蔣介石身在武漢心在南京。當他得知日軍突破複廓陣地迫近城垣，而當滁附近已有日軍渡江時，深感局勢危急。為避免南京守軍被敵圍殲，蔣介石於12月11日，令在江北的顧祝同以電話轉告唐生智，要唐當晚渡江北上，令守軍相機突圍。唐生智曾力主固守，若突然先行撤走，怕責任難負，則要求必須先向守軍將領傳達最高統帥意圖後，才能撤離。
11日晚，蔣介石致電唐生智：“如情勢不能久持時，可相機撤退，以圖整理而期反攻。”
當日夜，唐生智與羅卓英、劉興及周斕商定：於12日夜開始撤退，並讓參謀人員製訂撤退方案。
12月12日拂曉，日軍集中炮火對複廓陣地及城垣猛攻。戰至10時許，城南雨花台陣地被日軍攻占。防守該地的第88師264旅殘部，因中華門城門已經堵死，無法退入城中，遂在敵人火力下沿護城河繞城北進，傷亡極為慘重。當晚，殘部於下關渡江撤至浦口。
日軍占領雨花台後，加強火力對中華門襲擊。第88師第262旅堅守城垣陣地奮力阻擊。
師長孫元良率師直屬隊及第262旅一部擅自向下關撤退，被第36師師長宋希濂勸阻，返迴中華門繼續作戰。
日軍第16師團仍在城東孝陵衛西山及紫金山一帶激戰。第9師團在光華門遭守軍反擊後，毫無進展。12日晨，第3師團也開始向南京城垣進攻。當日上午，日軍炮火繼續向南京城垣守軍陣地猛烈轟炸，將中華門及其以西城垣數處炸塌，一部日軍由缺口處突入城內。
中午前後，南京城內守軍陣地，烈火熊熊，硝煙彌漫，屍體遍地。日軍諸師團主力攻占了光華門、雨花台、中華門、山中門、玄武門，進入南京城內。
日軍以20萬精銳部隊，向10萬中**隊發動一次次猛攻。中**隊頑強抗擊，前赴後繼，付出重大犧牲：高級將領中將師長姚國華、少將旅長易安華、朱赤、高致崇、少將參謀長姚中英、憲兵副司令肖嶺以身殉國……第88師遂即撤走。
中華門內大批居民向城北難民區逃跑，與潰退殘兵擁擠在街道上，城中秩序開始混亂。衛戍司令部為有計劃有組織地撤退，於14時命令，第36師負責維持城中及下關的秩序。
南京守軍已開始呈動搖態勢，唐生智等決定在當夜撤退。
蔣介石雖已致電唐生智，令其在不能持久時相機撤退，但又希望能多守一段時間。
12日，他又以致函唐生智、羅卓英及劉興：“南京唐司令長官、羅、劉副司令長官：據報江浦附近已發現敵軍，是敵希圖對我四麵合圍，或威脅我後路，逼我撤退也。五日激戰，京城屹立無恙，此全賴吾兄之指揮若定與犧牲精神有以致之。經此激戰後，若敵不敢猛攻，則隻要我城中無恙，我軍仍以在京持久堅守為要。當不惜任何犧牲，以提高我國家與軍隊之地位與聲譽，亦為我革命轉敗為勝惟一之樞機。如南京能多守一日，即民眾多加一層光榮；如能再守半月以上，則內外形勢必一大變，而我野戰軍亦可如期策應，不患敵軍之合圍矣。遙望京城，想念官兵死傷苦痛，無任係念！進退戰守，生死榮辱，惟兄等熟圖之。”
此電文發出時，唐生智等撤退令已下達，南京實際已不可能再進行固守了。南京保衛戰僅守了十天！
11日晚，蔣介石致電唐生智：“如情勢不能久持時，可相機撤退，以圖整理而期反攻。”
當日夜，唐生智與羅卓英、劉興及周斕商定：於12日夜開始撤退，並讓參謀人員製訂撤退方案。
12月12日拂曉，日軍集中炮火對複廓陣地及城垣猛攻。戰至10時許，城南雨花台陣地被日軍攻占。防守該地的第88師264旅殘部，因中華門城門已經堵死，無法退入城中，遂在敵人火力下沿護城河繞城北進，傷亡極為慘重。當晚，殘部於下關渡江撤至浦口。
日軍占領雨花台後，加強火力對中華門襲擊。第88師第262旅堅守城垣陣地奮力阻擊。
師長孫元良率師直屬隊及第262旅一部擅自向下關撤退，被第36師師長宋希濂勸阻，返迴中華門繼續作戰。
日軍第16師團仍在城東孝陵衛西山及紫金山一帶激戰。第9師團在光華門遭守軍反擊後，毫無進展。12日晨，第3師團也開始向南京城垣進攻。當日上午，日軍炮火繼續向南京城垣守軍陣地猛烈轟炸，將中華門及其以西城垣數處炸塌，一部日軍由缺口處突入城內。
中午前後，南京城內守軍陣地，烈火熊熊，硝煙彌漫，屍體遍地。日軍諸師團主力攻占了光華門、雨花台、中華門、山中門、玄武門，進入南京城內。
日軍以20萬精銳部隊，向10萬中**隊發動一次次猛攻。中**隊頑強抗擊，前赴後繼，付出重大犧牲：高級將領中將師長姚國華、少將旅長易安華、朱赤、高致崇、少將參謀長姚中英、憲兵副司令肖嶺以身殉國……第88師遂即撤走。
中華門內大批居民向城北難民區逃跑，與潰退殘兵擁擠在街道上，城中秩序開始混亂。衛戍司令部為有計劃有組織地撤退，於14時命令，第36師負責維持城中及下關的秩序。
南京守軍已開始呈動搖態勢，唐生智等決定在當夜撤退。
蔣介石雖已致電唐生智，令其在不能持久時相機撤退，但又希望能多守一段時間。
12日，他又以致函唐生智、羅卓英及劉興：“南京唐司令長官、羅、劉副司令長官：據報江浦附近已發現敵軍，是敵希圖對我四麵合圍，或威脅我後路，逼我撤退也。五日激戰，京城屹立無恙，此全賴吾兄之指揮若定與犧牲精神有以致之。經此激戰後，若敵不敢猛攻，則隻要我城中無恙，我軍仍以在京持久堅守為要。當不惜任何犧牲，以提高我國家與軍隊之地位與聲譽，亦為我革命轉敗為勝惟一之樞機。如南京能多守一日，即民眾多加一層光榮；如能再守半月以上，則內外形勢必一大變，而我野戰軍亦可如期策應，不患敵軍之合圍矣。遙望京城，想念官兵死傷苦痛，無任係念！進退戰守，生死榮辱，惟兄等熟圖之。”
此電文發出時，唐生智等撤退令已下達，南京實際已不可能再進行固守了。南京保衛戰僅守了十天！