如情況不能持久時，可相機撤退，以圖整理而期反攻。’據此，我和羅卓英、劉興兩副司令長官及周參謀長研究，決定於12日夜開始撤退。下麵，由周參謀長分發撤退命令和突圍計劃。”
周斕把撤退命令和方案分發給各將領後，強調說：“首都衛戍部隊決於本日（12日）晚，衝破當麵之敵，向浙、皖邊區轉進。各部隊行動時間、經過區域及集結地區，如方案規定。各部隊官兵應攜帶四天炒米及食鹽。”
唐生智最後宣布：“撤退的原則是：大部隊從正麵突圍，由第66軍和83軍掩護；第87師、第88師、第36師和教導總隊，隨司令部由下關渡江，由第36師掩護。會後立即行動。”
城內各部隊多沿中山路向下關撤退，而挹江門左右兩門洞已經堵塞，僅中間一門可以通行，各部爭先搶過，互不相讓，不少人因擠倒而被踩死。如教導總隊第1旅第2團團長謝承瑞，在光華門陣地曾英勇地擊退日軍多次衝擊，卻被擁擠人群踩死在挹江門門洞裏。
下關更為混亂。各部隊爭先搶渡，有的船因超載而沉沒；大部官兵無船可乘，用門板製造木筏渡江。
12日晚，衛戍司令長官唐生智、副司令長官羅卓英、劉興及長官部官兵，從下關煤炭港乘預備的小火輪渡江至浦口，得到日軍已至江浦附近、正向浦口包圍的情報，遂徒步向揚州顧祝同第三戰區司令部靠攏；13日7時到揚州時，顧祝同及戰區司令部已移駐臨淮關，臨行時留下六輛卡車。唐生智等主要官員及衛隊乘汽車至滁州轉火車，於當夜到達臨淮關。
隨後，第78軍和第36師也由此渡江至烏衣集結，後乘車去蚌埠轉信陽至萍鄉整頓。
12日晚，葉肇及鄧龍光兩軍長商定：第66軍和第83軍不執行掩護任務，兩軍由葉肇統一指揮從正麵突圍，向指定地點轉進。當即命令各師“按第160師、159師、156師、154師之順序，由太平門突圍，經湯山、句容向安徽寧國集中。”
12日20時前後，除第156師因未接到命令外，其他三師先後通過太平門。途徑岔路口、仙鶴門、東流等地時，均遭日軍阻擊，第159師代師長羅策群率部衝擊時陣亡。拂曉前到達湯山附近時，又遭日軍第16師團主力猛烈攻擊。部隊被打散，各自為戰，分頭向指定地點轉進。葉肇、鄧龍光與部隊失散後，換便衣突過日軍包圍圈。
20日前後，各師大部分別到達南陵、歙縣。第66軍參謀處長郭永鑣在九龍山一帶收容失散官兵1,300餘人，臨時編為三個營，爾後歸隊。未接到命令的第156師與教導總隊一同撤至下關，部分官兵渡過長江輾轉歸隊。第74軍組織較好，又掌握有一艘小火輪，約有五千人渡過江北。其餘部隊連夜搶渡，直至天亮不停。
13日拂曉，日軍艦艇衝破封鎖線到達下關江麵；第16師團一部乘舟艇進至八卦洲附近江麵。日軍炮火向江岸中**隊猛烈轟擊；飛機來迴掃射。中**隊數千名官兵隨船隻沉入江中，憲兵副司令蕭嶺即死於半渡中。江麵人頭攢動；江水被鮮血染紅；到處飄著死者屍體。日軍炮火繼續轟擊江岸，沒能渡江的中**隊官兵成批地倒下。日軍大部隊陸續趕到江岸，徹底切斷中**隊退路，大批沒能過江的中國官兵成為戰俘。
13日上午，日軍各部隊分別由中山門、光華門、中華門、水西門等處進入南京城內。山田支隊占領了南京最後一個支撐點幕府山；天穀支隊渡過長江占領揚州，切斷了大運河；第6師團一部進至下關；國崎支隊占領浦口，切斷了南京守軍一切退路。聚集於燕子磯、下關沿江一帶及八卦洲、江心洲中，未撤至江北的大批中國官兵成為戰俘。已渡至江北的中**隊沿津浦路向徐州方向撤退。
12月14日，根據最高統帥部指示，唐生智在臨淮關宣布南京衛戍司令長官部撤銷，撤至江北的衛戍軍部隊隸屬第三戰區。至此曆時十天的南京保衛戰結束。
唐生智遂即出示蔣介石命的電令：“電文說‘如情況不能持久時，可相機撤退，以圖整理而期反攻。’據此，我和羅卓英、劉興兩副司令長官及周參謀長研究，決定於12日夜開始撤退。下麵，由周參謀長分發撤退命令和突圍計劃。”
周斕把撤退命令和方案分發給各將領後，強調說：“首都衛戍部隊決於本日（12日）晚，衝破當麵之敵，向浙、皖邊區轉進。各部隊行動時間、經過區域及集結地區，如方案規定。各部隊官兵應攜帶四天炒米及食鹽。”
唐生智最後宣布：“撤退的原則是：大部隊從正麵突圍，由第66軍和83軍掩護；第87師、第88師、第36師和教導總隊，隨司令部由下關渡江，由第36師掩護。會後立即行動。”
城內各部隊多沿中山路向下關撤退，而挹江門左右兩門洞已經堵塞，僅中間一門可以通行，各部爭先搶過，互不相讓，不少人因擠倒而被踩死。如教導總隊第1旅第2團團長謝承瑞，在光華門陣地曾英勇地擊退日軍多次衝擊，卻被擁擠人群踩死在挹江門門洞裏。
下關更為混亂。各部隊爭先搶渡，有的船因超載而沉沒；大部官兵無船可乘，用門板製造木筏渡江。
12日晚，衛戍司令長官唐生智、副司令長官羅卓英、劉興及長官部官兵，從下關煤炭港乘預備的小火輪渡江至浦口，得到日軍已至江浦附近、正向浦口包圍的情報，遂徒步向揚州顧祝同第三戰區司令部靠攏；13日7時到揚州時，顧祝同及戰區司令部已移駐臨淮關，臨行時留下六輛卡車。唐生智等主要官員及衛隊乘汽車至滁州轉火車，於當夜到達臨淮關。
隨後，第78軍和第36師也由此渡江至烏衣集結，後乘車去蚌埠轉信陽至萍鄉整頓。
12日晚，葉肇及鄧龍光兩軍長商定：第66軍和第83軍不執行掩護任務，兩軍由葉肇統一指揮從正麵突圍，向指定地點轉進。當即命令各師“按第160師、159師、156師、154師之順序，由太平門突圍，經湯山、句容向安徽寧國集中。”
12日20時前後，除第156師因未接到命令外，其他三師先後通過太平門。途徑岔路口、仙鶴門、東流等地時，均遭日軍阻擊，第159師代師長羅策群率部衝擊時陣亡。拂曉前到達湯山附近時，又遭日軍第16師團主力猛烈攻擊。部隊被打散，各自為戰，分頭向指定地點轉進。葉肇、鄧龍光與部隊失散後，換便衣突過日軍包圍圈。
20日前後，各師大部分別到達南陵、歙縣。第66軍參謀處長郭永鑣在九龍山一帶收容失散官兵1,300餘人，臨時編為三個營，爾後歸隊。未接到命令的第156師與教導總隊一同撤至下關，部分官兵渡過長江輾轉歸隊。第74軍組織較好，又掌握有一艘小火輪，約有五千人渡過江北。其餘部隊連夜搶渡，直至天亮不停。
13日拂曉，日軍艦艇衝破封鎖線到達下關江麵；第16師團一部乘舟艇進至八卦洲附近江麵。日軍炮火向江岸中**隊猛烈轟擊；飛機來迴掃射。中**隊數千名官兵隨船隻沉入江中，憲兵副司令蕭嶺即死於半渡中。江麵人頭攢動；江水被鮮血染紅；到處飄著死者屍體。日軍炮火繼續轟擊江岸，沒能渡江的中**隊官兵成批地倒下。日軍大部隊陸續趕到江岸，徹底切斷中**隊退路，大批沒能過江的中國官兵成為戰俘。
13日上午，日軍各部隊分別由中山門、光華門、中華門、水西門等處進入南京城內。山田支隊占領了南京最後一個支撐點幕府山；天穀支隊渡過長江占領揚州，切斷了大運河；第6師團一部進至下關；國崎支隊占領浦口，切斷了南京守軍一切退路。聚集於燕子磯、下關沿江一帶及八卦洲、江心洲中，未撤至江北的大批中國官兵成為戰俘。已渡至江北的中**隊沿津浦路向徐州方向撤退。
12月14日，根據最高統帥部指示，唐生智在臨淮關宣布南京衛戍司令長官部撤銷，撤至江北的衛戍軍部隊隸屬第三戰區。至此曆時十天的南京保衛戰結束。