眾人不意如此，不由一陣錯愕，但聽袁崇煥已厲聲喝問道：“毛文龍到底該不該殺？”
見袁崇煥威風凜凜地手舉尚方寶劍，毛文龍的部將先自怯了，再念及毛文龍的種種不堪，盡皆唯唯諾諾，沒人敢出聲。
袁崇煥心裏有了底兒，愈發威嚴，再三問過，終有多受毛文龍恩惠者囁嚅道：“毛文龍雖其罪當誅，但他開創東江，奮力殺敵，還是有些辛苦的……”
“咱不過暫時壓製住了毛文龍的部將，隻要有人肯出頭，場麵指不定立時就會陷入混亂，後果不堪設想哪。哼，咱絕不能任由那種情況的發生。”
快如閃電地想著，袁崇煥哪敢讓他說下去，打斷了他，故作憤慨地道：“毛文龍原不過一布衣，僥幸建功，朝廷許以高官厚祿，全家都得以蔭封，足夠報他的辛勞了，他又怎麽敢如此悖亂違逆呢？”
說著，衝向京城的方向跪了下來，磕頭道：“皇上哪，臣袁崇煥奉旨誅殺罪將毛文龍以整頓軍紀，臣請求隻殺其一人，恕其他人無罪，若有跟毛文龍一樣忤逆犯上的，臣發誓一並誅殺。”
聽了他這一通說辭，眾人一齊看著他，哪裏還有人敢再說？
見目的已經達到，袁崇煥暗想：“毛文龍死了，島上的將士可不能就此散了，咋辦呢？對了，就這麽辦。”
拿定了主意，緩緩起了身，道：“皇上雖有拋屍的嚴旨，但念及文龍生前曾立過戰功，矢誌抗敵，也算是崇煥誌同道合的好友，崇煥決定冒死抗旨，來人哪，把文龍的屍體用棺木裝了下葬。”
“看來，他果是在奉旨行事，也怪不得他。公事之餘，居然不忘私誼，他也算是有情有義之人了。”眾人紛紛暗自想著，對他已經由恐懼轉向理解，雖仍沒有人應聲，卻還是默默地依他所言把毛文龍下了葬。
“嗯，這招果然有效。”袁崇煥暗道了一聲，命人準備了酒肉等祭品親往祭奠，流淚道：“你走好，莫怪袁某殺你又祭奠你，袁某殺你，是因為朝廷的律令，祭奠你，是出於同僚、友人的感情。
你知道的，袁某一向公私分明，為了皇上的複遼重托，袁某更是戰戰兢兢，不敢有絲毫的因私廢公……”
他原本不過假意為之，訴說著，不覺聯想到了自己，情動衷腸，竟是涕淚俱下。
眾人不知其意，深為感動，唯恐他傷及身體，一齊過來扶起了他。
他沒想到自己的失態居然收到了自己盡力要獲得的效果，心中大喜，佯作用衣袖抹了抹淚，清了清嗓子道：“文龍之過，乃文龍一人之過，不該殃及眾人。本督師決定，收迴毛文龍的敕印、尚方寶劍，令繼盛代他掌管。
所屬士兵二萬八千人為四協，分別由毛承祚（毛文龍的兒子）、副將陳繼盛、參將徐敷奏、遊擊劉光祚為首領。
犒勞軍士，傳檄安撫各島人民，全部廢除毛文龍的苛政。”
說完，他冷冷地掃了眾人一眼，問道：“諸將還有異議否？”連問三遍，見眾皆無語，知島上的大局已定，又道：“好，既然諸將再無異議，即行交割整編，廢舊立新，三日內完成。”
應該說，他這安排正是島上諸將所期盼已久的。待他說完，徑直進了總兵府，諸將立即按要求行動起來。三日後，各部均已按要求完成交割整編。他親自視察過，才放心迴寧遠。
迴到寧遠，進了督師府，何可剛見他仍悶悶不樂，不由納悶道：“事情雖有驚卻無險，還算順利，您怎麽還這樣？”
袁崇煥指了指京城方向，歎了口氣道：“島上的事兒雖然了了，這裏的事兒還未了呢，咱們總得給皇上一個交代吧。”
何可剛“哦”了一聲，臉上的興奮不由冷了下來，不無擔心地道：“是啊，總得有個交代，咋交代呢？”
袁崇煥道：“唯有如此了，捷報跟情況報告一並上報，而且絕不能晚於小道兒消息進京。”
“捷報？”何可剛苦思無計，聞言，不解地看著他。
袁崇煥道：“咱倆去雙島之前，我密令祖大壽、趙率教擇幾處後金據點攻取之，應該快有消息了。”
“原來他早有打算啊。”何可剛暗自感歎著，待要說話，卻見中軍匆匆進來，道：“啟稟督師，大壽、率教兩位將軍快馬來報，幸不辱使命，端了後金六處據點，說若是不夠，還可繼續，請督師示下。”
袁崇煥喜道：“好，夠了，命令二位將軍注意觀敵，嚴防後金軍反撲。”
中軍領命而去。
袁崇煥轉向何可剛，卻又似是自言自語地道：“上報吧，大不了咱自稱謹席橐待罪就是。”
再說崇禎，再次召對過袁崇煥後，竟不似第一次那樣信心十足，接連幾日都心神不寧。
這日，總算好了些，又去文華殿跟朝臣們議事。這些朝臣們也奇了怪了，遇事總喜歡爭吵。爭來吵去，啥事也沒法定下來。崇禎沒法，隻好散了朝，一個人坐著生悶氣。
也不知過了多久，王承恩進來，輕聲道：“啟稟皇上，袁督師那邊有消息。”說著，把奏疏放到了他麵前的禦案上，退到了一邊。
“袁崇煥那邊的消息？”崇禎一愣，自語著，忙拿過來看，居然是袁崇煥連克後金六處據點的捷報，不由大喊了一聲：“好，袁崇煥終於開始行動了，複遼有望矣。”
大喊著，人已興奮起來，忙不迭地往下看，卻是袁崇煥誅殺毛文龍的報告：“這個袁崇煥，說什麽謹席橐待罪，實在太過大膽，哼，爾竟敢壞了朕在遼東的布局，朕豈能饒得了爾？”
暗想著，待要說話，卻忍不住又想：“毛文龍既已死去，再也無法依靠，現在的遼東可是袁崇煥一人獨大，且不說朕能不能除了他，單說除了他朕還能依靠誰？罷了，朕還是先攏住他吧。”
拿定了主意，轉向王承恩，極不情願地道：“傳旨，太子太保、薊遼督師袁崇煥，連克後金六處據點，又誅殺罪將毛文龍，安頓東江，其功甚偉，通令嘉獎。
同時，命令法司對毛文龍埋伏在京城的爪牙加以搜捕，以絕後患。
另外，袁崇煥建議東江不再設總帥，由陳繼盛代行其事，也一並準了。”
時為崇禎二年（1629年）的五月。
見袁崇煥威風凜凜地手舉尚方寶劍，毛文龍的部將先自怯了，再念及毛文龍的種種不堪，盡皆唯唯諾諾，沒人敢出聲。
袁崇煥心裏有了底兒，愈發威嚴，再三問過，終有多受毛文龍恩惠者囁嚅道：“毛文龍雖其罪當誅，但他開創東江，奮力殺敵，還是有些辛苦的……”
“咱不過暫時壓製住了毛文龍的部將，隻要有人肯出頭，場麵指不定立時就會陷入混亂，後果不堪設想哪。哼，咱絕不能任由那種情況的發生。”
快如閃電地想著，袁崇煥哪敢讓他說下去，打斷了他，故作憤慨地道：“毛文龍原不過一布衣，僥幸建功，朝廷許以高官厚祿，全家都得以蔭封，足夠報他的辛勞了，他又怎麽敢如此悖亂違逆呢？”
說著，衝向京城的方向跪了下來，磕頭道：“皇上哪，臣袁崇煥奉旨誅殺罪將毛文龍以整頓軍紀，臣請求隻殺其一人，恕其他人無罪，若有跟毛文龍一樣忤逆犯上的，臣發誓一並誅殺。”
聽了他這一通說辭，眾人一齊看著他，哪裏還有人敢再說？
見目的已經達到，袁崇煥暗想：“毛文龍死了，島上的將士可不能就此散了，咋辦呢？對了，就這麽辦。”
拿定了主意，緩緩起了身，道：“皇上雖有拋屍的嚴旨，但念及文龍生前曾立過戰功，矢誌抗敵，也算是崇煥誌同道合的好友，崇煥決定冒死抗旨，來人哪，把文龍的屍體用棺木裝了下葬。”
“看來，他果是在奉旨行事，也怪不得他。公事之餘，居然不忘私誼，他也算是有情有義之人了。”眾人紛紛暗自想著，對他已經由恐懼轉向理解，雖仍沒有人應聲，卻還是默默地依他所言把毛文龍下了葬。
“嗯，這招果然有效。”袁崇煥暗道了一聲，命人準備了酒肉等祭品親往祭奠，流淚道：“你走好，莫怪袁某殺你又祭奠你，袁某殺你，是因為朝廷的律令，祭奠你，是出於同僚、友人的感情。
你知道的，袁某一向公私分明，為了皇上的複遼重托，袁某更是戰戰兢兢，不敢有絲毫的因私廢公……”
他原本不過假意為之，訴說著，不覺聯想到了自己，情動衷腸，竟是涕淚俱下。
眾人不知其意，深為感動，唯恐他傷及身體，一齊過來扶起了他。
他沒想到自己的失態居然收到了自己盡力要獲得的效果，心中大喜，佯作用衣袖抹了抹淚，清了清嗓子道：“文龍之過，乃文龍一人之過，不該殃及眾人。本督師決定，收迴毛文龍的敕印、尚方寶劍，令繼盛代他掌管。
所屬士兵二萬八千人為四協，分別由毛承祚（毛文龍的兒子）、副將陳繼盛、參將徐敷奏、遊擊劉光祚為首領。
犒勞軍士，傳檄安撫各島人民，全部廢除毛文龍的苛政。”
說完，他冷冷地掃了眾人一眼，問道：“諸將還有異議否？”連問三遍，見眾皆無語，知島上的大局已定，又道：“好，既然諸將再無異議，即行交割整編，廢舊立新，三日內完成。”
應該說，他這安排正是島上諸將所期盼已久的。待他說完，徑直進了總兵府，諸將立即按要求行動起來。三日後，各部均已按要求完成交割整編。他親自視察過，才放心迴寧遠。
迴到寧遠，進了督師府，何可剛見他仍悶悶不樂，不由納悶道：“事情雖有驚卻無險，還算順利，您怎麽還這樣？”
袁崇煥指了指京城方向，歎了口氣道：“島上的事兒雖然了了，這裏的事兒還未了呢，咱們總得給皇上一個交代吧。”
何可剛“哦”了一聲，臉上的興奮不由冷了下來，不無擔心地道：“是啊，總得有個交代，咋交代呢？”
袁崇煥道：“唯有如此了，捷報跟情況報告一並上報，而且絕不能晚於小道兒消息進京。”
“捷報？”何可剛苦思無計，聞言，不解地看著他。
袁崇煥道：“咱倆去雙島之前，我密令祖大壽、趙率教擇幾處後金據點攻取之，應該快有消息了。”
“原來他早有打算啊。”何可剛暗自感歎著，待要說話，卻見中軍匆匆進來，道：“啟稟督師，大壽、率教兩位將軍快馬來報，幸不辱使命，端了後金六處據點，說若是不夠，還可繼續，請督師示下。”
袁崇煥喜道：“好，夠了，命令二位將軍注意觀敵，嚴防後金軍反撲。”
中軍領命而去。
袁崇煥轉向何可剛，卻又似是自言自語地道：“上報吧，大不了咱自稱謹席橐待罪就是。”
再說崇禎，再次召對過袁崇煥後，竟不似第一次那樣信心十足，接連幾日都心神不寧。
這日，總算好了些，又去文華殿跟朝臣們議事。這些朝臣們也奇了怪了，遇事總喜歡爭吵。爭來吵去，啥事也沒法定下來。崇禎沒法，隻好散了朝，一個人坐著生悶氣。
也不知過了多久，王承恩進來，輕聲道：“啟稟皇上，袁督師那邊有消息。”說著，把奏疏放到了他麵前的禦案上，退到了一邊。
“袁崇煥那邊的消息？”崇禎一愣，自語著，忙拿過來看，居然是袁崇煥連克後金六處據點的捷報，不由大喊了一聲：“好，袁崇煥終於開始行動了，複遼有望矣。”
大喊著，人已興奮起來，忙不迭地往下看，卻是袁崇煥誅殺毛文龍的報告：“這個袁崇煥，說什麽謹席橐待罪，實在太過大膽，哼，爾竟敢壞了朕在遼東的布局，朕豈能饒得了爾？”
暗想著，待要說話，卻忍不住又想：“毛文龍既已死去，再也無法依靠，現在的遼東可是袁崇煥一人獨大，且不說朕能不能除了他，單說除了他朕還能依靠誰？罷了，朕還是先攏住他吧。”
拿定了主意，轉向王承恩，極不情願地道：“傳旨，太子太保、薊遼督師袁崇煥，連克後金六處據點，又誅殺罪將毛文龍，安頓東江，其功甚偉，通令嘉獎。
同時，命令法司對毛文龍埋伏在京城的爪牙加以搜捕，以絕後患。
另外，袁崇煥建議東江不再設總帥，由陳繼盛代行其事，也一並準了。”
時為崇禎二年（1629年）的五月。