秦王府諸將領還準備將李建成和李元吉的一百多名親信全部誅殺，並將他們的家產沒收官府，程知節勸解李世民說：“罪孽都是兩個元兇所犯，而他們已經伏誅了，倘若還要牽連他們的黨羽，恐怕要天下大亂啊！”
於是李世民讓諸將領停止了追殺。當天，李淵頒布詔書赦天下，叛逆的罪名隻加給李建成和李元吉二人，對其餘的黨羽，一概不加追究。
接著李世民將李建成的兒子安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、钜鹿王李承義，李元吉的兒子梁郡王李承業、漁陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度等幼兒都被殘忍殺害，還在宗室的名冊上刪除他們的名字。
原東宮和齊王府的女眷則全部沒入宮中，後來成為李世民的後宮組成部分，其中較著名的是原來李元吉的妻子楊氏，李元吉死後被李世民納為妾，但沒有正式封號，宮中唿為“巢剌王妃”，是長孫皇後去世以後唯一一個生下子女的嬪妃。
7月5日，李淵立秦王李世民為皇太子，又頒布詔書：“從今天起，軍隊和國家的各項事務，無論大小，全部委托太子處理和決定，然後再報告給朕。”
同一天馮立和謝叔方都自動出來負罪。薛萬徹躲起來以後，李世民多次讓人明示他，於是他也出來了。李世民感慨地說：“這些人都能夠忠於自己所事奉的人，是義士啊！”便赦免了他們。
7月10日，李淵政變功臣宇文士及為太子詹事，長孫無忌與杜如晦為左庶子，高士廉與房玄齡為右庶子，尉遲恭為左衛率，劉弘基為右衛率，秦王府舊臣虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為太子洗馬，論及政變的功勞，以長孫無忌和尉遲恭為第一，分別賜絹一萬匹。
李淵還特別嘉獎尉遲恭，慰勞他說：“愛卿對於國家來說有安定社稷的功勞。”於是把齊王國司的金銀布帛器物全部賞賜給了尉遲恭。
7月31日，以秦王府護軍劉弘基為左衛大將軍，又以侯君集為右武衛大將軍，尉遲恭為右武候大將軍。
8月3日，以高士廉為侍中（相當於宰相），房玄齡為中書令（亦相當於宰相），蕭瑀為左仆射（亦相當於宰相），長孫無忌為吏部尚書，杜如晦為兵部尚書。
8月4日，以宇文士及為中書令，封德彝為右仆射（亦相當於宰相）；又以前天策府兵曹參軍杜淹為禦史大夫，前任中書舍人顏師古、劉林甫為中書侍郎，左衛副率公孫武達為左衛將軍，左虞候劉師立為驍衛將軍，副護軍薛萬徹為右領軍將軍，右內副率張公謹為右武候將軍，右監門率長孫安業為右監門將軍，右內副率李客師為領左右軍將軍。至此，李世民集團成員和支持李世民的官員控製了國家的要害部門和職位，完全掌握了全國軍政大權
太子李建成和齊王李元吉的餘黨流散逃亡到民間，雖然朝廷連續頒布赦免令，他們仍然感到內心不安，圖謀僥幸獲利的人爭相告發捕捉他們，以此邀功請賞。諫議大夫王圭將這種情況告訴了太子世民。
8月7日，李世民頒布太子令：“六月四日玄武門之變以前與東宮和齊王府有牽連的人、六月十七日以前與李瑗謀反有牽連的人，一概不允許相互告發，對違反規定的人以誣告罪論處。”
朝廷派遣諫議大夫王圭安撫崤山以東地區，允許他見機行事。王圭來到磁州的時候，遇到州縣枷送前任太子千牛李誌安、齊王護軍李思行前往京城。
王圭說：“我奉命出使的時候，對原來的東宮與齊王府的屬官已經一概赦免，不予追究。現在又押送李思行等人，那麽誰會不對赦令產生懷疑呢！雖然朝廷為此派遣了特使，又有誰會相信他呢！
我不能夠因顧慮自身遭受嫌疑，便不為國家考慮。何況我既然被視為國中才能出眾的人士而受到禮遇，怎敢不以國中才能出眾人士的本色來報答太子呢！”於是，他將李誌安等人一律釋放。太子李世民得知此事後甚為高興。
7月14日，李淵將親筆詔書賜給裴寂等人說：“朕應當加上太上皇的尊號。”表達了自己要退位和內禪的想法。
7月27日，李淵撤銷了太子李世民兼任的天策上將府邸，為李世民登基做準備。
8月3日，李淵頒布製書，將皇帝位傳給太子李世民，自為太上皇，仍居於大內皇宮正殿——太極殿。李世民堅決推辭，高祖不許。
高祖頒布傳位製書的第二天，即武德五年八月初九，太子李世民在東宮顯德殿即皇帝位，是為唐太宗，並大赦天下，從此開始了他輝煌的皇帝生涯，在即位第二年正月初一改元貞觀。
10月26日李世民下達詔書，追封已故太子皇兄李建成為息王，諡號為隱，是為息隱王；皇弟齊王李元吉為海陵郡王，諡號為剌，是為海陵剌王，以皇家喪禮重新安葬。
安葬那一天，李世民在宜秋門大哭一場，顯得十分哀痛。諫議大夫王圭上表請求陪送李建成和李元吉靈車到安葬地。李世民答應了他的請求，並命令原東宮和齊王府的幕僚屬官都去送葬。
“參見陛下！”程知節帶著段誌玄和秦瓊等人對著剛剛下朝，有些疲憊，又有些興奮地李世民躬身施禮。
“五哥，你太客氣了。”李世民上前將他們扶住，道：“今日我才明白五哥為什麽不做這個皇帝，朝堂上吵得亂哄哄的，真是累人。”
程知節心中暗暗腹誹，不過心中卻沒有表現出來道：“陛下英明神武，這些事情讓我來做才是真的災難，陛下卻是信手拈來，不費吹灰之力。”
李世民哈哈笑道：“五哥，你也跟那些大臣們一樣，跟我生分了。”
程知節道：“陛下，現在長安已經平定，中原百廢待興。我的任務也就完成了。也到了我兌現我承諾的時候。不過我的山東有些特殊，有一些政策與其他政策有些不同。我希望陛下能隨我到山東各地去看一看，切實了解一下山東的情況，咱們再決定怎麽和平統一。”
李世民然其言道：“五哥所言正是老成持國之策，好！咱們就這麽辦！等過一段時間政局穩定了，我就和五哥出去走一走。”
程知節再次俯首稱謝，李世民趕緊把他扶了起來道：“五哥，太客氣了，這樣，我賜你見君不拜的權利。”
程知節連忙道：“臣惶恐！請陛下收迴成命，千萬不要壞了規矩。”李世民搖頭道：“好吧！現在咱們沒有上朝，五哥還是隨便一點吧！”
程知節還沒有說話，突然外麵鍾鼓齊鳴，有一個聲音大喊道：“報！邊關急報！”
李世民一愣眼中射出兩道寒光，和程知節說了一聲：“失陪！”然後急匆匆的又來到了金鑾殿。
時間不長文武百官聽到鍾鼓聲，就急匆匆來了；有一位軍士滿麵塵土，他跪伏在地上從懷中拿出一封書信道：“報！啟稟萬歲；突厥頡利可汗突發20萬大軍犯我邊境，他們偷襲涇州，涇州失守，郡守張德政殉國，突厥大軍已經直奔高陵。”
“轟！”朝堂上一下子就亂套了，眾位大臣猶如蒼蠅一般嗡嗡嗡的亂作一團。
李世民冷哼一聲，“啪！”的拍了一下子龍書案；眾人這才停止慌亂，恢複了正常。
“頡利欺人太甚！竟然敢趁朕剛剛登基，來犯我邊疆，是可能孰不可忍！我意禦駕親征，絕不與頡利善罷甘休。”
眾文物一聽全都嚇了一跳，蕭禹和封德蠡趕緊勸道：“陛下，我大唐剛剛穩定，實在不易在起刀兵。突厥所求著，不過婦女與財務。我們可以許他些財務，換的頡利退兵。請陛下三思。”
尉遲敬德等武將卻大叫道：“頡利乘人之危，實為不仁；我們順天興兵反擊，定得天庇佑一舉消滅敵人。請陛下下令，我等願為先鋒斬殺頡利。”
李世民喝了一聲：“好！我意已決，這一次一定要與頡利決戰到底。尉遲敬德，我認命你為先鋒帶領5000軍馬先行，朕隨後帶大隊就到。”
尉遲敬德大喜道：“得令！”說著行了一禮，躬身出了大殿；李世民宣布散朝，讓眾將下去集合人馬，他也迴宮去做準備。
長孫無垢親自為夫君整理征袍，程知節道：“陛下這次去前敵，你準備怎麽辦？”
李世民長歎了一口氣道：“五哥，我也想一下子就消滅頡利的百萬大軍，可是這是不可能的。姿態是一定要做的，要讓頡利看到我們的決心；寧可打一仗，也要讓他再也不敢輕易犯我邊境。
我想最終還得和談，我可以舍棄一些財物，換取短暫的和平。這些年我會厲兵秣馬，總有一天要報仇雪恨。”46
於是李世民讓諸將領停止了追殺。當天，李淵頒布詔書赦天下，叛逆的罪名隻加給李建成和李元吉二人，對其餘的黨羽，一概不加追究。
接著李世民將李建成的兒子安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、钜鹿王李承義，李元吉的兒子梁郡王李承業、漁陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度等幼兒都被殘忍殺害，還在宗室的名冊上刪除他們的名字。
原東宮和齊王府的女眷則全部沒入宮中，後來成為李世民的後宮組成部分，其中較著名的是原來李元吉的妻子楊氏，李元吉死後被李世民納為妾，但沒有正式封號，宮中唿為“巢剌王妃”，是長孫皇後去世以後唯一一個生下子女的嬪妃。
7月5日，李淵立秦王李世民為皇太子，又頒布詔書：“從今天起，軍隊和國家的各項事務，無論大小，全部委托太子處理和決定，然後再報告給朕。”
同一天馮立和謝叔方都自動出來負罪。薛萬徹躲起來以後，李世民多次讓人明示他，於是他也出來了。李世民感慨地說：“這些人都能夠忠於自己所事奉的人，是義士啊！”便赦免了他們。
7月10日，李淵政變功臣宇文士及為太子詹事，長孫無忌與杜如晦為左庶子，高士廉與房玄齡為右庶子，尉遲恭為左衛率，劉弘基為右衛率，秦王府舊臣虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為太子洗馬，論及政變的功勞，以長孫無忌和尉遲恭為第一，分別賜絹一萬匹。
李淵還特別嘉獎尉遲恭，慰勞他說：“愛卿對於國家來說有安定社稷的功勞。”於是把齊王國司的金銀布帛器物全部賞賜給了尉遲恭。
7月31日，以秦王府護軍劉弘基為左衛大將軍，又以侯君集為右武衛大將軍，尉遲恭為右武候大將軍。
8月3日，以高士廉為侍中（相當於宰相），房玄齡為中書令（亦相當於宰相），蕭瑀為左仆射（亦相當於宰相），長孫無忌為吏部尚書，杜如晦為兵部尚書。
8月4日，以宇文士及為中書令，封德彝為右仆射（亦相當於宰相）；又以前天策府兵曹參軍杜淹為禦史大夫，前任中書舍人顏師古、劉林甫為中書侍郎，左衛副率公孫武達為左衛將軍，左虞候劉師立為驍衛將軍，副護軍薛萬徹為右領軍將軍，右內副率張公謹為右武候將軍，右監門率長孫安業為右監門將軍，右內副率李客師為領左右軍將軍。至此，李世民集團成員和支持李世民的官員控製了國家的要害部門和職位，完全掌握了全國軍政大權
太子李建成和齊王李元吉的餘黨流散逃亡到民間，雖然朝廷連續頒布赦免令，他們仍然感到內心不安，圖謀僥幸獲利的人爭相告發捕捉他們，以此邀功請賞。諫議大夫王圭將這種情況告訴了太子世民。
8月7日，李世民頒布太子令：“六月四日玄武門之變以前與東宮和齊王府有牽連的人、六月十七日以前與李瑗謀反有牽連的人，一概不允許相互告發，對違反規定的人以誣告罪論處。”
朝廷派遣諫議大夫王圭安撫崤山以東地區，允許他見機行事。王圭來到磁州的時候，遇到州縣枷送前任太子千牛李誌安、齊王護軍李思行前往京城。
王圭說：“我奉命出使的時候，對原來的東宮與齊王府的屬官已經一概赦免，不予追究。現在又押送李思行等人，那麽誰會不對赦令產生懷疑呢！雖然朝廷為此派遣了特使，又有誰會相信他呢！
我不能夠因顧慮自身遭受嫌疑，便不為國家考慮。何況我既然被視為國中才能出眾的人士而受到禮遇，怎敢不以國中才能出眾人士的本色來報答太子呢！”於是，他將李誌安等人一律釋放。太子李世民得知此事後甚為高興。
7月14日，李淵將親筆詔書賜給裴寂等人說：“朕應當加上太上皇的尊號。”表達了自己要退位和內禪的想法。
7月27日，李淵撤銷了太子李世民兼任的天策上將府邸，為李世民登基做準備。
8月3日，李淵頒布製書，將皇帝位傳給太子李世民，自為太上皇，仍居於大內皇宮正殿——太極殿。李世民堅決推辭，高祖不許。
高祖頒布傳位製書的第二天，即武德五年八月初九，太子李世民在東宮顯德殿即皇帝位，是為唐太宗，並大赦天下，從此開始了他輝煌的皇帝生涯，在即位第二年正月初一改元貞觀。
10月26日李世民下達詔書，追封已故太子皇兄李建成為息王，諡號為隱，是為息隱王；皇弟齊王李元吉為海陵郡王，諡號為剌，是為海陵剌王，以皇家喪禮重新安葬。
安葬那一天，李世民在宜秋門大哭一場，顯得十分哀痛。諫議大夫王圭上表請求陪送李建成和李元吉靈車到安葬地。李世民答應了他的請求，並命令原東宮和齊王府的幕僚屬官都去送葬。
“參見陛下！”程知節帶著段誌玄和秦瓊等人對著剛剛下朝，有些疲憊，又有些興奮地李世民躬身施禮。
“五哥，你太客氣了。”李世民上前將他們扶住，道：“今日我才明白五哥為什麽不做這個皇帝，朝堂上吵得亂哄哄的，真是累人。”
程知節心中暗暗腹誹，不過心中卻沒有表現出來道：“陛下英明神武，這些事情讓我來做才是真的災難，陛下卻是信手拈來，不費吹灰之力。”
李世民哈哈笑道：“五哥，你也跟那些大臣們一樣，跟我生分了。”
程知節道：“陛下，現在長安已經平定，中原百廢待興。我的任務也就完成了。也到了我兌現我承諾的時候。不過我的山東有些特殊，有一些政策與其他政策有些不同。我希望陛下能隨我到山東各地去看一看，切實了解一下山東的情況，咱們再決定怎麽和平統一。”
李世民然其言道：“五哥所言正是老成持國之策，好！咱們就這麽辦！等過一段時間政局穩定了，我就和五哥出去走一走。”
程知節再次俯首稱謝，李世民趕緊把他扶了起來道：“五哥，太客氣了，這樣，我賜你見君不拜的權利。”
程知節連忙道：“臣惶恐！請陛下收迴成命，千萬不要壞了規矩。”李世民搖頭道：“好吧！現在咱們沒有上朝，五哥還是隨便一點吧！”
程知節還沒有說話，突然外麵鍾鼓齊鳴，有一個聲音大喊道：“報！邊關急報！”
李世民一愣眼中射出兩道寒光，和程知節說了一聲：“失陪！”然後急匆匆的又來到了金鑾殿。
時間不長文武百官聽到鍾鼓聲，就急匆匆來了；有一位軍士滿麵塵土，他跪伏在地上從懷中拿出一封書信道：“報！啟稟萬歲；突厥頡利可汗突發20萬大軍犯我邊境，他們偷襲涇州，涇州失守，郡守張德政殉國，突厥大軍已經直奔高陵。”
“轟！”朝堂上一下子就亂套了，眾位大臣猶如蒼蠅一般嗡嗡嗡的亂作一團。
李世民冷哼一聲，“啪！”的拍了一下子龍書案；眾人這才停止慌亂，恢複了正常。
“頡利欺人太甚！竟然敢趁朕剛剛登基，來犯我邊疆，是可能孰不可忍！我意禦駕親征，絕不與頡利善罷甘休。”
眾文物一聽全都嚇了一跳，蕭禹和封德蠡趕緊勸道：“陛下，我大唐剛剛穩定，實在不易在起刀兵。突厥所求著，不過婦女與財務。我們可以許他些財務，換的頡利退兵。請陛下三思。”
尉遲敬德等武將卻大叫道：“頡利乘人之危，實為不仁；我們順天興兵反擊，定得天庇佑一舉消滅敵人。請陛下下令，我等願為先鋒斬殺頡利。”
李世民喝了一聲：“好！我意已決，這一次一定要與頡利決戰到底。尉遲敬德，我認命你為先鋒帶領5000軍馬先行，朕隨後帶大隊就到。”
尉遲敬德大喜道：“得令！”說著行了一禮，躬身出了大殿；李世民宣布散朝，讓眾將下去集合人馬，他也迴宮去做準備。
長孫無垢親自為夫君整理征袍，程知節道：“陛下這次去前敵，你準備怎麽辦？”
李世民長歎了一口氣道：“五哥，我也想一下子就消滅頡利的百萬大軍，可是這是不可能的。姿態是一定要做的，要讓頡利看到我們的決心；寧可打一仗，也要讓他再也不敢輕易犯我邊境。
我想最終還得和談，我可以舍棄一些財物，換取短暫的和平。這些年我會厲兵秣馬，總有一天要報仇雪恨。”46