一切始於虛無：
在神奧傳說中，虛無之地出現了一顆蛋，並孵化出名為阿爾宙斯的寶可夢，而後阿爾宙斯建立了宇宙，並且創造出帝牙盧卡、帕路奇亞、騎拉帝納。帝牙盧卡與帕路奇亞擁有掌控時間與空間的能力，而騎拉帝納則有掌控反物質的能力，它存在於毀壞的世界之中。接著，在世界誕生之初，阿爾宙斯創造了亞克諾姆、由克希和艾姆利多，分別代表共存於現代的人類和寶可夢之中的意誌、知識與感情。它們存在於今天被稱為立誌湖、睿智湖、心齊湖等湖泊的異空間裏，被稱為湖之傳說的寶可夢。寶可夢世界中出現了天冠山一類的地塊，傳說隨著雷吉奇卡斯在陸地間的移動，形成了各個地區，在天冠山周圍形成的是神奧地區。在這場造山運動中，神奧地區的東北部出現了嚴酷山，在其中的岩漿中誕生出席多藍恩。
海陸空的決鬥：
在豐緣地區，固拉多從地底的岩漿中誕生，蓋歐卡在深海的海溝中出現，烈空坐則形成於臭氧層的物質中。烈空坐在臭氧層中盤旋，偶爾也會來到天空之柱休憩。固拉多和蓋歐卡分別擴張著大陸與海洋。兩隻超古代寶可夢終於碰麵，帶來了為爭奪在寶可夢世界之初的優勢而進行的激烈戰鬥。烈空坐最終平息了這場戰鬥，並使得固拉多與蓋歐卡迴到各自長眠的洞窟中。為了防止兩隻超古代寶可夢再度醒來，朱紅色寶珠與靛藍色寶珠被製造，並保管於送神山。
日與月的開始：
同時，阿羅拉進入初始形成時期，但沒有光明，天邊三隻傳說中的寶可夢出現，索爾迦雷歐、露奈雅拉與奈克洛茲瑪給阿羅拉帶來了光明，隨後奈克洛茲瑪漸漸消失了光，進入沉睡之中，索爾迦雷歐與露奈雅拉也消失在了天邊。
史前冰河世紀：
許多年之後進入了史前時代，並出現了多種存在於那個時期的寶可夢。考古學家已證實這些寶可夢分布於各個陸地，在今天形成了化石並包含著寶可夢的遺傳基因。世界上更多地存在其它種類的寶可夢，除了寶可夢之外，寶可夢世界上還出現了人類。在石器時代、冰河時代和鐵器時代，雷吉奇卡斯分別創造了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇魯，它們藏於豐緣地區，並作為打開在雪峰神殿雷吉奇卡斯封印的鑰匙。而在伽勒爾地區，雷吉艾勒奇的力量給人們造成了災禍，為了限製它的能力，古代的人們便在它身上安裝了器具。雷吉奇卡斯還曾經試圖用龍之能量的結晶製作雷吉鐸拉戈，但卻因結晶不夠而隻製出了它的頭部。古代的人們害怕當有朝一日雷吉鐸拉戈的整個身體都被製作出來，自己的國家會慘遭毀滅，因此便將其封印到了神殿深處。
廣闊的大宇宙：
約年前，無極汰那伴隨隕石降落到伽勒爾地區，扭曲著周圍時空，散發的能量令那裏寶可夢出現極巨化。無極汰那和代歐奇希斯等宇宙寶可夢一樣來自地球以外，側麵證明了寶可夢星球以外存在寶可夢生命跡象。
為了吾之所愛：
約3000年前，卡洛斯地區發生戰爭。當時的國王az的寶可夢朋友花葉蒂死亡。az因而開發出了最終兵器。1500年前，最早的文字書寫方式在阿露福遺跡、阿斯卡納遺跡和隨意遺跡出現。考古學家尚不能確定未知圖騰和這種書寫方式究竟哪個最先出現，但顯然它們之間有某種關聯。在此時期，鯉魚王的種群發生突變，成為了最脆弱的寶可夢。約800年前，在臨死之際，哲爾尼亞斯釋放x\/伊裴爾塔爾 吸取y了卡洛斯地區的生命能量，之後在森林x\/山脈y陷入沉睡。
金銀開始形成：
在700年前的近代，在緣朱市相繼建造了9層高的鈴鐺塔和鍾之塔。兩座塔象征著寶可夢與人類之間的友誼和共同生活的希望。從塔頂一覽的情景十分壯麗。西邊的是喚醒寶可夢的鍾之塔，而東邊的塔是寶可夢的休憩之處。據說在當時，一隻巨大的銀色寶可夢棲息於鍾之塔頂，相對的鈴鐺塔則住著彩虹色的鳳王。然而，在150年前，一場閃電擊中了鍾之塔，劇烈的大火燃燒了整整三天，在一場傾盆大雨之後才被熄滅。洛奇亞和鳳王逃離了這場災難，之後洛奇亞到漩渦島棲息。在那時起，第一屆寶可夢聯盟比賽開始舉辦。
第“零”區的建造：
200年前，在帕底亞地區，第零區觀測隊抵達了第零區最深處。觀測隊隊員海哲撰寫的探險記《朱之書》／《紫之書》開始發表並流行起來，但因內容充斥著難以置信的描述和荒唐無理的插畫而被眾人當作是超自然文學。在大約140年前，有人在第零區發現了太晶化的寶可夢，雖然人們把這些寶可夢從第零區帶了迴來，但它們失去了身體的光芒。之後很長的一段時間裏，太晶化現象都被謎團籠罩。在距今10年前，奧琳博士／弗圖博士解明了太晶化的原理並發明了太晶珠，讓這項技術得以實用，並且提供給了寶可夢聯盟和學校。
衝突長達十年：
在數年前，人類從夢幻的基因中克隆出超夢，超夢逃脫了人類的控製並破壞了紅蓮鎮上的寶可夢屋。不久之後，紅蓮鎮的火山噴發破壞了島上的許多區域。在現代時期，秋葉原博士創造了第一隻人造寶可夢多邊獸。另外熔岩隊和海洋隊的老大喚醒了固拉多與蓋歐卡並使它們再度交戰，又再度被烈空坐平息。
在現代，由於環境的異常變化，神奧地區開始變得寒冷。邪惡組織銀河隊使用紅色鎖鏈使湖之眾神召喚出了帝牙盧卡，帕路奇亞和騎拉帝納。由於主角的幹涉，銀河隊的計劃沒有得逞。那時在天冠山頂出現了一個時空裂縫，也是毀壞的世界的入口。騎拉帝納和銀河隊老大赤日進入了毀壞的世界，之後這個入口的關閉讓神奧地區恢複了平和。
在近年，以n為首的等離子隊在合眾地區活動。魁奇思以合眾的建國傳說四處遊說，表麵上是想解放寶可夢，實際上在醞釀更大的陰謀。而n則為他的理想捕捉了捷克羅姆或萊希拉姆，當擊敗冠軍阿戴克後，主角在各個道館館主的幫助下，喚醒了另一條龍寶可夢在n的城堡及時阻止了n，但n幕後的魁奇思露出了他的真麵目。由於主角的活躍，逮捕了魁奇思，n乘著捷克羅姆\/萊希拉姆飛走。國際刑警官員帥哥在主角的幫助，逮捕了等離子隊餘黨，合眾地區的風波被平定。2年後，等離子隊分裂成兩派。魁奇思帶領等離子隊企圖用酋雷姆的力量凍結合眾地區，後來被主角及n阻止。魁奇思卻讓酋雷姆和捷克羅姆／萊希拉姆 合體。最後，酋雷姆被主角製服，合眾地區免於受到危機。
就在這段時間裏，卡洛斯地區的閃焰隊打算使用“最終兵器”改變這個世界。因而喚醒了哲爾尼亞斯x／伊裴爾塔爾y。主角製服了它們以後，卡洛斯地區3000年前的國王az的後代，閃焰隊老大弗拉達利使用能進行超級進化的寶可夢打算阻止主角離開閃焰隊秘密基地。最後，主角成為冠軍，迴到密阿雷市接受表揚。az與花葉蒂再次相遇。卡洛斯地區脫離了危險。
近年，以太基金會理事長露莎米奈為收集究極異獸，她通過一係列手段打開了究極空間，但是她的女兒莉莉艾和兒子格拉吉歐都離她而去。之後以太基金會分部長紮奧博邀請了主角和哈烏來到以太樂園，在他們與露莎米奈一同見到了ub01：寄生物，之後乘勢綁架了莉莉艾。在主角和哈烏解救出莉莉艾後，主角和莉莉艾前往到波尼島，讓小星雲進化為索爾迦雷歐s／露奈雅拉m，並進入究極空間讓露莎米奈迷途知返。在打敗了露莎米奈後，露莎米奈理解了莉莉艾的感受。主角一行人乘坐索爾迦雷歐s／露奈雅拉m返迴到阿羅拉地區。
若幹年後，伽勒爾聯盟的會長洛茲使用一係列手段喚醒了無極汰那，並稱要“保護伽勒爾地區的未來”而獲取無盡能源。後來，主角一行人來到了微寐森林並找到了腐朽的劍和盾。主角與赫普隨即趕往拳關競技場並來到了地下工廠中。主角遇到了洛茲並與他對戰，洛茲在戰敗後闡述了他的理由。在拳關競技場塔頂，丹帝試圖使用精靈球捕捉無極汰那，可惜並未成功。這時，主角與赫普挺身而出，但他們的攻擊對無極巨化後的無極汰那沒有效果。此時，他們想起了腐朽的劍和盾，並拿出了它們，蒼響和藏瑪然特出現並與兩人共同作戰，最後成功擊敗了無極汰那。最後，主角在微寐森林再次與蒼響\/藏瑪然特相見，並讓伽勒爾也恢複了和平。
在這之後，帕底亞地區的派帕為了尋找自己長期不露麵的母親奧琳博士／父親弗圖博士，與幾名同學：主角、妮莫和牡丹前往帕底亞巨坑，在第零區內發現了被封鎖的悖謬寶可夢。眾人在第零區深處的零區研究所，驚訝地發現之前的博士是ai機器人的事實，真正的博士已經在一年半前因第4觀測站發生的事故過世了。博士ai請求眾人幫忙關閉能夠捕捉不同時間線的寶可夢並將它們唿喚到現代來的時光機，以製止悖謬寶可夢再度被召喚而影響帕底亞地區的生態，但關閉時光機的同時博士ai會因保衛時光機的程序而進入戰鬥模式。在主角擊敗了博士ai之後，樂園防衛程序又接管了博士ai以阻止時光機的關閉，並封鎖了眾人的精靈球，放出了另一隻故勒頓／密勒頓，千鈞一發之際主角的故勒頓／密勒頓與樂園防禦程序展開對戰，最終恢複正常的ai一方麵為了關閉時光機，另一方麵也為了實現博士的遺願，決定通過時光機前往古代／未來。
在神奧傳說中，虛無之地出現了一顆蛋，並孵化出名為阿爾宙斯的寶可夢，而後阿爾宙斯建立了宇宙，並且創造出帝牙盧卡、帕路奇亞、騎拉帝納。帝牙盧卡與帕路奇亞擁有掌控時間與空間的能力，而騎拉帝納則有掌控反物質的能力，它存在於毀壞的世界之中。接著，在世界誕生之初，阿爾宙斯創造了亞克諾姆、由克希和艾姆利多，分別代表共存於現代的人類和寶可夢之中的意誌、知識與感情。它們存在於今天被稱為立誌湖、睿智湖、心齊湖等湖泊的異空間裏，被稱為湖之傳說的寶可夢。寶可夢世界中出現了天冠山一類的地塊，傳說隨著雷吉奇卡斯在陸地間的移動，形成了各個地區，在天冠山周圍形成的是神奧地區。在這場造山運動中，神奧地區的東北部出現了嚴酷山，在其中的岩漿中誕生出席多藍恩。
海陸空的決鬥：
在豐緣地區，固拉多從地底的岩漿中誕生，蓋歐卡在深海的海溝中出現，烈空坐則形成於臭氧層的物質中。烈空坐在臭氧層中盤旋，偶爾也會來到天空之柱休憩。固拉多和蓋歐卡分別擴張著大陸與海洋。兩隻超古代寶可夢終於碰麵，帶來了為爭奪在寶可夢世界之初的優勢而進行的激烈戰鬥。烈空坐最終平息了這場戰鬥，並使得固拉多與蓋歐卡迴到各自長眠的洞窟中。為了防止兩隻超古代寶可夢再度醒來，朱紅色寶珠與靛藍色寶珠被製造，並保管於送神山。
日與月的開始：
同時，阿羅拉進入初始形成時期，但沒有光明，天邊三隻傳說中的寶可夢出現，索爾迦雷歐、露奈雅拉與奈克洛茲瑪給阿羅拉帶來了光明，隨後奈克洛茲瑪漸漸消失了光，進入沉睡之中，索爾迦雷歐與露奈雅拉也消失在了天邊。
史前冰河世紀：
許多年之後進入了史前時代，並出現了多種存在於那個時期的寶可夢。考古學家已證實這些寶可夢分布於各個陸地，在今天形成了化石並包含著寶可夢的遺傳基因。世界上更多地存在其它種類的寶可夢，除了寶可夢之外，寶可夢世界上還出現了人類。在石器時代、冰河時代和鐵器時代，雷吉奇卡斯分別創造了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇魯，它們藏於豐緣地區，並作為打開在雪峰神殿雷吉奇卡斯封印的鑰匙。而在伽勒爾地區，雷吉艾勒奇的力量給人們造成了災禍，為了限製它的能力，古代的人們便在它身上安裝了器具。雷吉奇卡斯還曾經試圖用龍之能量的結晶製作雷吉鐸拉戈，但卻因結晶不夠而隻製出了它的頭部。古代的人們害怕當有朝一日雷吉鐸拉戈的整個身體都被製作出來，自己的國家會慘遭毀滅，因此便將其封印到了神殿深處。
廣闊的大宇宙：
約年前，無極汰那伴隨隕石降落到伽勒爾地區，扭曲著周圍時空，散發的能量令那裏寶可夢出現極巨化。無極汰那和代歐奇希斯等宇宙寶可夢一樣來自地球以外，側麵證明了寶可夢星球以外存在寶可夢生命跡象。
為了吾之所愛：
約3000年前，卡洛斯地區發生戰爭。當時的國王az的寶可夢朋友花葉蒂死亡。az因而開發出了最終兵器。1500年前，最早的文字書寫方式在阿露福遺跡、阿斯卡納遺跡和隨意遺跡出現。考古學家尚不能確定未知圖騰和這種書寫方式究竟哪個最先出現，但顯然它們之間有某種關聯。在此時期，鯉魚王的種群發生突變，成為了最脆弱的寶可夢。約800年前，在臨死之際，哲爾尼亞斯釋放x\/伊裴爾塔爾 吸取y了卡洛斯地區的生命能量，之後在森林x\/山脈y陷入沉睡。
金銀開始形成：
在700年前的近代，在緣朱市相繼建造了9層高的鈴鐺塔和鍾之塔。兩座塔象征著寶可夢與人類之間的友誼和共同生活的希望。從塔頂一覽的情景十分壯麗。西邊的是喚醒寶可夢的鍾之塔，而東邊的塔是寶可夢的休憩之處。據說在當時，一隻巨大的銀色寶可夢棲息於鍾之塔頂，相對的鈴鐺塔則住著彩虹色的鳳王。然而，在150年前，一場閃電擊中了鍾之塔，劇烈的大火燃燒了整整三天，在一場傾盆大雨之後才被熄滅。洛奇亞和鳳王逃離了這場災難，之後洛奇亞到漩渦島棲息。在那時起，第一屆寶可夢聯盟比賽開始舉辦。
第“零”區的建造：
200年前，在帕底亞地區，第零區觀測隊抵達了第零區最深處。觀測隊隊員海哲撰寫的探險記《朱之書》／《紫之書》開始發表並流行起來，但因內容充斥著難以置信的描述和荒唐無理的插畫而被眾人當作是超自然文學。在大約140年前，有人在第零區發現了太晶化的寶可夢，雖然人們把這些寶可夢從第零區帶了迴來，但它們失去了身體的光芒。之後很長的一段時間裏，太晶化現象都被謎團籠罩。在距今10年前，奧琳博士／弗圖博士解明了太晶化的原理並發明了太晶珠，讓這項技術得以實用，並且提供給了寶可夢聯盟和學校。
衝突長達十年：
在數年前，人類從夢幻的基因中克隆出超夢，超夢逃脫了人類的控製並破壞了紅蓮鎮上的寶可夢屋。不久之後，紅蓮鎮的火山噴發破壞了島上的許多區域。在現代時期，秋葉原博士創造了第一隻人造寶可夢多邊獸。另外熔岩隊和海洋隊的老大喚醒了固拉多與蓋歐卡並使它們再度交戰，又再度被烈空坐平息。
在現代，由於環境的異常變化，神奧地區開始變得寒冷。邪惡組織銀河隊使用紅色鎖鏈使湖之眾神召喚出了帝牙盧卡，帕路奇亞和騎拉帝納。由於主角的幹涉，銀河隊的計劃沒有得逞。那時在天冠山頂出現了一個時空裂縫，也是毀壞的世界的入口。騎拉帝納和銀河隊老大赤日進入了毀壞的世界，之後這個入口的關閉讓神奧地區恢複了平和。
在近年，以n為首的等離子隊在合眾地區活動。魁奇思以合眾的建國傳說四處遊說，表麵上是想解放寶可夢，實際上在醞釀更大的陰謀。而n則為他的理想捕捉了捷克羅姆或萊希拉姆，當擊敗冠軍阿戴克後，主角在各個道館館主的幫助下，喚醒了另一條龍寶可夢在n的城堡及時阻止了n，但n幕後的魁奇思露出了他的真麵目。由於主角的活躍，逮捕了魁奇思，n乘著捷克羅姆\/萊希拉姆飛走。國際刑警官員帥哥在主角的幫助，逮捕了等離子隊餘黨，合眾地區的風波被平定。2年後，等離子隊分裂成兩派。魁奇思帶領等離子隊企圖用酋雷姆的力量凍結合眾地區，後來被主角及n阻止。魁奇思卻讓酋雷姆和捷克羅姆／萊希拉姆 合體。最後，酋雷姆被主角製服，合眾地區免於受到危機。
就在這段時間裏，卡洛斯地區的閃焰隊打算使用“最終兵器”改變這個世界。因而喚醒了哲爾尼亞斯x／伊裴爾塔爾y。主角製服了它們以後，卡洛斯地區3000年前的國王az的後代，閃焰隊老大弗拉達利使用能進行超級進化的寶可夢打算阻止主角離開閃焰隊秘密基地。最後，主角成為冠軍，迴到密阿雷市接受表揚。az與花葉蒂再次相遇。卡洛斯地區脫離了危險。
近年，以太基金會理事長露莎米奈為收集究極異獸，她通過一係列手段打開了究極空間，但是她的女兒莉莉艾和兒子格拉吉歐都離她而去。之後以太基金會分部長紮奧博邀請了主角和哈烏來到以太樂園，在他們與露莎米奈一同見到了ub01：寄生物，之後乘勢綁架了莉莉艾。在主角和哈烏解救出莉莉艾後，主角和莉莉艾前往到波尼島，讓小星雲進化為索爾迦雷歐s／露奈雅拉m，並進入究極空間讓露莎米奈迷途知返。在打敗了露莎米奈後，露莎米奈理解了莉莉艾的感受。主角一行人乘坐索爾迦雷歐s／露奈雅拉m返迴到阿羅拉地區。
若幹年後，伽勒爾聯盟的會長洛茲使用一係列手段喚醒了無極汰那，並稱要“保護伽勒爾地區的未來”而獲取無盡能源。後來，主角一行人來到了微寐森林並找到了腐朽的劍和盾。主角與赫普隨即趕往拳關競技場並來到了地下工廠中。主角遇到了洛茲並與他對戰，洛茲在戰敗後闡述了他的理由。在拳關競技場塔頂，丹帝試圖使用精靈球捕捉無極汰那，可惜並未成功。這時，主角與赫普挺身而出，但他們的攻擊對無極巨化後的無極汰那沒有效果。此時，他們想起了腐朽的劍和盾，並拿出了它們，蒼響和藏瑪然特出現並與兩人共同作戰，最後成功擊敗了無極汰那。最後，主角在微寐森林再次與蒼響\/藏瑪然特相見，並讓伽勒爾也恢複了和平。
在這之後，帕底亞地區的派帕為了尋找自己長期不露麵的母親奧琳博士／父親弗圖博士，與幾名同學：主角、妮莫和牡丹前往帕底亞巨坑，在第零區內發現了被封鎖的悖謬寶可夢。眾人在第零區深處的零區研究所，驚訝地發現之前的博士是ai機器人的事實，真正的博士已經在一年半前因第4觀測站發生的事故過世了。博士ai請求眾人幫忙關閉能夠捕捉不同時間線的寶可夢並將它們唿喚到現代來的時光機，以製止悖謬寶可夢再度被召喚而影響帕底亞地區的生態，但關閉時光機的同時博士ai會因保衛時光機的程序而進入戰鬥模式。在主角擊敗了博士ai之後，樂園防衛程序又接管了博士ai以阻止時光機的關閉，並封鎖了眾人的精靈球，放出了另一隻故勒頓／密勒頓，千鈞一發之際主角的故勒頓／密勒頓與樂園防禦程序展開對戰，最終恢複正常的ai一方麵為了關閉時光機，另一方麵也為了實現博士的遺願，決定通過時光機前往古代／未來。