正當定國駐軍長沙，準備迎戰尼堪的八旗勁旅時，劉文秀亦率領五萬大軍逼近了保寧城下。
保寧府城三麵環水，周十二裏又三百三十步，城牆高三十三尺，寬十五尺，開四門，東曰望瀛門、南曰迎薰門、西曰瞻嶽門、北曰拱極門，城牆每隔六十步築有一處向外凸出的矩形墩台，可以讓守軍從側麵攻擊敵人。此外，城牆外圍還有一條寬三十尺，深十五尺的護城壕，可謂是一座易守難攻的堅城。
這幾個月，盡管清軍在四川戰場節節敗退，然主力猶存，城中守軍仍有不下三萬人，與城外明軍兵力相差無幾，這也給明軍攻城帶來了極大的不便。
為了盡快攻克清軍在四川最後的堡壘，文秀當即在中軍大帳召集諸將，共商攻城之策。
滅虜將軍王複臣素來多謀善戰，他遂以兵驕不可當死寇為由，向文秀進言道：“元帥，末將以為，我軍圍城兵力不足，當圍三闕一，留出一條通道放清軍突圍。如此一來，我軍方可以集中優勢兵力，攻其薄弱之處，還能夠避免吳三桂做困獸之鬥，隻待清軍突圍，我軍便能夠乘勢追殺，一舉將其擊潰，收複四川全境了！”
剛剛被永曆帝晉封為沅國公的黑虎將張先璧亦表示讚同道：“自明將軍所言極是！此戰若是演變成曠日已久的消耗戰，對我軍極其不利！為避免夜長夢多，我軍必須盡快逼迫吳三桂棄城逃往漢中，此方為萬全之策！”
然而此時，文秀卻被勝利衝昏了頭腦，他認為清軍士氣低落，已是不堪一擊，王複臣提出的建議太過保守，一旦吳三桂突圍逃跑，便無法達到全殲敵軍的目的，當即不以為然地說道：“本帥卻以為應當四麵合圍，不留缺口！並將主力擺在保寧城北，徹底堵死吳三桂逃往漢中的退路，一勞永逸地殲滅此敵！”
聽了文秀的話，王複臣當場就急了眼，堅決表示反對道：“元帥萬萬不可！兵法有雲，圍師必闕！我軍若放開北路，清軍必將毫無鬥誌，棄城遁走，雖不能全殲清軍，但卻能夠順利收複四川！我軍兵力並不占優，如果四麵合圍，清軍無路可退，勢必破釜沉舟，置之死地而後生，一旦被其反擊得手，豈不是前功盡棄？”
文秀見王複臣反對自己的意見，心中很是不滿，猛地拍案而起道：“自明將軍，若是放吳三桂逃迴漢中，他日必卷土重來，四川戰事將永無平息之日！機不可失，失不再來，到時候能否還有今日之良機，未曾可知矣！”
王複臣亦肯不相讓，依舊堅持己見道：“當年韓信背水一戰，大破陳餘幾十萬大軍！教訓在前，不可不鑒啊！”
文秀此時誌得意滿，哪裏還聽得進去別人的勸告，一意孤行地下令道：“吳三桂坐困孤城，指日可下，莫非將軍膽怯乎？本帥主意已定，毋須多言！王複臣，你且順嘉陵江下行三十裏後搭浮橋過江，在南城外結陣！張先璧，命你部圍城西南！本帥親自列陣於東北教場，扼守吳三桂之歸路！軍令已下，諸位且各自迴營準備，等候攻城之令！”
見勸不動文秀，王複臣為顧全大局，也隻能作罷，抱拳答應道：“末將遵令！”
帳中諸將也跟著虎吼一聲，隨即各自散去。
為了防止清軍逃脫，文秀又下令分兵攻占葭萌關、梁山關，徹底切斷清軍的所有退路，然而此舉也使明軍本就未占多大優勢的兵力更加捉襟見肘。
十月十一日，在隆隆的炮聲中，文秀親率大軍蔽山而下，於保寧城東北校場兵分十三營，南自江岸，北至沙溝子，橫列十五裏。
文秀命大軍以圓陣迎戰，十三頭戰象居前各領一個營，手持盾牌、長槍的槍兵緊跟其後，接著是手持扁刀、弓箭的弓兵，最後是攜帶火炮、鳥銃的炮兵。
吳三桂亦不甘示弱，在北城布下重兵，一身戎裝站於城樓之上，雙手撐著城牆垛口對著駐馬於城下的文秀高聲喊話道：“本王久仰劉將軍大名，今日終得一見，幸會之至！”
文秀隔著三十尺寬的護城壕，高舉馬鞭，指向城樓上的吳三桂，怒罵道：“吳三桂！你這個大明叛逆！韃子皇帝不是封你為平西王麽？本帥今日便要替天行道，送你歸西！”
吳三桂自知已無路可退，遂親自督率守軍背水死戰，明軍盡管聲勢浩大，但由於兵力過度分散，在每個進攻點上都未能形成絕對優勢。
激烈的攻防戰整整持續了數日，城內守軍傷亡過半，好幾次都差點兒被明軍攻上城牆，多虧李國英靈機一動，將城上所有旗幟都換成了八旗軍的旗幟，趁著攻城明軍驚疑之際，清軍趁勢發起反擊，方才有驚無險地保住了城池。
盡管明軍傷亡慘重，但文秀依舊不為所動，反倒加緊了對保寧的攻擊，守軍漸漸支撐不住，眼看就要破城。
望著城下層疊裏許，蜂擁攻城的明軍將士，吳三桂不禁有些絕望了，忍不住哀歎道：“本王戎馬一生，始終能夠逢兇化吉，不想今日卻要命絕於此彈丸之地了！”
然而就在清點各門傷亡情況的時候，吳三桂突然發現西城守軍的傷亡最小，他心中一動，立刻來到西城城樓之上，張目望去，隻見城下明軍兵力大概隻有不到一萬人，且軍容明顯沒有北城那般嚴整。
“對麵這支明軍主將是誰？”吳三桂仿佛抓住了一根救命稻草，迫不及待地扭頭問向旁邊的李國英。
“王爺，對麵是人稱黑虎將的張先璧！”李國英連忙迴答道。
吳三桂頓時麵露喜色，重重一拳砸在城牆垛口上：“好啊！勝負的關鍵就在此了！那張先璧不是劉文秀的嫡係，兵力最少，戰力最為薄弱！咱們若是能夠集中兵力先行擊潰張先璧，劉文秀必敗無疑！李巡撫！你且繼續堅守城池！本王親率精銳殺出城去，是死是活就看這一擊能否得手了！”
當吳三桂親率一萬精銳關寧鐵騎悄悄打開瞻嶽門，衝殺出城的時候，正趕上明軍飯點，關寧鐵騎如疾風驟雨般突入明軍大營，見人就殺，逢人便砍，在猝不及防下，張先璧的滇奇營迅速被清軍擊潰，敗軍狼狽奔逃，又把附近王複臣的營寨也給衝亂了。由於明軍背水布陣，一時間潰散的人馬全都擁擠在嘉陵江邊，互相踩踏，死傷無數。
王複臣身旁的親兵皆被亂軍衝散，隻剩他孤身一人被幾十名清軍團團圍住。王複臣一連手刃數人，卻始終無法突出重圍，見此情形，他知道已是無路可走，當即昂然怒吼一聲道：“大丈夫不能生擒名王，豈可為敵所辱？”
說罷，遂引刀自刎而死。
張先璧帶著潰退的明軍一路向浮橋方向撤去，此時圍攻北城的主力大軍尚未動搖，隻要能夠盡快退過嘉陵江，死死守住浮橋，便還有反敗為勝的機會。然而萬萬沒想到，張先璧的弟弟張先軫由於已部戰力不強，擔心部下未戰先怯，居然在幾天前就將浮橋給砍斷了，意圖效法韓信，激勵部下背水一戰。
這個情況就連張先璧都不知道，更別說其他人了，當明軍撤至原先浮橋的位置方才發現，浮橋已經沒有了。大批將士因此無法過江，要麽被追趕上來的清軍砍死，要麽落水淹死，竟是全軍覆沒。
隨著王複臣部和張先璧部被清軍全殲，戰局已經徹底逆轉，文秀無力迴天，不得不下令全軍後撤。
由於此戰清軍傷亡極其慘重，而劉文秀本部並未遭到多少損失，吳三桂擔心明軍反撲，不敢繼續追擊，連忙勒馬停下，對李國翰言道：“本王生平未見如此勁敵，特欠一著耳！傳令全軍，速速鳴金收兵！”
在撤迴保寧後不久，吳三桂又帶兵退往漢中，在此重整旗鼓，休養生息。
再說文秀脫險後，收攏陸續潰散而來的殘兵敗將，這才發現五萬大軍經此一役就隻剩下了不到兩萬人，包括王複臣、姚之貞、張先軫、王繼業、楊春普等主要將領在內的三萬將士，盡皆陣亡於保寧城下。此外，明軍還損失了兩千多匹騾馬及三頭戰象，就連文秀的帥印都被清軍繳獲了。
見此情景，文秀不禁捶胸頓足道：“吾生平未嚐見如此惡戰！悔當初不聽自明將軍之言，今被其言中，吾軍休矣！”
劉文秀和張先璧二人灰頭土臉地迴到貴陽，向孫可望請罪。見到文秀，孫可望頓時氣不打一出來，怒氣衝衝地斥責道：“你他娘的還有臉迴來？這才剛打了幾個勝戰就忘乎所以！好嘛！被吳三桂打得是丟盔卸甲，連帥印都丟了！汝該當何罪？”
文秀並沒有爭辯，自責地說道：“臣弟一時疏忽，叫清軍鑽了空子，至此大敗，愧對皇上重托！”
孫可望本就怒火未平，又聽文秀提起永曆帝，更是火冒三丈，忍不住破口大罵道：“鳥！你愧對的是老子！老子將白文選、王複臣及一幹精兵悍將全都交給你指揮，你倒好，一意孤行，狂妄自大！那吳三桂是何許人也？連韃子皇帝都要敬他三分，封他為王，在他麵前，你有什麽資格驕狂？五萬對三萬，你的兵力本就不占優勢，還搞什麽四麵合圍！若是讓開北路，讓吳三桂知難而退，逃迴漢中，這戰也就勝了！這下倒好，自以為能夠甕中捉鱉，結果卻被鱉給咬了！你自己說該怎麽辦吧！”
文秀被孫可望罵得是無地自容，當即叩首認罪道：“臣弟有罪，請兄長責罰！”
孫可望本就忌憚文秀與定國二人聯合與自己抗衡，今日這個大好機會又豈能錯過，於是裝出一副義正言辭的表情，厲聲說道：“汝雖是孤的義弟，然軍法無情，若不治罪將來如何服眾？不過看在汝先前收複故土的功勞，孤決意從輕議處，隻罷官閑居即可！汝且自行解除兵權，即刻返迴昆明，閉門思過去吧！”
在處置了文秀後，孫可望又瞥了眼跪在一旁瑟瑟發抖的張先璧，繼續說道：“張先璧臨陣脫逃，以至保寧戰局逆轉，罪不可赦！立刻將其拉出殿外，亂棍杖斃！”
話音未落，就有兩名彪形大漢氣勢洶洶地衝了進來，不顧張先璧的連聲哀求，半拖半拽地把他拉了出去。
此後，文秀便被孫可望軟禁於昆明，終日無所事事，鬱鬱寡歡。
而沒來得及趕上保寧戰役的北路軍白文選部則在孫可望的命令下，從重慶東下抵達湖南，配合東路軍作戰。
十一月初，白文選率軍進屯荔溪，前部距辰州僅四十餘裏，清軍辰州總兵徐勇聞報當即督軍渡過沅江，出城相戰。
這徐勇乃是左良玉舊部，戰力頗為強悍，自降清以來屢建功勳。明軍先鋒張景春沒有想到清軍這時候居然敢主動出擊，一時沒有防備，竟是大敗虧輸，自己也被徐勇一刀斬落馬下，其麾下將領王忠、閻之美、薑祚昌、吳起順、馬佩、曹運期等人，亦被清軍生擒活捉。
保寧府城三麵環水，周十二裏又三百三十步，城牆高三十三尺，寬十五尺，開四門，東曰望瀛門、南曰迎薰門、西曰瞻嶽門、北曰拱極門，城牆每隔六十步築有一處向外凸出的矩形墩台，可以讓守軍從側麵攻擊敵人。此外，城牆外圍還有一條寬三十尺，深十五尺的護城壕，可謂是一座易守難攻的堅城。
這幾個月，盡管清軍在四川戰場節節敗退，然主力猶存，城中守軍仍有不下三萬人，與城外明軍兵力相差無幾，這也給明軍攻城帶來了極大的不便。
為了盡快攻克清軍在四川最後的堡壘，文秀當即在中軍大帳召集諸將，共商攻城之策。
滅虜將軍王複臣素來多謀善戰，他遂以兵驕不可當死寇為由，向文秀進言道：“元帥，末將以為，我軍圍城兵力不足，當圍三闕一，留出一條通道放清軍突圍。如此一來，我軍方可以集中優勢兵力，攻其薄弱之處，還能夠避免吳三桂做困獸之鬥，隻待清軍突圍，我軍便能夠乘勢追殺，一舉將其擊潰，收複四川全境了！”
剛剛被永曆帝晉封為沅國公的黑虎將張先璧亦表示讚同道：“自明將軍所言極是！此戰若是演變成曠日已久的消耗戰，對我軍極其不利！為避免夜長夢多，我軍必須盡快逼迫吳三桂棄城逃往漢中，此方為萬全之策！”
然而此時，文秀卻被勝利衝昏了頭腦，他認為清軍士氣低落，已是不堪一擊，王複臣提出的建議太過保守，一旦吳三桂突圍逃跑，便無法達到全殲敵軍的目的，當即不以為然地說道：“本帥卻以為應當四麵合圍，不留缺口！並將主力擺在保寧城北，徹底堵死吳三桂逃往漢中的退路，一勞永逸地殲滅此敵！”
聽了文秀的話，王複臣當場就急了眼，堅決表示反對道：“元帥萬萬不可！兵法有雲，圍師必闕！我軍若放開北路，清軍必將毫無鬥誌，棄城遁走，雖不能全殲清軍，但卻能夠順利收複四川！我軍兵力並不占優，如果四麵合圍，清軍無路可退，勢必破釜沉舟，置之死地而後生，一旦被其反擊得手，豈不是前功盡棄？”
文秀見王複臣反對自己的意見，心中很是不滿，猛地拍案而起道：“自明將軍，若是放吳三桂逃迴漢中，他日必卷土重來，四川戰事將永無平息之日！機不可失，失不再來，到時候能否還有今日之良機，未曾可知矣！”
王複臣亦肯不相讓，依舊堅持己見道：“當年韓信背水一戰，大破陳餘幾十萬大軍！教訓在前，不可不鑒啊！”
文秀此時誌得意滿，哪裏還聽得進去別人的勸告，一意孤行地下令道：“吳三桂坐困孤城，指日可下，莫非將軍膽怯乎？本帥主意已定，毋須多言！王複臣，你且順嘉陵江下行三十裏後搭浮橋過江，在南城外結陣！張先璧，命你部圍城西南！本帥親自列陣於東北教場，扼守吳三桂之歸路！軍令已下，諸位且各自迴營準備，等候攻城之令！”
見勸不動文秀，王複臣為顧全大局，也隻能作罷，抱拳答應道：“末將遵令！”
帳中諸將也跟著虎吼一聲，隨即各自散去。
為了防止清軍逃脫，文秀又下令分兵攻占葭萌關、梁山關，徹底切斷清軍的所有退路，然而此舉也使明軍本就未占多大優勢的兵力更加捉襟見肘。
十月十一日，在隆隆的炮聲中，文秀親率大軍蔽山而下，於保寧城東北校場兵分十三營，南自江岸，北至沙溝子，橫列十五裏。
文秀命大軍以圓陣迎戰，十三頭戰象居前各領一個營，手持盾牌、長槍的槍兵緊跟其後，接著是手持扁刀、弓箭的弓兵，最後是攜帶火炮、鳥銃的炮兵。
吳三桂亦不甘示弱，在北城布下重兵，一身戎裝站於城樓之上，雙手撐著城牆垛口對著駐馬於城下的文秀高聲喊話道：“本王久仰劉將軍大名，今日終得一見，幸會之至！”
文秀隔著三十尺寬的護城壕，高舉馬鞭，指向城樓上的吳三桂，怒罵道：“吳三桂！你這個大明叛逆！韃子皇帝不是封你為平西王麽？本帥今日便要替天行道，送你歸西！”
吳三桂自知已無路可退，遂親自督率守軍背水死戰，明軍盡管聲勢浩大，但由於兵力過度分散，在每個進攻點上都未能形成絕對優勢。
激烈的攻防戰整整持續了數日，城內守軍傷亡過半，好幾次都差點兒被明軍攻上城牆，多虧李國英靈機一動，將城上所有旗幟都換成了八旗軍的旗幟，趁著攻城明軍驚疑之際，清軍趁勢發起反擊，方才有驚無險地保住了城池。
盡管明軍傷亡慘重，但文秀依舊不為所動，反倒加緊了對保寧的攻擊，守軍漸漸支撐不住，眼看就要破城。
望著城下層疊裏許，蜂擁攻城的明軍將士，吳三桂不禁有些絕望了，忍不住哀歎道：“本王戎馬一生，始終能夠逢兇化吉，不想今日卻要命絕於此彈丸之地了！”
然而就在清點各門傷亡情況的時候，吳三桂突然發現西城守軍的傷亡最小，他心中一動，立刻來到西城城樓之上，張目望去，隻見城下明軍兵力大概隻有不到一萬人，且軍容明顯沒有北城那般嚴整。
“對麵這支明軍主將是誰？”吳三桂仿佛抓住了一根救命稻草，迫不及待地扭頭問向旁邊的李國英。
“王爺，對麵是人稱黑虎將的張先璧！”李國英連忙迴答道。
吳三桂頓時麵露喜色，重重一拳砸在城牆垛口上：“好啊！勝負的關鍵就在此了！那張先璧不是劉文秀的嫡係，兵力最少，戰力最為薄弱！咱們若是能夠集中兵力先行擊潰張先璧，劉文秀必敗無疑！李巡撫！你且繼續堅守城池！本王親率精銳殺出城去，是死是活就看這一擊能否得手了！”
當吳三桂親率一萬精銳關寧鐵騎悄悄打開瞻嶽門，衝殺出城的時候，正趕上明軍飯點，關寧鐵騎如疾風驟雨般突入明軍大營，見人就殺，逢人便砍，在猝不及防下，張先璧的滇奇營迅速被清軍擊潰，敗軍狼狽奔逃，又把附近王複臣的營寨也給衝亂了。由於明軍背水布陣，一時間潰散的人馬全都擁擠在嘉陵江邊，互相踩踏，死傷無數。
王複臣身旁的親兵皆被亂軍衝散，隻剩他孤身一人被幾十名清軍團團圍住。王複臣一連手刃數人，卻始終無法突出重圍，見此情形，他知道已是無路可走，當即昂然怒吼一聲道：“大丈夫不能生擒名王，豈可為敵所辱？”
說罷，遂引刀自刎而死。
張先璧帶著潰退的明軍一路向浮橋方向撤去，此時圍攻北城的主力大軍尚未動搖，隻要能夠盡快退過嘉陵江，死死守住浮橋，便還有反敗為勝的機會。然而萬萬沒想到，張先璧的弟弟張先軫由於已部戰力不強，擔心部下未戰先怯，居然在幾天前就將浮橋給砍斷了，意圖效法韓信，激勵部下背水一戰。
這個情況就連張先璧都不知道，更別說其他人了，當明軍撤至原先浮橋的位置方才發現，浮橋已經沒有了。大批將士因此無法過江，要麽被追趕上來的清軍砍死，要麽落水淹死，竟是全軍覆沒。
隨著王複臣部和張先璧部被清軍全殲，戰局已經徹底逆轉，文秀無力迴天，不得不下令全軍後撤。
由於此戰清軍傷亡極其慘重，而劉文秀本部並未遭到多少損失，吳三桂擔心明軍反撲，不敢繼續追擊，連忙勒馬停下，對李國翰言道：“本王生平未見如此勁敵，特欠一著耳！傳令全軍，速速鳴金收兵！”
在撤迴保寧後不久，吳三桂又帶兵退往漢中，在此重整旗鼓，休養生息。
再說文秀脫險後，收攏陸續潰散而來的殘兵敗將，這才發現五萬大軍經此一役就隻剩下了不到兩萬人，包括王複臣、姚之貞、張先軫、王繼業、楊春普等主要將領在內的三萬將士，盡皆陣亡於保寧城下。此外，明軍還損失了兩千多匹騾馬及三頭戰象，就連文秀的帥印都被清軍繳獲了。
見此情景，文秀不禁捶胸頓足道：“吾生平未嚐見如此惡戰！悔當初不聽自明將軍之言，今被其言中，吾軍休矣！”
劉文秀和張先璧二人灰頭土臉地迴到貴陽，向孫可望請罪。見到文秀，孫可望頓時氣不打一出來，怒氣衝衝地斥責道：“你他娘的還有臉迴來？這才剛打了幾個勝戰就忘乎所以！好嘛！被吳三桂打得是丟盔卸甲，連帥印都丟了！汝該當何罪？”
文秀並沒有爭辯，自責地說道：“臣弟一時疏忽，叫清軍鑽了空子，至此大敗，愧對皇上重托！”
孫可望本就怒火未平，又聽文秀提起永曆帝，更是火冒三丈，忍不住破口大罵道：“鳥！你愧對的是老子！老子將白文選、王複臣及一幹精兵悍將全都交給你指揮，你倒好，一意孤行，狂妄自大！那吳三桂是何許人也？連韃子皇帝都要敬他三分，封他為王，在他麵前，你有什麽資格驕狂？五萬對三萬，你的兵力本就不占優勢，還搞什麽四麵合圍！若是讓開北路，讓吳三桂知難而退，逃迴漢中，這戰也就勝了！這下倒好，自以為能夠甕中捉鱉，結果卻被鱉給咬了！你自己說該怎麽辦吧！”
文秀被孫可望罵得是無地自容，當即叩首認罪道：“臣弟有罪，請兄長責罰！”
孫可望本就忌憚文秀與定國二人聯合與自己抗衡，今日這個大好機會又豈能錯過，於是裝出一副義正言辭的表情，厲聲說道：“汝雖是孤的義弟，然軍法無情，若不治罪將來如何服眾？不過看在汝先前收複故土的功勞，孤決意從輕議處，隻罷官閑居即可！汝且自行解除兵權，即刻返迴昆明，閉門思過去吧！”
在處置了文秀後，孫可望又瞥了眼跪在一旁瑟瑟發抖的張先璧，繼續說道：“張先璧臨陣脫逃，以至保寧戰局逆轉，罪不可赦！立刻將其拉出殿外，亂棍杖斃！”
話音未落，就有兩名彪形大漢氣勢洶洶地衝了進來，不顧張先璧的連聲哀求，半拖半拽地把他拉了出去。
此後，文秀便被孫可望軟禁於昆明，終日無所事事，鬱鬱寡歡。
而沒來得及趕上保寧戰役的北路軍白文選部則在孫可望的命令下，從重慶東下抵達湖南，配合東路軍作戰。
十一月初，白文選率軍進屯荔溪，前部距辰州僅四十餘裏，清軍辰州總兵徐勇聞報當即督軍渡過沅江，出城相戰。
這徐勇乃是左良玉舊部，戰力頗為強悍，自降清以來屢建功勳。明軍先鋒張景春沒有想到清軍這時候居然敢主動出擊，一時沒有防備，竟是大敗虧輸，自己也被徐勇一刀斬落馬下，其麾下將領王忠、閻之美、薑祚昌、吳起順、馬佩、曹運期等人，亦被清軍生擒活捉。