在林傑與黛利等人被困在爆炸的“河母”中心的同時，聯邦與蠅艦的大戰也已經開始。蠅艦來自麥哲倫星係，一個進化了近五千萬年的文明。
銀河係人類聯邦第一次和非本星係的文明開戰了。
麥哲倫艦隊在數量和作戰能力上要強過人類艦隊，隨著戰爭的全麵展開，人類發現對手是一個奇怪的種群。他們外形和蒼蠅沒有什麽分別，隻是體積要大得多，同樣需要有氧環境，他們擁有同人類一樣發達的科技，掌握了熱核技術和利用能量場進行超速星際航行的能力，其艦隊的組合作戰能力給聯邦艦隊帶來了很大麻煩。
銀河係人類聯邦遇到了一個勢均力敵的對手。
聯邦不會放棄對仙女星係的爭奪，並且就算人類聯邦放棄仙女星係，對手也決不會放棄對銀河係的征服，因此與麥哲倫文明的戰爭不可避免。
第三和第五艦隊的失敗讓聯邦決策層大為震驚，地心艦隊主力幾乎全部出現在新星周圍。
經過幾次交手，聯邦艦隊已經退迴到銀河係，從而失去了對仙女星係的控製權。
由於戰爭的需要，聯邦特許新星建立自己的艦隊，編為聯邦遠征第十一艦隊，由第三艦隊指揮官尼克兼任艦隊指揮官。
麥哲倫艦隊在控製仙女星係後開始向銀河係進發。
聯邦以新星為中心，構築了一道立體防線，集中了包括第十一艦隊在內的七支遠征艦隊，擁有上萬的大型作戰艦隻和不可計數的中小型戰船。
同時，由地心艦隊精銳第一和第二遠征艦隊組成的突襲編隊從銀河係的另一基點出發，向麥哲倫星係的縱深前進。
聯邦決策層原本準備在新星與麥哲倫艦隊進行大決戰，但聯邦艦隊參謀總長文萊堅決反對，並最終說服決策層采納了他的計劃，由地心艦隊的一部分和第十一艦隊在新星布防，盡可能的讓麥哲倫主力艦隊向新星靠攏，並盡全力將其拖在新星前沿，由聯邦精銳第一和第二主力遠征艦隊從另一個方向突入麥哲倫星係，以期反敗為勝。
第一和第二遠征艦隊突入麥哲倫星係一年後，已經攻入星係深處近五萬光年，對方的主力艦隊都被拖在新星附近，麥哲倫星係內的守衛隊根本抵擋不了聯邦精銳第一和第二艦隊的攻擊，而聯幫在新星設置的防線對方又一時難以攻破，戰局向著聯邦期望的方向發展。
麥哲倫艦隊感到了戰局的不利，由於迴救麥哲倫路途太遠，而且也不能擺脫新星防守艦隊的糾纏，麥哲倫艦隊對新星防線的攻擊開始猛烈起來。
在新星前沿幾乎集中了麥哲倫星係所有的主力，聯邦防線漸漸不支。
一旦對方突破了新星防線，就算第一和第二突擊艦隊能夠攻入麥哲倫星係中心，也隻是一個兩敗俱傷的局麵，這是人類聯邦所不願意看到的，卻是麥哲倫艦隊的唯一選擇。
在這樣的情況下，聯邦放棄了對第二和第三類社會的建軍限製，允許這些社會建立自己的遠征艦隊，並可在特殊情況下自主作戰，這為以後的銀河戰亂埋下了隱患，當然這是後話。
在新星防線激戰進行的第三年，突擊艦隊攻入了麥哲倫星係中心，麥哲倫文明的代表麥哲倫核球決策團被突擊艦隊俘虜。
而此時新星防線的聯邦艦隊已經損失了百分之八十，憤怒的蠅艦編隊開始了最後一擊。
尼克在三年中無數次的死裏逃生，眼看著自己的艦隊在不斷的減少，他越來越強烈的感受到失敗的靠近。此時原第五艦隊指揮官威爾遜已經是防線總指揮官，他好戰的作風依然如舊。
“尼克，遠征艦隊已經成功的攻下了麥哲倫中心，我想對方要瘋了。”威爾遜得意的形象出現在顯示屏上，“隻要我們堅持住，很快對方就會投降。”“是的，將軍，我已經讓艦隊所有人死守。”尼克說道。
“好，不過對方這一次的攻擊一定會非同一般，要有足夠的準備。”威爾遜說完後在顯示屏上消失。
麥哲倫艦隊的憤怒一擊開始了。
數百隻巨無霸向前開進，無數的小蠅艦緊隨在後，新星各區域星球上人類的地麵能量攻擊器密集的向空中射擊，聯邦戰艦排成立體橫隊在地麵火力的掩護下迎了上去。
蠅艦數量上的優勢很快就顯現出來，龐大的體積和兇猛的火力很快就逼得聯邦艦隊迴撤，新星區域行星不斷被摧毀，形勢急轉直下。
尼克的指揮艦“基地號”已經受損嚴重，尼克隻好下令棄艦。
尼克不是一名出色的戰鬥機飛行員，蠅艦似乎知道了尼克的身份，幾隻中型蠅艦緊跟而至。尼克周圍的戰鬥機紛紜被擊落。一隻蠅艦密集的激光束將尼克逼向蠅艦區，尼克暗歎一聲完了，駕機向蠅艦撞去，突然星空中一道白光閃過，一艘梭形飛船衝入蠅艦區，強大的能量攻擊波讓麵前的每一艘敵艦瞬間消失，而其不可思議的靈活轉身就算是聯邦中最出色的飛行員也望塵莫及，蠅艦被梭形船的突然出現打亂了陣腳，出現了短暫的混亂。
聯邦艦隊重新集合，防線一下變得很難攻破，而蠅艦已經後繼無力，隻得向後退去。
“戰星之心”在人類最需要的時候出現，向新星防線指揮部飛去，所有的聯邦戰船為這艘不可思議的飛船讓開了一條通道。
“李森，原來人類的艦隊已經這麽強大了，真是難以相信我們離開了十萬年，不看到這些我還以為林傑在瞎說呢。”簡有些興奮的說道。
“這不是很好嗎，我們睡了一覺就有十萬歲了。”，李森說著笑了起來。
林傑向指揮部說明了情況。
威爾遜和尼克出現在指揮部門外，他們在等待一個傳奇的到來。
“戰星之心”緩緩地降落在新星艦隊指揮部前，銀灰色的外殼在新星主恆星的亮光反射下眩目異常。
林傑向威爾遜簡要說明了發生的一切，在威爾遜和尼克驚訝的同時，李森和簡重新站到了人類控製的土地上。
“戰星之心”超強的戰鬥力和智能係統讓聯邦決策層很快接受了李森所說的一切，人類英雄的迴歸使聯邦艦隊軍心大振，“戰星之心”成為了聯邦艦隊的無敵戰船，麥哲倫艦隊的優勢漸漸失去。
半年後，成功攻入麥哲倫中心的第一和第二遠征艦隊主力抵達新星前沿，由第二和第三類社會組建的綜合艦隊也不斷向新星防線進發，銀河係人類聯邦的第一次對外星係作戰接近尾聲。
林傑通過傑出的表現，終於成為了一支母艦編隊的指揮官。
在和麥哲倫文明開戰後的第七年，聯邦艦隊開始了最後一擊，失去了家園的麥哲倫艦隊在人類聯邦的反擊中潰不成軍，殘存的蠅艦四處漂散，成為星際海盜。
和麥哲倫文明的戰爭以銀河係聯邦的大勝而告終，人類像對待蒼蠅一樣對待麥哲倫星係的生命，整個麥哲倫星係在聯邦的屠殺過後，成為銀河係的一個殖民地，人類聯邦也自然成為了仙女星係的開發者，一個空前強大的人類文明漸漸形成。
李森和簡在戰爭結束後拒絕了聯邦讓他們進入決策層的建議，轉而致力於對能量秘密的研究，他們希望能夠解開智者曾經提出過的能量場秘密，聯邦也期望他們的成功能為人類帶來更大的發展空間，最終同意了他們的要求。
聯邦在新星科技學院為他們準備了一個研究室，黛利和另外幾名研究員成為了他們的助手。
與此同時，一個可怕的災難正在向銀河係人類靠近。
銀河係人類聯邦第一次和非本星係的文明開戰了。
麥哲倫艦隊在數量和作戰能力上要強過人類艦隊，隨著戰爭的全麵展開，人類發現對手是一個奇怪的種群。他們外形和蒼蠅沒有什麽分別，隻是體積要大得多，同樣需要有氧環境，他們擁有同人類一樣發達的科技，掌握了熱核技術和利用能量場進行超速星際航行的能力，其艦隊的組合作戰能力給聯邦艦隊帶來了很大麻煩。
銀河係人類聯邦遇到了一個勢均力敵的對手。
聯邦不會放棄對仙女星係的爭奪，並且就算人類聯邦放棄仙女星係，對手也決不會放棄對銀河係的征服，因此與麥哲倫文明的戰爭不可避免。
第三和第五艦隊的失敗讓聯邦決策層大為震驚，地心艦隊主力幾乎全部出現在新星周圍。
經過幾次交手，聯邦艦隊已經退迴到銀河係，從而失去了對仙女星係的控製權。
由於戰爭的需要，聯邦特許新星建立自己的艦隊，編為聯邦遠征第十一艦隊，由第三艦隊指揮官尼克兼任艦隊指揮官。
麥哲倫艦隊在控製仙女星係後開始向銀河係進發。
聯邦以新星為中心，構築了一道立體防線，集中了包括第十一艦隊在內的七支遠征艦隊，擁有上萬的大型作戰艦隻和不可計數的中小型戰船。
同時，由地心艦隊精銳第一和第二遠征艦隊組成的突襲編隊從銀河係的另一基點出發，向麥哲倫星係的縱深前進。
聯邦決策層原本準備在新星與麥哲倫艦隊進行大決戰，但聯邦艦隊參謀總長文萊堅決反對，並最終說服決策層采納了他的計劃，由地心艦隊的一部分和第十一艦隊在新星布防，盡可能的讓麥哲倫主力艦隊向新星靠攏，並盡全力將其拖在新星前沿，由聯邦精銳第一和第二主力遠征艦隊從另一個方向突入麥哲倫星係，以期反敗為勝。
第一和第二遠征艦隊突入麥哲倫星係一年後，已經攻入星係深處近五萬光年，對方的主力艦隊都被拖在新星附近，麥哲倫星係內的守衛隊根本抵擋不了聯邦精銳第一和第二艦隊的攻擊，而聯幫在新星設置的防線對方又一時難以攻破，戰局向著聯邦期望的方向發展。
麥哲倫艦隊感到了戰局的不利，由於迴救麥哲倫路途太遠，而且也不能擺脫新星防守艦隊的糾纏，麥哲倫艦隊對新星防線的攻擊開始猛烈起來。
在新星前沿幾乎集中了麥哲倫星係所有的主力，聯邦防線漸漸不支。
一旦對方突破了新星防線，就算第一和第二突擊艦隊能夠攻入麥哲倫星係中心，也隻是一個兩敗俱傷的局麵，這是人類聯邦所不願意看到的，卻是麥哲倫艦隊的唯一選擇。
在這樣的情況下，聯邦放棄了對第二和第三類社會的建軍限製，允許這些社會建立自己的遠征艦隊，並可在特殊情況下自主作戰，這為以後的銀河戰亂埋下了隱患，當然這是後話。
在新星防線激戰進行的第三年，突擊艦隊攻入了麥哲倫星係中心，麥哲倫文明的代表麥哲倫核球決策團被突擊艦隊俘虜。
而此時新星防線的聯邦艦隊已經損失了百分之八十，憤怒的蠅艦編隊開始了最後一擊。
尼克在三年中無數次的死裏逃生，眼看著自己的艦隊在不斷的減少，他越來越強烈的感受到失敗的靠近。此時原第五艦隊指揮官威爾遜已經是防線總指揮官，他好戰的作風依然如舊。
“尼克，遠征艦隊已經成功的攻下了麥哲倫中心，我想對方要瘋了。”威爾遜得意的形象出現在顯示屏上，“隻要我們堅持住，很快對方就會投降。”“是的，將軍，我已經讓艦隊所有人死守。”尼克說道。
“好，不過對方這一次的攻擊一定會非同一般，要有足夠的準備。”威爾遜說完後在顯示屏上消失。
麥哲倫艦隊的憤怒一擊開始了。
數百隻巨無霸向前開進，無數的小蠅艦緊隨在後，新星各區域星球上人類的地麵能量攻擊器密集的向空中射擊，聯邦戰艦排成立體橫隊在地麵火力的掩護下迎了上去。
蠅艦數量上的優勢很快就顯現出來，龐大的體積和兇猛的火力很快就逼得聯邦艦隊迴撤，新星區域行星不斷被摧毀，形勢急轉直下。
尼克的指揮艦“基地號”已經受損嚴重，尼克隻好下令棄艦。
尼克不是一名出色的戰鬥機飛行員，蠅艦似乎知道了尼克的身份，幾隻中型蠅艦緊跟而至。尼克周圍的戰鬥機紛紜被擊落。一隻蠅艦密集的激光束將尼克逼向蠅艦區，尼克暗歎一聲完了，駕機向蠅艦撞去，突然星空中一道白光閃過，一艘梭形飛船衝入蠅艦區，強大的能量攻擊波讓麵前的每一艘敵艦瞬間消失，而其不可思議的靈活轉身就算是聯邦中最出色的飛行員也望塵莫及，蠅艦被梭形船的突然出現打亂了陣腳，出現了短暫的混亂。
聯邦艦隊重新集合，防線一下變得很難攻破，而蠅艦已經後繼無力，隻得向後退去。
“戰星之心”在人類最需要的時候出現，向新星防線指揮部飛去，所有的聯邦戰船為這艘不可思議的飛船讓開了一條通道。
“李森，原來人類的艦隊已經這麽強大了，真是難以相信我們離開了十萬年，不看到這些我還以為林傑在瞎說呢。”簡有些興奮的說道。
“這不是很好嗎，我們睡了一覺就有十萬歲了。”，李森說著笑了起來。
林傑向指揮部說明了情況。
威爾遜和尼克出現在指揮部門外，他們在等待一個傳奇的到來。
“戰星之心”緩緩地降落在新星艦隊指揮部前，銀灰色的外殼在新星主恆星的亮光反射下眩目異常。
林傑向威爾遜簡要說明了發生的一切，在威爾遜和尼克驚訝的同時，李森和簡重新站到了人類控製的土地上。
“戰星之心”超強的戰鬥力和智能係統讓聯邦決策層很快接受了李森所說的一切，人類英雄的迴歸使聯邦艦隊軍心大振，“戰星之心”成為了聯邦艦隊的無敵戰船，麥哲倫艦隊的優勢漸漸失去。
半年後，成功攻入麥哲倫中心的第一和第二遠征艦隊主力抵達新星前沿，由第二和第三類社會組建的綜合艦隊也不斷向新星防線進發，銀河係人類聯邦的第一次對外星係作戰接近尾聲。
林傑通過傑出的表現，終於成為了一支母艦編隊的指揮官。
在和麥哲倫文明開戰後的第七年，聯邦艦隊開始了最後一擊，失去了家園的麥哲倫艦隊在人類聯邦的反擊中潰不成軍，殘存的蠅艦四處漂散，成為星際海盜。
和麥哲倫文明的戰爭以銀河係聯邦的大勝而告終，人類像對待蒼蠅一樣對待麥哲倫星係的生命，整個麥哲倫星係在聯邦的屠殺過後，成為銀河係的一個殖民地，人類聯邦也自然成為了仙女星係的開發者，一個空前強大的人類文明漸漸形成。
李森和簡在戰爭結束後拒絕了聯邦讓他們進入決策層的建議，轉而致力於對能量秘密的研究，他們希望能夠解開智者曾經提出過的能量場秘密，聯邦也期望他們的成功能為人類帶來更大的發展空間，最終同意了他們的要求。
聯邦在新星科技學院為他們準備了一個研究室，黛利和另外幾名研究員成為了他們的助手。
與此同時，一個可怕的災難正在向銀河係人類靠近。