中央曆史語言研究所輾轉遷徙至雲南昆明北郊的龍頭村，後又在1940年遷至四川李莊。此一時期芮逸夫等人的民族調查工作並未中斷。1939—1940年間，芮逸夫曾到貴州大定、花溪、青岩、貴陽、貴定、安順、鎮寧等地進行貴州苗族調查。
1941年，中央曆史語言研究所與國立中央博物院合作進行川康調查，芮逸夫、淩純聲與馬長壽等一同至川西馬爾康、汶川、小金、鬆潘、康定等地進行有關“西番”與羌族的考察。
1942—1943年，芮逸夫與胡慶鈞到川南敘永進行苗族調察。
胡慶鈞（1918年12月——2015年11月日）出生在湖南寧鄉縣仙鳳鄉邱家衝。幼年遭遇父母雙亡厄運，求學曆程備受艱辛。1940年轉學西南聯大社會學係，1942年，胡慶鈞西南聯大畢業後考入北京大學文科研究所人類學專業，師從人類學家淩純聲。1944年獲得碩士學位。1947年，胡慶鈞調清華大學人類學係工作。
1952年下半年，調入中國科學院近代史研究所。1963年，胡慶鈞調到民族所，“文.革”中受衝擊、遭抄家，書稿被毀。
從1950年到1985年，胡慶鈞八上涼山，調查彝族奴隸製社會形態，以紮紮實實調查研究的求實作風，獲得了大量令人信服的第一手材料。於1983年終於寫成40萬字的《涼山彝族奴隸製社會形態》一書。
這次調查，是在1933年湘西苗族調查之後，芮逸夫所從事的又一停留時間較長的田野調查。
調查結束後，芮逸夫寫成了《川南鴉雀苗的婚喪禮俗》一書，稍後胡慶鈞也寫出了《漢村與苗鄉》一書，這兩部書是民國時期苗學研究的重要著作。此外，在對川南苗族進行調查中，芮逸夫堅持每天記日記，並不時拍攝照片，6個多月的調查結束時，芮逸夫的日記也成了厚厚的一本書。此後，芮逸夫的日記也編輯成了名為《川南苗族調查日誌1942-43》的書，翔實地記載了開展調查的各個細節，並附有56張珍貴的苗族照片，該書具有很強的學術資料價值。
田野日誌於2010年以《川南苗族調查日誌1942—43》之名出版。日誌由1942年12月1日芮在敘永的長江邊上啟程記起，至田野調查結束後的第三日1943年5月18日止。5月18日芮寫下日誌的最後一句：“與王（古宋縣府科長）同至街上吃麵，蓋今日乃餘之四十五生日也。”
芮逸夫在這約半年的調查采訪中，在鄉間勤於學習及記錄苗語，采訪及觀察苗民婚喪禮儀，記錄當地人的經濟生活與老.習俗。在城鎮中則與當地軍政首長、縣府職員應酬，到處為人照相、衝洗照片以廣結人緣。
他在民國三十一年十二月十日的日記中寫道：
“七時半起，八時許早餐，購皮鞋一雙（價200元）而返。十一時與胡同至縣府拜訪何本初縣長，談西南兩鄉（一、三兩區）苗情頗詳。並為餘等建議路線；由後山堡，梘槽溝，分水嶺，雙河場（在雲南威信），再返分水嶺，而至黃泥嘴、清水河，至大壩。後赴宴之主客陸續而到（敘永黨政機關法團士紳請客）。第廿四師廖師長、唐團長、徐團長亦先後到，此外尚有嶽縣議長（年已六十七，曾任蔡鬆坡將軍之秘書）、李參議員鐵夫、衛生院何院長、縣黨部鄭書記長等。一時許入席，共四桌，廖師長中席首座，餘左席首座，同席有李參（議）員、何校長、何院長、李副縣議長等。二時半席散，攝影兩幀辭出。與何校長同至省高中講中華民族之意義，胡講種族平等之意義。五時畢，曹教員邀往晚餐後，即辭別返寓。何海德教育科長來談苗教育頗久，袁亦來約明日偕人來談苗情雲。十時睡。”
而在民國三十一年十二月十一日的日記中，則記載了兩人至縣中對全校兩百餘學生演講。
芮逸夫講“談求學”，胡慶鈞講“中華民族的出路”。
芮逸夫在調查中，很注重結交有心於地方文化教育與社會建設的本土知識分子。他在川南各苗鄉結識韓介休（震東鄉）、羅文才（梘槽）、羅承瑄、馬俊良（海壩）、馬俊森（海壩）、楊德明（海壩）、古元生（馬家屯）等人，並得到他們很多協助。
芮逸夫的田野日誌記載，韓介休於1941年籌組“敘藺邊民文化促.進.會”，1942年創辦邊民學校8所，至芮來訪之時已建有12所學校。馬俊良、馬俊森、楊德明等，都是邊民小學的老師，他們也都是邊民小學之支持機構基督教福音教會的信徒。芮逸夫在與韓介休麵談之後，在日誌中寫道：“與介休談苗族一切問題，頗有見地。以一耶穌教徒不為耶教所囿，尤為難能可貴。”
他也寫下他們所談的問題——“邊校創辦之經過及其現況”“苗人之政治地位”“苗人之社會地位”“漢人心理上鄙視苗人之例”“苗、夷、漢種族混雜之事例”“餘、楊、蘇、李、陸皆奢崇明之後”等。
在李莊時期，可以說是芮逸夫創作的**期。
1942年，他發表《中華國族解》一文。該文首先化解“中華民族是一個”或其中仍可分析出多個民族之爭。他認為從政治觀點來說中華民族不可分，“但由學術觀點來說，是可以析出不少個體的”。接著，他稱“中華國族”是中華國家、中華民族兩者結合之複合詞的簡稱。他認為有地域、人種、語言和文化等四種意義之中華國族，在此四種意義上中華國族都是多元的。最後他唿籲以“中庸之道”作為中華國族之國族性。在這篇文章中，他用力最深的便是提出“語言的”中華國族架構，包括兩大語族——支那或漢藏語族與阿爾泰語族。前者包括漢語、泰撣、藏緬、苗傜四個語係，後者有突厥、蒙古、通古斯三個語係。
他在1943年發表的《西南民族的語言問題》在該文中他首先說明寫作目的——語言學家主張要從事並完成足夠的語言調查才能談語係分類問題，但民族學者想依語係分類來分辨族類，他稱若要等到各族語言調查清楚，豈非如“俟河之清”？所以他先就已發表之語言學家對中國南方及南亞語言分類之各家意見作比較，提出中國西南民族語言分類的大架構。他特別注意苗傜語的分類地位，主張它應和傣、藏緬、孟克語並列為中國西南民族的四種語係。在本文之末他也提出自己對於語言教育的看法，建議為西南各民族語言創造拚音文字，讓他們用以記錄及閱讀，而且他建議要用“同一係統之文字或字母”來拚綴漢語及各西南民族的語言。他以自己在雲南所見部分夷族以傳教士所創拚音文字讀經書的例子，說明此事不難做成。
川南苗鄉之行或許是芮逸夫學術事業的一個轉折點。由其1945年以後發表的文章來看，除了仍關懷邊疆民族問題外，他對於親屬體係的研究產生了很大的興趣。親屬體係是人類學的傳統研究領域，婚喪習俗是親屬關係下產生的儀式化表征。芮在川南對“鴉雀苗”婚喪習俗及親屬稱謂資料的搜集、研究，應是他個人學術誌業轉向的關鍵。在川南田野之行中，他隨身攜帶一本美國人類學會新近出版的人類學田野調查報告翻閱，此或也顯示他正在由著重民族識別、分類的民族研究，轉向重社會文化分析的人類學研究之中。
1941年，中央曆史語言研究所與國立中央博物院合作進行川康調查，芮逸夫、淩純聲與馬長壽等一同至川西馬爾康、汶川、小金、鬆潘、康定等地進行有關“西番”與羌族的考察。
1942—1943年，芮逸夫與胡慶鈞到川南敘永進行苗族調察。
胡慶鈞（1918年12月——2015年11月日）出生在湖南寧鄉縣仙鳳鄉邱家衝。幼年遭遇父母雙亡厄運，求學曆程備受艱辛。1940年轉學西南聯大社會學係，1942年，胡慶鈞西南聯大畢業後考入北京大學文科研究所人類學專業，師從人類學家淩純聲。1944年獲得碩士學位。1947年，胡慶鈞調清華大學人類學係工作。
1952年下半年，調入中國科學院近代史研究所。1963年，胡慶鈞調到民族所，“文.革”中受衝擊、遭抄家，書稿被毀。
從1950年到1985年，胡慶鈞八上涼山，調查彝族奴隸製社會形態，以紮紮實實調查研究的求實作風，獲得了大量令人信服的第一手材料。於1983年終於寫成40萬字的《涼山彝族奴隸製社會形態》一書。
這次調查，是在1933年湘西苗族調查之後，芮逸夫所從事的又一停留時間較長的田野調查。
調查結束後，芮逸夫寫成了《川南鴉雀苗的婚喪禮俗》一書，稍後胡慶鈞也寫出了《漢村與苗鄉》一書，這兩部書是民國時期苗學研究的重要著作。此外，在對川南苗族進行調查中，芮逸夫堅持每天記日記，並不時拍攝照片，6個多月的調查結束時，芮逸夫的日記也成了厚厚的一本書。此後，芮逸夫的日記也編輯成了名為《川南苗族調查日誌1942-43》的書，翔實地記載了開展調查的各個細節，並附有56張珍貴的苗族照片，該書具有很強的學術資料價值。
田野日誌於2010年以《川南苗族調查日誌1942—43》之名出版。日誌由1942年12月1日芮在敘永的長江邊上啟程記起，至田野調查結束後的第三日1943年5月18日止。5月18日芮寫下日誌的最後一句：“與王（古宋縣府科長）同至街上吃麵，蓋今日乃餘之四十五生日也。”
芮逸夫在這約半年的調查采訪中，在鄉間勤於學習及記錄苗語，采訪及觀察苗民婚喪禮儀，記錄當地人的經濟生活與老.習俗。在城鎮中則與當地軍政首長、縣府職員應酬，到處為人照相、衝洗照片以廣結人緣。
他在民國三十一年十二月十日的日記中寫道：
“七時半起，八時許早餐，購皮鞋一雙（價200元）而返。十一時與胡同至縣府拜訪何本初縣長，談西南兩鄉（一、三兩區）苗情頗詳。並為餘等建議路線；由後山堡，梘槽溝，分水嶺，雙河場（在雲南威信），再返分水嶺，而至黃泥嘴、清水河，至大壩。後赴宴之主客陸續而到（敘永黨政機關法團士紳請客）。第廿四師廖師長、唐團長、徐團長亦先後到，此外尚有嶽縣議長（年已六十七，曾任蔡鬆坡將軍之秘書）、李參議員鐵夫、衛生院何院長、縣黨部鄭書記長等。一時許入席，共四桌，廖師長中席首座，餘左席首座，同席有李參（議）員、何校長、何院長、李副縣議長等。二時半席散，攝影兩幀辭出。與何校長同至省高中講中華民族之意義，胡講種族平等之意義。五時畢，曹教員邀往晚餐後，即辭別返寓。何海德教育科長來談苗教育頗久，袁亦來約明日偕人來談苗情雲。十時睡。”
而在民國三十一年十二月十一日的日記中，則記載了兩人至縣中對全校兩百餘學生演講。
芮逸夫講“談求學”，胡慶鈞講“中華民族的出路”。
芮逸夫在調查中，很注重結交有心於地方文化教育與社會建設的本土知識分子。他在川南各苗鄉結識韓介休（震東鄉）、羅文才（梘槽）、羅承瑄、馬俊良（海壩）、馬俊森（海壩）、楊德明（海壩）、古元生（馬家屯）等人，並得到他們很多協助。
芮逸夫的田野日誌記載，韓介休於1941年籌組“敘藺邊民文化促.進.會”，1942年創辦邊民學校8所，至芮來訪之時已建有12所學校。馬俊良、馬俊森、楊德明等，都是邊民小學的老師，他們也都是邊民小學之支持機構基督教福音教會的信徒。芮逸夫在與韓介休麵談之後，在日誌中寫道：“與介休談苗族一切問題，頗有見地。以一耶穌教徒不為耶教所囿，尤為難能可貴。”
他也寫下他們所談的問題——“邊校創辦之經過及其現況”“苗人之政治地位”“苗人之社會地位”“漢人心理上鄙視苗人之例”“苗、夷、漢種族混雜之事例”“餘、楊、蘇、李、陸皆奢崇明之後”等。
在李莊時期，可以說是芮逸夫創作的**期。
1942年，他發表《中華國族解》一文。該文首先化解“中華民族是一個”或其中仍可分析出多個民族之爭。他認為從政治觀點來說中華民族不可分，“但由學術觀點來說，是可以析出不少個體的”。接著，他稱“中華國族”是中華國家、中華民族兩者結合之複合詞的簡稱。他認為有地域、人種、語言和文化等四種意義之中華國族，在此四種意義上中華國族都是多元的。最後他唿籲以“中庸之道”作為中華國族之國族性。在這篇文章中，他用力最深的便是提出“語言的”中華國族架構，包括兩大語族——支那或漢藏語族與阿爾泰語族。前者包括漢語、泰撣、藏緬、苗傜四個語係，後者有突厥、蒙古、通古斯三個語係。
他在1943年發表的《西南民族的語言問題》在該文中他首先說明寫作目的——語言學家主張要從事並完成足夠的語言調查才能談語係分類問題，但民族學者想依語係分類來分辨族類，他稱若要等到各族語言調查清楚，豈非如“俟河之清”？所以他先就已發表之語言學家對中國南方及南亞語言分類之各家意見作比較，提出中國西南民族語言分類的大架構。他特別注意苗傜語的分類地位，主張它應和傣、藏緬、孟克語並列為中國西南民族的四種語係。在本文之末他也提出自己對於語言教育的看法，建議為西南各民族語言創造拚音文字，讓他們用以記錄及閱讀，而且他建議要用“同一係統之文字或字母”來拚綴漢語及各西南民族的語言。他以自己在雲南所見部分夷族以傳教士所創拚音文字讀經書的例子，說明此事不難做成。
川南苗鄉之行或許是芮逸夫學術事業的一個轉折點。由其1945年以後發表的文章來看，除了仍關懷邊疆民族問題外，他對於親屬體係的研究產生了很大的興趣。親屬體係是人類學的傳統研究領域，婚喪習俗是親屬關係下產生的儀式化表征。芮在川南對“鴉雀苗”婚喪習俗及親屬稱謂資料的搜集、研究，應是他個人學術誌業轉向的關鍵。在川南田野之行中，他隨身攜帶一本美國人類學會新近出版的人類學田野調查報告翻閱，此或也顯示他正在由著重民族識別、分類的民族研究，轉向重社會文化分析的人類學研究之中。