李淵聞報大發雷霆，命令嚴查兇手。最終兇案告破，兩位殺手是定州刺史獨孤修和他的弟弟。
兩年前，他們的父親、皇泰主手下的司隸大夫獨孤機因為密謀聯絡唐軍偷襲東都城，被王世充滿門抄斬；現在，在幾乎沒有遇到防衛和抵抗的情況下，他們成功地為父親複了仇。皇帝李淵得知後，僅僅將獨孤修免除官職了事。
王世充的兒子王玄應及家族其他男子，走到半路上又被大唐朝廷以謀反的罪名全部誅殺。
通過曲折的手段解決了王世充家族後，皇帝李淵心中總算石頭落地。
李淵以為天下業已平定，四海一統，便宣布大赦天下；但仍下令追討竇建德的餘黨，抓捕後充軍流放到邊疆。
治書侍禦史孫伏伽上書勸諫道：“孔子有言，兵、食可去，信不可去，陛下既然業已宣布大赦天下，又繼續將竇建德的部下流放邊疆，是否違背了本意，讓臣下不知到底以您哪一條詔令為準呢？再說連王世充都作了寬大處理，何況是竇建德的餘黨呢？臣以為應該將已抓捕到的全部予以釋放。”
李淵接受了孫伏伽的建議，但並沒有下文取消以前的詔令。河北各地官吏繼續搜捕竇建德的將領。
竇建德敗滅後，他手下的將領都帶著多年積攢的財物迴到了鄉裏。當地大唐官吏想從中抽肥，便想方設法借用法律條文來處置他們，抓起來後，有時還苦刑拷打，弄得竇建德的舊將個個驚惶不安。竇建德的主要將領範願、王小胡家在洺州，他們打算偷偷帶著家產逃亡外地，官府追捕得很急，他們隻好逃到貝州。
這時，他們又得知朝廷征召竇建德舊將範願、董康買、曹湛以及等人的消息，便坐不住了。
“不公道啊，真是太不公道了！”將領們互相感歎著，憤憤不平地說，“王世充拿洛陽降了唐國，他的將相大臣段達、單雄信卻被殺掉了。我們這些人到了長安，必定免不了要被砍頭！十年來，我們身經百戰，早就該死了，現在何必貪生怕死？不如起來造反得了！看我們的夏王，死得好冤屈啊——他抓住了李神通和那李淵的妹妹，都用客人之禮接待他們，可是那李淵抓住了夏王，卻把他殺了！真是太沒有良心了！我們都是夏王所信賴的人，現在我們如果不起來為他報仇，我們還是人嗎！還有臉活在這個世上嗎！”
“反了吧——就是死了，我們也要轟轟烈烈地死！”
於是眾人決意造反。他們焚香占卜。神明指示他們說，奉劉氏為主，一定大吉。於是他們偷偷潛往漳南，去拜訪竇建德的舊將劉雅，將他們的密謀告訴了他。
劉雅拒絕出頭為主。“天下剛剛安定，”他對昔日的同事說，“我打算終身耕田種桑，不願再起兵了！”
眾人大怒，認為他沒有良心，又害怕他泄露了密謀，便將他殺了。
竇建德所封的漢東公劉黑闥這時也隱居在漳南；眾人前去拜訪，將密謀告訴了他，劉黑闥高興地允諾願意領頭造反。眾人大喜；於是他們暗暗地招兵買馬想要再次造反。
在李世民平滅王世充的時候，在江淮也發生了一件大事，杜伏威和李子通這對老冤家終於發生了火並。
杜伏威和養子王雄誕帶領著三萬人來攻打李子通，他們在青鬆嶺對峙。杜伏威看出李子通已經被大魔國打怕了，現在是色厲內荏。
他們就派人多造旗鼓，夜間則虛設燈火，盡力製造數十萬大軍的假象。可能是上次被夜襲留下了嚴重的心理陰影，李子通草木皆兵之下，居然自行燒了營帳，連夜全軍撤退。王追擊到杭州城下，李部崩潰，李子通窮蹙投降，杜伏威獨占江淮。
在消滅李子通後，杜伏威又派王雄誕進攻江淮間其他獨立勢力。很快將他們一舉掃平，成了江淮霸主。
李唐當然不可能在任由一個新的對手成長起來，這時李世民剛剛打敗了王世充，就趁機帶著大軍道和江淮接近的邊境，炫耀軍威。
此時的杜伏威連遭打擊已經沒有以往的雄心壯誌，加上家裏輔公佑爭權奪勢越來越激烈，再被李世民這一嚇唬，使得他明白唯一還能對李唐構成威脅的就是自己了。
杜伏威自然明白李世民的用意，心中十分不安，擔心成為李唐下一個進攻目標；終於心灰意冷，決定撂挑子不幹了。
於是杜伏威突然下了一個決定，索性上書李淵，請求入朝。李淵收到報告後自然高興，批準杜伏威入朝。於是杜伏威將江淮軍交給義子王雄誕，自己帶了少數親信於當年七月到長安朝見李淵。
杜伏威的主動獻忠心讓李淵很是滿意，同時也是為了在天下人麵前做個樣子，李淵加封杜為太子太保，位在齊王元吉之上(那應該就是僅次於李淵、李建成、李世民三人，為大唐第四號人物)。
杜伏威離開後，江淮軍很快出了大亂子。當年創立江淮軍時，最高領袖是杜伏威和輔公祏兩個人，二人自幼為友，長大後又共同起義打天下，號稱刎頸之交，輔公佑比杜伏威年長，杜就稱輔為兄，軍中稱輔公佑為“輔伯“，輔的地位與杜相當。
但隨著勢力的壯大，在權力的引誘下兩人的友誼終於出現了裂痕，杜伏威認為輔公祏的地位過高影響了他的領導權，因此杜奪了輔的兵權，隻讓他擔任位高而無權的仆射一職。
輔公祏對此心中不平，於是借口與故友左遊仙學神仙術，主動退出權力之爭，平時不理政務。
杜伏威臨去長安時，將政務交給輔公祏，而將軍務交給了自己的心腹義子王雄誕，同時秘令王雄誕監視輔公佑。當年的好友如今竟成了提防的對象。
輔公祏畢竟不是甘心雌伏的人，杜伏威一走，他就和左遊仙密謀發動兵變。
輔公祏唯一的障礙就是王雄誕，王雄誕是杜伏威的義子和最寵愛的大將，絕對忠於杜伏威，他手握江淮軍軍權，不除掉他兵變就不可能成功。
於是輔公佑使出反間計，偽造了杜伏威的筆跡寫信給王雄誕，信中無緣無故地責備王雄誕有貳心。
王雄誕在戰場上是有勇有謀的良將，但講到政治鬥爭就不是對手了，收信後王非常傷心，就此托病在家不再沾手軍務，想以實際行動向杜證明自己的忠心耿耿絕無貳心。
王雄誕的行為正中輔公祏下懷，輔公佑乘勢而起就勢接管了江淮軍，又偽造了杜伏威密令，說在長安受到虐待，要輔公祏起兵造反。
以輔公祏在江淮軍中的號召力，加上又有杜伏威的密令，兵變非常順利，江淮軍於武德六年八月宣布脫離李唐重新獨立，輔公祏自稱皇帝，國號宋，以左遊仙為兵部尚書。
輔公祏派人到王雄誕家中勸他歸順，王雄誕才終於明白自己上當受騙，但大勢已去，已無法阻止。王雄誕盡忠於杜伏威，嚴詞拒絕了輔公祏的勸降，力戰而死。
李淵聽了大怒，就命令李孝恭為總管，李世績為副總管帶領著杜伏威的軍令；還有跟隨杜伏威來的另一位義子西門君義前去平滅輔公佑的叛亂。
西門君義和王雄誕並稱江淮雙雄，他的武藝雖然不及王雄誕，不過鐵麵無私，一直被杜伏威維以重任。而西門君義也做的很盡心，一旦發現違紀者無論親疏盡皆處罰。
兩軍一對壘，西門君義催馬到了陣前大聲喝道：“你們可還認得西門君義？為何敢反叛總管？我這裏有大總管的軍令在此！爾等還不投降更待何時？”
江淮軍一聽個個驚駭，裹足不前；有的甚至直接放下武器投降。
輔公佑一看趕緊命令自己的嫡係上前維持陣型，斬殺叛亂者，沒想到這一下激起兵變，反抗更加劇烈。
李孝恭一見大手一揮，唐軍一擁而上，將江淮軍打得大敗。現在李唐軍隊剛剛滅了王世充和竇建德，士氣正旺；頗有老子天下第一的架勢。
而江淮軍連逢大變，陣前又被西門君義擾亂的軍心，一陣而潰。李孝恭看到一路窮追猛打，根本沒有給輔公佑一點調整的時間。
唐軍接連攻克輔公祏所占據的蕪湖、梁山、丹陽等地。唐軍到達丹陽時，輔公祏畏懼而帶兵逃跑，唐軍在後追擊。
輔公祏逃到武康時，當地農民將其抓獲，送到丹楊。輔公佑知道自己難逃一死，大概是不甘心一個人上路，輔公祏向唐軍主帥李孝恭揭發杜伏威才是謀反主謀，有密令為證，就是這迴來的西門君義也是謀反中人。
李孝恭趁機誘殺了西門君義，隨著這最後一員大將的死去，江淮軍從此煙消雲散。李孝恭隨即稟報李淵，說發現杜伏威才是謀反的幕後主謀，人證物證俱全，於是李淵動手剝奪了杜伏威的官職爵位並籍沒其家眷。
兩年前，他們的父親、皇泰主手下的司隸大夫獨孤機因為密謀聯絡唐軍偷襲東都城，被王世充滿門抄斬；現在，在幾乎沒有遇到防衛和抵抗的情況下，他們成功地為父親複了仇。皇帝李淵得知後，僅僅將獨孤修免除官職了事。
王世充的兒子王玄應及家族其他男子，走到半路上又被大唐朝廷以謀反的罪名全部誅殺。
通過曲折的手段解決了王世充家族後，皇帝李淵心中總算石頭落地。
李淵以為天下業已平定，四海一統，便宣布大赦天下；但仍下令追討竇建德的餘黨，抓捕後充軍流放到邊疆。
治書侍禦史孫伏伽上書勸諫道：“孔子有言，兵、食可去，信不可去，陛下既然業已宣布大赦天下，又繼續將竇建德的部下流放邊疆，是否違背了本意，讓臣下不知到底以您哪一條詔令為準呢？再說連王世充都作了寬大處理，何況是竇建德的餘黨呢？臣以為應該將已抓捕到的全部予以釋放。”
李淵接受了孫伏伽的建議，但並沒有下文取消以前的詔令。河北各地官吏繼續搜捕竇建德的將領。
竇建德敗滅後，他手下的將領都帶著多年積攢的財物迴到了鄉裏。當地大唐官吏想從中抽肥，便想方設法借用法律條文來處置他們，抓起來後，有時還苦刑拷打，弄得竇建德的舊將個個驚惶不安。竇建德的主要將領範願、王小胡家在洺州，他們打算偷偷帶著家產逃亡外地，官府追捕得很急，他們隻好逃到貝州。
這時，他們又得知朝廷征召竇建德舊將範願、董康買、曹湛以及等人的消息，便坐不住了。
“不公道啊，真是太不公道了！”將領們互相感歎著，憤憤不平地說，“王世充拿洛陽降了唐國，他的將相大臣段達、單雄信卻被殺掉了。我們這些人到了長安，必定免不了要被砍頭！十年來，我們身經百戰，早就該死了，現在何必貪生怕死？不如起來造反得了！看我們的夏王，死得好冤屈啊——他抓住了李神通和那李淵的妹妹，都用客人之禮接待他們，可是那李淵抓住了夏王，卻把他殺了！真是太沒有良心了！我們都是夏王所信賴的人，現在我們如果不起來為他報仇，我們還是人嗎！還有臉活在這個世上嗎！”
“反了吧——就是死了，我們也要轟轟烈烈地死！”
於是眾人決意造反。他們焚香占卜。神明指示他們說，奉劉氏為主，一定大吉。於是他們偷偷潛往漳南，去拜訪竇建德的舊將劉雅，將他們的密謀告訴了他。
劉雅拒絕出頭為主。“天下剛剛安定，”他對昔日的同事說，“我打算終身耕田種桑，不願再起兵了！”
眾人大怒，認為他沒有良心，又害怕他泄露了密謀，便將他殺了。
竇建德所封的漢東公劉黑闥這時也隱居在漳南；眾人前去拜訪，將密謀告訴了他，劉黑闥高興地允諾願意領頭造反。眾人大喜；於是他們暗暗地招兵買馬想要再次造反。
在李世民平滅王世充的時候，在江淮也發生了一件大事，杜伏威和李子通這對老冤家終於發生了火並。
杜伏威和養子王雄誕帶領著三萬人來攻打李子通，他們在青鬆嶺對峙。杜伏威看出李子通已經被大魔國打怕了，現在是色厲內荏。
他們就派人多造旗鼓，夜間則虛設燈火，盡力製造數十萬大軍的假象。可能是上次被夜襲留下了嚴重的心理陰影，李子通草木皆兵之下，居然自行燒了營帳，連夜全軍撤退。王追擊到杭州城下，李部崩潰，李子通窮蹙投降，杜伏威獨占江淮。
在消滅李子通後，杜伏威又派王雄誕進攻江淮間其他獨立勢力。很快將他們一舉掃平，成了江淮霸主。
李唐當然不可能在任由一個新的對手成長起來，這時李世民剛剛打敗了王世充，就趁機帶著大軍道和江淮接近的邊境，炫耀軍威。
此時的杜伏威連遭打擊已經沒有以往的雄心壯誌，加上家裏輔公佑爭權奪勢越來越激烈，再被李世民這一嚇唬，使得他明白唯一還能對李唐構成威脅的就是自己了。
杜伏威自然明白李世民的用意，心中十分不安，擔心成為李唐下一個進攻目標；終於心灰意冷，決定撂挑子不幹了。
於是杜伏威突然下了一個決定，索性上書李淵，請求入朝。李淵收到報告後自然高興，批準杜伏威入朝。於是杜伏威將江淮軍交給義子王雄誕，自己帶了少數親信於當年七月到長安朝見李淵。
杜伏威的主動獻忠心讓李淵很是滿意，同時也是為了在天下人麵前做個樣子，李淵加封杜為太子太保，位在齊王元吉之上(那應該就是僅次於李淵、李建成、李世民三人，為大唐第四號人物)。
杜伏威離開後，江淮軍很快出了大亂子。當年創立江淮軍時，最高領袖是杜伏威和輔公祏兩個人，二人自幼為友，長大後又共同起義打天下，號稱刎頸之交，輔公佑比杜伏威年長，杜就稱輔為兄，軍中稱輔公佑為“輔伯“，輔的地位與杜相當。
但隨著勢力的壯大，在權力的引誘下兩人的友誼終於出現了裂痕，杜伏威認為輔公祏的地位過高影響了他的領導權，因此杜奪了輔的兵權，隻讓他擔任位高而無權的仆射一職。
輔公祏對此心中不平，於是借口與故友左遊仙學神仙術，主動退出權力之爭，平時不理政務。
杜伏威臨去長安時，將政務交給輔公祏，而將軍務交給了自己的心腹義子王雄誕，同時秘令王雄誕監視輔公佑。當年的好友如今竟成了提防的對象。
輔公祏畢竟不是甘心雌伏的人，杜伏威一走，他就和左遊仙密謀發動兵變。
輔公祏唯一的障礙就是王雄誕，王雄誕是杜伏威的義子和最寵愛的大將，絕對忠於杜伏威，他手握江淮軍軍權，不除掉他兵變就不可能成功。
於是輔公佑使出反間計，偽造了杜伏威的筆跡寫信給王雄誕，信中無緣無故地責備王雄誕有貳心。
王雄誕在戰場上是有勇有謀的良將，但講到政治鬥爭就不是對手了，收信後王非常傷心，就此托病在家不再沾手軍務，想以實際行動向杜證明自己的忠心耿耿絕無貳心。
王雄誕的行為正中輔公祏下懷，輔公佑乘勢而起就勢接管了江淮軍，又偽造了杜伏威密令，說在長安受到虐待，要輔公祏起兵造反。
以輔公祏在江淮軍中的號召力，加上又有杜伏威的密令，兵變非常順利，江淮軍於武德六年八月宣布脫離李唐重新獨立，輔公祏自稱皇帝，國號宋，以左遊仙為兵部尚書。
輔公祏派人到王雄誕家中勸他歸順，王雄誕才終於明白自己上當受騙，但大勢已去，已無法阻止。王雄誕盡忠於杜伏威，嚴詞拒絕了輔公祏的勸降，力戰而死。
李淵聽了大怒，就命令李孝恭為總管，李世績為副總管帶領著杜伏威的軍令；還有跟隨杜伏威來的另一位義子西門君義前去平滅輔公佑的叛亂。
西門君義和王雄誕並稱江淮雙雄，他的武藝雖然不及王雄誕，不過鐵麵無私，一直被杜伏威維以重任。而西門君義也做的很盡心，一旦發現違紀者無論親疏盡皆處罰。
兩軍一對壘，西門君義催馬到了陣前大聲喝道：“你們可還認得西門君義？為何敢反叛總管？我這裏有大總管的軍令在此！爾等還不投降更待何時？”
江淮軍一聽個個驚駭，裹足不前；有的甚至直接放下武器投降。
輔公佑一看趕緊命令自己的嫡係上前維持陣型，斬殺叛亂者，沒想到這一下激起兵變，反抗更加劇烈。
李孝恭一見大手一揮，唐軍一擁而上，將江淮軍打得大敗。現在李唐軍隊剛剛滅了王世充和竇建德，士氣正旺；頗有老子天下第一的架勢。
而江淮軍連逢大變，陣前又被西門君義擾亂的軍心，一陣而潰。李孝恭看到一路窮追猛打，根本沒有給輔公佑一點調整的時間。
唐軍接連攻克輔公祏所占據的蕪湖、梁山、丹陽等地。唐軍到達丹陽時，輔公祏畏懼而帶兵逃跑，唐軍在後追擊。
輔公祏逃到武康時，當地農民將其抓獲，送到丹楊。輔公佑知道自己難逃一死，大概是不甘心一個人上路，輔公祏向唐軍主帥李孝恭揭發杜伏威才是謀反主謀，有密令為證，就是這迴來的西門君義也是謀反中人。
李孝恭趁機誘殺了西門君義，隨著這最後一員大將的死去，江淮軍從此煙消雲散。李孝恭隨即稟報李淵，說發現杜伏威才是謀反的幕後主謀，人證物證俱全，於是李淵動手剝奪了杜伏威的官職爵位並籍沒其家眷。